The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
95
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sequence length |
283
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structure length |
283
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Chain Sequence |
SVSNAREERMALRQEQEQLQSRIQSLMQRAPVWLAAQNSLNQLSEQCGEEFTSSQDVTEYLQQLLEREREAIVERDEVGARKNAVDEEIERLSQPGGSEDQRLNALAERFGGVLLSEIYDDVSLEDAPYFSALYGPSRHAIVVPDLSQVTEHLEGLTDCPEDLYLIEGDPQSFDDSVFSVDELEKAVVVKIADRQWRYSRFPEVPLFGRAARESRIESLHAEREVLSERFATLSFDVQKTQRLHQAFSRFIGSHLAVAFESDPEAEIRQLNSRRVELERALSN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the hinge domain of the Escherichia coli structural maintenance of chromosomes protein MukB.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cell cycle
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Chromosome partition protein mukB
|
| total genus |
95
|
| structure length |
283
|
| sequence length |
283
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16330 | MukB_hinge | MukB hinge domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 | Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IBP A; 4MN4 C; 2WMM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IL9 A; 3OTO T; 2EHO B; 4ZS3 A; 3SFD A; 4I4T E; 4JBW F; 2L8K A; 4DVD A; 2LKH A; 5JRC B; 5L2L A; 4U3C A; 3BQK A; 2LSI A; 4DV0 T; 4DBQ A; 2D2S A; 3L8R A; 5AQT B; 1U47 A; 2E9X B; 2CMR A; 1HF8 A; 2BVM A; 4YSY A; 3VKG A; 1QUU A; 3PUG A; 4CN6 A; 5AQS B; 1L3S A; 3CKD A; 4P09 A; 4Q25 A; 2CE7 A; 2KSR A; 4HKA A; 3I0Q A; 4AQF A; 4N78 D; 2BKN A; 1HFA A; 1NK4 A; 2HHQ A; 3TAN A; 2V7J A; 3DJB A; 2KZZ A; 3RR8 A; 2EHO C; 4DSL A; 5CB4 E; 3PY8 A; 3TI0 A; 5FY0 A; 4YTM A; 3V5S A; 2VWA A; 4DWI A; 2NW7 A; 5JDH A; 2E9X C; 2IHR 1; 4U2Y A; 5DAB A; 3JC6 C; 3AE8 A; 1J5E T; 5LXT E; 3RR7 A; 4YTP A; 4B3M T; 5F8P A; 4HTE A; 3BDP A; 5BMV E; 1WYC A; 3LK4 2; 4NUU A; 1BR1 A; 3O9X A; 5CA1 E; 2ODV A; 1YXR A; 3LDQ B; 4YLH A; 4I43 B; 4X65 T; 1TK5 A; 4DSI A; 1SL2 A; 3AE7 A; 5L4H A; 4UVB B; 1MND A; 2CBJ A; 3ZC0 A; 3RYC E; 3HR0 A; 4UF0 A; 2FJB A; 4KUM B; 3UFG