3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone/protein transport
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
2P9LB 4MO4A 3AY9A 1MWMA 3O6WA 2CGLA 3QBXA 4DQ8A 4MLHA 5BPLA 3RSEA 4H0YB 4H5VA 1GLBG 2P9IA 3R9PA 3ATVA 1GLDG 3F9MA 2PAVA 1NGEA 1RGIA 1GLLO 1JCEA 4FWNA 1Z05A 2I7PA 3C7NB 4FSVA 5F2RA 4FWPA 3VEXA 3LDOA 1ATRA 5AQIA 2F9WA 4RTFD 4AM7A 3CJ7A 4CBXA 2J4RA 3BEXA 4BRAA 1KAZA 4KBOA 1HKGA 4JNEA 3ZETB 4BR9A 2QWMA 1TYQB 1BA0A 1YUWA 3FZHA 1ESVA 5I9EB 4IJAA 1Q18A 4K25A 3VENA 1K8KB 4MO5A 4K41A 2QWLA 3GDQA 4FWRA 1TUYA 4BRMA 2F9TA 2Q2RA 1NGFA 3VEOA 3MN5A 2CGKA 3L6QA 2IVOA 3ZEUB 4FPAA 3QFUA 1BDGA 2P9UA 1XC3A 4CI6A 1NM1A 3O1BA 2GELA 4L3QA 3SMSA 4FWMA 2Q0UA 1WUAA 3FE1A 2GWKA 3EN9A 3A5NC 2NLXA 2CGJA 1T44A 3ATUA 2YI1A 2GEMA 3P4IA 2ITMA 2D0PA 5F0XA 3IMXA 3I33A 3M1FA 4BGAA 3VF4A 4PL8A 1EQYA 1DGKN 5JLHA 4O8KA 3VETA 3CQXA 5BN8A 4Y0WA 3GL1A 3BUZB 2CH6A 2FLOA 3ENHA 1GLFO 3FR0A 1H1VA 2QM1A 4FWQA 4BRDA 5B8HA 3H3NO 5JLFA 3R8EA 3UKRA 5AQWA 4YDUA 3D2FA 4BRHA 1HX1A 5BR9A 3EL2A 3GE1A 4DCHA 3CQYA 4H5WA 3WQUA 1XQSC 3FFKB 1ZBSA 4BRQA 1G99A 4BRGA 3VEYA 2EWSA 2ASMA 3AAQA 1WOQA 2E2QA 3A5LC 2P9SB 1JCGA 2BTFA 3SK3A 4JD2B 5AQKA 5KPZA 5LJVA 1NGIA 3B8AX 4JHDA 1SAZA 3H46O 2E1ZA 1T6DA 3CJAA 3BP8A 1KAXA 3QB0A 1NGBA 3DXKA 4WQ4A 4B1UB 3VGKA 2E20A 1JCFA 5AQGA 4BVPA 5AZJA 5F1XA 1GLEG 1ATSA 3VERA 3CJ9A 3VESA 1NGHA 2Q0RA 4K42A 4XH5A 1BOTO 2QWPA 2V7YA 3VEZA 4BC5A 1DEJA 2Q36A 4CZGA 3KVGA 4BR4A 4BRKA 3H3OB 3HZ6A 4BQZA 5AQJA 4FWOA 3SMPA 2FSJA 2P9KA 5BRFA 5CE3A 4K43A 1QZ6A 4JN4A 3TU5A 3HBTA 2PBDA 4CBWA 5AQMA 3O4WA 2QWQA 5AQUA 5AZIB 3ZX2A 4IJNA 4PL7A 2YHWA 3U8XA 2A40A 1LOTB 1D4XA 3W0LA 2YJEA 3DJCA 4FL9A 3M3ZA 4QS8A 4IWVA 5AQZA 2I7NA 2NZTA 4F9OA 4MLEA 1ATNA 4HWIA 4I6MA 3A5OC 3D2EA 4DHYA 1NGAA 