5F2RA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amp-pcp
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 121
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-12-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f2rA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f2rA04
2ZWHA 1S3XA 5EX5A 2YHYA 2QWLA 2QWOA 2W40A 5B8HA 4BRIA 5KPRA 1GLJO 3U9ZA 4B1WB 4H0TB 1Q18A 5AQMA 4CZJA 5AQOA 2F9TA 4BGAA 1TUYA 3CHWA 4BROA 4EHUA 5AQHA 3C0BA 5AQRA 4MO5A 5BPLA 2IIRA 4FWOA 2IVPA 5BPMA 5BRFA 3CJBA 1GLCG 5BPNA 1DEJA 5AQZA 1BG3A 3EZWA 2D0OA 1NMDA 3M3ZA 3O1BA 2EWSA 2IVOA 4JHDB 3HSCA 3LDPA 2GWJA 5AR0A 1G99A 3FFKB 3EO3A 1T44A 4FO0A 2FXUA 4BC3A 4B9QA 3EL2A 4H0XB 3ENOA 3VERA 2P9UA 3H1VX 1BUPA 3SMSA 3BP8A 3I33A 2CGLA 4H5TA 5ADXA 3VOVA 1JCFA 3IDHA 3UKUA 4B1XB 1MDUB 4H5WA 2V7YA 4BREA 1KAXA 3IFRA 4FWQA 3VEOA 2QWNA 2HOEA 3M1FA 2ZGYA 1IJJA 3A5NC 3AAQA 2I7PA 3I8BA 3WUHA 1X3MA 4E1JA 3CJ1A 1BA0A 2OANA 3VGLA 5AQQA 4NB4A 3UB5A 5BRHA 4XH4A 2GEMA 2ITMA 3WXJA 4CZGA 1GLEG 3D7EO 4BRFA 1H1VA 3CI5A 1Y64A 2CGJA 4JD2B 4CI6A 4EFHA 5AQLA 2A40A 2YCHA 2Q0UA 4BRPA 1NGDA 4FOEA 4XH5A 4BQLA 2I7NA 4CD3A 3WXKA 4B1ZA 1NM1A 1GLLO 4BRDA 4B1UB 2VYPA 3QDKA 3ZEUA 4FPBA 2Q2RA 1KAYA 3MDQA 4CZIA 3FLCO 3FZMA 4BVOA 3H46O 4PL8A 3VGKA 1YAGA 4M7YA 4CZLA 3ZETA 3CJ7A 4BR0A 4DQ8A 4FPAA 2P9KA 4H0OA 1SAZA 1ZXOA 2J4RA 5EXWA 2FF3B 4BGBA 2E2OA 4CZHA 3TU5A 5JLHA 1Z6RA 4JAXA 4K25A 5BR9A 3DXKA 3SK3A 5KQDA 1GLDG 5CE3A 3FE1A 2V7ZA 2YJEA 3D2EA 3BF3A 1QHAA 4BC2A 5F1XA 2AA4A 4M63C 3ZX2A 3HM8A 2HF4A 4H5RA 4QS7A 4K43A 5AQVA 4HTLA 5EY4A 2ZGZA 5LJWA 1BO5O 3MCPA 3U4LA 5F2RA 2E1ZA 4CZEA 1J6ZA 4A2AA 1NGCA 3BUZB 5JMVA 4RTFD 1U2VA 4BR7A 4BRLA 5JICA 4BG9A 1WOQA 2YJFA 5BN9A 4I6MB 3WXIA 1TYQB 3IUCA 2E20A 2A42A 1GLAG 1BA1A 1HPMA 2V51B 4IJNA 3A5MC 4M7XA 