The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
235
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sequence length |
801
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structure length |
656
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Chain Sequence |
QQFINNLQVAFIKVDNVVASFDPDQKPIVDKNDRDNRQAFDGISQLREEYSNKAIKNPTKKNQYFSDFIDKSNDLINKDNLIDVESSTKSFQKFGDQRYQIFTSWVSMQKDPSKINTRSIRNFMENIIQPPIPDDKEKAEFLKSAKQSFAGIIIGNQIRTDQKFMGVFDESLKERQEAEKNGGPTGGDWLDIFLSFIFALSSVLMGSHNGIEKVSLLYAGNGGFGDKHDWNATVGYKNVATLINVHMKNGSGLVIAGGEKGINNPSFYLYKEDQLTGSQRALSQEEIRNKVDFMEFLAQNNTKLDNLSEKEKEKFQNEIEDFQKDSKAYLDALGNDRIAFVSKKDTKHSALITEFNNGDLSYTLKDYNVTLQGSLKHDGVMFVDYSFNKVAVFNLPDLNNLAITSFVRRNLENKLTAKGLSLQEANKLIKDFLSSNKELAGKALNFNKAVAEAKSTGNYDEVKKAQKDLEKSLRKREHLEKEVEKKLESKSNKMEAKAQANSQKDEIFALINKEANRDARAIAYTQNLKGIKRELSDKLEKISKDLKDFSKSFDEFKEETLKALKGSVKDLGINPEWISKVENLNAALNEFKNFSKVTQAKSDLENSVKDVIINQKVTDKVDNLNQAVSVAKAMGDFSRVEQVLADLKNFSKEQLA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Tertiary Structure-Function Analysis Reveals the Pathogenic Signaling Potentiation Mechanism of Helicobacter pylori Oncogenic Effector CagA
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
|
| molecule tags |
Oncoprotein
|
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| total genus |
235
|
| structure length |
656
|
| sequence length |
801
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor; domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DVY P; 4DVZ A; 4IRV A; 4G0H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M63 A; 2UXI A; 1OXB A; 5K7F A; 4BJ6 C; 2XLH A; 5FCL A; 2P6V A; 3K6B A; 4AUX A; 1T9K A; 5KYX A; 1JAF A; 2HYT A; 4QI2 A; 4D4N A; 3RF3 A; 3CJD A; 3QMK A; 3NRG A; 3COL A; 4OIR F; 4QI0 A; 1VOM A; 3B0U X; 3GAN A; 3MX3 A; 1FFT C; 4MVZ A; 1Z3I X; 3K66 A; 4KNV A; 3KMI A; 4RD9 A; 2GEN A; 2HKU A; 4MND A; 3TJ6 A; 2A2F X; 3SEO A; 2YLI A; 3O60 A; 1VB5 A; 3NKD A; 4B1R A; 4DRH B; 2P61 A; 1LI7 A; 4JW1 A; 1T56 A; 2R7U A; 2UXO A; 4FAP B; 3HNK A; 3LSJ A; 2XS8 A; 1ZHX A; 1ZKG A; 4PFP A; 2XLE A; 3CEX A; 3VW0 A; 3VF0 A; 2GDC A; 1C17 M; 2G0E A; 1TKN A; 4B3A A; 2W4B A; 5A6J A; 4X0R A; 4JRZ A; 