The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
120
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sequence length |
319
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structure length |
310
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Chain Sequence |
KPFENHLKSVDDLKTTYEEYRAGFIAFALEKNKRSTPYIERARALKVAASVAKTPKDLLYLEDIQDALLYASGISDKAKKFLTEDDKKESINNLIENFLEPAGEEFIDELIFRYLLFQGDSLGGTMRNIAGALAQQKLTRAIISALDIANIPYKWLDSRDKKYTNWMDKPEDDYELETFAKGISWTINGKHRTLMYNITVSLVKKNVDICLFNCEPQQPEKYLLLGELKGGIDPAGADEHWKTANTALTRIRNKFSEKGLSPKTIFIGAAIEHSMAEEIWDQLQSGSLTNSANLTKTEQVGSLCRWIINI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Restriction enzyme BsoBI-DNA complex: a tunnel for recognition of degenerate DNA sequences and potential histidine catalysis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA (5'-D(*T*AP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*T)-3')
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| molecule tags |
Hydrolase/dna
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| total genus |
120
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| structure length |
310
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| sequence length |
319
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.1.21.4: Type II site-specific deoxyribonuclease. |
| pdb deposition date | 1999-11-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09194 | Endonuc-BsobI | Restriction endonuclease BsobI |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | Recoverin; domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Restriction Endonuclease | Restriction Endonuclease |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MQY A; 3V21 A; 3DPG A; 3DVO A; 3V1Z A; 3MQ6 A; 3V20 A; 1DC1 A; 3N7B A; 3N78 A; 3DW9 A; 1KNV A; 1CFR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WCF A; 2MBX A; 2OS8 C; 4BY4 A; 1PRW A; 3I5G B; 2TN4 A; 3F45 A; 5AEQ A; 5HL1 A; 4AWK A; 4GPL B; 2MLF C; 2FJU B; 