4M42A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m42A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m42A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m42A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m42A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m42A03
3KLGA 4CIEA 3TAPA 3A2FA 3CG7A 4CGIA 2GBZA 4FVMA 3AVHA 4QCLA 5K14A 4KHWA 4FLYA 4FLTA 2F8TA 1KCFA 2HNYA 4CEOA 1U49A 3KKRA 1RTIA 2FBVA 4CFDA 3V1QA 3SV3A 3NFAA 4DTNA 1TK0A 1RTJA 4KHUA 4OPJA 1SUQA 3CFRA 4DQIA 4F8RA 5FDLA 4BWMA 4CHPA 1W9HA 3DYAA 3DLKA 4CF2A 3L2UA 2D0BA 1RTDA 1J53A 3SUQA 4CEFA 1A5WA 1U45A 4DTXA 1CLQA 3NDKA 3AO2A 4DU1A 1EETA 3NE6A 1D8YA 4KHYA 1BI4B 1Y97A 4FW2A 4NYFA 4LD0A 4IBNA 3NGZA 1QS4A 1BL3A 1LWFA 4OGEA 4PWDA 4F2RA 3LZIA 3V9ZA 2DFEA 3PX6A 5C25A 4N47A 2FBYA 3P5JA 4O4GA 1MU2A 1NK8A 3LWMA 1RT6A 3OYJA 3SQ4A 1Q9XA 1TVRA 2DFHA 3DI6A 2O4IA 3VQQA 2FBXA 1NJYA 4KRFA 3L3UA 1VSLA 4J2BA 4CJTA 3P1GA 4CJ3A 4W5OA 2HHQA 3JYTA 4CK2A 3BGRA 4DLGA 4LSNA 3VQ8A 3TAFA 3O3GA 2GV9A 3IRXA 4ICLA 1FKOA 4FJ9A 3KIOA 1UA1A 4FZYA 5CZ2A 1N6QA 3M8SA 1NJWA 3DRPA 4B8AB 4Q5VA 2Y1IA 3MEDA 4IDKA 4AILC 4B9UA 3V9WA 4CJVA 3OS0A 5FROA 2HB5A 4J2AA 4HCCA 3V9XA 1LAWA 4DSEA 2YNGA 1RTHA 3MEGA 3QO9A 4FJHA 3TWHA 1X9MA 1L3SA 5JS1A 2XY5A 4KI6A 4OLBA 4DTRA 1I39A 4EP5A 4PUOA 4I9LA 4N76A 1KLNA 1IH7A 2JLEA 3C94A 1C0MA 3OVNA 2YKNA 4AHCA 3V81A 3RR8A 4I2PA 4FZXC 3QERA 3AVAA 4M3UA 2YV0X 3MXIA 2RKIA 1TKTA 4MFBA 4Z4CA 3HXMA 1JL1A 1B9DA 1T05A 4GMJB 3VQ4A 2QKBA 4DTSA 1S6PA 2EX3A 4DTMA 1QE1A 3CYMA 3VQCA 5KTQA 1YVUA 1X9SA 2G8UA 4CEBA 3IAYA 1IKVA 1BCOA 4RG8A 3ZSZA 4CJFA 4ID1A 4CJRA 4YFUA 4UQGA 1NK4A 1D9DA 3K59A 1SKWA 4EZ6A 4N41A 4CJPA 1UWBA 3D0PA 2P51A 1WN7A 3ZSWA 3M8RA 2FBTA 1VK0A 4IKFA 4FXDA 3PO4A 3ZSOA 2HHSA 3HPOA 3CFOA 4FW1A 1RCHA 4KTWA 5HRSA 3SJJA 1SKSA 3C6UA 3DOKA 3RRHA 4CHQA 1GOAA 3HK2A 2KZMA 3NH2A 4KKOA 4CGHA 1IKWA 4BE0A 1BI4A 1C0TA 1XWLA 1RDAA 5FRMA 4BDZA 4KV8A 5KGWA 4CHZA 3HJFA 4CJEA 3QESA 1JLBA 3HO1A 2HHXA 1JLEA 4DWIA 1Q9YA 1IO2A 4CEAA 4KFBA 4CGJA 2AJQA 5DMRA 2IC3A 2ZD1A 3SZ2A 2E4LA 3VQBA 3DMJA 4AHTA 1YTUA 1U04A 3UIQA 4O44A 3TANA 4PQUA 4LH5A 