4EBB A; 2NSF A; 2HKV A; 3AQS A; 2XRH A; 3M4C A; 2WB7 A; 1HE1 A; 4ER9 A; 4D5F A; 4MVQ A; 1RPW A; 5CW8 A; 2BC5 A; 5COM A; 4O6N A; 4I6Z A; 1NFO A; 2LSE A; 2R25 A; 4XEV A; 3PM1 A; 1D1B A; 2EH3 A; 3C62 A; 4FES A; 5DS6 A; 2V57 A; 4G7Z F; 2R7X A; 1BBH A; 3NNR A; 3N0T A; 1VYK A; 4AX2 A; 3BR1 A; 4CSA A; 1V4A A; 4YL1 A; 2GFN A; 4EBK A; 1VLS A; 2LP4 A; 3BTC A; 5JSL A; 5L0F A; 2CW0 F; 3BR5 A; 5A6B D; 5BQH A; 3T6J A; 4DJ9 A; 3US6 A; 2XXA B; 1FAP B; 2GWW A; 5D18 A; 1ZHW A; 5E3A A; 4AC6 A; 4AE4 A; 4UDV A; 3O55 A; 2TRT A; 3DPJ A; 1OCZ C; 3FHD A; 5FGL A; 1M2V B; 3Q6N A; 2Y3G A; 3KPH A; 1HMO A; 2HV6 A; 3V7O A; 4C3D A; 3SNH A; 3KNW A; 3KZ9 A; 3Q0V A; 3HE0 A; 3NRH A; 1G4U S; 4MTF A; 2CNW D; 4YZE A; 4E0I A; 5B1B C; 4QDL A; 1T6Q A; 2QE9 A; 1E84 A; 3NPI A; 5B3S C; 1ZYR F; 4GCT A; 5T3W A; 1OR2 A; 2ZXR A; 3WG7 C; 3K1I A; 3MNL A; 3ZDL A; 4W1U A; 5CI9 A; 4YK5 A; 3S28 A; 2IBF A; 2R7W A; 4CS7 A; 1QVT A; 2C04 A; 3DJU B; 5CI8 A; 3Q3S A; 3B71 A; 4LDK A; 3SXY A; 3UMK A; 3DD7 A; 2A68 F; 3NMI A; 4G12 A; 3G7R A; 3QW1 A; 1SYQ A; 2MWQ A; 2X51 A; 1A7E A; 3Q0W A; 4DRI B; 4F4B A; 4PJL A; 4PJM A; 4UDS A; 2VAS A; 3LHQ A; 2PFD A; 2EPO A; 2FFH A; 1E2X A; 1JRA A; 3RVY A; 3ZIB A; 2FGY A; 4BJ6 A; 3A9C A; 3FXH A; 5COF A; 1YYJ A; 3AG4 C; 2YL1 A; 3PMR A; 2NG1 A; 3VM6 A; 4M3B A; 2DB4 A; 1JT0 A; 1FMW A; 3SZR A; 5F0H A; 4DXW A; 3JRT A; 5AC5 A; 1TR2 A; 1T33 A; 2Y31 A; 4IAR A; 2KK1 A; 3EFO B; 4GCK A; 3GM1 A; 4NN1 A; 4Q5S F; 5J1Y A; 3G50 A; 4PR9 A; 1HMD A; 2R02 A; 5L0H A; 2KSF A; 3U9J A; 4G0H A; 3M79 A; 3ANP A; 1K40 A; 3A11 A; 3HNI A; 1QPU A; 2PBX A; 1YJG A; 4O6Y A; 1RMV A; 1ZW3 A; 1TQG A; 3FIW A; 2HS5 A; 3DJN B; 3NG1 A; 1ORY A; 2NUT B; 3QVZ A; 1R5I D; 1MND A; 1FNT c; 2TMV P; 3G1L A; 1RKE A; 4ULW A; 2V3C C; 2XLM A; 2XXA A; 3DAG A; 3ASN C; 1APC A; 2GAQ A; 3ABL C; 5JS5 A; 2B0J A; 3NYJ A; 2OI8 A; 1IW7 F; 1EKY A; 2ZOZ A; 3G1M A; 3QKX A; 4DVZ A; 2DG7 A; 2RHA A; 3POV A; 2OQM A; 5GPA A; 1YVI A; 1EI7 A; 3HLZ A; 1IZM A; 3C18 A; 4GEH A; 1ZHZ A; 5L0D A; 2HV7 A; 3VPR A; 1H9G A; 5FZT A; 2QWT A; 3T6B A; 2GFH A; 3VYW A; 3BR0 A; 1KTM A; 2DI3 A; 3L8J A; 1WTY A; 5L0C A; 1EA8 A; 1I4Y A; 1H6G A; 3ZQG A; 3NXC A; 4D7N A; 2KYH A; 2ZXW C; 4J7Y A; 2J9B A; 