1ZBHA

3'-end specific recognition of histone mrna stem-loop by 3'-exonuclease
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
DFSDPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMLKESNFADSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDLMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPNCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna
molecule keywords 5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*
publication title Structural basis for 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease, a human nuclease that also targets siRNA
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 289
sequence length 289
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.720.30 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 SAP domain 1zbhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbhA02
3JSMA 2B6AA 3HXMA 3ASMA 1IKWA 4ZTFA 3RR7A 5J2NA 1WAJA 1WSGA 4DQQA 2X6NA 5KRTA 3SPZA 2QXFA 1RTDA 1ASWA 1S1VA 1KFSA 2JVWA 1RDDA 2OPQA 3T19A 4N41A 4M3TA 4FJKA 3NGYA 3FFIA 3HPHA 1ASUA 4G1QA 3JYTA 4PA1A 4XIUA 3NBPA 3TARA 3ZSOA 1RDAA 3D0PA 4CEDA 1TK0A 3IAYA 5C24A 2XHBA 1JLGA 1RTIA 3KIOA 3VQCA 4CJRA 4HCCA 2B4JA 3LANA 3AVJA 2Z1GA 4OLBA 4C8LA 4M3RA 3KJVA 4NYFA 3VA0A 1LWEA 3DLRA 4NCGA 3LZIA 4DTMA 1RT2A 3ZT0A 4FM1A 5E41A 4F2RA 3LP0A 2Z1JA 1C0UA 3CQ8A 1CXUA 3HO1A 4CIFA 1LW0A 4FYDA 2RF2A 3TAFA 1GOCA 3LWLA 3TAGA 1U49A 3QLHA 3ZSVA 1D9DA 4RW9A 4E1NA 4LY7A 1O1WA 4O55A 3VQDA 3SI6A 1NK4A 2GV9A 3AA3A 4Q0BA 4CE9A 1KCFA 1DTQA 1RBRA 4KHQA 3H08A 1TVRA 1TAQA 4H4MA 4CFCA 1WAFA 3C94A 4WE1A 4CFBA 3CFOA 4LH4A 4N56A 3AO5A 3DM2A 3KLHA 4FCYA 4DF8A 3D45A 3AO4A 3LP2A 4FW1A 4H4OA 3WNFA 1JL2A 2HNDA 2VG5A 4KFBA 1C1AA 4CEBA 4DG1A 3OYKA 1BI4A 3TANA 1EP4A 1IO2A 1Q8IA 3QIOA 5KTQA 3QNOA 1J9AA 4FZZA 4B3OA 1LV5A 1RT6A 3A2FA 