2F6N | Genus

Total Genus 57

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	57
sequence length	166
structure length	166
Chain Sequence	KLYCICKTPYDESKFYIGCDRCQNWYHGRCVGILQSEAELIDEYVCPQCQSTEDAMTVLTPLTEKDYEGLKRVLRSLQAHKMAWPFLEPVDPNDAPDYYGVIKEPMDLATMEERVQRRYYEKLTEFVADMTKIFDNCRYYNPSDSPFYQCAEVLESFFVQKLKGFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7747562140152393__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7747562140152393__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2F6N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7747562140152393__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7747562140152393","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2F6N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7747562140152393__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfcf22eb014550d5621a8ef/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfcf22eb014550d5621a8ef/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
source organism	Homo sapiens
publication title	Molecular basis for site-specific read-out of histone H3K4me3 by the BPTF PHD finger of NURF. pubmed doi rcsb
molecule keywords	bromodomain PHD finger transcription factor
total genus	57
structure length	166
sequence length	166
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2005-11-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00439	Bromodomain	Bromodomain
A	PF00628	PHD	PHD-finger

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.920.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Histone Acetyltransferase; Chain A	Bromodomain-like	2f6nA02
3.30.40.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Herpes Virus-1	Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)	2f6nA01

4NRAA 5CGPA 2OO1A 2MUMA 3UVWA 4XUAA 4IC2A 4IR3A 5BT4A 5D26A 1XWHA 4C66A 2DVSA 5F60A 1WFKA 5HRVA 3C6WA 4YBMA 2HYED 1X4UA 2DVQA 4LZRA 3M63A 4AYCA 2YQMA 4QSUA 4A9IA 5EP7A 2FUUA 2LGLA 5EWCA 4YK0A 3EB5A 5CTLA 5A5OA 2LV9A 4WZ3B 5D3HA 4A49A 2L80A 5E73A 5EQ1A 2KGGA 5L97A 2YU4A 3MHHA 2E3KA 2KU3A 4QUUA 5AITA 3S91A 4AKNA 5HLSA 5DBMA 5ENEA 5L96A 2L75A 5DLZA 2PUYA 4N4IA 2DX8A 3O36A 4WHWA 5HCLA 5D3TA 3O34A 4A9HA 5H9MA 4B86C 5JWMA 3U5PA 2BAYA 5KTUA 3Q2FA 1JOCA 1K2FA 5HELA 4GPJA 5F2PA 4Z1SA 3U5NA 5CRMA 4CUSA 2QIZA 5FB1A 4O7BA 2ECIA 5LJ0A 5H1TA 2YW8A 1F68A 5CUDA 2QJ0A 2VPEA 3MXFA 5I88A 4UYHA 5A81A 5FERA 2ECWA 4NR4A 5E0RA 4TZ8A 