3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
1ZXOA 4FWQA 3H45C 2QWNA 3CETA 5AZIB 3MN7A 4BR2A 5JLHA 5KQ8A 3VERA 3HTVA 4H5NA 1BU6O 2VCPA 1TUUA 3O1BA 5JICA 2NRHA 1WUAA 2ITMA 4H0VB 2GUPA 4BRCA 1NGGA 2KHOA 3UKUA 1C0GA 1U6ZA 3O6WA 2E1YA 3DWLA 4H5WA 3M6GA 4BRDA 4XH4A 3HSCA 3JS6A 4A62A 3LDOA 2FSNA 4BRIA 2DPNA 4H0PA 5AZJA 1KXPA 4IJAA 3QB0A 3U9ZA 4CZLA 4BROA 1SZ2A 3VF6A 2ASMA 3KZBA 4CZHA 3ULEA 3D2FB 4MLHA 3UKRB 4DQ8A 4IWVA 3ZETB 4FOIA 3U8XA 1X9JA 4WYBA 3BF3A 5AZIA 5I9EB 2V7ZA 1IG8A 3QBXA 1T6CA 3D7EO 4I6MA 5E84A 5BRHA 5EVZA 1YAGA 4FWRA 3WXKA 3O4WA 2YI1A 3R6MA 3L4IA 5AQTA 5BPMA 3EZWA 3LDLA 4BREA 3O5BA 2P9IA 1GLFO 3AAPA 5AQVA 1ATNA 1NGCA 1V4SA 3G25A 3CI5A 1NGJA 2GTDA 4H03B 3GL1A 5EXWA 3VEYA 2ZGYA 3W3DA 4BQZA 3WT0A 3H3OB 3GBTA 1S3XA 1QQNA 1QHAA 4MLEA 3GE1A 3BF1A 1CZAN 1H1VA 1IJJA 4BRPA 1E4GT 4CJ7A 4A2BA 1U2VA 2VWBA 1LCUA 1TYQA 5TKYA 1NWKA 3D2FA 1Y64A 3H1QA 4XEIA 1BWFO 1JCEA 3VENA 2P9LB 2YJEA 3MCPA 3ZETA 2FLOA 4B1WB 2EWSA 2BUPA 1NBWA 1NLVA 3EN9A 3M3ZA 2A40A 4A2AA 5EOYA 4BG9A 5AQJA 4BR5A 4M7XA 4H0YB 5LJVA 5EY4A 5F2RA 3EL2A 4BVOA 4H0OA 1MDUB 3KHYA 4FWMA 3CQXA 4DHYA 4EAHD 2V52B 4RWTA 3HM8A 1EQYA 2D1KA 3EKSA 4PKHA 3J8AA 3A5LC 4BR7A 3MK6A 4BC4A 4ISFA 3IFRA 4BQLA 5F1XA 2AP1A 4CBWA 4H0XB 3H6EA 3D2EA 3GOIA 5BPNA 4XH1A 4CZFA 3FE1A 3MDQA 2QWQA 2A3ZA 1BUPA 3VF4A 4EHTA 1ATSA 1NGDA 2HMPA 2Q0UA 3GG4A 3IDHA 2H3GX 2IVOA 1DEJA 3MMVA 3LM9A 3BUZB 2NZTA 5FPNA 1R59O 3LDQA 3VGLA 4BRAA 3CJBA 3VEZA 1KAXA 5BREA 5KPTA 3F9MA 4CZEA 3FGUA 4FO0A 4BVPA 4RTFD 1HLUA 1HPMA 5AQWA 3WUHA 2AA4A 3RSEB 4DB3A 4CZMA 1NGFA 1RFQA 2A6AA 1MWKA 3OHRA 3FZHA 2YHYA 2P9NA 2FF6A 3VPZA 5JLFA 2YJFA 5AFUA 3UE5A 1C0FA 4CD1A 2HF4A 3SMPA 1NGAA 3ENOA 5FPDA 3U4LA 3HI0A 2E1ZA 4JHDB 2E88A 1D4XA 4ISGA 4FWSA 