5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
4RWTA 4B1UB 3MN5A 1P8ZA 2W40A 2FSKA 4ISGA 3UB5A 4H6HA 1GLEG 1XUPO 3A5OC 4H5TA 3VF6A 5FPDA 2BPRA 5TKYA 1GLFO 3HZ6A 4IO8A 2HF3A 4JAXA 3LDPA 3MDQA 3DOBA 1E4GT 3D7EO 1KAXA 1BG3A 2P9NB 1NMDA 3GOIA 5BPNA 1XQSC 3CJAA 3ZEUB 1R59O 3ATUA 3EZWA 4JWEA 1IG8A 3VF4A 4CZGA 4FO0A 3SLCA 4PKHA 3VGLA 2W41A 1DKGD 1DEJA 3BUZB 2QWQA 3FZFA 4FSVA 5E26A 2P9PA 3ENOA 5AQUA 5AQYA 4O5FA 2E2OA 3MN6A 3U8XA 4Y0WA 3FFKB 4EZYA 2P9PB 3HTVA 4EZPA 3VEZA 3B8AX 4F00A 1JCEA 3CETA 3QNJA 4A2AA 4IWVA 3SK3A 3TU5A 4H0VB 5E84A 4A2BA 5KPRA 1TUYA 2VCPA 1ATSA 1NWKA 4H5WA 5AFUH 4EZXA 4EZSA 4E81A 2D0PA 5BR9A 5FPNA 2YHWA 1V4TA 4WV7A 4BR7A 1Z6RA 1NLVA 1DGKN 4FWSA 3FZHA 4BQLA 4CD3A 4M63C 2YI1A 4EIAA 3H3OB 1C0FA 4NO7A 5AQXA 2CGLA 4FWPA 3WT0A 2GUPA 3D2FA 3GDQA 5BRHA 5BRFA 4CZKA 2P9IA 3VEVA 3M3ZA 4R5JA 5B8HA 4EZQA 4B1YB 4L3QA 4WYBA 2P9IB 4XEIA 3IMXA 5LJWA 3QFUA 4F01A 3LM2A 3MMVA 3W3DA 5AQVA 4CZFA 3CHWA 3KVGA 4H0OA 4PKGA 1GLLO 4NB4A 3DPQA 2IIRA 4AM6A 1YUWA 3VOVA 1CZAN 3VERA 2Q0RA 4RTFD 3QDKA 2YJEA 4FOIA 2E88A 3QB0A 5AQFA 3EKUA 1ATRA 2CGJA 5KPTA 4J8FA 4IJAA 5F2RA 1RDWX 1SAZA 3LDNA 3WXIA 3SMSA 5EOYA 3G25A 5EY4A 2V51B 3LDLA 3FZKA 3GL1A 4EZVA 3LM9A 2QXLA 3O6WA 4JN4A 2ZGZA 3DJCA 3L4IA 1BO5O 2V7ZA 1TYQA 2YHYA 5JICA 5AZJA 4FWMA 4BC3A 4GY2B 3A8YA 1V4SA 4DQ8A 2P9SA 1MA9B 1TYQB 1U2VA 5AZJB 5BRDA 5AQMA 3H1QA 1HKGA 2P9SB 4MO5A 1U2VB 2PAVA 2QWNA 2GTDA 4FPAA 2FLOA 3AAQA 2GELA 4C23A 4CZLA 1U00A 3ZX3A 3M6GA 4CZJA 1MWMA 3ID8A 3BEXA 2D4WA 4K43A 1X3MA 3IFRA 4MLHA 2WUSA 2GWJA 3CJ7A 3R9PA 3H3NO 4BRPA 4CBWA 1BDGA 1IJJA 3UKUA 2QWRA 3GE1A 1NGJA 3H0XA 1RGIA 3L6QA 2F9WA 4BRDA 3UKUB 4JNEA 4JWCA 4R5LA 3H1VX 1K8KA 4HWIA 2IVPA 2HMPA 5BN8A 5FPMA 3JXUA 2CGKA 1K8KB 3FLCO 1HKBA 1BWFO 3KZBA 3AAPA 4BRMA 4CD1A 2ASOA 4BQZA 