The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
231
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sequence length |
635
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structure length |
630
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Chain Sequence |
TTAPKPPSAFTVEAQRRVEAELPFADRADFERADRGLIRRPERLLIRNPDGSVAWQLGGYDFLLDGKPRDSINPSLQRQALLNLKYGLFEVAEGIYQVRGFDLANITFIRGDSGWIVVDTLTTPATARAAYELVSRELGERPIRTVIYSHAHADHFGGVRGLVEPQQVASGAVQIIAPAGFMEAAIKENVLAGNAMMRRATYQYGTQLPKGPQGQVDMAIGKGLARGPLSLLAPTRLIEGEGEDLVLDGVPFTFQNTPGTESPAEMNIWLPRQKALLMAENVVGTLHNLYTLRGAEVRDALGWSKYINQALHRFGRQAEVMFAVHNWPRWGNAEIVEVLEKQRDLYGYLHDQTLHLANQGVTIGQVHNRLRLPPSLDQEWYDRGYHGSVSHNARAVLNRYLGYYDGNPATLDPLSPEDSAGRYVEYMGGAERLLEQARASYARGEYRWVVEVVNRLVFAEPDNRAARELQADALEQLGYQAENAGWRNSYLSAAYELRHGVPRDQGSADALAAMDTGLLFDYLGVRLDAGAAEGKALSINLRLPDIGENYLLELKNSHLNNLRGVQSEDAGQTVSIDRADLNRLLLKEVSAVRLVFEGKLKSSGNPLLLGQLFGMLGDFDFWFDIVTPAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of Sdsa1, an Alkylsulfatase from Pseudomonas Aeruginosa, Defines a Third Class of Sulfatases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SDS HYDROLASE SDSA1
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| total genus |
231
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| structure length |
630
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| sequence length |
635
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00753 | Lactamase_B | Metallo-beta-lactamase superfamily |
| A | PF14863 | Alkyl_sulf_dimr | Alkyl sulfatase dimerisation |
| A | PF14864 | Alkyl_sulf_C | Alkyl sulfatase C-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A | SCP2 sterol-binding domain | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Metallo-beta-lactamase; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BDQ A; 5AIJ A; 3UY5 A; 4AV7 A; 5EC4 A; 1QND A; 2NBN A; 4QB9 A; 4JGX A; 1WFR A; 4UEI A; 1PZ4 A; 5A23 A; 2HV2 A; 2CFZ A; 4AXH A; 4PDX A; 2CFU A; 3BKS A; 2CG2 A; 4NUR A; 3SXN A; 4MY3 A; 5EBV A; 4MY0 A; 3RYO A; 4JD6 A; 3N7Z A; 3R1K A; 2QZT A; 3BKR A; 2KSI A; 1C44 A; 5AJL A; 2KSH A; 2CG3 A; 3SXO A; 5IV0 A; 2YHE A; 2C0L B; 2CX7 A; 2OZG A; 2NBM A; 1IKT A; 3CNU A; 2I00 A; 3BN8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BES