The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
193
|
sequence length |
497
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structure length |
497
|
Chain Sequence |
SEQWRELWQDALQEDDTTPVLAHLSEDDRKQVLTLIADFRKELDKRTIGPRGRQVLDHLMPHLLSDVCAREDAAVTLSRITALLVGIVTRTTYLELLSEFPAALKHLISLCAASPMIASQLARYPLLLDELLDPNTLYQPTATDAYRDELRQYLLRVPEDDEEQQLEALRQFKQAQLLRIAAADIAGTLPVMKVSDHLTWLAEAMIDAVVQQAWVQMVARYGKPNHLNEREGRGFAVVGYGKLGGWELGYSSDLDLIFLHDCPMDAMTDGEREIDGRQFYLRLAQRIMHLFSTRTSSGILYEVDARLRPSGAAGMLVTSAEAFADYQKNEAWTWEHQALVRARVVYGDPQLTAHFDAVRREIMTLPREGKTLQTEVREMREKMRAHLGNKHRDRFDIKADEGGITDIEFITQYLVLRYAHEKPKLTRWSDNVRILELLAQNDIMEEQEAMALTRAYTTLRDELHHLALQELPGHVSEDCFTAERELVRASWQKWLVE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Adenylylation Domain of E. coli Glutamine Synthetase Adenylyl Transferase: Evidence for Gene Duplication and Evolution of a New Active Site.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
193
|
| structure length |
497
|
| sequence length |
497
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.42: [Glutamine synthetase] adenylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2009-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03710 | GlnE | Glutamate-ammonia ligase adenylyltransferase |
| A | PF08335 | GlnD_UR_UTase | GlnD PII-uridylyltransferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HSB A; 2L6H A; 2KK1 A; 4XEV A; 3TUL A; 4NQF A; 3AJM A; 1O3U A; 2JPU A; 2YWA A; 4R32 A; 5F28 E; 3RQE A; 1K40 A; 1K04 A; 1ZZP A; 3K7D A; 1KNY A; 2PBE A; 3C8G A; 3JYY A; 1K05 A; 1UFB A; 3U0C A; 1PV3 A; 1OW6 A; 2Q00 A; 2LK4 A; 3C18 A; 3MFN A; 3S9O A; 4EBJ A; 3C8G D; 3RQF A; 3RQG A; 3JZ0 A; 1QVX A; 3L8I A; 1WTY A; 4EBK A; 3GM3 A; 4XEK A; 1OW7 A; 2L6F A; 3L8J A; 3B71 A; 4XEF A; 1JOG A; 3U3F A; 1KTM A; 3GM1 A; 2L6G A; 2JX0 A; 3GM2 A; 1V4A A; 1WOL A; 1WWP A; 3C8G B; 3O10 A; 1OW8 A; 3BRJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1H7I A; 5JUA A; 2WVO A; 1A0B A; 4AE4 A; 4LEV A; 3K7D A; 2GA9 D; 4XQ8 A; 5J2J A; 4X4R A; 3LJB A; 4D4X A; 1MIW A; 1RJ9 B; 8ICF A; 5DKW A; 7ICQ A; 1HUO A; 2L6G A; 4WH5 A; 2J0W A; 1ZQJ A; 4O6N A; 4M2Y A; 