2QWMA 4EZRA 2QWLA 4BRHA 3AY9A 4BVPA 1TUUA 3CQYA 1ESVA 3ENHA 5AR0A 4BR9A 4QS8A 2E20A 2J4RA 3FZMA 3M1FA 2Q97A 4MLEA 2YCHA 2QWPA 5LJVA 4GNIA 3QBWA 4BVOA 5AZIA 1GLDG 5KPZA 3H6EA 1QZ5A 4EHUA 3HI0A 5AZIB 3ZETA 3CI5A 4FL9A 3EL2A 3SJHA 4BRQA 4H5VA 4BG9A 3DQGA 4BRLA 3ZETB 3CIPA 3UKRA 3WQUA 2D1KA 3DAWA 3WXLA 4DCHA 3A5LC 3UKRB 4EZTA 4BR0A 5AQJA 3VEWA 1HJOA 1XC3A 5AQQA 1DG4A 7HSCA 4H5NA 3FR0A 1HLUA 1S3XA 2UYTA 3O1WA 4IJNA 3LDOA 4B9QA 3EKSA 3BF1A 1NGDA 3D2FB 5ADXH 1QHAA 1HKCA 4A62A 4H0PA 3F9MA 1T44A 4BRKA 4EFHA 5JLHA 1DKYA 1GLCG 1WOQA 1NGFA 4F9OA 1KAYA 2E1YA 2E8AA 4ISEA 2EWSA 3EN9A 4BR4A 4EZUA 5AQZA 2Q31A 4JWDA 4FWNA 5BPLA 1YXQA 1NGIA 3O08A 5AQPA 4A61A 4QS9A 1CKRA 2D0OA 3FZLA 5EX5A 3CJ1A 1J6ZA 2CH5A 4I6MA 2Q0UA 1Q5LA 5AQRA 3VPZA 3BP8A 2WINM 3MN7A 1BOTO 4I6MB 2QFFA 3DWLA 4JNFA 2ASPA 4PL8A 4R5KA 4CBXA 1LOTB 4LC9B 4ISFA 3L3OM 3T46A 1T6CA 3WUHA 4CZHA 2NLXA 4CI6A 1QQOA 3C0BA 4YDUA 3WEEA 3RSEA 1ZBSA 4BREA 3N8EA 2YJFA 5AFUA 4WV5A 2ASMA 4MO4A 3WEEB 3RSEB 4CZEA 3BF3A 3VF2A 1NM1A 3DPPA 1BU6O 4QS7A 4EZNA 4B1ZA 1BPRA 4BRIA 1QQMA 2FF3B 1QQNA 4BGBA 1NGEA 3GG4A 3JS6A 4DHYA 2AA4A 1MDUB 4FWRA 5I9EB 4WQ4C 3I8BA 2HOEA 4YDUC 1LCUA 2IVOA 4BGAA 4BC2A 4K41A 4H0YB 3I33A 3QMLA 3T47A 4CBUA 2ZGYA 3SMPA 3DXMA 1KXPA 4BR2A 1NGAA 3ZX0A 2FF6A 3T4AG 3TPQA 1HPMA 1D4XA 4JHDA 4XH5A 4AM7A 2I7NA 3O1BA 3S41A 3DXMB 2V52B 1H1VA 4JHDB 4H5RA 2Q2RA 4PL7A 1BUPA 3A5NC 3H45C 4FWKA 4PO2A 3O4WA 3OHXM 3ULEA 4BRAA 1OKJA 4Z94A 4KBOA 5BPMA 4EZOA 5AQHA 3ULEB 5BN9A 1X3NA 5CE3A 2QW9A 3A5MC 4HTLA 3P4IA 1JCFA 4FPBA 1NBWA 2Q36A 5LY3A 2GEMA 4R5IA 2P9NA 1BA0A 4EZZA 1S22A 3ZEUA 4WQ5A 5EXWA 3VEOA 4H6IA 2A40A 5EVZA 2QM1A 3H46O 3IDHA 3MN9A 2ITMA 3O8MA 2A42A 1SQKA 4M7XA 4FWOA 1JCGA 1YVNA 2VYPA 3O80A 4M7YA 3VESA 3WQTA 1E4FT 1KAZA 2OANA 2E2NA 1GLAG 3EO3A 