A; 5HEG A; 2X9Y A; 3ZSS A; 2BBJ A; 3UUL A; 4LF4 T; 4YHH T; 2A72 A; 3P4W A; 1ZEE A; 4X62 T; 4NPP A; 4EXT A; 3LBX B; 2CA5 A; 4BJN A; 3AA6 B; 2IC9 A; 3RGL A; 3AED A; 4YJ2 E; 1VRB A; 1I6Z A; 3ZCJ A; 2LEH A; 3AVR A; 2FJA A; 3ETV A; 4XZC A; 3UUN A; 3FXE B; 3UT5 E; 3RIF A; 2XY7 A; 4C8N A; 1HCI A; 4ZI2 D; 1NK8 A; 3W15 B; 2LKG A; 1QSS A; 1BGX T; 5FXZ A; 2IC6 A; 4K0U A; 4H9S E; 3M8R A; 3RRG A; 2W66 A; 3K1S A; 4ELT A; 3EZ5 A; 2A9U A; 2D5U A; 4UVA B; 3S4U A; 2V7I A; 5A1L A; 2NP9 A; 1J1J A; 3PUA A; 5EK4 A; 4JI5 T; 3QOF A; 4DS4 A; 4OFZ A; 3KVB A; 3KFW X; 3EI0 A; 5HXH A; 3B5M A; 1XMO T; 4G63 A; 4QH4 A; 5KTQ A; 5LGN B; 4A97 A; 4LF6 T; 2XY8 B; 5HWY A; 3N2O A; 3MK7 C; 5KDM C; 4B3S T; 4LF7 T; 5CFB A; 2Y8D A; 4LFC T; 1UGO A; 1LVK A; 1T7P A; 1WCR A; 4H9P C; 2JMH A; 4E0D A; 1SUM B; 3NKZ A; 2LLY A; 4HN9 A; 3UU6 A; 3TAQ A; 3RYH E; 2VKD A; 3ZMU B; 3ZJ1 A; 1JXE A; 4DND A; 3PJA A; 4KP3 C; 2NW8 A; 4H9N C; 2XQ8 A; 2NOX A; 3E0Z A; 2VL8 A; 3F57 A; 1LVF A; 4MHC A; 3TKL B; 4X1Y E; 4E7Z A; 5F3J A; 4CXX A; 5FVK A; 3ONJ A; 2VKJ A; 3ETU A; 4HFV A; 4B3R T; 3LFM A; 2ZM8 A; 4QX7 B; 5FL1 A; 2KXP B; 4YJ3 E; 4LFB T; 2H7V C; 3H3M A; 3EDU A; 4HWH A; 4ISS A; 4DV2 T; 1XNR T; 2X51 A; 3ZST A; 3MAC A; 4DUY T; 3T1Y T; 4JYA T; 3SZ2 A; 2D9D A; 5AQM B; 4ZI3 D; 4BJM A; 1JNZ A; 4ZZC A; 3X1D A; 4YFS A; 4XAX B; 3PU8 A; 4EZ9 A; 1H7C A; 4UF0 B; 2RA1 A; 2L9Q A; 2XAQ B; 4O4J E; 3QB5 K; 4LFA T; 3I9Y A; 3Q5X A; 2LSK A; 1WRD A; 3RIA A; 4TZ4 C; 4AKG A; 5C8Y E; 5CJ5 A; 4ANJ A; 5JDM A; 2XUE A; 5AQK B; 5LP6 E; 1ZKE A; 2V7L A; 4B9M A; 3HPO A; 4HEA A; 3L09 A; 1D0Z A; 5JDQ A; 4ZI2 C; 4KBM B; 4F8R A; 3N9P A; 3VR8 A; 3PJA J; 4O2A E; 3HP6 A; 4ASK A; 3T1H T; 2LRK A; 3NBX X; 2BBH A; 2W62 A; 3CIR A; 3V5U A; 4HFB A; 3IBP A; 2WMN A; 4LF9 T; 4LMJ A; 1YQ4 A; 3ZCI A; 2WMO A; 2CEA A; 2W0G A; 2Y1J A; 1NEK A; 3AE6 A; 4H63 V; 4JEH B; 3TLT A; 3OVU A; 2FBW A; 2WDQ A; 4EZH A; 4XBF B; 2EHO A; 1OXZ A; 5LGU B; 4AI6 A; 3RHW A; 2CBI A; 1AJ3 A; 2LJL A; 3RX6 A; 4YTN A; 1QSY A; 1QTM A; 3DP7 A; 2XM1 A; 4WW0 A; 4IGU A; 3C98 B; 1T98 A; 1E7P A; 3ONL C; 1IZN B; 5LHH B; 2X9W A; 2IDO B; 1BR0 A; 3HKE