1U6ZA 2QW9A 2P9NB 2E2OA 5LJWA 3UKUA 4XH4A 4CJ7A 3EKSA 2IIRA 1MDUB 2A41A 4B1WB 1QZ5A 3LDQA 5BRDA 2P9PA 5AFUH 1E4GT 3WXJA 4LC9B 3VPZA 4CZMA 2V51B 3WXLA 3MCPA 3LDPA 3HM8A 5AQNA 3SJHA 1MWKA 2CH5A 2ZF5O 3FZKA 4BGBA 2E88A 2Q1NA 5AQQA 1YAGA 3IFRA 3UB5A 4BC3A 2Q97A 1Z6RA 2QWOA 3MMVA 2BUPA 3WT0A 3ZX3A 4GNIA 2P9LA 5LY3A 5AQVA 3FLCO 2AA4A 5JICA 3KZBA 3QICA 1NGDA 2D4WA 3CJ1A 1YXQA 4WQ5A 4H0OA 4B1YB 3O80A 3HTVA 1RFQA 4XEIA 2W41A 4PKHA 1NMDA 3WEEB 4BC4A 2QXLA 4J8FA 4BRFA 4NB4A 4CBUA 3C7NA 1BG3A 3A0IX 4IZ9A 2VWBA 4CZJA 3GBTA 2FSNA 1BU6O 3VEVA 1V4SA 4E1JA 4O5FA 4BR2A 1NGGA 3ZETA 1NWKA 1U2VB 1DKGD 4H5RA 3DXMB 1BO5O 1T6CA 1TYQA 3MN9A 2YJFA 5EVZA 3EO3A 4BRIA 4H5TA 2QWRA 3HSCA 1K8KA 3FZFA 3VF6A 3CJCA 3RSEB 1GLAG 2P9IB 4Z94A 1KXPA 3O8MA 4HTLA 1NGCA 2FSKA 3U9DA 3LDLA 2A5XA 2AP1A 3D7EO 4BG8A 5ELZA 3ZEUA 4M63C 4FWKA 4ISFA 4JAXA 5AQTA 4CZKA 2E2PA 3QDKA 4BROA 4A2BA 4EFHA 3I8BA 3QBWA 4M7YA 1BA1A 4ISGA 3DAWA 4M7XA 4EHUA 1CZAN 2HF4A 3IDHA 3L0QA 1S22A 1OKJA 3VF2A 5AFUA 1R59O 3H1QA 3GOIA 2GTDA 3UE5A 2V52B 4B1ZA 4YDUC 4CZLA 3ID8A 3MDQA 5KQDA 2W40A 1HJOA 2HF3A 3ULEB 4FOEA 1QQOA 1MA9B 3O5BA 3OHRA 5AQFA 3EKUA 5BPNA 3H45C 3S41A 2IVPA 1HKCA 2P9UB 4IXCA 1HPMA 2V7ZA 3MN7A 3WXKA 4CZFA 2ASOA 1ZXOA 4CD1A 4BRLA 3QMLA 1NBWA 2QWNA 4BR7A 1HLUA 2E2NA 5FPEA 3CHWA 5E84A 5AQSA 3C0BA 5EY4A 1X3MA 3CIPA 4WQ4C 2YHYA 5E26A 4B1VA 3HI0A 3H1VX 2VYPA 3AAPA 3J8AA 5JMVA 2P9SA 2A42A 4BC2A 3LDNA 2D1KA 3O08A 4JD2A 4BR5A 4QS7A 3CETA 4PKIA 3WUHA 3CERA 1X3NA 5AQPA 2D0OA 4BREA 3G25A 3EZWA 2YCHA 3UKRB 3D2FB 4AM6A 4CZEA 5ADXH 5EOYA 4BG9A 3GG4A 1LCUA 3LL3A 4DB3A 1GLCG 3O1WA 4BRNA 5FPMA 5AQOA 3VOVA 1QQMA 1RDWX 3KHYA 4IO8A 1J6ZA 2A3ZA 4FPBA 4FWSA 1C0GA 3BF1A 1TUUA 4PKGA 5EXWA 4H0VB 4WYBA 4B1XB 1QQNA 3H6EA 3ULEA 4JHDB 5FPNA 