3KHYA 4BRCA 4B1WB 3WXJA 2A3ZA 4BRGA 2KHOA 4WQ5C 3L0QA 3T49A 3CJBA 5ELZA 2BTFA 3HBTA 1YAGA 1QZ6A 3O5BA 1Y64A 4IZ9A 5KQ8A 2H3GX 4PKIA 2ZWHA 4EAHD 3ZX2A 4O8KA 3U9ZA 4DB3A 3VEXA 5AQSA 3WXKA 2A5XA 5AQTA 4K25A 5BREA 3U4LA 4BRNA 2FXUA 5AQIA 1T6DA 3HM8A 1ATNA 3W0LA 5AQNA 4XH1A 4FOEA 3QBXA 3VGKA 2YHXA 5F0XA 3AARA 5AQOA 5AQWA 3U9DA 1GLJO 3C7NA 4H0TB 2CH6A 5JLFA 3A0IX 1G99A 2Q1NA 4BRFA 3C7NB 1NGGA 3GBTA 1X9JA 3R8EA 3MK6A 2ZF5O 2E2QA 4K42A 3QFPA 3R6MA 5AQGA 3DPOA 3CERA 3DXKA 4BC4A 4EHTA 1C0GA 4R5GA 2VWBA 2IVNA 2P9KA 3QICA 4IXCA 2NRHA 4FWQA 2I7PA 3IUCA 4WQ4A 3DXKB 3MCPA 3VENA 4BROA 1WUAA 2V7YA 2BUPA 2P9KB 3D2EA 2DPNA 3OHRA 2QWOA 4XH4A 4BG8A 3D2EB 4FWLA 3VEYA 5F1XA 3UE5A 2OP6A 1SZ2A 4E1JA 2P9LA 4JD2A 1NGBA 4BR5A 4CZMA 4CJ7A 2P9LB 4B1XB 4BC5A 4JD2B 1EQYA 1BA1A 4EZWA 2NZTA 5KQDA 3VETA 5ADXA 3CJ9A 1HX1A 3ATVA 1GLBG 3FE1A 2A41A 2PBDA 3J8AA 1ZC6A 2FSJA 1RFQA 5FPEA 1MWKA 2A6AA 1Q18A 2F9TA 2FSNA 5JMVA 4HY9A 1NGCA 5AQKA 2E2PA 4H0XB 3LL3A 4B1VA 1DKZA 1U6ZA 3HSCA 4JWIA 1DKXA 2GWKA 3T48A 4HYBA 2P9UA 1ZXOA 3VGMA 2HF4A 2E1ZA 4H03B 2P9UB 3CJCA 4CZIA 1Z05A 5AQLA 3LDQA 2AP1A 3CQXA 1NGHA 1HUXA 3FGUA 4RCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O4QA 1RCHA 3HOTA 1A5XA 3KLIA 2VGNA 4CF2A 3DI6A 1I3AA 2XY7A 1GNTA 3VF6A 4IO8A 3HZ6A 4B9UA 3OYJA 4JAXA 2O8EA 2YLAA 4FVUA 3DOBA 4FK4A 3D7EO 3GOIA 1NMDA 4OO1J 1R59O 3VF4A 3SLCA 2X3WA 1FK9A 1DKGD 3QETA 4NXMK 3PV8A 4KV8A 1DEJA 3CQ8A 3ZSOA 4JS5A 4CHNA 2P9PA 3V6DA 2BDPA 3VQ9A 5AQYA 2HHQA 3U6FA 4O5BA 4EZYA 2P9PB 2RF2A 4M45A 3PO5A 4PUOA 3B8AX 3ZYYX 1RBRA 4IWVA 3V1QA 2FBVA 4LSNA 3OYAA 2P5OA 2VCPA 1ZYLA 4EZXA 5BR9A 5FPNA 1BHLA 2YL5A 4BR7A 3QERA 4C8KA 3QESA 4H8KA 1M90O 1C0UA 2IDOA 3AO4A 2GUPA 3D2FA 1GOAA 4OLAA 4GV6A 3D51A 1J54A 1I4TA 4LF8K 4OLBA 2QKWA 4CHZA 4WYBA 4A5AA 4F01A 