The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
398
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structure length |
373
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Chain Sequence |
HKIEKTTQKLSETVRPRDMFIHDDGAHYKVDDNALYEEIWSDLPHWDVKGIKDISDQYDKAGFKSWFYGIGGSEAKLDLQFSDTIPIDIFQTLFKWSNQSFEYSSFDHILIPFNETKANKKIYLVSYSKQLILEVTVESANYRNIMNDLKNRQSNMPAFSLFSIGSKKEFLLPNKPLTMDKKEFVTESIKTNTFKQALFSDPSIVRENVLTDGISRLDVNLSQRQVQFQQLVQSTSYQTGELIKKSQKYLEDTGSWTDHYQFFNINDSQQLSFYIFMDQIPVINSTAKPFGATSAITVQWANDDILSYKRPNYSLGTNSETELMGGSEVKMLLSKQTAYDTDKIDQIFLAYQLLEPVWAMKVNGKIVPITKDL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of YycH involved in the regulation of the essential YycFG two-component system in Bacillus subtilis reveals a novel tertiary structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Bacillus subtilis
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| molecule keywords |
Two-component system yycF/yycG regulatory protein yycH
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| total genus |
87
|
| structure length |
373
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| sequence length |
398
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | TATA-Binding Protein | TATA-Binding Protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FGT A; 2O3O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCR 3; 3GZB A; 5CLK A; 1JKG B; 3LOY A; 1DVC A; 4BIR A; 3NHX A; 4R80 A; 2L4V A; 1B2U A; 1D6Y A; 2MZ8 A; 3UL6 A; 4WXA A; 3IJE B; 2MF7 A; 1BAN A; 2WOH A; 3CNX A; 3BKQ X; 2JDI H; 1FZU A; 2J8X B; 1RN4 A; 2P05 A; 5JMV D; 1LWW A; 2P0M A; 3GZY B; 3X40 A; 4RNT A; 5IG0 A; 3PS8 A; 1FW7 A; 4KT3 B; 3CCS 3; 2K3D A; 4EAL A; 1Z1S A; 3N8B A; 1Q82 4; 2F86 B; 2L1S A; 1BRG A; 1Q9U A; 1NB3 I; 2ML5 A; 1N8Q A; 3EIK A; 4ILF A; 1ZS7 A; 4LZI A; 1Q40 B; 1PU4 A; 2E2U A; 1YIJ 3; 2YFJ B; 1K35 A; 1BSD A; 3TDG A; 1JDY A; 3RNT A; 2WGO A; 3CCU 