3U5M | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	203
structure length	178
Chain Sequence	PNEDWCAVCQNGGDLLCCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCQGLSPVDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTVKKKLQKKHSQHYQIPDDFVADVRLIFKNCERFNEMMKVVQSEVAQAGKAVALYFEDKLTEIYSDRTFA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__085038017211197__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__085038017211197__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3U5M/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__085038017211197__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"085038017211197","bgcolor":"white" }

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Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__085038017211197__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transcription
source organism	Homo sapiens
publication title	A poised chromatin platform for TGF-beta access to master regulators pubmed doi rcsb
molecule keywords	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33
total genus	49
structure length	178
sequence length	203
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature	ec 2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date	2011-10-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00439	Bromodomain	Bromodomain
A	PF00628	PHD	PHD-finger

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.920.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Histone Acetyltransferase; Chain A	Bromodomain-like	3u5mA02
3.30.40.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Herpes Virus-1	Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)	3u5mA01

5KU3A 4CA1A 5EWWA 5HRVA 3AQAA 3NXBA 2GRCA 2KTBB 4NR9A 2E6RA 2VJFB 5DKCA 5EVAA 1Z2QA 2KYUA 4MR4A 3N9PA 2D9EA 4LZRA 4QSXA 2YURA 4CCGX 5D26A 4WIVA 3SVGA 5DFBA 2HDPA 5HQ5A 3U5PA 4HXSA 3JVKA 5CRMA 2ECNA 5E9YA 1WILA 5E9MA 1V87A 4AP4A 5D1KB 5D3JA 4O7AA 1WE9A 4XY8A 4A9LA 3KQIA 4I7BA 5CGPA 4FIPA 2RNYA 5B75A 2ECVA 1WEEA 2AN6A 5F62A 4YBTA 5ENCA 2IDAA 5HLSA 4YK0A 5HCLA 5I86A 4YYJA 2OXQC 4UI9B 2G45A 4QF3A 5TDRA 3C5KA 2OSSA 