3GEE A; 2HSB A; 4LAC B; 4JTD B; 1ZW2 A; 5F28 E; 4LEZ A; 1DOW A; 2OKU A; 4MTG A; 2UUI A; 3W2W A; 3AQM A; 1T6I A; 4KB6 A; 3I5P A; 5JVE A; 5BQI A; 2OJQ A; 5KYN A; 3QW1 A; 1MQV A; 4Z6C A; 5HHH A; 1RPL A; 3S84 A; 8ICB A; 1N1C A; 4U5D E; 1FAP B; 2OEV A; 2HN2 A; 5DVW A; 4Z6D A; 4UD5 A; 3S0X A; 2BBH A; 4AL1 A; 2NUP A; 2LFF A; 4QZ9 A; 2ZH2 A; 3PHF 2; 3W8I A; 2RD9 A; 4OIR F; 1D1B A; 1LS4 A; 1SMY F; 4UB2 A; 4KNW A; 2OQM A; 4XEV A; 2BCQ A; 9ICF A; 3RQE A; 5CR0 A; 9ICC A; 3HNJ A; 3K1H A; 3MGI A; 1JN3 A; 3NYB A; 3OWG A; 5J2D A; 2IOQ A; 4O7G A; 4HFK B; 4JE9 A; 1TWG A; 3E70 C; 5EHH A; 3L8J A; 4ZLC A; 4MFF A; 4HFF B; 2W9M A; 2O9X A; 3GM2 A; 4FH3 A; 2LD6 A; 2VAS A; 3PCV A; 2YVK A; 5HRK A; 4WOY A; 4QZH A; 3EGD B; 3V5Y A; 3V7O A; 4AT7 B; 4IQT A; 2MYS A; 2W9Y A; 4YN4 A; 1NZE A; 4I2G A; 2XXA B; 4P4P A; 2ZXO A; 3K6B A; 3SXY A; 3HW8 A; 4DVY P; 4M63 A; 5CFS A; 3WFO A; 4IAO A; 4QZD A; 4X4U A; 4A4A A; 3S28 A; 4FO1 A; 3AU6 A; 3DM9 B; 1ORS C; 2QY9 A; 4PHD A; 4LLC A; 1ZQA A; 5DS6 A; 2X51 A; 2NPU A; 3JPP A; 3NKU A; 4BG0 A; 1JAJ A; 3I5Q A; 1R4T A; 2L81 A; 3JCU Q; 1ZQK A; 3Q7L A; 3R7C A; 2A6H F; 3JRM O; 4MQ9 F; 2VAN A; 3NMJ A; 2J46 A; 4K8V A; 3G4X A; 1OCZ C; 4XQ7 A; 1CPR A; 3M4B A; 4JCH A; 3LK9 A; 1A7V A; 4DJ9 A; 2DR7 A; 4I1O B; 4N7R A; 3QZC A; 1TV9 A; 3O6X A; 2J7P A; 4MW3 A; 2A6E F; 2XS1 A; 2J7P D; 1F1M A; 7ICO A; 2J45 A; 1YLQ A; 2FCL A; 5EOZ A; 5L3Q A; 3E9V A; 2FFH A; 3L9D A; 5J2C A; 5D91 A; 3M1C B; 4NXV A; 2DB4 A; 5A6A A; 3RJG A; 4WJ0 A; 1HMD A; 4XRH A; 4TUQ A; 1Y4C A; 3Q7G A; 4YMO A; 4WC3 A; 2Q7R A; 9ICX A; 5D92 A; 4J7T A; 3GWL A; 2VCA A; 4MKP A; 3OVS A; 3ISB A; 4K98 A; 3L1M A; 5E2Q A; 4AT8 A; 4E7Z A; 4YK5 A; 5J0T A; 2VB6 A; 8ICZ A; 1NLX A; 1JAF A; 5IIK A; 3NKE A; 1JQR A; 3UPQ A; 2M2W A; 3DWW A; 5BQG A; 1UEV A; 2G3K A; 7ICM A; 4C3B A; 4IRU A; 2LK4 A; 4OD4 A; 1ZQR A; 3B29 A; 4A2N B; 1D0X A; 2IYL D; 8ICG A; 2LIG A; 3EGX B; 3RVZ A; 1NG1 A; 4RD9 A; 4K97 A; 2ZH7 A; 3JT1 A; 3UQ0 A; 3PDM P; 3NWI A; 1FMV A; 3PHZ A; 1WGW A; 3OEO A; 5JSL A; 1I4Z A; 3H2V A; 2DYR C; 1Z23 A; 3M4C A; 2IXM A; 4F5N A; 1LI7 A; 3OV7 A; 2PXI A; 2YLG A; 4UAY A; 1MIV A; 4AT9 B; 4KNV A; 4MF8 A; 3PMR A; 3RH5 A; 2YQY A; 