The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
232
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structure length |
191
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Chain Sequence |
RKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKNPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDVWLMFNNAWLYNRKTSRVYKFCSKLAEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKYEFSPQTLCCNVTLGDDPSQPQTTKKKNDTLDPEPFVDCKECGRKMHQICVLHYDIIWPSGFVCDNCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights into Acetylated-Histone H4 Recognition by the Bromodomain-PHD Finger Module of Human Transcriptional Coactivator CBP.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription/protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
CREB-binding protein
|
| total genus |
55
|
| structure length |
191
|
| sequence length |
232
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.1.48: Histone acetyltransferase. |
| pdb deposition date | 2013-10-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00439 | Bromodomain | Bromodomain |
| A | PF06001 | DUF902 | Domain of Unknown Function (DUF902) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Histone Acetyltransferase; Chain A | Bromodomain-like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KU3 A; 4CUS A; 2OXQ C; 3RTR B; 4F3I A; 1ZBD B; 4WZ0 A; 4LR6 A; 3DQV R; 3KV6 A; 4OGI A; 3SHB A; 2YSM A; 2H0D A; 4TQN A; 2KYU A; 4ZW1 A; 3L11 A; 4ALH A; 4R8P K; 5TDW A; 4NR6 A; 1JOC A; 5DKC A; 5KTX A; 2OUO A; 5C13 A; 3O7A A; 4MEP A; 3UVX A; 3I3J A; 5C7N A; 3QZV A; 4TZ2 A; 5DW1 A; 4LJN A; 4A9N A; 2VPE A; 3LQH A; 4XY9 A; 2ZET C; 3DWY A; 2UZG A; 5IGL A; 2MNY A; 2RSD A; 4UYE A; 3JVM A; 5FG4 A; 3FL2 A; 3ZPV E; 5D1K B; 2R10 A; 4IR4 A; 5LKT A; 5E3D A; 1RMD A; 3QZS A; 2YW8 A; 5FE5 A; 4UIU A; 5E73 A; 1JM7 A; 5C85 A; 4Y03 A; 5B78 A; 5JI8 A; 2KRE A; 5I7Y A; 2VJE A; 2RS9 B; 1Z2Q A; 5E9I A; 2GRC A; 5LVR A; 5D1M B; 5HJC A; 1EQF A; 3O36 A; 5EWW A; 4YYG A; 5CQ3 A; 2E6R A; 5FH6 A; 5CUC A; 5H1T A; 3Q2E A; 4Z1Q A; 5ENB A; 1IYM A; 5A5O A; 5FE6 A; 5D3T A; 1E4U A; 5BT4 A; 4YAD A; 3T7L A; 4O76 A; 