4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
3WXIA 5LY3A 3MDQA 5LJVA 3M6GA 1GLEG 4EZYA 1NGCA 1S22A 4H0YB 4A61A 3A5NC 5ADXA 4EAHD 2P9NA 3A0IX 5BPLA 2QXLA 2H3GX 3A5LC 4H6HA 2YI1A 2V52B 3C0BA 3QFPA 4EZQA 3O80A 4BVOA 2NZTA 2Q31A 1GLJO 4H0VB 3CERA 4AM7A 2W41A 2P9SA 4EZPA 2Q36A 4IO8A 3GBTA 2GWKA 4BG8A 2E2QA 5AQFA 4XH4A 5KQ8A 2P9IA 4M7YA 3O1WA 1BPRA 4FPAA 5FPEA 3D2EA 1SQKA 4HY9A 3CQXA 1IJJA 4IJNA 3VEWA 4EZSA 3DXKB 3H0XA 1X3NA 3FZLA 1TYQA 4BR7A 3UB5A 4KBOA 3VENA 4EZUA 3H3OB 3QNJA 3ENOA 3GG4A 2ZGZA 1RFQA 2EWSA 3WUHA 1BU6O 2ASOA 4RTFD 3ZETA 1R59O 2Q0RA 3LM2A 2GWJA 1C0GA 1H1VA 3WXKA 3OHXM 3CJAA 4JHDB 3H46O 4BRNA 5AZIB 1MWKA 2W40A 3CIPA 2I7NA 1U6ZA 2D1KA 1NGJA 1V4TA 2NLXA 3WEEB 3LDNA 2HF3A 1MDUB 2E1YA 3QBXA 3HSCA 1NBWA 3KZBA 4BRHA 5FPDA 4GNIA 3HTVA 5JICA 2WINM 3MN6A 3AARA 4EZVA 3FLCO 3QBWA 2A40A 4EZOA 4MO5A 3VF4A 4CBUA 3ATVA 1E4GT 2FSKA 5AQUA 3QDKA 4E1JA 2A5XA 2YHXA 3OHRA 5F0XA 4H03B 2E2OA 1NM1A 2IIRA 3D7EO 4F01A 3H45C 2V51B 4K43A 4BVPA 4CZEA 5CE3A 1X9JA 4BR9A 1U2VB 3H1VX 4I6MA 3ULEB 2BUPA 3SJHA 3HM8A 4BGBA 1JCGA 5AQVA 4CZKA 1ATSA 3WXJA 2CH5A 4DB3A 1X3MA 3VPZA 1MWMA 1BOTO 3D2FB 4EFHA 2D4WA 1LOTB 4HWIA 1KAYA 3LL3A 4BC5A 4BRFA 3FFKB 4FSVA 5FPMA 4PL8A 3ZEUB 4PKGA 2QWNA 2CGJA 2ZGYA 1CKRA 4JWEA 4B1XB 3QICA 4H5VA 4JWCA 5AQYA 5AQNA 1YXQA 3U9DA 3U4LA 3CJCA 1NWKA 3KVGA 3DXMB 1QZ5A 3T4AG 4FWQA 2QM1A 2ZF5O 4CD3A 4RCHA 3FZFA 4Y0WA 4CZHA 2E2PA 4WQ4A 4IZ9A 3LDPA 4EIAA 2F9WA 3CETA 4J8FA 1NMDA 2YHWA 1D4XA 2FF3B 1HJOA 2E2NA 4EZXA 1NGEA 3KHYA 2QWQA 4O8KA 4H5TA 2BTFA 5AFUH 3MCPA 3DJCA 4NO7A 1GLFO 5KPTA 4BR4A 5BR9A 4FPBA 1EQYA 4FWLA 3QFUA 5E26A 4JN4A 1GLAG 3DPPA 3AAQA 3VOVA 3RSEA 4A2AA 3MN7A 5AR0A 4IXCA 4EZWA 1ZBSA 1ATNA 3JXUA 5AQHA 3GE1A 2I7PA 3MMVA 5AQJA 2VWBA 3FGUA 4WQ5C 4A62A 3F9MA 4H0PA 5KPZA 3O5BA 1HKGA 1K8KA 3UKUA 1T44A 1BUPA 4H5WA 4R5GA 4JNEA 1NGBA 5AQLA 4BRAA 1LCUA 2YJFA 3EKSA 4BRGA 4JD2A 4EZTA 3VEVA 3W3DA 5EOYA 1ZXOA 2IVPA 2E8AA 5B8HA 4MLHA 3CI5A 3BUZB 5ADXH 3FE1A 4CBXA 3ID8A 5AQSA 2P9PA 