5F0XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-adp and inorganic phosphate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f0xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f0xA04
2FSJA 4ISFA 4H0PA 5KQDA 2P9UB 4XH1A 5ELZA 3WEEB 1E4GT 1HKBA 4EHUA 5JLFA 4FL9A 1SZ2A 2WUSA 3L6QA 3U8XA 2NZTA 4JHDA 3WXIA 2FXUA 4CZLA 2KHOA 2AA4A 2HOEA 2A40A 1YUWA 4K41A 5AQOA 3ZX3A 2E20A 3O80A 3D7EO 2FSKA 3DWLA 3BUZB 5BN8A 2IVPA 5AQXA 4XH5A 4BR4A 5BRHA 5BRFA 4CZJA 4B1XB 4MLEA 1R59O 1XUPO 4FWRA 3VEYA 2Q97A 3VGMA 3QFUA 4FPAA 3R6MA 5AQLA 2E1YA 2ITMA 1NBWA 2FLOA 1MWKA 1YVNA 3GOIA 1WOQA 4LC9B 3MN6A 4YDUC 5AZJA 1HKCA 4ISGA 1T6CA 1TUUA 3CQXA 1Y64A 4YDUA 5AFUA 3UB5A 3AAPA 3CERA 3SJHA 1GLBG 4QS8A 3QICA 4B9QA 2QWRA 5KQ8A 5F2RA 2GELA 2GWJA 2E8AA 5AQVA 1K8KB 5EX5A 3MMVA 1CZAN 5BREA 3MN9A 3KZBA 4CZIA 3JXUA 3H3NO 1LOTB 2QWOA 5AZIA 3H1QA 4BRDA 3BF1A 2A5XA 4EHTA 2IVNA 4KBOA 3U9DA 4H5VA 2ZF5O 3OHRA 4BC2A 4BRPA 4K43A 4FOIA 4Y0WA 4CJ7A 3ATUA 1RGIA 2VYPA 3IDHA 3HM8A 3M1FA 4IXCA 3WT0A 3ZEUA 1V4TA 4GNIA 4WQ4C 3HTVA 2YJFA 3IUCA 1BOTO 3P4IA 2E1ZA 2HF3A 2QM1A 2CGKA 3SMSA 4WQ4A 1U2VB 5EY4A 1NLVA 1TYQB 2W41A 4Z94A 1ATNA 2V7ZA 4CZGA 3QMLA 2D1KA 3QB0A 4BVOA 3FGUA 3KHYA 1ATRA 3HZ6A 3SMPA 2QW9A 3VETA 4BVPA 3EN9A 4IZ9A 2E2PA 3ZEUB 3FLCO 4HWIA 5LJWA 4IJAA 4JAXA 1HX1A 2CGJA 1BA1A 1DGKN 4DCHA 1LCUA 5JLHA 2J4RA 3R9PA 1RDWX 3LDLA 4FWOA 3LDNA 2IVOA 5AQQA 3D2FA 3ID8A 1OKJA 1T6DA 2AP1A 3IMXA 2P9UA 1HPMA 3TPQA 2E2OA 3ENOA 3LL3A 2I7PA 1GLJO 2A42A 2CH5A 4BQLA 4AM7A 3CHWA 5AQUA 3W0LA 5E26A 5FPNA 4H0XB 1HUXA 5KPZA 1GLFO 4QS9A 5B8HA 2E2NA 4B1VA 3A5OC 2Q0RA 1KAYA 2ZGYA 1S22A 3DXMB 4BRKA 3A8YA 3A5MC 4K42A 4O8KA 1QQMA 4CBXA 3MK6A 3FR0A 4HTLA 2Q0UA 4FWMA 4XEIA 3VEVA 1XC3A 3DXKB 4IWVA 1IJJA 3D2FB 2EWSA 3VENA 3CJBA 