4JS4A 1JLFA 3NH1A 2X6NA 3NGYA 4O0IA 2B4JA 3KK2A 3NF7A 3OS1A 3LAKA 3SQ1A 2FC0A 4DSJA 1TAUA 2GUIA 4M3RA 4F3OA 3OYLA 4DSLA 3LWLA 4IFYA 4BDYA 2R7YA 4EZ9A 2HVHA 1S1UA 5HP1A 4FJ7A 1S1XA 2QKKA 1UA0A 1L5UA 5DK5A 3ZCMA 2XY7A 4H4OA 3CFPA 4E19A 1C0UA 1BCMA 1HNVA 3NGIA 4KB0A 3QLHA 4E0DA 2XO7A 1JLAA 4RW4A 3QNOA 1RT1A 1S9EA 1HYVA 5KRTA 4AHRA 3V6DA 1XHZA 1U48A 2OA8A 3SCXA 2EHGA 4ELTA 4JRPA 2NUBA 4DFMA 1FKPA 1TKDA 1XHXA 3AVIA 4FLXA 2KW4A 2B6AA 2YNHA 1TK5A 5HRNA 2A1RA 1WSHA 4AHVA 3HT3A 4BACA 1DTQA 4CCHA 4HCBA 2OZMA 4CFCA 3SV4A 3K5LA 1HNIA 1KVBA 1Z26A 2E6MA 2Z1HA 1JLQA 3L3VA 4CE9A 3K5OA 3ZT2A 4CGDA 3LPTA 4M45A 5HBMA 4FJGA 3WNGA 4LH4A 1Q8IA 4CF0A 5J2QA 5HRRA 4CERA 4B08A 4DSFA 3QEXA 2P1JA 3SPZA 3H08A 1ASVA 3NF9A 3RWUA 1ZBFA 3IS9A 1IG9A 4CJQA 3L2WA 5SZTA 1WSGA 3VQAA 4FYDA 1RBTA 1DTTA 3SNNA 3AVNA 4B8CA 4IG0A 4R5PA 3C95A 4AHSA 4NYNA 4BE1A 3AA2A 4F4KA 3WNEA 3ASMA 3OYHA 2W42A 3RMBA 3PV8A 3PY8A 4M3XA 1L3TA 3VA0A 2HHVA 2Q3SA 3BDPA 3NF6A 2RPIA 3RRGA 3QEWA 3CM6A 4OKJA 2G8HA 3V4IA 4OLAA 1HYZA 3HP9A 1WNSA 3OYEA 2HHUA 3ZT3A 1EX4A 3K5MA 4RW8A 1RT7A 3QIOA 3LP2A 4G1QA 2BE2A 4DLEA 4Y1CA 1RDBA 4CGFA 2YHBA 3OYFA 1QHTA 3OYAA 4C8KA 4Q0BA 4GW6A 3DLBA 4CIGA 5E41A 2P5GA 2OPRA 4HUFA 2OPSA 2G8FA 3U6FA 2OPQA 2LSNA 3DLGA 4W5TA 1NKEA 1C1BA 3I0SA 3V9UA 5HROA 3NAEA 1TAQA 3HP6A 4M3WA 1RT4A 2ETJA 3NH0A 4FLVA 4CHYA 3EY1A 1ZBIA 2HHTA 1TGOA 3AVFA 1XI1A 1RT3A 1BIUA 1F21A 1WSJA 4K8ZA 1VSDA 3ZSVA 4J2DA 5JS2A 4FJIA 3V1RA 3AVCA 5J2MA 3S3NA 2HNDA 1L3UA 4FJLA 1RT2A 4RW9A 3FFIA 4CIFA 4CEQA 3L2QA 4Z4IA 2BGGA 4N5SA 4DU4A 1D9FA 3EYZA 1RNHA 1X1PA 1NJXA 2F96A 4M3TA 4H4MA 4H8KA 1FK9A 4HTUA 4ELUA 3DLHA 4KB1A 3KLHA 4O5BA 2HHWA 4E7JA 3DM2A 2OPPA 1LV5A 4DTJA 1VSMA 4DF4A 1NK0A 4KAZA 3E01A 4BWJA 1CXUA 1KVCA 5HLFA 4DSKA 2IOCA 4B9MA 2BDPA 3RMCA 1SL2A 3AO5A 2KFNA 2Z1IA 4KTZA 4DTOA 1HJRA 3MECA 3MXMA 2HVIA 4CEDA 3RMDA 2YKMA 3ZT4A 1BGXT 1T03A 4J2EA 5KGXA 3MAQA 2X78A 4QAGA 4JS5A 4E1NA 2G8VA 1JLGA 4N56A 4OPKA 1U4BA 1S6QA 1BIZA 1L3VA 4I7FA 3LZJA 3HYFA 4NCGA 4DFKA 4W5RA 4F2SA 4FCYA 1XC9A 1BHLA 1JKHA 4AHUA 3SI6A 3LP3A 3V1OA 1QSYA 4Z4GA 1S5JA 4W5NA 4DTPA 4CJ5A 1JLCA 