3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
1S3XA 3WXLA 5AQRA 2Q0RA 1S22A 3LDPA 5BN8A 3CI5A 4EFHA 4BRIA 3QICA 2ZF5O 1QQNA 2QWNA 5AQYA 2E2PA 3LDOA 2Q97A 3A5LC 2IIRA 1ZC6A 3WT0A 1ATRA 4BC4A 4FPBA 3R6MA 3O1BA 1ZXOA 4H0YB 5BRHA 5BRFA 1KXPA 3GE1A 1MWKA 3U9ZA 1LOTB 4IXCA 4J8FA 3W3DA 2HOEA 1ATNA 3A8YA 1GLDG 2P9NA 4PKHA 3L4IA 3M6GA 4CZIA 4IWVA 4CD1A 4CZKA 4DCHA 4BGBA 5E26A 2QWOA 5AQMA 2E8AA 4RWTA 2P9IA 4A62A 5AQLA 3GG4A 4BREA 5LJWA 2QXLA 2Q0UA 3VEYA 2Q1NA 4BVPA 3GDQA 3DAWA 1QZ5A 3CJBA 4H5VA 1NGHA 4FWPA 1OKJA 4FL9A 3ZETB 4CD3A 3SMPA 4H5WA 4BRMA 3VPZA 4BRCA 3FR0A 5E84A 4BC3A 4K42A 2QW9A 4FWNA 2Q36A 3IFRA 2P9UB 3LM2A 3MK6A 4O8KA 2VYPA 3QBXA 2HF4A 4CBUA 4B1YB 1U2VA 5AZIB 2P9KB 4K25A 4NB4A 1WUAA 4F9OA 3ZEUA 5EXWA 3H3NO 3WQUA 2ASMA 4BRQA 4JNEA 4HTLA 2W41A 3I33A 3C0BA 1YXQA 3U4LA 4EHTA 3CJ7A 2D0PA 2E2NA 1NMDA 4WYBA 3MN6A 2E88A 4GNIA 4A2AA 1G99A 2V52B 1Z6RA 3EKSA 1BUPA 2P9IB 5AQNA 3L0QA 2GWJA 1BO5O 2F9WA 5I9EB 4FWRA 4CZHA 2ASOA 4K43A 3G25A 1NGGA 3UKUA 1ESVA 5FPNA 3A5MC 4BQZA 3WQTA 2I7NA 1HLUA 1C0GA 5LY3A 4CZLA 4FPAA 4IJAA 2E2QA 3ATUA 3CERA 3DXMA 1SAZA 3MMVA 2YCHA 1HKBA 3ULEB 3O4WA 3HTVA 3VGLA 3RSEA 2KHOA 1GLCG 3KVGA 4JHDA 5EOYA 5FPMA 2ITMA 4YDUA 3R8EA 3HI0A 1T6CA 5FPEA 4M63C 1KAYA 1QHAA 4XH5A 2CGKA 3O5BA 3C7NA 1HPMA 4Y0WA 3W0LA 2E1ZA 3VGKA 2D0OA 5AQHA 1BU6O 5AQGA 3H1VX 4YDUC 1NLVA 3UKRB 4PL8A 3VEXA 3H1QA 3HM8A 3D7EO 4RCHA 1Z05A 5AQWA 3IMXA 1RGIA 4EAHD 1X3MA 2A3ZA 5F0XA 3MN5A 2VWBA 2A40A 4DQ8A 4B1WB 5AZJB 1BDGA 4BRKA 1Y64A 3CETA 3VF2A 4H0TB 5BN9A 1T6DA 4BR7A 2QM1A 2YI1A 1DGKN 2YJFA 2CGLA 2YHWA 5AFUA 5BRDA 1K8KA 2YJEA 2IVPA 4BVOA 3IDHA 3LM9A 3BUZB 2HMPA 3TU5A 5AQQA 3SMSA 2WUSA 3EZWA 5AFUH 2F9TA 4JAXA 4B9QA 4PL7A 2IVOA 4M7YA 4Z94A 2A42A 5TKYA 3U8XA 