3HPGA

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd: examples of open integrase dimer-dimer interfaces
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCQENKMGIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
source organism Maedi visna virus
total genus 66
structure length 194
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hpgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hpgA02
3ULDA 2X6NA 3MECA 1KCFA 1X1PA 2NUBA 4BE2A 1T05A 1IKVA 3QEIA 4DSJA 1HYZA 3MXJA 4Z4EA 4KRFA 2DTUA 4K8XA 2AJQA 4IG3A 4AH9A 5J1EA 4O55A 1NKBA 1LFPA 3K5OA 1VSMA 4CJ5A 3OYKA 4W5QA 4HUGA 4BE1A 1L3TA 4DG1A 3S3MA 1D9FA 3RR8A 3KD5E 1KSPA 4UQGA 3KLGA 4FK2A 4CK1A 3HPOA 4B9UA 3KLIA 1TKTA 3LP0A 2YHBA 2OZSA 4CF2A 1GOBA 5T7BA 4DSEA 2PY5A 3V1QA 4DTMA 2HHVA 3OYNA 4DQRA 1S1UA 2VG6A 2FBTA 3OYDA 3SZ2A 1CZ9A 3HVRA 1WJCA 1UOCA 3AO2A 3AVIA 3OYBA 1U45A 3NF9A 1SV5A 4B08A 1J54A 2Y1IA 2P5GA 4KI6A 3VQ7A 3TAEA 1BI4A 4I9LA 3S3NA 3CYMA 3PUFA 1WJEA 3OYAA 1J5OA 2F8SA 3L2WA 4RW9A 2WOMA 4CJFA 3V9ZA 3KK3A 4CF0A 4ICLA 2XY5A 1B9FA 4FJGA 4M3ZA 4M42A 3ASMA 3C95A 1GOAA 3ZT2A 5HRRA 1VSIA 1JKHA 1R0AA 1L3SA 4RW6A 3ZT1A 1S1VA 4CF8A 1UAXA 4FLZA 4N76A 1U48A 1Y97A 2IC3A 2XO7A 5J2MA 4DTUA 1ZBFA 3NE6A 1RBSA 3DMJA 2RKIA 4OVLA 3ZSYA 1C0UA 1J9AA 4ID5A 3QLHA 4JLHA 4E19A 3OYHA 1U47A 3C6UA 4YFUA 1NJXA 1VSFA 1NK9A 3AVAA 2Q3SA 4HHTA 1T7PA 3PY8A 4BDPA 4KI4A 4CGGA 4M3TA 4AHVA 5I42A 4QOZB 1VSJA 1RDCA 3QETA 1TKXA 4I7FA 4DFMA 4FJIA 4IG0A 1DTQA 3ITHA 1NKCA 4W5RA 1WSHA 3U3YA 4H4OA 4KB0A 4MFBA 4XIUA 1NJYA 3NCIA 1SL2A 3SNNA 4NCBA 4H4MA 1CXUA 3NGYA 1QSLA 3VQ4A 3D0PA 2G8FA 1NK8A 4CJSA 2G8UA 1ZBLA 2OZMA 3VQCA 4ELTA 4CEZA 3HSTB 4HCCA 2F8TA 3VN5A 1JL1A 3BDPA 4FLUA 3RRGA 3L3VA 4K8ZA 1RBTA 4IFVA 2IDOA 1C1BA 5C25A 4CK3A 3VQ6A 4CJKA 4CJWA 3QO9A 1RCHA 3PO4A 2P5OA 4DSLA 2KFZA 3UIQA 3CFPA 3OJSA 3V6DA 2ATQA 1W9HA 1N5YA 3TWHA 3PO5A 4CHPA 4BDYA 4DF4A 1S6QA 2YKMA 5DMRA 1L5UA 4FJ8A 4FJHA 4HTUA 3M8QA 1O1WA 4F3TA 1LWFA 4DTPA 1KLNA 2B5JA 4CFAA 4O4GA 4ELVA 3DI6A 4M3WA 5D3GA 4BDZA 2GBZA 3HM9A 5JS2A 1S9GA 3DM2A 2W42A 4KPYA 1WJBA 4RW7A 3WNFA 4LSLA 2O4GA 4AHSA 4CGFA 3NGZA 3I8DA 3K59A 5HRNA 4I2QA 3T3FA 3NF6A 3HO1A 2O4IA 2HHXA 2Z1GA 5FRMA 4CJLA 3SV3A 3LANA 3CQ8A 1NK5A 3LP2A 3PV8A 2VG7A 2P51A 3SUNA 2BANA 4OKKA 2IOCA 1CZBA 5K14A 1U4BA 4KHNA 2A1SA 3ZT0A 5E41A 3L8BA 3RR7A 4CEEA 2YKNA 2OPPA 3ALYA 3MEEA 4GMJB 4DS4A 3OS0A 3SCXA 4LY7A 4J2BA 2HNYA 3VQQA 1HRHA 3QESA 1QS4A 1LAWA 3AO5A 1IKWA 4PA1A 3SQ2A 5KTQA 1KLMA 4CGJA 3CFOA 2ZD1A 3CG7A 3ZSVA 1EP4A 4G1QA 4M3YA 4KHYA 1K6YA 4E7KA 3V9XA 3HVTA 3VQEA 3QEXA 4DWIA 1VRUA 3K5NA 4KO0A 4DU4A 2KFNA 3ZSZA 4CE9A 3M8RA 1D9DA 3VQ9A 2ITGA 1BHLA 3DRRA 4AHCA 3ZSXA 4CECA 4DSKA 4C8MA 1QSSA 5HBMA 4FJKA 2YNIA 3T19A 3P5JA 2XY6A 1IO2A 4EP4A 3OJUA 3ZSOA 1JL2A 4CFBA 1U49A 1RTHA 4FW1A 5HP1A 3V1OA 3VA0A 1KTQA 3JYTA 1BQMA 2XY8A 4NCGA 4DSFA 3VQ8A 4E7IA 2X6SA 3ZSQA 3RTVA 4B9VA 2HNDA 4FK0A 2HNZA 3NFAA 2G8IA 4O0JA 3U3GA 3VQPA 4DLEA 1HQEA 5EU7A 4AHRA 4HUFA 3LP3A 1J53A 4KV8A 1WJFA 4OKJA 1UA1A 1S9EA 4CJEA 3L2VA 4E3SA 4O5BA 4FW2A 4LH4A 4DMNA 4ZTJA 3AVGA 3NH1A 3DLGA 3RMDA 5HLFA 1T03A 4J2DA 3L2RA 3OYLA 1ZBHA 1BQNA 4DQSA 3KK1A 3KD1E 4BE0A 3MEGA 4M45A 4ZHRA 2EX3A 3I0RA 3NBPA 1JXBA 2FC0A 2B6AA 3MEDA 1TL1A 1KVAA 4F3OA 3LAMA 3TAMA 4FZZA 1IKYA 4IDKA 5C24A 3OYMA 3EY1A 4N47A 4JRPA 5KGXA 4F2SA 3TARA 2PZSA 1WSJA 4OLAA 4BWJA 2BE2A 4FLWA 1JLGA 3RMCA 5I3UA 1C1AA 4B9LA 2D5RA 2ZE2A 1B92A 2IS3A 3LAKA 3NHGA 1C0TA 1VSEA 4GVMA 2IAJA 1S1WA 4QCLA 