5FB1 | Genus

Total Genus 57

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	57
sequence length	178
structure length	174
Chain Sequence	SDPCPENSNICEVCNKWGRLFCCDTCPRSFHEHCHIPSVEANKNPWSCIFCRIKTIQERCPESQSGHQESEVLMRQMLPEEQLKCEFLLLKVYCDSKSCFFASEPYGPQKPMWLNKVKTSLNEQTYTRVEGFVQDMRLIFHNHKEFYREDKFTRLGIQVQDIFEKNFRNIFAIQ

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__736144396025445__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__736144396025445__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5FB1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__736144396025445__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"736144396025445","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5FB1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__736144396025445__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transcription/structural protein
source organism	Homo sapiens
publication title	Multifaceted Histone H3 Methylation and Phosphorylation Readout by the Plant Homeodomain Finger of Human Nuclear Antigen Sp100C pubmed doi rcsb
molecule keywords	Nuclear autoantigen Sp-100
total genus	57
structure length	174
sequence length	178
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-12-13

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.920.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Histone Acetyltransferase; Chain A	Bromodomain-like	5fb1A02
3.30.40.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Herpes Virus-1	Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)	5fb1A01

1WEWA 5TABA 2E3KA 4ZQLA 4QF2A 5JI8A 5EA1A 2KR4A 3MUKA 3DQVR 4NRCA 5FE2A 1X4JA 3RPGC 4QYDA 4CURA 5IGMA 2DVRA 2CKLA 1LDJB 2E7OA 3JVKA 5C13A 5FFVA 3PUQA 3ZNIA 3MQMA 5DKAA 4X3GA 5A83A 4OGJA 2UZGA 2CSZA 1WENA 4MVTA 4R8PK 2L5EA 3O33A 5A5QA 5FE5A 1CHCA 3I2DA 4GB0A 1WIMA 2MUMA 3IHPA 1WGMA 4XY8A 4CUPA 5COIA 