The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
150
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sequence length |
342
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structure length |
342
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Chain Sequence |
VSVQQSLAAYNQRKADLVNRSIAQMREATTLANGVLASLNLPAAIEDVSGDTVPQSILTKSRSVIEQGGIQTVDQLIKELPELLQRNREILDESLRLLDEEEATDNDLRAKFKERWQRTPSNELYKPLRAEGTNFRTVLDKAVQADGQVKECYQSHRDTIVLLCKPEPELNAAIPSANPAKTMQGSEVVNVLKSLLSNLDEVKKEREGLENDLKSVNFDMTSKFLTALAQDGVINEEALSVTELDRVYGGLTTKVQESLKKQEGLLKNIQVSHQEFSKMKQSNNEANLREEVLKNLATAYDNFVELVANLKEGTKFYNELTEILVRFQNKCSDIVFARKTER
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Biochemical Studies of ALIX/AIP1 and Its Role in Retrovirus Budding
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Programmed cell death 6-interacting protein
|
| total genus |
150
|
| structure length |
342
|
| sequence length |
342
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13949 | ALIX_LYPXL_bnd | ALIX V-shaped domain binding to HIV |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | alix/aip1 in complex with the ypdl late domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | alix/aip1 like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2R03 A; 2OJQ A; 2OEV A; 2OEX A; 4JIO A; 2XS8 A; 2R05 A; 2R02 A; 2XS1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VMA A; 3Q6M A; 3FCJ A; 2BU8 A; 1L3P A; 2P61 A; 4CSA A; 4U5H A; 4K0D A; 2GWW A; 3LEV A; 4KS9 A; 1ZW2 A; 4X28 C; 3C46 A; 2HFI A; 2LIG A; 3EG9 A; 4GQH A; 3AOU A; 1K40 A; 1ST6 A; 2ASR A; 4CIP A; 1YA7 O; 4C3D A; 4I44 A; 1OQC A; 3ZSU A; 3WG7 C; 3CEX A; 3MXL A; 1A7E A; 1NG1 A; 1T9K A; 1LS1 A; 2IX5 A; 3IQT A; 1TKN A; 3LNR A; 1UG7 A; 2JBS A; 1XZP A; 3Q7L A; 1WS9 A; 3SCE A; 3ZDL A; 5T3W A; 5JRA A; 3AGU A; 3PFD A; 2OT4 A; 1RKE A; 2YLD A; 4OIQ F; 3AFE A; 4B6I A; 4ANJ A; 3WOD F; 4FX5 A; 2AO2 A; 2OR0 A; 3BNG A; 1I4Z A; 2MHR A; 1DOV A; 3E70 C; 4WGY A; 2LFF A; 1V54 C; 4FZ4 A; 4IWB A; 3ATP A; 2Q8I A; 3GEE A; 1YYJ A; 4AK9 A; 3S90 A; 2Y69 C; 1SK6 A; 4PK4 A; 2O9X A; 4MTF A; 1OCR C; 4O6Y A; 1NLX A; 