4NO7A 1X3NA 2D4WA 3LDNA 4BRNA 3EKUA 3GDQA 1MWMA 2GELA 1K8KB 2P9UB 1LOTB 4QS7A 4CZKA 4BGAA 3QMLA 5AQYA 2QWMA 2P9SA 5KPRA 5AQLA 3ID8A 1Z6RA 3WQUA 3IUCA 2V7YA 3C0BA 1ESVA 4FSVA 3CERA 2QM1A 4JD2B 1Q18A 2P9KB 3CJ9A 1ZBSA 3FLCO 4AM6A 4BC5A 4B1ZA 1BOTO 2Q0RA 2E2OA 3O08A 3O1WA 2W40A 3IMXA 4HTLA 3A5MC 4FL9A 3AARA 4QS8A 4FWKA 3ZX0A 2IVNA 2QW9A 3BP8A 2E20A 2F9WA 1GLCG 3DXMB 4QS9A 5AQPA 4B1VA 1NGBA 4BRGA 3C7NB 5BRFA 4IJNA 3ZEUB 3AY9A 2WUSA 4MO4A 2Q31A 3CJAA 1BA1A 3UKRA 1RGIA 3DXKB 2P9UA 1BO5O 1HJOA 3CJCA 2P9PB 1JCGA 4BC2A 4JN4A 5AQIA 1HKCA 5ADXA 4Y0WA 1GLBG 2ZF5O 5BPLA 3B8AX 2CGJA 5AR0A 4CZIA 3O8MA 4IXCA 4BRMA 3R8EA 4CD3A 5CE3A 1HKGA 4J8FA 4L3QA 4BRHA 4CZGA 4K42A 5AQGA 5KPZA 3CJ7A 1HX1A 2PAVA 3SK3A 5AQHA 3C7NA 2A42A 2Q2RA 3QBWA 4O5FA 3O80A 5ADXH 2QWPA 2YCHA 3UKUB 1GLJO 2P9LA 4B1UB 3FR0A 3L0QA 4JAXA 3VEVA 3FZMA 4FPAA 4FWLA 3FFKB 1YVNA 5AZJB 2CH5A 3L6QA 2E2NA 4BRQA 1QZ5A 4CBXA 2E2QA 1YUWA 5AQZA 1ZC6A 4WQ4C 3A5OC 2HOEA 3EO3A 1T44A 3SLCA 3ULEB 2ZWHA 3MN6A 4HWIA 4BC3A 2GWKA 2FSJA 2E8AA 2D0PA 3WXJA 2QWOA 4CZJA 4EHUA 3I8BA 4C23A 5BN9A 4EFHA 3QFPA 1P8ZA 2Q36A 3FZLA 3LDPA 5AQOA 4BRLA 4BRKA 4I6MB 1QQOA 1MA9B 5KQDA 2QWRA 3S41A 3A8YA 2F9TA 5LJWA 2FSKA 3VESA 1HUXA 2A41A 1GLAG 2A5XA 3MN5A 1SQKA 4BR9A 2FXUA 2CGKA 5AQFA 3QICA 3VEOA 4BGBA 3UB5A 2P9IB 3SJHA 3MN9A 1NGIA 5LY3A 2UYTA 5AQUA 5FPEA 1E4FT 1QQMA 2E2PA 3A5NC 3VGKA 5AQSA 1BDGA 1XUPO 5AQQA 3M1FA 3R9PA 4NB4A 2V51B 4WQ5C 4GNIA 3SMSA 3AAQA 5AFUH 4B1XB 1V4TA 4FPBA 3LL3A 1U2VB 2Q1NA 4JNEA 3RSEA 1TYQB 4B1YB 3P4IA 1GLEG 4M7YA 4F9OA 3HZ6A 2QWLA 2HF3A 2IVPA 4DCHA 3WXIA 3ENHA 4PL7A 4H5TA 2YHWA 2NLXA 5JMVA 2I7NA 4K43A 5ELZA 3A0IX 1Z05A 3FZKA 1SAZA 4YDUA 4M63C 3CHWA 3HBTA 4RCHA 5E26A 4AM7A 5EX5A 3DJCA 2CGLA 4K25A 4WQ4A 1DGKN 