3HI0A 1NGGA 3FZLA 4PKGA 3H46O 4CBWA 3CJ1A 3IFRA 1DEJA 2YHYA 1NGHA 4FPBA 3VEZA 5CE3A 4DHYA 2P9IB 2E88A 2Q36A 3A0IX 4BRIA 4PL7A 3O4WA 1X9JA 3LM2A 1DKGD 1D4XA 1NGFA 3CJAA 3HSCA 4BC5A 3VF6A 5AQKA 3VGKA 5AQSA 1K8KA 1QZ6A 2ASMA 1TUYA 1ZBSA 2GWKA 2P9KA 3SK3A 4PL8A 5KPTA 1GLEG 3CQYA 3ZX2A 3FZHA 1BU6O 2V51B 4H0VB 2PAVA 3MN5A 5AQHA 4H5RA 3WQUA 1NGIA 3R8EA 5E84A 5AQNA 3U4LA 2ASPA 4EFHA 4BREA 3M3ZA 5LY3A 1BDGA 3I33A 3FFKB 3GBTA 2P9KB 3SLCA 1KAXA 3A5LC 4BRHA 4EIAA 4FWPA 1ZXOA 4BRNA 1GLDG 1NMDA 4BRMA 4FSVA 1X3NA 4B1UB 3FE1A 3ULEB 4B1YB 2Q2RA 3GE1A 5AQZA 3S41A 4BG9A 2P9PB 2A6AA 3C0BA 4WQ5A 4CZHA 4IJNA 1U2VA 1H1VA 3L4IA 1TYQA 3UKUB 3LM9A 1GLLO 2P9SB 4B1WB 1GLAG 4FWKA 4BQZA 1T44A 3GDQA 4QS7A 1NGAA 4JNEA 2CGLA 2FF6A 4F9OA 4FWSA 4DQ8A 2BUPA 5JMVA 2QWNA 1XQSC 3EKSA 3UKRB 4NB4A 3H3OB 2W40A 3WXJA 5AQJA 3LDPA 5TKYA 1NGBA 3VGLA 3MN7A 1NGCA 1QQOA 3VOVA 1NGDA 2D4WA 3AAQA 3H6EA 5AQRA 1C0GA 1HKGA 2QWPA 1NGJA 5KPRA 5FPMA 5AQFA 2YJEA 4I6MB 3RSEB 3MDQA 2P9LB 2YCHA 4ISEA 3A5NC 4FOEA 1NGEA 4BRQA 5LJVA 3DXMA 3BP8A 3AARA 4PKIA 1WUAA 3VEWA 5BR9A 3HBTA 4FWNA 4BROA 4BRLA 3VEXA 2Q31A 3DXKA 3JS6A 2GEMA 1RFQA 3QDKA 2F9TA 4L3QA 3D2EB 3EKUA 3VESA 4BR9A 3O1BA 4B1ZA 4M7XA 1GLCG 1BA0A 3QBXA 3I8BA 4H5WA 3ENHA 2QWQA 3TU5A 3CETA 3VF4A 1U6ZA 5BN9A 1KXPA 1Z6RA 3O8MA 4DB3A 3ZETA 5ADXH 4H0YB 4A62A 1YXQA 2P9IA 2VWBA 2P9NB 4H03B 5AQMA 2DPNA 2QXLA 2ZWHA 5ADXA 1JCGA 4M7YA 3CIPA 5AR0A 1NM1A 3L0QA 1QHAA 4BR2A 3FZMA 1E4FT 3H1VX 3ZETB 4NO7A 1BUPA 2FSNA 4FO0A 4CZFA 4H0TB 1NWKA 3CJCA 1QZ5A 5EXWA 4H0OA 3ATVA 5AQTA 3EL2A 4K25A 1Q18A 4FWQA 1MA9B 2BTFA 3ZX0A 1BO5O 4BR0A 2QWMA 1JCEA 3LDOA 3CJ7A 2VCPA 4MO5A 4CI6A 4AM6A 3O1WA 2D0PA 4C23A 2YI1A 5BPLA 2QWLA 3WXKA 4JHDB 1HJOA 3WUHA 5FPEA 5F1XA 2H3GX 3QBWA 1P8ZA 3ULEA 3GL1A 1ATSA 