The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
252
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structure length |
251
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Chain Sequence |
LRSEAFEYYHTLDESFLGRYMSALNHTKKWKFPQVGGLTSIKWADNNYLSSVLLALQQLEVKFNAPALQEAYYRARAGDAANFCALILAYSNKTVGELGDVRETMTHLLQHANLESAKRVLNVVCKHCGQKTTTLTGVEAVMYMGTLSYDNLKTGVSIPCVCGRDATQYLVQQESSFVMMSAPPAEYKLQQGTFLCANEYTGNYQCGHYTHITAKETLYRIDGAHLTKMSEYKGPVTDVFYKETSYTTTIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray Structural and Biological Evaluation of a Series of Potent and Highly Selective Inhibitors of Human Coronavirus Papain-like Proteases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| source organism |
Sars coronavirus
|
| molecule keywords |
Papain-like proteinase
|
| total genus |
61
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| structure length |
251
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| sequence length |
252
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| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2014-01-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4R3D A; 4M0W A; 4P16 A; 4RF0 A; 2FE8 A; 3MP2 A; 4PT5 A; 4OVZ B; 3E9S A; 3MJ5 A; 4RNA A; 4MM3 B; 5E6J A; 4OW0 A; 4REZ A; 5KO3 A; 4OVZ A; 4WUR A; 4RF1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I8O A; 1QQW A; 3S3R A; 2YJ9 A; 2VF7 A; 4ZUX U; 2JTC A; 3PNR A; 4JI6 M; 4AKI A; 1XWI A; 3KFQ A; 3I01 M; 5ITQ A; 2DC6 A; 7CAT A; 4HL4 A; 3I4V A; 3GQ5 A; 1PPP A; 1DO2 A; 3KWB X; 2DWZ B; 3GLI A; 3SAW A; 1CTE A; 5A24 A; 4LJ6 A; 1SXJ B; 2JRI A; 3F75 A; 4GC5 A; 1Z59 A; 2G6D A; 5JZE A; 2WSE F; 3GPP A; 3QYE A; 2D7E A; 1QZM A; 2GHU A; 3L28 A; 2R6F A; 4CZW A; 3RVX A; 2X49 A; 3GO8 A; 2OOA A; 1AIM A; 3GLI E; 2G8J A; 4AKG A; 4G4N A; 3MOR A; 2ZBK B; 2DKL A; 4CGY B; 3CBJ A; 4FD2 A; 1PPO A; 3NBX X; 2LNH C; 1SXJ D; 3VDP A; 4OVZ A; 1TU6 A; 1UFZ A; 1JR3 A; 3LQR A; 1XB2 B; 2C0Y A; 1IN7 A; 1DV0 A; 4B08 A; 3USV A; 3OTO M; 4LF6 M; 3OF9 A; 1SNK A; 4DV0 M; 1KHQ A; 4MGY E; 3VDU A; 2R9M A; 4IBE A; 1E94 E; 1JR3 E; 4IIW A; 