3; 1BVI A; 1KSI A; 1I2E A; 4KFE A; 1YGW A; 1V74 A; 4J8T A; 1K9M 4; 1I2F A; 4ORL A; 1DMN A; 1K41 A; 3ALA A; 1TJD A; 3DGL A; 4EC6 A; 1QTP A; 1T6A A; 2DKA A; 2D42 A; 3QRD A; 1QNA A; 1LXE A; 3FLJ A; 2BNG A; 1N5H A; 3F10 A; 1BNF A; 2HML B; 3PCS A; 1FUS A; 5KP1 A; 5DRV A; 3OH9 A; 1BRJ A; 4G1M B; 1RN1 A; 2XSO B; 3LTC A; 4AKY A; 5FW5 A; 3F8X A; 3PDK A; 1YQM A; 3UJM A; 6STD A; 2BMO B; 1RNB A; 1OCV A; 1EA2 A; 3S27 A; 2E2V A; 1NH2 A; 1D6Z A; 2FKM X; 3Q3F A; 3K9M C; 1GOY A; 1TFK A; 1UI7 A; 3UL5 A; 4RNZ A; 1GY6 A; 5IER A; 2HZS A; 3S29 A; 1G0T A; 3BND A; 2XH9 A; 3OC3 C; 1M3H A; 3LH4 A; 1JV2 B; 3SYU A; 5I97 A; 3BIR A; 4ROC B; 2BU4 A; 1PVS A; 1TUH A; 4HBR A; 3EHC A; 2GXF A; 2QA4 3; 1LQG C; 3OGD A; 5CF2 A; 3FZW A; 1GD4 A; 3SLU A; 3S28 A; 2BO9 B; 4LYL B; 1K73 4; 2KAA A; 4CDL A; 3WOF B; 4IL8 A; 1J3M A; 2F4Y A; 4EJY A; 1GOU A; 3H1Z A; 1WMN A; 5IF6 A; 1QN9 A; 2IA7 A; 1N9E A; 2C4B A; 1R4C A; 4N6M A; 3HI7 A; 4EYC A; 3KRM A; 4K1V A; 1QN3 A; 1NVP A; 1W00 A; 1FYS A; 2D0A A; 1VQ8 3; 2MJ7 A; 1FUT A; 2PWW A; 3N54 B; 2IUK A; 3EBY A; 4GL6 A; 4FMC A; 1YVB I; 4AKZ A; 4GB5 A; 3IMA B; 7RNT A; 1KYF A; 3M8C A; 3OSE A; 1OGX A; 2W6J H; 3ZG5 A; 3FF2 A; 3SVA A; 2JPI A; 2GSP A; 4RNY A; 1BUJ A; 3WR2 A; 2RFR A; 2CW9 A; 1UT4 A; 1I8V A; 1KFQ A; 3BU4 A; 5AIF A; 4IT7 A; 3OST A; 3B8L A; 1PZD A; 3SOY A; 3EN8 A; 3F8H A; 3V99 A; 2W2C A; 3JVC A; 4K90 B; 1B2X A; 3BNB A; 3O8Y A; 3NBJ A; 2OTJ 3; 1VQ7 3; 3CCQ 3; 1RGE A; 1XSZ A; 1M9G A; 3PYJ A; 1RGH A; 1TTO A; 1RRL A; 3D5I A; 2IYJ A; 3CME 3; 5AII A; 3SOA A; 4L7K A; 2CG0 A; 4C7P A; 3NV0 B; 3QK9 A; 1QMA A; 3AHS A; 3H51 A; 1W5Z A; 3TE5 A; 1A2P A; 3EX9 A; 3J7Y d; 4BTY A; 4RZM A; 3V98 A; 4HJL B; 1RGL A; 2XR8 B; 3KFQ C; 5BIR A; 1BSC A; 5IYC P; 1C4G A; 5EQL A; 3S67 A; 2OOV C; 1EUV A; 4GHO A; 3WHO A; 2R41 A; 4WP5 A; 3G6E 3; 2BIR A; 1N39 A; 1JZO A; 1W80 A; 3TDH A; 2QEX 3; 4BL2 A; 1UUG B; 2CFW A; 1FUW A; 1STD A; 1Q7Y 4; 3EQQ B; 4D7Q A; 1V5S A; 3MYT A; 