4BR5A 1ATRA 1C0GA 2FSKA 2P9LB 2A6AA 4F9OA 3MN6A 4HWIA 3VETA 3C7NB 3UE5A 4BRQA 2Q36A 3FR0A 3VF4A 4CBXA 1MWKA 2E88A 4IWVA 2KHOA 1NGIA 2ASMA 3QBWA 4FWMA 5AZIB 3U8XA 3KVGA 3QICA 1DKGD 4BRMA 1QQMA 2D4WA 3F9MA 4A61A 3ATVA 4BRGA 3LM2A 3MMVA 4J8FA 2QXLA 5I9EB 3LDQA 4AM7A 3CJAA 4DB3A 3C7NA 1BWFO 1NGHA 1GLFO 1HKCA 1DGKN 3WXLA 5BRDA 2A5XA 1NGFA 1JCEA 4YDUC 4ISFA 3SJHA 2E1YA 1BU6O 5AZIA 5FPNA 1X9JA 3O6WA 1EQYA 4JHDA 2NLXA 5E84A 3RSEB 3O80A 3WEEB 2VCPA 3OHRA 4ISEA 4BR4A 2PBDA 2QWRA 4BG8A 4GNIA 1P8ZA 1SQKA 4L3QA 1S22A 5ADXH 3CETA 2PAVA 2W41A 2FLOA 2GTDA 4Z94A 5LJVA 5KPZA 3H3NO 3RSEA 4BVPA 3QBXA 2YI1A 4FWLA 2QWQA 4LC9B 5AZJB 3SLCA 3VF6A 3VF2A 3A8YA 3CIPA 2CGKA 3IMXA 2QM1A 5AQIA 4WQ5C 5EOYA 2P9SB 3DXMB 4B1YB 3O4WA 3H6EA 1NGJA 3S41A 1ATSA 3R6MA 1CZAN 1K8KB 4BRNA 4MLHA 2Q31A 4JD2A 4QS9A 5F0XA 3H45C 3L4IA 4FWKA 2D0PA 3AARA 2P9PB 4MO4A 5BREA 5AQWA 1RDWX 4CZKA 4CJ7A 2A3ZA 3ID8A 4IZ9A 4BC4A 4PL7A 4CBUA 3ULEB 1NGAA 1RGIA 4BR9A 3VPZA 5AQNA 3R9PA 2BUPA 3CERA 5AQJA 3GL1A 1V4TA 3UKRB 3L6QA 3O1WA 4CZMA 4O5FA 4JN4A 1ZBSA 1K8KA 5LY3A 1R59O 2P9IB 2A41A 5AQTA 2QW9A 1BDGA 1HJOA 2FSNA 3FZHA 2GWKA 5AQPA 2E2QA 4FWRA 4BC5A 3HTVA 3MN7A 4FSVA 2QWPA 1LOTB 3FGUA 3UKRA 2Q0RA 4CBWA 3ZX3A 3J8AA 2P9IA 1QQOA 2AP1A 3FZFA 4FWNA 4K41A 4PKIA 5AQSA 4RWTA 3GDQA 5ELZA 3W0LA 1GLBG 1HX1A 4O8KA 3MK6A 3H3OB 1TUUA 1XC3A 2FSJA 4BR2A 1NGEA 3GE1A 4C23A 3LL3A 4EHTA 1BOTO 1NLVA 2YHWA 3H1QA 3MN5A 3P4IA 1ATNA 3O08A 1JCGA 3HBTA 2GELA 3VEZA 4JNEA 1T6CA 3AAPA 3A5LC 4I6MA 3GOIA 3FZLA 2UYTA 1TYQA 1OKJA 4IO8A 3BEXA 1T6DA 3QMLA 2YHXA 1NBWA 4FOIA 3O8MA 4H0VB 1MWMA 1E4GT 2E2PA 4YDUA 4PKHA 2WUSA 4BRHA 1RFQA 2P9LA 3ATUA 4XEIA 5AQYA 2D1KA 3EKSA 1HKGA 3B8AX 4H03B 3KZBA 3L0QA 4FL9A 3GBTA 4ISGA 4KBOA 5FPDA 2P9UB 2H3GX 4DCHA 3M6GA 3VENA 5AQFA 3LDLA 2P9NB 