2DVQ A; 5DYX A; 5I40 A; 5EP7 A; 2DX8 A; 5DFB A; 4A9F A; 2VJF B; 3EB6 A; 2NAA A; 4HBX A; 5KTW A; 3UV4 A; 4BW3 A; 4CUU A; 4ZDT A; 5CQ6 A; 5F63 A; 4AYC A; 4GND A; 4LZS A; 2L43 A; 5I3L A; 5EGU A; 4FJC A; 5L99 A; 5EWH A; 2CSY A; 5FE9 A; 4A9H A; 4XY8 A; 5I89 A; 4ZC9 A; 5CRZ A; 5D3S A; 2PNX A; 5C11 A; 5HCL A; 5EV9 A; 5BT5 A; 5EK9 A; 1LDK C; 2DVS A; 4QEV A; 5HFQ A; 5CQ7 A; 4LYW A; 5FE7 A; 5IGK A; 4UYH A; 5CFW A; 4CLB A; 3T6R A; 1WEE A; 4XUB A; 5G04 B; 4QSR A; 5E74 A; 5HQ5 A; 1FP0 A; 4IC2 A; 4YAB A; 4TS8 A; 1WUG A; 5FG5 A; 4TYL A; 5D0C A; 1MM3 A; 2QIZ A; 3D7C A; 4RVR A; 5CUA A; 3QZT A; 3P1D A; 2F6J A; 5FE2 A; 4YBS A; 2Y1N A; 5A5N A; 4S3O C; 5EWD A; 4WHW A; 4YC9 A; 2KWK A; 3JVJ A; 3MQM A; 2DWW A; 4N3W A; 2L84 A; 5CRM A; 4PKL A; 4Z6H A; 5AIU A; 5FEY A; 2BAY A; 2VPD A; 2LRI C; 2M6M A; 2MT5 A; 5HEM A; 5I80 A; 4O71 A; 5DKD A; 5D3R A; 5CZG A; 5EWC A; 3O35 A; 1V87 A; 3P1E A; 4O7C A; 5FFW A; 4QSQ A; 5DX4 A; 4C66 A; 3U5L A; 5L8U A; 5HRV A; 1X4U A; 2H60 A; 3LXJ A; 1FBV A; 4UIT A; 5LJ2 A; 1F68 A; 4R2Y A; 2M85 A; 5CQ8 A; 3GV4 A; 4A9I A; 1VYX A; 2C2V S; 4A9O A; 4QSS A; 5EM3 A; 4LRG A; 1JM4 B; 2EGP A; 4LYI A; 4TU4 A; 4CUR A; 5ACY A; 5D24 A; 5I83 A; 3U5J A; 2RNY A; 1N72 A; 5F5Z A; 5CUE A; 3O34 A; 4QR3 A; 5LJ0 A; 4A4B A; 4XI1 A; 5IG6 A; 2YEL A; 5CQT A; 5D7X A; 5DYU A; 1JSP B; 3O33 A; 4A4C A; 2KWN A; 1Z6U A; 3M62 A; 5CTL A; 2OSS A; 3HTK C; 2EA6 A; 3IU6 A; 3SOX A; 3LJW A; 2KE1 A; 2L5E A; 5DYA A; 4I7D A; 5FER A; 4GNE A; 4UI9 B; 5FE1 A; 4YYD A; 5CQ4 A; 2LDR A; 4J1P A; 5ETB A; 4CFK A; 3KQI A; 1X0J A; 4IC3 A; 5HQ6 A; 2YSJ A; 5DLZ A; 4HXO A; 2LGK A; 2XB1 A; 5E7D A; 4L7X A; 2E6S A; 2YHN A; 5DFD A; 2EOD A; 2MD7 B; 5BT3 A; 2JMJ A; 4MEQ A; 2D9E A; 2MUM A; 3Q2F A; 4HXN A; 3ZYU A; 5TCM A; 3AAD A; 2MNZ A; 5G05 B; 5IGM A; 3MXF A; 2G4A A; 5IBN A; 1WEM A; 4O7B A; 4WIV A; 5A5S A; 5AMF A; 4Q6F A; 4R7E A; 5D25 A; 4KCX A; 5EPS A; 4NUD A; 4YBT A; 4Z1S A; 4UIY A; 2LN0 A; 4LC2 A; 3N9L A; 2CKL A; 4ALG A; 5HRX A; 5K29 A; 4F52 B; 4QR5 A; 5FG6 A; 5DYC A; 4Z93 A; 5CP5 A; 4QEU A; 5F1H A; 5DIN A; 3N9Q A; 3M63 A; 5FFV A; 4FK5 A; 5F61 A; 3HMH A; 4IOQ A; 3PHD A; 4O64 A; 4DON A; 5KH7 A; 4QC1 A; 