The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
71
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sequence length |
257
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structure length |
255
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Chain Sequence |
DETKALKELYGPVDPTFLRFYSLKAAVHGWKMVVCDKVRSLKLSDNNYLNAVIMTLDLLKDIKFVIPALQHAFMKHKGGDSTDFIALIMAYGNCTFGAPDDASRLLHTVLAKAELCCSARMVWREWCNVCGIKDVVLQGLKACCYVGVQTVEDLRARMTYVCQCGGERHRQLVEHTTPWLLLSGTPNEKLVTTSTAPDFVAFNVFQGIETAVGHYVHARLKGGLILKFDSGTVSKTSDWKCKVTDVLFPGQKYSS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray Structure and Enzymatic Activity Profile of a Core Papain-like Protease of MERS Coronavirus with utility for structure-based drug design.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Middle east respiratory syndrome coronavirus
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| molecule keywords |
ORF1a
|
| total genus |
71
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| structure length |
255
|
| sequence length |
257
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2016-06-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MJ5 A; 5E6J A; 4OVZ A; 4PT5 A; 4REZ A; 4RNA A; 4MM3 B; 4P16 A; 4M0W A; 5KO3 A; 4WUR A; 4OVZ B; 3E9S A; 4RF1 A; 4R3D A; 4RF0 A; 4OW0 A; 2FE8 A; 3MP2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PP1 A; 4CIS A; 2FYE A; 2GHU A; 4XUI A; 1QXP A; 2L7H A; 1MHW A; 2XSZ A; 1CB5 A; 1CUK A; 1R5L A; 3LW5 F; 2BWE A; 4PAD A; 1SXJ C; 5GKN A; 5JA7 A; 2YFQ A; 5KQ8 A; 1KSF X; 3OVZ A; 1RU3 A; 1SXJ D; 4FK5 A; 3FTC A; 2JXN A; 3KOY E; 4BSQ A; 1AYV A; 3GP1 A; 5FTJ A; 1U9Q X; 3MHS A; 3KS4 A; 1R2Y A; 1Z5C A; 5L8R F; 4DR5 M; 2C98 A; 2FTD A; 3MP2 A; 3FUT A; 3GLI A; 2PAD A; 4LF6 M; 3HHW A; 4NXM M; 2LVQ D; 4LJ4 A; 3C0R A; 1NHG C; 1PM5 A; 3B79 A; 2QPA A; 5KO3 A; 3PHU A; 2QSF X; 4AKH A; 3KW6 A; 3IFU A; 4NSR A; 1Y4H A; 3A45 A; 1Y8G A; 4YHH M; 1J09 A; 4GMQ A; 2XZU A; 1Z5B A; 2GFO A; 2ARY A; 2YJC A; 1TDZ A; 3GLF A; 1TH3 A; 5EF4 A; 3PRM A; 4NXN M; 2P86 A; 4DR7 M; 2V1C A; 4CHT B; 3C3E A; 2JWS A; 4X6J A; 