1WILA 4LYIA 2YYRA 4A9MA 1WFKA 3C6WA 4Z1SA 4QZSA 4FJCA 5I40A 3K2JA 1LDKC 4UI9B 5TBNA 4IOOA 5FG6A 5HRXA 2XEUA 4YABA 5L96A 4IC2A 5F25A 5TDWA 5EM3A 2KGGA 4QR5A 4CFLA 5E73A 5FEYA 5IGNA 4A9KA 4UYDA 4HXMA 4QSQA 5L8TA 1BORA 1WEQA 5CUCA 2FUUA 4QUTA 2Y43A 3PURA 5DYCA 5TCMA 5HFQA 4NRBA 4J1PA 5C89A 4QSSA 5D3RA 4MR3A 4XY9A 4WZ2A 4PS5A 2M6MA 5J0DA 2K16A 3ONIA 2JMDA 3P5OA 5E9LA 5AIUA 4LR6A 3U5OA 1F62A 2OUOA 5L98A 1MM3A 5CUAA 3GG3A 3HTKC 5E3DA 4QEUA 4QNSA 2YELA 4CL9A 5AD3A 4QC1A 5L99A 4PPEA 2EODA 2OXQC 3M63A 4HXPA 4FLPA 1F68A 5HJCA 2MIQA 4UP5A 4A0CD 2YHNA 5CUBA 2AN6A 4YYKA 5F61A 4A9EA 5CUEA 3SVFA 3I3JA 3IU6A 4YYHA 4O76A 4IORA 5KH7A 5D0CA 4BBQA 4A4BA 5HELA 2K4DA 5F5ZA 5C85A 2LXPC 2YQLA 3ZVYA 5DKDA 4WA6A 4A9FA 4UYEA 3U5KA 4LK9A 4WZ0A 3RPGB 5I1QA 5FE4A 5FFWA 4YBMA 5A7CA 4Z93A 2YW8A 2NAAA 2ECJA 2CKLB 4LZRA 3GV4A 3NXBA 2F6NA 5CTLA 5II1A 3C5KA 5B75A 1MM2A 5KO4A 2YSJA 4WZ3B 2LGKA 4LYWA 4YYNA 1ZBDB 4TTEA 4TZ8A 5E3GA 4AYCA 1JSPB 1WEUA 5C8GA 5A5PA 3MHSA 1E4UA 5G05B 2MNYA 5E7DA 4O72A 1WESA 4YBTA 4XUAA 4XUBA 1JOCA 4N4GA 1FP0A 3FL2A 4I7CA 4S3OC 1E6IA 4Z1QA 3MB4A 4IC3A 2KWKA 4HBYA 4GNDA 2E7NA 4MR5A 3ZYUA 2XB1A 5TRBA 3ZVZB 4YH3A 3LQJA 3ZTGA 2DVQA 5DX4A 2YEKA 2F6JA 4PY6A 5AMEA 5FG5A 4ZC9A 4NYWA 3U5NA 5CQTA 1Z60A 3NG2A 3N9OA 2E6SA 2JRJA 5D24A 5LCWB 4W4UA 4LZ2A 3P1FA 3N9NA 4MR4A 4UIWA 2KGIA 5IIDA 4TU4A 5FE7A 4GNEA 4YYDA 3UV2A 2YYNA 4UIYA 3SHBA 5L8UA 4HBVA 4NUEA 1Z2QA 4L58A 5HFRA 5I29A 4XI1A 5AITA 3ZPV1 2YQMA 1WEEA 2KREA 5E9KA 3D7CA 4X2IA 5DYUA 4DONA 4GNGA 5F1LA 2RNWA 1K2FA 5CQ3A 4A49A 3AQAA 4NQNA 4YBSA 5I89A 4CUQA 2L75A 2LGGA 4NUDA 4AUQB 4KV1A 5II2A 3VK6A 5D3HA 5ENEA 5F2PA 5KTWA 5BT4A 3UV5A 2M1RA 4CUTA 1G25A 3FKMX 5G04B 2L0BA 4HXOA 4ALHA 1VD4A 5ENIA 2NXBA 1XWHA 2WP1A 2G43A 3HMHA 4CUSA 4LLBA 4NR7A 5ENGA 4QB3A 2LN0A 5EWHA 2KFTA 5CQ8A 5G4RA 3UW9A 2IDAA 2QICA 3SVGA 2R10A 4WIVA 4TU6A 3EB5A 3LQHA 2ECNA 5E9MA 4TT2A 5EPRA 5BT3A 5G0FA 4KV4A 4O78A 4BW3A 