The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
130
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sequence length |
349
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structure length |
349
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Chain Sequence |
VPQELIEKIKLISPGTELRKALDDIINANFGALIFLVDDPKKYEDVIQGGFWLDTDFSAEKLYELSKMDGAIVLSEDITKIYYANVHLVPDPTIPTGETGTRHRTAERLAKQTGKVVIAVSRRRNIISLYYKNYKYVVNQVDFLISKVTQAISTLEKYKDNFNKLLSELEVLELENRVTLADVVRTLAKGFELLRIVEEIRPYIVELGEEGRLARMQLRELTEDVDDLLVLLIMDYSSEEVEEETAQNILQDFITRREPSPISISRVLGYDVQQAAQLDDVLVSARGYRLLKTVARIPLSIGYNVVRMFKTLDQISKASVEDLKKVEGIGEKRARAISESISSLKHRKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Thermotoga maritima
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| publication title |
Structural Biochemistry of a Bacterial Checkpoint Protein Reveals Diadenylate Cyclase Activity Regulated by DNA Recombination Intermediates
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA integrity scanning protein disA
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| total genus |
130
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| structure length |
349
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| sequence length |
349
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.85: Diadenylate cyclase. |
| pdb deposition date | 2008-01-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00633 | HHH | Helix-hairpin-helix motif |
| A | PF02457 | DisA_N | DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding |
| A | PF10635 | DisA-linker | DisA bacterial checkpoint controller linker region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | YojJ-like (1 | DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1COO A; 4Z6F A; 5JUM A; 2XGP A; 3ZDA A; 4TUP A; 3QEB Z; 4DQP A; 3RBE A; 4F5Q A; 4DFM A; 1S10 A; 4CCH A; 3GFK B; 5J2D A; 2BCS A; 4BXO B; 3ZD9 A; 2FPL A; 8ICM A; 5DLF A; 2J6U A; 4P4O A; 4RQ1 A; 1KDH A; 5L1K A; 3V6H A; 4R64 A; 2V4Q A; 5DBA A; 1DGS A; 3JPP A; 2BPG A; 4DLG A; 5IIM A; 5KFZ A; 5DKW A; 4QZF A; 9ICJ A; 3RJE A; 4HYK A; 1KFT A; 2JZB A; 5CHG A; 5BOM A; 4DWI A; 4YR2 A; 2V4R A; 9ICS A; 3PR4 A; 2BCR A; 3MGH A; 4I2I A; 1Z00 A; 3C2L A; 5J2A A; 4NLZ A; 1BPB A; 1ZQC A; 4LVS A; 2KFN A; 8ICJ A; 3OHB A; 1TK5 A; 1RXW A; 2NRW A; 2XY5 A; 3ZDD A; 4J9O A; 3G6X A; 4DLE A; 2AU0 A; 3JPS A; 2BR0 A; 1ZQH A; 4IRK A; 4KLF A; 2VA3 A; 3HW8 A; 2W9C B; 3KHL A; 2KTQ A; 3K75 D; 3HT3 A; 4YXM A; 4TQR A; 3T5J A; 3TAN A; 1S0M A; 5HP4 A; 1ZQU A; 4MEY A; 5KT7 A; 4IQV A; 4EZ6 A; 4EYH B; 3ORY A; 2PFQ A; 1L3U A; 8ICB A; 4ECY A; 5KG5 A; 1NK6 A; 3RB4 A; 1S9F A; 2PI4 A; 4M2Y A; 4ELV A; 2J6T A; 4NLG A; 3BQ2 A; 2JEI A; 1UA1 A; 7ICE A; 4BGD A; 2ASL A; 5KFV A; 1S76 D; 5TZV A; 4MEX A; 3NGD A; 3C23 A; 5KFI A; 2AGO A; 1TAQ A; 3IHQ B; 1ZYQ A; 1U49 A; 2BCV A; 2ATL A; 2NRV A; 5J0X A; 3LK9 A; 2W8K A; 3PW2 A; 3RJH A; 1QSS A; 1XU4 A; 5CWR A; 3G6Y A; 4RPZ A; 9ICE A; 2ISO A; 5KG1 A; 3MGI A; 3EPI A; 5DG7 A; 4PHE A; 4QZ8 A; 5CA7 A; 3PW7 A; 1NK9 A; 1MQ2 A; 1ZET A; 5J0T A; 4B9T A; 1BPY A; 3RB6 A; 3JPN A; 4KLL A; 2BCU A; 5KFK A; 2W9B A; 3RBD A; 2KZZ A; 4YXJ A; 5KG2 A; 4RQ6 A; 4F2S A; 4JWM A; 4DS5 A; 4Z6E A; 4YR0 A; 1D8Y A; 4PGY A; 4Q45 A; 2C2R A; 4O3P A; 3GII A; 1ZQY A; 1B43 A; 4F3O A; 4I2H A; 3H8W A; 1ZQF A; 1WCN A; 4DSE A; 4M04 A; 4BDP A; 4O3R A; 5IIL A; 2F1J A; 1ZQD A; 4O5C A; 4EBD A; 3SV4 A; 2WTF A; 2R8J A; 5EWG A; 9ICH A; 4Q8E A; 4IQU A; 5J2C A; 4R8U A; 3KHR A; 4YVZ A; 4JV0 A; 4M6W B; 1ZQL A; 4DL6 A; 3RR7 A; 4XRH A; 2C28 A; 3LDA A; 4ED1 A; 4F4Y A; 1L3S A; 4I2E A; 3FYH A; 5KT3 A; 1ZQJ A; 1D9F A; 1KTQ A; 3T5H A; 9ICK A; 8ICG A; 2DPI A; 3H4D A; 1ZQQ A; 1KSP A; 5HMM A; 4RQ5 A; 2KFZ A; 3AUO A; 3B0Y A; 1RPL A; 4YR3 A; 1CEZ A; 3RR8 A; 3PX6 A; 4C8O A; 4RV7 A; 4DS4 A; 3RJK A; 5F9N A; 3TAR A; 4QZE A; 1A77 A; 1JMS A; 1SL2 A; 4TQS A; 2BKE A; 3EW9 A; 3TFR A; 2PI5 A; 4XA5 A; 3ISC A; 4F50 A; 4NXZ A; 4I2B A; 4DO9 A; 7ICJ A; 2XO7 A; 4GC6 A; 4O5K A; 5L9X A; 3EZ5 A; 2BGW A; 4F4X A; 1PZN A; 4DSJ A; 2FPM A; 3M9N B; 1JXL A; 7ICO A; 9ICP A; 4TUS A; 2ZJ8 A; 4ED6 A; 4LZD A; 1ZQX A; 4RQ4 A; 2XC9 A; 2W9A A; 4QZC A; 4ECR A; 1ZQK A; 9ICC A; 4RQ2 A; 1LB2 B; 8ICC A; 4I29 A; 4RQ3 A; 2LYH A; 4DEZ A; 3BDP A; 1NKB A; 4NM1 A; 8ICR A; 1H38 A; 4DF8 A; 5DDM A; 4JK1 A; 4QZD A; 3Q8Q B; 3HP6 A; 3N4M B; 2PFO A; 1Z00 B; 4DFJ A; 1ZQB A; 3RRH A; 3RAX A; 1XO1 A; 2IA6 A; 5KFH A; 2FLL A; 2HHT A; 2AGP A; 4PHP A; 3H40 A; 3C2M A; 5L1I A; 1ARO P; 4Z6C A; 4PGQ A; 4K4H A; 4I2C A; 4KN7 A; 5IIJ A; 1RZT A; 4R65 A; 3TI0 A; 1RYR A; 4IQT A; 4KLS A; 4P4P A; 2ZUB A; 5KFU A; 5J0S A; 1HJP A; 5J2F A; 4UBC A; 2IMW P; 2UVW A; 8ICK A; 4XQ8 A; 5CJ7 A; 4TUQ A; 2DFL A; 1D9D A; 4I2F A; 1NK0 A; 3RB3 A; 4ELT A; 4KIT B; 3OJU A; 2IHM A; 5KFW A; 3GIL A; 4O5E A; 1NJX A; 2GWS A; 1NOM A; 5HHH A; 5J2H A; 3GV7 B; 3GQC A; 4UB4 A; 3KHG A; 5KFF A; 2A1J A; 5DBC A; 4C8N A; 4RPX A; 2ZTC A; 4JWN A; 5KT4 A; 1C7Y A; 1ZQZ A; 5J2G A; 4F2R A; 4YQW A; 4B9V A; 1QSY A; 3BQT A; 4ED3 A; 2ZJ5 A; 1SKS A; 8ICQ A; 8ICO A; 8ICF A; 4Q8F A; 2W9B B; 4NY8 A; 4M9N A; 4O3O A; 5CR0 A; 1SKR A; 3SI8 A; 1ZQS A; 1ZQA A; 3UPQ A; 7ICG A; 4J9Q A; 4M47 A; 1S0V A; 1SKW A; 4P4M A; 1N48 A; 7ICL A; 4M9L A; 5KTQ A; 2H5X A; 3MFI A; 4PHA A; 2C2E A; 4DL5 A; 1ZQV A; 4RNN A; 1X9W A; 8ICW A; 2BHN A; 1L5U A; 4PGX A; 4ED0 A; 4FO6 A; 4M9J A; 9ICN A; 5KFM A; 4R8U B; 3SZ2 A; 1BPZ A; 7ICI A; 4K4G A; 1L3V A; 5BPC A; 1U48 A; 1ZQO A; 2BCQ A; 3RRG A; 1KFD A; 2XGQ A; 2NRX A; 4DQQ A; 1ZQI A; 3MAB A; 3H4B A; 5J0U A; 1RXV A; 4Q44 A; 9ICW A; 1ZQE A; 4ECQ A; 2FLN A; 2HHX A; 3C1Y A; 5CB1 A; 2HW3 A; 3GIK A; 7ICR A; 3TAP A; 2NRT A; 4ED2 A; 3C5G A; 4GLX A; 3KTQ A; 1ZQP A; 3Q8P B; 2KZM A; 2UVU A; 1WCL A; 7ICT A; 3OJS A; 4NM2 A; 3RH4 A; 2MAX A; 4YD2 A; 4J9S A; 3GV8 B; 3M8S A; 5IIK A; 4UAY A; 5KFN A; 2RDJ A; 5DDY A; 2BDP A; 1XSL A; 5L1J A; 3HWT A; 3T5K A; 4IRD A; 4IRC A; 4DSI A; 3PW5 A; 9ICA A; 4G3I A; 4QZH A; 1KRP A; 3G6V A; 7ICH A; 5CP2 A; 4M0A A; 3NTU A; 2IHN A; 4QW9 A; 2FPK A; 1S0O A; 4O3S A; 4LZG A; 2VAN A; 1SZP A; 1K1Q A; 3LWM A; 4J9P A; 5KFR A; 2MUT B; 3ZDC A; 2R8G A; 2PFN A; 3ZDB A; 1ZQT A; 2W8L A; 3BQ0 A; 2C22 A; 9ICV A; 4F5N A; 5DQI A; 3OHA A; 1TK0 A; 1TV9 A; 4DF4 A; 1ZJN A; 4RUA A; 1X2I A; 3ISB A; 4FS2 A; 1S0N A; 1IM4 A; 3HPO A; 1UA0 A; 3RTV A; 5J0O A; 8ICE A; 4M9H A; 1RYS A; 4RT2 A; 2B21 A; 4RPY A; 4DL4 A; 7ICS A; 1KEJ A; 3C2K A; 2XY7 A; 4RQ7 A; 2BPC A; 1JX4 A; 2ISP A; 3M9O B; 1BPD A; 3V7L A; 2NRZ A; 2ZUC A; 5KG0 A; 4QZG A; 4QZB A; 3UQ2 A; 4YD1 A; 1B22 A; 5KG7 A; 4DOC A; 4I2A A; 5EOZ A; 3RJF A; 3SV3 A; 1XS9 D; 4RZR A; 3UXP A; 1ZQN A; 4J9R A; 3PO4 A; 2A1J B; 4YCX A; 4ECU A; 2M9N A; 1EXN A; 3JPQ A; 3AU2 A; 2ASJ A; 2ASD A; 2BQR A; 4PPX A; 2ZTE A; 5KFD A; 4RNM A; 4UB2 A; 4KLO A; 3E2E A; 1MSW D; 4JV1 A; 2JEJ A; 5D49 A; 