1OR3 A; 4PXI A; 3SDG A; 4JEB A; 2FD5 A; 1XZQ A; 1I5N A; 2J8W A; 4DOZ A; 4O6M A; 2LD6 A; 3Q6M A; 4I44 A; 3C8G D; 2AP3 A; 2QNL A; 2XGC A; 1C02 A; 4HEA J; 2G7G A; 1D1A A; 4WGZ A; 1LS4 A; 4PFO A; 3QZC A; 4U5B E; 1Z5Z A; 3PAS A; 3DZA A; 3E9V A; 4ABZ A; 1SGM A; 3EH2 A; 2O7T A; 5AC4 A; 5HSZ A; 1JPN A; 1SF8 A; 3GM2 A; 4E7S A; 3I5Q A; 3X1O A; 4GFL A; 3VW1 A; 4M3E A; 4MK6 A; 1QLE C; 3VW2 A; 1VLT A; 2DYS C; 2YVE A; 3GWN A; 5A6B A; 2WVN A; 5E2Q A; 2WZF A; 2XLW A; 4NEL A; 1NU7 D; 4EHP A; 3L1M A; 5FKN A; 3W2V A; 3EFO A; 3PDM P; 4XTK A; 3ITF A; 3HTH A; 2J7P D; 4NCQ A; 3EJN A; 3JZ0 A; 3BHQ A; 2ID3 A; 5EK0 A; 4P9T A; 2Y3H A; 4U5E E; 3ZC4 A; 1OXK A; 256B A; 4HKU A; 2NP3 A; 4U9E A; 4MXM A; 2PBE A; 3HGG A; 3TQO A; 3K1H A; 3O39 A; 3MBG A; 2Q9B A; 2KC3 A; 3NKE A; 4U5G A; 2NUT A; 2IXM A; 1TWC A; 3RIP A; 3LUT B; 2Y39 A; 3SXM A; 4MVO A; 5JUA A; 5GPC A; 3K1I C; 4CS8 C; 3V5Z A; 5CXI A; 4IRV A; 3PPB A; 2R7V A; 2A1D D; 3ZTZ A; 3CAX A; 1AVO B; 4G78 A; 5EZH A; 1JPJ A; 4IAO A; 1Q0D A; 2ETS A; 3J06 A; 3H2V A; 1JUM A; 3JYH A; 1GM5 A; 3M15 A; 1J8M F; 2NUP A; 3TP3 A; 2REK A; 2EIM C; 3T6N A; 3VTI A; 4AE4 B; 2XPW A; 4LDR A; 4JEA A; 2R7T A; 3O8H A; 3RVZ A; 3S27 A; 3P9T A; 3JSE O; 5A6K A; 4CIP A; 1DOV A; 2F22 A; 2ZPA A; 2YVK A; 2I10 A; 2PZ9 A; 2RAS A; 3N24 A; 5L3Q A; 3BCG A; 2NSG A; 2XS1 A; 4E0H A; 5DS4 A; 2TCT A; 3B29 A; 2OPT A; 2Y2Z A; 3EPV A; 2FBQ A; 1G4W R; 4Q4Z F; 1QSP A; 2QTQ A; 2EPL X; 3TD7 A; 3GEU A; 3H2U A; 4L6R A; 4NQF A; 3TUL A; 4ANJ A; 4E7Z A; 3U8P A; 3SXZ A; 3HTK C; 5EFY A; 4LAC B; 3W4Y A; 4DVY P; 4E17 A; 3C63 A; 5C4Y A; 4MS2 A; 3C8Z A; 1AEP A; 3O8G A; 3ECS A; 4YWQ A; 4RBN A; 1OCR C; 5K58 A; 4CJO A; 2L6H A; 4KC9 A; 4LDQ A; 4YL0 A; 2YLD A; 2FX0 A; 5DLJ A; 2HQ5 A; 5FKM A; 2KJG A; 2EIN C; 3W8I A; 1JT6 A; 4W8K A; 3C07 A; 4I1O B; 3HIM A; 5D1R A; 3M1C B; 3IPM O; 2GA0 A; 2ZCN A; 3IH2 A; 2CDQ A; 2OEX A; 1QVU A; 2GUH A; 4ONS A; 4XEK A; 4XPX A; 2D6Y A; 1O87 A; 2H7V C; 2XSE A; 3VRC A; 5DQZ A; 4MVM A; 2Q7R A; 2OER A; 4ZLD A; 1JOG A; 5IOZ A; 5GP9 A; 5FKO A; 3IQT A; 1YZA A; 2R7Q A; 2OG2 A; 3LAY A; 4OD5 A; 1RKT A; 2KQ9 A; 1ZZP A; 1F1M A; 5BUO A; 2I8B A; 4JVS A; 2Y3B A; 3HTI A; 4XPW A; 2R03 A; 3DE9 A; 1CPR A; 3KYL A; 3LNM