1JLEA 2YNHA 2DFHA 3FFIA 1UA0A 5DK5A 1A5XA 1ASUA 1C0MA 2YNGA 3VQBA 1X9MA 1L3UA 1BIZA 4EZ6A 3V81A 1RBUA 1RNHA 2RN2A 4CJRA 4F8RA 4CJTA 2ETJA 4R5PA 4E7LA 1NK4A 2KW4A 3O3HA 1MU2A 1QHTA 4ELUA 3C6TA 3DYAA 1Z25A 4DU3A 3TAPA 3IG1A 2E6LA 2B4JA 4WE1A 4B8AB 1X9SA 4DTOA 1SUQA 2OA8A 4B9SA 3D45A 1WSIA 3TANA 3TAQA 1FKPA 1SKWA 3O4NA 1LV5A 3HK2A 3BGRA 5HROA 3K5MA 4FYDA 4FVMA 3M8SA 5HRPA 3K58A 3S3OA 1RTIA 3OVNA 4PWDA 4FJMA 4OLBA 2LSNA 4Y1CA 4Y1DA 5CYMA 4IKFA 1JLCA 4M3RA 1TKDA 1Q9YA 1YVUA 1JXEA 4KB1A 3SYZA 3KK2A 1D5AA 1IKXA 4OPJA 3L2UA 4FLXA 2G8WA 4B9TA 3OYEA 3IAYA 3QEPA 3QIOA 4DQQA 1NK0A 2Z1HA 1VSLA 1VSHA 2X74A 1GOCA 3M8PA 1CLQA 4CJ3A 3HXMA 3QEWA 2DFEA 2QXFA 3LP1A 1BGXT 3HP6A 1Q8IA 2QKBA 3LPUA 1BCOA 1TAUA 3ZCMA 4FJNA 2RPIA 3WNHA 1X9WA 3DRPA 3ZSWA 3OYJA 3AVKA 4DFKA 5CY4A 2DFFA 3U6FA 4B3OA 1EXQA 3V1RA 4E1MA 2YNFA 1UWBA 4DQPA 3DLHA 4F3QA 1RDAA 4C8NA 4DFPA 2G8VA 5JS1A 5FRNA 3LZIA 1EX4A 3K57A 1TGOA 4CCHA 1XHXA 3AO3A 3LDSA 2FBXA 1EETA 1ASVA 3O4QA 4CJQA 3SQ1A 2VWKA 3K2PA 4CHQA 3SUQA 1U04A 3KKSA 1HYVA 2XHBA 4DTXA 4DTNA 2ZQBA 4CHYA 2F96A 1HNIA 4FLTA 4E7HA 4BACA 3RRHA 4F4KA 4W5NA 3SUOA 4KHSA 4C8LA 2QK9A 2KZZA 3E01A 1A5WA 2HHSA 1XC9A 3KKRA 4CJUA 1TL3A 3MXMA 1WJDA 3NF7A 1S6PA 3QIPA 3KJVA 3HP9A 1KRPA 3HT3A 4B9NA 2YHAA 4CJ4A 2HVIA 1LWCA 4CF9A 3VQDA 4FLVA 3RMAA 1I3AA 3T1AA 2QKKA 3RWUA 2JGUA 1BCMA 2GV9A 4LSNA 4NCAA 1WN7A 2DY4A 1SL1A 1TV6A 4DTSA 1WNSA 4OPKA 5J2QA 1YTUA 2FBYA 1JLBA 3NH0A 2BDPA 1C1CA 1KFSA 4KFBA 1SL0A 1RILA 3IS9A 4RW4A 3EYZA 3ZT4A 1HYSA 4OJRA 2D0AA 3TR8A 4M41A 3AVHA 3AA2A 4CGDA 2XY7A 3JSMA 3AV9A 1RT3A 1W0HA 3AO4A 4PQUA 4RW8A 4CEOA 3L2QA 3LWLA 3QINA 4IBNA 4FCYA 1FXXA 3OS1A 3KLHA 1BIUA 1KVBA 1WSGA 3WNEA 3AVFA 3QEVA 1RTDA 4FJLA 5CYQA 5SZTA 4DFJA 