1U45A 1WSJA 3OYNA 4CF2A 4BE2A 2DY4A 2HHTA 1JJRA 1UWBA 1Z25A 4MFBA 1C1CA 4BWMA 3OS0A 5I42A 1CZ9A 1KVAA 1LW2A 5J2PA 3LPUA 3ZSWA 3QIPA 4CJ4A 4PUOA 5D3GA 4CEQA 3C95A 4E7LA 3ITHA 3SUQA 4QAGA 3AO1A 3OVNA 3QNNA 2WONA 1LWFA 3AV9A 3NDKA 1NOYA 4CJUA 1Q9YA 2QKBA 3RTVA 1Z26A 3V1OA 3V81A 1KLMA 3OYAA 3AVGA 3V9ZA 1RCHA 3KK2A 2KTQA 1TKXA 2EX3A 2KZZA 2HNZA 4IG0A 4Z0UA 4KPYA 1YTAA 4CESA 1JXEA 4OKEA 3HPOA 3T1AA 1L3UA 3VQ7A 4IBNA 3KTQA 1JKHA 4DF4A 3RRHA 5HLFA 4FK2A 3WNHA 2FBVA 4DTUA 1JLFA 1KVBA 4B9MA 3HM9A 4DFMA 4CEAA 1RTHA 1SUQA 4N76A 1WSFA 2RNNA 2HVIA 4TSXA 4W5TA 4FXDA 2KVUA 4AHUA 2PYLA 3RRGA 3SV4A 4OGEA 3K5LA 3B6PA 4FLTA 1TGOA 3VQPA 5HBMA 4B9TA 1VSLA 4KRFA 4JRPA 1NJZA 3SQ1A 4UQGA 1FXXA 3M8QA 3M8SA 3K5MA 3O4QA 4J2BA 1KFDA 3UIQA 4KHSA 1C1BA 4DLGA 2G8WA 1UAXA 1ZBUA 1VSFA 3LPTA 3F73A 1TK5A 4N5SA 1NJYA 4KB0A 3LWMA 1ZYQA 1VSHA 4M3YA 1C0TA 1T8EA 1BHLA 2A1RA 2QK9A 4HUFA 3RMCA 4KKOA 5J1EA 2ATQA 3QEWA 5JS1A 1LWCA 3KKRA 4DFJA 1TL3A 5C42A 2XRIA 1U48A 1NJXA 5CYQA 2X6SA 3OYEA 3OS1A 3MECA 2G8HA 2PZSA 3QERA 4CGFA 1BQNA 3NGIA 3AVMA 1RBUA 4DSJA 1VSMA 4GW6A 4CF1A 4DTNA 2EHGA 1RT7A 4HHTA 3L2QA 3SV3A 1HMVA 4Y1CA 1B9DA 3PY8A 4K8ZA 2IOCA 3CM5A 3NHGA 4O0JA 3TAMA 2KFNA 1C0MA 5HRPA 4H8KA 2E6MA 4JS4A 3RR8A 4CF9A 2DFHA 2ZE2A 4KV8A 4O4GA 1A5XA 3AO2A 4CFAA 3NF7A 4FJ7A 2FBTA 1DLOA 1YT3A 4IDKA 2D5RA 1XWLA 4AH9A 5T7BA 3AVFA 1L3VA 2G8VA 1JXBA 1FKPA 2AJQA 4W5RA 4I2QA 1RDBA 1UA1A 4ELTA 3T3FA 3HT3A 2OPPA 1Y97A 2VWKA 3OYHA 1NKCA 1Q9XA 4OLAA 2HHWA 2P1JA 3NF8A 2JLEA 1YTUA 2HMIA 4CHPA 1G15A 4IFYA 3K57A 3WNGA 5J2QA 3RMDA 1S6PA 2DFEA 3V6DA 3C6TA 3EZ5A 2YNFA 1B92A 2X78A 3MEDA 1T03A 4CK2A 3V9WA 4F2SA 4KI4A 4B9UA 4DTSA 4OKJA 3ZSRA 4GMJB 4GVMA 3CYMA 3VQ8A 4CJQA 1KRPA 1YVUA 5C25A 1SKWA 1BCMA 1J53A 2O4IA 1UOCA 3NF6A 2IS3A 1NK0A 4LSNA 1H1JS 3LZJA 3SZ2A 4BITA 2ZD1A 2DFFA 3V1QA 