2JNX A; 2L5Y A; 2GGM A; 5AFP A; 1DJX A; 3DF0 B; 3BFH A; 2WCM A; 1U5I B; 3S0B A; 2P70 A; 2F3Z A; 3SG7 A; 3NXA A; 2M7N A; 1EJ3 A; 1Y1A A; 3FWC A; 1CLM A; 2KAX A; 4YGC B; 4GGF C; 2PQL A; 2E30 A; 3EVU A; 4P2Y B; 1WRL A; 2KHN A; 4ORC B; 5I2O A; 1TWO A; 4M2Q A; 2KQ6 A; 1H4B A; 1S36 A; 2F2O A; 1DF0 B; 2AUC A; 3H4S E; 3MSE B; 1QLK A; 4PHJ A; 1DVI A; 1K8U A; 1NX2 A; 1IWQ A; 3GOF A; 4CID A; 1BU3 A; 2GV5 A; 3D74 A; 4ORB B; 3UO9 A; 5IBW A; 3L4L A; 5DES A; 1CLL A; 4QJ5 B; 1SW8 A; 2BL0 B; 2JT0 A; 1IKU A; 5ER5 A; 1KCY A; 4INW A; 3TZ1 A; 2NCO A; 3CWG A; 2M8U A; 2KSP A; 2QEB A; 2LUC A; 2XI5 A; 4E5I A; 1QV1 A; 3PJI A; 5D42 A; 1K9U A; 5KTY A; 3L47 A; 3DVE A; 4GGN A; 2L4I A; 2I18 A; 1UUR A; 1IJ6 A; 1LS8 A; 2VRG A; 1YUU A; 2WND A; 3I5G C; 3TUY B; 1YVH A; 3OX6 A; 4OC8 A; 1B47 A; 4I5J A; 4NDB A; 3D0Y A; 2MLE C; 1M31 A; 1BOC A; 3N7H A; 4IL1 A; 1B4C A; 1FPW A; 2KI6 D; 1SDO A; 4ZCU A; 2AAO A; 5KU1 A; 2Q91 A; 2EWF A; 1YUT A; 4YGA A; 1YRT B; 1SMG A; 3NSO A; 3BYA A; 3SJS A; 3SG5 A; 2L98 A; 1F4Q A; 4NQG A; 3OBV A; 1CFC A; 1M46 A; 2WOR A; 4YGD B; 3CGA A; 4GAO A; 5HLV A; 4HRE E; 1OOI X; 1AUI B; 2CCM A; 1F71 A; 2K0J A; 2JZI A; 2F8P A; 1B1G A; 1HT9 A; 1XFZ O; 1DFM A; 3O2P A; 2YGU A; 4CHC A; 2BBM A; 4OVN F; 2CT9 A; 2BL0 C; 2H2K A; 4XJK A; 2PRU A; 3QME A; 3MQ6 A; 3DD4 A; 4PE1 A; 1DTL A; 3AKB A; 3PAL A; 2NLN A; 1QVI Y; 2K7C A; 1OOH A; 5FYX A; 3BJH A; 1CLB A; 3EKH A; 2I94 A; 5HKZ A; 1SPY A; 1DC1 A; 1KNV A; 1JSA A; 2JQ6 A; 5CSI A; 5HKW A; 2BEC A; 1DJG A; 1KK8 B; 2L2C A; 3TUY C; 5D4G A; 1CM4 A; 1TNP A; 1UHK A; 3AAK A; 2BNX A; 3CS1 A; 3CYZ A; 1OMR A; 4QJ4 B; 1X02 A; 2MHH A; 2JTZ A; 1Y0V H; 1TCF A; 1U5I A; 1K9P A; 2COL B; 2LP3 A; 1TUZ A; 1C3Z A; 2RGI A; 4KYN A; 1K2H A; 4AVL A; 4OKH A; 3NGV A; 2JT8 A; 2PAL A; 1TUJ A; 4MZK A; 3WVI A; 2WCL A; 3PFV A; 4PT1 A; 4CFQ A; 4DCK A; 3NSK A; 3B87 A; 2ZRT A; 1M39 A; 1AJ5 A; 1YUR A; 1LKJ A; 4INX A; 1GJY A; 2LMU A; 1S5G Y; 2CXJ A; 1S26 D; 1MXE A; 3CR4 X; 5EGA A; 1ES8 A; 1RRO A; 1QTX A; 2HF5 A; 4MLW A; 3S0D A; 2F33 A; 2QPT