4CUPA 4YYJA 5KO4A 5EVAA 4YYHA 2JRJA 5KU3A 4MSXA 4TQNA 5I86A 4CCGX 2R0YA 5TCMA 3FL2A 1VD4A 5CPEA 2KYUA 3ZPVE 4A4CA 1Z2QA 5CQ7A 5ENBA 5FFVA 5FE6A 2JMDA 2KWOA 3HCSA 5FEYA 2I7KA 4C9ZA 5HFRA 5DFBA 2FUIA 2L0BA 2VPBA 2RNWA 5CFWA 4BW2A 2R10A 4YY4A 5LKUA 1JSPB 2M85A 2XB1A 1WEWA 4UIZA 4WIVA 5D7XA 5A82A 3KV5A 3MHSA 3PURA 4IR5A 5E9LA 4PTBA 5ETBA 4UYEA 1EQFA 4AUQB 1IYMA 4HXLA 5DKDA 1T1HA 4GNFA 3O70A 5TBNA 4BW1A 1ZBDB 1E6IA 5DFDA 4A0CD 3U5MA 4TU4A 5I89A 3Q2EA 5F1LA 2HDPA 5F63A 4FK5A 4HXRA 1RMDA 4XY8A 2M6MA 4Z6HA 3N9LA 5CUGA 5FFWA 4HBVA 4OGJA 5C8GA 4O7AA 4LJNA 4IR6A 5FG4A 4LLBA 4MR3A 5B8DA 5H1UA 5EWDA 2E7OA 5EWHA 1WEPA 5B75A 5E7DA 4YY6A 2I50A 5KH9A 5LCWB 3KQIA 4A4BA 1WENA 5HENA 2NAAA 4O75A 5DYAA 4UP0A 3S92A 4S3OB 4O64A 5BT3A 5AMFA 5EI4A 5G4RA 5DYCA 3U5OA 2YELA 5C85A 3U5JA 2MJVB 1HYJA 4A9OA 4CA1A 1WEMA 4UITA 4OGIA 4A9NA 3P5OA 3T6RA 2GRCA 4J0SA 1BORA 1LDKC 4QSPA 2H60A 2ECGA 4PPEA 5A5QA 5EGUA 3K2JA 1F62A 1MM2A 5A5RA 3DWYA 5CP5A 4HXOA 4TS8A 5D24A 4IOOA 5II1A 5CY9A 5G04B 4HXSA 5E3GA 5DFCA 5ACYA 5JI8A 4S3OC 2RS9B 5H85A 4X2IA 5FE8A 5HEMA 5LJ2A 5AD3A 2N9GA 2Y1NA 5ENGA 4IORA 4A9JA 2F6NA 5I83A 3U5LA 4ZW1A 2D82A 4QR5A 1WIMA 5CQ6A 4R2YA 5TDRA 4XY9A 4PKLA 2LDRA 4GB0A 5FE4A 4V3LC 2JMJA 3SOUA 5C11A 4FJCA 4YATA 1WEQA 4YAXA 2YQDA 5FG5A 3MB3A 1VFYA 4YBSA 4I7BA 4PCIA 5DKCA 3DQVR 4Y03A 4HXPA 4A9MA 5L8TA 4P5OB 4TYLA 4DONA 5A85A 2EA6A 3IU6A 3UV4A 4NUCA 4Q0OA 2YSJA 4NYXA 2YHNA 5CQ4A 5D1KB 1VYXA 5LKTA 5J0DA 2F6JA 4UIXA 3AADA 4QSQA 3GL6A 5D3RA 2PNXA 4BW3A 2D9EA 1FBVA 5ENFA 2CSYA 4PS5A 3UVDA 3O37A 2MD8C 2OUOA 3ZYUA 1WEOA 3AQAA 2VPGA 2DKWA 4Z6IA 4TKPB 4NYVA 5ENIA 4LK9A 2ECVA 4FIPA 4CUQA 4LR6A 3ZTGA 3IU5A 4YYDA 2UZGA 5AIUA 5B76A 5DX4A 3ZPV1 4MENA 4FO9A 4MVTA 3I3JA 3P1EA 5ENCA 4W4UA 5CQ8A 5D0CA 4ZDTA 3QZTA 4Q0NA 5EA1A 4NR9A 4MR6A 5A5NA 5I1QA 5FBXA 5CUCA 4AYCB 4QSXA 2ECNA 4XI1A 3ZVYA 3MQMA 5E74A 4QEWA 5C89A 2L5UA 3N9OA 3P1FA 3L1XA 5DW1A 2YW5A 5LVQA 5COIA 1U6GB 1Z60A 4NRBA 4ALGA 1WUMA 4MR5A 4UYFA 4QSWA 4A9KA 2EGPA 4I7DA 5F62A 3JVMA 3UW9A 5D3SA 5II2A 3JVKA 1HYIA 2RNXA 2L84A 4WZ2A 1N87A 5HRWA 5G0FA 2CSZA 4QC1A 2KWNA 5TB6A 5TABA 2VNFA 4QF2A 5FE0A 4N4FA 4CL9A 3ZYQA 4QEVA 4RVRA 2YUCA 4B7YC 4UP5A 4MR4A 5CQ5A 3UVYA 5TRBA 2M1RA 4F52B 2XEUA 2E6RA 4PCEA 3DPLR 2IDAA 2F42A 2KIZA 2LGGA 2KGIA 5LKXA 3ONIA 3DAIA 2EODA 4OUFA 4LRGA 5HFQA 4GNEA 5D3LA 2RO1A 2KR4A 1ZS5A 5F25A 5I7YA 2QICA 4IC3A 3LQJA 5LKZA 5FE1A 3RPGB 4O72A 4YYGA 4A9EA 4NR8A 3U5KA 5JG6A 5FFYA 4YYIA 4NN2A 4Z1QA 3EB6A 4UYFB 