The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
82
|
sequence length |
282
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structure length |
263
|
Chain Sequence |
LRSEQEMMDIFLDFALNDERIRLVTLEFQDYDISYFVTDVESFKENDQWLEIFGKRIMMQKPEDMELFPPELGNWFSYIILFEDGNKLDLTLIPIREAEDYFANKVLLDKDSFINYKVNDRQYWIKRPTAREFDDCCNEFWMVSTYVVKGLARNEILFAIDHLNEIVRPNLLRMMAWHIASQKGYSFSMGKNYKFMKRYLSNKEWEELMSTYSVNGYQEMWKSLFTCYALFRKYSKAVSEGLAYKYPDYDEGITKYTEGIYCS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of an aminoglycoside 6-adenyltransferase from Bacillus subtilis
rcsb |
| molecule keywords |
Aminoglycoside 6-adenylyltransferase
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
82
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| structure length |
263
|
| sequence length |
282
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.-: |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FHW A; 3LK9 A; 1UEU A; 4E8F A; 3C8G D; 7ICK A; 3V7L A; 4KLF A; 5HRH A; 5HHI A; 3UXP A; 1MQ3 A; 3L8J A; 9ICV A; 5CB1 A; 2M2T A; 4MFA A; 2M2V A; 4UD5 A; 5HRF A; 4RQ8 A; 3UXO A; 4UAZ A; 3S9O A; 2FMS A; 4UBC A; 1ZQI A; 1ZQO A; 4NLN A; 4M04 A; 4KLM A; 3WFR E; 7ICV A; 2BCU A; 5IIO A; 3C2L A; 4FO6 A; 1ZQZ A; 4WC2 A; 3RQE A; 3MGH A; 5HR9 A; 4IG8 A; 3RH6 A; 4QZC A; 4X4U A; 5IIN A; 9ICT A; 3ISC A; 4QZD A; 4NY8 A; 3NYB A; 4YMN A; 2L6H A; 4KLD A; 4I2F A; 4R66 A; 1WOT A; 5DDY A; 4UB4 A; 4QZG A; 8ICJ A; 8ICM A; 9ICL A; 1BPE A; 1TVA A; 1KTM A; 4RT3 A; 5IIJ A; 4M9J A; 4FH3 A; 1BPY A; 4FH5 A; 1K40 A; 5CP2 A; 5HRK A; 4PGQ A; 4RQ7 A; 4PHA A; 4KLE A; 2BPG A; 2L6G A; 4KLL A; 7ICJ A; 3WFO A; 8ICX A; 5J2H A; 2HSB A; 4QZB A; 2BCQ A; 4YD1 A; 5J2A A; 4GXJ A; 8ICR A; 4XEV A; 4WC7 A; 4TUP A; 4MF2 A; 1R8B A; 4I2B A; 3UQ0 A; 4KLO A; 4I28 A; 5D49 A; 3OUY A; 4WBZ A; 9ICB A; 4X0A A; 2PFQ A; 4F5Q A; 4P4O A; 5CHG A; 5DKW A; 2DR9 A; 4KLI A; 8ICU A; 5J2D A; 4IQW A; 3UPS A; 5J2I A; 1TV9 A; 7ICO A; 7ICL A; 3JPQ A; 4GXK A; 1ZQU A; 1RZT A; 4UAY A; 3C2K A; 1KNY A; 3PNC A; 8ICO A; 1QVX A; 3WFQ E; 4I2A A; 4I2H