1UI8 A; 2YFI B; 2OOX A; 4ROE B; 1KQS 2; 3N9H A; 1GD3 A; 1W6C A; 4LSO A; 5AYR B; 3NM7 A; 1J2B A; 3NBR A; 2CWV A; 1YQK A; 4HKV B; 3BNC A; 5IG3 A; 1KD1 4; 3OW2 2; 3MG2 A; 4Q53 A; 3DGY A; 3NX0 A; 4ZM8 A; 1A90 A; 1JN5 A; 4TPS A; 1UCL A; 1LOV A; 1GY7 A; 1TGH A; 1LXT A; 2IV8 A; 1VQ4 3; 1D3U A; 4DUL A; 1BGS A; 1MWT A; 2JQ5 A; 2NOF A; 1N3C A; 2V1L A; 1RJO A; 2P0X A; 1N9J A; 3EN1 B; 4BTW A; 1QAL A; 2F7L A; 1IK3 A; 4HM8 B; 3CXC 2; 4CJN A; 2CWU A; 1QNE A; 3HII A; 1PYL A; 4L8O A; 3ER7 A; 3G8Z A; 4R9L A; 1ULI B; 5BMN A; 4BJU A; 3A5E A; 3LML A; 1X1Y A; 3F40 A; 1ISK A; 1QNB A; 1MOL A; 2BMR B; 2ZA4 A; 4KFF A; 2W9P A; 3T8N A; 3K5T A; 2P09 A; 5EVH A; 4HAA A; 2OWP A; 4EW5 A; 2WGQ A; 2F5M A; 5KP3 A; 4CFF A; 1CDW A; 1O7W B; 1I0X A; 4MMX B; 2D0B A; 1FGO A; 5CXO A; 1RLS A; 3ECF A; 2XFS A; 1EUI C; 3NXJ A; 1GS3 A; 3DH2 A; 3CC2 3; 1VQO 3; 1S72 3; 2HL8 A; 1VQ9 3; 2UUG C; 1UDI I; 2HMJ B; 3DZL A; 3KN4 A; 1SJW A; 1PCM X; 1DET A; 2LAE A; 2D1W A; 3JUN A; 3F7X A; 2SBL A; 3BLZ A; 2GEX A; 1O7N B; 1YGE A; 3Q90 A; 1EBM A; 5IYB P; 4I5Q A; 1RCK A; 4MRQ A; 3NV0 A; 5AEU B; 3I3W A; 3LTB A; 4WZS D; 4N6U A; 4HZB B; 1C7H A; 1YJ9 3; 1G02 A; 2KF4 A; 4EAK A; 1I0V A; 1TP6 A; 3I0Y A; 1WQL B; 1LNH A; 3ASM A; 1IVW A; 1OF5 A; 2JOI A; 3FG1 A; 3EC9 A; 2Z7A A; 2XEP A; 4MMZ B; 4QWT A; 1YTF A; 5D83 A; 2V8Q A; 1K28 A; 2JHN A; 1VQQ A; 4HZ9 B; 4AEQ A; 1RMS A; 2LQV A; 3KKG A; 4WWU C; 1FGT A; 2H4L X; 1IV7 A; 1MGW A; 1N8R 4; 3V92 A; 5ELJ A; 4FCZ A; 3CWU A; 1R4Y A; 3OH6 A; 3A76 A; 4KFD A; 3CCV 3; 2CFK A; 3UB1 A; 1DYU A; 1P5G X; 4JRF A; 2FXT A; 3ROB A; 2XFT A; 2LYX A; 2CC3 A; 2KXG A; 2IY2 A; 1LVN A; 1IQ8 A; 4HJH A; 4XBY A; 1RN7 A; 1TIJ A; 5IG4 A; 1VTL E; 1OHO A; 1B2M A; 2Z76 A; 4N6N B; 4HM1 B; 2VJ0 A; 2CX1 A; 5LC6 A; 2QIY A; 4OK0 A; 3OV4 A; 3URP A; 1VQ6 3; 1IQY A; 3B4O A; 3DPU A; 4X2O A; 3I55 3; 3CCE 3; 3AMO A; 4EAI A; 1A67 A; 1JB5 A; 4ROD B; 1W02 A; 3NA5 A; 1LOX A; 3HS8 A; 1WMP A; 3WA3 A; 3ENO C; 4H3U