3LM2A 4XH1A 3CI5A 2ZGZA 4RWTA 2ASPA 3MN6A 4RCHA 4EAHD 5EX5A 5AZIA 1GLJO 3DXKB 1V4TA 4B9QA 1HKBA 1BWFO 2DPNA 5AZJB 3QFPA 5BN9A 2GWJA 3ZX0A 1X9JA 2HOEA 4CD3A 5AR0A 4C23A 3LM9A 4FO0A 5BPMA 3JXUA 2P9KB 1C0FA 2HMPA 2VCPA 2P9NA 1ZC6A 1S3XA 3FGUA 4CZIA 1P8ZA 3WQTA 5FPDA 4ISEA 4EHTA 1XUPO 4BRPA 4GY2B 3JS6A 1YVNA 1HUXA 2NRHA 2ZWHA 3M6GA 3VGMA 5AQHA 2IVNA 2YHXA 4FWLA 4QS9A 3VEWA 3WXIA 5KPRA 2H3GX 3AARA 4WQ5C 4I6MB 3SLCA 3D2EB 3FZMA 3BF3A 4BVOA 4BQLA 1E4FT 3FZLA 5AQYA 4A62A 1Y64A 2UYTA 1KAYA 1BUPA 3UKUB 3VGLA 5ADXA 3MK6A 5AQXA 3A5MC 5TKYA 3DWLA 1SQKA 1QHAA 1IJJA 3R6MA 2FF3B 4A61A 3TPQA 3A8YA 2FXUA 3L4IA 2OANA 2A6AA 4EIAA 5KPTA 4FOIA 3U4LA 1SZ2A 2P9PB 5AQLA 1NLVA 4H0PA 4A2AA 4CZHA 1NGJA 3ENOA 2WUSA 4BR0A 3WEEA 2KHOA 4H0XB 5BREA 5KQ8A 2ZGYA 1IG8A 2Q31A 4BRCA 2E8AA 3W3DA 4H03B 5BRHA 4H5NA 5AQRA 3IUCA 3CJBA 4H0TB 1U2VA 3DXMA 2E1YA 4NO7A 2GUPA 3U9ZA 2FF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPYA 2HHSA 4FYDA 3D45A 4B9TA 1SEGA 4CGDA 1VRTA 3AY9A 1MWMA 1WSGA 3QBXA 4DQ8A 4DFJA 1GLBG 3F9MA 1J54A 2PAVA 4OX9K 1HNIA 1XHXA 1Z05A 3RMDA 1FXXA 3C7NB 4X64K 3VEXA 3K9JA 3M8PA 3ZT1A 5AQIA 2YHAA 1CHZA 3CJ7A 2J4RA 2PYLA 4BRAA 3NBPA 4CK2A 4NXNK 4DV3K 1EWQA 2QWMA 1YUWA 1ESVA 2VWJA 1VAZA 2ZJQL 1Q18A 1REVA 2BANA 4K41A 4JI2K 2HBMA 4FWRA 3NDKA 1NG9A 1NGFA 1GOAA 3L6QA 4MFBA 3CMAN 2AJQA 4Y1CA 1BDGA 2IOCA 1YTAA 4AHVA 2QTDA 4JYAK 1TK5A 5CZ1A 4L3QA 1BCOA 3SMSA 4LFCK 1WUAA 4WCEL 3OBWA 1VQNN 3O3HA 2ZQBA 4X65K 2RPIA 4WF9L 3DI6A 3VQ9A 3JSMA 4B3OA 3OYMA 3HSTB 3I33A 3HVTA 1IBMK 3AO3A 1SUQA 1ZBFA 1ZVGA 3M1FA 3KLFA 3BY5A 3HM9A 3M5RA 4CW7B 3V1QA 3AO2A 4FJHA 4O8KA 3L2QA 4Y0WA 3CCVN 1GLFO 3FR0A 4A57A 1TK0A 4FWQA 5LL6Z 4O0JA 4FLXA 1K9MO 4JLHA 4CJVA 3GE1A 1JZBA 3S3MA 4DFPA 3ASMA 3J7ZO 4BRGA 3PX6A 3AAQA 