2ECTA 2LXHC 2CKLA 5KH3A 4UIVA 2KWKA 3V43A 2C2LA 2K17A 5B77A 5KH7A 4J0RA 5IBNA 2KWJA 3TLPA 4YABA 3M62A 4LZSA 2KREA 3RPGC 4O78A 2H0DA 5IGNA 5D3JA 4QNSA 5IIDA 5KHMA 5LJ1A 1WGMA 4YC9A 1G25A 2R0VA 4O71A 5DINA 5EYAF 2G45A 5KTXA 5C4QA 2KE1A 2MA5A 4NYWA 5CRZA 4ALHA 4O77A 3MUKA 2C2VS 3PUQA 3SOXA 1JM4B 4O74A 3N9NA 3G0LA 4XYAA 5A5SA 2AN6A 5FE9A 2K16A 4J3IA 1JM7A 3QZVA 2LXPC 2VPDA 4QEUA 3HMEA 2E6SA 2KTBB 5K29A 5D1LB 3NXBA 5I40A 1WEEA 5DYUA 4O76A 5FB0A 4LDFA 4BJXA 2JMIA 2L43A 4V3KC 4KV1A 4NQMA 5D3PA 5DYXA 3IHPA 4QY4A 5L98A 3G0JA 2LN0A 3N9QA 4YADA 4R8PK 1DVPA 4QYLA 5LUUA 4LC2A 4NUDA 2VJFA 2VP7A 5BT5A 5FE5A 5L99A 4QUTA 4R7EA 4TT4A 3HTKC 5F61A 5CUBA 5FE2A 5FE7A 4J1PA 2M3HA 4UYGA 4QSSA 4UIYA 5CU8A 4L58A 1FP0A 5EICA 5EPBA 4MEPA 5HRXA 4UIUA 4CUTA 2MNZA 4E96A 5I29A 4XUBA 5KTWA 4I7CA 5DLXA 1N72A 5FH6A 5D1MB 3GG3A 3L1ZB 1JM7B 2LGKA 4TTEA 5CQAA 4X3GA 4QSVA 4BHWA 5CQTA 2R0SA 5IGMA 2K1JA 3N9MA 2ZETC 2YEMA 4NS5A 5ENJA 5IG6A 4PY6A 4IR4A 4QC3A 5C7NA 5HQ7A 1WESA 4WZ0A 5A7CA 3UV2A 5IGLA 2CT2A 5H1VA 4QB3A 5HJCA 5FG6A 2LGVA 2MNYA 3N9PA 5EWVA 4WA6A 5L8UA 2G4AA 4NR6A 4ZC9A 2YYNA 4Q6FA 4O7CA 3FKMX 3LQIA 4NRCA 4QR4A 5F1HA 2K4DA 3HCUA 5C87A 3SVHA 2Y1MA 5F5ZA 2LSPB 3UVXA 4LYWA 3SVGA 5EU1A 2D8SA 2VJFB 5J3XA 4C67A 4N3WA 4CFLA 4CUUA 4TU6A 4YYMA 5F3AA 3VK6A 4LZ2A 2ECJA 5G4SA 2KFTA 5A83A 5F36A 5DY7A 5I7XA 5CUAA 5D25A 5EK9A 5EPSA 2LQ6A 2OSSA 3O7AA 2E7NA 3KNVA 2Y43A 4AVXA 2YHOA 3RTRB 4A9LA 3ZVZB 3HMFA 5C13A 4TT2A 3P1DA 4HBXA 4F3IA 1X4JA 5DKHA 4QF3A 2YDWA 2VJEA 5FH8A 4LYSA 4QYDA 4NR7A 5IGKA 1V87A 3HMHA 3LXJA 1WEUA 3M99A 5E9IA 4N4HA 3MULA 1LDJB 2RFJA 4CLBA 2DWWA 4HXNA 2L5EA 4AP4A 3ASLA 2MIQA 3LRQA 4KV4A 5LVRA 4HXMA 4CURA 2YQLA 5FDZA 5EPRA 4N4GA 5D3NA 5HM0A 1WILA 3SOWA 2DVRA 1WEVA 4ZQLA 5EISA 3O33A 2YYRA 3P1CA 4NQNA 4Z93A 4YH4A 1WE9A 4O7FA 4TT6A 4YBTA 3HCTA 5B79A 4CFKA 4YYKA 4IOQA 1X4IA 5HQ5A 4HBYA 5ETDA 2YURA 4BBQA 4HXKA 2LRIC 4FLPA 4KCXA 5AMEA 3JVJA 3JVLA 2YT5A 4UYDA 3C5KA 5HQ6A 2RSDA 4GNDA 4QZSA 5CUEA 5ENHA 1CHCA 4MEOA 5E3DA 4QR3A 4QBMA 4NXJA 2YSMA 5I3LA 5I80A 3NG2A 4O7EA 5E9KA 2DATA 3GV4A 3I2DA 5E9VA 4L7XA 3MB4A 4A9FA 2VJEB 4HBWA 1MM3A 3SVFA 5G05B 3SHBA 4LKAA 2MT5A 3PHDA 2WP2A 3L11A 4UI9B 4NR5A 4YYNA 4LYIA 3LJWA 5EWWA 4BW4A 1Z6UA 5CZGA 4LADB 2FSAA 4QSRA 2NXBA 5FE3A 5FH7A 2RNYA 2YREA 5TDWA 3T7LA 5E9MA 4UIWA 2WP1A 3LQHA 5A5PA 2MA6A 1X0JA 4GNGA 4WHUA 2MD7B 2YEKA 2L85A 4TZ2A 2RI7A 2I8NA 1WUGA 3UV5A 3RCWA 4ZUXU 5B78A 4O70A 5EM3A 2CKLB 2G6QA 4NUEA 5CQ3A 2DVVA 3O35A 