2J7Q A; 4HWY A; 1YK8 A; 3PHU A; 3J7A S; 2QQ8 A; 1NSF A; 4IBI A; 4X6J A; 4QNR A; 3H8C A; 5F3W A; 1GL6 A; 3LVW A; 4LG2 A; 2G5G X; 2AVW A; 1CJL A; 4JI8 M; 2XSZ A; 2DZY A; 1JQP A; 2C9O A; 4R3D A; 1QAM A; 4AI6 A; 5C18 A; 2CIO A; 4KLN A; 1OAO C; 1T3T A; 1N77 A; 5EP3 A; 2F7D A; 4N8W A; 2UXC M; 5DFL A; 3U61 B; 2I7N A; 4IUM A; 3K24 A; 4DV2 M; 3ZNH A; 3FKE A; 1NY6 A; 3KFU G; 3PSE A; 3HHI A; 1F29 A; 2HCB A; 3KP0 E; 3PNY A; 2QP9 X; 3T38 A; 3R8F A; 4BS6 A; 1N33 M; 3KX1 A; 4GUA A; 4IBB A; 1NV8 A; 4QHT A; 3K92 A; 1ZMU A; 1IXR C; 3D6S A; 1HQC A; 4LF5 M; 3AOE C; 1T43 A; 1NVM A; 3J7B A; 1QAN A; 1ZMW A; 2GNO A; 3GLG A; 2BJV A; 2EO2 A; 2P86 A; 1U5I A; 1R2Y A; 1Z5A A; 2EJS A; 2LHG A; 3H8B A; 3H6S A; 3CBK A; 2O5R A; 3T1H M; 2JP7 A; 1IBL M; 1IXZ A; 2FNA A; 4OEL A; 2MRO B; 3GLG E; 5H37 D; 4M9X A; 1GJT A; 1R7R A; 2BTW A; 3E9S A; 5EZQ A; 2KXE A; 3MTN A; 3DF0 A; 4DUZ M; 3IG8 A; 1NHG C; 1NV9 A; 3PRP A; 4QHS A; 1WR1 B; 2FRA A; 5A2Q S; 1NB5 A; 3AI8 A; 4DMX A; 4AQY M; 4NC6 A; 5EXT A; 3HHW A; 5CVM A; 2O6X A; 4XK8 F; 1XXH A; 2R62 A; 3HX3 A; 4X62 M; 2KNV A; 3U6P A; 1THE A; 4ANR A; 1PXV A; 1Q3C A; 1VG5 A; 4LJ4 A; 1PJS A; 2DAE A; 2I7P A; 3HHA A; 2P5T A; 1PAD A; 3D8B A; 1GLO A; 2HWK A; 1XXH E; 4II7 A; 2XFS A; 2UUC M; 3C0R A; 2QCU A; 2OZ2 A; 5EXS A; 2R9N A; 4MH0 E; 2DCD A; 1TDZ A; 2KZU A; 3MHH A; 2VF8 A; 4K7C A; 2UZJ A; 1AEC A; 3IFU A; 5FTL A; 2DZZ A; 4X64 M; 2LBC A; 1FH0 A; 2ZTC A; 3W30 A; 2G3Q A; 4LY6 A; 1PGY A; 1QAO A; 4AG6 A; 1OIZ A; 3B9P A; 3N3K A; 4LJ7 A; 2CUZ A; 3DA1 A; 4L16 A; 3AJI B; 1DGH B; 3C3D A; 2J7O A; 3HZJ A; 3MTV A; 3OVZ A; 2NQI A; 2R9O A; 5EP2 A; 2Z4S A; 2HHN A; 2CHV A; 1A5T A; 2JY6 B; 4FWH A; 3ZCB B; 3FUX A; 5JI3 E; 4NRV A; 1AU2 A; 4BB9 A; 3WXG A; 4DR2 M; 1QYR A; 2DCC A; 1EWP A; 3M7G A; 4B7G A; 3C9P A; 3LCU A; 5K16 A; 5E6J A; 1R6B X; 1DEU A; 4I5S A; 3SHG B; 2JZ0 A; 1TH2 A; 2GFO A; 2GQF A; 2KA6 B; 4RKU F; 1PRB A; 1PJI A; 1PJJ A; 2FYE A; 5PAD A; 4KT0 F; 3F5V A; 3GRY A; 2DC9 A; 4L78 A; 3MP2 A; 1DO0 A; 1KFU L; 4CDE B; 5KO3 A; 4JI0 M; 3QJ3 A; 1EWO A; 4DR1 M; 4B3S M; 3LQQ A; 3BY4 A; 1OIP A; 1MX0 A; 3BBA A; 2IPP B; 2NQA