5M1QA 1C1AA 5KK4A 2E2QA 4CHOA 3A5LC 2BTFA 4NLBA 3R1XA 1NRAA 2LJ7A 1NGIA 3NGIA 2QK9A 2HNYA 4Z4IA 4RG8A 1SAZA 4JRQA 1S1TA 3ZYYX 4DTNA 3KOXA 4N47A 1NOZA 3WNGA 1IH7A 1ZUTA 4LY7A 3VGKA 1VSJA 1KQSM 1JCFA 5AQGA 3AVJA 2WC9A 4BVPA 3VERA 4KHNA 2QEXN 4XH5A 1BOTO 2QWPA 1S6QA 3J7YP 5C2DA 2Q36A 3HRGA 4KHYA 4O8UA 4BQZA 5AQJA 5CE3A 4DU3A 1QZ6A 4JN4A 4N5SA 3DLLL 2PBDA 4CBWA 5AQMA 4LF9K 2KGQA 1T1TA 2YKMA 1NK6A 3ZX2A 2B3CA 4PL7A 1ZYQA 1RDDA 2A40A 5MLCQ 1LOTB 1NJIO 1D4XA 4DSLA 4CFBA 4FL9A 4BWJA 4IWVA 4M3TA 3SQ1A 1OVYA 4MLEA 1ATNA 3P1GA 3ZSXA 1EKEA 2N69A 4ELVA 1BL3A 2LN8A 2O8DA 4DTJA 2W00A 2E2OA 2HBLA 5LJWA 1KFDA 2PY5A 5HRPA 4XH4A 5K14A 4CJ7A 2OCEA 1WSEA 4YOTA 5J2NA 1TKDA 1SV5A 4CHPA 2ETJA 1F21A 5AFUH 1E4GT 1BCGA 3OYEA 4PA1A 3UIQA 1JXBA 3WXLA 3LDPA 3KLGA 4AB0A 3T69A 3HM8A 2CH5A 1S1WA 3KK2A 4UY8O 5I3UA 4FJ9A 3HK2A 1ZU3A 1Z6RA 3CC2N 4LF4K 1ITGA 2BUPA 3WT0A 3KOYA 4E19A 4U7BA 1BQMA 3KZBA 3QICA 5HOOA 1NGDA 3CJ1A 4OKKA 1RT4A 3BZCA 1KSPA 3CCLN 5J2PA 1HJRA 2OYQA 4BC4A 3C7NA 4DTXA 1D9FA 4LD0A 2VWBA 1VSKA 3G71N 1HRHA 3VN5A 1Q9YA 2FSNA 1BU6O 5CZ2A 3SAHA 4E1JA 1N6QA 4CQKA 4BR2A 3MN9A 1S72N 1ZYVA 4A5BA 5EVZA 5HRRA 1TAUA 2HHUA 3E7RL 4BRIA 4KREA 2QWRA 3FZFA 3ZSYA 3VF6A 3RSEB 1GLAG 4IDHA 3C65A 3SUNA 4PY5A 2DY4A 2FSKA 3U9DA 4JI3K 3D7EO 2AP1A 4BG8A 4HTUA 4I2PA 3AVKA 4M63C 1YF5L 4BROA 3I8BA 3QEPA 1S9GA 3DAWA 3OYNA 4EHUA 2VQEK 3IDHA 3L0QA 2I61A 2F8SA 3E01A 1JLQA 2NRVA 4E0DA 2SN3A 3GOIA 4B1ZA 2GBZA 1ZFUA 3RR7A 1RBRA 3CYGA 1LV5A 4Z4GA 2W40A 4CJTA 3NF6A 1W7AA 3MCAB 1MA9B 3HT3A 4AAZA 4DMNA 3DMJA 4PHTX 1EWRA 1FJGK 3PIPL 1JLBA 2V7ZA 3K9KA 5M1OA 4HE7A 4J2DA 5SWMA 4CD1A 1VNAA 3KP0A 3QERA 4BR7A 1WB9A 1HLUA 2E2NA 1PE4A 5FPEA 4RW4A 1VQKN 5AQSA 5EY4A 1X3MA 2C1IA 3AVCA 5E26A 4B1VA 4FK2A 2HW3A 3J8AA 4L8RB 