5KI6A 4M3XA 2KTQA 2HHUA 3AVNA 5KRSA 4F2RA 3HPGA 1WSFA 3AVMA 1TK5A 4YNQA 3HL8A 2G8KA 4E1NA 3SI6A 1EKEA 1BL3A 2HMIA 2FBVA 2VG5A 3VQ5A 4FXDA 3KTQA 5KGWA 1TK8A 3O3GA 1KFDA 3QERA 4KTQA 1ZBIA 1QSYA 1I39A 2BGGA 4EZ9A 4CIFA 3QNOA 3LPTA 4CJVA 4FM2A 1JLQA 1RBVA 4O44A 3F9KA 1HQUA 1QE1A 2D0BA 4CIEA 4DTRA 4L8RB 3ZSRA 4KTWA 4EP5A 4Z4CA 4FJ9A 1RDDA 3OYGA 1G15A 1KONA 3AVBA 1VSDA 1SKRA 4KHUA 1NK6A 1SKSA 4O0IA 1RT2A 1NOZA 4J2AA 4N56A 3LWMA 3OY9A 2I5JA 3AVCA 3DLEA 4KKOA 4W5TA 4HUEA 1DTTA 4FLYA 4OGCA 2XRIA 1TK0A 4FJ7A 4DLGA 3AA3A 3KLEA 3MXIA 4ZTFA 2OYQA 4TSXA 3IRXA 1YTAA 4CHZA 1XHZA 4J2EA 5J2NA 2HHWA 2RF2A 3P83D 3SQ0A 3HPHA 4CEQA 3C94A 3O3FA 3V9UA 4JRQA 1FKOA 3CFRA 1JLAA 4FM0A 1JLFA 1RBRA 3AA4A 2Z1JA 3ZT3A 4CEDA 3OYFA 3TAGA 1E0EA 3PX6A 3DLRA 4CF1A 1WSEA 1QQCA 4W5OA 3SJJA 1N6QA 3QNNA 3TI0A 1LWEA 4Z4HA 5FDLA 1VRTA 1ZBUA 4CJPA 1Z26A 1RT6A 3DLBA 4CHNA 3SV4A 4FJJA 4N41A 3EZ5A 4JS4A 3S9HA 3B6PA 4CERA 1WAJA 3SPYA 3L3UA 3KIOA 4FZXC 1B9DA 1HPZA 1S1TA 2GUIA 2WONA 4N5SA 3MAQA 2KZMA 4H8KA 3F73A 4M3UA 4PY5A 2KQ2A 4KHWA 1L3VA 4NYFA 4AHUA 1TAQA 4CFCA 3TAFA 4FJ5A 1ASWA 1TVRA 4Z4IA 1LW2A 3DRSA 4CGIA 1IG9A 4DS5A 1XWLA 4CK2A 1D8YA 2HHQA 4Z4FA 4NYNA 3I0SA 2G8HA 1BISA 1WAFA 1BI4B 3V9SA 4OKEA 1QTMA 2Z1IA 5CZ1A 3DLKA 4CHOA 3V9WA 1LW0A 4DU1A 3TABA 3OYIA 1VSKA 4IFYA 4CIGA 5HRSA 4LH5A 1RT7A 1F21A 4FZYA 4FK4A 1A5VA 3SUPA 5J2PA 1YT3A 4KTZA 3NDKA 2D0CA 3ISNC 4Q0BA 5FROA 4AILC 4DQIA 3SQ4A 2X78A 1NK7A 2OPQA 3NAEA 2HHTA 1FK9A 4ID1A 1Q9XA 1NJZA 1LAVA 4RG8A 2HVHA 4I9QA 4KAZA 3VA3A 3HJFA 3G10A 3V4IA 4LD0A 4GW6A 3DOLA 4B8CA 1RDBA 2VWJA 5SWMA 3AVJA 1ZYQA 1NOYA 4C8KA 3NH2A 3HYFA 4CEBA 2PYLA 4E7JA 3THVA 3RMBA 3PX0A 3DOKA 1DLOA 1RT1A 3NF8A 1WJAA 1CXQA 4B9MA 4C8OA 1WLJA 3WNGA 3OYCA 3PX4A 