4QR3A 3MULA 5D3LA 4MENA 4NR6A 5A81A 3UVYA 5EWVA 4A9NA 2PNXA 4O7AA 5HENA 3ZPVE 4PCEA 5TB6A 5IG6A 5LJ0A 2LDRA 2RSDA 4UP0A 4AYCB 4TKPB 4O74A 2QIZA 2JMIA 2LRIC 5EWCA 2YURA 5CRZA 2RS9B 4IR6A 4OGIA 4S3OB 3P1EA 4CLBA 4AVXA 1N87A 3MHHA 4YYGA 3DAIA 4A9IA 5CQ7A 1DVPA 2N9GA 5DFBA 4A9JA 2MD7B 2EGPA 4O77A 3O70A 4QEVA 5DW2A 3S92A 5KU3A 3M62A 5EWWA 5DLXA 5CPEA 5J3XA 2DWWA 2YEMA 2LQ6A 2R0SA 4O70A 5LJ1A 2H0DA 3O35A 5DINA 4O71A 1WEVA 4F3IA 4HBWA 5K29A 5A5SA 4HXLA 3G0JA 3O37A 2KIZA 4UIXA 2ECVA 3L1XA 3L11A 4MEQA 5D1LB 2D9EA 4Z6IA 4I7BA 5B76A 5CQ5A 4Q0NA 2L84A 2MNZA 4C67A 5LKXA 2YREA 5B77A 3M99A 2DX8A 5C4QA 3IU5A 4YH4A 4QYLA 5CGPA 4NQMA 2CSYA 4UYHA 4CFKA 3LRQA 3N9QA 5LKZA 5H1VA 5H9MA 5A5RA 2VJEB 5H85A 1ZS5A 5FBXA 4AKNA 2D82A 2I7KA 3SVHA 4NUCA 1WUMA 5DBMA 5DW1A 5FE9A 5F36A 2M3HA 3KQIA 2VPEA 4FK5A 4HXKA 4B86C 5FH7A 5EPBA 2VNFA 5DLZA 4TZ2A 5I3LA 5ENBA 2MA5A 4BW1A 2FUIA 5DYXA 5CQ6A 5FH8A 5D3NA 1X4IA 4QSXA 5I7XA 3Q2FA 4C9ZA 1X4UA 2ECTA 4FIPA 5KHMA 5ETBA 2MT5A 4J3IA 4CA1A 5ENJA 2FSAA 3P1CA 3KV6A 4MSXA 3T7LA 4N4FA 5BT5A 5C87A 2KWNA 4UIZA 2K17A 4MEOA 4GPJA 3S91A 3O7AA 5FH6A 4QSVA 4UITA 5EVAA 3MXFA 1V87A 2BAYA 4QSPA 5I86A 1U6GB 5HQ5A 2K1JA 1IYMA 3LQIA 4YYIA 4NR9A 5CFWA 4O7EA 5B78A 5G4SA 1WUGA 4PTBA 3UVDA 2MJVB 5DKHA 2I50A 1WE9A 1EQFA 5EU1A 4QSWA 5I80A 3EB6A 4L7XA 5EP7A 2ECIA 3JVMA 5F60A 5IBNA 1RMDA 4QSRA 3UV4A 4WHUA 2VJEA 5C11A 4ZDTA 2YQDA 4PKLA 4LKAA 4NR4A 5CZGA 5E9YA 2F42A 5F62A 3PHDA 4KCXA 2VPDA 1JM7A 2H0DB 4R7EA 5D1MB 5FE1A 2DVVA 3JVLA 2G6QA 2YSMA 4QBMA 5FE6A 5LVQA 5TDRA 4Q0OA 4Y03A 5B79A 4MR6A 4LC2A 4V3KC 2EA6A 3LXJA 3HMFA 2OO1A 4QEWA 5FE0A 2E6RA 1HYIA 5FE8A 2R0VA 4QY4A 5CS8A 5CRMA 2OSSA 4LRGA 3G0LA 4TQNA 2M85A 5LVRA 5HRWA 5IGLA 4LDFA 4NR5A 5EQ1A 2MD8C 3QZVA 5DY7A 5HM0A 3U5PA 5AD2A 2KYUA 4R2YA 3DPLR 2ECWA 3L1ZB 2C2VS 4BHWA 2KWJA 4NRAA 5FERA 4LYSA 5E9IA 3LJWA 4RVRA 4UYFB 4IR3A 4LJNA 3P1DA 4IOQA 4YK0A 5HCLA 3QZSA 4A9OA 4GNFA 5D3PA 