2VG6A 4DLEA 3O3HA 3L2RA 1BIZA 4PQUA 2KZMA 4AHVA 4CIEA 4FM2A 3OYCA 2HHSA 4RG8A 4HTUA 4ZTJA 3TWHA 4CEZA 2RKIA 1MU2A 1KVCA 2YNHA 2FBYA 4BDZA 2BE2A 4CJEA 5HRSA 3CFPA 2XY5A 3KLGA 4F8RA 3NE6A 4FJNA 4RW7A 4M41A 2R7YA 1TK8A 4KTZA 4DTXA 3KK1A 3OS2A 1HYZA 1EKEA 4ID5A 3OYDA 4E7IA 3MAQA 1HNVA 3L2UA 1S6QA 1HYSA 3AA5X 4KHUA 1TAUA 4R5PA 3VN5A 1C6VA 2PY5A 4Q5VA 3NGZA 3L3UA 4E7JA 4DTOA 1N5YA 2YKMA 4EZ6A 4DS5A 4CEEA 4M3WA 2YNIA 2WQGA 1HNIA 3MXMA 2QKKA 5KGXA 4CEFA 2FC0A 4CGJA 4CHQA 4AILC 4Y1DA 1J5OA 4B9VA 3KD1E 4KHNA 1JLBA 1RBTA 1VRUA 4B8CA 2YV0X 1WN7A 4N47A 3ZCMA 4CJFA 4FLWA 1BQMA 3AVNA 4OKKA 3G0ZA 4CJVA 4DMNA 3HL8A 4C8OA 4ELUA 1W9HA 2BDPA 3RWUA 3K2PA 4EP5A 4BE1A 3S9HA 5CYMA 1HPZA 1I39A 1RNHA 3VQ9A 3OYJA 3M8RA 2KW4A 3HVRA 1RBSA 5CZ2A 4DQRA 1L3TA 4Z4FA 2YHBA 4I7FA 3WNEA 4AHSA 1X9WA 3SYZA 1NK6A 4DSKA 3SUPA 1WSHA 2HNYA 2D0CA 4B8AB 4KO0A 3K5NA 1ITGA 2OZSA 4KB1A 1JLCA 1JLQA 3CFRA 4FLXA 4NYNA 2HHQA 4RW6A 3S3MA 4J2AA 2GUIA 2IAJA 3U6FA 4B08A 3QO9A 3V9XA 2Y1JA 1BIUA 1X9MA 4FK0A 4C8KA 2P51A 2X74A 1TKDA 5HROA 1UA0A 4FJXA 4ID1A 2IDOA 3TI0A 2F8TA 1RT5A 4FLYA 3HP9A 4FJ8A 4CIGA 1RILA 1FK9A 3PO4A 3AVLA 4AHTA 1VSDA 2HHUA 3TAPA 4NCAA 3SQ2A 1ASVA 1F21A 4CHNA 5DMRA 1NK7A 2G8FA 2HW3A 1VRTA 3LAKA 3AA2A 4W5QA 3SNNA 3S3OA 4KTQA 3NF9A 3OY9A 1T05A 3TAQA 1QTMA 1QSLA 4M42A 4FJGA 4CFDA 4IKFA 3DRPA 1SKRA 2KFZA 4Z4IA 3ZT1A 1U04A 4LD0A 3K59A 2LSNA 3KD5E 2P5GA 2HVHA 4CGIA 4CCHA 4J2EA 3HK2A 3PX4A 3U3GA 5HP1A 4E3SA 4HUGA 4FLZA 3G10A 2F96A 1S1UA 3AVKA 4CJ3A 3PV8A 3C6UA 3LP1A 2NUBA 1R0AA 4YFUA 4EZ9A 1HRHA 4CEOA 3OYIA 1U47A 2VG7A 1CLQA 1NOZA 1RTJA 2RPIA 3O3GA 2W42A 3NCIA 3NFAA 4M3UA 5I3UA 3HPGA 1D8YA 4CJTA 3NH2A 3QEIA 4OGCA 1ZBFA 4O44A 3SPYA 1NK8A 2PYJA 4AHCA 4DTRA 1X9SA 1SV5A 3NH1A 4L8RB 3HSTB 4QCLA 1V66A 1KTQA 4FJJA 4DSIA 2HB5A 5FDLA 4CHYA 2D0BA 1A5WA 5HRRA 3VQ5A 