The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
199
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Knots found |
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sequence length |
502
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structure length |
502
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Chain Sequence |
AEIKNVILMIGDGMGPQQVGLLETYANQAPNSIYKGNKTAIYQLAQEGVIGSSLTHPEDAIVVDSACSATMLATGIYSSSEVIGIDSQGNHVETVLEKAKKAGKATGLVSDTRLTHATPASFAAHQPHRSLENQIASDMLATGADVMLSGGLRHWIPKSTNDKGETYKQLEKLTQGDVYLKSKRKDDRNLLTEAEKDGYQLAFNRNMLDDAKGDKLLGLFAYSGMDDGIAYSNKKKSGERTQPSLKEMTQKALNILSKDEDGFFLMVEGGQIDWAGHSNDAGTMLHELLKFDEAIQTVYEWAKDREDTIVIVTADHETGSFGFSYSSNDLPKPQKRSGEAFADRDYAPNFNFGAFDILDGLYNQKQSYYGMISEFQKLDKSLQTPEKLAEIVNKNSEFPITAEQAKNVLASKPNPYRLAQHKYLSAEEVPAINDFDAFFPYNDRGNLLAREQATGQNIVWGTGTHTHTPVNVFAWGPAEKILPVSKIMHHSELGEYIKQQVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 1.4 A crystal structure of the large and cold-active Vibrio sp. alkaline phosphatase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Alkaline phosphatase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Vibrio sp. g15-21
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| total genus |
199
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| structure length |
502
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| sequence length |
502
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: S +31
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| ec nomenclature |
ec
3.1.3.1: Alkaline phosphatase. |
| pdb deposition date | 2008-08-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00245 | Alk_phosphatase | Alkaline phosphatase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Herpes Virus-1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Alkaline Phosphatase, subunit A | Alkaline Phosphatase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MY4 A; 4ZG9 A; 4GTW A; 2VQR A; 3M7V A; 3NKP A; 2GSN A; 2W8D A; 3BDH A; 1AUK A; 1AJA A; 4KAY A; 4ZG7 A; 2GA3 A; 3T00 A; 1AJD A; 3T02 A; 3TWZ A; 1KHN A; 1EQJ A; 1URB A; 3B5Q A; 1AJC A; 3MK1 A; 5TJ3 A; 5EGH A; 1Y6V A; 1EW9 A; 3SZY A; 4LRE A; 3A52 A; 1FSU A; 3NKM A; 5DLW A; 5DLT A; 3ED4 A; 4TN0 A; 3WAV A; 5L0E A; 4NWJ A; 3IGZ B; 4LQY