4YC9 | Genus

Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	53
sequence length	184
structure length	180
Chain Sequence	SPNEDWCAVCQNGGELLCCEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSKKKTEGLVKLTPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYSKPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6697803181962665__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6697803181962665__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4yc9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6697803181962665__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6697803181962665","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4yc9/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6697803181962665__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00d70c7611c2024eb7fc11/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00d70c7611c2024eb7fc11/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transcription/transcription inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Structure-Guided Design of IACS-9571, a Selective High-Affinity Dual TRIM24-BRPF1 Bromodomain Inhibitor. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Transcription intermediary factor 1-alpha
total genus	53
structure length	180
sequence length	184
ec nomenclature	ec 2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date	2015-02-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00439	Bromodomain	Bromodomain
A	PF00628	PHD	PHD-finger

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.920.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Histone Acetyltransferase; Chain A	Bromodomain-like	4yc9A02
3.30.40.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Herpes Virus-1	Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)	4yc9A01

5D3RA 4Y03A 4QUUA 2CSYA 1WEMA 2KFTA 5LJ2A 5JI8A 3KV5A 4NYWA 5D3LA 3UVWA 4I7CA 3MHHA 3UVDA 5F63A 4A9JA 5A5RA 2OXQC 4AUQB 4MR5A 4QC3A 5D1LB 3MQMA 4QEWA 2ECWA 5FE5A 5DBMA 4IR4A 4QYLA 4Z93A 1HYIA 2EGPA 4A9NA 4O7CA 3GV4A 1N72A 3KV6A 4MEPA 3L1XA 4S3OC 5CRZA 1JSPB 3P1FA 4QSRA 4R2YA 3RTRB 4MENA 4Z6HA 5FH8A 2KWJA 3AQAA 5A81A 3PURA 2QICA 