A; 3GM3 A; 4O9M A; 4O5C A; 1ZQS A; 4FHY A; 1ZQN A; 4I2G A; 3HJ1 A; 4X4O A; 1UFB A; 4M9L A; 2VAN A; 4XUS A; 3JPN A; 5BOM A; 3HWT A; 4KLS A; 4NKT A; 4Z6E A; 1ZQC A; 4FHV A; 4KLH A; 1HUZ A; 1ZQB A; 4XRH A; 1WTY A; 4RWO A; 4MF8 A; 2L6F A; 3H39 A; 4XEK A; 4MFF A; 8ICT A; 4EP7 A; 1WWP A; 4AT9 B; 9ICS A; 2I9G A; 8ICA A; 3WFS C; 3TFR A; 4RQ5 A; 4TUQ A; 7ICN A; 1NOM A; 3GM1 A; 4UB5 A; 4PPX A; 3MFN A; 1O3U A; 2PXI A; 4MFC A; 2PFO A; 4XQ7 A; 2ZH4 A; 4R64 A; 3RH4 A; 1ZQV A; 2ZH8 A; 2PFP A; 9ICN A; 1ZZP A; 4X4P A; 4E80 A; 4RPZ A; 4PGX A; 3L8I A; 3AUO A; 8ICB A; 5J2E A; 2ZHA A; 4Z6F A; 3RJH A; 5HC9 A; 4X4N A; 3C66 A; 2PFN A; 3UQ2 A; 9ICE A; 5TZV A; 2NRK A; 4AT7 B; 5J0Q A; 2DVI A; 2HHP A; 5DED A; 3OVA A; 1XSL A; 8ICN A; 2DR7 A; 7ICR A; 1Q78 A; 3GDX A; 4X5V A; 5J2J A; 4RQ0 A; 1UEV A; 3AQN A; 5DB7 A; 4XQ8 A; 4P2H A; 8ICG A; 4NM1 A; 2ISP A; 1ZQD A; 1OU5 A; 5DBA A; 2BE3 A; 4P4P A; 3U0C A; 1BPB A; 3RJE A; 8ICH A; 4RQ3 A; 4JWM A; 2ID1 A; 3AQM A; 9ICF A; 1ZQK A; 4M9G A; 4M2Y A; 5J0P A; 3JPR A; 2LK4 A; 3OV7 A; 1OW6 A; 4IQT A; 4F5N A; 1ZQA A; 9ICW A; 3V7J A; 1F5A A; 5D4B A; 4UAW A; 1ZQP A; 3RH5 A; 2ZH5 A; 4LZD A; 3MDC A; 3C8G A; 3HX0 A; 5J0R A; 1UET A; 4EBK A; 5DBC A; 1R89 A; 1ZQT A; 4P4M A; 4R32 A; 3AQK A; 4E7X A; 1PX5 A; 3B71 A; 9ICP A; 5CA7 A; 4NLZ A; 1OW7 A; 1V4A A; 3UPQ A; 4X4Q A; 5DBB A; 4RQ4 A; 4PHD A; 4LT6 A; 4F5P A; 1JQR A; 3O10 A; 3C18 A; 4X4T A; 4WBY A; 9ICI A; 4F5O A; 1YLQ A; 4WC4 A; 4ATB A; 8ICQ A; 3C2M A; 9ICU A; 5IIL A; 4RPY A; 2ZHB A; 5DB9 A; 4AT8 A; 2KK1 A; 4UB3 A; 1XSP A; 1JN3 A; 3HJ4 A; 5J0T A; 4I2C A; 4KLT A; 9ICR A; 8ICY A; 4QZ8 A; 4PH5 A; 8ICE A; 7ICT A; 3C8G B; 4DOC A; 1ZQE A; 5F2V O; 4IQU A; 5J0X A; 7ICS A; 3U3F A; 5J2G A; 1MQ2 A; 4YD2 A; 9ICX A; 1JAJ A; 1JOG A; 4Z6C A; 4I2D A; 2W9M A; 7ICI A; 1PV3 A; 3UXN A; 8ICL A; 5J2K A; 2ISO A; 5HRI A; 4WC3 A; 4NM2 A; 1BPX A; 4WC5 A; 3TFS A; 4R65 A; 3OUY B; 1R8A A; 5HRE A; 2GWS A; 4KLU A; 2RFF A; 4RPX A; 3BRJ A; 4X4R A; 3LQC B; 4X4V A; 1ZQG A; 3AQL A; 3ISD A; 4DOB A; 5J2C A; 4K4I A; 2BCS A; 1BPZ A; 1ZJM A; 3JPS