A; 4NRH B; 2XCC A; 3QB2 A; 2KXP C; 3ZYL A; 3PS6 A; 4M3O A; 4YND A; 4KVM A; 4AVX A; 5A23 A; 1FT2 A; 2EIK E; 3IOG A; 1OUV A; 1TJC A; 3EHM A; 1OY3 D; 1OWL A; 3TJP A; 2L0I A; 5JJ6 A; 3D9N A; 3FTS A; 3FUD A; 5AQA A; 3B7U X; 3S7B A; 4CT4 A; 3ABM E; 5IY5 E; 3Q9U C; 2VSY A; 4BWR A; 2P1E A; 1DCE A; 4OYS A; 2GKL A; 2OHI A; 1KPS B; 4JEH A; 5EIB E; 2KSI A; 2F37 A; 2YNU A; 4BX9 A; 2XEN A; 1H2T C; 3ASD A; 3SPU A; 4LEU A; 3I4G A; 3PH0 C; 2IF4 A; 2Q0J A; 3Q49 B; 2VGY A; 3MV2 B; 3QK0 A; 3PZ1 A; 3T3O A; 2GRP B; 4GTR A; 1NI1 A; 4APO A; 1E8Z A; 4RG9 A; 4Q96 A; 3PY5 A; 4HVB A; 4TRQ A; 1QZ2 A; 3QJZ A; 3VTX A; 4TXP A; 4BSX A; 3PVL A; 4GB9 A; 3TWU A; 4HQD A; 5KJN A; 3LXU X; 1DXK A; 1OCZ E; 1HG2 A; 3SF4 A; 4MRU A; 1QQE A; 3UPV A; 3QH8 A; 1TR4 A; 4J8Y A; 5EW0 A; 2LSV A; 3I4R B; 4G8K A; 1AP7 A; 1QND A; 3FTY A; 2YNV A; 3PZ3 A; 4HB5 A; 3JUI A; 1SQM A; 3NZU A; 4D1V A; 4EHM A; 3L16 A; 5A6C A; 4ACK A; 4Z60 A; 3ML9 A; 2WXN A; 2Y4T A; 2Q0I A; 5AHO A; 4XKB A; 1HLK A; 1UJJ A; 2NBM A; 4ILG A; 5ARG A; 3AG4 E; 2EQX A; 3FY4 A; 3ZHE B; 2J8S D; 2VQ2 A; 5B1U A; 2DYR E; 2FO1 E; 1N52 A; 5HH4 A; 2AW6 A; 2VGE A; 4GAA A; 3AAA C; 3UM1 A; 2WXI A; 3CVX A; 5G55 A; 4MS6 A; 2IOL A; 5EHT A; 3TG5 A; 4AJW A; 1L5J A; 5HH5 A; 3G2S A; 1WDY A; 5ENR D; 2CHX A; 4B8C B; 3UTM A; 1P9E A; 4IUL A; 4A3V A; 4NSS A; 5ACT A; 4D1U A; 3BG0 B; 3QKY A; 3QWV A; 4YSB A; 4N3B A; 4WD6 A; 2A5E A; 4O98 A; 5LS3 A; 2P9L G; 2BGA A; 3TGO A; 3IDZ A; 1X8H A; 5AEN A; 1NA3 A; 3IEK A; 4KEP A; 2P4Z A; 3TG4 A; 4XEI G; 5LCF A; 2PQN A; 3CIA A; 2MOW A; 4HNA D; 4C1H A; 2BG8 B; 4JD6 A; 3JQ1 A; 4DIK A; 3EHN A; 4TUM A; 4ILH B; 4WWO A; 5EWA A; 3SFP A; 2XCB A; 1HS6 A; 4I43 A; 3CVY A; 2HR2 A; 3ZXS A; 2I1K A; 2E7Y A; 1PZ4 A; 1KT0 A; 3R9M A; 1TNO A; 3VQZ A; 4UAM A; 1U2V G; 5ENO D; 3CKC A; 5JA4 D; 1TNB A; 3BUA A; 2XEE A; 1U3C A; 5AJL A; 4K0R A; 2YHE A; 3I14 A; 5G04 J; 4UWL A; 4AX0 B; 1KZP A; 5BXU A; 2Y8B A; 2H6H A; 4XX5 A; 3RO3 A; 2FU8 A; 2X3M A; 4ZO2 A; 2XRY A; 1HU3 A; 4EYL A; 4DK5 A; 2OVB A; 3I0V A; 4AY6 A; 3X2Z A; 5A0V A; 3ZYK A; 4OVU A; 3EDT B; 5AQ9 A; 2PZI A; 3Q79 A; 2AXU A; 3TWT A; 2IY0 C; 1JCS A; 2VSX E; 3EIQ C; 3QOU A; 1KT1 A; 1SW6 A; 1N0R A; 2BFK A; 3HXD A; 3T9M A; 2F8Y A; 4ACL A; 3BG1 B; 1KR3 A; 3GZ2 A; 1E8Y A; 3V79 K; 1YCS B; 