4ISEA 4JHDA 1GLLO 3H3NO 1G99A 3TPQA 1WOQA 3VEXA 3CJ1A 4PKGA 5BN8A 2ASPA 4FWOA 3ATUA 2ASOA 3QDKA 1K8KA 2W41A 4LC9B 3BEXA 2QXLA 3D2EB 3VETA 3VOVA 4IO8A 1NGEA 3ZX2A 4BR0A 4GY2B 2I7PA 4IZ9A 1HKBA 3TU5A 4JD2A 4BRFA 2P9KA 4CI6A 3KVGA 1KAYA 4B9QA 2D0OA 5AQRA 4FWPA 1OKJA 4MO5A 4Z94A 5AQNA 1QZ6A 1KAZA 3WEEB 2FF3B 3WXLA 3LM2A 1YXQA 4K41A 4WQ5A 1TUYA 3I33A 3QFUA 1JCFA 3VGMA 4H0TB 1BG3A 3H1VX 2Q97A 3DXMA 4O8KA 3WQTA 3DAWA 2GWJA 2VYPA 5AQKA 3VEWA 3ZEUA 4FWNA 4BR4A 2CH6A 2OANA 1ATRA 1NGHA 4EIAA 3H46O 4PL8A 3U9DA 1XC3A 3DXKA 1RDWX 4CBUA 5BRDA 2P9NB 4H5VA 2GEMA 1J6ZA 4A61A 3JXUA 3ZX3A 1NMDA 3FZFA 1T6DA 2P9PA 2J4RA 5AQMA 1XQSC 4KBOA 2IIRA 4BG8A 3VF2A 5B8HA 2ZGZA 3W0LA 4YDUC 3CQYA 5FPMA 1DKGD 5F0XA 1X3MA 4PKIA 2YHXA 3ATVA 5AQXA 4XH5A 1NM1A 1GLDG 2PBDA 3CIPA 4E1JA 4FOEA 1BA0A 2BTFA 5BR9A 2P9SB 1S22A 4H5RA 3WEEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWCA 1I6FA 5AZIB 3CETA 1RDAA 2HMIA 3HYFA 4RG8A 3NF7A 3Q7BA 1C0TA 2NRHA 2ITMA 1ASUA 1ZYWA 3C6AA 4CGFA 1KD1O 1C0GA 3O6WA 2E1YA 4H5WA 4BRDA 4NYNA 3S3NA 3RR7A 1N8RO 2Q3SA 1SL0A 1J54A 3T1YK 1BQNA 3HP6A 1BQMA 4LY7A 3K5OA 4B8AB 4CGJA 3P5JA 3QB0A 4CZLA 3VQPA 4BROA 1KRPA 2RE2A 3VF6A 4CFCA 2ASMA 4HHTA 2A7TA 4IDKA 3UKRB 3PX4A 2KLAA 4A5BA 4IWVA 2BE2A 4V1DC 4CEBA 3OYNA 3THWA 1U47A 4B9TA 3HRGA 3S3OA 1U04A 2BDPA 1X9JA 4JI5K 2A1SA 3BF3A 3BDPA 5I9EB 4YOXA 1IG8A 4FZYA 3HL8A 3LP0A 4W5OA 5EVZA 4FWRA 1VQ9N 3DI6A 4DTUA 3O4WA 1ZBUA 5LL6Z 3KLGA 5BPMA 3VQCA 1SEGA 3JYTA 3O5BA 5SZTA 3KHWA 4FJ8A 2P9IA 3AAPA 4CHPA 5MLCQ 5LMUK 3G25A 1AHOA 3CI5A 3GL1A 1QQCA 5GAEP 5EXWA 4DF8A 5BREA 4K8ZA 3WT0A 1I2VA 1QVFM 2WONA 1RBVA 3CCMN 5JENA 1CZAN 1H1VA 3E9LA 4YHHK 4DR1K 1E4GT 4CJ7A 1RTJA 1IH7A 4FM0A 1WSGA 1JXCA 1Y64A 3IAYA 1BWFO 2P9LB 3ZETA 