5E9YA 3QZSA 4YH3A 2G43A 4QSTA 5DKAA 5EV9A 3D7CA 4MEQA 3ZNIA 5CS8A 5DW2A 2H0DB 3KV6A 2OXQC 1E4UA 5AD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4NRAA 5CGPA 2OO1A 2MUMA 3UVWA 4XUAA 4IC2A 4IR3A 5BT4A 5D26A 1XWHA 4C66A 2RR4A 2DVSA 5F60A 1WFKA 5HRVA 3C6WA 4YBMA 2XOYA 2HYED 2FD4A 1X4UA 2DVQA 4LZRA 3M63A 4AYCA 2YQMA 4QSUA 4A9IA 5EP7A 2FUUA 2LGLA 5EWCA 4YK0A 3EB5A 5CTLA 5A5OA 2LV9A 4WZ3B 5D3HA 3D1DA 4A49A 2L80A 2EGMA 5E73A 5EQ1A 2KGGA 5L97A 2YU4A 3MHHA 2E3KA 2KU3A 4QUUA 5AITA 3S91A 4AKNA 5HLSA 5DBMA 5ENEA 5L96A 2L75A 5DLZA 2PUYA 4N4IA 2DX8A 3O36A 4WHWA 5HCLA 5D3TA 3ERRA 3O34A 4A9HA 5H9MA 4B86C 5JWMA 3U5PA 2BAYA 5KTUA 3Q2FA 1JOCA 1K2FA 5HELA 4GPJA 5F2PA 4Z1SA 3U5NA 5CRMA 4CUSA 2QIZA 5FB1A 4O7BA 2ECIA 5LJ0A 5H1TA 2YW8A 1F68A 5CUDA 2QJ0A 2VPEA 3MXFA 5I88A 4QQ4A 4UYHA 5A81A 5FERA 4AI6A 2ECWA 4NR4A 5E0RA 4TZ8A 4CUPA 4YYJA 5KO4A 5EVAA 4YYHA 2JRJA 5KU3A 4MSXA 4TQNA 5I86A 4CCGX 2R0YA 5TCMA 3H7HA 3FL2A 1VD4A 5CPEA 2KYUA 3ZPVE 4A4CA 1Z2QA 2CRWA 5CQ7A 5ENBA 5FFVA 5FE6A 2JMDA 2KWOA 3HCSA 5FEYA 2I7KA 4C9ZA 3LDYA 5HFRA 5DFBA 2FUIA 2L0BA 2VPBA 2RNWA 5CFWA 4BW2A 2R10A 4YY4A 5LKUA 1JSPB 4QF3A 2M85A 2XB1A 1WEWA 4UIZA 4WIVA 5D7XA 5A82A 3KV5A 3MHSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NRA A;  5CGP A;  2OO1 A;  2MUM A;  3UVW A;  4XUA A;  4IC2 A;  4IR3 A;  5BT4 A;  5D26 A;  1XWH A;  4C66 A;  2RR4 A;  2DVS A;  5F60 A;  1WFK A;  5HRV A;  3C6W A;  4YBM A;  2XOY A;  2HYE D;  2FD4 A;  1X4U A;  2DVQ A;  4LZR A;  3M63 A;  4AYC A;  2YQM A;  4QSU A;  4A9I A;  5EP7 A;  2FUU A;  2LGL A;  5EWC A;  4YK0 A;  3EB5 A;  5CTL A;  5A5O A;  2LV9 A;  4WZ3 B;  5D3H A;  3D1D A;  4A49 A;  2L80 A;  2EGM A;  5E73 A;  5EQ1 A;  2KGG A;  5L97 A;  2YU4 A;  3MHH A;  2E3K A;  2KU3 A;  4QUU A;  5AIT A;  3S91 A;  4AKN A;  5HLS A;  5DBM A;  5ENE A;  5L96 A;  2L75 A;  5DLZ A;  2PUY A;  4N4I A;  2DX8 A;  3O36 A;  4WHW A;  5HCL A;  5D3T A;  3ERR A;  3O34 A;  4A9H A;  5H9M A;  4B86 C;  5JWM A;  3U5P A;  2BAY A;  5KTU A;  3Q2F A;  1JOC A;  1K2F A;  5HEL A;  4GPJ A;  5F2P A;  4Z1S A;  3U5N A;  5CRM A;  4CUS A;  2QIZ A;  5FB1 A;  4O7B A;  2ECI A;  5LJ0 A;  5H1T A;  2YW8 A;  1F68 A;  5CUD A;  2QJ0 A;  2VPE A;  3MXF A;  5I88 A;  4QQ4 A;  4UYH A;  5A81 A;  5FER A;  4AI6 A;  2ECW A;  4NR4 A;  5E0R A;  4TZ8 A;  4CUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2F6NA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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