4XQ1 A; 3DE8 A; 3RH3 A; 4KC9 A; 4DRH B; 3NG1 A; 3V5X A; 3DKA A; 1D1B A; 1BZ4 A; 1RP3 A; 2BL2 A; 3TD7 A; 1MND A; 3X2Q C; 4BJ5 A; 1PD1 A; 2XLM A; 1GKZ A; 2OKU A; 3LAY A; 1OCZ C; 2IX6 A; 3IQ6 A; 4MVQ A; 1Y6D A; 3S7W A; 3GNC A; 2OG2 A; 4FF4 A; 3H2V A; 1OXK A; 5B3I A; 5K3I A; 4LDR A; 1GU6 A; 2F6L A; 4KNV A; 2NUT A; 1E83 A; 3WAQ A; 4U83 A; 1PD0 A; 1E2X A; 3DJU B; 4HR3 A; 1QKR A; 4YK5 A; 4E7Z A; 4CDV A; 1KNY A; 4DVZ A; 2HMQ A; 2YL3 A; 4Z9J A; 3EHN A; 3TOM A; 3GM6 A; 5EHH A; 2YWA A; 4YL0 A; 3SP1 A; 2J0W A; 3Q22 A; 3UU9 A; 3EH2 A; 4E18 A; 1FNT c; 3B71 A; 3CQZ A; 3R7C A; 1JRA A; 3I5P A; 2VC9 A; 2A0U A; 1W2W A; 4KSF A; 4GEH A; 4RM7 A; 1SYQ A; 1OCC C; 2J0X A; 1N1C A; 2C03 A; 2XM4 A; 3M4C A; 3RF3 A; 1G8X A; 5IY5 C; 5A6A A; 3S28 A; 3JSZ A; 4HFK B; 4XPX A; 3SWO A; 4JKV A; 1U0B B; 3HNI A; 2YKZ A; 1M2V A; 1ZHT A; 4FWV A; 1FS9 A; 1X90 A; 5K3J A; 1TWC A; 1S26 A; 4IV6 A; 4XLP F; 2ZXW C; 2YL7 A; 3PCV A; 3QZC A; 1YZC A; 1RJ4 A; 1VLS A; 1U89 A; 2XSE A; 3EHM A; 1R3B A; 3JRM O; 2PFD A; 2YZS A; 3C8G A; 4L3X A; 1Z7Q c; 2Q7R A; 2IBF A; 3TZ4 A; 4OO2 A; 3FDQ A; 3L1T A; 3EOM A; 3S27 A; 5KYX A; 2DVL A; 2FP1 A; 3D2R A; 2WL8 A; 2A6E F; 3CRK A; 2XLH A; 4JEK A; 3TQO A; 2VAS A; 3VF0 A; 4C3E A; 5BQH A; 3CRL A; 1GKX A; 1UFB A; 3LG1 A; 2Q8F A; 2EIJ C; 4WJ0 A; 4HEA J; 3FMS A; 4Q1O A; 2GDC A; 1YAR O; 1M2O A; 1EI7 A; 2NSF A; 4W8P A; 3V5Y A; 2ZKJ A; 4Q7C A; 4LLE A; 5M4P A; 3N2Z B; 2LQG A; 4DRJ B; 4U9E A; 1Q0K A; 3M4B A; 1OW7 A; 1TWG A; 1Z63 A; 2A69 F; 1FS8 A; 3HTK C; 1YLM A; 2YHS A; 2C04 A; 1FMW A; 2AU5 A; 1VYK A; 3FVY A; 3HLZ A; 2VH3 A; 3D9E A; 3FO3 A; 4MVR A; 3ZQY A; 4PJL A; 1IVH A; 4MP7 A; 4LQS B; 3C8Z A; 3AFF A; 5AC5 A; 2HS5 A; 2NPU A; 4AL1 A; 3RKH A; 3T6G B; 5M4K A; 1XFV A; 2XL8 A; 1LS4 A; 1ZVZ A; 1CPR A; 3UR3 C; 4N6H A; 4EBK A; 2EIM C; 3DE9 A; 4XPW A; 2FP2 A; 3Q23 A; 3BEH A; 3GEI A; 2BTZ A; 3KYI A; 3ASO C; 2HZ8 A; 2UUI A; 4W8K A; 4G7Z F; 1YZA A; 2NG1 A; 5L0G A; 3L1M A; 1LIH A; 3FHD A; 4WGZ A; 2QE9 A; 2VR0 A; 3ZC4 A; 5JLI A; 5JSL A; 4JTA B; 2Q9A A; 3SNH A; 1T6I A; 1BDJ B; 1SC5 A; 3LGQ A; 4I1M A; 3CZ6 A; 4OIP F; 4JZA A; 4YN0 B; 4U5D E; 4PFO A; 2LD6 A; 2A1D D; 2YYL A; 