A; 1RGF A; 1CH0 A; 2Z8U A; 1W2B 2; 1N5P A; 4WYK A; 1MGR A; 2NVM A; 1RGK A; 3JUO A; 2I5W A; 4OVM A; 3F9S A; 3I0X A; 5AI1 A; 2H0I A; 3MHE A; 1TFO A; 1B2Z A; 3AGO A; 4HM2 B; 2HOH A; 4N6T A; 1W7C A; 2RBI A; 4HM3 B; 2XGN A; 3JUM A; 1JBR A; 2KF5 A; 5AIG A; 5HGR A; 2KCD A; 1BRI A; 2GEY A; 3FCS B; 5D81 A; 1YJN 3; 5M18 A; 2MC8 A; 1TUO A; 1RKY A; 1DMM A; 2O9U X; 1CQS A; 2WOF A; 5IW9 A; 7STD A; 1CEW I; 2FUV A; 4NHF A; 1IYY A; 2AAD A; 2G30 A; 2NOL A; 1BRS A; 1KY7 A; 1A2K A; 1BOX A; 1DMQ A; 3VSY A; 1QNC A; 1LOY A; 4L8P A; 1ULJ B; 2NLV A; 1ROA A; 1JKG A; 4XDW A; 3X42 A; 3D7Q A; 1YQR A; 1AQZ A; 3RGR A; 5EEO A; 1WTH A; 3OLP A; 1QTS A; 1VQM 3; 3K0Z A; 1X1U A; 2UGI A; 1ROV A; 1LRA A; 2EHB D; 1B20 A; 2RCD A; 3I0W A; 1HKX A; 3WOE B; 2NOB A; 1RHL A; 3F14 A; 1UGH I; 1RTU A; 3D5G A; 3HIG A; 2YA3 A; 3RGA A; 2DKD A; 1C47 A; 3Q1C A; 1L5G B; 3PZW A; 1MWS A; 3CC4 3; 1K8A 4; 1QN7 A; 3AHW A; 1BSE A; 4H61 A; 1VQP 3; 4O8S A; 2HMO B; 3B7C A; 3DGO A; 8RNT A; 1OH0 A; 1Q40 A; 3GAX A; 5IEO A; 3OWU A; 4EXR A; 4FCM A; 1HYF A; 4XBT A; 4EV2 A; 1JNQ A; 4FMB A; 2V9J A; 1RDS A; 1KFI A; 1KO9 A; 2CX0 A; 2ZHX B; 2YH5 A; 1TU5 A; 1I3F A; 2HL9 A; 4KVH A; 2Y73 A; 1FGM A; 1E42 A; 2H5A X; 1W6Y A; 1ASK A; 3OX9 A; 3DY5 A; 2GBX B; 2SAR A; 3CNM A; 2CG1 A; 1B27 A; 4NPB A; 5CF1 A; 5D82 A; 3C04 A; 1M1K 4; 2Z6B A; 1W01 A; 3EBT A; 3IH7 A; 1EG9 B; 1UW1 A; 1B2S A; 2XHI A; 2QGU A; 1X1X A; 5HSH A; 1QJG A; 5ELU A; 3G0K A; 5M1A A; 3DMC A; 4N6L A; 5AN4 A; 1BNS A; 5A0O B; 1STF I; 3D9R A; 1WJW A; 1I70 A; 1ZO2 A; 3DM8 A; 1YVS A; 3NUV A; 2P38 A; 5KL0 A; 3L0R A; 1M3Q A; 1BNJ A; 1YI2 3; 1HZ1 A; 1AIS A; 2ZDJ A; 3N89 A; 2XGL A; 4K61 A; 5BXQ A; 1DVD A; 4LEH A; 1UUW B; 2QRD A; 3FF0 A; 1BAO A; 1PCJ X; 3CPW 2; 3VF1 A; 3X3Y A; 4IPB A; 2NOI A; 2Y8Q A; 1O7G B; 2O3O A; 1NWW A; 3DGM A; 5JBS A; 1QN6 A; 1DIZ A; 2K54 A; 2H0G A; 3PXM A; 5STD A; 3G16 A; 1O7M B; 3DPT A; 4GSP A; 2BHM A; 1OGZ A; 3KSE D; 1KC8 4; 1AV4 A; 3KZT A; 