The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
405
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sequence length |
1449
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structure length |
1419
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Chain Sequence |
VGQQYSSAPLRTVKEVQFGLFSPEEVRAISVAKIRFPETMDETQTRAKIGGLNDPRLGSIDRNLKCQTCQEGMNECPGHFGHIDLAKPVFHVGFIAKIKKVCECVCMHCGKLLLDEHNELMRQALAIKDSKKRFAAIWTLCKTKMVCETDVPSEDDPTQLVSRGGCGNTQPTIRKDGLKLVGSWKKDRATGDADEPELRVLSTEEILNIFKHISVKDFTSLGFNEVFSRPEWMILTCLPVPPPPVRPSISFNESQRGEDDLTFKLADILKANISLETLEHNGAPHHAIEEAESLLQFHVATYMDNDIAGQPQALQKSGRPVKSIRARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVISGDPNLELDQVGVPKSIAKTLTYPEVVTPYNIDRLTQLVRNGPNEHPGAKYVIRDSGDRIDLRYSKRAGDIQLQYGWKVERHIMDNDPVLFNRQPSLHKMSMMAHRVKVIPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNLHVPQSEETRAELSQLCAVPLQIVSPQSNKPCMGIVQDTLCGIRKLTLRDTFIELDQVLNMLYWVPDWDGVIPTPAIIKPKPLWSGKQILSVAIPNGIHLQRFDEGTTLLSPKDNGMLIIDGQIIFGVVEKKTVGSSNGGLIHVVTREKGPQVCAKLFGNIQKVVNFWLLHNGFSTGIGDTIADGPTMREITETIAEAKKKVLDVTKEAQANLLTAKHGMTLRESFEDNVVRFLNEARDKAGRLAEVNLKDLNNVKQMVMAGSKGSFINIAQMSACVGQQSVEGKRIAFGFVDRTLPHFSKDDYSPESKGFVENSYLRGLTPQEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKALEDIMVHYDNTTRNSLGNVIQFIYGEDGMDAAHIEKQSLDTIGGSDAAFEKRYRVDLLNTDHTLDPSLLESGSEILGDLKLQVLLDEEYKQLVKDRKFLREVFVDGEANWPLPVNIRRIIQNAQQTFHIDHTKPSDLTIKDIVLGVKDLQENLLVLRGKNEIIQNAQRDAVTLFCCLLRSRLATRRVLQEYRLTKQAFDWVLSNIEAQFLRSVVHPGEMVGVLAAQSIGEPATQMTLKKVTSGVPRLKEILNVAKNMKTPSLTVYLEPGHAADQEQAKLIRSAIEHTTLKSVTIASEIYYDPDPRSTVIPEDEEIIQLHFSLQQSPWLLRLELDRAAMNDKDLTMGQVGERIKQTFKNDLFVIWSEDNDEKLIIRCRVVAEEDHMLKKIENTMLENITLRGVENIERVVMMKYDRKVPSPTGEYVKEPEWVLETDGVNLSEVMTVPGIDPTRIYTNSFIDIMEVLGIEAGRAALYKEVYNVIASDGSYVNYRHMALLVDVMTTQGGLTSVTRHGFNRSNTGALMRCSFEETVEILFEAGASAELDDCRGVSENVILGQMAPIGTGAFDVMIDEESL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of transcription: nucleotide selection by rotation in the RNA polymerase II active center.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
|
| molecule tags |
Transcription
|
| total genus |
405
|
| structure length |