2A6AA 2PAVA 3SJHA 1TYQA 1GLEG 5ELZA 4CJ7A 4B1ZA 4DHYA 4ISFA 3BF3A 3GL1A 5ADXA 1IG8A 1XUPO 3VETA 2Q31A 3D2FA 3VOVA 3HBTA 3P4IA 3DXKA 1BOTO 5ADXH 5AQSA 3FZLA 3FZMA 2E2OA 4LC9B 4MO5A 4MLHA 3GOIA 3CJCA 2CGJA 4I6MA 4BRPA 3ATVA 2UYTA 1JCGA 4CI6A 4JD2A 3H45C 1RDWX 5KPZA 4M7XA 3EN9A 3VEVA 1NGBA 2P9PA 5EVZA 4BG9A 2V51B 4CZFA 2QWQA 4FWLA 3FFKB 3O8MA 4FOIA 2NZTA 5JICA 5EY4A 3FZHA 2QWLA 2E20A 3QBWA 4BRGA 3F9MA 4PKIA 5AQTA 2AP1A 3WEEA 4H5RA 2V7YA 5AR0A 2QWMA 3LDNA 4FWKA 4K41A 2P9NB 4H0PA 4MO4A 1V4TA 5AQOA 3VEWA 3H46O 2IVNA 3D2EA 2QWPA 3H3OB 5AQUA 4XH4A 2NRHA 2E1YA 3MCPA 1YAGA 3O1WA 4ISGA 3WUHA 3QDKA 1NBWA 1R59O 2ZWHA 2CH6A 2YHYA 3ZX0A 3WXKA 4QS9A 4JD2B 4B1VA 2P9LA 3GBTA 3QB0A 2QWRA 1HKCA 3CQYA 4FWMA 5CE3A 1P8ZA 2AA4A 1H1VA 5LJVA 1U2VB 3UE5A 2P9SA 3M1FA 4CBWA 5AQVA 1HX1A 3SK3A 2GUPA 4BRHA 1NGIA 3ZEUB 3QFUA 1BG3A 3LDLA 3J8AA 4H0VB 4CZJA 3HSCA 3VF4A 1E4GT 2GWKA 3UB5A 4WQ5A 3AAQA 2DPNA 2GTDA 4ISEA 4XEIA 4QS8A 1U6ZA 1GLJO 5KQDA 1HUXA 4EHUA 1QQOA 2FLOA 2V7ZA 4O5FA 4CZMA 5JLHA 3UKUB 1LCUA 4CZEA 1KAZA 4HWIA 2FSNA 3CQXA 4WQ5C 2Q2RA 2BUPA 4BROA 1ZBSA 3VERA 1JCEA 1TUYA 3DXMB 1YVNA 3AAPA 1DEJA 1JCFA 4H03B 1X3NA 3RSEB 2FSJA 1NM1A 3ZX3A 4JHDB 3VF6A 1NGJA 3AARA 4H5NA 3OHRA 1YUWA 1SZ2A 3C7NB 1XC3A 3KHYA 4WQ4A 3ENHA 3ZETA 4KBOA 3QFPA 4BR4A 1NGAA 5EX5A 4BR2A 4BRLA 5BPNA 3S41A 4FWQA 3B8AX 1D4XA 1X9JA 3BP8A 5AQPA 3CJ1A 3R9PA 2P9UA 2YHXA 3O80A 2FXUA 4GY2B 4FOEA 3LL3A 1NWKA 4WQ4C 1RFQA 3L6QA 5AQIA 4BGAA 5AZIA 1TUUA 2P9KA 5BPMA 5AQXA 4BRNA 4A61A 3IUCA 3O6WA 3VGMA 3ENOA 5BPLA 4FSVA 2GEMA 1NGEA 1ATSA 3FZKA 3ID8A 3U9DA 1MWMA 3MN7A 3FLCO 3MN9A 3KZBA 4BR0A 1DKGD 1J6ZA 1K8KB 3O08A 3VENA 1BA1A 5FPDA 4DB3A 1HKGA 1E4FT 2EWSA 3AY9A 3VEZA 5AQKA 3MDQA 4B1UB 3EO3A 1BA0A 4EIAA 4FWSA 3BEXA 