4WQ4A 1NGBA 3TPQA 1SZ2A 2DPNA 3UKUB 5E26A 3VEYA 2F9WA 4XH1A 2VWBA 3A0IX 3DJCA 2V52B 2IVNA 3ENHA 4EAHD 3HZ6A 1ZC6A 1QQNA 4H0PA 3ZX0A 4BQZA 5FPEA 3G25A 1WUAA 3DAWA 5AQKA 4WQ4C 5KPTA 4BRKA 2Q1NA 3A5OC 4PKGA 1Z05A 2NZTA 2HMPA 5AQXA 5BN8A 4B1VA 3D2FB 2P9NA 3WQTA 3VESA 3EN9A 4FWPA 3O5BA 4IJAA 4WQ5A 5AFUA 1NGGA 3WEEA 5TKYA 4RCHA 4BRCA 1KXPA 3AY9A 5FPMA 3U9DA 5JLFA 4A2BA 3WQUA 3CJCA 1YUWA 3MN9A 1QZ6A 2E2NA 3EKUA 3VEVA 3D2FA 5EVZA 4H5VA 3DWLA 1ESVA 3ZEUB 4EIAA 2ASPA 1HUXA 3HI0A 3JS6A 4IXCA 5AFUH 2ZF5O 3VGMA 2FF6A 3W3DA 3ZETB 3BF1A 5AZJA 2QWMA 2CH6A 2P9KB 1NWKA 3WT0A 1X3NA 4NO7A 1XUPO 1V4SA 4H0YB 5KQ8A 1IG8A 4Y0WA 4FWSA 3VEWA 2E8AA 1U6ZA 2P9SA 1XQSC 1KAZA 3DXMA 4A62A 4DHYA 4AM6A 3JXUA 1HKBA 3CQYA 3DXKB 3LDNA 3GG4A 1LCUA 3QB0A 5AQGA 3QFPA 3D2EB 3R8EA 1QZ5A 3LDOA 2P9PA 4WYBA 3KHYA 1HLUA 2CH5A 3QFUA 4H5NA 5AQUA 3FZKA 4GY2B 3ULEA 2Q97A 1E4FT 3VEXA 2GUPA 1D4XA 3CJ9A 1YVNA 4MLEA 1U2VB 2HF3A 1MA9B 4QS8A 2BTFA 2ASOA 4BRAA 4CD1A 4K42A 1YXQA 2NRHA 3CQXA 4CZFA 3SMPA 3LM9A 1C0FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWKA 4CJQA 5EX5A 3I55N 4O44A 1JLEA 2QWOA 3QIPA 4EP4A 4BRIA 3JAMO 2JGUA 4NCBA 3SBGA 3ZT4A 3SUOA 3G0ZA 1FKOA 4LF6K 2OTLN 4CZJA 1NE5A 1CXUA 2YC1C 2W6KA 4H8KA 2F9TA 4CEOA 1RDBA 2RN2A 4NYFA 4O55A 5HOOA 3ZSRA 1EWQA 3R2VA 4JLHA 5D3GA 3CJBA 3IRXA 2D5RA 2WFBA 1NMDA 2I5JA 3U3GA 3CCQN 1VNAA 1NK5A 4FW2A 3AVLA 1GOBA 4GVEA 2VWJA 4DR6K 3AA4A 4M3YA 1VSEA 5LMNK 2O8BA 1TKTA 1T03A 1TV6A 3EO3A 4F3TA 1T44A 2OYQA 4FO0A 4CHYA 2FXUA 4OGCA 4CJUA 4H0XB 3HP9A 3SMSA 1QVGM 3I33A 3KP0A 3E66A 3SV4A 3M8QA 3IDHA 3UKUA 2IS3A 3L3VA 4H5WA 3KP1A 4FJIA 2V7YA 4FWQA 4HVJA 4DV2K 4DR5K 2I7PA 3DM2A 1NK6A 3L2UA 3CJ1A 2DFEA 2IGIA 3THVA 3UB5A 3F2KA 4XH4A 2ITMA 1T7PA 2O8DB 4BRFA 1L3TA 1H1VA 3CI5A 4EFHA 4JD2B 4N56A 3C94A 