5B76A 4YH4A 4LYIA 4IR3A 5F25A 2VJEA 2YEMA 4YADA 4LC2A 3LQJA 4UP5A 4GPJA 4HXMA 4QEUA 2VPBA 2MNZA 5C7NA 4IR4A 4QR4A 5CUDA 3KV6A 3N9QA 5JG6A 5EISA 2JMJA 2DVVA 4QUTA 5TBNA 5L96A 4O7CA 2QICA 4O76A 2Y1MA 3C6WA 2G43A 2XEUA 4NRBA 2L75A 4PS5A 2VPDA 4LKAA 3P1FA 4W4UA 4Q0NA 5CUAA 5EI4A 5D3LA 5TABA 4QSUA 4XY9A 3N9LA 5AMEA 3S91A 2KWKA 5E9IA 5A5RA 2MJVB 2F6NA 2I8NA 5COIA 1X4UA 2F6JA 3GV4A 4YBSA 1WIMA 4HBVA 3T7LA 3MUKA 5I83A 2ECIA 2L43A 2KGGA 4ZQLA 3QZSA 4LYWA 4R2YA 3UVWA 3MHSA 3AADA 4UYFB 5ENEA 3HTKC 4PPEA 4AUQB 2EGPA 5II2A 5FG6A 4QNSA 5DYXA 4BW2A 5FE5A 1VD4A 2K17A 2MA5A 4BW3A 3U5NA 3P1CA 1LDKC 2KREA 4QR3A 4A9EA 2ECGA 5IGKA 2YDWA 4KV4A 2OO1A 2JMDA 4PKLA 4A9OA 4B7YC 1F62A 5D3RA 4C66A 4X2IA 5ACYA 1X0JA 3MB4A 5D3PA 4CURA 3SVHA 2YU4A 4ZUXU 3JVJA 5H85A 2F42A 5ENHA 2DX8A 2VJEB 5EWDA 4BHWA 3HCUA 2KU3A 3NG2A 4YYDA 4TU4A 4NN2A 2LRIC 4CUTA 1WUGA 5F3AA 4YAXA 2YSMA 4MSXA 2L5EA 2RFJA 5A81A 5TB6A 4HXRA 1WFKA 5BT5A 3FKMX 1X4IA 4LJNA 5H1TA 4YATA 4V3KC 4A9KA 4TYLA 5FE0A 5A85A 3ZTGA 4IOOA 5G0FA 5CZGA 2YUCA 4NRCA 2RSDA 4PTBA 2VPEA 5D3HA 4A4BA 4HBYA 5FERA 2K4DA 4P5OB 4C9ZA 2DVRA 5H1UA 1X4JA 2RNWA 5FG4A 2YREA 2XB1A 3M62A 4QEVA 4YYMA 5IGNA 4QSSA 3O35A 2C2VS 5H1VA 1VFYA 1WUMA 2YYNA 2MUMA 5EV9A 2LQ6A 4NR6A 1ZBDB 1JSPB 4QUUA 5A5OA 4I7CA 3MHHA 5TRBA 3ZPVE 5DYUA 2D82A 3N9MA 1WESA 2JMIA 4QC3A 3DPLR 3MXFA 4LR6A 5HELA 4QYDA 3ZYQA 3HCSA 1BORA 5DYAA 5FE8A 5A82A 4GB0A 4IR5A 3UVYA 5C4QA 4LRGA 4N4FA 4QY4A 1U6GB 5EP7A 4E96A 4F3IA 5HQ6A 2CSZA 2PUYA 1WEVA 3JVMA 2D8SA 4I7DA 3O33A 5LCWB 4HXOA 2ECJA 4KV1A 5DLXA 2I7KA 3G0JA 2M3HA 3V43A 1Z6UA 3ZVYA 4IOQA 2KR4A 5KH7A 4MEOA 4HBXA 4YY4A 4UP0A 2YW8A 5E74A 4QSVA 3UVDA 1EQFA 5A83A 4ZC9A 5CQAA 2LGVA 4QSQA 5CQ5A 4A9FA 5HEMA 2H0DA 1HYIA 3RCWA 2NAAA 4OGJA 4NYVA 2M85A 4BBQA 3O70A 5A5SA 3MB3A 5II1A 2DVQA 2L5UA 3EB5A 3O7AA 2FUUA 4NUCA 4A4CA 4IC2A 5B77A 2QIZA 4L7XA 4O71A 5TCMA 5FEYA 4O72A 5LKUA 4LDFA 4WZ2A 4QSWA 5E9VA 3U5JA 2RS9B 4XUAA 5E3GA 4UYHA 5D24A 3MQMA 4OGIA 4NXJA 3T6RA 4HXKA 3HCTA 4GNEA 5BT4A 4Q6FA 3SOWA 2WP2A 2LGGA 2KWNA 2LSPB 3ZPV1 2KE1A 4Z6IA 4O77A 4NUEA 5G05B 3LXJA 4QBMA 2I50A 5HJCA 5CFWA 3S92A 5D25A 5I80A 3ASLA 5ENBA 3G0LA 5I7YA 5EA1A 3U5MA 4C67A 5AITA 