5AQFA 4FWOA 1CZAN 4H0OA 4H5TA 3TPQA 4AM6A 1V4SA 1TYQB 3FE1A 2W40A 3SLCA 5F1XA 4BG8A 1NGCA 1QQMA 5JLFA 3D2FB 4IZ9A 1IJJA 3A0IX 4H0XB 4BC5A 5KQ8A 1NGFA 1WOQA 4FO0A 2FF6A 3FZFA 2J4RA 3A5NC 5AQZA 3DXKB 4XH1A 3ULEA 3LDQA 2I7PA 4I6MB 4A2BA 2FSKA 4BC2A 3CJAA 3QMLA 4B1XB 3I8BA 3M3ZA 3VEOA 3H6EA 2VCPA 1GLBG 1Q18A 5BR9A 3CHWA 2P9PB 4CZGA 2D4WA 2PBDA 4CBXA 4BRFA 4L3QA 3DWLA 3CIPA 3WXJA 4NO7A 3UKRA 2GELA 1GLLO 4RTFD 5F2RA 3WEEB 4AM7A 5KPTA 1XQSC 3DJCA 2A5XA 3ZX2A 5AZJA 4MLEA 1EQYA 2NLXA 4E1JA 3D2EB 4C23A 2A41A 5KPRA 1QZ6A 5JMVA 3EL2A 4IJNA 2BTFA 4BR5A 2HF3A 2CH5A 3WXIA 3JS6A 4BRDA 5AQJA 4QS7A 4JN4A 3FGUA 5B8HA 2FF3B 4BRAA 2ZGZA 1GLFO 1KAXA 1NGDA 3JXUA 3CJ9A 2P9LB 3HZ6A 2ZGYA 2D1KA 3BF1A 1MDUB 2OANA 1HJOA 2H3GX 1MA9B 4BR9A 4IO8A 1T44A 3A5OC 3VESA 1GLAG 4PKGA 3EKUA 4BQLA 2P9SB 1C0FA 5BREA 1SQKA 1BWFO 2ASPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXLA 1NK7A 1YJ9N 2KZZA 3CI5A 3P83D 4ILGB 3T1HK 4OX9K 1IBMK 2ZF5O 4JEPA 1DT9A 2E2PA 3MXJA 3OYIA 3HVRA 2Q97A 4CJLA 4LF9K 4CQKA 1VSMA 2RE2A 3AVIA 3P38A 1TAUA 4BC4A 4UJ0A 3T69A 3U9ZA 1C0UA 1PTXA 4UADE 4GVMA 1N6QA 4M3TA 2HOEA 1JLEA 4MDBA 3A8YA 3L4IA 3S5TA 3N4QA 2OPRA 3ZSQA 4KKOA 2QWOA 1TL1A 2E8AA 3DRSA 4CGFA 4CE9A 1GOCA 4M3XA 2P9IA 4UY8O 5IT9O 5AJ3K 5M1PA 3GG4A 2JDQD 1VSLA 2WOMA 5CYQA 3VEYA 2VGNA 4M3WA 2Q1NA 3TAEA 2HHVA 3DAWA 3CJBA 1NGHA 1RT6A 3VPZA 4BRCA 5E84A 3R3LA 4ILJA 1QSLA 3CCSN 2KBJA 4DLGA 4UQGA 1E3MA 4O8KA 2UUAK 3QBXA 2F8TA 4CBUA 1U2VA 4B9TA 3L8BA 5C10A 3RTVA 4K25A 1QS4A 4IO9L 4FLVA 1S9EA 3OYCA 4F9OA 1RTDA 3KD5E 1JL2A 3WQUA 5KK4A 4DV0K 1PX9A 4KTWA 4CGDA 3NVKA 1BHLA 3U4LA 3CJ7A 2D0PA 3OYGA 1RT7A 2O8DB 4CHNA 4M42A 3ZT3A 3K0SA 2B5JA 3PX0A 3EKSA 4YOVA 2GWJA 3IS9A 3L2VA 3TR8A 1JXBA 1ESVA 1RDAA 2O8FB 