2FF3B 1G99A 4BRFA 2P9PA 3BF3A 4BRCA 4IO8A 1KAZA 5AFUH 3UKUA 4BC4A 2P9SA 3CI5A 4E1JA 4RWTA 1EQYA 2IIRA 5EOYA 4WQ5C 5AQWA 2I7NA 4J8FA 2ASOA 3UKRA 4BRAA 4MO4A 4CD1A 3GG4A 5FPDA 3O6WA 1BG3A 5AZJB 2ZGZA 4BGAA 2CH6A 5AQPA 2Q1NA 1SQKA 1S3XA 2F9WA 5F0XA 5AQYA 2HMPA 4MLHA 4EAHD 3MCPA 4BR7A 3G25A 3QFPA 3BEXA 1JCFA 1C0FA 4PKHA 3DJCA 3FZKA 4I6MA 4O5FA 3RSEA 3KVGA 2P9LA 3CJ9A 3M6GA 3W3DA 3VERA 4BGBA 2A41A 4BRGA 2NRHA 3O5BA 4WYBA 1SAZA 5BPNA 4M63C 2YHXA 4RCHA 2E2QA 5AZIB 1ESVA 5AQIA 4FWLA 1HLUA 2PBDA 4GY2B 3O08A 3WXLA 3D2EA 4CZKA 4CZEA 2NLXA 4A61A 4BR5A 1BWFO 2A3ZA 3WQTA 4CBUA 3UE5A 2V7YA 3C7NA 1Z05A 2GUPA 2GTDA 4RTFD 1ZC6A 3VPZA 1X3MA 2YHWA 5EVZA 3FZFA 1J6ZA 1IG8A 2OANA 2P9NA 5JICA 4H5NA 4JD2A 4A2AA 2D0OA 3AY9A 2UYTA 4H5TA 3DAWA 3LDQA 4CD3A 3EZWA 3H45C 3C7NB 3VEOA 4BG8A 4A2BA 5BPMA 4BC3A 5I9EB 3B8AX 4JN4A 3WEEA 4CZMA 4XH4A 1V4SA 4JD2B 3U9ZA 2V52B 3F9MA 5BRDA 3J8AA 3VF2A 2HF4A 1MDUB 3EO3A 1MWMA 1QQNA 5AQGA 1YAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ID5A 4JKAA 4DFJA 4XH1A 2N69A 3SAFA 3THYA 3V9SA 1PTXA 2HBJA 3VQPA 2NZTA 5FRMA 2FXUA 2AA4A 1IKXA 3L2RA 2A40A 4BY9C 2P1JA 3E9OA 4DR5K 2GMOA 4AAZA 4MLEA 3VEYA 2Q97A 4DV2K 3L2VA 3R6MA 3U3GA 4Z4GA 3J7AP 3GOIA 2OZSA 3AO4A 4JKCA 4OVLA 1VRUA 1RTJA 1FKPA 4BE1A 3CC4N 1HKCA 1K8AO 1NJXA 4CGIA 4CJRA 2KTQA 4DFMA 2BE2A 3CQXA 4E1MA 4NCAA 4K0KK 1T03A 4Z4HA 3UB5A 3CERA 4C8LA 1TAQA 3QICA 3KK3A 1XI1A 5KQ8A 1TVRA 5F2RA 1ITGA 1NU0A 4I9QA 2RE2A 1D5AA 3MMVA 3VQ6A 5BREA 4CZIA 3MAQA 1TKZA 5M1QA 2QWOA 5AZIA 3D45A 4H4MA 3PX0A 2O8CB 4MFBA 4FM2A 1PE4A 3BF1A 4CEDA 1HNIA 3U9DA 2VG5A 2ZF5O 3B6PA 5H1SQ 4DTNA 4K43A 4WE1A 4MDBA 2UU9K 4Y0WA 4CJ7A 1W2BM 3QI7A 1RGIA 2VYPA 3EE8A 2QK9A 1RT6A 3CM6A 3HOSA 3OS1A 4X65K 5EU7A 2LR3A 4DMNA 3OTOK 4WQ4C 2ZM6K 1B7DA 