2FLOA 2BUPA 4ILJA 1VSFA 3M3ZA 3B6OA 3HM9A 1J5OA 4M7XA 1RTDA 4LSLA 4ICLA 5A2QO 5LJVA 5EY4A 3KOWA 1VSJA 3CC7N 1MDUB 4FWMA 2YNIA 4EAHD 1NOZA 2E0HA 1FW6A 4FJ7A 3A5LC 1RT5A 4C8LA 1VQMN 1YTUA 4ISFA 3AVBA 4ELUA 2HBMA 5F1XA 2AP1A 4H0XB 1KV0A 4M3ZA 3D2EA 1L3UA 3CCUN 3F5TA 3VA3A 4CZFA 2A3ZA 1HYVA 3VF4A 5JVGL 4F2RA 4IFVA 1ATSA 3AGRA 3AV9A 1WSEA 5J2PA 4F2SA 1NGDA 4F3OA 3QNNA 2KSKA 2HBKA 3IDHA 4PUOA 2G8UA 3MMVA 3LM9A 4DV6K 4YOUA 3BUZB 2IAJA 2NZTA 4CEDA 5FPNA 3LDQA 4CJQA 1RBTA 3CJBA 4AEIA 3AO2A 3THXA 2HHHK 3F9MA 2ITGA 3FGUA 4RTFD 1HLUA 4HUFA 3TARA 1G15A 1JXBA 1BK8A 4JK7A 4C1NI 4DB3A 1T7EA 1YITN 4CZMA 1DTTA 2E4LA 2O8EA 3NGYA 1NJWA 1C1CA 2B3CA 2FF6A 3VQ4A 2YJFA 3SQ1A 2GMOA 4CD1A 1BCGA 1NGAA 3OS0A 3PSIA 3U4LA 1B7DA 3NH0A 2NRVA 4K8XA 1D4XA 3NMUA 4JI6K 3CFOA 1MWMA 1K8KB 2P9UB 3OS2A 4BGAA 4C8NA 3QINA 1SV5A 4NYFA 1W7AA 3AVIA 4DUYK 3I0RA 4DV0K 2Z1HA 3WQUA 4DTNA 1ESVA 2QM1A 4O5BA 1NRAA 4CFBA 1S6QA 4DSFA 4DFJA 4C8KA 1P00A 4JI0K 1BL3A 1TKXA 1Q86O 4JI7K 4GV9A 1FH3A 2KBHA 1HNVA 4FJKA 1OH7A 4HTUA 4DTRA 3VQ6A 5BRFA 1NGBA 3C7NB 1SKRA 4K0KK 3DLGA 3M8RA 2WUSA 2Q31A 3KLIA 1BA1A 2VWKA 4CF1A 4OPKA 2QXFA 4KI4A 3QEXA 5KI6A 4DSKA 2P9PB 1JCGA 4JN4A 2N66A 1RT7A 3RRGA 4KO0A 3SQ0A 4FLUA 1NK7A 2ZF5O 1S5JA 2NY9X 4DFPA 2YILA 2O8CA 3ZT0A 4ID1A 5AR0A 3SQ4A 1NK8A 3ZLJA 4JKGA 3ZSVA 5CE3A 4JLHA 1RT4A 1BRZA 4O55A 1HKGA 4I2PA 4BRHA 3O9TA 1U45A 1HNZK 3F73A 3LP3A 4N5SA 1ASVA 4MDAA 1HX1A 2PAVA 4DWIA 1VQLN 2D0AA 2JLEA 2Q2RA 3CYMA 3O80A 5KGWA 1NH5A 3GKUA 3AGKA 4B1UB 3QETA 3FR0A 4JAXA 3C94A 5CR4A 1M1KO 1BISA 4NLBA 3JAMO 5HRNA 3HK2A 4ILHA 3V1QA 2HVHA 3MX5A 4Q5VA 1YVNA 5AZJB 3EE8A 3LPUA 5AQZA 1UA0A 4WQ4C 3DLHA 2ZWHA 2X6NA 1SKSA 2GWKA 2WFBA 4CZJA 4EHUA 5JS1A 4C23A 5BN9A 3J80O 3KJVA 4G1QA 2ZM6K 1N33K 