A; 1B7T Y; 2HET A; 2FCE A; 3EKJ A; 1NP8 A; 1SL7 A; 3IQQ A; 5ER4 X; 4AVG A; 3I5F B; 1VRR A; 1UHI A; 4DS7 A; 3HW6 A; 1TTX A; 1XFU O; 3SS5 A; 1CKK A; 1A03 A; 1FBV A; 3EK4 A; 3PAT A; 4I5K A; 3HW4 A; 3KPX A; 2OPO A; 3PSR A; 3M0W A; 2LV7 A; 4YI8 A; 1AP4 A; 3SS3 A; 1KK8 C; 3OHM B; 2QAC A; 1FI6 A; 1A29 A; 1SR6 B; 1D2I A; 4E5E A; 3O4Y A; 1QIV A; 2CTN A; 2PFJ A; 1J55 A; 3D77 A; 3DY9 A; 4NDD A; 1XFR A; 3SIA A; 3N7B A; 3CTN A; 2H61 A; 1K94 A; 5AAN A; 1KQM B; 2BBN A; 1XK4 C; 3DVK A; 4AVQ A; 3CR2 A; 1JF2 A; 2KGR A; 3VB1 A; 4UPG A; 4U8D A; 4PCW A; 2ERB A; 5FI7 A; 3TDZ A; 1YTZ C; 5B8I B; 1KK7 Y; 4YI9 A; 2L2E A; 1BHM A; 2LVV A; 1SRA A; 1NX3 A; 5I8N A; 1BOD A; 4OZD A; 3JTD B; 1NUB A; 2BCB A; 3L4A A; 1EG3 A; 4JPZ B; 1QS7 A; 3FS7 A; 5F6T A; 5I2Q A; 3I5F C; 2KI6 C; 1MQ1 A; 2WCH A; 1NCX A; 2EHB A; 2M3W A; 3AAJ A; 3B86 A; 3BXK A; 3DZT A; 3NSI A; 3S0G A; 2LP2 A; 4ZQQ A; 3VRQ A; 5I94 A; 2PVB A; 5DKQ A; 1HQV A; 2MRD A; 3CZ1 A; 3I5I B; 1ZMZ A; 3B6X A; 2LLT A; 3BOW B; 2I2R E; 1MXL C; 3R1V A; 2LLU A; 4MEW A; 2ISD A; 4F0Z B; 1B8R A; 3ODH A; 1PVB A; 1K90 D; 1SR6 C; 2O60 A; 4IJ7 A; 1OMV A; 4E5J A; 2JOJ A; 2OTG B; 3BFA A; 1Q80 A; 4AWH A; 1IJ5 A; 2QDI A; 2LNK A; 1EG4 A; 1OOF A; 4F7F A; 1CMG A; 4HRH A; 2WCB A; 1KQM C; 2E52 A; 1GM0 A; 1QIW A; 1SSE B; 5JHT A; 1CDM A; 3V21 A; 3I5H B; 4PHM A; 2E6W A; 3VRN A; 1C7W A; 2LAN A; 2Y1M A; 3SG4 A; 2HQ8 A; 5D8U A; 3EVR A; 2BKH B; 2JNF A; 2KNE A; 4F0P A; 4WRI A; 5CCY A; 3JTD C; 5DKN A; 1A2X A; 2KFH A; 4XYN A; 1DJH A; 2I7A A; 2O5G A; 1MR8 A; 3R1P A; 3RLZ A; 4TNC A; 3PM8 A; 3WVG A; 1UWO A; 2FOK A; 3I5I C; 2QEV A; 1ESG A; 3AKA A; 1SBJ A; 5GQQ C; 1OE9 B; 5JJG A; 4AWM A; 2JUL A; 1NCZ A; 2KOT A; 1TOP A; 4GGF A; 4MRY A; 1QWV A; 5I2L A; 1C7V A; 4R1E A; 2F3Y A; 1F55 A; 3HW5 A; 1L7Z A; 2MJW B; 2OTG C; 2WC6 A; 1P28 A; 2K7B A; 2LAP A; 2XI7 A; 3BUW B; 5CSF A; 1S3P A; 4OCI A; 2CBL A; 3HCM A; 3TDU A; 1PSR A; 1UP5 A; 2KAV A; 3KO0 A; 5FI2 A; 4DRW A; 3RM1 A; 2LHL A; 2KLD A; 3I5H C; 1SY9 A; 1PSB A; 1B9A A; 1LXF C; 2LC5 A; 1A75 