3I56 3; 4I8O A; 4LMI A; 2PZV A; 1QVG 2; 5IEN A; 1WNH A; 1Q7H A; 1SPU A; 1NB5 I; 2F56 A; 4U13 A; 3GRD A; 3B4P A; 3OXA A; 1BRN L; 1VQ5 3; 3OSM A; 1US1 A; 1M5Q 1; 1D6U A; 2KF3 A; 3CWA A; 4N3V A; 1JBT A; 3DXO A; 2OQE A; 5IEP A; 5TGN A; 3BNE A; 3IPT A; 1B21 A; 5G2G A; 1Q9E A; 2XSH B; 1VOK A; 3PGB A; 4EAG A; 2WO0 A; 2H0H A; 4EJZ A; 3KCH A; 3LT8 A; 4O3V A; 3G4S 3; 1YQL A; 4XB5 A; 1A2V A; 1Q42 A; 2KRT A; 1DE3 A; 3SNS A; 6RNT A; 1GMR A; 1TRQ A; 1B9K A; 2INX A; 3ENC A; 3VGN A; 3F7S A; 4N6O B; 1E3R A; 1JB2 A; 3CD6 3; 1BSA A; 2IMJ A; 4O2H A; 2PNC A; 4HM0 B; 1FA3 A; 1GMQ A; 3EAY A; 3OCI A; 1HU0 A; 1T3B A; 2C11 A; 3OWS A; 3DGN A; 4PY5 A; 1Y4K A; 3T8U A; 1BNR A; 1NU3 A; 3KII A; 1NDO B; 2Z0F A; 1GSP A; 1OPY A; 1SAR A; 1GOV A; 3NM2 A; 3X41 A; 1M90 4; 2CFD A; 1JFI C; 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4J9A A; 3LTD A; 1KYD A; 5AYS C; 5M19 A; 1YJW 3; 1M1X B; 1HU9 A; 3F0Z A; 1BUQ A; 4NRE A; 1IDP A; 1X1W A; 3GZR A; 1AR0 A; 3MWZ A; 1LQM B; 4XM4 A; 4IIA A; 2W9Q A; 4FMA A; 2IV9 A; 1RGA A; 2ZFD B; 5BVB A; 5CK6 A; 5RNT A; 4QG5 A; 3CCM 3; 1UL7 A; 2QR1 A; 3H3H A; 4HM4 B; 4R9K A; 4FCJ A; 1IVV A; 3WOD G; 2HMK B; 1JZD A; 1IVX A; 3GZX B; 1UCK A; 2B24 B; 1O7H B; 1AVK A; 1NO3 A; 2FGT A; 5IYD P; 1BIR A; 1ZX2 A; 4EV5 A; 4HM6 B; 2IUJ A; 1W2Z A; 1QN4 A; 2GU1 A; 9RNT A; 3MG3 A; 3CCL 3; 4KZ1 A; 1MNL A; 3VN5 A; 2BT3 A; 4D7R A; 2QRC A; 1QN5 A; 4TX4 A; 4XDV A; 3UNL A; 1VQL 3; 3X3Z A; 2OQE C; 1RGC A; 3ZFZ A; 3D3L A; 3JUP A; 1GMP A; 3D4V A; 3EB8 A; 1QN8 A; 3FG4 A; 3RPJ A; 2HKP A; 4MEI A; 2KF6 A; 2Z77 A; 1UUV B; 2XF3 A; 3KE7 A; 2AAE A; 4MMY B; 2CIU A; 1YHQ 3; 2W56 A; 3T4N A; 4XBX A; 3FG3 A; 3Q2P A; 4CCV A; 2XRX B; 2M7O A; 3EE1 A; 4LGQ A; 3CPO A; 3CWS A; 3S5C A; 2NOH A; 1MWR A; 2JHJ A; 1OF5 B; 2HZM A; 3HX8 A; 1CYV A; 1EKM A; 2CKF B; 3HOH A; 1GYB A; 3MG1 A; 1RCL A; 3T0U A; 2OTL 3; 2STD A; 4WHA A; 2HMM B; 2I9W A; 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