2P5OA 4O44A 5KQDA 2E3FA 1U4BA 1TKZA 1TGOA 3A8YA 4KH5A 2YHBA 2FSKA 3VESA 1HUXA 2A41A 1GLAG 4BR9A 3LP2A 5AQFA 1O13A 4CHYA 3MWTA 1VQ7N 3PX6A 4BGBA 4LFCK 3LAMA 3SQ2A 3A5NC 5GAHP 5AQSA 1CN2A 1RTIA 4DV7K 1T0ZA 1JKHA 4WQ5C 4GNIA 3MXIA 4B1XB 1NPIA 2NRZA 4FLXA 4FPBA 3CFPA 1MYNA 3MEGA 2Z1IA 5J2QA 2N69A 1KLMA 3E9OA 3HZ6A 4FK4A 2QWLA 2P1JA 2IVPA 3C6UA 4H5TA 1Z05A 3FZKA 2C1IA 4BY9C 1SAZA 4CK1A 3PY8A 3BZCA 3O4NA 1EP4A 5EX5A 4ILGB 4WQ4A 2VY6A 1GLLO 3H3NO 2LR3A 1NJXA 3VEXA 1T7PA 4I9QA 3CJ1A 4FLZA 2W6KA 4DS5A 1KLNA 3RMAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LWC A;  1I6F A;  5AZI B;  3CET A;  1RDA A;  2HMI A;  3HYF A;  4RG8 A;  3NF7 A;  3Q7B A;  1C0T A;  2NRH A;  2ITM A;  1ASU A;  1ZYW A;  3C6A A;  4CGF A;  1KD1 O;  1C0G A;  3O6W A;  2E1Y A;  4H5W A;  4BRD A;  4NYN A;  3S3N A;  3RR7 A;  1N8R O;  2Q3S A;  1SL0 A;  1J54 A;  3T1Y K;  1BQN A;  3HP6 A;  1BQM A;  4LY7 A;  3K5O A;  4B8A B;  4CGJ A;  3P5J A;  3QB0 A;  4CZL A;  3VQP A;  4BRO A;  1KRP A;  2RE2 A;  3VF6 A;  4CFC A;  2ASM A;  4HHT A;  2A7T A;  4IDK A;  3UKR B;  3PX4 A;  2KLA A;  4A5B A;  4IWV A;  2BE2 A;  4V1D C;  4CEB A;  3OYN A;  3THW A;  1U47 A;  4B9T A;  3HRG A;  3S3O A;  1U04 A;  2BDP A;  1X9J A;  4JI5 K;  2A1S A;  3BF3 A;  3BDP A;  5I9E B;  4YOX A;  1IG8 A;  4FZY A;  3HL8 A;  3LP0 A;  4W5O A;  5EVZ A;  4FWR A;  1VQ9 N;  3DI6 A;  4DTU A;  3O4W A;  1ZBU A;  5LL6 Z;  3KLG A;  5BPM A;  3VQC A;  1SEG A;  3JYT A;  3O5B A;  5SZT A;  3KHW A;  4FJ8 A;  2P9I A;  3AAP A;  4CHP A;  5MLC Q;  5LMU K;  3G25 A;  1AHO A;  3CI5 A;  3GL1 A;  1QQC A;  5GAE P;  5EXW A;  4DF8 A;  5BRE A;  4K8Z A;  3WT0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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