B; 1PVA A; 1L2O B; 4WQ3 A; 1IRJ A; 1V1F A; 1ZAC A; 1DT7 B; 1RJV A; 1RTP 1; 1RFJ A; 1NSH A; 1J7R A; 3R72 A; 1OOG A; 4PHN A; 3PM2 A; 2K2F A; 3WXA A; 1R2U A; 4JD9 A; 3K1E A; 3OX5 A; 2HQW A; 2KBM A; 5KSZ A; 1F4O A; 2IS9 A; 2FOT A; 3GK2 A; 1AVS A; 1K95 A; 4DUQ A; 3CDN A; 2PSR A; 3DF0 A; 2JPT A; 3MQY A; 4CGS A; 1TNX A; 4YGB B; 1KSM A; 1WDC B; 3BOW A; 1J7Q A; 4E5F A; 1NYA A; 4C0J A; 3N78 A; 3O4X A; 4NFZ A; 2LMV A; 1BF5 A; 5D7F A; 2K8M B; 1DF0 A; 1NPQ A; 3LK0 A; 1TNQ A; 5BPJ A; 3A8R A; 3DXL A; 4GFT A; 2ZN9 A; 2L0P A; 3D10 A; 3PLF B; 3PN7 B; 3V1Z A; 4HRG A; 3OB2 B; 3S0F A; 1TNW A; 3CAB A; 3FIA A; 1CNP A; 1FF1 A; 2GTE A; 1IH0 A; 3S0E A; 3GK4 X; 1C07 A; 1CFR A; 1MHO A; 2WC5 A; 1DJW A; 1ORG A; 1AHR A; 1L2O C; 4A4C A; 4CFR A; 1C3Y A; 2JU0 A; 1XFV O; 2KI4 B; 1BR1 B; 1OMD A; 1Z4H A; 1BMO A; 4GUK A; 1D1O A; 4ZCV A; 3WVH A; 2K2A A; 2LLS A; 2M1U A; 3QRX A; 1DGU A; 3LCP C; 4D1E A; 3D78 A; 2QEO A; 1EL4 A; 3FE9 A; 1N0Y A; 3BAM A; 5I13 A; 2V53 A; 1QV0 A; 3A4U B; 2M49 B; 2K7D A; 1PK0 D; 1CDN A; 4F0Q A; 1ZOT B; 1WDC C; 1CFF A; 4ICB A; 1JC2 A; 3FE8 A; 1B8L A; 3SG6 A; 4ZHZ A; 1IGV A; 1QVI Z; 3WVK A; 1QXP A; 2KYC A; 3BQ3 A; 2KFF A; 1ALW A; 1GGW A; 5DBS A; 1BT6 A; 5TNC A; 1VRK A; 2KFG A; 1SCM B; 5AER A; 1AK8 A; 1LA0 A; 3PN7 C; 3D0Y B; 1WY9 A; 4CLN A; 2M1K B; 3BUX B; 2JC2 A; 1W7I B; 3LLE A; 3CR5 X; 1XFW O; 4JWQ A; 5EL2 A; 1JBA A; 4N1G A; 4MBE A; 2Y4Q A; 1OSA A; 3VGO A; 1TN4 A; 4FQO A; 1SL8 A; 1A75 A; 1BLQ A; 1CB1 A; 2K60 A; 2BE4 A; 1MF8 B; 1Y1U A; 1W7J B; 3EVV A; 1NCY A; 1PAL A; 1YX7 A; 1KFU L; 3DVJ A; 2KI4 C; 3DYE A; 4L9M A; 3CZT X; 2L4H A; 1W9Z A; 2QEH A; 3DVM A; 2D8N A; 1F54 A; 5JHV A; 3BM3 A; 2CNP A; 1JFJ A; 1SCV A; 2ZNE A; 1DMO A; 1S5G Z; 2KYF A; 5CZN A; 1REC A; 5D3O A; 5FDG A; 1JFK A; 1LIN A; 1RK9 A; 4XJK B; 1DEK A; 1IQ5 A; 4C0K A; 2BE6 A; 4GBA A; 2K61 A; 5CSJ A; 2WCE A; 1B7T Z; 5JOL A; 3GK1 A; 2ZND A; 4MN0 A; 1PUL A; 2ZKM X; 3WNX B; 2ZRS A; 1M45 A; 4AQJ A; 4N5X A; 1XK4 A; 1UHH A; 1ZUZ A; 3IVT A; 5FI6 A; 2JXL A; 5AXI A; 1J7P A; 1YVL A; 