The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
110
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sequence length |
283
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structure length |
283
|
Chain Sequence |
MYFQDIIMTLHKFWAEKGCLIWQPYDVEVGAGTMNPATFLKVLGKKPWNVAYVEPSRRPQDGRYGENPNRLQHYYQFQVILKPAPRNPQEIYLESLERLGINPLEHDIRFVEDDWESPTLGAWGLGWEVWLDGMEITQFTYFQQAGGLDLDEISVEITYGLERIAMYIQDKDSVFDIEWKEGITYGEIFKRSEWEWSKYNFELADTDMLFQVYEMFEKESKRMVEEGLIFPAYDYLLKCSHVFNILDARGAISVQERARYIRRMNNLAREIAKLYLQVFENVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights into the Polyphyletic Origins of Glycyl tRNA Synthetases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Aquifex aeolicus (strain vf5)
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| molecule keywords |
Glycine--tRNA ligase alpha subunit
|
| total genus |
110
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| structure length |
283
|
| sequence length |
283
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.14: Glycine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2015-12-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02091 | tRNA-synt_2e | Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Class II aaRS and biotin synthetases; domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A7U A; 3UGT A; 1L0W A; 1YFS A; 1H4Q A; 2Q7H A; 4HWS A; 4EO4 A; 1ADJ A; 2IY5 B; 3MF1 A; 3R07 A; 4CH5 A; 4P72 A; 1ADY A; 1JJC B; 1B76 A; 1X01 A; 3L1A A; 2DJZ A; 4E51 A; 1NJ1 A; 2EWN A; 4H2S A; 3E9I A; 3IAL A; 3V8J A; 2ZIN A; 3QO7 A; 3VQV A; 2XTI A; 1NYQ A; 4H2U A; 3ERR A; 4YRM A; 5E3I A; 1BIA A; 3EFS A; 3A31 A; 1H4S A; 2E65 A; 1EVL A; 4HVC A; 1B7Y A; 1X55 A; 1BIB A; 3P8V A; 4K86 A; 2ZZG A; 1N9W A; 4YYE A; 4H2V A; 2ALY A; 4YRJ A; 2ODR D; 3A74 A; 1B7Y B; 2ZT6 A; 4Q6G A; 3DSQ A; 3A32 A; 2I4N A; 2ZT7 A; 2ALY B; 3HXV A; 3REU A; 2Q7G A; 3V7S A; 3W3S A; 4XTV A; 2DEQ A; 2DQ3 A; 