A; 1ALK A; 3BDF A; 4LR8 A; 1KH5 A; 5AJ9 A; 2QZU A; 4LRC A; 2ANH A; 1ANI A; 2GSO A; 3WAW A; 4GTY A; 2ZKT A; 3NKN A; 4N7T A; 2XRG A; 4ZG6 A; 3M8W A; 1P49 A; 4LRA A; 2G9Y A; 3KD8 A; 4CYR A; 4LRF A; 1KH9 A; 2IUC B; 4KAV A; 5GOV A; 5LRN A; 2D1G A; 4LR2 A; 5LRM A; 2X98 A; 4UPK A; 4CXS A; 3CMR A; 2GLQ A; 3DPC A; 1N2K A; 2W5Q A; 2IUC A; 5GRR A; 1ED9 A; 4LRD A; 4UOR A; 4UPH A; 2W5V A; 5LIA A; 1E2S P; 2W5R A; 1Y7A A; 3UN5 A; 1URA A; 3TG0 A; 1KH4 A; 1ANJ A; 1KHK A; 1EW2 A; 1ZEF A; 1O98 A; 3MK2 A; 3MK0 A; 1EI6 A; 2RH6 A; 3UO0 A; 5KXA A; 1ZEB A; 5INH A; 3DYC A; 3NKR A; 5IJS A; 4KM4 A; 4B56 A; 1E1Z P; 3UN2 A; 3WAY A; 3WBH A; 4CXK A; 1EW8 A; 5EGE A; 1KHJ A; 3NKO A; 2XR9 A; 4YR1 A; 1N2L A; 5L0K A; 1KH7 A; 5IJQ A; 5L0B A; 1E3C P; 4CYS A; 3IDD A; 1HQA A; 2W5S A; 1ELZ A; 4UOP A; 1AJB A; 4KJG A; 3M8Y A; 3NVL A; 4NWX A; 1B8J A; 1EJJ A; 1K7H A; 1O99 A; 4GTX A; 3WAX A; 4LR7 A; 1ELX A; 4MIV A; 1ED8 A; 3Q3Q A; 4CXU A; 4LR9 A; 1ALH A; 3SZZ A; 3NKQ A; 5LQQ A; 4FDI A; 5C66 A; 3BDG B; 2IFY A; 3LXQ A; 3UNY A; 1ALI A; 4UOO A; 5DLV A; 3T01 A; 4GTZ A; 4UPI A; 4LRB A; 4QAX A; 3TX0 A; 3UN3 A; 1E33 P; 4FDJ A; 1SHN A; 1HJK A; 3BDG A; 5K4P A; 1KHL A; 2W8S A; 1ALJ A; 3M8Z A; 3OT9 A; 1ZED A; 2W5T A; 2W5W A; 1ELY A; 3E2D A; 5HRT A; 3IGY B; 1HDH A; 4KJD A; 1SHQ A; 2GSU A; 4MHX A; 4UPL A; 4ZGA A; 2W5X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NEO A; 1MM2 A; 2YSM A; 2MVV A; 3I55 P; 2PUY A; 3C6W A; 3U5O A; 1E4U A; 3M7V A; 2GSN A; 1MZ8 A; 4A49 A; 2FQ2 A; 2VJF A; 2AFD A; 2KWJ A; 1AJA A; 2LRI C; 3O33 A; 2PEN A; 2HYE D; 3O70 A; 3DS1 A; 3IHP A; 4L7X A; 4ZG7 A; 3DS2 A; 2L6E A; 4UP0 A; 2KG8 A; 2LQ6 A; 2MNZ A; 1XWH A; 5KH7 A; 5DKA A; 2GZG A; 4YAB A; 2XP0 A; 1URB A; 3JUE A; 2ECN A; 5EGH A; 5SVY A; 5B8D A; 2KG9 A; 1K9M Q; 3SZY A; 2ONT A; 5SVX A; 2JBG A; 4B86 C; 2GZE A; 1NJI Q; 4N3W A; 5DLW A; 1BXI A; 5DLT A; 4BPG A; 4QQ4 A; 2KU3 A; 4LQY A; 1Z6M A; 1ALK A; 1DV5 A; 4LR8 A; 4MHX A; 1N87 A; 3RTR B; 5AJ9 A; 4YAD A; 2E1M A; 3EJB A; 5EW5 E; 1WEM A; 2KW2 A; 2ANH A; 2FSA A; 2JO0 A; 3L1X A; 2IDA A; 3O36 A; 3M7K A; 4N7T A; 2XRG A; 1L0I A; 1X4J A; 1VQL P; 4ZG6 A; 1KD1 Q; 1Q82 Q; 2G9Y A; 2AVA A; 3NTE A; 3LMO A; 3LRY A; 1HYJ A; 2IUC B; 4KAV A; 5LRN A; 2DGY A; 1AUM A; 2B0O E; 3T6R A; 2H0D B; 2JB0 A; 4CXS A; 4UPK A; 3CMA P; 3CMR A; 3LRQ A; 2N5H