3MMVA 2AJQA 2PMRA 3RR8A 3CXCM 4CGGA 4ZTFA 3CHWA 4RW8A 4NB4A 3CFOA 3ZSZA 2YLLA 3VOVA 3VERA 4FJ5A 2VGMA 4DTOA 2KKZA 1ATRA 1QWNA 5KI6A 4KREA 2QXFA 3B6OA 3TR8A 5KTQA 5HL7L 1NK8A 4WPEA 4V19S 3IRXA 4AKVA 1NJXA 3L3PA 1REVA 1VQ6N 1WSHA 1FJGK 2V51B 3S3NA 1JLGA 3FZKA 1YJWN 4G6QA 5J2NA 1XI1A 1VSFA 3G9GA 2ZXQA 1NKCA 4IM3A 2ZD1A 3O9QA 3RVCA 4JI5K 5CHIA 1YI2N 3T69A 4C8LA 1OA1A 1C0TA 1Z25A 1E3MA 1U2VA 3MX5A 4BNEA 5AQMA 4AHRA 3WNGA 4DR1K 1U2VB 2EWFA 4BY9C 3AAQA 1O13A 4B08A 4C23A 4EZ6A 4CJTA 3TWHA 4X65K 2VG5A 3ZT0A 3CJ7A 4FZYA 3H3NO 3L3UA 1SU8A 1IJJA 3UKUA 2JWLA 2QWRA 3GE1A 1NGJA 2WTUA 3WNFA 3VA3A 3TSQA 3UKUB 3DYAA 4YOUA 4DMNA 3SQ2A 3OS1A 2IVPA 2HMPA 5BN8A 4B9MA 3E01A 3JXUA 2CGKA 3BY5A 3MWTA 1YITN 1ZBUA 1XHZA 4IBNA 4I1QA 3CKDA 4BRHA 3SOGA 1C1CA 1L5UA 4F2RA 3CQYA 3OS2A 4DV0K 4LF6K 4QS8A 3VEBA 2J4RA 5GINA 3DLEA 3M1FA 4WFNL 1LWEA 2YCHA 3HAIA 4AHTA 1T03A 1R33A 1RDCA 1GLDG 3C6UA 4OX9K 3H6EA 4EHUA 4JYAK 2HHTA 5GADP 3CPWM 3HO1A 3SJHA 5CYMA 3DQGA 3UKRA 2X3VA 2D1KA 4H4MA 3SV4A 3DAWA 4BECA 3VTIA 3UKRB 4WFAL 4BR0A 5AQJA 4IOAL 4B8CA 4JK9A 3CPEA 4Z4IA 4H5NA 4CGIA 1TKZA 3FR0A 2HVIA 3RMAA 1W0HA 3O1WA 3HT3A 3G71N 3ITHA 3B51X 4B9QA 2JNSA 3PSIA 3I04A 1NGDA 3DOKA 2OZMA 4KAZA 3F9MA 4FZXC 2N3KA 3VTHA 3CAZA 2E8AA 3NGYA 1I4DA 2YI9A 3EN9A 3I2WA 1WLJA 3DLKA 5KGXA 1VQMN 4JEPA 2LXYA 1CKRA 3DRRA 3QEVA 4OJRA 1XHXA 4M3WA 3FZLA 5EX5A 4I43A 4F3OA 4DTSA 3CC2N 2CH5A 3VQ8A 3ZCMA 1J5EK 4AZ7A 2Q0UA 1Q5LA 2WINM 5CR4A 3KAVA 1BOTO 3OYMA 1N34K 3DWLA 4JNFA 4PL8A 4R5KA 1CZBA 1HYVA 1RT2A 3ZT2A 4CBXA 3KLFA 1U4BA 3CC7N 4PQUA 4FJLA 4B9NA 3T46A 4M3UA 2QEXN 1T6CA 2P51A 3M3WA 4YOVA 1Q7YO 4CI6A 3NDKA 3THVA 3N8EA 1ITGA 1VQPN 5J2PA 4Y1DA 2P1JA 3QIPA 3OYHA 3DPPA 4BEBA 1BPRA 1WN7A 2V0OA 2HBLA 1NGEA 1YWMA 3GG4A 3JS6A 4GVEA 3SUPA 4JRQA 4OKKA 1MDUB 4CERA 