The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
303
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structure length |
303
|
Chain Sequence |
MSTFWSGYIALLTLGTIVALFWLIFATRKGESAGTTDQTMGHAFDGIEEYDNPLPRWWFLLFIGTLVFGILYLVLYPGLGNWKGVLPGYEGGWTQEKQWEREVAQADEKYGPIFAKYAAMSVEEVAQDPQAVKMGARLFANYCSICHGSDAKGSLGFPNLADQDWRWGGDAASIKTSILNGRIAAMPAWGQAIGEEGVKNVAAFVRKDLAGLPLPEGTDADLSAGKNVYAQTCAVCHGQGGEGMAALGAPKLNSAAGWIYGSSLGQLQQTIRHGRNGQMPAQQQYLGDDKVHLLAAYVYSLSQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of cbb3 cytochrome oxidase provides insights into proton pumping.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
86
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| structure length |
303
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| sequence length |
303
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| chains with identical sequence |
F, I, M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-09-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF13442 | Cytochrome_CBB3 | Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III |
| C | PF14715 | FixP_N | N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 | Cytochrome c-like domain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 | Cytochrome c-like domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Y5R A; 3WUI A; 4EID A; 2GB8 B; 3CU4 A; 1CED A; 1LC1 A; 1YCC A; 1DVV A; 1CIG A; 5KAI V; 2N9I A; 4WQC A; 3OA8 A; 1LFM A; 4WQD A; 1DII C; 1CCH A; 5KLI B; 1RAQ A; 2CXB A; 3L72 D; 4MU8 A; 3A0B V; 4L3G A; 4JCG A; 2QJP B; 2DGE A; 3H1H D; 1FHB A; 1RZ6 A; 1NMI A; 5GTH V; 4P4Q B; 1BL9 A; 1CSX A; 1H33 B; 2C2C A; 1FOC A; 1CXC A; 1IRW A; 4AAN A; 1C75 A; 4WQ9 A; 2BGV X; 1H33 A; 2B10 B; 1C2R A; 5DFS A; 4XYD B; 4D6T D; 3WFE C; 3WFC C; 2GC4 D; 2BLF B; 5KAF V; 1QN2 A; 1CIE A; 2PCB B; 1N90 A; 3O1Y A; 1JDL A; 5KLV D; 5TIS V; 2AIU A; 3PXT A; 3L70 D; 1IRV A; 1CSW A; 4RSZ A; 3DR0 A; 4PW9 B; 1NTM D; 3ZOO A; 3TYI A; 4AAM A; 1YEB A; 4Q5P A; 1CTJ A; 5CIG B; 3OCD B; 2AXT V; 3CWB D; 2V08 A; 4N0K A; 5DJQ B; 2MTA C; 1C6S A; 2EXV A; 1P84 D; 1S6V B; 3H1I D; 1SQP D; 5DF5 A; 2ZZS 1; 1W5C