3SF4D 2IOCA 1HQEA 2A40A 2Q0UA 4N5SA 1SN4A 4XH5A 1T7BA 4BQLA 4GKJK 3AO2A 4FM2A 3BDPA 1VHXA 2ATBA 4CJLA 1WSEA 4DSIA 2C1IA 3I8DA 3K58A 3J81O 2E5LK 4CJPA 4CZIA 2KYQA 1FH3A 4PL8A 2O8DA 1YAGA 4M7YA 3CJ7A 4DQ8A 4FPAA 2XO7A 4B9UA 3NAEA 2B3CA 1SAZA 3HPGA 2YILA 2J4RA 3OYGA 4WE1A 3THXA 4GV3A 3K2PA 1UGLA 2GBZA 4BGBA 1M1KO 3HT3A 3D6RA 3IKMA 1FK9A 3TU5A 2QA4N 1N33K 3DLLL 5BR9A 4JAXA 2A1SA 3DXKA 1B3CA 3S3MA 3V9XA 2YJEA 2UXCK 1WT7A 4KHSA 5J2NA 5HL7L 4BC2A 4FJ8A 3AVHA 3NVMA 4M63C 3ZX2A 2D0AA 3ZSOA 4ID1A 4KREA 2GL1A 4K43A 4FW1A 2KFNA 3OYBA 2KGQA 3NF9A 3OYHA 1J6ZA 1NGCA 3KWIA 4F2RA 4KKOA 3C6HA 1I39A 2PZSA 4CJTA 2OPQA 3R3LA 3CFPA 4JI8K 5BN9A 2G8UA 4AHVA 1VQ7N 2QXFA 3IUCA 3O4QA 4DSEA 1HPMA 4PHTX 2VG6A 3SAFA 4IOCL 3QEVA 3ZSQA 4ILHA 1YIJN 3THYB 5HROA 4HE7A 1RCHA 4FLYA 1HR0K 4E19A 4IWVA 2E88A 2KHOA 1NGIA 2NNWA 3AVGA 3QBWA 4FWMA 5AZIB 3KVGA 4CGFA 1DKGD 3V9SA 5JVHL 1QQMA 4A61A 3OS1A 4UAEF 3TAMA 4A59A 3TSQA 2YHAA 3MMVA 2Z1IA 3VQ7A 4KHQA 4M3UA 1GLFO 5BRDA 1XNRK 3QIOA 4YDUC 5M1PA 3RMAA 5AZIA 3LALA 3OTOK 3OYMA 4CFCA 4M3RA 5DM7L 2WONA 2XY7A 4JHDA 3TWHA 3OYFA 4JEPA 5HRPA 2VCPA 4ISEA 5FROA 2KTQA 1BQNA 2PBDA 2HNYA 2UUAK 4CEBA 1BMRA 3G4SN 1N36K 2DTUA 5ADXH 5CZ2A 1OH6A 3G6EN 4CESA 2UXDK 4JK9A 3AO3A 1TK5A 1JXBA 3VF2A 5AZJB 3MEGA 2M8BB 2B4JA 4J2AA 4QOZB 2CGKA 3IMXA 4DWIA 2QM1A 3K0SA 4WQ5C 4FJJA 3DXMB 3AA5X 4W5OA 1K73O 4C8LA 3S41A 2VQFK 1CZAN 1KVCA 4QS9A 4DFKA 2E6LA 3KK2A 4L8RB 5F0XA 4JKAA 3O9RA 1XC9A 3L4IA 5A2QO 4OJRA 4MO4A 1NMNA 1ZYVA 1RDWX 4CZKA 4YOXA 1MR4A 4IZ9A 4PL7A 5HRSA 4K0KK 4DV7K 1RGIA 3O9UA 3VPZA 5C25A 1BK8A 1V4TA 3A2FA 1CZ9A 4CZMA 1FJGK 2D56A 3QESA 3C6AA 1ZBSA 2WC9A 3L3UA 1U49A 2DY4A 1U04A 3E9PA 3FZHA 4PY5A 2E2QA 3TAQA 3MN7A 4FSVA 3KC6A 1LOTB 1QSSA 2Q0RA 2HNZA 4E7IA 2O8EA 5GIOA 3CYGA 2HBLA 4Q0BA 1QVFM 4IOXA 