2ZAM A; 5ITR A; 1NLJ A; 1MN3 A; 2EKF A; 1EWO A; 2OUL A; 1QDT A; 1JQJ C; 4B7H A; 5EXT A; 2HWK A; 2FUD A; 1XNQ M; 2E00 A; 1S3S A; 3NBX X; 3KWB X; 1XXH E; 3U6E A; 1FH0 A; 2AHM A; 1CS8 A; 5JH3 A; 2OQ4 A; 3GRR A; 3VFD A; 2J5Y A; 4ZUX U; 3PHW A; 1CQD A; 4NOO B; 4GHA A; 4LGY A; 1IXR C; 2UXB M; 2L09 A; 4ANR A; 1GL7 A; 3FTE A; 1DF0 A; 4RKU F; 3U6P A; 3KOW E; 2Z3X A; 4II7 A; 1WR1 B; 5FPW A; 3DZD A; 3U6S A; 3BY4 A; 1K3X A; 2CUZ A; 1GVN A; 2NQG A; 2YJB A; 4MSX A; 1XB2 B; 2P5T A; 5FTL A; 3V6E A; 3WHL A; 2XH9 A; 3KP1 E; 1ZAE A; 2ACT A; 4G6Z A; 4MZO A; 5LMN M; 4DR2 M; 1TU6 A; 3OVX A; 1PCI A; 4DV1 M; 2CIO A; 4YYS A; 3O1G A; 2LBC A; 3KW9 A; 3RVX A; 2RGO A; 1EWM A; 4PP2 E; 1IXS B; 2DZO B; 4JI4 M; 2BTW A; 1R6B X; 3HJ8 A; 2F5O A; 4MGY E; 4I5S A; 4AI6 A; 3K8Z A; 3MHV C; 1AYU A; 3VDU A; 3VK7 A; 3KFU G; 3MOR A; 2DXI A; 3PNR A; 4P6E A; 3C3D A; 1LTM A; 1YZB A; 2QCU A; 1OFH A; 1BVS A; 1YK7 A; 3I4Y A; 3OQC A; 2JTC A; 3HGI A; 2CHG A; 1PRB A; 4BB9 A; 2LTU A; 1GCB A; 3IV2 A; 4IBE A; 4OEM A; 1AU0 A; 1QDQ A; 3W30 A; 2DC8 A; 4GUA A; 2JY5 A; 3QAU A; 2B1M A; 3T15 A; 4QHS A; 1N75 A; 1AU4 A; 3ZNH A; 1ZQ9 A; 1NB3 A; 3FUX A; 4CJ6 A; 2VII A; 3SBJ A; 3H8B A; 4JI1 M; 4AKI A; 3DFZ A; 1DO2 A; 1EFU B; 4AG6 A; 1E94 E; 2G8L A; 2DCC A; 3KVW A; 3CTW B; 1G3I A; 5FTN A; 5EXX A; 3VLF B; 2X8A A; 1YAL A; 5EP1 A; 1U5I A; 2B3T A; 3PXG A; 4A3V B; 4ZTB A; 1N32 M; 2LVN C; 4DV3 M; 1MDW A; 3B9P A; 4FCW A; 1HNW M; 2ZBK B; 4XBO A; 1NNU C; 3FD9 A; 2VHF A; 2OPF A; 4MH0 E; 1IN4 A; 2P7U A; 4JI0 M; 1HT2 E; 3RGS A; 4GRI A; 4GC9 A; 4IBC A; 3L28 A; 1J5E M; 3T38 A; 2R4J A; 2DCA A; 3HHA A; 3U61 B; 4AQY M; 2BWB A; 1QAO A; 1PXV A; 3P5U A; 1P3Q Q; 5EZS A; 4W5B A; 3FYD A; 4IBD A; 2V6Z M; 3TWL A; 3GLG B; 4M0W A; 1W5S A; 3U6O A; 3GLH B; 2Y20 A; 3L26 A; 5PAD A; 3BPF A; 7PCK A; 2LHC A; 1MEG A; 2D7G A; 1Z6T A; 5KPZ A; 2P0R A; 2IBI A; 1G59 A; 1W5T A; 3E46 A; 2XU5 A; 3U6L A; 4FW9 A; 1LV7 A; 3LCU A; 4KHP M; 1DO0 A; 1BQI A; 3PHX A; 2JY6 B; 4FCV A; 3IUT A; 5EP3 A; 1IY2 A; 1BGO A; 3I51 A; 4QRV A; 1SG9 A; 3TRK A; 2DAM A; 2QHO B; 2EUC A; 3Q8X A; 4K0K M; 2MRO B; 4AZF A; 2FT2 A; 2LVP C; 3CBJ A; 2LH0 A; 4D8B A; 3K8U A; 4LFB M; 1HJP A; 3TE6 A; 5ITT A; 4DV0 M; 1CJL A; 1IY0 A; 4JYA M; 3HU1 A; 3SYL A; 1L8Q A; 1NY5 A; 4YVA A; 4W5W A; 3E21 A; 4NC6 A; 3KKU A; 2UXD M; 1CV8 A; 4B08 A; 1Q3C A; 4MB7 A; 1QUS A; 2FO5 A; 2KHH A; 2AUZ A; 2MJ5 B; 1TDH A; 1AU2 A; 2QQ8 A; 1PJI A; 4FJC A; 4JI7 M; 1ZMV A; 2OO9 A; 4P17 A; 1QUT A; 3IEC A; 5EP4 A; 1O0E A; 3HU2 A; 1QZE A; 1TH4 A; 3RGP A; 4RF0 A; 3D8L A; 2KDL A; 3CGW A; 1XMQ M; 2L4E A; 4S12 A; 4CIZ A; 3UGJ A; 3BXW A; 3H6S A; 2BU3 A; 2LHG A; 3P5W A; 1SP4 B; 2ZM6 M; 1OKS A; 5FTM A; 1XXH A; 1T6O A; 1IXS A; 2CWB A; 2DZN B; 4OW0 A; 3VDP A; 1YVB A; 4R7G A; 3KP0 E; 1DGB A; 3QSD A; 4DMX A; 2NQD B; 2R46 A; 3AKZ A; 3JR5 A; 2FOI C; 5IT9 S; 4HEO A; 3J27 B; 5FTK A; 4IJE A; 2HL7 A; 4WP2 A; 3HX3 A; 1HNX M; 1OIP A; 4YYV A; 3FYC A; 1IBM M; 2F5S A; 4QNR A; 2VHS A; 3F75 A; 3OF9 A; 3D6S A; 2ERC A; 3L29 A; 1YE9 A; 3ZH9 B; 3SAU A; 1MIR A; 1AIM A; 3TNX A; 2Z4R A; 3I06 A; 1SNK A; 2EA0 A; 3UZU A; 1K3B B; 3KWZ A; 4LG2 A; 1OTR A; 5EQT A; 3P5X A; 4RY2 A; 2F5N A; 4LY6 A; 2J7Q C; 1IN6 A; 3H89 A; 4YYR A; 3GRU A; 1UKF A; 2K47 A; 3PT2 A; 3U6Q A; 4M0D A; 2KNA A; 2R9C A; 1I94 M; 3K9O A; 3GPX A; 3U60 A; 4GKJ M; 3TPZ A; 4GHL A; 1H6U A; 1PPO A; 4IBI A; 1GAB A; 1ZMU A; 2XFS A; 1KFU L; 2GQF A; 1IWD A; 1PJS A; 2JY8 A; 4R71 A; 4MGZ E; 1ITO A; 1NSF A; 4W5C A; 4LFA M; 1CVZ A; 1DGH B; 4X66 M; 3GPP A; 2O01 F; 4BOU A; 1GJS A; 4A5U A; 4W4U A; 3PRP A; 1THE A; 3R9X B; 2OZ2 A; 4CDC B; 3E4R A; 3U61 A; 4P16 A; 4QRG A; 2M60 A; 1JQP A; 1J7K A; 1ME4 A; 3LCV B; 1N34 M; 4G54 A; 2Y0T A; 1KFV A; 2RGH A; 2BDZ A; 3B21 A; 1KXR A; 3RNV A; 4OU7 A; 4OVZ A; 4PCZ A; 2JRI A; 1HQY E; 3HY5 A; 3TWM A; 2G3Q A; 2R44 A; 3WXF A; 5CHV A; 3S3Q A; 4JV5 M; 5ITU A; 3LQR A; 2OP3 A; 1M6D A; 2XEP A; 1D2N A; 1GEC E; 5CVN B; 2AYO A; 1L2D A; 3IG5 A; 4IBF A; 7CAT A; 2ZAO A; 5KQD A; 2JUJ A; 3SAV A; 4TUW A; 1YT7 A; 5ITY A; 1XKG A; 6PAD A; 3H4J A; 4LF7 M; 4BOS A; 3KX1 A; 2KA6 B; 4JI6 M; 3KSE A; 3FTF A; 4FVM A; 2QBY B; 2B1N A; 2C0Y A; 4YV8 A; 2JP7 A; 3LQQ A; 1R2Z A; 3CH3 X; 4I07 A; 2DKL A; 3U6C A; 3A98 B; 4DV5 M; 2LVA A; 2VDB B; 1ZCM A; 4JXJ A; 3B74 A; 