5CUEA 4NYXA 2I50A 3MXFA 5FFVA 5EPRA 4WZ2A 4LZ2A 4OGJA 4LDFA 2YREA 2H0DB 2KE1A 5G04B 1FBVA 4FK5A 2I7KA 5H85A 4IC3A 3LQIA 3JVJA 5D25A 5EA1A 1X0JA 4YYJA 1WEPA 2C2VS 5I7YA 5EWHA 4XY9A 3MB4A 4O72A 4UIZA 4ALGA 4XUAA 2RNXA 5CUDA 5DY7A 4GNDA 3ZVZB 2LXPC 5FEYA 4LR6A 2JRJA 4OGIA 5CP5A 4MEOA 4CL9A 5DW1A 4CCGX 2CT2A 5I40A 5FE1A 3MHSA 2YQDA 3RPGC 5ETDA 5DINA 5JG6A 1G25A 4YATA 4BJXA 4PS5A 4F3IA 4HXOA 5DFCA 3TLPA 2MA5A 2MNZA 4V3LC 4I7DA 3JVMA 4QYDA 5L8UA 2HDPA 4YBMA 5FH7A 2DATA 2NAAA 5A82A 4ZW1A 4KV1A 4FLPA 3QZTA 5CQ7A 5LCWB 1IYMA 5HFQA 2L5EA 5EGUA 4V3KC 2H0DA 5KO4A 4AVXA 4A9IA 5HENA 5HQ6A 2VPGA 5IGKA 4X2IA 5HELA 2HYED 2Y1MA 3KQIA 4QF3A 1X4IA 5E3DA 4DONA 5F62A 4BW2A 3ONIA 2R0VA 3C6WA 2I8NA 1JM7A 5AD2A 3UV4A 2ECTA 4UI9B 5HFRA 1WEOA 5KTUA 2K4DA 1DVPA 2VNFA 1WIMA 5H1VA 4LLBA 5J0DA 5B8DA 4YK0A 5A5OA 5LKUA 5TBNA 5FE3A 5IG6A 5IIDA 4A4BA 4LYWA 4QSUA 3Q2EA 4IR3A 3SVHA 1WE9A 4ZQLA 2KWKA 5F61A 5CQ4A 3D7CA 2AN6A 2JMIA 4Z6IA 3N9LA 5FE0A 2KWNA 1E4UA 2KR4A 4QEUA 2G6QA 5AMEA 4Z1QA 5EVAA 5CQ6A 5HRWA 4QEVA 5CUAA 3N9NA 2KIZA 2LXHC 3L1ZB 4R8PK 3ZYUA 2VJFA 5EWDA 5HM0A 4N4HA 4QSWA 4NS5A 5I88A 3ASLA 5AD3A 5FDZA 3C5KA 3M99A 1ZBDB 4A4CA 5C87A 4MR6A 4NRCA 3M63A 5EISA 2RFJA 4CFKA 5EU1A 2Y1NA 4TZ2A 2DVSA 4O7AA 5FG5A 2OSSA 4NR7A 5AIUA 3U5KA 1VD4A 1X4JA 2R10A 5FE9A 4UYHA 3UV2A 5LJ0A 5G0FA 4O76A 2YEMA 3HCTA 2LSPB 3N9OA 5E9LA 5KH9A 5DKCA 5DYXA 5EI4A 5ENEA 4GNEA 2M1RA 5HQ5A 2FUIA 5ENBA 5DW2A 2M3HA 4C67A 5IGLA 2LN0A 3HMEA 2YDWA 2MJVB 5FE6A 5CQ8A 1V87A 3P1CA 4C66A 4Q0OA 5C89A 5K29A 5KH3A 4TZ8A 2DX8A 4WZ3B 2L85A 4UP5A 5DYAA 4YYMA 2G45A 2RS9B 4NUDA 5CQTA 2DWWA 4HBVA 4XY8A 4N4IA 5A5NA 4YADA 2PNXA 5A85A 3S91A 4PPEA 5EWVA 4TT4A 2YSMA 1WGMA 1WILA 4HXSA 5J3XA 5CQ5A 5BT3A 2KGGA 5D3TA 2E6SA 4TS8A 5DYCA 5I3LA 3EB6A 5D3HA 4YBTA 4PY6A 4QR4A 4LADB 2ECJA 4LC2A 1WESA 4TU6A 3O33A 4TT2A 5E7DA 5II2A 4HBWA 4QSVA 1WEWA 4O71A 4YY4A 4NQNA 5I86A 5L99A 5EK9A 5ETBA 5L98A 4F52B 5DLZA 3U5JA 2M85A 4KCXA 4A9EA 2MT5A 4QNSA 2KYUA 2C2LA 2D9EA 3P5OA 5CRMA 1K2FA 2DVVA 3Q2FA 2ECGA 5FBXA 2BAYA 1Z2QA 4HBXA 5ENCA 5FH6A 5HQ7A 5E9YA 1Z60A 3MULA 2VJEB 2Y43A 5DKAA 4NR9A 3ZTGA 3NXBA 4TYLA 4NRBA 3IHPA 2FUUA 4ALHA 4LYSA 4L7XA 4N4GA 4CA1A 5ACYA 3LQHA 1WEQA 2CSZA 4NR6A 5D7XA 