4B9S A; 4ECZ A; 5DBB A; 2F1I A; 8ICA A; 2HHS A; 3MR5 A; 3EYZ A; 3PY8 A; 4ECS A; 4K4I A; 4ED8 A; 7ICF A; 9ICB A; 2JZB B; 3PX0 A; 5KFS A; 3C5F A; 7ICP A; 3QZ8 A; 1NK4 A; 2HHW A; 1UT5 A; 1V9P A; 5J0Y A; 8ICT A; 3MDC A; 5KT2 A; 1NKE A; 3Q8L A; 7ICU A; 4PH5 A; 4DSK A; 1XC9 A; 4Q43 A; 1X9S A; 4QZA A; 4YMN A; 5KFE A; 3BJY A; 8ICI A; 5J0W A; 3ISD A; 4F4Z A; 8ICS A; 4QWC A; 1IXR A; 3ZD8 A; 4KLI A; 1NJW A; 4DSF A; 3GIM A; 4UBB A; 4C8M A; 7ICN A; 4DFP A; 3RJI A; 4MF8 A; 1ZJM A; 4UB1 A; 4KLE A; 1DOQ A; 3BQ1 A; 5DB9 A; 4F91 B; 4J9N A; 4C8L A; 2W9M A; 2VA8 A; 4O0I A; 3FDS A; 1BGX T; 1HUO A; 2XCA A; 3RB0 A; 1JXE A; 3M8R A; 3RH6 A; 1T8E A; 3UQ0 A; 2BPF A; 2I9G A; 4KLQ A; 1BPE A; 3SYZ A; 1TK8 A; 4QZI A; 3RAQ A; 1QLN A; 4RQ8 A; 4YFK A; 1NKC A; 4UQG A; 2AQ4 A; 3MR3 A; 2R8I A; 4E0D A; 4DFK A; 1TFR A; 4EBE A; 4RU9 A; 3B0X A; 1Y88 A; 4I2J A; 5KFC A; 3MDA A; 2P66 A; 1ZQG A; 2FMP A; 4MFC A; 3EPG A; 1S77 D; 5J29 A; 3THV A; 3OSP A; 1N56 A; 1MQ3 A; 8ICN A; 4ELU A; 2HHV A; 3C1Z A; 2XCP A; 2R8H A; 5III A; 1ZQM A; 5KFY A; 5KFG A; 4R63 A; 4KLM A; 3OGU A; 1BPX A; 2P6R A; 5J2B A; 2PXI A; 3Q8S B; 5KG6 A; 3PV8 A; 2OWO A; 3PX4 A; 3PW0 A; 2FB5 A; 9ICQ A; 4F5P A; 3LWL A; 2IBK A; 4O3N A; 5KFA A; 1JN3 A; 4YP3 A; 3Q8R B; 4DOA A; 5DB6 A; 3PR5 B; 4RNO A; 4YG2 A; 3GDX A; 2FMS A; 3RH5 A; 1NK5 A; 4EZ9 A; 1K1S A; 5J0P A; 3PVX A; 1U45 A; 3JPR A; 4O9M A; 9ICR A; 3HX0 A; 5EWE A; 4B9L A; 2AQ0 A; 4MFF A; 5IIN A; 4QWB A; 5BOL A; 4FBU A; 4UAW A; 1XSN A; 2ZUD A; 3T3F A; 2JEG A; 2BQU A; 5F9L A; 4KMU A; 5KT6 A; 4NLN A; 1KFS A; 5J2E A; 3K4G A; 4YMM A; 3H8S A; 5KFX A; 2ZJA A; 5DGB A; 8ICP A; 1U9L A; 4C8K A; 4KLJ A; 4B9N A; 5DG9 A; 3TFS A; 2XY6 A; 4UB5 A; 5KG4 A; 5HNK A; 9ICI A; 3PML A; 5DQG A; 4FS1 A; 4F93 B; 3H8J A; 5J0R A; 2DPJ A; 2FMQ A; 3MFH A; 1SL0 A; 1X9M A; 4GXI A; 3PNC A; 4BXO A; 1BVS A; 4RUC A; 3QZ7 A; 2KN7 A; 3TQ1 A; 4GXK A; 3V6K A; 3UXN A; 4JUZ A; 3M9M B; 1QSL A; 4IR9 A; 1T3N A; 8ICL A; 4J9L A; 5KG3 A; 4QWD A; 4FBT A; 2RDI A; 1ZQR A; 5KFP A; 4QZ9 A; 5J2K A; 2R8K A; 1JIH A; 9ICT A; 4B9M A; 1UT8 A; 3PMN A; 4KTQ A; 4F5R A; 1NK8 A; 5J2I A; 9ICX A; 1NK7 A; 4PHD A; 2HVI A; 8ICX A; 4UB3 A; 3V7J A; 3QE9 Y; 4QWA A; 2V9W A; 2ZTD A; 2BQ3 A; 7ICQ A; 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