2YHOA 5DKHA 5E9LA 5FFWA 4A9MA 2CSYA 2FUIA 3ZVZB 5E73A 4TTEA 4NYWA 3SOUA 5ETBA 3QZVA 5LJ0A 5DY7A 5LKTA 4QSPA 1WEMA 2K16A 5ENIA 5KO4A 2ECTA 4CLBA 4J1PA 2RI7A 2KWOA 4MR3A 4TU6A 4R8PK 4FJCA 5ENJA 2L80A 2LXPC 2MIQA 2CKLA 2E6SA 5C13A 5D3SA 5I89A 4YYNA 2LXHC 1HYJA 5DYCA 5HRWA 5FH7A 3KV5A 4AKNA 1RMDA 4ZDTA 4LADB 4YYIA 5HQ7A 4Z1SA 4XI1A 5KH9A 2RO1A 4NUDA 2YELA 5FG5A 5DX4A 2KFTA 4MR6A 5DKDA 2MA6A 4TT4A 3IU5A 3Q2FA 4A9NA 4TT6A 4TQNA 5CU8A 4O70A 5C8GA 5C89A 5LKXA 2RNXA 3LQHA 3QZTA 3U5LA 2M6MA 2PNXA 5IG6A 5LJ2A 5AD3A 2KIZA 2YQLA 1ZS5A 5D0CA 2Y1NA 1FP0A 4ZW1A 3I2DA 3M99A 5FE1A 5H9MA 5CS8A 5CQ7A 5FFYA 2DVSA 2KGIA 5EWHA 4AYCA 4Z6HA 3VK6A 5EU1A 5CQ8A 5DINA 5DKAA 5CUGA 5EPBA 3O36A 4YBMA 1N72A 3N9NA 4A0CD 5E7DA 2N9GA 5ENFA 2E7NA 4GNGA 3MULA 4BJXA 2LDRA 2R0YA 5EPRA 3KNVA 4DONA 4XUBA 3UV5A 3O34A 5FH6A 5FBXA 4PY6A 5TDWA 5CY9A 2YQMA 2L85A 1MM3A 3UV2A 1MM2A 2YEKA 3Q2EA 5EPSA 3ONIA 5EWCA 4YYKA 5JI8A 4YC9A 5KTWA 4R7EA 4B86C 1JM7A 4WHWA 4Q0OA 5FE2A 5FB0A 5A5QA 4Y03A 5HRXA 4HBWA 5IGLA 5HFQA 2G6QA 2MNYA 2R10A 4UYEA 5AD2A 1JM4B 5L8UA 2E3KA 1WGMA 5CUEA 4MENA 5CPEA 3LQIA 4F52B 2DATA 2LV9A 4FO9A 5J3XA 3M63A 4IC3A 4O78A 4RVRA 4N3WA 2MT5A 4QEWA 1WEOA 4UIZA 3P1EA 3P5OA 1G25A 1WEQA 5D1LB 3P1DA 5HENA 4GNFA 5E3DA 5L97A 4O74A 4ALGA 5J0DA 2CT2A 3GL6A 4UYGA 1IYMA 5AIUA 3RTRB 5G4RA 4UIYA 2WP1A 3HMHA 3TLPA 4YYHA 4O64A 2DKWA 2K1JA 3PUQA 4NR8A 3ZYUA 3PHDA 2ECWA 2YW5A 2MD7B 4HXNA 1JOCA 4AVXA 5C85A 2ZETC 5CTLA 5EM3A 4FK5A 5LUUA 1T1HA 4QC1A 5ENGA 5CP5A 5CQ6A 2FSAA 5A5PA 5KH3A 2L84A 2HYED 4YABA 4UYFA 3EB6A 5DBMA 2YT5A 1F68A 4NR5A 4N4GA 1JM7B 4HXLA 5FE7A 4YY6A 5EGUA 5E9KA 5FE3A 4O7EA 5CUCA 1N87A 5B78A 1E4UA 5ETDA 2EA6A 5LKZA 4NYXA 2UZGA 5KTXA 3FL2A 4N4IA 2R0SA 1DVPA 4UIVA 4CL9A 5F1LA 4BW4A 4NQNA 5G04B 2M1RA 1WENA 5F36A 5LJ1A 2YYRA 3RPGC 4J0RA 4QR5A 5FFVA 2H60A 1WEPA 4O7FA 2KWJA 5IGMA 4A9JA 5EQ1A 3RPGB 3SOXA 4XYAA 5I40A 4O7BA 4MVTA 5DFDA 2MD8C 5EWVA 5CQ4A 2YHNA 5JWMA 5I88A 5F60A 2H0DB 4CUQA 5LVRA 1VYXA 5F5ZA 4Z1QA 5AMFA 4PCIA 3JVLA 5D3TA 4QSTA 4UIXA 4GNDA 4MEPA 3DWYA 5D7XA 4TKPB 5EK9A 4IORA 5A5NA 5FE4A 4CUPA 4WA6A 3SVFA 3UVXA 5FDZA 2Y43A 4TT2A 4UIWA 5A7CA 3N9OA 2VNFA 5CUBA 3HMEA 4NR4A 2NXBA 3L1XA 