A; 1NO1 A; 1IXS B; 4PDI A; 2DNA A; 2LWX A; 2OO9 A; 2K47 A; 2MH8 A; 4YYW A; 1BVS A; 2R4E A; 5L8R F; 1I4W A; 2R44 A; 4LJ5 A; 3AFH A; 3TQS A; 2UU9 M; 5BR8 M; 2JNH A; 3HWN A; 2DZO B; 2WBF X; 2DAM A; 1MHW A; 4LF8 M; 1IBK M; 2LVN C; 4FJC A; 2UXB M; 2BU3 A; 4B3R M; 4IBK A; 3PHW A; 3FUU A; 1HNZ M; 1VEJ A; 1HNW M; 4LRS A; 1VEK A; 1K3W A; 3EIH A; 3W0F A; 3A98 B; 2ZAM A; 2DCA A; 2DWM A; 1CVZ A; 3SBJ A; 1QXP A; 4NOO B; 1EF7 A; 5E26 A; 3THG A; 3SC3 A; 3N3G A; 1GLN A; 1MEM A; 4P6G A; 2DHY A; 5EP4 A; 2OOB A; 4DV7 M; 4OU7 A; 2K6B A; 3SAT A; 1V92 A; 4TUW A; 2L09 A; 2Y21 A; 2CP8 A; 3Q8X A; 4NRW A; 5ITU A; 3L29 A; 3TL4 X; 1G4A E; 4Z6Y A; 4GHL A; 1LTM A; 2MJ5 B; 1A6R A; 4GIP A; 1R4G A; 1L2C A; 3RE8 A; 1NJF A; 5JA7 A; 2OUL A; 3AL0 C; 4S12 A; 1MDW A; 3U6O A; 3GRU A; 2YNM D; 1KHP A; 1L2D A; 4CHT B; 3U6Q A; 2Z8Y M; 3U6S A; 4G6Z A; 3U6C A; 2KEB A; 2P0R A; 1HR0 M; 1VQ1 A; 3P5X A; 3ZH9 B; 2D7G A; 4GMQ A; 1HUC B; 3KOZ E; 2NQ8 C; 5EZS A; 3C3E A; 3IOQ A; 3SFZ A; 3VK7 A; 1GL7 A; 1G71 A; 4WP2 A; 3V6E A; 1IBM M; 2KZS A; 4LGM A; 2XZU A; 2XGN A; 5CHT A; 4MM3 B; 4M9S A; 5EF4 A; 2HAK A; 3UK6 A; 1G3I A; 1PCI A; 3CH3 X; 3B89 A; 3SAU A; 1WGL A; 1CPJ A; 3N4C A; 1ME3 A; 2F5S A; 3SAR A; 1QMY A; 1XHB A; 2M5Z A; 1QUT A; 1QDR A; 3KOX E; 2X4A A; 2F5N A; 1L1Z A; 3QYB A; 3GP1 A; 1J7K A; 2E02 A; 1GJS A; 1ATK A; 2JY7 A; 4WA6 A; 1L8Q A; 3T1Y M; 3IHP A; 4LRT A; 3RGS A; 1EIJ A; 3K9M A; 3HHY A; 5FTM A; 3HKP A; 4LFC M; 1BY8 A; 3PHX A; 5KQ8 A; 2OPF A; 4B3T M; 1SXJ A; 1R5L A; 4RKX A; 3KSX A; 2DZN B; 3HJQ A; 1YT7 A; 3BCN A; 2XLJ A; 5EXP A; 4IJF A; 4REZ A; 2WZJ A; 1LV7 A; 3L27 A; 3PNV A; 1QOL A; 2R9C A; 1SXJ E; 4D8B A; 4BOP A; 4JN6 A; 4YYU A; 3HHX A; 4OVZ B; 2Z3X A; 3B74 A; 1VDL A; 4YY3 M; 2V1U A; 4NXM M; 3PVS A; 1WJ7 A; 2Y20 A; 2C96 A; 2Y0T A; 5EGW A; 5EP1 A; 2J5Y A; 1CV8 A; 3GLF B; 1GEC E; 4DMY A; 1TH3 A; 1X9Y A; 2YFQ A; 3U6L A; 1OJL A; 1D0K A; 3FTE A; 4PDG A; 3VK8 A; 4Y28 F; 2CWB A; 4NXN M; 4RF1 A; 1HNX M; 1L1T A; 1W5S A; 3TRK A; 2L6O A; 1WXQ A; 2L2D A; 3IV2 A; 2J7Q C; 3DFZ A; 2LH0 A; 1D0M A; 2DI0 A; 3WXF A; 3HJ8 A; 1ICF A; 3E46 A; 3U61 A; 2H5X A; 9PAP