4TQD A; 1W66 A; 4KR2 A; 4RMF A; 4P73 A; 1SES A; 3TEG A; 4CH4 A; 3PZC A; 1WLE A; 4CH6 A; 4YRT A; 5K1P A; 2I4M A; 3A7R A; 12AS A; 1YB3 A; 1GGM A; 4H2X A; 1ATI A; 2P0L A; 2DU5 A; 4CS2 A; 3UFG A; 1BBW A; 4H2X B; 2QHV A; 2E3C A; 3I7F A; 2EJG A; 4YRL A; 1WQ7 A; 1NJ6 A; 1WPY A; 1B8A A; 3NEN A; 4RDX A; 2J3M A; 2I4O A; 3REX A; 4WF2 A; 3OD1 A; 1X2G A; 3RKX A; 2CJB A; 4XTU A; 4UP9 A; 3HRI A; 3EFR A; 3QNE A; 4TTV A; 1SER A; 4YRQ A; 4H2Y A; 4XU3 A; 2DKG A; 2ODR C; 4TWA A; 3M4Q A; 2PMF A; 5K1X A; 3HY1 A; 2I4L A; 3RF1 A; 1PYS B; 2ZGW A; 2HNI A; 1X54 A; 3A5Z A; 1Z7N A; 1J5W A; 1E1T A; 4Q15 A; 2AMC A; 3G1Z A; 4CS3 A; 2Q5H A; 4YRS A; 2ZT8 A; 2DDZ A; 2ZCE A; 4TVA A; 1Z7M A; 2AMC B; 3NEL A; 4YRR A; 3NET A; 4K88 A; 4YDQ A; 4YCU A; 4TVA B; 1YFT A; 2DTH A; 4BW9 A; 3MF2 A; 1SRY A; 4H2W A; 1NJ5 A; 4K87 A; 2E10 A; 4P74 C; 4WJ4 A; 2ZIO A; 4P3P A; 5HGQ A; 1E22 A; 1X2H A; 3RL6 A; 4CS4 A; 4HWR A; 1HC7 A; 5F5W A; 3V8L A; 3HFV A; 2RHS A; 4P74 A; 3KFU A; 1NYR A; 3FJP A; 2ZIM A; 3UH0 A; 1WQW A; 3RKY A; 3ICA A; 1FYF A; 4HWO A; 3PCO A; 4YRI A; 2RHS B; 2J3L A; 1KMN A; 4O2D A; 1QF6 A; 3PCO B; 3BJU A; 2EAY A; 2DU7 A; 4P71 C; 4H2T A; 1E24 A; 3V7C A; 3QTC A; 3E9H A; 1EFW A; 4YRK A; 3LSS A; 4OP0 A; 1IL2 A; 1EQR A; 2E5A A; 4XTY A; 4XTZ A; 1NJ2 A; 2ART A; 4KQE A; 4DPG A; 2ZNI A; 2DQ0 A; 3VQX A; 3TEH A; 3CMQ A; 5C52 B; 1EOV A; 1KOG A; 1USY C; 2XGT A; 4X5O A; 1LYL A; 4HWT A; 4UPA A; 2Q7E A; 1H4T A; 1KMM A; 3RAC A; 4XEO A; 4P75 C; 1YGB A; 2DXT A; 4L87 A; 4P3N A; 2E64 A; 3HXY A; 4YCV A; 2DTO A; 3L4G A; 3L2Z A; 2E41 A; 4WI1 A; 3HRK A; 1HXD A; 2G4C A; 11AS A; 2DZ9 A; 4XTX A; 2P5I A; 1RIQ A; 4ZTU B; 3IKL A; 3L4G B; 4G85 A; 3NEM A; 2DXU A; 4YP0 A; 1EIY A; 4LNS A; 4RQE A; 2ZNJ A; 4HA8 A; 1ASZ A; 3V7R A; 2ZT5 A; 3QO8 A; 2ZR2 A; 3HY0 A; 1EVK A; 4EX5 A; 4P72 C; 3RGL A; 2E1H A; 2RHQ A; 3A5Y A; 1YFR A; 2IY5 A; 4DQ2 A; 4ZTZ B; 1JJC A; 4HWP A; 5C51 B; 4CH3 A; 2ARU A; 2RHQ B; 4WJ3 M; 3BFM A; 4YRP