The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
347
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structure length |
344
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Chain Sequence |
ELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSIPFIPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNASSEEIQRAFA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The principal mRNA nuclear export factor NXF1:NXT1 forms a symmetric binding platform that facilitates export of retroviral CTE-RNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Nuclear RNA export factor 1
|
| total genus |
87
|
| structure length |
344
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| sequence length |
347
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| chains with identical sequence |
C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-11-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02136 | NTF2 | Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain |
| A | PF09162 | Tap-RNA_bind | Tap, RNA-binding |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O53 A; 4HM2 B; 3RGA A; 4LI2 A; 5CLK A; 4CP6 A; 1OUN A; 4XSQ A; 4HM5 B; 4LI1 A; 2YFJ B; 3G3B A; 5DRV A; 3C6N B; 4AY9 X; 2R9U A; 3EJV A; 3OGM B; 3K7C A; 4RZM A; 1OZN A; 2UZY A; 3FLJ A; 4XBX A; 3DZE A; 4GB5 A; 8CHO A; 3A76 A; 3STD A; 5IJC A; 1G9U A; 3SED A; 1O7M B; 5D82 A; 4GT6 A; 2GBW B; 5AEU B; 1P9A G; 4PEQ B; 1DMN A; 4IIA A; 5KP3 A; 1D0B A; 4P91 A; 5AII A; 2JQ5 A; 3WPD A; 3WPF A; 3DUK A; 4H3U A; 1H6U A; 1S5A A; 2RA8 A; 2Z82 A; 1A9N A; 1ZIW A; 1W00 A; 4K1V A; 4R0A A; 1Q42 A; 4LSX C; 1ASK A; 2RFR A; 3REZ A; 3ZYJ A; 4L7K A; 1KOH A; 4R07 A; 3JUN A; 4PER A; 2OMV A; 1TP6 A; 4LEH A; 3P72 A; 3UL8 A; 4J4L A; 4CDL A; 3B4P A; 5IG5 A; 3OGK B; 4STD A; 5IEO A; 5BXQ A; 3FZW A; 1W01 A; 3MG2 A; 1LTX A; 3MYT A; 4XDV A; 4I6J B; 1K5G C; 4U13 A; 5G2G A; 3OGL B; 4CC4 A; 2WQV A; 2XR8 B; 4R5C A; 3H51 A; 1FT8 A; 1JKG B; 3F7X A; 3CPO A; 3WN4 A; 3EN8 A; 3I0Y A; 3G16 A; 2O6S A; 2RCD A; 7STD A; 3RGR A; 3FF2 A; 3E99 A; 3KSP A; 2HMO B; 2OWP A; 