3T48A 3QMLA 4FOEA 1KAXA 3DAWA 4IWVA 3VEYA 3MN9A 4WQ5A 4B1YB 3SLCA 3AAPA 4YDUA 3IUCA 3UKRA 5AQOA 4ISFA 3VESA 2D0OA 3R9PA 2IVNA 1E4FT 2P9UB 3SMPA 5AQKA 3FR0A 4BG9A 2YJEA 4MLEA 1TUUA 2P9LB 3H6EA 1Q5LA 1P8ZA 2Q0UA 1SAZA 5BRFA 4L3QA 2BPRA 2WUSA 1NGAA 2GUPA 4DQ8A 4WV7A 4EZZA 1HKCA 3QB0A 3GL1A 1ZC6A 3H3NO 4H0TB 4F9OA 5ELZA 1NLVA 2QWMA 4IJAA 4BC4A 1JCFA 3EO3A 4H5RA 1HLUA 4PKHA 3WQUA 3VF2A 1BG3A 3VGMA 5FPNA 4M7XA 3CJBA 4FWSA 3JS6A 3BP8A 3U9ZA 4A2BA 4WQ4C 2QWPA 4K42A 3DXKA 4FWPA 4C23A 3C7NB 5BN8A 4BGAA 1ESVA 4BRKA 4CI6A 4NB4A 5EY4A 3BEXA 4FOIA 4R5LA 3FZMA 1WOQA 1BO5O 1NGFA 2VCPA 1NGHA 2P9KB 2ITMA 1RGIA 4PKIA 3VGLA 1Q18A 4FWKA 4JHDA 2E1ZA 1JCEA 2FSJA 2UYTA 3A5MC 5AZIA 1NGIA 3LDQA 3MK6A 3DOBA 3HBTA 3M1FA 2OP6A 2AP1A 3WEEA 2HMPA 2P9NB 4M63C 3R8EA 1HKBA 2AA4A 4BR2A 3EZWA 4ISGA 3CJ1A 4BRPA 4B1VA 3VF6A 1IG8A 4B1WB 4XH5A 2P9SB 1DGKN 3T46A 4FWRA 2J4RA 2CGLA 2F9TA 1XQSC 4CZFA 4BC2A 4CD1A 3I8BA 2P9IB 3L4IA 3ENHA 5E84A 5AQGA 3D2EB 2KHOA 2FXUA 4FWNA 3O6WA 2YHYA 4XEIA 4EHUA 5JMVA 1BWFO 4WYBA 4CZGA 3VEZA 1TYQB 5EVZA 3A8YA 1U2VA 2Q1NA 3CJ9A 3ULEA 3ZX3A 1BDGA 2Q97A 2V7ZA 2A42A 2ASMA 3ZETB 1U00A 3G25A 4JAXA 2QWLA 2GEMA 5KPRA 5BPMA 3D2FA 4FO0A 2PBDA 2IVOA 5TKYA 1Y64A 5AQXA 1WUAA 4JNFA 4RWTA 2E88A 1QZ6A 3VEOA 4YDUC 3ZEUA 2FSNA 4F00A 3H1QA 4QS8A 3L6QA 1DKZA 3IFRA 3DQGA 1SZ2A 5BN9A 2HOEA 5BRHA 3LDOA 3O4WA 4EZNA 4CZJA 3DXMA 4BR5A 1MA9B 5BPNA 3CQYA 4CBWA 3O8MA 4FWMA 5BREA 5AQIA 3CHWA 5AZJA 2D0PA 3DWLA 1OKJA 3SMSA 4R5IA 1RDWX 1J6ZA 2A3ZA 3UE5A 3HZ6A 3LDLA 3LM9A 3S41A 4XH1A 1GLBG 3O1BA 1KXPA 4I6MB 3DPOA 5AQZA 1Z6RA 4BRCA 4GY2B 5AQPA 2NRHA 2CH6A 2ZWHA 3WT0A 4FL9A 3VGKA 5AQQA 4AM6A 2Q2RA 4BQZA 5F2RA 5F1XA 3FZHA 3M3ZA 4BC3A 3T49A 2YCHA 3BF3A 4CZMA 3HI0A 1HUXA 3WQTA 4PL7A 2QWRA 2V7YA 1QHAA 4MO4A 7HSCA 1DKYA 1HX1A 5EXWA 5JLHA 4JWDA 4EZRA 3I33A 4HYBA 5LJWA 1XC3A 1YVNA 2A41A 3L0QA 3P4IA 4H0OA 3ZX2A 3IMXA 1DG4A 1NGGA 4JWIA 4BRQA 4BRLA 1QQOA 3N8EA 4B1UB 4DHYA 4PO2A 4CZLA 1NGDA 1QQMA 3TPQA 2OANA 1GLLO 4QS7A 1GLDG 1XUPO 3EN9A 