2H0D B; 5KHM A; 2ECI A; 2KWO A; 2LQ6 A; 2N9G A; 4YYM A; 2ECV A; 3NG2 A; 2YU4 A; 4FIP A; 5DLX A; 4O72 A; 2VPB A; 4B7Y C; 3O37 A; 5D3L A; 4MR6 A; 5A85 A; 4YYH A; 4MVT A; 1WEW A; 3SOU A; 4LAD B; 4PS5 A; 2D8S A; 3U5P A; 5FDZ A; 5A5R A; 4QC3 A; 3EB5 A; 5A83 A; 4BW4 A; 4NQN A; 4QSX A; 4UYF A; 5G4S A; 4NRB A; 1WFK A; 3UV2 A; 1VFY A; 4QSW A; 4O77 A; 5FFY A; 5EYA F; 4CFL A; 4UYD A; 4C9Z A; 1WIL A; 5FH8 A; 1JM7 B; 5F3A A; 2I7K A; 4UIV A; 1WUM A; 2KFT A; 2VJE B; 3AQA A; 5EPB A; 2Y43 A; 2FSA A; 4V3L C; 4MSX A; 2KIZ A; 4PTB A; 3KNV A; 4BHW A; 4HXP A; 3FKM X; 3JVK A; 2LGV A; 4P5O B; 4IOR A; 4Q0N A; 2L75 A; 5KH9 A; 5LKZ A; 4A9L A; 4PCI A; 3C6W A; 5FB1 A; 5HEN A; 2FUU A; 2YQL A; 4N4F A; 2K17 A; 3HMF A; 4QY4 A; 4QF2 A; 5F60 A; 2G43 A; 2WP1 A; 2YDW A; 5AME A; 4NR5 A; 4NXJ A; 2R0V A; 3P1F A; 3GL6 A; 3MHS A; 4AYC B; 4BBQ A; 5FH7 A; 4A9E A; 5L97 A; 4A0C D; 4NRA A; 4QBM A; 5DKA A; 4LDF A; 1T1H A; 3UVW A; 4YH3 A; 1HYJ A; 2MD8 C; 1X4I A; 4PCE A; 3MB3 A; 5LJ1 A; 4UIX A; 5CUD A; 2L80 A; 3ZPV 1; 5KTU A; 4WA6 A; 2YEM A; 5JWM A; 4LK9 A; 4YAT A; 3U5M A; 4YBM A; 5CU8 A; 4ZQL A; 5HFR A; 2KGI A; 4C67 A; 1WEQ A; 4QSU A; 4HXM A; 5L96 A; 4LYS A; 1MM2 A; 1XWH A; 2MA6 A; 3IHP A; 2ECG A; 1E6I A; 5CQA A; 5E0R A; 5TDR A; 4N4G A; 5ENE A; 3LQI A; 5C8G A; 4HXR A; 5I88 A; 5HM0 A; 5LUU A; 4YAX A; 2E7O A; 5I1Q A; 4O78 A; 2F6N A; 4QZS A; 5A81 A; 4MR4 A; 2L0B A; 1WEP A; 2JMD A; 5II1 A; 4QNS A; 4XUA A; 5F1L A; 4UYG A; 2K1J A; 5ETD A; 5B79 A; 4O7F A; 5HQ7 A; 2LGG A; 4O7E A; 5EPR A; 2RNX A; 2M3H A; 2VNF A; 2ECW A; 4I7C A; 4B86 C; 5HEL A; 4YYJ A; 4I7B A; 4FLP A; 1WIM A; 5D1L B; 3U5K A; 1WEO A; 4HBY A; 3SVG A; 2LXP C; 5D3P A; 1F62 A; 2MIQ A; 4TT2 A; 5FE8 A; 3RPG B; 2YT5 A; 1WEU A; 5COI A; 3N9O A; 2DVR A; 4J0S A; 2LSP B; 5KU3 A; 5FE4 A; 2L5U A; 4WZ3 B; 2DAT A; 4NS5 A; 5HLS A; 5L8T A; 4LZR A; 3O70 A; 4MEO A; 1K2F A; 2PUY A; 4CA1 A; 2WP2 A; 5D26 A; 5E9V A; 2Y1M A; 1ZS5 A; 2E3K A; 4YK0 A; 1X4J A; 2CSZ A; 5CS8 A; 5A5P A; 5LKU A; 2YUC A; 5KH3 A; 5A82 A; 4NR4 A; 2YEK A; 4J3I A; 5C4Q A; 2HDP A; 3MUK A; 3MUL A; 4HXL A; 4NRC A; 5DBM A; 3JVL A; 4QYD A; 5E9Y A; 4ZUX U; 3C5K A; 4NR7 A; 1WE9 A; 2QIC