3GZR A; 4XM4 A; 4PSJ A; 4QXE A; 1O7N B; 3DXO A; 3FF0 A; 4X2H A; 1NDO B; 3DZL A; 1O7H B; 3BZ5 A; 4BV4 R; 4B8C D; 4MJD A; 2P1Q B; 1NU3 A; 4Q3I A; 5AWA A; 1E97 A; 1KOO A; 3ULA A; 4XBY A; 3D9R A; 4PKI G; 4NKG A; 2PZV A; 2QGU A; 4Z8G A; 3EHC A; 4WP5 A; 4LXR A; 2F99 A; 1OGX A; 1DS9 A; 4R6G A; 4U06 A; 1O7W B; 2OMT A; 4V2D A; 4Z79 A; 3EC9 A; 1U5O A; 2AST B; 4N3V A; 2IFG A; 3JUP A; 4FD0 A; 4L3A A; 3EQQ B; 3MHE A; 4M7E C; 3HX8 A; 4WYK A; 4V2C A; 1JN5 B; 4FMZ A; 1XEC A; 3OJA B; 1JL5 A; 5AI1 A; 1Z7X W; 3GRD A; 3M19 A; 1O6V A; 3M18 A; 1ISK A; 4G8A A; 2Z7X A; 1H6T A; 5IG0 A; 3CVR A; 3T8N A; 4HZB B; 2Z77 A; 4R6A A; 3NUV A; 1FS2 A; 3MSO A; 4C2B B; 4LGQ A; 2INX A; 3RIZ A; 3OWS A; 4P8S A; 1XEU A; 5FW5 A; 1XWD C; 2HMN B; 5LFN A; 1OTM A; 1GY6 A; 3ULV A; 2ASS B; 5JPU A; 4HM6 B; 2BMR B; 5FTT B; 3BLZ A; 4HKV B; 3H3H A; 4R58 A; 2CHC A; 3OX9 A; 2STD A; 5A5C A; 4LSC A; 2P1P B; 3FKA A; 4J9A A; 3G04 C; 4OVM A; 4HM3 B; 5AZ5 A; 1CQS A; 3DMC A; 4U09 A; 3OWY A; 1K41 A; 4HJL B; 3RGX A; 2GEY A; 4HVN A; 2FT3 A; 2O6R A; 3F40 A; 4R9K A; 4IM6 A; 4R6J A; 4C2A B; 5CMP A; 4WP6 A; 4UFR A; 4KVH A; 2ELL A; 3MKI A; 1OGQ A; 5CMN A; 4J0M A; 4FCM A; 3JUO A; 2CKF B; 4LXS A; 4Z61 C; 3B7C A; 1OOK G; 4MQW X; 3T8U A; 3NBR A; 3OXA A; 1E3V A; 3B8L A; 1OTO A; 2BMQ B; 5DRE A; 5IEN A; 1Q40 A; 3MG1 A; 2Z64 A; 1BUQ A; 3F7S A; 2JE1 A; 4OQT A; 4HM8 B; 3GOZ A; 2JE0 A; 2RR6 A; 5IYX C; 4RCW A; 3GZY B; 5B0N A; 2OMZ A; 1TUH A; 3LYG A; 3E2J A; 1ULJ B; 2K54 A; 3KJ4 A; 4LMI A; 3FGY A; 1EA2 A; 4CC4 C; 3EBT A; 4X2O A; 3UNL A; 1O7G B; 5AIH A; 3ER7 A; 2OMW A; 4R6F A; 5B4P A; 3A79 B; 4H09 A; 3SOA A; 3DM8 A; 4HZ9 B; 2GEX A; 4R1K A; 4CNC A; 5GQR K; 1DFJ I; 1AR0 A; 3K0Z A; 2W2C A; 2OMY A; 4Q53 A; 5IF6 A; 3SB4 A; 2BNH A; 2UZX A; 2CA6 A; 2WFH A; 4XOS A; 3RFE A; 3RJ0 A; 3UL9 A; 2V9T B; 1K5D C; 3RGZ A; 4PQ8 A; 5AWC A; 2HMK B; 1NWW A; 3WPG A; 3NV0 A; 3TSR E; 4FCG A; 1SJW A; 5AIG A; 5CF2 A; 1OF5 A; 3ROB A; 3CNM A; 1WQL B; 3S5C A; 4TZH A; 5IEP A; 4XBT A; 4FCJ A; 5GMH A; 4R5D A; 4YEB B; 3E4G A; 2BMO B; 2YFI B; 2ID5 A; 2A15 A; 1IDP A; 3F9S A; 5STD A; 3VQ2 A; 3WPI A; 3KZT A; 