4JI2K 3AVAA 1J5OA 2OCEA 2OTJN 1VSLA 1K8BA 4E89A 1ATNA 1NK8A 2RKIA 2D1KA 3QB0A 3V1OA 4BVOA 3FGUA 3AO1A 1ATRA 1ZU3A 1BL3A 4PUOA 3C6AA 1NOZA 2E2PA 3ZEUB 1KLMA 5C15A 1HNXK 1JXCA 1I2VA 4JAXA 5C42A 1ZBHA 2CGJA 3CG7A 4FJLA 5HROA 4FW2A 4DCHA 5JLHA 2VG7A 1XRSB 1LV5A 1L3UA 4FJGA 3LDNA 3ZSOA 2IVOA 5AQQA 3ID8A 4OO1J 2LJ7A 2AP1A 1HPMA 1AYJA 3EY1A 3TPQA 1DTTA 2E2OA 3LL3A 4CF0A 2HHSA 3P39A 4K8XA 5AQUA 5CYMA 3BDPA 5E26A 5FPNA 1HUXA 3L8BA 3MEEA 1L3VA 1RT7A 5CZ1A 4JS4A 4B1VA 1VSIA 1GPTA 3D6RA 1AHOA 3V9WA 1FJGK 4BDYA 2PFUA 4CBXA 1C1AA 1IKYA 3SZ2A 3HVRA 4B3OA 1ZUTA 3WNEA 4C1NI 2OPQA 3KLIA 3OYIA 3CMAN 1TKXA 1CZBA 3MXIA 3RMDA 2O4GA 4CBWA 4JKGB 4F2RA 3OBWA 3CJ1A 3WNHA 3C94A 3NHGA 4GV9A 1VNAA 2A7TA 4CJQA 2XY6A 4I2PA 4B3RK 2X6SA 4ILJA 1VSDA 1RTHA 2HNDA 4UADE 3CM5A 2KGQA 1HYZA 4CJLA 1CZ9A 4BC5A 3S3OA 4FCYA 2HVHA 1SKSA 3VF6A 4O0IA 1RBSA 5AQSA 1HYVA 1K8KA 4J2BA 2ASMA 3ALYA 4AHCA 2GWKA 2P9KA 2JGUA 1QE1A 1HMVA 4PL8A 4XJXA 3V9XA 5JENA 1EWRA 2MZ0A 3KWGA 3VQ8A 1HRHA 4GVMA 2ETJA 4B9TA 2V51B 4H0VB 1WT7A 2OZMA 1NGIA 4JK9A 5E84A 4YHHK 4IKFA 4PQUA 3THVA 3LP2A 2B68A 4W5QA 4L8RB 1JKZA 2JDQD 3ZCMA 4ELVA 3GBTA 1RT3A 3I0RA 4JKDA 4DQRA 1C0TA 4DQIA 3A5LC 4JI4K 4FWPA 1ZXOA 3O9QA 4F4KA 3SUQA 3CD6N 4FSVA 4KHQA 2OPRA 2XY5A 4F8RA 3CFOA 1VNBA 1OH7A 2ZD1A 4WQ5A 3I8DA 1U2VA 3TSPA 4JI1K 3OS0A 1JLEA 2MBKA 3L4IA 5CY4A 1YI2N 5JVHL 3N4QA 1TV6A 3NH0A 2HHVA 2DFFA 1NGAA 4JNEA 2Y1JA 4DTMA 2FF6A 4FWSA 1XQSC 2G8HA 4DF4A 3V81A 1U47A 3H3OB 3R2VA 1T7BA 5AQJA 5T7BA 3CCSN 4FXDA 3ENBA 3OW2M 3VOVA 5CHIA 2KBKA 2HHWA 2D4WA 3AAQA 4DU3A 4CCHA 2NRWA 2QWPA 4GKJK 1LQIA 4DG1A 3PUFA 2YJEA 4NLBA 4V19S 2G2KA 2VWJA 3CPEA 2GX9A 1NGEA 4BRQA 3BGRA 1OZZA 3MCAB 4A5AA 2BRZA 4Q0BA 1BQMA 4FWNA 4DF8A 3DXKA 4CHZA 1D9FA 4L3QA 3D2EB 2WONA 1RDCA 4B1ZA 