2QFFA 3W0LA 3GDQA 4O5FA 1BA1A 2A6AA 3T47A 4BRDA 3L3OM 4BREA 4HTLA 2DPNA 1QQNA 1ATRA 3ZX0A 3DPQA 3GOIA 3SK3A 4R5KA 4B1ZA 2FLOA 3O08A 3RSEB 4LC9B 1BA0A 1C0FA 5AQMA 4H6IA 2P9UA 5JLFA 3R6MA 4Z94A 2P9LA 1KAZA 3VERA 5AQTA 1K8KB 1T6CA 2HF4A 4BRIA 4ISEA 3UKUB 3CJ7A 4R5JA 3EKUA 4BRMA 5AQWA 1V4SA 1DKXA 5AFUA 1GLCG 2E20A 3A5OC 4CZIA 4FWOA 3BF1A 2GTDA 4WV5A 3IDHA 4JD2B 1G99A 2ASPA 4BROA 1T6DA 3WXLA 5AQRA 4B9QA 5BRDA 5EX5A 2CGKA 4H0XB 1Z05A 2GELA 5AZJB 3TU5A 5I9EB 2P9PB 3FZKA 4K25A 4BQLA 3MN5A 1TUYA 1HPMA 4K41A 3ATUA 3B8AX 4QS9A 2QW9A 3U8XA 1YUWA 3EL2A 4E81A 1S3XA 3C7NA 3J8AA 3AY9A 1YAGA 4EHTA 3UKRB 1DKGD 1DEJA 2VYPA 4DCHA 4BR0A 5KQDA 2P9KA 2QWOA 4CJ7A 2PAVA 3VEXA 1CZAN 3VETA 2FF6A 4H5NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTRA 4JEPA 3SBTA 3V6DA 5LJVA 3M6GA 1RT3A 3HXMA 4X62K 3K58A 4M3XA 3QE6A 1OA0A 4AZBA 2P9NA 3V4IA 3QFPA 2V52B 3O80A 2ZXQA 2NZTA 2AJQA 4H0VB 4AM7A 4EZPA 4DSKA 3HJFA 1Y2OA 2GWKA 4DCNC 4CEOA 2YL6A 3O9SA 1NOZA 1BPRA 3S9HA 1NK7A 4HY9A 3CQXA 1IJJA 3VEWA 1X3NA 3OBYA 2KZMA 2D0CA 3AA4A 3CV5A 1T8EA 2PYLA 4F8RA 2OTJN 3B51X 3GG4A 4RW9A 2EWSA 1Q7YO 1HNVA 3P5JA 4KO0A 1O7DB 1CXQA 2ASOA 2IOCA 4IOXA 5C10A 1D8YA 4DV6K 3QLHA 2GWJA 1H1VA 2YKTA 1TKXA 2HHVA 3D52A 1Z25A 4E3SA 1GOBA 2D4CA 2W40A 3CIPA 2I7NA 3HP9A 1NGJA 1V4TA 3WEEB 4CFCA 2IAJA 1S6PA 2HF3A 3KKSA 1MDUB 2FBYA 3OYEA 2HBJA 4BRHA 1I4TA 1ZWWA 4GNIA 5JICA 4KHNA 4KHPK 3MN6A 1ZBHA 3B53X 3AGRA 1RTHA 4FM2A 3QBWA 2A40A 3ATVA 1E4GT 2FSKA 2RAKA 1U49A 3QDKA 4E1JA 2IIRA 1VQPN 4IO9L 4C8MA 1OH5A 4A5AA 2OO2A 3M5RA 4MDBA 2CH5A 1X3MA 2VG6A 3IKMA 5K14A 2Q3SA 1ITGA 4DSFA 3LL3A 2GAFD 2F96A 3FFKB 4HR1B 3O3OB 3KJVA 4JKCA 3L2UA 4JKGA 4O8UA 4PKGA 2QWNA 1KD1O 3HK2A 4G6QA 4JWEA 5JS2A 4J2DA 2X5CA 3DRPA 1S6QA 3V9XA 3NF8A 1LW2A 1YXQA 2RKIA 2F7QA 3U4LA 2E4LA 3CJCA 4BWMA 2YNGA 1IBMK 3VTIA 2EX3A 5SWMA 2RT6A 3T4AG 4OKJA 4FWQA 2QM1A 1EP4A 2ZF5O 4CHNA 3CZNA 1BGXT 4OGCA 4N5SA 5LL6Z 2E2PA 3R1XA 4IZ9A 4FLWA 3K9KA 3LDPA 3H08A 4EIAA 4CFAA 1C0MA 5J2QA 1XC9A 1GNTA 3AVHA 