4E7KA 1A5XA 4DQQA 1BQMA 1ASUA 4KO0A 4E89A 1B92A 2XY6A 4FK4A 3KD5E 3LPUA 3HPGA 3S3MA 1WSIA 1LWEA 1NK6A 2DY4A 1TKZA 4M3ZA 3AO3A 3B6PA 2WONA 4NCBA 3AV9A 4OVLA 3U3GA 4DFPA 3ZSYA 4DF8A 2KTQA 1RBUA 1Z25A 1WLJA 2I5JA 3AVBA 1QQCA 4CJSA 2OYQA 3S3OA 4B9NA 4MQ3A 1HYSA 4CJ4A 3DOLA 1C1CA 4FJ5A 1TV6A 4IG3A 2ATQA 4KI4A 1CXQA 1RT5A 3VQEA 3NHGA 4FJJA 4FJNA 3I8DA 2PYJA 3QEPA 4CK3A 4YNQA 1NKCA 1QSLA 3O3FA 3AA3A 2HNZA 3KD1E 1ITGA 5CYQA 4I9QA 3AVLA 4CJKA 4BE2A 1YTAA 3M8PA 1TL3A 3NF8A 4ID5A 3OJUA 2Z1GA 4C8OA 4KHNA 3QEIA 3K57A 1D5AA 3SPYA 3SUNA 3HSTB 5C42A 3PX0A 4E3SA 3ZSQA 2QK9A 1S1WA 4CK1A 5D3GA 1KTQA 1RBSA 3QIPA 4O0JA 1ASWA 3TAGA 4FLUA 4ZTFA 1LAVA 1KFDA 4CFAA 1HRHA 3VQ5A 1NK9A 3T1AA 2VWKA 4IFVA 3ITHA 4JLHA 4B9SA 1SL1A 1REVA 3DLEA 5CZ1A 5HRPA 1B9FA 3OYIA 3SUPA 1VRTA 4C8NA 2G8KA 4HHTA 1KSPA 1ZBUA 5KI6A 3DRRA 3V9SA 4KPYA 5FRNA 1WAFA 4CHNA 4OKEA 3VN5A 3ZT1A 3OYKA 4CF9A 4CEZA 1YT3A 2X74A 3G0ZA 4Z4HA 3K58A 1KFSA 3DRSA 3LP0A 4CESA 4EP4A 4W5QA 3SYZA 2F8SA 1T7PA 1EKEA 3AA4A 1JL2A 1G15A 3K2PA 3AVGA 4GVMA 3OYMA 3OYDA 2IS3A 3HVRA 4DG1A 1TKXA 5T7BA 3NCIA 4I2QA 3ULDA 1VSHA 4E7LA 4B9TA 3IG1A 2Y1JA 4KHQA 3VQ9A 1LW2A 1JXBA 2B5JA 2XRIA 2P5OA 1BQNA 5EU7A 3TI0A 1VSKA 3SUOA 1HQEA 3OJSA 1GOCA 4FK2A 4KTQA 3AVJA 2PZSA 1VSJA 3TABA 2YHAA 1BISA 3S9HA 5SWMA 1S1TA 1NK7A 1SKRA 4FZZA 4TSXA 1O1WA 3HVTA 3TAQA 4FM2A 1RDCA 1IKYA 3B6OA 3CM5A 3MXJA 3TAMA 1T8EA 1TK8A 4E7IA 3TARA 3TR8A 1NOZA 2IAJA 4FK0A 3HM9A 1WSEA 5KRSA 3THVA 4M41A 2KQ2A 3AA5X 3QINA 4ZTJA 2G8WA 1WAJA 4DU3A 4PA1A 1RILA 4CECA 3WNFA 1CZBA 2XY8A 4CGGA 4FM0A 1J9AA 2ITGA 2VG7A 4FJKA 2HMIA 4NCAA 1RBVA 4DQPA 3T3FA 1HMVA 4CFBA 1VRUA 3C6TA 3ZSRA 4CJLA 3L2RA 1ZBLA 4Z0UA 4PY5A 3HPHA 1NJZA 4O55A 3JSMA 3K5NA 1ZYQA 4C8LA 1KRPA 3OYBA 4JRQA 1WSFA 3RTVA 4CF8A 1ZBHA 3KTQA 2G8IA 1IKXA 1X9WA 3RR7A 3VQPA 2IDOA 2D0CA 1HQUA 3KLFA 1S1VA 3DLRA 3ALYA 4FJXA 3KLIA 2D0AA 1QTMA 4K8XA 3KKSA 2O4GA 3QETA 3KLEA 2A1SA 4DS4A 4RW6A 4CJWA 3QEVA 2ZE2A 4CHOA 3AVMA 4OKKA 3OYCA 1CZ9A 2PYLA 4M42A 3VQDA 3KK3A 4DQRA 5J2PA 1VSIA 4HUEA 4Y1DA 1J54A 4M3YA 4OJRA 4LSLA 4CEEA 3P83D 3O4QA 3NBPA 1GOBA 4DMNA 3LANA 2YNIA 3OYGA 2OZSA 