1OGZ A; 1U0N D; 5HGR A; 3OWU A; 4WWU C; 2XOT A; 1HKX A; 4GLP A; 1ULI B; 4QBZ A; 3NM2 A; 3E3Z A; 3RW6 A; 1A2K A; 4J8T A; 3G3A A; 4M7E A; 3IPT A; 1O6T A; 2GXF A; 4R9L A; 4WYK B; 3G06 A; 3VQ1 A; 4KNG A; 2Z62 A; 2B1X B; 1W02 A; 3EBY A; 1W8A A; 3EN1 B; 1JB5 A; 2Z7X B; 2B24 B; 2QIY A; 2V9S A; 5AWD A; 3W3N A; 2HMJ B; 1GWB A; 1OH0 A; 3JUM A; 2HML B; 2XWT C; 1Z1S A; 4KT1 A; 4MN8 B; 2RGQ A; 5JPP A; 3GWR A; 3KKG A; 1DCE A; 3JUQ A; 2Q4G W; 1JB4 A; 3G0K A; 5CXO A; 1P8V A; 3CIG A; 5D3I A; 2IMJ A; 1PGV A; 3HK4 A; 4L8O A; 1E3R A; 4XDW A; 4HQ1 A; 2XRX B; 2YFL B; 3WPC A; 4HM1 B; 3JB9 j; 4Z64 C; 4HM0 B; 2O6Q A; 2F98 A; 4BSS A; 1QJG A; 4BSU A; 5GMF A; 3ECF A; 1VZZ A; 3B4O A; 4Q62 A; 4R09 A; 5IJB A; 2XSO B; 3ZYN A; 3WPE A; 4AW4 A; 3WPB A; 3WPH A; 1OHS A; 1UUV B; 5BVB A; 4K17 A; 4ARR A; 5HZL B; 3G39 A; 3HZP A; 1W6Y A; 1O6S A; 4CIL A; 1ZX2 A; 1OCV A; 3ZYO A; 3KE7 A; 4R08 A; 3C6O B; 4L3F A; 3FSD A; 3W3K A; 5D81 A; 4EZG A; 3NXJ A; 3UJM A; 2WQU A; 4LSX A; 2WQX A; 3EF8 A; 5IJD A; 3C6P B; 1GY7 A; 3W3G A; 4V2E A; 4K1U A; 2Z66 A; 1QYY A; 1P8T A; 4RWT C; 3NHX A; 5D83 A; 5GS0 A; 5IG4 A; 1JB2 A; 1Q40 B; 3VSY A; 4Y61 B; 1ZO2 A; 3PMH G; 1A4Y A; 5CK6 A; 1M10 B; 1WWL A; 3CIY A; 1JKG A; 4Q3G A; 3W3J A; 3FXI A; 5AIF A; 5CF1 A; 3SOY A; 4LSA A; 4OUQ A; 4ORL A; 5TGN A; 1O7P B; 3Q90 A; 1FO1 A; 4XB5 A; 3EX9 A; 3RFJ A; 6STD A; 2OMU A; 4FS7 A; 3UL7 A; 1FQV A; 2P1O B; 2UX0 A; 4BSR A; 3CU3 A; 4ECO A; 4ECN A; 2BEX A; 5EVH A; 3ZYI A; 4FDW A; 1M9L A; 1GY5 A; 2XSH B; 1IO0 A; 2R4I A; 3RW7 A; 3M8C A; 3UN9 A; 4U7L A; 4HM7 B; 4RCA B; 3FH1 A; 2JQD A; 2BNG A; 5HDH A; 4HM4 B; 3CNX A; 1GYB A; 5GMG A; 3GZX B; 2A0Z A; 5IG3 A; 2Z81 A; 3W3M A; 2F86 B; 5AWB A; 5AEW B; 4PEJ A; 1M9S A; 3NV0 B; 3VGN A; 2Z63 A; 1YRG A; 4NKH A; 4FHO A; 1OF5 B; 1DMQ A; 5GS2 B; 2Z7A A; 3RFS A; 3LZA A; 5IER A; 1DMM A; 4U08 A; 1OTN A; 2P1M B; 4ARN A; 4I4K A; 4XGO A; 3E6J A; 3BB9 A; 1JN5 A; 5B0T A; 4L8P A; 3OJA A; 3O6N A; 1STD A; 3MG3 A; 5KP4 A; 4KXF B; 1XKU A; 2Y5Q A; 3W3L A; 2WQW A; 2HMM B; 3WMD A; 1C7H A; 1GS3 A; 2I9W A; 2GBX B; 3F14 A; 3ULU A; 1OPY A; 1M0Z A; 3G8Z A; 2Z76 A; 