T; 3KZI V; 3HQ6 A; 3SWS A; 1C6R A; 1COT A; 3OCD A; 1L0L D; 3RMZ A; 3L4O A; 1KB9 D; 4L1Q A; 3H1L D; 1CRG A; 3WU2 V; 1E8E A; 1HCM A; 4J20 A; 2FYU D; 1CHJ A; 2N9J A; 3ZOX A; 4WQB A; 4UB8 V; 4V2K A; 1EZV D; 4PWA A; 3CXH D; 1C7M A; 1CYC A; 2MHM A; 1K3G A; 3PH2 B; 5DJQ C; 2ZXY A; 3PXW A; 3SVW A; 4WQ7 A; 5B5E V; 1CRI A; 3CXH W; 1H31 B; 1CYJ A; 1FJ0 A; 2FWL A; 1IQC A; 1DW1 A; 1I54 A; 2YK3 A; 2ZOO A; 5C9M A; 1DW3 A; 1FI7 A; 1DVH A; 2JQR A; 3O20 A; 1NU1 D; 2BCC D; 1H31 A; 1S5L V; 1M70 A; 3NWV A; 2B12 B; 4FA5 A; 4FAN A; 4H0K A; 1OCD A; 1CC5 A; 1MZ4 A; 4KMG A; 1A8C A; 1KIB A; 1H9X A; 4WQA A; 1BGY D; 1DW0 A; 1FI3 A; 1NML A; 1I6D A; 3A9F A; 1SQX D; 3MK7 C; 1N9C A; 2B4Z A; 3HQ9 A; 3VYM A; 1YEA A; 1I5T A; 3L73 D; 2BH4 X; 1CHH A; 1PPJ D; 1F1F A; 1KX7 A; 5GTI V; 4AAL A; 1NTK D; 4EIE A; 1HJ3 A; 3H1J D; 3A0H V; 1RZ5 A; 3HQ8 A; 1C2N A; 2YCC A; 1M60 A; 1B7V A; 3C2C A; 4GED B; 5CIH B; 1C6O A; 1QKS A; 2B11 B; 5E79 V; 3WC8 A; 3DP5 A; 2OZ1 B; 1WEJ F; 2JTI B; 2GC7 D; 2BPB B; 5B66 V; 1KV9 A; 2PAC A; 3HQ7 A; 4AAO A; 2CE1 A; 155C A; 1L0N D; 1ZRT D; 1KX2 A; 1HZV A; 3VNW A; 2OZ1 A; 4FA1 A; 2YQB A; 3BCC D; 1CSV A; 2N3Y A; 4DY9 A; 2AI5 A; 2C1V A; 1CRY A; 5CIE B; 1BE3 D; 1MG3 D; 1R0Q A; 1A2S A; 2L4D A; 4AX3 A; 2VHD A; 1YFC A; 1HRO A; 3DMI A; 1L9B C; 1I8O A; 4O1Q A; 1RAP A; 4XXL A; 4EIC A; 1H9Y A; 1LMS A; 3NBT A; 1AOQ A; 2D0W A; 1CRH A; 2A06 D; 4H0J A; 1SQV D; 3CYT I; 1CIH A; 2HV4 A; 1CRC A; 1LC2 A; 2N3B A; 1KYO D; 1DW2 A; 3CP5 A; 2FRC A; 1CTZ A; 5CYT R; 1AOF A; 3O5C A; 1IO3 A; 1KYO W; 1COR A; 2C1D B; 1HH7 A; 3SJL A; 3ZOW A; 2B0Z B; 1CO6 A; 3L71 D; 3RLM A; 2DVH A; 4FA9 A; 4EIF A; 2CA3 B; 1DT1 A; 3SLE A; 3M97 X; 1GIW A; 1OAE A; 1GKS A; 1K3H A; 3L4M A; 1GJQ A; 1PP9 D; 3H1K D; 4L3H A; 2ORL A; 2C8S A; 1A56 A; 1M6Z A; 3OA8 B; 3ORV A; 5CID B; 4U3F D; 1U75 B; 2GIW A; 4GYD A; 1I55 A; 3WFB C; 3WFD C; 1U74 B; 3RN0 A; 3SXT A; 3ZCF A; 1GU2 A; 1NIR A; 1SQQ D; 1I6E A; 1CHI A; 1L9J C; 451C A; 1EB7 A; 2I8F A; 1VYD A; 4WQ8 A; 1CXA A; 1H1O A; 1ZZH A; 1N15 A; 2PCC B; 5AUR A; 1BCC D; 1KB0 A; 1AYG A; 1H32 B; 2BH5 X; 1NTZ D; 5CIC B; 1YNR A; 2ZBO A; 3ZOY A; 4FAV A; 1I8P A; 4YE1 A; 2N18 B; 1SQB D; 3L75 