1RBTA 4BC2A 2D1KA 3O08A 1JXCA 4DSIA 1L4VA 4BREA 3KWGA 3NHGA 2YCHA 4E3SA 3BGRA 4DUYK 4BG9A 3GG4A 2HMIA 4FXDA 3CPEA 3C6UA 1LCUA 4DS5A 1XHZA 4CJ3A 2JWLA 4C8NA 3O1WA 4FM1A 3DRRA 3L2RA 5GIOA 1J6ZA 2W6KA 4KI4A 4FVUA 2E6MA 1KLNA 3C6AA 4CF8A 2BRZA 4H4MA 3PLAA 1HYSA 3L4QA 4N56A 2YNHA 1C1BA 3SJJA 3L56A 4RWTA 4CJWA 2G8IA 4BE0A 3S9HA 4EAHD 5EX5A 2KZZA 1ZBIA 1V4TA 3OYBA 1HMVA 4FK0A 2DPNA 4F3OA 4E7IA 3SPYA 4F8RA 3PY8A 4AH9A 1A5XA 3ZX0A 4CFDA 1ZVEA 2HOEA 3LDSA 1QVFM 3ITHA 4GKJK 2E4LA 2YIPA 3LM9A 3ULDA 4FLWA 2G8WA 5BPMA 5H1SQ 3VQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KPY A;  2HHS A;  4FYD A;  3D45 A;  4B9T A;  1SEG A;  4CGD A;  1VRT A;  3AY9 A;  1MWM A;  1WSG A;  3QBX A;  4DQ8 A;  4DFJ A;  1GLB G;  3F9M A;  1J54 A;  2PAV A;  4OX9 K;  1HNI A;  1XHX A;  1Z05 A;  3RMD A;  1FXX A;  3C7N B;  4X64 K;  3VEX A;  3K9J A;  3M8P A;  3ZT1 A;  5AQI A;  2YHA A;  1CHZ A;  3CJ7 A;  2J4R A;  2PYL A;  4BRA A;  3NBP A;  4CK2 A;  4NXN K;  4DV3 K;  1EWQ A;  2QWM A;  1YUW A;  1ESV A;  2VWJ A;  1VAZ A;  2ZJQ L;  1Q18 A;  1REV A;  2BAN A;  4K41 A;  4JI2 K;  2HBM A;  4FWR A;  3NDK A;  1NG9 A;  1NGF A;  1GOA A;  3L6Q A;  4MFB A;  3CMA N;  2AJQ A;  4Y1C A;  1BDG A;  2IOC A;  1YTA A;  4AHV A;  2QTD A;  4JYA K;  1TK5 A;  5CZ1 A;  4L3Q A;  1BCO A;  3SMS A;  4LFC K;  1WUA A;  4WCE L;  3OBW A;  1VQN N;  3O3H A;  2ZQB A;  4X65 K;  2RPI A;  4WF9 L;  3DI6 A;  3VQ9 A;  3JSM A;  4B3O A;  3OYM A;  3HST B;  3I33 A;  3HVT A;  1IBM K;  3AO3 A;  1SUQ A;  1ZBF A;  1ZVG A;  3M1F A;  3KLF A;  3BY5 A;  3HM9 A;  3M5R A;  4CW7 B;  3V1Q A;  3AO2 A;  4FJH A;  4O8K A;  3L2Q A;  4Y0W A;  3CCV N;  1GLF O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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