3MWTA 4LFBK 1N33K 1HYSA 4CJ3A 4OKEA 4CZLA 3NGZA 4FJ7A 5FRMA 2KLAA 1HKBA 5FDLA 3D45A 3HTVA 1TVRA 3PIPL 3TAQA 4JHDA 5EOYA 4JI5K 3R8EA 1KAYA 4FZYA 3S3OA 2WTUA 2CGKA 4B9VA 4I2QA 4CERA 4KHPK 2E1ZA 5K14A 2YILA 2D0OA 1BU6O 1WSJA 4ZTJA 4IEEA 3D7EO 4RCHA 4Z4HA 1C55A 4FXDA 1XMOK 3O9QA 3SUOA 1BCMA 3KOZA 2YNGA 4DQ8A 3OYJA 2KGQA 4KFBA 4E1NA 3VF2A 4IBNA 5BN9A 3AGRA 3ASMA 2QM1A 5CY0A 3C94A 3M8SA 1BGXT 2YHWA 3AVBA 1VSFA 1K8KA 3KK2A 4FW2A 5MLCQ 3NH0A 1JLBA 3TU5A 1WBBA 4CHQA 2WUSA 5AFUH 3CMEN 4PL7A 3F73A 2IVOA 3CFPA 2A42A 1LQQA 1VQ8N 4WFNL 4CEQA 4ID1A 4GV9A 1KSPA 1JL1A 3HT3A 4HE7A 4ISFA 3BF3A 1VQ6N 4CK2A 3GL1A 1RT3A 4DTUA 3VETA 1T7PA 1KLNA 4LF8K 3D2FA 4CF2A 2X78A 4KH6A 3VOVA 1NJWA 1KCFA 3FZMA 4AHSA 3CJCA 2Z1HA 3P1GA 1JKHA 2ZQBA 1RDWX 3G71N 1C56A 4CEBA 4BACA 2QWQA 4FOIA 4JLHA 3ZT4A 3FZHA 4CECA 3QBWA 4BRGA 4F8RA 2AP1A 4H5RA 2JGUA 3O9RA 2YIPA 2ATQA 1BI4A 2E6MA 3BK3C 3AVAA 3OYDA 3AV9A 2I61A 5AQOA 3E7RL 3VEWA 2IVNA 2D56A 2OA8A 1ZVEA 1A5WA 3DLKA 2QK9A 3VQDA 5H1SQ 3MCPA 2E5LK 2BDPA 3QDKA 4O4GA 4JRPA 2QKBA 4OPJA 3AO5A 3CCQN 4B1VA 4DFPA 1XWLA 3OW2M 1VAZA 4DV7K 3CQYA 4YOWA 5CHIA 3KWIA 4NLBA 1P8ZA 2LSNA 2NRWA 4ELUA 4B9NA 1RDDA 5CR4A 3UE5A 4IKFA 3IG1A 3DLEA 1ZVGA 1NK9A 4Y1CA 3JAMO 1HX1A 2GUPA 1B9DA 3S3NA 4CFAA 3ZEUB 1BG3A 1RBUA 4PWDA 3L2RA 3SI6A 1X9WA 1YHQN 3PSMA 3SAGA 2FBXA 1K8BA 3UB5A 1S6QA 2DPNA 4BWMA 4QS8A 1NKBA 3CC2N 2A7TA 1KVAA 4LFAK 3NCIA 3C95A 1GLJO 5KQDA 1HUXA 3ZSOA 4EHUA 2P5OA 1QQOA 4O5FA 5JLHA 3UKUB 3CXCM 2G8WA 3E7UX 3TAPA 2PYJA 3QEIA 4DS5A 5GAEP 5TKWA 1ZBSA 1VSDA 1Q82O 4AHVA 2IOCA 3QERA 1P00A 1X3NA 3NGYA 4IG3A 3RSEB 3KKRA 2LJMA 4AILC 4O44A 1RTHA 3V81A 4Z4FA 2E4LA 1XC3A 3KHYA 1LV5A 1I2VA 1KVCA 1NGAA 1NK8A 4B3MK 1N4NA 1JKZA 4BRLA 3T1YK 1CHZA 4KTZA 3S41A 3CCRN 