5M1NA 1GLCG 1BA0A 1QSYA 3TU5A 4CK3A 1XHZA 5J2PA 2RHKA 3O8MA 4DB3A 4CK2A 4CEAA 2P9IA 2QXLA 3ASMA 3SJJA 1JXBA 1VQ5N 1JCGA 3QEWA 3OYGA 2YNFA 5AR0A 3L0QA 3K58A 1QHAA 3DOKA 3ZT4A 1NJIO 1JLAA 3QIOA 1E4FT 3OYLA 3ZETB 3K9KA 3QINA 5CZ2A 3QEPA 4KH6A 2QXFA 2FSNA 5GINA 3PV8A 4EZ6A 1NWKA 3C6TA 3CJCA 4H0OA 4HHTA 4FJ8A 3ATVA 5AQTA 4JLHA 5HRNA 1FW6A 1Q18A 1L3SA 4HE7A 1SL0A 4BR0A 4PHTX 2LT8A 3LDOA 3ZT0A 1A5VA 4DWIA 3M8QA 4AM6A 2KFZA 3OYAA 4PA1A 3THYB 1LAVA 2QWLA 3WXKA 3NBPA 1FKOA 3KWIA 3AA2A 1ATSA 4OX9K 3NF8A 2BANA 3BF3A 4BRCA 3PX6A 1G15A 1ZBLA 4FLYA 3M8RA 4E7HA 3NH1A 2KBJA 3DRPA 4N5SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ID5 A;  4JKA A;  4DFJ A;  4XH1 A;  2N69 A;  3SAF A;  3THY A;  3V9S A;  1PTX A;  2HBJ A;  3VQP A;  2NZT A;  5FRM A;  2FXU A;  2AA4 A;  1IKX A;  3L2R A;  2A40 A;  4BY9 C;  2P1J A;  3E9O A;  4DR5 K;  2GMO A;  4AAZ A;  4MLE A;  3VEY A;  2Q97 A;  4DV2 K;  3L2V A;  3R6M A;  3U3G A;  4Z4G A;  3J7A P;  3GOI A;  2OZS A;  3AO4 A;  4JKC A;  4OVL A;  1VRU A;  1RTJ A;  1FKP A;  4BE1 A;  3CC4 N;  1HKC A;  1K8A O;  1NJX A;  4CGI A;  4CJR A;  2KTQ A;  4DFM A;  2BE2 A;  3CQX A;  4E1M A;  4NCA A;  4K0K K;  1T03 A;  4Z4H A;  3UB5 A;  3CER A;  4C8L A;  1TAQ A;  3QIC A;  3KK3 A;  1XI1 A;  5KQ8 A;  1TVR A;  5F2R A;  1ITG A;  1NU0 A;  4I9Q A;  2RE2 A;  1D5A A;  3MMV A;  3VQ6 A;  5BRE A;  4CZI A;  3MAQ A;  1TKZ A;  5M1Q A;  2QWO A;  5AZI A;  3D45 A;  4H4M A;  3PX0 A;  2O8C B;  4MFB A;  4FM2 A;  1PE4 A;  3BF1 A;  4CED A;  1HNI A;  3U9D A;  2VG5 A;  2ZF5 O;  3B6P A;  5H1S Q;  4DTN A;  4K43 A;  4WE1 A;  4MDB A;  2UU9 K;  4Y0W A;  4CJ7 A;  1W2B M;  3QI7 A;  1RGI A;  2VYP A;  3EE8 A;  2QK9 A;  1RT6 A;  3CM6 A;  3HOS A; 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