4GMJB 1D4XA 2Z0VA 2HNZA 2QWQA 4LH5A 4FM1A 4OGEA 3CXCM 3AVNA 3DJCA 3E9PA 2HBKA 3RR8A 1VQMN 4BR4A 3V9UA 1EQYA 4W5QA 1YWMA 3I55N 1GLAG 3RSEA 4YOXA 3NAEA 2F4VK 5CY4A 3MN7A 4KIKB 4CEDA 1TL3A 4IXCA 1I4DA 4FJGA 2GF4A 1R5EA 1ZBSA 3JXUA 4CEAA 4Z4CA 4WQ5C 2GA9D 1CZBA 1HKGA 3CF5L 1NK8A 2ITGA 3TWHA 3KAWA 4B9VA 1QHTA 2WBNA 3QINA 5DK5A 4CIGA 4FZOA 3WXMB 4LFBK 3OVNA 1HPZA 2YJFA 1R33A 3HPHA 3W3DA 5EOYA 1X9SA 4ELVA 3IS9A 2WONA 3FE1A 2P5GA 3ID8A 4AZ5A 4W5OA 3L2RA 4MQDA 3CC2N 4FOEA 1NJYA 3ZEDA 2UUCK 3MN9A 1SL2A 2OPSA 3SLCA 1O13A 3NHGA 4E3CA 4H4MA 4DWIA 1B9DA 3VESA 1TAUA 3ZSVA 3CYMA 2N3KA 4JK8A 1E4FT 2P9UB 3ZSWA 4HVJA 2YJEA 4J2EA 4LF8K 3H6EA 3QERA 5BRFA 4L3QA 2BPRA 3VA3A 2OCEA 3D50A 2WUSA 4OO1J 4AHSA 3VQPA 1VSMA 3NH2A 2ZD1A 1HKCA 1Q81O 3QB0A 3GL1A 3ZSXA 3SQ1A 1VSJA 4F9OA 5ELZA 1NLVA 2PYJA 4DF8A 5DMRA 3THWA 3HVRA 4FJNA 2C08A 3EO3A 4C1NK 3T1YK 3VF2A 1BG3A 3VQ6A 4PQUA 4KRFA 4FWSA 2HMIA 4QCLA 3JS6A 3I0SA 4H4OA 4WQ4C 4DQSA 4DYLA 1QSYA 2FC0A 1NK5A 4BE1A 1N34K 1HQEA 2PY6A 4BRKA 4NB4A 4FZZA 3OS1A 4FOIA 3FZMA 4RW6A 1WOQA 1NGFA 2VCPA 3LLLA 1BIZA 4PA1A 4OVLA 3ZSRA 1LQ7A 1RGIA 1XWLA 4CEZA 4DFMA 2NRVA 4Y1DA 2F1BA 4JHDA 1JCEA 2UYTA 3A5MC 4HUGA 2YKMA 1WB9A 3EE9A 1B92A 4NSWA 1S1UA 3LDQA 3RMCA 3SNNA 2HMPA 1EWQA 2BANA 1NOYA 3EZWA 4DG1A 4DQPA 1HNWK 4RW4A 1IG8A 1DGKN 3PX6A 4FWRA 3F73A 4AHUA 2IDOA 4BC2A 3I8BA 3ENHA 5M1OA 2KHOA 2YHYA 1BWFO 2FBXA 4M3RA 4YOVA 4OX9K 3OYAA 4DQQA 4WF9L 1U2VA 1BDGA 3L3VA 4IWQA 2Q97A 3B6OA 3PUFA 2C1IA 1JL2A 4B3RK 1RT5A 3P38A 2IVOA 3MXJA 5TKYA 4K8ZA 1WUAA 4JNFA 2E88A 4YDUC 1W2BM 4O0IA 1DKZA 3IFRA 5I42A 1SZ2A 2F7TA 5BN9A 4AHRA 1ASVA 1W9MA 4CESA 4EZNA 4CZJA 4OLAA 1TKTA 3CQYA 4FW2A 4CBWA 5AQIA 3CCEN 3DRRA 5AZJA 2D0PA 3DWLA 3MXMA 3AO4A 3UE5A 3Q0KA 4KAZA 3S41A 1KXPA 4I6MB 4CJ5A 4NCBA 4BRCA 4GY2B 3KK3A 2ZWHA 3C95A 3WT0A 4DUZK 2PZSA 5AQQA 3G6EN 4BQZA 1WDZA 1XMQK 4BC3A 3T49A 3BF3A 3HI0A 3SV3A 1UPXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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