D; 4FB1 A; 1ETP A; 1WVE C; 4IL6 V; 4NFG B; 2QJY B; 1H32 A; 3PXS A; 4UB6 V; 5C0Z A; 4LJI A; 1HJ4 A; 2YIU B; 1IZL 0; 1N50 A; 4QAO A; 1FCD C; 1HJ5 A; 5H2F V; 2C1U A; 3RN1 A; 3X39 A; 1E29 A; 1QL4 A; 2LIT A; 3ZIY A; 3CX5 D; 2C9X B; 2D0S A; 1FI9 A; 4K3I A; 2LIR A; 5EXQ A; 1CRJ A; 3JBT B; 2FYN B; 3TGU D; 2N18 C; 3ZBM A; 3CX5 W; 1AKK A; 1QYZ A; 4FA4 A; 2V07 A; 1LS9 A; 4O1W A; 4PD4 D; 2CA4 B; 5KKZ B; 1CSU A; 1HZU A; 1HRC A; 5B6Q A; 1CIF A; 1YIC A; 1NNO A; 5CIB B; 1CTY A; 1YTC A; 1YIQ A; 1W2L A; 2XTS B; 3L74 D; 1MG2 D; 2QJK B; 1J3S A; 1GDV A; 1GQ1 A; 1CYI A; 4PJ0 V; 3O0R C; 5IY5 1; 2C1D A; 351C A; 5CIF B; 1E2R A; 2BCN B; 1DIQ C; 2IBZ D; 3NBS A; 3VRD A; 1F1C A; 1CCR A; 3MK7 B; 4WQE A; 1CNO A; 1C52 A; 1QL3 A; 2CE0 A; 2ZON G; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LKG A; 5AQJ B; 2XZE A; 3CU4 A; 1CED A; 4PJL A; 4X1K E; 2V7L A; 2KND A; 1LC1 A; 1YCC A; 3Q2M A; 2BVM A; 3JC6 D; 4JI0 T; 2N9I A; 1HCI A; 4AKR B; 3OA8 A; 2X68 A; 1LKX A; 3VR9 A; 1RAQ A; 1NEK A; 1Y01 A; 3A0B V; 4L3G A; 2J1D G; 3P4R A; 2QJP B; 4COF A; 4X66 T; 5JQG E; 2C2C A; 2WB5 A; 2M67 A; 3G06 A; 3RQU A; 2MYS A; 3AA7 B; 4PFO A; 1C75 A; 1I94 T; 4WQ9 A; 2A2F X; 2BGV X; 3AE5 A; 4HWF A; 4TV9 E; 5DFS A; 4H9P C; 3WFE C; 2GC4 D; 3ONJ A; 4HKA A; 1CIE A; 2C5I T; 2PCB B; 1G73 A; 4IE0 A; 1BR0 A; 3CQX C; 3LK2 B; 3PXT A; 4C91 A; 1IRV A; 3OJA A; 4QH1 A; 1NTM D; 3ZOO A; 2LHN A; 3RC3 A; 2SPC A; 2WAU A; 3B13 A; 3PUW F; 3NZP A; 3OCD B; 2AXT V; 1KK7 A; 1LVF A; 1HG2 A; 2WMO A; 3A5X A; 3RX6 A; 4CI1 B; 3HQ6 A; 3P4W A; 1C6R A; 4P09 A; 4ZHQ E; 2X9H A; 2Z6E A; 1KB9 D; 2A72 A; 3O9X A; 4QXH B; 4L1Q A; 2BG9 B; 4HWH A; 3W15 B; 4NIQ A; 3WU2 V; 3C51 A; 3PUZ F; 4CI2 B; 3Q5D A; 2ZM0 A; 3QUJ A; 2C5J A; 3ANW A; 1XMQ T; 3AE9 A; 3BQI A; 4LML A; 5HWY A; 2K9A A; 1EZV D; 4PWA A; 3CXH D; 3ZEF B; 1CYC A; 3R6N A; 1OED C; 3PH2 B; 2DHR A; 3N9O A; 3OVU A; 2WZH A; 3TLS A; 1CYJ A; 2CWY A; 1ZHC A; 3FXD B; 1IQC A; 1DW1 A; 2DWG A; 2J62 A; 1ZOY A; 4JI3 T; 2DNX A; 2JQR A; 3EDU A; 4LF8 T; 3O20 A; 4AI6 A; 2KXP B; 5F5W A; 2BG9 C; 3RH3 A; 5ABE A; 3NWV A; 3UUL A; 2B12 B; 4FAN A; 2YDQ A; 3VRB A; 1CC5 A; 3UQ7 A; 4X1I E; 4TWF A; 1KIB A; 4KI0 