4QB3A 4CUSA 2VP7A 5G4SA 4L58A 4HXPA 4TZ2A 2OUOA 1FBVA 5KTUA 3IHPA 2EODA 4J0SA 4X3GA 4UIUA 5IIDA 2DWWA 1E6IA 5HFRA 4CFKA 4QSRA 5I29A 5L99A 3DAIA 5DFCA 2LGLA 5E0RA 2JRJA 5D3NA 5DW2A 5K29A 3U5OA 5L8TA 3U5KA 3L1ZB 4LLBA 5EYAF 3ZNIA 4WZ3B 4MEQA 4YH3A 4UYDA 1Z60A 4J3IA 1K2FA 3IU6A 3L11A 2VJFA 4Z93A 4V3LC 3K2JA 2G4AA 5I3LA 4NR7A 5L98A 5F63A 4LK9A 5C87A 4WZ0A 4CUUA 5LVQA 5CQ3A 5FH8A 5DLZA 2C2LA 3LJWA 4PCEA 2R0VA 2E7OA 4S3OC 3UW9A 2CKLB 4NS5A 2BAYA 2YSJA 4WHUA 4OUFA 4NQMA 4LZ2A 2YQDA 3PURA 4S3OB 1CHCA 3SHBA 5EICA 5F1HA 4MR5A 2LGKA 5FE9A 4O75A 5DW1A 4A49A 4IR6A 1XWHA 4LZSA 4UITA 5IBNA 4NRAA 4QF2A 4KCXA 3DQVR 4TS8A 3HMFA 3O37A 4QZSA 4YYGA 5BT3A 4A9IA 1WEWA 5C11A 5KHMA 3D7CA 5CRZA 4N4HA 5B79A 5D1MB 5CQTA 5B8DA 4TZ8A 3I3JA 5HM0A 3UV4A 5F61A 5I1QA 5FB1A 4BW1A 3GG3A 1WEUA 2LN0A 5F2PA 5I7XA 2VPGA 2QJ0A 4AYCB 4QYLA 5FE6A 4A9HA 4ALHA 1LDJB 4FLPA 4LYSA 2L0BA 4CFLA 3LRQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5KU3A 2CRRA 5EWWA 4CA1A 5HRVA 3AQAA 3NXBA 2GRCA 2KTBB 4NR9A 2E6RA 2VJFB 5DKCA 3LVRE 5EVAA 2YVRA 1Z2QA 3JUEA 2KYUA 4MR4A 3N9PA 2D9EA 4LZRA 4QSXA 2YURA 4CCGX 5D26A 4WIVA 3SVGA 5DFBA 2HDPA 5HQ5A 3U5PA 4HXSA 3JVKA 5CRMA 2ECNA 5E9YA 1WILA 5E9MA 1V87A 4AP4A 5D1KB 5D3JA 4O7AA 1WE9A 4XY8A 4A9LA 3KQIA 4I7BA 5CGPA 4FIPA 2RNYA 5B75A 2ECVA 1WEEA 2AN6A 5F62A 4YBTA 5ENCA 2IDAA 5HLSA 4YK0A 5HCLA 5I86A 4YYJA 2OXQC 4UI9B 2G45A 4QF3A 5TDRA 3C5KA 2OSSA 5B76A 4YH4A 4LYIA 4IR3A 5F25A 2VJEA 2YEMA 4YADA 4LC2A 3LQJA 4UP5A 4GPJA 4HXMA 4QEUA 2VPBA 2MNZA 5C7NA 4IR4A 4QR4A 5CUDA 3KV6A 3N9QA 5JG6A 5EISA 2JMJA 2DVVA 4QUTA 5TBNA 5L96A 4O7CA 2QICA 4O76A 2Y1MA 3C6WA 2G43A 2XEUA 4NRBA 2L75A 3FANA 4PS5A 2VPDA 4LKAA 3D1DA 3P1FA 4W4UA 4Q0NA 5CUAA 5EI4A 5D3LA 5TABA 4QSUA 4XY9A 3N9LA 5AMEA 3S91A 2KWKA 5E9IA 3FM8C 3SUBA 5A5RA 2MJVB 2F6NA 2I8NA 5COIA 1X4UA 2F6JA 3GV4A 4YBSA 3O47A 1WIMA 4HBVA 3T7LA 2DSMA 3MUKA 5I83A 2ECIA 2XOYA 2L43A 2KGGA 4ZQLA 3QZSA 4LYWA 4R2YA 3UVWA 3MHSA 3AADA 4UYFB 5ENEA 3HTKC 4PPEA 4AUQB 2EGPA 5II2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KU3 A;  2CRR A;  5EWW A;  4CA1 A;  5HRV A;  3AQA A;  3NXB A;  2GRC A;  2KTB B;  4NR9 A;  2E6R A;  2VJF B;  5DKC A;  3LVR E;  