A; 2QJ0 A; 5AIT A; 2F42 A; 1U6G B; 5A5Q A; 5G4R A; 3G0J A; 5J0D A; 4AP4 A; 2JRJ A; 4O74 A; 4MEN A; 5ENI A; 3G0L A; 5E3G A; 2CT2 A; 4PPE A; 5F62 A; 4W4U A; 5CY9 A; 3PUQ A; 2KWJ A; 5CQ5 A; 5LCW B; 3IU5 A; 4IOO A; 4TZ8 A; 2ECN A; 3HME A; 4KV1 A; 4GPJ A; 2VJF A; 5E9K A; 2LGL A; 2K4D A; 4CCG X; 3PUR A; 4HBV A; 4QR4 A; 4YY6 A; 5LVQ A; 5ENG A; 3ZVZ B; 5EIC A; 4BW2 A; 5E9L A; 5B77 A; 5DKH A; 3SOW A; 4TTE A; 4E96 A; 3S91 A; 4A9J A; 3MB4 A; 4CL9 A; 5LKX A; 1WEV A; 3L1X A; 5TBN A; 4TU6 A; 4YYK A; 5CUG A; 3MHH A; 2R0S A; 5ENF A; 2R0Y A; 5EIS A; 5IID A; 3SVH A; 4UP5 A; 5C89 A; 3K2J A; 4X2I A; 1BOR A; 5TRB A; 5II2 A; 2CKL B; 2KR4 A; 4TT6 A; 1WEN A; 5F25 A; 2VPG A; 3N9P A; 4NN2 A; 5CGP A; 5HRW A; 5F36 A; 4WHU A; 5EVA A; 3ZVY A; 2MJV B; 4NUC A; 2YW5 A; 5DW2 A; 5E9M A; 3ZYQ A; 4QB3 A; 2E7N A; 4IR3 A; 3I2D A; 4LZ2 A; 1WES A; 1WGM A; 2LXH C; 5ENC A; 4UP0 A; 3RCW A; 4KV4 A; 4CUP A; 4NYW A; 2FUI A; 2C2L A; 4XYA A; 4IR6 A; 4QEW A; 5G0F A; 4V3K C; 3ZNI A; 3DAI A; 4OGJ A; 3HCU A; 4N4H A; 5EI4 A; 2MA5 A; 4HXS A; 1Z60 A; 4TKP B; 4HXK A; 5EWV A; 3LRQ A; 4QSP A; 4UYF B; 5D3N A; 5ENJ A; 2RI7 A; 4HBW A; 5H85 A; 2L85 A; 5FBX A; 4BJX A; 1N87 A; 3HCS A; 4O75 A; 2DVV A; 4GB0 A; 3V43 A; 4TT4 A; 4NR9 A; 4NUE A; 5H1U A; 3NXB A; 5F2P A; 5L98 A; 5CUB A; 2VP7 A; 4FO9 A; 5EA1 A; 2G45 A; 2IDA A; 5EU1 A; 4YYI A; 2AN6 A; 2ECT A; 3KV5 A; 3L1Z B; 3TLP A; 2KTB B; 5FE0 A; 1VD4 A; 4CUT A; 2I50 A; 1LDJ B; 2XEU A; 4N4I A; 4AKN A; 3UW9 A; 3UV5 A; 4CUQ A; 4Z6I A; 4L58 A; 3P1C A; 4J0R A; 5DFC A; 3UVY A; 4A49 A; 5D3J A; 4NYV A; 5FE3 A; 2NXB A; 4Q0O A; 4QUU A; 4LKA A; 2KGG A; 3RPG C; 5D3H A; 3UVD A; 3N9M A; 2RFJ A; 3DPL R; 2RNW A; 4NQM A; 1CHC A; 2DKW A; 5I29 A; 3ASL A; 2YQM A; 3GG3 A; 5I86 A; 5I7X A; 5B8D A; 2YUR A; 2YYR A; 4NYX A; 3M99 A; 2OO1 A; 3HCT A; 4OUF A; 5KO4 A; 5J3X A; 4MR5 A; 5ENH A; 5H1V A; 2ECJ A; 4AUQ B; 5C87 A; 4QUT A; 4QSV A; 2LV9 A; 4WZ2 A; 5B76 A; 5AD3 A; 4AVX A; 4UIW A; 5B75 A; 5A7C A; 3VK6 A; 5FB0 A; 3N9N A; 2JMI A; 2K16 A; 3P5O A; 3U5N A; 4PY6 A; 1DVP A; 2YHO A; 1G25 A; 2G6Q A; 5DY7 A; 4YH4 A; 2RO1 A; 4QF3 A; 2YYN A; 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