2WSE F; 3SAT A; 2L2D A; 2KZU A; 2XFT A; 2VQE M; 4CDE B; 4AXL A; 3OIS A; 1NB5 A; 2WZJ A; 3B7Q A; 4DR3 M; 1VEG A; 4K7C A; 2HKJ A; 1VEK A; 2MH8 A; 2RRU A; 4B3S M; 2WSF F; 4IBB A; 4B3R M; 3U6D A; 2J7Q A; 4Z8X A; 2LVO C; 4B3M M; 2X49 A; 3Q8G A; 1GMY A; 1XHB A; 2G8E A; 3D8B A; 1PIP A; 4IJF A; 1Q6K A; 1MJG M; 4GIT A; 1TGU A; 4NL4 H; 1UM8 A; 4BOP A; 1XMO M; 2CV0 A; 1JR3 A; 2D7E A; 2CHV A; 4GKK M; 4G3O A; 4REZ A; 1NQC A; 4RKX A; 1GO5 A; 4XR7 A; 3GPU A; 2CRU A; 3U8E A; 1WIV A; 4Z6Y A; 1PJT A; 2QEN A; 4DV4 M; 4Q8H A; 3SC3 A; 1T43 A; 2DOS A; 3KSX A; 3QJ3 A; 2AYN A; 2DC9 A; 2XGN A; 2CP8 A; 4OX9 M; 1MU5 A; 3T1Y M; 4B3T M; 2H1R A; 1PVJ A; 4IIW A; 3HJS A; 2CEA A; 4KLN A; 4G4R A; 3V76 A; 4DUZ M; 4BBA A; 3C9P A; 3PNV A; 4L16 A; 2YJ2 A; 2Q2E B; 1VJV A; 1EWP A; 1VEJ A; 1Q02 A; 3OF8 A; 2DNA A; 4Y28 F; 5EGW A; 2VQF M; 1AEC A; 2CB5 A; 3QYB A; 3CF2 A; 4QH6 A; 1YLA A; 3QWL A; 2CV2 A; 2FQ9 A; 1F2B A; 3GLG E; 4LJ7 A; 3GLH E; 2HHH M; 2LWX A; 1STF E; 3GQ3 A; 4CZW A; 2MGW A; 3B89 A; 2FH0 A; 1QDR A; 3ERV A; 1VSN A; 4PDG A; 2C9O A; 5C18 A; 2EJS A; 5A24 A; 4LJA A; 1IN5 A; 3KXE C; 3QT4 A; 4YYU A; 4N79 A; 3U5Z B; 4N8W A; 3HU3 A; 2R4E A; 2YJ8 A; 1GJT A; 4N4Z A; 3DOA A; 3TQS A; 2KXE A; 2XU1 A; 5JI3 E; 2DEN A; 4NRV A; 2W82 A; 1OQY A; 1BY8 A; 4Q7J A; 3W68 A; 2C9C A; 5KPT A; 4LJ9 A; 3ZCB B; 3SAR A; 5EP2 A; 1L2C A; 4QOZ C; 1NJG A; 4DR6 M; 5J94 A; 4EIW A; 2DWZ B; 1N77 A; 4ITQ A; 2G7Y A; 1MX0 A; 1A5T A; 2BNK A; 1G4A E; 4CDD B; 4CGY B; 2HAK A; 1S4V A; 2N35 A; 4JI2 M; 1U9V A; 9PAP A; 2YNM D; 4B7G A; 3SMS A; 1CPJ A; 3WXG A; 1HR0 M; 2LXE A; 2Y0Q A; 2DZZ A; 2L6O A; 4LRT A; 3E1Z B; 2KNV A; 1PJJ A; 4DR1 M; 2YR0 A; 1EIJ A; 5IZ7 D; 4X6H A; 3GLI B; 2PRE A; 1EF7 A; 2R9O A; 4WA6 A; 1ORY B; 4WUR A; 3BCN A; 1OFI A; 4L6V 6; 1JR3 E; 1IQP A; 3PFI A; 2JZ1 A; 1A6R A; 3W31 A; 2MR9 A; 1KYI A; 1WHC A; 2K0B X; 3I4V A; 3AI8 A; 3K24 A; 3FUW A; 2F5Q A; 3LVV A; 3AV0 A; 3IOQ A; 1NHW C; 4AXM A; 1XC8 A; 2YQZ A; 3GLF B; 4XGI A; 3NWL A; 4I04 A; 1PPD A; 4D80 A; 1Q3B A; 4FCT A; 1KFX L; 2F7D A; 4DMY A; 1YUB A; 3K1J A; 4QBB A; 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