E; 5L47 A; 5F5W A; 4QH5 A; 5J2U E; 1MMN A; 3L3P A; 2HN2 A; 3UU8 A; 1ZV4 X; 4X5T A; 2C5K T; 5AQF B; 2XQ3 A; 3PUQ A; 4X64 T; 2C5J A; 2G0U A; 2KZ7 B; 1N33 T; 3T3F A; 2W2U A; 2ZM0 A; 1Y64 B; 4KX6 A; 4K0K T; 4CN1 A; 3NZP A; 1US7 B; 4PJN A; 4ILA A; 3KDS E; 2FJD A; 2XO7 A; 2XHE B; 1UA0 A; 4GOU A; 4CN4 A; 4EB6 E; 4DS5 A; 1S94 A; 4IHJ E; 4TV9 E; 4F6R C; 3UQ7 A; 4IL4 A; 1U4Q A; 4O8S A; 2Y48 B; 4I50 E; 2XQ6 A; 3R84 B; 4B9N A; 1TK0 A; 1D9F A; 4PK5 A; 5AQJ B; 5IWA T; 4L9I A; 3H37 A; 4ZI3 C; 3L39 A; 2J62 A; 3RC8 A; 4NXN T; 4U7Y A; 4DSK A; 4N56 A; 2QA7 A; 2YDS A; 2DHR A; 1X9S A; 2E2A A; 3P4S A; 1QSL A; 4DR3 T; 2K9A A; 3RYF E; 2HVH A; 1Z8U A; 3EAB A; 4EIW A; 4AQY T; 3RPU A; 2Y6X A; 2WWU A; 2HPL A; 2WMM A; 4DF4 A; 3F31 A; 3KV6 A; 1E2A A; 1R8I A; 3C4X A; 2CCQ A; 3A7M A; 4PFP A; 2KFZ A; 5AQO B; 1YKH B; 1FEW A; 5LJN A; 3OBV E; 4HFI A; 3EYZ A; 4GK0 E; 5FMN A; 2DCF A; 3CX7 B; 3KBT A; 3AE5 A; 3PUY F; 4BDP A; 3IF8 B; 3PDY A; 3QK6 A; 2LSG A; 1NK9 A; 1UUS A; 4C8M A; 3FZF B; 3P50 A; 5L3C B; 5EK2 A; 3AE9 A; 2J47 A; 3EAM A; 4JLE A; 2UXB T; 4UEM A; 4F3O A; 2HH7 A; 3AB3 B; 4GIW A; 1KEY A; 4QXH B; 3HT3 A; 1D9D A; 2HPJ A; 3KV9 A; 1WYB A; 1NWM X; 3FZL B; 4DQI A; 1KRP A; 5E0O A; 4X20 E; 1MIV A; 4U7I A; 2WZH A; 2XJ7 A; 3PUW F; 5FKY A; 4JV5 T; 4QH1 A; 1T8E A; 2KIN B; 3KV4 A; 3RF1 A; 1KTQ A; 2E5V A; 2W63 A; 1UX5 A; 1G73 A; 2SPC A; 3RLF F; 1NKC A; 5L3E B; 2KLQ A; 4H9Q C; 3CX8 B; 5L3D B; 3AE3 A; 4GKK T; 2X0Y A; 5J0Z A; 3Q5D A; 1NKE A; 5HEO A; 3SRZ A; 2WCA A; 3J7Y q; 1OWA A; 3SWH A; 2VVN A; 2LRL A; 4DBR A; 1HR0 T; 4DQS A; 4QX8 B; 4CCH A; 3ZMZ B; 2V5D A; 5H6Q B; 4ADZ A; 1XZY A; 1SL0 A; 2X0H A; 5LA6 E; 1SKS A; 2OA5 A; 2VKO A; 3TLW A; 2H7O A; 3ZT6 A; 4JI2 T; 4BAY B; 4C90 A; 2H88 A; 5IHY A; 5J2T E; 1B7T A; 1TAQ A; 1ZOY A; 4LF8 T; 2E5L T; 2B76 A; 3PU3 A; 4B6X A; 1O3X A; 4JEU B; 4IE0 A; 4CXW A; 3QNU A; 3P8C D; 2ZMA A; 3ZYL A; 2V7M A; 4EEB A; 4PK6 A; 4ILU A; 1NKB A; 2BS2 A; 1WFD A; 3UUB A; 5JR9 A; 2HHS A; 1HX1 B; 2RP4 A; 2FJE A; 3RI5 A; 1L3U A; 2BVL A; 1X9M A; 4NIQ A; 5DJQ C; 2XY5 A; 3PTR B; 2PFV A; 2CHN A; 4L0R A; 4EOZ B; 4DLE A; 5ETW A; 3ZN1 