2P1A A; 5DS4 A; 3C8G D; 5JUA A; 1OR2 A; 3RW0 A; 1S7Z A; 1LI7 A; 3GWL A; 2XS8 A; 4M63 A; 4AE4 A; 2OCC C; 3C63 A; 3CAX A; 4JEB A; 3NKE A; 3SXY A; 3GM1 A; 3TZ2 A; 2L7A A; 3UBR A; 1K04 A; 1JR8 A; 2IYL D; 1RJ9 B; 1SIR A; 2OOC A; 5BRK A; 1G5Z A; 2XLE A; 2NSG A; 3K33 A; 4BJ6 A; 3S29 A; 4EHP A; 2NUP B; 3Q6N A; 1PK0 A; 1RX0 A; 1E84 A; 3RYL A; 2XXA B; 4O6M A; 4MTO A; 2KYH A; 2X0C A; 1LI5 A; 2PNO A; 2R7X A; 4BEM J; 1JQI A; 2R05 A; 1X91 A; 4OIN F; 4JCZ A; 2J9V A; 3ABL C; 4OIR F; 1SIQ A; 2GFH A; 4EWC A; 3JT1 A; 3C3L A; 4XPY A; 4U5E E; 3OWM A; 4CS8 A; 1VB5 A; 4O5M A; 3RQG A; 3V7O A; 2J9U A; 4KSA A; 5GJV E; 3K1I A; 3TK0 A; 3SEO A; 5TJ5 E; 2BU5 A; 4BJT A; 3LS0 A; 4IB4 A; 2VB6 A; 1D0X A; 3AJM A; 4JEA A; 4G0H A; 3SXQ A; 4NTA A; 1ZYR F; 3I5Q A; 5B6B A; 1RXQ A; 4XVX A; 2PF4 E; 1PCX A; 4XEK A; 3W4Y A; 1QLE C; 5B5W A; 4Q4Z F; 1NU9 C; 1SZI A; 4O6N A; 3OA1 A; 5T1D B; 2QTV A; 2PG0 A; 1TFO B; 5M4M A; 2DYS C; 4JC7 A; 5DS5 A; 5J71 A; 1I4Y A; 3C18 A; 3B9Q A; 5F5H A; 1K90 A; 1W07 A; 3S0X A; 2YL1 A; 2DDH A; 5E3A A; 3L34 A; 4CS7 A; 1ORY A; 2LFD A; 2IOQ A; 3SXM A; 4GYT A; 4F4B A; 3N24 A; 4X0R A; 5F28 E; 1Q0M A; 5DVW A; 1CPQ A; 1ZZP A; 2IXN A; 4W9U A; 3GOR A; 4JTD B; 2KC3 A; 1Z6A A; 3LES A; 1GJV A; 5KYY A; 4YL1 A; 2QY9 A; 2BE5 F; 5COF A; 2E80 A; 2MYS A; 2BU7 A; 5DLJ A; 2G62 A; 5DQT A; 4V26 A; 1D1C A; 2MWQ A; 3DAF A; 3QVZ A; 3X1O A; 3M1C B; 1FAP B; 2Q00 A; 2Y3H A; 1Z5Z A; 2I15 A; 1TWA A; 1YVI A; 3HKK A; 4PJN A; 1JPJ A; 1CGO A; 2J7P D; 1LVC A; 5A6J A; 1EQ1 A; 1GM5 A; 2XM0 A; 4JJF A; 3BNH A; 3WHN A; 1QQ3 A; 5DQZ A; 4RD9 A; 1LVK A; 1Z23 A; 3RFY A; 3JYH A; 4ULV A; 3DI5 A; 2CDQ A; 4N5F A; 2I8B A; 4J7Y A; 3DXJ F; 2C0U A; 2RF7 A; 4CSA C; 3SXZ A; 3LNM B; 2LSE A; 3NDB B; 3NMK A; 4ZYJ A; 4QI2 A; 2YYK A; 4XWJ A; 2EIL C; 5JVE A; 5KYW B; 3K1H A; 4UDV A; 5K3G A; 1Z3I X; 2IXO A; 4IAQ A; 1U8V A; 2YGW A; 4HKR A; 3U8P A; 1ZHW A; 3EZI A; 1R5I D; 3Q0A A; 4IGG A; 1BR4 A; 3EQL F; 5FCL A; 1IW7 F; 1YYX A; 2E87 A; 2WB7 A; 4V25 A; 4PAC A; 4KI2 A; 5F5F A; 2WVN A; 1Y8N A; 3S84 A; 4LDK A; 2OJQ A; 1MNE A; 5CIV A; 2EPO A; 2EIN C; 3EGD B; 1RKC A; 3D9D A; 3SXK A; 3NKD A; 1OXB A; 5D92 A; 4RDA