1419
|
| sequence length |
1449
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2004-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00623 | RNA_pol_Rpb1_2 | RNA polymerase Rpb1, domain 2 |
| A | PF04983 | RNA_pol_Rpb1_3 | RNA polymerase Rpb1, domain 3 |
| A | PF04990 | RNA_pol_Rpb1_7 | RNA polymerase Rpb1, domain 7 |
| A | PF04992 | RNA_pol_Rpb1_6 | RNA polymerase Rpb1, domain 6 |
| A | PF04997 | RNA_pol_Rpb1_1 | RNA polymerase Rpb1, domain 1 |
| A | PF04998 | RNA_pol_Rpb1_5 | RNA polymerase Rpb1, domain 5 |
| A | PF05000 | RNA_pol_Rpb1_4 | RNA polymerase Rpb1, domain 4 |
| A | PF05001 | RNA_pol_Rpb1_R | RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Topoisomerase I; Chain A, domain 4 | Topoisomerase I; Chain A, domain 4 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Enzyme I; Chain A, domain 2 | Enzyme I; Chain A, domain 2 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Barwin-like endoglucanases | Barwin-like endoglucanases | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Gyrase A; domain 2 | Gyrase A; domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | RNA polymerase ii |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZYR D; 1Y1V A; 1I50 A; 4CRZ A; 4KDL A; 4AOK B; 3QC8 A; 2YU9 A; 3IR7 A; 1PYQ A; 3QQ8 A; 3H0G A; 1Y1W A; 5T5I D; 4AZD A; 2V45 A; 3TIW A; 2DMR A; 1WLF A; 2PMZ A; 1TWH A; 2C45 A; 1UHE A; 1EU1 A; 1SFO A; 1CZ4 A; 1IW7 D; 1Y5I A; 2CW0 D; 3HU3 A; 4KDI A; 1SMY D; 1TWC A; 1E32 A; 1TWA A; 1WCM A; 5GLF A; 1PPY A; 5FTJ A; 2JIR A; 5DYI A; 1PYU B; 3GTJ A; 4GA6 A; 2A68 D; 5T5M D; 3ML1 A; 1CR5 A; 2VPW A; 4AON B; 3QQ7 A; 2JA6 A; 2VUM A; 2PJH B; 2BE5 D; 1FDI A; 2A6H D; 5C1B A; 4C2M A; 1K83 A; 1YNN D; 4D7Z B; 1HQM D; 1TWF A; 1QCS A; 1PQE A; 1UHD A; 2O5J D; 3GTL A; 2NVX A; 2R92 A; 2A69 D; 1E61 A; 1I3Q A; 1OGY A; 1VC3 B; 2JIP A; 5FTN A; 1G8J A; 3OUG A; 1KQG A; 1CZ5 A; 3GTO A; 1R27 A; 2VPX A; 4KOD A; 4AAY A; 1G8K A; 5B6C A; 3GTP A; 2E2H A; 2Y0S A; 1E5V A; 1E60 A; 1PQF A; 5DYG A; 1DMS A; 2EEO B; 3DMR A; 1YNJ D; 4RV0 A; 2NVY A; 1TWG A; 1H5N A; 2WB1 A; 3CQZ A; 2VPZ A; 1I6V D; 3O5A A; 