A; 2L43 A; 3EB5 A; 2YYR A; 2JU1 A; 2GZF A; 2W5Q A; 2IUC A; 3O35 A; 1ED9 A; 4UOR A; 2H0D A; 2RR4 A; 1DCQ A; 5LIA A; 2EA6 A; 1E2S P; 1YJ9 P; 1HYI A; 4QNB A; 1URA A; 2ECG A; 3FM8 C; 1F80 D; 1ACP A; 2EIA A; 1ANJ A; 3FJU B; 5TDR A; 3G71 P; 2MKE A; 4GNF A; 2YT5 A; 1EW2 A; 1O98 A; 4F37 A; 4XFZ A; 1FR2 A; 3MGE A; 5LKU A; 2JQ4 A; 2FFW A; 2JMI A; 4COC A; 5KXA A; 3P05 A; 4YBT A; 5AIU A; 4P5O B; 2LGK A; 3U5N A; 2XOC A; 4KM4 A; 4B56 A; 4U0F A; 4TKP B; 3UN2 A; 3WBH A; 4CXK A; 1K8A Q; 1KHJ A; 2XR9 A; 1N2L A; 5IJQ A; 2L5U A; 2CGQ A; 2MR8 A; 1AF8 A; 2ECJ A; 2RI7 A; 1IMP A; 2MA5 A; 4PTB A; 3NVL A; 1WEW A; 2E6S A; 4R0M A; 1WFK A; 1O99 A; 5BS1 A; 2K0D X; 4QF2 A; 2N6Y A; 2KE1 A; 5G05 B; 3SUB A; 3ZPV E; 4AP4 A; 3WAX A; 2N50 A; 4IC2 A; 2Y1N A; 2EHS A; 3SZZ A; 1GXG A; 1E0H A; 4YBM A; 2JGP A; 1GXH A; 4BBQ A; 5C66 A; 2L80 A; 2QEX P; 5B76 A; 2L75 A; 4WZ0 A; 1ALI A; 5DLV A; 2K93 A; 2AF8 A; 2K0Y A; 1UJZ A; 3EJE A; 2DX8 A; 1Z6U A; 1WIL A; 1OR5 A; 1MBM A; 1HJK A; 3FAN A; 2QNW A; 2OWA A; 3CME P; 2K94 A; 2W8S A; 1Q81 Q; 3M8Z A; 3OT9 A; 1ZED A; 2L4B A; 1VQM P; 1KQS O; 2K5X A; 2QJ0 A; 3T9K A; 4AYC B; 2GSU A; 2CSY A; 4WZ2 A; 1JJ2 O; 3DDT A; 4N4F A; 1M6N A; 1Z60 A; 2MT5 A; 4GTW A; 1WIM A; 2KOS A; 3PLW A; 4AYC A; 5LCW B; 3H7H A; 1KLP A; 1YIJ P; 3DS3 A; 2W8D A; 3BDH A; 1AUK A; 2YSJ A; 2AFE A; 2KIZ A; 2G6Q A; 5HGO A; 1DNY A; 2KFT A; 3KQI A; 4LJN A; 2GA3 A; 3T00 A; 2KOQ A; 5HRT A; 2GZJ A; 2OTL P; 2N98 A; 1KHN A; 1EQJ A; 3TWZ A; 1M90 Q; 2LGG A; 5F2N A; 3B5Q A; 2EXU A; 3ZTG A; 3CC4 P; 5CZD B; 1ZBD B; 3A52 A; 1CEI A; 2KG6 A; 3LJU X; 3U5M A; 1VFY A; 2LOL A; 1W2B O; 4TN0 A; 2C2L A; 1K30 A; 3GKL C; 5L0E A; 2PEO A; 4M0I A; 2LTE A; 1VQO P; 2C2V S; 4OGE A; 2PEK A; 5D1M B; 2YHN A; 3IGZ B; 3BDF A; 2E6R A; 1VQ9 P; 1KH5 A; 2ECI A; 4A4C A; 3DTJ A; 2QZU A; 1VKU A; 3WAW A; 2MA6 A; 2ZKT A; 2MY5 A; 4H2W C; 2F42 A; 4HKG A; 4B7Y C; 2MD7 B; 4CYR A; 4F52 B; 4ZDT A; 5K3Q A; 3N9N A; 2Y1M A; 3CCE P; 5LKT A; 2MVU A; 3CCM P; 2DSM A; 4QKO A; 2I50 A; 2KWO A; 2Z44 A; 1M74 A; 2YQL A; 2JAZ A; 3KV6 A; 3CE7 A; 5KP7 B; 1A43 A; 3L1Z B; 1QVG O; 2KWN A; 3RPG B; 3HTK C; 1N2K A; 4GB0 A; 4O62 A; 2LL8 A; 4YAT A; 5HV8 A; 5C11 A; 2ROQ A; 3GZM A; 2L7P A; 2W5R A; 5BS2 A; 1M1K Q; 3GJN A; 2HDP A; 2XZ1 C; 3UN5 A; 2CRR A; 5HGL A; 2QA4 P; 4L58 A; 2ZET C; 2MR7 A; 3N9O A; 