5FROA 3AVHA 1TKZA 3VQQA 2O4GA 4F3OA 3L2WA 3QINA 4OVLA 4IG3A 1GOBA 2KVDA 1QHTA 3MXJA 1I3AA 1DTTA 4PY5A 4O5BA 4IFVA 3V1RA 4FK4A 3ZT2A 2OZMA 1TKTA 1QE1A 4HVJA 3BGRA 4B9NA 4E1MA 4M3ZA 2HHXA 4AHRA 4ICLA 3P1GA 2Q3SA 3KKSA 4LSLA 3HVTA 1XHZA 2RNOA 4B9SA 3DRSA 4C8NA 5SWMA 2XY6A 4BDYA 4NCBA 2BGGA 3V4IA 4CHZA 4W5OA 4DQSA 4DTPA 4E7KA 4KI6A 3IRXA 1IKVA 1RT4A 3CM6A 1TV6A 3OYFA 3VQEA 5KGWA 4CF0A 2F8SA 1EETA 1J54A 3VQ4A 3LDSA 1U4BA 1L3SA 4Z4HA 2OYQA 3AVIA 4HCBA 1QSYA 4DU1A 4FJ5A 1TL1A 4KTWA 4FJIA 1D5AA 2VWJA 3QETA 4RW8A 5KRSA 3KLFA 1VSKA 3ZSXA 1WNSA 4OPKA 3K58A 3THVA 3VQBA 1IKYA 3I8DA 4JLHA 2D0AA 3P83D 1WLJA 4FZXC 3ZSZA 3IS9A 4CERA 1QQCA 3I0SA 4CJKA 4J2DA 1QSSA 1L5UA 1BI4B 2E4LA 4HUEA 4UZWA 3ULDA 4DSLA 4W5NA 2YHAA 4DQIA 3LAMA 4B9LA 2KVEA 2I5JA 2GBZA 4YNQA 1SL1A 1EXQA 1WSEA 4M3XA 1RT1A 1BCOA 4DU3A 3OYBA 3SQ4A 1NKEA 1HQUA 3OJSA 3TABA 2P5OA 1S9GA 4CJPA 1XI1A 3L8BA 4DWIA 3V9UA 3F9KA 4F3TA 1HJRA 4CJSA 3AVCA 4O0IA 4DTJA 4E19A 3RMAA 3AVAA 3AA4A 1S1TA 4DSEA 4LH5A 3QEPA 2G8KA 2KW9A 2IGIA 3VA3A 3B6OA 4CECA 3KK3A 3QEXA 4CK3A 4DU4A 3DLHA 1WSIA 1S5JA 4MQ3A 3VQAA 2XO7A 1SKSA 4Z4EA 4CGGA 4DSFA 1BL3A 2BANA 4KHWA 5CY4A 3TAEA 3NAEA 1RDCA 1SL2A 5JS2A 3QESA 4BE0A 3NH0A 4DFKA 4FZYA 4E0DA 4ZHRA 3HJFA 3OYMA 2Z1IA 3O4NA 2KQ2A 2G8UA 2XY8A 1JL1A 3MEEA 4CF8A 2B5JA 4CHOA 3MXIA 4KHYA 1VK0A 3AVBA 2XY7A 4BDPA 4Z4GA 1IH7A 1JLAA 4EP4A 4CGDA 3KLEA 3DLBA 2DTUA 2Z1HA 1S1WA 3L3VA 3LALA 2A1SA 3L2VA 1ZBHA 5DK5A 1GOAA 3U3YA 4KAZA 3DLKA 3BDPA 3EY1A 5FRNA 1ZBIA 1BISA 4M45A 2G8IA 3SCXA 3EYZA 1NK9A 1CXQA 4KREA 1XHXA 2ETJA 3VQ6A 1IKXA 1S9EA 3RMBA 3DI6A 1BGXT 1VSJA 3HYFA 3ALYA 5J2MA 4JS5A 3ZSYA 4CK1A 1ZBLA 2ITGA 3DLEA 2OPRA 1VSEA 5SZTA 3M8PA 1T7PA 3PX6A 4FLVA 1K6YA 5K14A 1JEQA 4BACA 3OYGA 4E89A 4I9QA 1LAWA 4CJLA 3DLGA 4E7HA 1N6QA 3K5OA 5CZ1A 3ZT3A 1S1XA 3AO3A 1REVA 1RT3A 