5FTL A; 1Q16 A; 2NAP A; 2NYA A; 2JA5 A; 1H0H A; 1DMR A; 1SIW A; 2IV2 X; 4GA5 A; 2JA7 A; 3GTG A; 2VPY A; 1QDN A; 3IR6 A; 2B63 A; 4KO8 A; 3HKZ A; 3HU1 A; 2WAQ A; 4AYB A; 3IR5 A; 2V3V A; 1R9T A; 2R93 A; 3PLX B; 3GTQ A; 3GTM A; 5FTK A; 2A6E D; 3CF2 A; 2E2I A; 3QWZ A; 1PT0 A; 2JIM A; 4QIW A; 1FDO A; 2E7Z A; 2JIQ A; 3TM7 B; 4CS0 A; 5C18 A; 2JIO A; 1E18 A; 3GTK A; 2KI8 A; 1AW8 B; 1Y4Z A; 1PQH A; 3FKI A; 4DMR A; 1AA6 A; 2R7Z A; 5FTM A; 4CRY G; 1PT1 A; 1KQF A; 1TMO A; 1R7R A; 1S3S A; 3HU2 A; 5EPP A; 1YLE A; 4KLN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SC7 A; 4IP8 A; 4AOK B; 3Q8Q B; 4GC6 A; 4BLA A; 1PYQ A; 2C2D A; 3H0G A; 3GTK K; 3TIW A; 4IAJ A; 2C45 A; 4ECV A; 2RDJ A; 3X2K A; 2Q2U A; 2CW0 D; 2HHH H; 1B6R A; 5C8Y F; 3L2P A; 1EI6 A; 4LQY A; 3R5H A; 3Q3Q A; 1GGO A; 3TFJ A; 3IPJ A; 5FD5 A; 2C28 A; 2R93 K; 2YU9 K; 3GIJ A; 3LP8 A; 3KHL A; 3HOZ C; 4EGJ A; 3FOF A; 1IW7 A; 3ML1 A; 2E2H C; 1ULZ A; 4C3J K; 1O2A A; 1ZC1 A; 4LF9 H; 4YFN A; 1HQM D; 1K1Q A; 4G0U A; 4WBN F; 4LFC H; 1RRJ A; 2BE5 A; 5C3E G; 2NVT C; 1G8K A; 3LAP A; 3I4N C; 3T1H H; 5DLF A; 4OIP A; 2NVX K; 3X2N A; 1Z2N X; 2VR1 A; 1XPP A; 1V4Y A; 4EFE A; 4ECS A; 3HOU G; 4YY3 H; 4DL5 A; 1O25 A; 3QZ8 A; 1DCH A; 4V2Q A; 1XMO H; 1QDN A; 1JQW A; 5KFQ A; 3U9T A; 3IR5 A; 1T36 A; 2YRW A; 1I6V A; 3T02 A; 2A6E D; 3AYH B; 2DWC A; 1PJ6 A; 3V4G A; 5IOS A; 3GV8 B; 3RBE A; 2JA7 G; 3GTL C; 5C44 K; 3S1R K; 5KT4 A; 1HR0 H; 5FLM G; 4ME6 A; 4YBZ B; 2KSW A; 4E4T A; 4ZI7 F; 2NUA B; 5T5I D; 4ED3 A; 1L8F A; 5KG6 A; 4I55 F; 2C00 A; 1VAJ A; 2R6F A; 3HBL A; 5HV6 A; 3MR2 A; 3FDS A; 3H3V H; 2W9B A; 2M05 A; 3BA9 A; 4RZQ A; 2OH2 A; 1TAE A; 1Y1W K; 4LF7 H; 3GIR A; 1KBL A; 4NXM H; 3I4M C; 4CQ5 A; 5M3M K; 3T01 A; 3GTM C; 1ZYM A; 3VPB A; 1B33 N; 4F4Z A; 4O2B F; 2C35 B; 4RUC A; 5D1O A; 3AQP A; 4A3D G; 1MIU A; 1I3Q A; 5IYB C; 1VC3 B; 4EJ3 A; 4LF5 H; 5FTN A; 1KJ8 A; 4B3M H; 5KFB A; 1L2Z A; 2A6H A; 1T6P A; 3BG5 A; 3BQ0 A; 2ZUF A; 3ORE A; 4A3K C; 4RV0 A; 4LF6 H; 3H20 A; 4KM9 A; 1Q8I A; 3O5A A; 1B6S A; 4JI7 H; 2NYA A; 1WCM G; 5LL6 b; 4AYB L; 3IR6 A; 4G0W A; 3H4B A; 3HKZ A; 3V6J A; 2W7V A; 4TQR A; 3TQ1 A; 5JQW A; 2RGV