F; 1IBK T; 1HS7 A; 3NZQ A; 2G0U A; 3A9F A; 1NEN A; 3TLU A; 2CXD A; 5EZY E; 3HQ9 A; 3VYM A; 4WYV A; 3Q5X A; 1T98 A; 3L73 D; 2QVA A; 4X1Y E; 1CHH A; 1KX7 A; 2OLT A; 2K24 A; 3L09 A; 5DQV A; 1RZ5 A; 1C2N A; 1M60 A; 1B7V A; 4F6R C; 4LF5 T; 2LRL A; 3BK9 A; 2E9X D; 5E79 V; 4OYJ A; 1MMG A; 3RLF F; 1KV9 A; 3QC9 A; 5LBM A; 3HQ7 A; 2CE1 A; 155C A; 2XQ9 A; 2MTQ A; 1S35 A; 3OTO T; 1VCT A; 3BCC D; 2YKS A; 2X67 A; 4YTP A; 4DY9 A; 4MAL A; 3TKL B; 1A2S A; 2L4D A; 2WDQ A; 2VHD A; 1YFC A; 1W09 A; 1UUS A; 2NTX A; 3S4U A; 4EED A; 4O1Q A; 1RAP A; 4DBR A; 1LMS A; 2CXL A; 2D0W A; 1CRH A; 2A06 D; 2QYW A; 3UT5 E; 3AXJ B; 3AEB A; 2XSB A; 3ZYM A; 2WS3 A; 2HV4 A; 3PU3 A; 2C0S A; 1DW2 A; 2MPK A; 2IIU A; 3P4P A; 4HE8 A; 3LK4 2; 1CTZ A; 3F2E A; 1KYO W; 2C1D B; 1HH7 A; 4GKK T; 5CJ5 A; 1UX5 A; 1CO6 A; 3RIF A; 2LSK A; 1IJ5 A; 4IT4 A; 1BR2 A; 4PJN A; 2XQY A; 2YU1 A; 2KIN B; 3RIU A; 1N34 T; 1K3H A; 2CLY B; 4QKN A; 4DND A; 4JEH B; 4O2B E; 2D9D A; 5IWA T; 1IBL T; 3KV4 A; 2OA5 A; 3DJB A; 4ZEY A; 3SXT A; 1UK5 A; 4YLH A; 1SQQ D; 4AXP A; 1Y64 B; 1EB7 A; 2I8F A; 1KFY A; 4ZI2 C; 1EZ3 A; 5LHH B; 1VCS A; 2KZ7 B; 5JDQ A; 2V7M A; 3K3O A; 3B57 A; 1AYG A; 4KHP T; 5AQN B; 3RQW A; 2IUB A; 1I8P A; 4TX5 A; 2CLY C; 2CBI A; 2CE7 A; 2XHE B; 1XZY A; 4GYS A; 4TV8 E; 4EZ4 A; 1D1C A; 1WVE C; 2W0G A; 3Q5W A; 4JV5 T; 3AE8 A; 5ADX L; 3SFE A; 5C0Z A; 2W66 A; 3RYI E; 3K3N A; 3L8R A; 4EGW A; 4LJI A; 2YIU B; 4FJO A; 5JDN A; 1HR0 T; 3AAA B; 3IBP A; 1D0X A; 3FBL A; 3X39 A; 2W62 A; 4QWN B; 2UXC T; 2VVN A; 5IHY A; 1E29 A; 2NW8 A; 2LIT A; 3KV9 A; 2XY8 B; 2MBG A; 1LRZ A; 2JJ9 A; 4K3I A; 2MOZ A; 3AE2 A; 1CRJ A; 3JBT B; 3TGU D; 1B7T A; 1FMW A; 3EVY A; 3UQ4 A; 3ZBM A; 3QK6 A; 4I43 B; 4L9I A; 4PW8 A; 4LMJ A; 5KKZ B; 3MZK B; 3BQL A; 4U31 A; 3C4W A; 2VK9 A; 5B6Q A; 1CIF A; 1YIC A; 1NNO A; 2KLQ A; 5L47 A; 5L3F B; 4HTE A; 1CTY A; 3SRZ A; 1YTC A; 3N9L A; 1W2L A; 2E9X C; 4IE5 A; 5LMN T; 3L74 D; 3MKD A; 5FL0 A; 2K48 A; 2QJK B; 2L9Q A; 1J3S A; 1CYI A; 5IY5 1; 4PNI A; 2C1D A; 5CIF B; 2KWI B; 3MK7 B; 2WCA A; 1SA0 E; 3I1A A; 4U74 A; 5HXC A; 4NPP A; 2ZON G; 2ACZ A; 4CXX A; 3IF8 B; 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