5BT5A 4WIVA 2IDAA 4E96A 4TU4A 2LRIC 4O7BA 4QSPA 4QZSA 5F60A 1LDKC 5F2PA 2YW8A 5EPBA 4O77A 5G05B 3IU6A 5FB1A 4A9LA 5FFYA 4YH4A 4QBMA 4IOOA 4RVRA 4YAXA 5H9MA 3G0LA 4FO9A 2YURA 4QB3A 4B86C 4YYDA 5E0RA 4HXMA 5CTLA 2R0SA 1FP0A 2K1JA 2D8SA 4A9KA 4ZUXU 5H1TA 2E6RA 4YYIA 4HBYA 2JMDA 2RNYA 4UYFB 2XB1A 4HXLA 4UYDA 5E9MA 4UIYA 5EICA 4UYEA 4CUSA 3I3JA 3U5MA 5LVRA 2YT5A 3U5PA 4UP0A 5HLSA 4OUFA 1EQFA 3U5OA 2D82A 2F6NA 2MD7B 1X4UA 2ECVA 4P5OB 3ZPVE 2MUMA 4CUTA 5A83A 5TCMA 3UV5A 2L80A 3O70A 3HTKC 3QZSA 4NR8A 4QSSA 2JMJA 2MIQA 4LK9A 4YYHA 4YH3A 4CURA 4C9ZA 3AADA 5D3PA 3UVXA 4BW4A 4ZDTA 5JWMA 3SVFA 4A9OA 4TKPB 2PUYA 3UVYA 3IU5A 4N4FA 4GPJA 5KHMA 3FL2A 4HXNA 2KTBB 2NXBA 4YBSA 2DVRA 3EB5A 4UYFA 4PCEA 1WENA 1E6IA 4IOQA 5F1HA 3S92A 5AITA 5EYAF 2ECIA 2RSDA 2OO1A 4BW3A 5EP7A 5TABA 5EPSA 4BW1A 4R7EA 5B78A 5F5ZA 2EA6A 4LRGA 3K2JA 4UIVA 5CQAA 5IGNA 3DQVR 4GB0A 2MNYA 3N9MA 5I1QA 4TTEA 4TQNA 4B7YC 4N3WA 1RMDA 4IORA 1HYJA 5F1LA 1MM3A 5IGMA 4NRAA 1ZS5A 4A9FA 4NQMA 4WHWA 2RNWA 5A5SA 2YUCA 5ENJA 4PKLA 3SOXA 2R0YA 4NR4A 1MM2A 5B75A 5DLXA 5BT4A 1WEVA 5ENHA 5COIA 4CLBA 3SHBA 3RCWA 5CS8A 5DKHA 5D3SA 4MEQA 4IR5A 5H1UA 4Z1SA 5I83A 2H60A 3DWYA 5CGPA 4XYAA 5E9VA 3GG3A 5CPEA 5C8GA 4MVTA 2E7OA 2RO1A 5TB6A 5I89A 1XWHA 3HMHA 1CHCA 4J0SA 5CUCA 2YW5A 3I2DA 5EWCA 5C11A 3UW9A 1Z6UA 1JOCA 5ENFA 5CFWA 4UIXA 5LKZA 4NYVA 2QIZA 3SOUA 1VFYA 2GRCA 5CY9A 2LV9A 2KGIA 5DX4A 4BBQA 2YYNA 3U5NA 2LGGA 5HRVA 2ECNA 5FE2A 4LKAA 5C4QA 1WEUA 2VPDA 4NUEA 3V43A 5ENGA 2LDRA 5CU8A 2L75A 3PUQA 3KNVA 4FIPA 3HCSA 2EODA 3JVKA 2LQ6A 2QJ0A 4O64A 4XI1A 2UZGA 3ZVYA 2E3KA 5CUBA 3T7LA 2XEUA 5E3GA 2K16A 1WUMA 4YC9A 4NXJA 5DFBA 4Q6FA 4YYKA 3N9QA 3QZVA 4XUBA 4Q0NA 4O75A 4HXRA 3MB3A 3HMFA 5L8TA 4YYNA 4NUCA 2LGVA 5B77A 2E7NA 3NG2A 5TDRA 4MSXA 2VPBA 4AKNA 4A0CD 5I29A 5I80A 4GNGA 5G4RA 5A5QA 4UYGA 5FERA 4QSXA 5EQ1A 5L96A 2YQLA 4UITA 4CUPA 5C13A 4NN2A 1BORA 3DAIA 2YHOA 4O7EA 5E9IA 4HXKA 1JM7B 5D0CA 4WZ0A 3SVGA 2WP1A 4HXPA 5AMFA 4QR5A 5HCLA 5L97A 3T6RA 3JVLA 2YU4A 3ZPV1 3LJWA 3O35A 3DPLR 2L43A 2VJEA 4PTBA 3L11A 2F6JA 5G4SA 3ZYQA 1WFKA 2DKWA 4IR6A 5D3NA 3VK6A 4QSTA 5DKDA 5ENIA 4UIWA 5D26A 5D24A 2MA6A 2OUOA 3HCUA 4J0RA 4W4UA 5CZGA 4QF2A 5TDWA 3O37A 4TT6A 4QSQA 5F25A 5KTWA 