A; 2PBE A; 4RWQ A; 2FMQ A; 2JPU A; 3AU6 A; 4LZG A; 3JPT A; 3AJM A; 4QZI A; 2DR8 A; 1KEJ A; 5HRB A; 4NXZ A; 4IQV A; 4K4H A; 8ICI A; 1BPD A; 4RWN A; 4M5D A; 1ZQR A; 9ICO A; 4FHP A; 9ICJ A; 3K75 D; 3HW8 A; 5D46 A; 2JX0 A; 7ICQ A; 1ZQW A; 4WC0 A; 1MIW A; 1ZQX A; 4NKU A; 4EBJ A; 3H37 A; 2P66 A; 4O5K A; 3JYY A; 3JZ0 A; 2BPF A; 3V72 A; 4XA5 A; 5J2B A; 3B0Y A; 4I27 A; 4YCX A; 2BCV A; 4PHP A; 5III A; 1ZQF A; 8ICC A; 3OGU A; 1K05 A; 4GXI A; 5J0W A; 2Q00 A; 4UB2 A; 1JMS A; 8ICS A; 1ZQY A; 2FMP A; 4K4G A; 3RJK A; 7ICF A; 5J0O A; 3RJI A; 3H38 A; 4I2J A; 3OVB A; 9ICA A; 5HRG A; 9ICG A; 1MIV A; 5J2F A; 1ZQM A; 5HHH A; 3HIY A; 1R8C A; 4UD4 A; 1FA0 A; 4M0A A; 4X4S A; 5BOL A; 4S3N A; 4DOA A; 1ZQJ A; 4NLK A; 4XEF A; 1NO5 A; 7ICU A; 3PMN A; 7ICH A; 4RQ6 A; 3AU2 A; 2DRB A; 2DRA A; 3JPP A; 4I29 A; 5DB8 A; 3GM2 A; 8ICW A; 1K04 A; 5CJ7 A; 4PGY A; 2ZH2 A; 2ZH3 A; 4PHE A; 9ICM A; 3K7D A; 1ZQQ A; 3L9D A; 4LVS A; 5CWR A; 2ZH7 A; 3PML A; 5J0U A; 4UB1 A; 4M9N A; 5IIM A; 4F5R A; 4YMM A; 2BCR A; 5J29 A; 4M9H A; 4I2I A; 2DR5 A; 5DEC A; 2M2W A; 4O5E A; 5EOZ A; 3V7K A; 2BPC A; 1KDH A; 2M2U A; 1TFY A; 3H3A A; 4QZA A; 2ZH6 A; 5J0Y A; 1Q79 A; 3B0X A; 1XSN A; 5J0S A; 9ICH A; 8ICZ A; 3MDA A; 4KLG A; 3C5F A; 5F28 E; 4WCW A; 5DB6 A; 5CR0 A; 5BPC A; 3MGI A; 1VJ7 A; 4YN4 A; 5HRL A; 3TUL A; 4AT9 A; 4R63 A; 1MIY A; 4RQ2 A; 8ICK A; 2IHM A; 3RJF A; 4KLQ A; 4TUS A; 4WC6 A; 2Q66 A; 3JPO A; 3ISB A; 3WFP A; 3RJG A; 4QZF A; 7ICE A; 3RQF A; 5DDM A; 1VFG A; 4TUR A; 9ICC A; 4M47 A; 8ICF A; 4NQF A; 9ICQ A; 4JWN A; 4FHX A; 4ATB B; 8ICP A; 2ZH1 A; 1ZQL A; 9ICK A; 3C5G A; 4RQ1 A; 5IIK A; 4AT8 B; 1OW8 A; 1RPL A; 4KLJ A; 3OVS A; 7ICM A; 2O1P A; 2ZH9 A; 8ICV A; 4Z6D A; 4UBB A; 4RT2 A; 4DO9 A; 7ICG A; 4WC1 A; 3RJJ A; 4I2E A; 1ZJN A; 1HUO A; 2O5A A; 4QZE A; 1TFW A; 2YWA A; 1WOL A; 5HRD A; 4QZH A; 4AT7 A; 7ICP A; 4QZ9 A; 4RWP A; 1ZQH A; 4X0B A; 3MBY A; 3RQG A; 4YMO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LK9 A; 1LIH A; 4DVZ A; 4E8F A; 3C8G D; 3B0V C; 4PFP A; 3V7L A; 3EF2 A; 4KLF A; 5HRH A; 4JTC B; 