A; 2XCQ A; 4C6G A; 3RB0 A; 4A3M K; 3H3V L; 1VBH A; 2WE6 A; 1TWF K; 3OEP A; 3OTO H; 4IRC A; 4C3H C; 5IYD C; 4ED1 A; 1PT0 A; 1LPQ A; 4JI3 H; 1CQJ B; 3S2D K; 1GLV A; 2I8C A; 4X6A C; 2VQF H; 3S2H K; 2UU9 H; 4MEY A; 5C4X G; 2F5J A; 1R7R A; 1O2B A; 4BY7 K; 4A93 G; 4AQY H; 3N3Y A; 4HNT A; 4RB1 A; 2VPQ A; 3QC8 A; 2HVQ A; 1ZQ1 C; 4LSX A; 3J81 W; 4IWY A; 3M4O K; 3AD8 C; 2PMZ A; 1WSV A; 3N42 B; 5FPR A; 1M0W A; 2NU8 B; 3J80 W; 2R86 A; 5KFS A; 3GTG C; 1A0I A; 4FBS A; 3N6X A; 5T5M D; 1CR5 A; 2RDI A; 5M3F K; 4C5B A; 4BBR K; 2W7P A; 4KM8 A; 1ZQ7 A; 2MX8 A; 2PPB A; 5DGB A; 4KB4 A; 4C2M A; 5M5Y K; 1TWA K; 4QJV A; 2HVR A; 3CQZ C; 3IN5 A; 1S0O A; 2EZA A; 4LOW A; 3A8J A; 4O4I F; 3HXL A; 5C1O A; 4NLG A; 1S0M A; 1EHI A; 2W8L A; 2YZN A; 4JJO A; 5B6C A; 3RTX A; 1Y1V C; 1J6W A; 3MML B; 2FKL A; 3ORQ A; 1VRQ C; 1E5V A; 2HVS A; 1E60 A; 4A3C K; 4J9R A; 3HOX K; 4RAZ A; 3HOY C; 2ASL A; 4C5S A; 2R92 K; 4IRK A; 1SFO C; 1H5N A; 4YQW A; 4GTD A; 4I7H A; 3PO3 K; 3L4J A; 4UCT A; 1DMR A; 3QZ7 A; 4GKK H; 3MJF A; 4Y52 C; 2WAQ A; 4RUA A; 1YNJ A; 2NVY K; 1IBK H; 1A31 A; 3K7A C; 3PLX B; 2VUM C; 1EH1 A; 3V6H A; 1IE0 A; 1V51 A; 2AE0 X; 4X64 H; 4A3B K; 4DLK A; 3UQ8 A; 1NH3 A; 2IBK A; 5KT6 A; 4Q44 A; 1K4S A; 4XZ3 B; 2BR0 A; 5C44 G; 2MP0 A; 5EPP A; 4MAM A; 3GTQ K; 3HB9 A; 3M3Y C; 4KC6 A; 3S1Q K; 5EWG A; 5KG4 A; 1B4B A; 4PDB A; 4GTB A; 2XCO A; 3FKI K; 2R7Z G; 4DV6 H; 1WQG A; 4A3E C; 4J9P A; 3GIL A; 2XIG A; 1DCP A; 4A3G K; 5FTJ A; 4ECY A; 4GA6 A; 5D1P A; 2R7M A; 1Y1W G; 1WQF A; 2A68 D; 5L1L A; 1XZP B; 1R9T C; 1O26 A; 2R8G A; 5DGA A; 2E2J C; 2BQU A; 4QWA A; 1IBL H; 2W6O A; 4CC5 A; 4F4Y A; 3MAQ A; 5C5J A; 3M9O B; 3GTL A; 5D4D A; 2NVQ K; 3S1N K; 1I50 K; 4Q0Y A; 5CA0 F; 2QYZ A; 4GC7 A; 1G8J A; 2RGR A; 5CQG A; 4XCH A; 3V6K A; 2GSN A; 3SUJ A; 3Q1K A; 5KFM A; 2FQO A; 4RAY A; 1XNR H; 4KAS A; 5KFJ A; 1S68 A; 1JVI A; 4LH6 A; 2UUC H; 2IV2 X; 5FJ8 K; 1X9N A; 1Y2M A; 1WCM C; 2ASD A; 5C3E K; 4KMU A; 1V9P A; 2FK3 A; 5IOQ A; 3N8D A; 1RR8 C; 3GTM A; 3S14 K; 2E2I A; 2IA6 A; 4A3M G; 4QIW A; 1CE8 A; 5KFH A; 3GTO K; 4ECQ A; 3WVO A; 5KT3 A; 4MA5 A; 1PT1 A; 4WIL A; 1JOE A; 3RV4 A; 4GLX A; 4BBS C; 