1CM1 A; 3VRP A; 4MSP A; 2BAP A; 1SCM C; 1ALV A; 2KGB C; 3NHI A; 1GGZ A; 3RZS A; 1Y1X A; 1J1E A; 1WLM A; 2BCX A; 5DKR A; 2WOS A; 2LVI A; 4MVF A; 1OW4 A; 2K7O A; 1CTR A; 2Q4U A; 2EC6 C; 3CZ2 A; 2H8V A; 3UNW A; 3D75 A; 3D73 A; 4JKT A; 3E3R A; 4JQ0 D; 3BFB A; 4YBH B; 2L51 A; 2LCP A; 3JVT B; 3ZWH A; 4E5H A; 2KLE A; 4FTG A; 2A4J A; 4OR9 B; 4PE0 A; 1K9K A; 1FZR A; 2SCP A; 4ORA B; 5D69 A; 1KWO B; 2AMI A; 4CPV A; 4Q04 A; 1BAM A; 1K93 D; 5DEB A; 1J7O A; 1KK7 Z; 1XA5 A; 3O78 A; 1M0D A; 3NHT A; 1YRU B; 3FE6 A; 3KEV A; 2NZ0 A; 1KFX L; 1XFY O; 3DW9 A; 2JRF A; 1FOK A; 2LVK A; 1TCO B; 3V2L A; 4M2O A; 4MRX A; 5HKY A; 3SG3 A; 1N2D A; 1OZO A; 2F2P A; 2FJY A; 4PHK A; 5DIC A; 1S6I A; 2KPH A; 1CMF A; 3V20 A; 2BKI B; 1CFP A; 1CDL A; 1S6J A; 2HPS A; 1KQV A; 3HW3 A; 1JWD A; 4ETO A; 3KF9 A; 1CDP A; 4E5L A; 1QX2 A; 1JUO A; 5HLO A; 1IIO A; 1DJZ A; 1NX1 A; 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3WHT B; 2Y1N A; 3EK8 A; 4PAL A; 1T14 A; 2P71 A; 4M2P A; 2NXQ A; 5HYD A; 1F70 A; 1M0I A; 4PE4 A; 3SG2 A; 3CAE A; 1MWN A; 3Q8I A; 1WRK A; 1RWY A; 4YRU A; 2B1U A; 2MA2 A; 2G9B A; 2OS8 B; 1H8B A; 3DPG A; 2ZN8 A; 3DVO A; 4ZI0 A; 4MZL A; 1SNL A; 3TS5 C; 4WQ2 A; 2BAM A; 2KBI A; 1UHJ A; 2G2B A; 1DGV A; 3IQO A; 1SK6 D; 2BCA A; 2FQZ A; 1KFX S; 1QX7 A; 2PAS A; 3A4K A; 1NWD A; 2EC6 B; 1LVC D; 2FCD A; 3BUN B; 1G8I A; 4P5O E; 4DIR A; 3LK1 A; 1CFD A; 1SYM A; 4PDZ A; 5PAL A; 1DJI A; 2KDH A; 2LHI A; 5K89 A; 1FI5 A; 1XYD A; 3K21 A; 3VRR A; 1S6C A; 1BR4 B; 4E5G A; 4I5N B; 1M63 B; 5J3X A; 1K96 A; 1SL9 A; 2JXC A; 2P0J A; 1OZS A; 1YX8 A; 1EH2 A; 5D9J A; 1BJF A; 3WHU B; 3BUO B; 1DEL A; 1S1E A; 4NDC A; 1KSO A; 4AWG A; 2JWW A; 4YYL A; 3OB1 B; 3C1V A; 2LVJ A; 1R6P A; 2WC8 A; 4I5L B; 4AWF A; 1UHN A; 4FQT A; 3FWB A; 3VRO A; 1B8C A; 3EK7 A; 4YGE B; 4CGX A; 1TIZ A; 4E68 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4I5K A; 3HW4 A; 4CGS A; 3MQY A; 4E5F A; 3SS3 A; 5HL1 A; 3V20 A; 4AWK A; 3HW3 A; 3N78 A; 3O4X A; 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