5KTQA 3L2UA 3ENBA 5AQPA 3R9PA 4W5TA 1WB9A 5T7BA 4R79A 5JS1A 3QEWA 1NWKA 2PZSA 3QEXA 5AQXA 4A61A 1RTJA 4HHFA 2HHTA 5BPLA 2O4GA 3AVHA 1JLFA 3HK2A 5JS2A 1ATSA 3ID8A 3SUNA 1T8EA 3HRGA 4MFBA 1MWMA 1JZBA 4JKEA 3M8RA 2O8DA 3O08A 4TSXA 3J80O 2KBHA 2D5RA 1WT7A 1S1UA 3E66A 4B1UB 4JS4A 3HYFA 1BA0A 4EIAA 4DSFA 5AQFA 3S9HA 2R7YA 1CZAN 4B9MA 4M3YA 4H0OA 2MN5A 2F4VK 2O8FA 1CN2A 3AVGA 3UIQA 5F1XA 3LAKA 4E19A 4B9SA 3K59A 4BC5A 3A0IX 3KOXA 4GVEA 1WOQA 2BH1A 3FZFA 3PSFA 5AQZA 3MXMA 1N34K 2I7PA 5M1KA 4BECA 3CJAA 3QNOA 1SKWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WXL A;  1NK7 A;  1YJ9 N;  2KZZ A;  3CI5 A;  3P83 D;  4ILG B;  3T1H K;  4OX9 K;  1IBM K;  2ZF5 O;  4JEP A;  1DT9 A;  2E2P A;  3MXJ A;  3OYI A;  3HVR A;  2Q97 A;  4CJL A;  4LF9 K;  4CQK A;  1VSM A;  2RE2 A;  3AVI A;  3P38 A;  1TAU A;  4BC4 A;  4UJ0 A;  3T69 A;  3U9Z A;  1C0U A;  1PTX A;  4UAD E;  4GVM A;  1N6Q A;  4M3T A;  2HOE A;  1JLE A;  4MDB A;  3A8Y A;  3L4I A;  3S5T A;  3N4Q A;  2OPR A;  3ZSQ A;  4KKO A;  2QWO A;  1TL1 A;  2E8A A;  3DRS A;  4CGF A;  4CE9 A;  1GOC A;  4M3X A;  2P9I A;  4UY8 O;  5IT9 O;  5AJ3 K;  5M1P A;  3GG4 A;  2JDQ D;  1VSL A;  2WOM A;  5CYQ A;  3VEY A;  2VGN A;  4M3W A;  2Q1N A;  3TAE A;  2HHV A;  3DAW A;  3CJB A;  1NGH A;  1RT6 A;  3VPZ A;  4BRC A;  5E84 A;  3R3L A;  4ILJ A;  1QSL A;  3CCS N;  2KBJ A;  4DLG A;  4UQG A;  1E3M A;  4O8K A;  2UUA K;  3QBX A;  2F8T A;  4CBU A;  1U2V A;  4B9T A;  3L8B A;  5C10 A;  3RTV A;  4K25 A;  1QS4 A;  4IO9 L;  4FLV A;  1S9E A;  3OYC A;  4F9O A;  1RTD A;  3KD5 E;  1JL2 A;  3WQU A;  5KK4 A;  4DV0 K;  1PX9 A;  4KTW A;  4CGD A;  3NVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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