A; 4B7H A; 1VEG A; 3H4M A; 1GCB A; 2JA2 A; 2DEN A; 2NQG A; 1PPD A; 2JXN A; 3I51 A; 2Y0Q A; 1TF0 B; 5FLX S; 3AOE A; 1POP A; 2FS1 A; 2AUX A; 3GPX A; 1XNQ M; 3S3Q A; 2QNJ A; 1AU0 A; 2HD5 A; 2QEN A; 4RY2 A; 4JV5 M; 2DC8 A; 2CHG A; 2VDB B; 1GAB A; 4BS5 A; 3W67 A; 3I06 A; 1AYU A; 3FTF A; 2R0I A; 1QZE A; 2DJG B; 3LCV B; 4ITQ A; 1DF0 A; 1ORY B; 1U9V A; 2E01 A; 4D81 A; 1SG9 A; 5ITR A; 4CIS A; 1AIP C; 4MI7 A; 2MR9 A; 3FUT A; 2CB5 A; 4QH6 A; 3D8L A; 3FRH A; 3A45 A; 1TL9 A; 2FTD A; 3VFD A; 2JWS A; 2B3T A; 3KOY E; 2Y6E A; 4ZTB A; 3C58 A; 3L25 A; 2KHH A; 2FE8 A; 1WHC A; 3VKG A; 4RNA A; 4KOD A; 2UUA M; 1ZCM A; 3WXE A; 1KFX L; 1EWL A; 1CQD A; 2QHO B; 2M60 A; 2CFO A; 3U5Z B; 2DAG A; 4W5C A; 1N75 A; 3JR4 A; 3KS8 A; 4LJ9 A; 4M9Z A; 4P6E A; 2HHH M; 5JH3 A; 1ZV1 A; 4FVM A; 1DGB A; 3AKZ A; 4M0D A; 4MGK E; 1M6D A; 4MZO A; 1OQY A; 3HU1 A; 4G4O A; 3RGP A; 8CAT A; 4YYQ A; 1ZIV A; 1I94 M; 4BOU A; 2BJW A; 1FJG M; 2IBI A; 2YQZ A; 1D0L A; 3CF0 A; 1E9R A; 3BXW A; 1AUA A; 4OEM A; 4GHA A; 1SP4 B; 1F2C A; 4MB7 A; 4XBO A; 3UJN A; 5KQD A; 4XR7 A; 1RU3 A; 1OKS A; 4CDD B; 4FWG A; 2E00 A; 2DOS A; 7PCK A; 1QDT A; 1ZQ9 A; 2VQE M; 3HU3 A; 4L8R C; 4PT5 A; 2O25 A; 1N78 A; 3GQ3 A; 3E21 A; 1OFH A; 3B7Q A; 4L15 A; 1DGH A; 3TWK A; 4HXD B; 1DKI A; 3NHE A; 3I3T A; 2L4F A; 2HXZ A; 5ITY A; 4I05 A; 1OTR A; 4X66 M; 2XU5 A; 1PE6 A; 5KPR A; 3U60 B; 1CSB B; 1OFI A; 2WSC F; 2XZF A; 3B79 A; 1O0E A; 5CVO B; 4YYR A; 1NLJ A; 1E32 A; 2G8E A; 1NQC A; 4AKH A; 4FK5 A; 4GH9 A; 5IWA M; 3PRM A; 1Q39 A; 3V76 A; 2QZ4 A; 2DAI A; 1P3Q Q; 4QRX A; 4LCB A; 5KPZ A; 3FUV A; 2A5Y B; 4F1I A; 2CV1 A; 3K9O A; 1J09 A; 1MN3 A; 1K3B B; 4QRG A; 2ZAO A; 4D80 A; 4G4Q A; 4FCV A; 1Q02 A; 1CB5 A; 3BPF A; 1G8P A; 1F2B A; 3GPY A; 2QBY A; 2XU4 A; 4LZJ A; 4CIZ A; 4G54 A; 1TR8 A; 1IXS A; 3P5W A; 4IP3 A; 2AYO A; 1E9S A; 2UXD M; 2F5O A; 2FT2 A; 1D2N A; 4GC9 A; 1MU5 A; 4IBC A; 4QRV A; 3W68 A; 2MGW A; 1H6U A; 4IBD A; 4LJ8 A; 2F1G A; 3KW6 A; 4LFA M; 4XZX A; 3WHK A; 1C1K A; 3B7Z A; 6PAD A; 2KNA A; 3ERV A; 3K8U A; 1G41 A; 4AG5 A; 4DR3 M; 3A46 A; 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