5FZT A; 5COF A; 4BJ5 A; 1QKR A; 4AK9 A; 1MQ3 A; 1QZX A; 5CB1 A; 2M2T A; 4MFA A; 2W4B A; 4U9D A; 4OD4 A; 2M2V A; 3JTL O; 5CI8 A; 5HRF A; 4RQ8 A; 3UMI A; 1CPR A; 1T01 A; 2VCA A; 3ABK C; 3S9O A; 4WH5 A; 5IIO A; 3C2L A; 4DJ9 A; 3DD7 A; 3RQE A; 3MGH A; 4J7T A; 2W9Y A; 2D5R B; 4IG8 A; 3A11 A; 3ZTM A; 4QZC A; 5IIN A; 3W2W A; 4ONS A; 2PP4 A; 4P9T A; 4NY8 A; 4YMN A; 4U5H A; 3W8I A; 2B4V A; 2Q9A A; 1MND A; 8ICJ A; 3HNL A; 1BPE A; 1MNE A; 1SZI A; 2WVO A; 4AL0 A; 3JRT A; 3LLK A; 5CP2 A; 1Q0M A; 3CEX A; 1ZW3 A; 2G3K A; 2WVQ A; 3K1H A; 4PHA A; 4RQ7 A; 2BPG A; 7ICJ A; 4MVU A; 2VB6 A; 3DM5 A; 1RJ9 B; 2P6V A; 2BCQ A; 4YD1 A; 5J2A A; 4TUP A; 1ZYR F; 1R4T A; 3UQ0 A; 2GAF D; 4I28 A; 3L0I A; 4FX5 A; 3OUY A; 1ZHX A; 9ICB A; 2DYR C; 2CGE A; 4X0A A; 2PFQ A; 4P4O A; 4KLI A; 7ICL A; 3MX3 A; 4LEY A; 4UAY A; 3N24 A; 2H7O A; 3PNC A; 3O39 A; 1QVX A; 1E84 A; 5DVW A; 3OEO A; 4O9M A; 3U2L A; 3RW0 A; 3EG9 A; 4M9L A; 5L0G A; 1V74 B; 4EHP A; 4XUS A; 3JPN A; 4O79 A; 2YL0 A; 1KU2 A; 4KLH A; 1OKK D; 4RWO A; 3KL4 A; 3L1M A; 4CS7 A; 5E2Q A; 2ZPA A; 1A0B A; 4N06 A; 4EP7 A; 1FFH A; 2LSE A; 4EGW A; 3VRC A; 3SEO A; 2HV6 A; 4XPY A; 4EV6 A; 3HTK C; 4TUQ A; 7ICN A; 1ZW2 A; 5EGY A; 2A1D D; 2JD3 A; 3EGD A; 3FAJ A; 4E80 A; 2H8A A; 4RPZ A; 4PGX A; 8ICB A; 2GWW A; 4OAF A; 2MYS A; 1LM3 B; 3F47 A; 1EQ1 A; 1ZHY A; 1LKX A; 4Z6F A; 4NTF A; 3RJH A; 1NU7 D; 3FVY A; 4X4N A; 1AVO B; 2L9J A; 9ICE A; 3GWL A; 4N6C A; 2B56 A; 5L3Q A; 5J0Q A; 4JEB A; 2J9B A; 2FGY A; 3TJ5 A; 4NM1 A; 2HKV A; 2J9W A; 2UUI A; 2KQ9 A; 2ISP A; 2NUP A; 2QE9 A; 4C3E A; 4K9B A; 3B0P A; 2G62 A; 2R03 A; 1T6I A; 4YN0 B; 5EHH A; 5KYW A; 4M2Y A; 3JPR A; 4MTO A; 1G4W R; 1OW6 A; 3OA1 A; 4IQT A; 4G7H F; 1ZQA A; 4LAC B; 4IWB A; 4UAW A; 1LE4 A; 3AG4 C; 3HX0 A; 3T9O A; 3QTH A; 4EBK A; 5L0I A; 3PDM P; 4R32 A; 4E7X A; 2XS1 A; 4NLZ A; 2V26 A; 4CS9 C; 4X4Q A; 4JZA A; 5D62 A; 3DZA A; 4RQ4 A; 1TFO B; 2J9U A; 1JQR A; 4H4K C; 4LEV A; 4WBY A; 1YLQ A; 4ATB A; 8ICQ A; 1ZU4 A; 3C2M A; 5IIL A; 2ZHB A; 5DB9 A; 4K7B A; 4UB3 A; 5J0T A; 8ICE A; 3C8G B; 1ZQE A; 2KW3 C; 