5KP1 A; 3F8X A; 1UUW B; 2P1N B; 2V70 A; 1OHP A; 3F8H A; 4CNM A; 4Z94 G; 2Z65 A; 3GZB A; 1EG9 B; 1OHO A; 1XCD A; 3OV4 A; 2OMX A; 4QC0 A; 1QMA A; 1SQ0 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O53 A; 1M9G A; 1FUS A; 1BAO A; 1RGF A; 3FCS B; 1JNQ A; 3QK9 A; 3STD A; 3KSE D; 1G9U A; 1BSE A; 4KFE A; 2GBW B; 1DMN A; 1EUI C; 3UB1 A; 1D0B A; 1WMO A; 2RSX A; 4H3U A; 2OTJ 3; 2RA8 A; 5M19 A; 1PYL A; 2WGQ A; 3PXM A; 1Q42 A; 1DVC A; 1KOH A; 4R07 A; 5G1K A; 7RNT A; 1TP6 A; 4LEH A; 3A5E A; 2W56 A; 2AAD A; 5IEO A; 1QVF 2; 3MG2 A; 1IU7 A; 4I6J B; 1K5G C; 4R5C A; 1JKG B; 4BU4 A; 1VQO 3; 3DH2 A; 1JRQ A; 3RNT A; 2RCD A; 4FMB A; 4AKY A; 4HOH A; 3E99 A; 3KSP A; 1RNB A; 3DZL A; 2CFG A; 1FGR A; 4O8S A; 1I3F A; 3ZFZ A; 5AWA A; 1KOO A; 1N8Q A; 4NKG A; 2PZV A; 3DY5 A; 4LXR A; 1NB3 I; 4FMC A; 5A0O B; 4R6G A; 4U06 A; 2OMT A; 4Z79 A; 3EC9 A; 1U5O A; 2AST B; 1M1K 4; 3HX8 A; 1UI7 A; 3GRD A; 3M19 A; 3J7Y d; 4EW5 A; 1AVL A; 3V98 A; 1V74 A; 1FYS A; 3NUV A; 5AYR B; 1TRP A; 3MSO A; 3OWS A; 1LNH A; 1XEU A; 2H0I A; 1XWD C; 3HII A; 5LFN A; 1GY6 A; 1VQN 3; 3BLZ A; 3H3H A; 3PGB A; 1UCK A; 2STD A; 4LSC A; 3FKA A; 5AZ5 A; 3DMC A; 4HVN A; 2FT3 A; 1RGE A; 2E2T A; 3PZW A; 4IM6 A; 4R6J A; 4WP6 A; 4KVH A; 2ELL A; 1OGQ A; 5CMN A; 3K9M C; 1AVK A; 3S27 A; 4EBG A; 3NBR A; 1QAL A; 3MG1 A; 2MC8 A; 3DGM A; 3F7S A; 2JE1 A; 1KSI A; 2JE0 A; 2RR6 A; 1X1Y A; 2KF3 A; 1MWS A; 3D79 A; 1RRH A; 3KII A; 3GZY B; 1R4Y A; 2OMZ A; 2W56 B; 5BU4 A; 3E2J A; 1ULJ B; 1FGQ A; 4X2O A; 2CWV A; 3BU4 A; 3DM8 A; 1MWT A; 2GEX A; 1FW7 A; 1MOL A; 1KQS 2; 2WFH A; 1RRL A; 3RJ0 A; 4ZM8 A; 2KXG A; 1RN1 A; 3UL6 A; 1NWW A; 2CFW A; 1WQL B; 1I3I A; 5GMH A; 3LH4 A; 2WO0 A; 2ID5 A; 3F9S A; 1U0N D; 3ZG5 A; 3CCQ 3; 1HKX A; 4GLP A; 2IY2 A; 1W4N A; 1WNH A; 3NM2 A; 3G3A A; 2C10 A; 1HYF A; 3G06 A; 3VQ1 A; 4KNG A; 2Z62 A; 1VQQ A; 1W2B 2; 3CCM 3; 1LNI A; 2V9S A; 1DE3 A; 1BRN L; 2HML B; 4KT1 A; 3CPW 2; 2RGQ A; 1DCE A; 4G1M B; 3CIG A; 3HK4 A; 4L8O A; 4XDW A; 2P05 A; 2P0X A; 1YJW 3; 1DET A; 1T2I A; 3B4O A; 4R09 A; 3WPE A; 2XSO B; 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