A; 3V8K A; 4YRO A; 4H02 A; 2ZTG A; 3HXW A; 4XU0 A; 3HXZ A; 4TVW A; 1H4V B; 4XU1 A; 4G84 A; 5C53 B; 2ARS A; 2DTI A; 3MEY A; 3UGQ A; 5KNN A; 2ZR3 A; 2C8M A; 4XTW A; 5ELN A; 2QHU A; 4J15 A; 1G5I A; 1WU7 A; 3TUP A; 2FYK A; 1VQZ A; 3VQY A; 3RUX A; 2CJ9 A; 2PME A; 4P73 C; 4TQF A; 3RKW A; 4RQF A; 3RIR A; 2C7I A; 2CIM A; 2DZC A; 4ZIB A; 4P71 A; 2QHS A; 3P8T A; 1BBU A; 1G51 A; 1SET A; 4PHC A; 3HXX A; 3LSQ A; 3WQZ A; 2CJA A; 4YRG A; 2ZZF A; 1ASY A; 3TEH B; 1QE0 A; 3QO5 A; 4YRF A; 4KR3 A; 4YCW A; 2CGH A; 1NNH A; 2ZXF A; 1E1O A; 4XU2 A; 4BWA A; 4XEM A; 4YRE A; 1USY A; 3VBB A; 4AH6 A; 4P3O A; 5ELO A; 1WNL A; 1C0A A; 3M4P A; 2QHT A; 4YRN A; 3HXU A; 4P75 A; 4OLF A; 3IKM B; 3LC0 A; 4YRC A; 4UP8 A; 1HTT A; 3A7A A; 1B70 A; 2AKW A; 4NCX A; 1WYD A; 2Q5I A; 1PYS A; 1G5H A; 3HFZ A; 2EL9 A; 2DVE A; 4TVY A; 3IG2 A; 4PG3 A; 3P8Y A; 1X56 A; 1B70 B; 2AKW B; 4UP7 A; 1EIY B; 2EJF A; 1NJ8 A; 3HFZ B; 2ZZE A; 2EJ9 A; 3VQW A; 4YPF A; 3HTZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NWB A; 3A7U A; 2MTQ A; 5L4E A; 1YFS A; 2Q7H A; 4HWS A; 2EHO D; 4O4I E; 2WDQ A; 4CH5 A; 2MAW A; 2LM9 A; 5M4Y A; 4PAG A; 3L1A A; 3ZYL A; 2Q9Q A; 3QNU A; 2VK9 A; 2D2S A; 3V8J A; 4P0A A; 5CFB A; 2Y8D A; 4QXH B; 4B6X A; 3VQV A; 3GN5 A; 4WBO A; 1IZN B; 5DAB A; 5E3I A; 1YD8 G; 1H4S A; 1EVL A; 1B7Y A; 4K86 A; 2XQ5 A; 1XDP A; 4LMJ A; 4ZOL E; 1FIO A; 4DVD A; 2DWG A; 2ODR D; 4NXN T; 2J4G A; 3DSQ A; 4DR7 T; 3ANW B; 2I4N A; 5HEO A; 3RI5 A; 2ALY B; 4CXY A; 2W2U A; 2ODU A; 3HXV A; 5L3G B; 5AQJ B; 2BVL A; 3VKH A; 2DQ3 A; 1W66 A; 4KR2 A; 4RMF A; 2C5K T; 2IW5 B; 5L3B B; 4BJN A; 2IUB A; 4TWD A; 4HGA A; 3R6N A; 1WLE A; 5HXR A; 2I4M A; 2KXP B; 2BG9 C; 4EYU A; 2X66 A; 4DO0 A; 4PJN A; 5LG3 A; 1ZHC A; 3RYC E; 4DR5 T; 1ATI A; 4JLE A; 2SPC A; 3PDY A; 5JDM A; 3TLU A; 2DL1 A; 2EHO A; 3K3N A; 3PUY F; 2A72 A; 2QHV A; 1HX1 B; 2E3C A; 2EJG A; 4YRL A; 1WQ7 A; 1NJ6 A; 4YSY A; 2YDS A; 4JYA T; 4MLK A; 3H3M A; 4WF2 A; 