2ZXW E; 4MLP A; 4EBA G; 3I5P A; 5AAO A; 1KLX A; 2P18 A; 4UUC A; 2KM4 A; 2R5S A; 1A7T A; 3CQG B; 3BV6 A; 3MKQ B; 2WXJ A; 4B93 B; 3D9L A; 2LXL A; 4JB8 P; 3HXE A; 1OCO E; 2LSU A; 3D9J A; 4GTO A; 4XWW A; 1JWF A; 2R2L A; 4GPK A; 3AS4 A; 2GRL A; 2XGO A; 2BIB A; 1S63 A; 3CHM A; 1D8D A; 3MCX A; 5FWQ A; 3TP9 A; 3J5P A; 4D1W A; 4GYY A; 2GRN B; 1MX4 A; 5FJY A; 4KVO A; 1YCG A; 2R59 A; 2CHW A; 2WXO A; 5AIJ A; 5A7D B; 3CK9 A; 1AWC B; 4ATG A; 3V2O A; 3L9T A; 4GZ6 A; 3SFX A; 3ZIM A; 4I2W A; 2QZT A; 2XPI A; 3MA5 A; 2YNV B; 1JT1 A; 4ME2 A; 4YVO A; 1TN6 A; 2VGX A; 2Q9U A; 3OXF A; 5JMN D; 1N4S A; 4G2V A; 4HBD A; 5ACS A; 5KBA A; 4ANU A; 1LD7 A; 4BT8 A; 4J6I A; 3DHC A; 4UWS B; 3SHF A; 1ZTC A; 3SSN A; 2JEK A; 3UMV A; 5HS0 A; 5E75 A; 3QC1 A; 5EKQ D; 3G1P A; 1OWN A; 3IE2 A; 3MV3 B; 2FU6 A; 2YNW A; 4LE6 A; 2Y8A A; 2NXP A; 3CVU A; 3CV0 A; 5KNH D; 3B95 A; 2BTN A; 1HE8 A; 3BK2 A; 3FEX A; 4NQ5 A; 3PUK A; 3C98 A; 3FP3 A; 2P2C P; 3J5Q B; 3UT4 A; 3IE0 A; 2YIN A; 3CVW A; 4N2Q A; 4RM5 A; 3GZ1 A; 2ZNB A; 5E76 A; 3LKU A; 5B1B E; 4UWP B; 4OAU C; 3Q75 A; 4JW1 A; 3CHR A; 3SRX A; 5ANR A; 4HOT A; 5JHB A; 3CVP A; 3RKJ A; 1WW1 A; 3FU3 A; 2KSH A; 2FUL A; 1FVF A; 3CHO A; 5ENN A; 4N5C A; 3D3M A; 2DOO A; 5AN8 A; 4C1C A; 5CMY A; 2PL2 A; 2C0L A; 3ZQ4 A; 3T3N A; 3LVZ A; 1YCF A; 2QDT A; 3JQ0 A; 4LG6 A; 5EVB A; 2XEV A; 3V30 A; 4FHJ A; 3L13 A; 4KYO B; 3U66 A; 3H3E A; 1DVP A; 5LE1 A; 4U95 D; 3EJN A; 5CMW A; 1N9A A; 4L2Y A; 4G26 A; 4J8D A; 4KZ0 A; 2NYJ A; 3HG0 D; 5FQ6 A; 5KIK A; 4UWO B; 1A8T A; 1DCQ A; 2WYM C; 4JPS A; 4NIK A; 1N4R A; 5D0Q D; 3DHA A; 3DPD A; 4JGX A; 2OEV A; 3QAQ A; 4DUI A; 2R17 C; 3B7B A; 3LVQ E; 2I7V A; 4L2L A; 3IXE A; 5EDS A; 3SXO A; 3WXC A; 4C1F A; 1VME A; 5ARF A; 2XHE A; 1B89 A; 2EIN E; 3VLF A; 3FUL A; 4ZHB A; 1FPP A; 2MYO A; 5HI7 A; 3KEZ A; 1TNY A; 2XPZ A; 2DWZ A; 3PUJ A; 2Y0B G; 2Y3A A; 1BPO A; 2WXM A; 3GW4 A; 1RZ4 A; 5LOZ A; 5G04 C; 3ESL A; 3V31 A; 4UWR B; 1NP7 A; 4GTV A; 3IV0 A; 2LXM A; 2IU1 A; 3CHP A; 5BPP A; 3BEE A; 4XI9 A; 4KXK B; 1JCR A; 3TWQ A; 4G24 A; 1E7U A; 3DEO A; 4I6E A; 3S2A A; 5LMC A; 3SGH A; 1MYO A; 2WXP A; 5ACR A; 4DI3 A; 4JC8 A; 3BC2 A; 4TV3 A; 5IQK A; 4U7E B; 2GMN A; 4O60 A; 5BT1 A; 3NQP A; 3CGH A; 3FUH A; 2GFJ A; 5LSC A; 2X6F A; 2OZG A; 3DBS A; 2GRQ B; 3VPE A; 4BFR A; 5LCW J; 