B; 1LPE A; 1LE2 A; 3RW0 A; 5B3I A; 3SWH A; 1WOL A; 5IPA A; 3LOC A; 3U5S A; 2AWC A; 2MHR A; 3B0P A; 2XRL A; 3DWW A; 4M3G A; 5L0G A; 3JRM O; 5A69 A; 4DBQ A; 1E85 A; 3GM3 A; 4ICH A; 2PFV A; 2EPN A; 1RKE B; 4MVS A; 4E18 A; 1JR8 A; 3MYI A; 4XWJ A; 2P7V A; 3TK0 A; 2QOP A; 3QPS A; 2O9X A; 4RDA A; 2EIL C; 2UUH A; 3BR6 A; 4JTD B; 2P1A A; 2MYS A; 2HMQ A; 3LS1 A; 4CS9 C; 4JJG A; 3DI5 A; 3ZQL A; 3ZQI A; 2G62 A; 3LJL A; 3R2P A; 1Z6A A; 2WL8 A; 4U5C E; 2YRF A; 3N2Z B; 2IXO A; 4AK9 A; 5K0I A; 4Q7C A; 4GCL A; 2DGJ A; 1UG7 A; 3S84 A; 1G8X A; 3QQA A; 1A7D A; 3IQ6 A; 3LEV A; 3HTJ A; 3MVP A; 4C7O A; 4CS8 A; 2R7S A; 1O5H A; 1I4Z A; 3BR3 A; 5D92 A; 3F46 A; 2R9R B; 2VKV A; 3WHB A; 4JCZ A; 3EGD A; 3JCU Q; 1PCX A; 2Y3D A; 1ZW2 A; 3W2W A; 2FJI 1; 3WAQ A; 2M4E A; 3E7Q A; 3EZH A; 3CWR A; 1CGN A; 2YLG A; 3JT1 A; 4I76 A; 2XB5 A; 4JYK A; 2RSE B; 1V74 B; 3NMK A; 2IYL D; 1RCP A; 3B6A A; 1UI6 A; 2ICW G; 5HAW A; 3ZQH A; 4XPY A; 1JTX A; 2J9V A; 3IQC A; 1L7C A; 4O79 A; 2ZCX A; 1T5O A; 5JLI A; 3TP0 A; 5DQT A; 3RD3 A; 3C7J A; 4W97 A; 4P9F A; 1H9T A; 2D5R B; 1OQC A; 2LFD A; 3JTL O; 1Z77 A; 1LE4 A; 2DYR C; 4LER A; 4XLN F; 1OW7 A; 1WAT A; 3F1B A; 2VCC A; 3IH4 A; 2G7S A; 5F08 A; 2JPU A; 3Q0U A; 2R05 A; 2W53 A; 5KYY A; 4H4K C; 3AOU A; 1ZHY A; 3FOO A; 1Q0K A; 3HNL A; 2J0X A; 5FMP A; 3OEO A; 4LLE A; 2UUI A; 3BTI A; 1GQA A; 4C2M A; 1AUE A; 3VOK A; 3ZVR A; 2A69 F; 2Q9C A; 4BPM A; 4WIB A; 5JP7 A; 3VAY A; 1HW2 A; 4EIY A; 1E86 A; 2ID6 A; 4JZA A; 4ULV A; 4AF5 A; 5K7H A; 5KYU B; 3RQE A; 5EHH A; 3U0C A; 4YT8 A; 4EKW A; 2ZD9 A; 2YL7 A; 4C3B A; 3R7C A; 2WVQ A; 2ASR A; 3DE8 A; 5BQG A; 4XQ1 A; 2NUP B; 1LS1 A; 2WZG A; 5KYN A; 1PV3 A; 1S05 A; 2A0U A; 4XLP F; 1D1C A; 4I3M A; 3RQG A; 1RKC A; 1A7V A; 3AG3 C; 3V5X A; 3M4B A; 3S29 A; 2XL4 A; 2HMZ A; 2PP4 A; 4OIN F; 3ABK C; 2YQY A; 2VB6 A; 3AJM A; 4ACI A; 4BG0 A; 2QY9 A; 2NS8 A; 4MO7 A; 2Q9A A; 1RKW A; 2YL0 A; 1ZHT A; 2XLO A; 5AGF A; 3W8H A; 4JTA B; 3IUV A; 3EHM A; 1FTS A; 2HJ3 A; 2QUP A; 4IB4 A; 4BEM J; 3JSZ A; 2A6H F; 4EBJ A; 1YZC A; 4KI2 A; 4P6I C; 3ZSU A; 4D4X A; 4U9L A; 5EYR A; 4CS9 A; 3GEI A; 4G7O F; 3LS0 A; 2JX0 A; 4JCH A; 1LVK A; 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