4MFA A; 3RH3 A; 3OGU A; 4R63 A; 2CW0 F; 3G4Z A; 1FFT C; 4CS9 C; 2YRF A; 2ZH9 A; 5D61 A; 3TJ5 A; 4XJE A; 2XS8 A; 4JUR I; 5BOL A; 5CHE A; 2AU5 A; 1FFH A; 3ZIB A; 4N6C A; 4JJG A; 3WOD F; 1BPZ A; 2NUT A; 2PX0 A; 1OW7 A; 5L0J A; 3JPO A; 3T9O A; 4EHP A; 2H7V C; 3S27 A; 1ZQO A; 4IWB A; 3AU2 A; 5A69 A; 4UDV A; 3DE9 A; 4U5B E; 2OG2 A; 2L9J A; 3CAX A; 3MDC A; 4KLE A; 4CSA C; 3ZG1 A; 2OJE D; 2RFF A; 5J0Q A; 5L3V A; 1OKK D; 4LVS A; 1JR8 A; 2XLV A; 4C7O B; 1S7Z A; 2DR9 A; 5TZV A; 3PNC A; 2I9G A; 2JD3 A; 5J0P A; 1ZHY A; 2W45 A; 4I2H A; 3ER9 B; 4LDQ A; 3K66 A; 2BPF A; 4GYT A; 5D62 A; 7ICR A; 1U89 A; 4I2C A; 1EKY A; 2ID1 A; 1YA7 O; 4Z9H A; 4JLX A; 3NRH A; 4CSA A; 4X4N A; 4YL0 A; 8ICO A; 1TFO B; 1YYX A; 3ER8 C; 2GDC A; 1VTM P; 1ZQW A; 3ZTM A; 4WC7 A; 9ICK A; 3S9O A; 4MFC A; 2KC3 A; 3JRT A; 2OEX A; 3SZR A; 3SXK A; 4Q5S F; 1OW8 A; 3TJ6 A; 5CHG A; 2BBJ A; 3UXO A; 4I27 A; 1ZVZ A; 2A69 F; 4XQ1 A; 4X5V A; 5J0W A; 4TUR A; 4X4V A; 3RJH A; 2PFN A; 2WB7 A; 4ZLD A; 4IQW A; 3POV A; 1QVX A; 3IQ6 A; 4YMM A; 4M04 A; 1TWC A; 5GPG B; 3B9Q A; 2ETS A; 1FMW A; 3RJK A; 4YJW A; 1FNT c; 2YWA A; 3JPT A; 3AQK A; 4FHW A; 3A9C A; 9ICG A; 4WC5 A; 4OAH A; 4KLU A; 1UG7 A; 3RQG A; 4OD5 A; 3W4Y A; 7ICL A; 2G62 A; 4HE8 D; 3WFS C; 5K0I A; 4NM2 A; 4N06 A; 1FR0 A; 3TOM A; 3C5F A; 4EEB A; 4YCX A; 5IIL A; 2IXN A; 2P61 A; 5AC5 A; 2AVK A; 2XLW A; 1G4W R; 2J9U A; 4ATB A; 8ICQ A; 4WGY A; 4I44 A; 3C8Z A; 4F5P A; 4U5C E; 2Q9A A; 2XL4 A; 7ICG A; 4XEF A; 4F4B A; 3GOD A; 3IPM O; 5III A; 9ICJ A; 5BUO A; 3AG3 C; 4U5G A; 4BEJ A; 4KLF A; 1BR1 A; 1ZQV A; 2ZH3 A; 4CX9 A; 3C2K A; 4OIO F; 1TVA A; 3WAQ A; 3C18 A; 3RYL A; 1XZP A; 2O1P A; 8ICM A; 3B0P A; 1ZQM A; 1E83 A; 5FZT A; 5F2V O; 4PJM A; 3FVY A; 1ORJ A; 5KYX A; 1V74 B; 1TR2 A; 3V5X A; 3ITF A; 1OR3 A; 1AVO B; 4X4S A; 3EG9 B; 3IQT A; 3V5Z A; 3C63 A; 2B56 A; 2ISP A; 4X4O A; 3MX3 A; 1ZW3 A; 2IBF A; 4IGG A; 5AC4 A; 2KNH A; 2CCY A; 1RKE A; 3NYM A; 4ANJ A; 2CNW D; 1XWJ A; 4PHA A; 2R7S A; 2M64 A; 2V3C C; 3SXZ A; 4CS8 C; 3C8G A; 4RQ3 A; 4BEM J; 3NMI A; 1Z5Z A; 4RQ2 A; 4YMN A; 4U5E E; 5J0S A; 8ICS A; 1QSP A; 3B0X A; 4UB1 A; 3EF2 A; 9ICV A; 1ZQL A; 8ICJ A; 2BPC A; 5HV9 A; 3C62 