3CK6 A; 5F2V O; 3TOL A; 2R9R B; 4MVZ A; 1MQ2 A; 4P6I C; 1JAJ A; 2OKU A; 2W9M A; 7ICI A; 2ISO A; 1H6G A; 4JRZ A; 1BPX A; 3LS0 A; 3GEH A; 2EIN C; 4WC5 A; 2KSF A; 3WHN A; 1R8A A; 5HRE A; 2YL1 A; 3EZI A; 2RFF A; 1L7C A; 2YLI A; 3C62 A; 4C7O A; 4RPX A; 4X4R A; 4XTK A; 4X4V A; 1ZQG A; 2A6E F; 4DOB A; 1JRA A; 5J2C A; 1YZC A; 5JLI A; 4K4I A; 2BCS A; 2IUB A; 4U5C E; 2IHO A; 3JCF A; 3VF0 A; 1ZJM A; 4CDA A; 2ZXO A; 2PBE A; 2JPU A; 2E87 A; 1Y6D A; 4FES A; 4Z9J A; 1NG1 A; 4XWJ A; 4IQV A; 3H2U A; 1BPD A; 3AG1 C; 9ICO A; 1HW1 A; 3K75 D; 3HW8 A; 2P1A A; 4WQK A; 4KB6 A; 3ER8 C; 2QY9 A; 2ZXR A; 4BEM J; 4NKU A; 4LDR A; 4K96 A; 1T6Q A; 3JYY A; 1D1A A; 3RIP A; 5COM A; 3UMH A; 2IOQ A; 4NXV A; 3B0Y A; 1Y4C A; 4I27 A; 3BEH A; 2HJ3 A; 5III A; 4YT2 A; 1K05 A; 1QLE C; 4JJG A; 4UB2 A; 1JMS A; 4I0U A; 2XM4 A; 3RH3 A; 4K4G A; 7ICF A; 3RJI A; 3H38 A; 4KNW A; 5L0D A; 3UGO A; 9ICA A; 1H9G A; 1MIV A; 2MHR A; 4LDK A; 1E83 A; 4UD4 A; 4K99 A; 5BOL A; 3AG2 C; 1NO5 A; 2GFH A; 3TOM A; 3ABL C; 7ICH A; 5BUO A; 3AU2 A; 5EK0 A; 3NYJ A; 1YDI A; 5DB8 A; 3GM2 A; 2YL7 A; 3ZQV A; 1K04 A; 8ICW A; 2WL8 A; 3RYL A; 4PHE A; 4YK5 A; 5B3P A; 9ICM A; 3L9D A; 1GS9 A; 2XXA B; 1EA8 A; 4KNV A; 4JCZ A; 3K6B A; 4UB1 A; 4W8P A; 5IIM A; 2GA0 A; 5K0I A; 4O5E A; 3MYI A; 2M2U A; 3DMD A; 5GPG B; 2IM8 A; 4U5B E; 3MDA A; 4PR9 A; 5F28 E; 2XLO A; 5CR0 A; 3A9C A; 1OCR C; 4AT9 A; 4G0H A; 8ICK A; 4UDV A; 4TUS A; 3ZTZ A; 4WC6 A; 1QQ3 A; 3ISB A; 4CJG A; 5AC4 A; 4QZF A; 1FTS A; 2Q7R A; 5DDM A; 1VFG A; 9ICC A; 4M47 A; 8ICF A; 2BE5 F; 3K66 A; 5E3A A; 1CGN A; 4DRI B; 4FHX A; 8ICP A; 4GEH A; 9ICK A; 4AT8 B; 2YQY A; 4WJ0 A; 4KLJ A; 4U9E A; 7ICM A; 2HS5 A; 3EH1 A; 1H9T A; 8ICV A; 5D61 A; 4Z6D A; 4UBB A; 3LAY A; 4J32 B; 5COG A; 3SXM A; 3U9M A; 4EUK B; 2YWA A; 1WOL A; 4QZH A; 7ICP A; 4KI2 A; 3K33 A; 3ZDL A; 3RQG A; 4GYT A; 4FHW A; 2P0N A; 2OEV A; 1M2O A; 1TWH A; 1ORS C; 4KBL A; 1M56 C; 3UXP A; 3M1C B; 2YRF A; 3V5Z A; 3SP1 A; 4CS8 A; 3UXO A; 3CSK A; 2P7V A; 4UAZ A; 2FMS A; 2LCH A; 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