1MW7A 1XI1A 4PUOA 1C6VA 1ITGA 4CEFA 3K5LA 3H08A 4FM1A 2HW3A 4I2PA 3AVLA 2HB5A 2EHGA 1REVA 2YV0X 5KRTA 3AO1A 1VK0A 4QAGA 1HJRA 2OPSA 4KHQA 2IGIA 4JS5A 3CM5A 4CEAA 2PYJA 5C42A 4DF8A 4OGEA 1IH7A 1RTJA 1RT4A 4Z0UA 2JLEA 2P1JA 3AA5X 1RT5A 3G0ZA 4MQ3A 3B6OA 3LALA 5CZ2A 3SPZA 4HCBA 4DTJA 3P1GA 1S1XA 2Y1JA 1NJWA 4KREA 4E0DA 2E6MA 4FJXA 1S5JA 4BWMA 3KLFA 4CFDA 1KVCA 3VQAA 3CM6A 4CGHA 3NGIA 4Z4GA 4Q5VA 1TKZA 4AHTA 4HVJA 2A1RA 1NKEA 1HNVA 2E4LA 2R7YA 4E89A 3OS2A 3LZJA 4DSIA 3A2FA 1T8EA 1HMVA 2OPRA 4CESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XKCA 4B09A 2ECBA 4I0AA 2EZKA 1BI3A 2LTPA 4BRHA 4JI8K 5DTDA 3S16J 3ZPLA 1MIJA 3KLIA 3QU6A 2ID3A 3BG5A 2PY5A 2RGVA 2RNGA 1HLVA 1YI2N 1ZQ3P 2QZ8A 3VDXA 3ASOH 2E5NA 2XAHA 4ANJA 4IOAF 4RB0A 1T39A 3CPWM 2IPQX 1VSJA 1RDCA 1RDWX 1BL0A 2Z2SB 3DTIA 2VJ5A 3HC7A 1USTA 3MCZA 4MFBA 4XIUA 4MFEA 2DMNA 1CXUA 2AS5F 5F08A 4JKGA 2VIXA 1YVNA 1Q1VA 4ELTA 1LEAA 1FOXA 1S6LA 1J0RA 1XSDA 3GOIA 3I4MJ 3L3VA 5JLWA 2IDOA 4CJWA 4BRFA 4G7OF 4HWIA 3V8JA 3ZMZA 3ATVA 1FY7A 2YKMA 4FWMA 4JI6K 5D3GA 3WNFA 3ZMUA 5HRNA 1D4XA 4EJWA 1NGEA 3OSFA 4PFPA 2OD5A 3OS0A 5CPRB 3D5LA 3AL0C 4LITA 1TLHB 1BA1A 3H9QA 2ITGA 1HNZK 3HRTA 3DRRA 1DGKN 3JS6A 4FJKA 2LBFA 4EP4A 4C2TA 3VA0A 2P5VA 4FHTA 4E7IA 2QSGX 2HNDA 5HVQC 4O0JA 4J2DA 3A0BC 3RMDA 1X2NA 3OA9A 4LLLA 1HOMA 2RQPA 4W97A 3LSGA 1IUFA 4JKDA 2G9WA 3G1MA 5C12A 2LLKA 2QWLA 1SD7A 2D5RA 2QUFA 1B9NA 4DR2K 1NGAA 4BROA 3OIPA 3ENOA 3VEPA 2HTSA 1L3UA 2P9PB 3V81A 1MWMA 2M34A 1MU2A 4DU3A 1ATSA 2LNBA 4BY7J 2E6LA 3F6VA 4JKFA 4CHUA 2M7AA 1JKRC 1OISA 4OLBA 4HNVA 1T95A 2ZNYA 5FLXZ 1QPMA 3KK2A 2O7OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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