4RW4A 1HQEA 4FJMA 1CZBA 2JGUA 4I9LA 1EX4A 2OPSA 4FLUA 1HYVA 2HHVA 3V9SA 4DQPA 3OYLA 1JLEA 3SQ0A 1FKOA 3DRRA 1X1PA 3P5JA 2WOMA 4FW2A 4CJ5A 3PX0A 2ZQBA 5KI6A 4DS4A 2Y1IA 3DYAA 1B9FA 1D9FA 4F4KA 4CGHA 3E01A 4ELVA 1LAVA 2FBXA 1SL0A 4I2PA 3ISNC 3HP6A 4OPJA 3PUFA 3CG7A 3OJUA 1XC9A 1NKBA 4OJRA 3ZT4A 3KLIA 2OA8A 5FRMA 2YKNA 3TR8A 3SUOA 5EU7A 3I0RA 3MEGA 3SJJA 4FJLA 4QOZB 1QS4A 3LP3A 4PWDA 3IG1A 4C8MA 4Z4CA 4FM0A 1KSPA 4FJHA 1A5VA 2RN2A 1NJWA 3SUNA 3QEVA 4FVMA 1KLNA 3DOKA 4CJWA 2YNGA 4K8XA 5HRNA 3DOLA 1RBVA 1W0HA 3PO5A 2IC3A 3ZSQA 4DFPA 3DMJA 3S3NA 2E6LA 1VSIA 4BWJA 4FJ9A 1NK5A 3O3FA 1IG9A 4JRQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQYA 3FR0A 3ASMA 1QQNA 2JWLA 4BVPA 5C2DA 2X6NA 5KRTA 1VQ9N 1KFSA 2JVWA 3T19A 3BF1A 4N41A 4FJKA 4IOCL 3NGYA 4A2BA 1TUYA 2Q0RA 5M1KA 3L0OA 3J81O 3CCEN 3IAYA 2GTDA 4H5VA 3VF2A 4CJRA 4OLBA 3QBXA 4NYFA 3VA0A 2KFVA 3H1QA 3ZT0A 5FPEA 1C0UA 3E9LA 3CQ8A 1OH6A 2A5XA 1LW0A 1GOCA 1D9DA 3VMFB 1NK4A 1YJWN 3AA3A 4H4MA 3C94A 4WE1A 3ZX0A 3KLHA 1DGKN 4JD2B 4FCYA 2W6KA 1N8RO 3D45A 3AO4A 3WXKA 1JL2A 4DG1A 1C1AA 4CEBA 3D7EO 3QIOA 3TANA 3VGKA 1J9AA 3GBTA 4MO4A 4FVUA 2IVNA 1T6DA 2NRHA 4FZZA 1Y02A 4H5WA 1YJNN 4BR2A 1NU0A 4BE2A 4DR7K 4MO5A 1JJRA 1UWBA 2E20A 4MFBA 5I42A 1GKUB 3J8AA 5JVGL 3LPUA 3ZSWA 4C1NI 2P9UB 5D3GA 4BRPA 3QNNA 3AO1A 1GLAG 3OVNA 2WONA 4F9OA 4GKKK 4CJUA 1VQ6N 5GADP 1VQMN 1Z26A 3ATVA 3V1OA 3V9ZA 2HSTA 1TKXA 2HNZA 4Z0UA 1DT9A 2FF6A 5FPNA 4KPYA 1JXEA 1MWKA 3T1AA 2P9SA 1L3UA 3KTQA 5LMNK 5C10A 5HLFA 4FK2A 2FBVA 4DTUA 3MN9A 2NRZA 3HM9A 2P9LA 4B1XB 2ITMA 4GY2B 1VQON 4H03B 4W5TA 3PIPL 2IIRA 1HKBA 3G6EN 4FLTA 3B6PA 3VETA 3VQPA 4K25A 1RGIA 4BRLA 1XMOK 4UQGA 3M8SA 4J2BA 1KFDA 3UIQA 4NLCA 1C1BA 4JKBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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