2E9X B; 1X2G A; 2CJB A; 1WLX A; 4UP9 A; 3ZLI A; 3AEA A; 3EFR A; 3JCF A; 1SER A; 4H2Y A; 5AQI B; 2DKG A; 2ODR C; 4UF0 A; 4DV1 T; 4TWA A; 2FJA A; 2MOZ A; 2NP9 A; 3Q9D A; 5IWA T; 2I4L A; 5E0O A; 3RF1 A; 2ZGW A; 4U33 A; 3UUX B; 2V7J A; 1Z7N A; 3IF8 B; 4QXC B; 2ZT8 A; 1Z7M A; 2AMC B; 3NEL A; 4F6R C; 4YRR A; 3WI3 A; 3AEC A; 5FXX A; 4KP3 C; 4TVA B; 4ERR A; 1YFT A; 3Q5E A; 4BW9 A; 5FY7 A; 2CM0 A; 4ISS A; 4H2W A; 3RC8 A; 3ZT5 A; 4TV9 E; 2ZIO A; 2NOX A; 4P3P A; 4DV7 T; 2CPT A; 5HGQ A; 3CKD A; 1E22 A; 1X2H A; 3JC6 D; 5AQK B; 3OYZ A; 5EK3 A; 3HKE E; 2X68 A; 3AA0 B; 3ETU A; 4HWR A; 2PTF A; 4XZC A; 2K3W A; 3HFV A; 4CI2 B; 2WZI A; 3GN5 B; 4EXT A; 2WCA A; 4OK0 A; 2ZIM A; 1WQW A; 2CA5 A; 4ZHQ E; 3ICA A; 2RHS B; 2LRK A; 3ABV A; 4O2D A; 3E08 A; 1I94 T; 3JAD A; 3SOL A; 4U7Y A; 3ZMS B; 3AEG A; 3W15 B; 4H2T A; 2UXB T; 4DR2 T; 2NS6 A; 1KNZ A; 3V7C A; 2V7I A; 2IAK A; 1W09 A; 3LSS A; 1EQR A; 4HWH A; 1WRD A; 3P50 A; 4DR6 T; 4GKK T; 1D1B A; 2WMO A; 2FUP A; 1YQ3 A; 2C5I T; 1M7K A; 2ZNI A; 1HF8 A; 2DQ0 A; 1BR0 A; 3VQX A; 1KK7 A; 3L09 A; 5HXE A; 1KOG A; 4AKI A; 1USY C; 4X5O A; 2NW7 A; 4NUU A; 4OYK A; 1H4T A; 4I0U A; 4XEO A; 3ZT7 A; 2XSB A; 5CA1 E; 2H88 A; 2V6X A; 4OHF A; 1FMV A; 2J1D G; 4PJJ A; 2XQ9 A; 3HXY A; 4O4H E; 2UXD T; 5HWY A; 2XAQ B; 2J47 A; 3L2Z A; 3P4W A; 4UF0 B; 2CXD A; 1E1H B; 2AE9 A; 2P5I A; 1LVK A; 1RIQ A; 4ZTU B; 4IL4 A; 3CK6 A; 3NEM A; 5KX5 E; 5GON E; 4B3M T; 2XQ4 A; 3V5U A; 3PJA J; 4RQE A; 3KIN B; 2ZNJ A; 2CRB A; 3GA8 A; 1R8I A; 1ZP0 A; 4LF8 T; 1EVK A; 1SUM B; 4P72 C; 4DBQ A; 2V26 A; 5AQM B; 2RHQ A; 1NWM X; 4EZH A; 1VCS A; 2K9A A; 4LMK A; 1JJC A; 4IE7 A; 4HWP A; 5JDG A; 3PUA A; 4HTE A; 4YRO A; 4H02 A; 1YQ4 A; 2LE8 A; 3RIA A; 1N34 T; 4XU1 A; 3AE1 A; 4ZS3 A; 4WW0 A; 5TAO A; 1U4Q A; 3HKC E; 1T72 A; 2ARS A; 5AQH B; 5AQL B; 2DTI A; 5L4H A; 3MEY A; 5KNN A; 2BKN A; 2ZR3 A; 2H7O A; 4DUZ T; 2C8M A; 4TWH A; 4XTW A; 5ELN A; 3EDU A; 1EZ3 A; 4ILB A; 4J15 A; 3UU5 