3LQJA 4CUUA 2VJFB 3P1DA 4LYIA 5C7NA 4MR4A 4CFLA 5FE7A 5FFWA 5E74A 4A9HA 4O7FA 5EWWA 3M62A 1WUGA 2WP2A 2L5UA 3O36A 5FE4A 2YHNA 3GL6A 3P1EA 3ZNIA 5D3JA 4S3OB 4AP4A 3MUKA 4QR3A 2KU3A 5KH7A 2KREA 1VYXA 4J3IA 5D1MB 4J1PA 5HJCA 5F36A 5KU3A 2LGLA 3PHDA 2ZETC 2MD8C 2YELA 5E9KA 4BHWA 5E73A 2F42A 2VPEA 4CUQA 2FSAA 4QY4A 4WHUA 3O7AA 3LRQA 5II1A 2N9GA 5B79A 5I7XA 2DVQA 5B76A 4PCIA 2G4AA 2CKLB 1N87A 2G43A 4WA6A 2VP7A 5A7CA 2L0BA 5TRBA 1JM4B 5CUGA 2KWOA 4ZC9A 4NR5A 5FG4A 5LVQA 2M6MA 1LDJB 2RI7A 5CQ3A 3SOWA 3O34A 4QC1A 5FB0A 2YSJA 5D1KB 3RPGB 5IBNA 4A9MA 4YYGA 4X3GA 4AYCB 4A49A 5HRXA 4KV4A 2YYRA 3U5LA 3N9PA 1T1HA 4L58A 2YEKA 4YABA 5KTXA 5DFDA 4LZSA 4O70A 4O74A 3LXJA 3G0JA 4UIUA 5F3AA 1F62A 1WEEA 5FG6A 1F68A 4GNFA 5LKXA 3FKMX 4YY6A 5LJ1A 2YQMA 4LJNA 4IC2A 5DYUA 2L84A 4MR3A 5HEMA 2CKLA 5FE8A 5EM3A 4FJCA 2LGKA 5EV9A 4O78A 1U6GB 4QUTA 4LZRA 5LUUA 2K17A 4I7BA 5C85A 5A5PA 4AYCA 5LKTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5D3RA 4Y03A 4QUUA 2CSYA 1WEMA 2KFTA 5LJ2A 5JI8A 3KV5A 4NYWA 5D3LA 3UVWA 4I7CA 3MHHA 3UVDA 5F63A 4A9JA 5A5RA 2OXQC 4AUQB 4MR5A 4QC3A 5D1LB 3MQMA 4QEWA 2ECWA 5FE5A 5DBMA 4IR4A 4QYLA 4Z93A 1HYIA 2EGPA 4A9NA 4O7CA 3GV4A 1N72A 3KV6A 4MEPA 3L1XA 4S3OC 5CRZA 1JSPB 3P1FA 4QSRA 4R2YA 3RTRB 4MENA 4Z6HA 5FH8A 2KWJA 3AQAA 3E2DA 2XP0A 5A81A 3PURA 2QICA 5CUEA 4NYXA 2I50A 3MXFA 5FFVA 5EPRA 4WZ2A 2FFWA 4LZ2A 4OGJA 4LDFA 2YREA 2H0DB 2KE1A 5G04B 1FBVA 5K3QA 4FK5A 2I7KA 5H85A 4IC3A 3LQIA 3JVJA 5D25A 5EA1A 1X0JA 4YYJA 1WEPA 2C2VS 5I7YA 5EWHA 4XY9A 3MB4A 4O72A 4UIZA 2JM3A 1ZKRA 4ALGA 4XUAA 2RNXA 5CUDA 5DY7A 4GNDA 3ZVZB 2EJNA 2LXPC 5FEYA 4LR6A 2JRJA 4OGIA 5CP5A 4MEOA 4CL9A 5DW1A 4CCGX 2CT2A 5I40A 5FE1A 3MHSA 2YQDA 3RPGC 5ETDA 5DINA 5JG6A 1G25A 4YATA 4BJXA 4PS5A 4F3IA 4HXOA 5DFCA 3TLPA 2MA5A 2MNZA 4V3LC 4I7DA 3JVMA 4QYDA 5L8UA 2HDPA 4YBMA 5FH7A 2DATA 2NAAA 5A82A 4ZW1A 4KV1A 4FLPA 3QZTA 5CQ7A 5LCWB 1IYMA 5HFQA 2L5EA 5EGUA 4V3KC 2H0DA 5KO4A 4AVXA 4A9IA 5HENA 5HQ6A 2VPGA 5IGKA 4X2IA 5HELA 2HYED 2Y1MA 3KQIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4YC9A

Total Genus

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Chain Sequence

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