A; 2C04 A; 4IQV A; 3RJI A; 5DBA A; 1YZC A; 3GEH A; 5J2F A; 3UR3 C; 3H38 A; 2R02 A; 2XL8 A; 1Z6A A; 3MDA A; 1H9T A; 1KDH A; 5CA7 A; 3CSK A; 1ORY A; 3U3F A; 1NFN A; 4EED A; 2BC5 A; 2RSE B; 3TFS A; 4I2I A; 4P2H A; 4CS8 A; 2OU6 A; 4PK4 A; 5BQH A; 1R8A A; 2EPK X; 2EPL X; 5HHI A; 1HUZ A; 9ICS A; 4O67 A; 4UB5 A; 5IIO A; 1LI5 A; 3F46 A; 4RBN A; 5HRF A; 4LZG A; 5IIN A; 5T1D B; 2BCS A; 3A11 A; 3VYW A; 4P4O A; 4GEH A; 3V7L A; 2EWR A; 1BPB A; 2D4U A; 4KLM A; 3U2M A; 1HW1 A; 5B1A C; 4MVU A; 2HSQ A; 3K75 D; 3HJC A; 5KYY B; 8ICP A; 5CFT A; 1VYK A; 4U5H A; 2MHR A; 1MQ2 A; 1MND A; 1CGO A; 1YYJ A; 1APC A; 2R7Q A; 4YN0 B; 1Q79 A; 1RJ9 A; 1V4A A; 1YAU O; 1ZQQ A; 4NY8 A; 4MVM A; 1I5N A; 3HNI A; 1LE2 A; 4CIH A; 2M2V A; 4KM5 A; 2J9V A; 2R7W A; 3N24 A; 5D46 A; 1E2X A; 4KLQ A; 4BJ1 A; 2A1D D; 2EIL C; 1EQ1 A; 2VH3 A; 4N4W A; 3H39 A; 3B71 A; 2IHO A; 3NG1 A; 2WVN A; 4RPX A; 4YT2 A; 1C03 A; 3HTK C; 1M2O A; 3DAG A; 4C3D A; 1DOV A; 4MVQ A; 3HJ1 A; 3EHM A; 2XSE A; 3O55 A; 5BPC A; 2ZH4 A; 2FMQ A; 4I28 A; 5J2A A; 3JTL O; 2AP3 A; 4C3E A; 2PP4 A; 2DR8 A; 4BPM A; 2EIK C; 2ZD9 A; 4M9N A; 4WC6 A; 4E8F A; 4G7Z F; 4F5O A; 4CDV A; 3W8H A; 4X0B A; 1HE9 A; 3DXJ F; 2P66 A; 2KQ9 A; 4LER A; 1KEJ A; 4K96 A; 1HY5 A; 4K7B A; 3MYI A; 9ICO A; 3M15 A; 1L3P A; 8ICI A; 3HNL A; 5J2B A; 4RWP A; 1MQ3 A; 4I29 A; 3ZWI A; 4ULV A; 8ICW A; 1K40 A; 3H65 A; 4KLS A; 2R05 A; 2YL3 A; 5TJ5 E; 4AT7 A; 4X4P A; 1YZA A; 4G7H F; 3RJJ A; 2HMZ A; 3ZQY A; 3JSE O; 3ABK C; 4RQ7 A; 1ZQY A; 2YL0 A; 3GM3 A; 2XXA A; 5J2I A; 1BZ4 A; 2IHM A; 1SYQ A; 5E3C A; 2LP4 A; 2PFP A; 2R9R B; 2BCR A; 5L0I A; 3TD7 A; 4LLE A; 1BPX A; 5J2K A; 4JWN A; 5DS5 A; 4E17 A; 4U9D A; 3UMH A; 2BE3 A; 4XEK A; 4I2A A; 5F5F A; 3JPN A; 4K9B A; 3WHN A; 1NU9 C; 2M2T A; 3DZA A; 3LQC B; 3GAN A; 2CDQ A; 2FAP B; 4DVZ A; 2V26 A; 3ASO C; 2ZHA A; 4CBE A; 3KPH A; 2VCC A; 3HKK A; 3H37 A; 5A6K A; 1A41 A; 1T5O A; 4MVR A; 1YDI A; 2ZXR A; 3ZC4 A; 4O5K A; 2B51 A; 1OCC C; 1LE4 A; 1QQ3 A; 4UBC A; 4MVS A; 1JMS A; 4M9G A; 3DJU B; 4DOZ A; 1KU2 A; 3RF3 A; 2M2U A; 5DDM A; 4I2B A; 5KYU B; 4PAC A; 3NYL A; 1K05 A; 4O5C A; 3DI5 A; 2OOC A; 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