5EVA A;  2YVR A;  1Z2Q A;  3JUE A;  2KYU A;  4MR4 A;  3N9P A;  2D9E A;  4LZR A;  4QSX A;  2YUR A;  4CCG X;  5D26 A;  4WIV A;  3SVG A;  5DFB A;  2HDP A;  5HQ5 A;  3U5P A;  4HXS A;  3JVK A;  5CRM A;  2ECN A;  5E9Y A;  1WIL A;  5E9M A;  1V87 A;  4AP4 A;  5D1K B;  5D3J A;  4O7A A;  1WE9 A;  4XY8 A;  4A9L A;  3KQI A;  4I7B A;  5CGP A;  4FIP A;  2RNY A;  5B75 A;  2ECV A;  1WEE A;  2AN6 A;  5F62 A;  4YBT A;  5ENC A;  2IDA A;  5HLS A;  4YK0 A;  5HCL A;  5I86 A;  4YYJ A;  2OXQ C;  4UI9 B;  2G45 A;  4QF3 A;  5TDR A;  3C5K A;  2OSS A;  5B76 A;  4YH4 A;  4LYI A;  4IR3 A;  5F25 A;  2VJE A;  2YEM A;  4YAD A;  4LC2 A;  3LQJ A;  4UP5 A;  4GPJ A;  4HXM A;  4QEU A;  2VPB A;  2MNZ A;  5C7N A;  4IR4 A;  4QR4 A;  5CUD A;  3KV6 A;  3N9Q A;  5JG6 A;  5EIS A;  2JMJ A;  2DVV A;  4QUT A;  5TBN A;  5L96 A;  4O7C A;  2QIC A;  4O76 A;  2Y1M A;  3C6W A;  2G43 A;  2XEU A;  4NRB A;  2L75 A;  3FAN A;  4PS5 A;  2VPD A;  4LKA A;  3D1D A;  3P1F A;  4W4U A;  4Q0N A;  5CUA A;  5EI4 A;  5D3L A;  5TAB A;  4QSU A;  4XY9 A;  3N9L A;  5AME A;  3S91 A;  2KWK A;  5E9I A;  3FM8 C;  3SUB A;  5A5R A;  2MJV B;  2F6N A;  2I8N A;  5COI A;  1X4U A;  2F6J A;  3GV4 A;  4YBS A;  3O47 A;  1WIM A;  4HBV A;  3T7L A;  2DSM A;  3MUK A;  5I83 A;  2ECI A;  2XOY A;  2L43 A;  2KGG A;  4ZQL A;  3QZS A;  4LYW A;  4R2Y A;  3UVW A;  3MHS A;  3AAD A;  4UYF B;  5ENE A;  3HTK C;  4PPE A;  4AUQ B;  2EGP A;  5II2 A;  5FG6 A;  4Z0O A;  4QNS A;  5DYX A;  4BW2 A;  5FE5 A;  1VD4 A;  2K17 A;  2MA5 A;  4BW3 A;  3FAO A;  3U5N A;  3P1C A;  1LDK C;  2KRE A;  2LAU A;  2OWA A;  4QR3 A;  4A9E A;  2ECG A;  5IGK A;  2YDW A;  4KV4 A;  2OO1 A;  2JMD A;  4PKL A;  4A9O A;  4B7Y C;  1F62 A;  5D3R A;  4C66 A;  4X2I A;  5ACY A;  1X0J A;  3MB4 A;  3D1B A;  5D3P A;  4CUR A;  3SVH A;  2YU4 A;  4ZUX U;  3JVJ A;  5H85 A;  3FJU B;  2F42 A;  2XP0 A;  5ENH A;  2DX8 A;  2VJE B;  5EWD A;  4BHW A;  2FD4 A;  3HCU A;  2KU3 A;  3NG2 A;  4YYD A;  4TU4 A;  4NN2 A; 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3U5MA

Total Genus

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Chain Sequence

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