2FLP A; 3AD9 C; 4AYB E; 4C5R A; 3RJ0 A; 4BY7 G; 1ZYR D; 3RB3 A; 5M5W K; 1GYF A; 3U9S A; 4JUZ A; 5KFC A; 1N10 A; 4JCW A; 1GSA A; 3TTG A; 5KG7 A; 4DR6 H; 5IP7 C; 3R5F A; 4RB2 C; 2V58 A; 2JA5 C; 4JP6 A; 5C4J K; 1KJJ A; 3SZZ A; 2ZDQ A; 1KJ9 A; 2YS6 A; 1PPY A; 5DYI A; 4FZB A; 3H0G K; 4WD3 A; 4F4X A; 1YX2 A; 2PI8 A; 3MFH A; 2HWG A; 2R93 C; 4RNM A; 1IOV A; 4OX9 H; 3VMM A; 1VKZ A; 2XCA A; 4BXX C; 4RNN A; 4BBR G; 2PNW A; 1A9X A; 3LRD A; 1QCS A; 1C30 A; 3ORR A; 2R8J A; 1E4G T; 4QIW D; 4DUZ H; 1R27 A; 2FLL A; 4Q5V A; 2Y0S A; 4X66 H; 5BPF A; 2W9C A; 4A3C G; 2XD4 A; 3HOX G; 1HNZ H; 2VOB A; 2VPZ A; 2PIC A; 4TV8 F; 3CAG A; 2R92 G; 4FBU A; 3PO3 G; 4O4L F; 5KT2 A; 3GTG A; 3RB4 A; 2VPY A; 3LAJ A; 3ENG A; 2YCH A; 5JVD F; 3M9N B; 2PA8 D; 4BY1 C; 4IR9 A; 3GTJ C; 2PBZ A; 3R5X A; 4DR7 H; 4Y7N C; 5L1I A; 2NU7 B; 3RV3 A; 4UCV A; 2UUB H; 4LR2 A; 5IYC G; 4PAB A; 3QWZ A; 2UVV A; 3A8I A; 3Q8S B; 4ECU A; 4A3B G; 2KI8 A; 3M3G A; 3S1M K; 4MTD A; 5CHP A; 3S15 K; 1SCU B; 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3HOW C; 1PQH A; 5FLX W; 1BW4 A; 2AQ4 A; 4AN8 A; 5M5X K; 5KG5 A; 2MCT A; 2JA8 G; 4LLG A; 4R8U B; 4CRZ A; 3GTP C; 4Q45 A; 1VBG A; 2V45 A; 2GPW A; 3LF9 A; 1IW7 D; 3GSI A; 3U4Q A; 3M4O C; 3PW4 A; 2HGS A; 1SMY D; 2VPS A; 1WCM A; 5KFA A; 4EFB A; 1KEE A; 3GV7 B; 4YFK A; 4L1K A; 4DDQ A; 5HL8 A; 3H0G G; 1WR2 A; 3BAB A; 4EG0 A; 2BE5 D; 2AGP A; 3N44 B; 5IP9 C; 2R7Z K; 2F4Q A; 2G5D A; 1PQE A; 2V6T A; 4B3R H; 3VPD A; 5KFK A; 4EBC A; 2XC9 A; 1DGS A; 4KOD A; 4ZH4 A; 5KFE A; 2UVW A; 1BDF A; 5KG1 A; 4DUY H; 4JI1 H; 2O5I A; 3H4D A; 5KFD A; 4KN4 A; 4O2D A; 1WOO A; 3S17 C; 2E2I C; 4FFT A; 3G6V A; 4IWX A; 5KFY A; 4A3C C; 1I6V D; 1M0T A; 2CW7 A; 3K5I A; 2JA5 A; 1I7N A; 5BMV F; 5JUM A; 2N3E A; 4GFQ A; 4ED6 A; 3G4A A; 2UXB H; 1C0A A; 3T5K A; 2VA2 A; 2R93 A; 1RJR A; 4C5U A; 4GTE A; 2GSO A; 4ZHQ F; 4J9Q A; 2DPI A; 2ZDG A; 4TUY F; 4JV0 A; 2JIM A; 2LYI A; 1FDO A; 1C3O A; 3BQ2 A; 4GZY A; 5KFU A; 1W27 A; 3X2J A; 4MV1 A; 4DR3 H; 2FK1 A; 2V59 A; 3GEI A; 1KQF A; 2E2H K; 1E4F T; 1GSO A; 4LFB H; 3GIP A; 1VGX A; 4JLR C; 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