3UVWA 5LKTA 2DKWA 2LV9A 5I83A 3UVXA 5CUDA 5EPSA 2KTBB 4Z6HA 5ENHA 1FBVA 4ALGA 5EISA 4NN2A 4N4IA 5HEMA 3N9MA 3MB3A 5F63A 4ZUXU 4IR5A 2YW5A 5D3JA 4IR4A 5EWDA 2VJFB 4A4CA 3SOUA 2G4AA 5CU8A 5HRVA 4ZW1A 2YU4A 5ENCA 3JVJA 2ECGA 3U5MA 5EYAF 2LSPB 5A82A 5ACYA 2VPBA 5DYAA 3RCWA 1T1HA 5FB0A 5DFDA 2L5UA 4FO9A 5CY9A 5D25A 4AP4A 4YYMA 1WEMA 4YYJA 3QZTA 4N3WA 2DVSA 3T6RA 2PUYA 4WHWA 1N72A 2VPGA 5F1HA 4OUFA 4HXRA 2YUCA 2L80A 5IGKA 3ASLA 3SOXA 5HQ6A 3GL6A 5EI4A 3HCSA 2RFJA 4YADA 2HDPA 3SOWA 5FFYA 4HXSA 2R0YA 4J0SA 4XYAA 1WEPA 2CT2A 3HMEA 5EICA 2L85A 4NR8A 4I7DA 4J0RA 5A5NA 4YY4A 4UIVA 3HCUA 2GRCA 5LUUA 5KH9A 1JM7B 5JG6A 3AADA 4TS8A 1JM4B 5FE3A 4UYFA 4HBXA 3KV5A 5LJ2A 5ETDA 3U5JA 5ENFA 5D26A 4P5OB 2G45A 3ZYQA 5B8DA 3O34A 5KTUA 2YT5A 4BW4A 4NYVA 4C66A 5C7NA 2KE1A 3KNVA 4O7BA 4A9HA 3TLPA 4N4HA 3U5LA 5I88A 4NXJA 2WP2A 5HLSA 4PCIA 2KU3A 4QSUA 2MA6A 5D3SA 3HCTA 5E74A 4B7YC 5KTXA 5DKCA 5LKUA 5H1TA 2RNYA 5FDZA 4O64A 5D7XA 4O75A 2VJFA 4A9LA 2RI7A 4UIUA 2JMJA 4E96A 2YDWA 4O7CA 1HYJA 4YC9A 5FG4A 2YHOA 4LADB 5E0RA 5H1UA 2H60A 4QSTA 5EGUA 4BW2A 2RO1A 4QC3A 4LZSA 4TYLA 5EV9A 5A5OA 4V3LC 2C2LA 4CCGX 5DFCA 5L97A 4NS5A 4UYGA 5FB1A 5HQ7A 5CQAA 2DATA 5CQ4A 2RNXA 4O7FA 4QR4A 5AMFA 5F3AA 2LGLA 4YAXA 5CP5A 3V43A 5EK9A 3N9LA 4Q6FA 1X0JA 1Z6UA 4QF3A 2ZETC 2VP7A 1WEOA 5D1KB 2D8SA 5CUGA 2KWOA 3Q2EA 2LXHC 2Y1NA 5A85A 2Y1MA 2I8NA 5I7YA 4F52B 4MEPA 4YY6A 5D3TA 5E9VA 2LGVA 3RTRB 2HYED 2L43A 4HXNA 4QUUA 4CUUA 1VFYA 4YATA 3O36A 4TT6A 3DWYA 1VYXA 4NYXA 4TT4A 5KH3A 5JWMA 3N9PA 4BJXA 2QJ0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1WEWA 5TABA 2E3KA 4ZQLA 4QF2A 5JI8A 5EA1A 2KR4A 3MUKA 2DJAA 3DQVR 4NRCA 5FE2A 1X4JA 3RPGC 4QYDA 4CURA 5IGMA 2DVRA 2CKLA 1LDJB 2E7OA 3JVKA 3FM8C 5C13A 5FFVA 3PUQA 3ZNIA 3MQMA 5DKAA 4X3GA 5A83A 4OGJA 2UZGA 2CSZA 1WENA 4MVTA 4R8PK 2L5EA 3O33A 5A5QA 5FE5A 1CHCA 3I2DA 4GB0A 1WIMA 2MUMA 3IHPA 1WGMA 4XY8A 4CUPA 5COIA 1WILA 4LYIA 2YYRA 