3URZ A; 2XRZ A; 3FUK A; 4I2Z A; 4FEK A; 3QDN A; 4GZ3 A; 3FTX A; 4HL1 A; 1ELR A; 2VTB A; 3IKO B; 3KNR A; 4NQ4 A; 3C72 A; 2R05 A; 4JXT A; 3FTZ A; 2NC9 A; 3ASN E; 3KAE A; 4Y6W A; 4HOU A; 5EN5 D; 1ELK A; 3Q47 B; 1Y6I A; 4V0H A; 3FUE A; 3ESH A; 1TEZ A; 4D10 C; 2VGX B; 3R2U A; 2IJG X; 1TNZ A; 4CGV A; 1OCC E; 1KO3 A; 4MKT A; 2YNT A; 1NZN A; 4M7C A; 3D9P A; 2KZT A; 3HXB A; 5EBV A; 5ENT D; 5H7P A; 3X2X A; 2DZO A; 4U07 A; 4HOR A; 3CVN A; 3L08 A; 2IQC A; 4U04 A; 4UEI A; 2DZN A; 5FQ7 A; 5LX8 A; 2EIL E; 3NZS A; 4O6F A; 1WY6 A; 4HFG A; 1KO2 A; 2FO7 A; 3FEY A; 3FU0 A; 2DCP A; 4CDR A; 3TXM A; 4GMJ A; 1BC2 A; 2LO6 A; 5LCA A; 1UN8 A; 4F7A A; 2BMI A; 2R2D A; 4GYO A; 5FT9 A; 3SBL A; 1YA0 A; 1O1T A; 5ACW A; 4L9P A; 4HOS A; 2DKF A; 4GCO A; 2LNI A; 2C2L A; 4UWG A; 2F0Y A; 3SXN A; 4BP0 A; 2QYU A; 2WHG A; 3AF6 A; 3PDN A; 1ZU2 A; 3S0Z A; 3C3Q A; 3ULE G; 3L22 A; 4OVV A; 3CQC B; 4KZC A; 3PZ4 A; 4LRZ A; 2V5Q C; 4NQ6 A; 5AHR A; 4DJA A; 3Q73 A; 2UWJ G; 4I1A A; 4WNG A; 1JWG A; 1O1S A; 4PS8 A; 5EYL A; 4A63 B; 5BXO A; 4FUL A; 1BI8 B; 4K5A B; 3S7J A; 2XEH A; 2UY1 B; 3KD7 A; 5KCM A; 3BKR A; 3T5X A; 5JHA A; 4I6G A; 5EX0 A; 2A7M A; 4AX1 B; 3AG2 E; 2UYX A; 3VLE A; 3G2W A; 3FH7 A; 3APF A; 4FAD A; 2GRR B; 1JUQ A; 4AOF A; 3VLD A; 2OVF A; 3N71 A; 3DEP A; 3LJN A; 4F1S A; 3LS8 A; 3KS2 A; 3HIZ A; 2OHH A; 2CG3 A; 2HE0 A; 3SZ7 A; 4FLH A; 4JVS A; 5AJD A; 3RYO A; 4ZY7 A; 2ETB A; 2Q7F A; 4WWP A; 3ZVV A; 3KSQ A; 4KT6 B; 2IO3 C; 4NAC A; 1ZKP A; 2WYM A; 4XE0 A; 4DX1 A; 5CBO A; 3HHM A; 2R03 A; 5CER B; 1LD8 A; 2WQH A; 3IEL A; 1D8E A; 4UI9 K; 4FA6 A; 4ZO3 A; 1UW4 B; 3BDQ A; 4J8E A; 4I9E A; 4QFV A; 5EVK A; 3FDH A; 4A55 A; 3MGB A; 3PNL B; 5HIQ A; 5CEC B; 3ENE A; 1N11 A; 3TWV A; 4XUK A; 1NL4 A; 2OHJ A; 5LCH A; 1HH8 A; 3I13 A; 2GFK A; 2WYL A; 3CVL A; 4TZF A; 2OV8 A; 3LY7 A; 3SFY A; 2NYP A; 3T8K A; 4AP2 A; 1JJT A; 1SA5 A; 2XR1 A; 3DSW A; 4J5F A; 3ZNG A; 4K03 A; 4UQZ A; 1QYM A; 4FJZ A; 3UI2 A; 5B15 A; 3L6N A; 1GW6 A; 4V3I A; 2CFZ A; 3D9K A; 2BG2 A; 2Y87 A; 1HFA A; 1PAQ A; 3LEW A; 4FHK A; 4TZE A; 3DSV A; 3OXL A; 3MD7 A; 2RFA A; 3P1U A; 1FVH A; 1X5B A; 4GCW A; 1OWM A; 2OEW A; 2NSZ A; 4D02 A; 2BG6 A; 3MZL B; 4GYQ A; 5B1A E; 4E6H A; 4Q69 A; 4YVQ C; 5BW8 C; 1U3D A; 3PG4 A; 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