4CF1A 1RDDA 3M8QA 3ZSXA 2WOMA 4C8MA 3LALA 4CJUA 1K6YA 3VQ6A 2VG6A 4Z4EA 3CQ8A 4QOZB 3F73A 3ISNC 1SV5A 4HUGA 4KREA 2D5RA 1HPZA 2VWJA 4XIUA 3L2VA 1VSEA 3AO1A 3MEEA 2KZZA 3L8BA 5I42A 1JXEA 2HW3A 2BANA 1R0AA 1C6VA 3LDSA 4DS5A 2ZQBA 3OY9A 1NKBA 2Z1JA 4B3OA 4FJ8A 3AVKA 2JGUA 3I0RA 3LP1A 1EXQA 1TL1A 5CY4A 4F3TA 4B9LA 3O4NA 4ZHRA 4FM1A 3WNHA 4FJMA 4AH9A 1QSSA 2VG5A 4KHSA 1KLMA 2DFFA 5J1EA 1DLOA 2DTUA 3O3HA 4DTUA 3RMAA 3VA3A 3EZ5A 4OGCA 3T19A 2YNFA 3VQ7A 3SQ2A 1N5YA 1S9GA 3QNNA 3D45A 2XHBA 1EP4A 4RW7A 2QXFA 4E7HA 3F9KA 5CYMA 3KJVA 3PO5A 2IGIA 1SL0A 1LW0A 1FXXA 3G10A 3HL8A 1I3AA 3AO4A 1RBRA 4E1MA 1UOCA 4ELVA 2X6SA 1U47A 1NK5A 4Z4FA 3KK1A 1NOYA 3OYNA 3TAEA 4DSIA 4FLZA 1C1AA 2RN2A 1A5VA 1J5OA 3OS2A 3SQ0A 2E6LA 4DFJA 4BDPA 4B9VA 2KFZA 4FLWA 1UAXA 2PY5A 1KVAA 4DQSA 3ZT0A 3LAMA 4LY7A 2RF2A 4WE1A 1VSFA 5C24A 3U3YA 3PUFA 4HVJA 5J2NA 5I3UA 1W0HA 1LWCA 4L8RB 3PX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KLG A;  4CGI A;  2GBZ A;  3CMA N;  3MKS B;  1FYZ E;  2P1P B;  5M1F A;  4A57 A;  4FLY A;  5F2R A;  3CXC M;  5ADX A;  1RTI A;  3CER A;  3V1Q A;  3L1N A;  3O5B A;  2HOE A;  4OPJ A;  4IXC A;  4F8R A;  2QWR A;  2O8D A;  4CHP A;  1W9H A;  2VQE K;  1GLJ O;  3UKU B;  1A5W A;  3AAR A;  2JPN A;  3FE1 A;  3NDK A;  3AO2 A;  3VER A;  4DU1 A;  2OTJ N;  4NLB A;  4B3R K;  1TUY A;  4NYF A;  3J80 O;  4F9O A;  3PX6 A;  3G25 A;  5C25 A;  2FBY A;  3P5J A;  3LWM A;  1RT6 A;  3L4I A;  3DI6 A;  3VQQ A;  2ZJP L;  3L3U A;  1VSL A;  4CJT A;  4W5O A;  1FZ8 E;  4L3Q A;  3D7E O;  3VQ8 A;  3O3G A;  3IRX A;  4WQ4 A;  3KIO A;  5CZ2 A;  1OKJ A;  3M8S A;  4AF1 A;  4B9U A;  4CJV A;  3OS0 A;  5FRO A;  4YOV A;  3THW A;  1LAW A;  2YNG A;  1JW2 A;  3GDQ A;  2XY5 A;  1OH8 A;  1FZ1 E;  1KLN A;  2JLE A;  1C0M A;  4NXN K;  4AHC A;  1IBM K;  1QQN A;  3SVI A;  4M3U A;  2YV0 X;  1K73 O;  4NB4 A;  4MFB A;  1MTY G;  1B9D A;  1T05 A;  1S6P A;  5FPD A;  4CEB A;  4MLE A;  1NMD A;  3ZSZ A;  1NGG A;  1NK4 A;  4N41 A;  4CJP A;  3D0P A;  2P51 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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