A; 5H6R B; 1G5I A; 5LP6 E; 2PJQ A; 3QB5 K; 1D0Z A; 4UV9 B; 2VKO A; 3O1J A; 2ZM8 A; 5LGT B; 3AB3 B; 4P73 C; 3FXE B; 3RYH E; 4RQF A; 3MJX A; 1OXZ A; 1FEW A; 4ZIB A; 5LXT E; 2QHS A; 3P8T A; 3N9Q A; 4B3R T; 2LOS A; 2IIU A; 2W66 A; 3HXX A; 4O2B E; 4U74 A; 3UTK A; 3QK6 A; 3FZL B; 3AE4 A; 2K5B B; 2LJL A; 4YCW A; 2XAH B; 3HR0 A; 2X67 A; 2KIN B; 3A8Y C; 1VCT A; 2WSS V; 2PFV A; 3VBB A; 5ELO A; 1WNL A; 3CX7 B; 4OYJ A; 3SRZ A; 4YRN A; 3HXU A; 1HTT A; 4QXB B; 2NW8 A; 1B70 A; 4X65 T; 2VL8 A; 1G5H A; 2MPK A; 3IG2 A; 2XQA A; 4TVY A; 1SHZ C; 4UIG A; 2AKW B; 3HFZ B; 3EDV A; 5FMN A; 3LSV A; 3IA3 A; 5FVL A; 4TUY E; 3C51 A; 2YU1 A; 3PUX F; 3LK4 2; 4C90 A; 3BK9 A; 4EO4 A; 3EAB A; 3MF1 A; 5LCY A; 1LKX A; 3R07 A; 3L8R A; 1JJC B; 4X64 T; 5HAX A; 2W61 A; 4E51 A; 3DP7 A; 2X0Y A; 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4TVA A; 5HEG A; 2CXF A; 4P09 A; 3NET A; 3J9X 1; 4HN9 A; 4EV6 A; 4E7S A; 1HNX T; 2DTH A; 5EZY E; 4U2Y A; 1SRY A; 4K87 A; 3HA4 A; 2C5J A; 3CPZ A; 4WJ4 A; 4IST A; 4ZI3 C; 2ZLY A; 2G0U A; 3IEE A; 3PTR B; 2WZH A; 3DJB A; 4JI8 T; 4CS4 A; 3MZK B; 4MHC A; 5F8P A; 2WWV A; 2M67 A; 4LFB T; 2ZM0 A; 3OPC A; 4QHO A; 1FJG T; 1UK5 A; 2RHS A; 3FJP A; 3L39 A; 4Z8X A; 3UH0 A; 3N9P A; 2HHH T; 3RKY A; 1FYF A; 4HWO A; 2X51 A; 4H9R C; 2VKD A; 4O4J E; 1KMN A; 5HCM A; 4HE8 A; 1QF6 A; 3PCO B; 4EAH A; 3AE5 A; 1E24 A; 3QTC A; 4CN1 A; 2OLT A; 4YRK A; 4AI6 A; 1QLB A; 2JQH A; 2E5A A; 3ZT6 A; 3FXD B; 3U3I A; 4XTY A; 5AQT B; 4EEB A; 3CX6 B; 2WU2 A; 5AQF B; 4IDZ A; 1T98 A; 2FBW A; 4PFP A; 2WAU A; 4KQE A; 4DPG A; 3KVA A; 2W63 A; 4X1K E; 1Y01 A; 5C52 B; 1EOV A; 4ZI7 E; 4IDO A; 2BG9 A; 2Q7E A; 4EZ4 A; 3N2O A; 3RAC A; 1ZKE A; 2H3R A; 4AXP A; 2LHR A; 2DXT A; 3ZPO A; 1OED E; 4YJ2 E; 3AE8 A; 5LMN T; 4ANJ A; 2CMR A; 2XM1 A; 2QA7 A; 1AJ3 A; 4LVL A; 3RRC A; 3ZMU B; 4WZX A; 3HRK A; 4GOU A; 2VQF T; 1J1J A; 2DZ9 A; 4NXM T; 4NUV A; 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