A; 1T6Q A; 2G3K A; 3U3B A; 1ZU5 A; 1V4A A; 2UUH A; 2REH A; 3AG4 C; 3AG3 C; 4ULW A; 1WAS A; 2PP4 A; 3OEO A; 3GEH A; 2OU6 A; 3DJN B; 4PFP A; 5KYN A; 4G78 A; 4G97 A; 3LS1 A; 3PMR A; 2DYR C; 4BJ5 C; 5KYU B; 4L1F A; 3ECS A; 4OD5 A; 1EGD A; 5FZT A; 3ABK C; 1OAH A; 3BNJ A; 3NMJ A; 3GM3 A; 2WBI A; 2E0A A; 4HE8 D; 1QDB A; 3NYJ A; 5COG A; 1ORS C; 3B0P A; 1C02 A; 2OQM A; 3T9O A; 4K1O A; 1ZHZ A; 1O87 A; 4H54 A; 1S05 A; 4Q5B A; 3GWN A; 3J06 A; 3ASN C; 5DS6 A; 2HMZ A; 3DAG A; 4R32 A; 2R7U A; 5A6K A; 5J6A A; 4JTC B; 4Q0T A; 3O39 A; 3VAD A; 2C12 A; 2Y3D A; 2X51 A; 4U5F E; 3BRJ A; 3VKG A; 1WAT A; 2W45 A; 3EFO B; 2YL0 A; 4AX2 A; 4YT5 A; 2R7W A; 4C7O A; 2YYM A; 1NBB A; 2XLO A; 2Q9B A; 256B A; 2M64 A; 4ZXV A; 2BU2 A; 5L0D A; 1FMV A; 2AWC A; 1XZQ A; 3MKH A; 4Z9H A; 2YLI A; 1V74 B; 2ZPA A; 2HSB A; 4MW3 A; 1WOL A; 4QIC A; 2YYG A; 2XRH A; 2FAP B; 3EGX B; 3UNG C; 4P79 A; 2WVQ A; 1HY5 A; 3OWT A; 4ZLC A; 1E85 A; 3U0C A; 3BNF A; 5L0I A; 4J7T A; 4WAB A; 4XEV A; 2R02 A; 3LEO A; 2V26 A; 3ZIB A; 4EUK B; 3MPI A; 2D4U A; 4U5B E; 4OIO F; 4NXL A; 3PHF 2; 3M15 A; 4U9D A; 2WZG A; 2HJM A; 4CJO A; 3LLK A; 1CGN A; 3HNK A; 3II9 A; 3D9F A; 3NMI A; 4NTB A; 2VCC A; 3EG9 B; 2JPU A; 3B0U X; 1R4T A; 4MVU A; 4BEJ A; 2Y39 A; 3AG1 C; 3FAP B; 4E7S A; 2Q8G A; 5JT4 A; 1XFW A; 3K7D A; 3L8J A; 3HWC A; 2RFQ A; 1M56 C; 4MPC A; 2P0N A; 4YJW A; 3KMI A; 3D9G A; 3AQB A; 3UMI A; 1K8T A; 3KKB A; 4WJY A; 3RKO F; 2PX0 A; 1E86 A; 2CJ5 A; 1RKE B; 4E17 A; 2UXW A; 5B5V A; 1PV3 A; 4AKH A; 4BPM A; 4NCQ A; 3LUT B; 2D5R B; 2J9B A; 4DVY P; 3W2V A; 2KQ9 A; 1SMY F; 1Y8P A; 4F0X A; 2R9R B; 5GPG B; 1QZX A; 3S9O A; 5L0J A; 1GGQ A; 1H9G A; 1LE2 A; 4CX9 A; 2H7V C; 2DB4 A; 2ZXP A; 3TZ5 A; 5KYW A; 5COM A; 1HMO A; 2QLA A; 4DXW A; 2WZF A; 4JW1 A; 4LLC A; 1MQV A; 1AUE A; 4P9T A; 3AG2 C; 4NY3 A; 4CIH A; 1X8Z A; 1EGC A; 2L6G A; 4D4X A; 4Q17 A; 5EGY A; 4AI6 A; 4HFF B; 3IHU A; 2B0H A; 2EPK X; 4MVS A; 2W4B A; 1ZHX A; 3TTB A; 3C7J A; 2E81 A; 2CX9 A; 4MVO A; 2AZE A; 5CI9 A; 4E0H A; 1JAF A; 2HJN A; 2WZL A; 3ZTM A; 4JIZ A; 3TOL A; 3H65 A; 4LQQ B; 2R7O A; 2NUT B; 5K3H A; 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