5FB0 A; 1KHK A; 1WGM A; 1DVP A; 4YAX A; 2FVA A; 1ZEF A; 3DWD A; 1Q7Y Q; 4XI1 A; 2GDW A; 2L22 A; 2KGI A; 1ZNV A; 3G26 A; 2M8L A; 2RH6 A; 4H2Y C; 3O7A A; 3H47 A; 3O34 A; 4OGC A; 4W4U A; 5INH A; 2OAR A; 2MIQ A; 3NKR A; 1BAJ A; 3CCL P; 5F2K A; 2KYU A; 5IJS A; 4V3L C; 2LXH C; 2PEI A; 2LF4 A; 2EGP A; 2PNX A; 4BHW A; 3B5I A; 4YR1 A; 4S3O B; 4BPH A; 1RNI A; 3N9M A; 1WEQ A; 4AVX A; 4PXH B; 2P57 A; 1E6J P; 3HZQ A; 3IDD A; 4Z0R A; 5HGM A; 3Q1D A; 1HQA A; 3G21 A; 2FUU A; 3EJD A; 2CQ8 A; 4QF3 A; 2W5S A; 3DPH A; 2M5R A; 3NY7 B; 1T1H A; 2FAE A; 3M8Y A; 2BUO A; 1B8J A; 1WEP A; 3QZV A; 2K92 A; 1WEV A; 5JG6 A; 2JMD A; 3G0V A; 2ERH A; 1BOR A; 2XXM A; 4GR6 A; 4U0A A; 1ED8 A; 4LR9 A; 4CXU A; 1YIT P; 2FHS C; 3NKQ A; 4FDI A; 1IUQ A; 3V43 A; 5JPA A; 4CA1 A; 4UOO A; 2KRE A; 1LDK C; 3L11 A; 3T01 A; 2KKY A; 4GTZ A; 1X4I A; 4FO9 A; 2LN0 A; 2VPE A; 3GL6 A; 2FQ1 A; 2K16 A; 5K4P A; 1KHL A; 2QIZ A; 1ALJ A; 2KGA A; 3HCS A; 2KOR A; 4H9D A; 3PUR A; 2KKX A; 3LVQ E; 3SOW A; 2CNR A; 3CCV P; 2L9F A; 2LAU A; 4Z0O A; 3SOX A; 3LQJ A; 2N6Z A; 2NAA A; 3ZVY A; 1HDH A; 4KJD A; 3RG6 C; 5TBN A; 2W5X A; 7CEI A; 1VQ4 P; 4MY4 A; 2LIW A; 3HCU A; 2PEM A; 3T7L A; 3B4Q A; 3LQI A; 3I2D A; 2M8N A; 3GZL A; 3G1G A; 1KC8 Q; 2LGV A; 5HGN A; 2LV9 A; 2EFJ A; 4MSX A; 4AUQ B; 3Q20 A; 1K73 Q; 2M6M A; 2F6J A; 2KOD A; 4DG9 A; 3T02 A; 1WES A; 2VP7 A; 3HYB A; 1AJC A; 2JYG A; 2GYK A; 2KGE A; 1N8R Q; 4FIP A; 1EW9 A; 2RSD A; 2KR4 A; 1FSU A; 4R7E A; 1WEN A; 4C9Z A; 2BAY A; 3NKM A; 3ED4 A; 3WAV A; 3EB6 A; 5FB1 A; 1FP0 A; 2E61 A; 4ZUX U; 4XFX A; 2P9X A; 4BPF A; 1LDJ B; 5TRB A; 2JU2 A; 5LKZ A; 3ASL A; 2VPD A; 3RG2 A; 4GTY A; 3NKN A; 3VRL C; 2CWO A; 3M8W A; 4F1P A; 3LDY A; 1P49 A; 4LRA A; 2GDY A; 2NO8 A; 3KD8 A; 3U5P A; 1EOQ A; 2KWL A; 1KH9 A; 5GOV A; 4YC9 A; 2YRE A; 2ECV A; 2D1G A; 2VLQ A; 2LGL A; 2XOY A; 2KWK A; 4X3G A; 5I3L A; 2YUR A; 1IYM A; 3DPC A; 3M62 A; 3G4S P; 2GZI A; 4U0D A; 3DPL R; 1RO2 A; 2G43 A; 3FAO A; 4LLB A; 2JM3 A; 2ECT A; 2LDR A; 4WZ3 B; 3LVR E; 1S72 P; 1K2F A; 5J3X A; 3ZNI A; 3TG0 A; 1KH4 A; 5KH9 A; 3U43 A; 3HCT A; 4GR2 A; 2XB1 A; 2PEQ A; 3MHS A; 2KGG A; 5KH3 A; 2L0B A; 3SOU A; 1JM7 B; 3KNV A; 5D1K B; 3MK0 A; 4H2X C; 3ZVZ B; 4I7D A; 2OXQ C; 5EJD A; 2LPK A; 1F62 A; 1JM7 A; 3LQH A; 1M6E X; 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