2GBZA 4JK7A 4OKJA 2HOEA 4YDUC 4KTZA 4E0DA 2O0I1 4CEDA 4R79A 2IVOA 3ASMA 4BGAA 1VRUA 1GOBA 3T47A 5FROA 4CBUA 4I9LA 1IG9A 1XC9A 4G1QA 1NK5A 3DXMA 1SUQA 2FBXA 4LD0A 4CFCA 1EX4A 4CJWA 1BI4A 3KLGA 4AM7A 2E6MA 3DXMB 1KQSM 1ZYQA 1BI4B 3MEDA 4FWKA 1BUPA 1LAWA 3H45C 4YHHK 1HNVA 3ZLJA 4DKWA 1U45A 5SWMA 5FLXO 2KFNA 5FDLA 2GAFD 2ETJA 4FM1A 1Q81O 3JSMA 3RV0A 1BGXT 1YVUA 4LY7A 1JCFA 1SKSA 3CCVN 4UQGA 3WNEA 4H6IA 3I39X 4N41A 4HR1A 2A40A 3KKSA 3HP6A 4L8RB 5C25A 4FW2A 2DTUA 1WSFA 3MN9A 1WB9A 1RT3A 5C2FA 4HR1B 4FWOA 1YVNA 3DX1A 1N5YA 2F7TA 2HHWA 4AH9A 3R3LA 3O3NB 4FJJA 4JS4A 4GVMA 3M8PA 3KHYA 4DR7K 1VQ5N 5KRSA 4B1WB 2RPIA 4JK8A 2A3ZA 2KHOA 5ELZA 1IBLK 4JI1K 1JLAA 3O5BA 4DUZK 4IZ9A 5KQ8A 2D0BA 4B3OA 3EYZA 1A5WA 5CY4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2YL8 A;  3R6M A;  1BQM A;  3DPO A;  3AVC A;  1C0G A;  4R5G A;  3ZED A;  4OPA A;  3ZSR A;  4DV3 K;  2P9K A;  3QIC A;  4IXC A;  4E3C A;  2I7P A;  3IUC A;  4BRO A;  3OYG A;  1QSY A;  2V7Y A;  1OVQ A;  2P9K B;  5J1E A;  3PIO L;  4BG8 A;  3VEY A;  2D0C A;  2PYL A;  1EXQ A;  1X1P A;  1SZ2 A;  1S6Q A;  4BR5 A;  3N4P A;  3WXM B;  1BCM A;  1KLN A;  3ZEF A;  1EQY A;  4BDY A;  4LFC K;  5HOO A;  2F7P A;  2VWJ A;  1HX1 A;  3KKR A;  1GLB G;  4IFE A;  2PBD A;  4CF0 A;  3J7A P;  1ZC6 A;  2FSJ A;  3F2K A;  4HUG A;  1MWK A;  3A2F A;  4GW6 A;  2F9T A;  4C8M A;  4BE0 A;  1NGC A;  5AQK A;  5DM7 L;  4A5B A;  4JKA A;  1D9F A;  4PY5 A;  4MQD A;  4JWI A;  2X6N A;  5GAE P;  1HNI A;  2GWK A;  4DTN A;  3NAE A;  2RHK A;  3P39 A;  3EJQ A;  2GA9 D;  3OYL A;  1Z05 A;  2F1A A;  3NGZ A;  5AQL A;  1NOY A;  1FW6 A;  2YIA A;  1NGH A;  4BE7 B;  3FGU A;  4M3X A;  4RCH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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