4A9MA 1WFKA 3C6WA 4Z1SA 4QZSA 3LDYA 4FJCA 5I40A 3K2JA 1LDKC 4UI9B 5TBNA 2B0OE 4IOOA 5FG6A 5HRXA 2XEUA 4YABA 5L96A 3H7HA 4IC2A 5F25A 5TDWA 5EM3A 3KDEC 2KGGA 4QR5A 4CFLA 5E73A 5FEYA 5IGNA 4A9KA 4UYDA 4HXMA 4QSQA 5L8TA 1BORA 1WEQA 5CUCA 2FUUA 4QUTA 2Y43A 3PURA 5DYCA 5TCMA 5HFQA 4NRBA 4J1PA 5C89A 4QSSA 5D3RA 4MR3A 4XY9A 4WZ2A 4PS5A 2M6MA 2YVRA 5J0DA 2K16A 3ONIA 2JMDA 3P5OA 5E9LA 5AIUA 4LR6A 3U5OA 1F62A 2OUOA 5L98A 1MM3A 5CUAA 3GG3A 3HTKC 5E3DA 4QEUA 4QNSA 2YELA 2XP0A 4CL9A 5AD3A 4QC1A 5L99A 4PPEA 4QQ4A 2EODA 2OXQC 3M63A 4HXPA 4FLPA 1F68A 5HJCA 3FAOA 2MIQA 4UP5A 4A0CD 2YHNA 3FJUB 5CUBA 1PUOA 2AN6A 4YYKA 5F61A 4A9EA 5CUEA 3SVFA 3I3JA 3IU6A 4YYHA 4O76A 4IORA 5KH7A 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5ENEA 5F2PA 5KTWA 5BT4A 3UV5A 2M1RA 4CUTA 1G25A 3FKMX 5G04B 2L0BA 4HXOA 4ALHA 1VD4A 5ENIA 2NXBA 1XWHA 2WP1A 2G43A 3HMHA 4CUSA 4LLBA 4NR7A 5ENGA 4QB3A 2LN0A 3ERRA 5EWHA 2KFTA 5CQ8A 5G4RA 3UW9A 2IDAA 2QICA 3SVGA 2R10A 4WIVA 4TU6A 3EB5A 3LQHA 2ECNA 5E9MA 4TT2A 5EPRA 5BT3A 5G0FA 4KV4A 4O78A 4BW3A 1DCQA 4QR3A 3MULA 5D3LA 4MENA 4NR6A 5A81A 3UVYA 5EWVA 4A9NA 2PNXA 4O7AA 5HENA 2EGMA 4PCEA 3ZPVE 3O47A 5TB6A 5IG6A 5LJ0A 2LDRA 2RSDA 4UP0A 2EXUA 4AYCB 4TKPB 4O74A 2QIZA 2JMIA 2LRIC 5EWCA 2YURA 4Z0OA 5CRZA 2RS9B 4IR6A 4OGIA 4S3OB 3P1EA 4CLBA 2CONA 4AVXA 1N87A 3MHHA 4YYGA 3DAIA 4A9IA 5CQ7A 1DVPA 2N9GA 5DFBA 4A9JA 2E61A 2EGPA 4O77A 2MD7B 4QEVA 3O70A 5DW2A 3S92A 5KU3A 3M62A 5EWWA 5DLXA 5CPEA 3DDTA 5J3XA 2DWWA 2YEMA 2LQ6A 2R0SA 4O70A 5LJ1A 2H0DA 3O35A 5DINA 4O71A 1WEVA 4F3IA 4HBWA 5K29A 5A5SA 4HXLA 3G0JA 3O37A 2KIZA 4UIXA 2ECVA 3L1XA 3L11A 4MEQA 5D1LB 2D9EA 4Z6IA 4I7BA 5B76A 5CQ5A 4Q0NA 2L84A 2MNZA 4C67A 5LKXA 2YREA 5B77A 3M99A 2DX8A 5C4QA 3IU5A 4YH4A 4QYLA 5CGPA 4NQMA 2CSYA 4UYHA 4CFKA 3LRQA 3N9QA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5FB1A

Total Genus

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