B; 3RRC A; 1TAU A; 1NAF A; 1NK6 A; 1D1B A; 5LOV E; 1KNR A; 4X1K E; 3CQX C; 4A56 A; 1SE7 A; 5LYJ E; 2VB6 A; 2KTQ A; 1DU2 A; 5KMG P; 3OJU A; 2UUA T; 5DQW A; 3SS1 A; 2BDP A; 3D0T A; 3ZLI A; 3VR9 A; 3K3Q C; 2WZI A; 4IDP A; 4A98 A; 2WU5 A; 1D1A A; 3AEB A; 2JQQ A; 4G2A A; 5BR8 T; 4GYS A; 4DV6 T; 4DSF A; 2VUR A; 2JQK A; 4PK4 A; 1X79 A; 1MNE A; 5AQH B; 1SL1 A; 5KXJ A; 5FP3 A; 3VRA A; 2QYW A; 2V5C A; 3SV3 A; 1ZP0 A; 2LOS A; 4PFO A; 2W67 A; 2OLT A; 2W61 A; 3KVA A; 1HNX T; 5FNV E; 1Z0P A; 3ZPO A; 3UU3 A; 2IW5 B; 3NRY A; 2Q9Q D; 3EUH A; 4QXB B; 3AEC A; 4EGW A; 3HKC E; 3U78 A; 3CPZ A; 4CI3 B; 1D0Y A; 2J1D G; 3RKO A; 4N5S A; 4YHJ A; 3CX6 B; 2XSA A; 4B9U A; 4DQR A; 3ZJ2 A; 4YT0 A; 5JH7 E; 2BS4 A; 2MYS A; 3MKD A; 5EK3 A; 3O1J A; 5LMU T; 1D0X A; 3B57 A; 4KI0 F; 1U45 A; 2DLR A; 3FXD B; 4JUY A; 1IBK T; 2CRB A; 3PUZ F; 1N34 T; 4WBO A; 2Y1I A; 2K48 A; 3CQG B; 2YIN A; 1T7S A; 4DMV A; 3N9M A; 4TWF A; 2KWH A; 2VKH A; 5H6R B; 4C91 A; 4MAL A; 2V6Y A; 4PAG A; 4CI1 B; 1KFD A; 3LJC A; 2N9D A; 5JR9 B; 1YKE B; 2M67 A; 4HWF A; 3LWM A; 2IIU A; 1QSD A; 4AXP A; 4ZOL E; 4M1P A; 2NTX A; 3RIU C; 3ONX A; 4L5G A; 4BA9 A; 1HTJ F; 3AA1 B; 5ADX L; 1J5W A; 4A5X A; 3ZYM A; 5HCJ A; 3PX0 A; 3PUX F; 4IE5 A; 4JI8 T; 4ELU A; 3P4P A; 4DR7 T; 4KMC A; 3M8S A; 1L0V A; 2YEV C; 5HXR A; 1U49 A; 1VCT A; 3ZC1 A; 2DI4 A; 4OHF A; 2CWO A; 1ZYQ A; 4PW8 A; 3AE2 A; 4DV4 T; 2XTL A; 1KNZ A; 3RC3 A; 4GYR A; 2VAS A; 4O4I E; 2MAW A; 4AIS A; 4MBQ A; 4ERR A; 5FY1 A; 2XAJ B; 4O2B E; 1D8Y A; 3LWL A; 5GON E; 3ZT7 A; 2IAK A; 4JI7 T; 5JR9 C; 1Y01 A; 2XQA A; 3FBL A; 3SFE A; 4TN7 B; 4PJJ A; 1FIO A; 2DNX A; 5KX5 E; 1U4B A; 2VQE T; 2VVS A; 3LG7 A; 3KIN B; 5AFU L; 2X68 A; 3UU5 A; 1HS7 A; 3P7I A; 2CWY A; 2NR4 A; 1E1H B; 1M62 A; 5JDL A; 2KWI B; 4Z8X A; 4AIU A; 4UQG A; 2Q9Q C; 2UUC T; 1QLB A; 2HN1 A; 3PX4 A; 4UEL A; 1NJW A; 4C8L A; 2MOZ A; 2WB5 A; 3WAK A; 4AKH A; 3NZQ A; 4P0B A; 1TK8 A; 3I0O A; 5FXV A; 3RQU A; 4OK0 A; 2WDV A; 1NJY A; 1GQE A; 1UCU A; 1BR2 A; 2HHW A; 4JI3 T; 5LG4 A; 4DO0 A; 1UK5 A; 2VL0 A; 2PG8 A; 3AE4 A; 4PJM A; 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