5AQSA 2ZM6K 1C1BA 3HL8A 1GLBG 4O8KA 3NF8A 1XC3A 1S5JA 2FSJA 3OYJA 4EHTA 4E7KA 1BOTO 2NRTA 4CEEA 4O0IA 1VSLA 1LQQA 1SL0A 2SN3A 1BISA 1NRAA 3K9JA 3VEZA 3PO5A 4XIUA 4JNEA 4FJGA 4I6MA 1TYQA 4OO1J 4W5QA 2YHXA 4NXMK 1T7AA 3O8MA 1MWMA 2HHWA 2HBMA 4YDUA 2OCEA 2WUSA 2E3GA 4BRHA 3SUNA 2OA8A 4WFBL 4KH6A 5GAHP 3KZBA 3LAKA 1WSIA 4ISGA 3SUQA 3QO9A 2UUCK 2P9UB 4W5RA 1C0TA 1SL1A 1EWRA 1NGBA 3NH2A 1SZ2A 4CF1A 3LZJA 5C2DA 1N34K 5E26A 3CC7N 2HHIA 1IKWA 1UAXA 4EAHD 4MDAA 3HZ6A 2HB5A 3G25A 5KPTA 5AQKA 3CMEN 3E01A 3M8PA 3F5TA 2Q1NA 4PKGA 2VY6A 2B5JA 4DV6K 3VQPA 2QTDA 1L3UA 3VESA 3DLRA 3VQAA 2F8SA 1S1XA 3KK1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JWK A;  4CJQ A;  5EX5 A;  3I55 N;  4O44 A;  1JLE A;  2QWO A;  3QIP A;  4EP4 A;  4BRI A;  3JAM O;  2JGU A;  4NCB A;  3SBG A;  3ZT4 A;  3SUO A;  3G0Z A;  1FKO A;  4LF6 K;  2OTL N;  4CZJ A;  1NE5 A;  1CXU A;  2YC1 C;  2W6K A;  4H8K A;  2F9T A;  4CEO A;  1RDB A;  2RN2 A;  4NYF A;  4O55 A;  5HOO A;  3ZSR A;  1EWQ A;  3R2V A;  4JLH A;  5D3G A;  3CJB A;  3IRX A;  2D5R A;  2WFB A;  1NMD A;  2I5J A;  3U3G A;  3CCQ N;  1VNA A;  1NK5 A;  4FW2 A;  3AVL A;  1GOB A;  4GVE A;  2VWJ A;  4DR6 K;  3AA4 A;  4M3Y A;  1VSE A;  5LMN K;  2O8B A;  1TKT A;  1T03 A;  1TV6 A;  3EO3 A;  4F3T A;  1T44 A;  2OYQ A;  4FO0 A;  4CHY A;  2FXU A;  4OGC A;  4CJU A;  4H0X B;  3HP9 A;  3SMS A;  1QVG M;  3I33 A;  3KP0 A;  3E66 A;  3SV4 A;  3M8Q A;  3IDH A;  3UKU A;  2IS3 A;  3L3V A;  4H5W A;  3KP1 A;  4FJI A;  2V7Y A;  4FWQ A;  4HVJ A;  4DV2 K;  4DR5 K;  2I7P A;  3DM2 A;  1NK6 A;  3L2U A;  3CJ1 A;  2DFE A;  2IGI A;  3THV A;  3UB5 A;  3F2K A;  4XH4 A;  2ITM A;  1T7P A;  2O8D B;  4BRF A;  1L3T A;  1H1V A;  3CI5 A;  4EFH A;  4JD2 B; 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