4PY5A

Thermovibrio ammonificans rnase h3 in complex with 19-mer rna/dna
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
SMKLSSSEKEKLLKKLKALGAKEEKPPEHAQYRLRLNDAILTVYKSGSVVYGGKGREKLKELVAETVLSDTELPRIGCNEAGKGEFVGPLVVACIVADEKCLKRLIELGVKDSKKLSNEKVEELASEITETCHGKVKLLIPEKYNRAYSKFKNINRLLEAVYREIVSDLCEKFSPKVVVVDKFSNRAEEVLKDVVKGARLEVRPKAEDDLAVAAASIVAKAVRLKTMKELEKRFKVKLPEGNTGLAELLKKTPKELHEKLFKLHFSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords Ribonuclease
publication title Crystal structure of RNase H3-substrate complex reveals parallel evolution of RNA/DNA hybrid recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Thermovibrio ammonificans
total genus 93
structure length 267
sequence length 267
ec nomenclature ec 3.1.26.-:
pdb deposition date 2014-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 4py5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4py5A02
2HMIA 3E01A 3S3MA 5C42A 3QNOA 2ETJA 1TK8A 4B9VA 3DM2A 3NCIA 3LZIA 5T7BA 4FK2A 1NJZA 4KI6A 2O4GA 1ZBUA 3O3GA 4FJGA 4CHPA 2P51A 3AVIA 4FJJA 4KHWA 4Y1DA 3ZSOA 4FK4A 4MQ3A 1SKSA 1C9BB 3K59A 4I9LA 2XY8A 3SQ1A 3RMBA 4QAGA 3OY9A 1QTPA 3NDKA 3RMAA 3AVLA 4FM2A 1L3VA 2ZQBA 3NF9A 2A1SA 3AVJA 4OVLA 4DFKA 3TARA 1KLNA 4HUGA 4F3OA 2YNGA 4CF0A 1KY7A 3HL8A 2GUIA 4WE1A 2OZSA 2YNHA 1HNVA 1W0HA 1WAFA 4CFCA 1SL0A 4DSEA 5C24A 1B9KA 1Z26A 2Y1JA 4PY5A 4DG1A 2OPRA 2E6MA 4HCBA 4M3TA 1IO2A 4MFBA 4DU3A 4RW9A 4B9UA 4M3YA 4DFJA 3VN5A 3SV4A 3ZT3A 2R7YA 1TKTA 1RBSA 3AVFA 4DS4A 4Z4HA 2KFZA 2G8IA 2YNFA 2XRIA 3MECA 3AO2A 3V81A 2Z8UA 1JLGA 2B6AA 4DQQA 4OGCA 3K5NA 1IKXA 2YKNA 3LWLA 4KV8A 1BI4A 3ZSQA 4FXDA 1AISA 3HPHA 4DF8A 1NKEA 4RODB 2OPPA 2FBXA 2G8KA 2Y1IA 3OC3C 4H4OA 4RG8A 3AO5A 5HBMA 3K5OA 3HS9A 2VG7A 3RMDA 5I3UA 4M3WA 4HUEA 1UA0A 2BDPA 1WSFA 3AVBA 5D3GA 3KLHA 1BQMA 1VSEA 3EIKA 1HPZA 4DLEA 4FM0A 2HW3A 2JLEA 1LW2A 1RM1A 2ATQA 2PY5A 1DLOA 4DSIA 1NKBA 5C25A 1TL3A 1PZDA 1HMVA 3B6PA 1Q9YA 4E7LA 3RMCA 3LALA 2D5RA 4C8OA 4CHZA 3DLBA 4BDYA 1L3TA 4OLBA 3AVAA 3LPUA 4XIUA 2W42A 1D9FA 4BDZA 4KTQA 4CESA 1T05A 1QN3A 3L2VA 3V9UA 3HT3A 4WZSD 4ELTA 1RDDA 3I0SA 1YT3A 3KK2A 3O4QA 4CJEA 3DI6A 3ZSRA 4UQGA 4DQSA 3HPOA 3UIQA 3NE6A 4LSLA 3ASMA 3HP9A 1DTQA 3OVNA 5HLFA 4K8ZA 2YHBA 1RT3A 3VQEA 4KTWA 5KGWA 3NH0A 1JXEA 5KGXA 1ASUA 1QN4A 3V4IA 1U49A 3RWUA 1RT5A 4BE0A 4HUFA 1WNSA 4Q5VA 4CE9A 1SL1A 1HQEA 1HQUA 4FLTA 2G8VA 1UAXA 2HNYA 5DMRA 4DSKA 4ZTFA 1CXUA 3DLRA 4CJ5A 3L2QA 3SV3A 5CYQA 3JYTA 1WN7A 3KLGA 2OPQA 2VWJA 3SPZA 1QNAA 3ZSVA 1SV5A 3VQDA 1WSIA 3P1GA 1VK0A 3LP3A 1SKWA 3QLHA 2RN2A 4FLYA 2HNZA 4N56A 3H08A 4KI4A 4OKJA 1S1UA 3VQ5A 4BACA 1I3AA 1VRUA 1L3SA 2BANA 1QSSA 4FZZA 4CIEA 3HXMA 2HHVA 3LAMA 3SUNA 1IKYA 2E6LA 1TAQA 2YV0X 4ID5A 1NK4A 1RT7A 1S1XA 5KTQA 4ELVA 1J5OA 4Z4FA 4FW2A 1HYVA 3I0RA 1CLQA 1VSMA 3OYBA 1QQCA 2VG5A 4LH5A 3T3FA 3OYEA 4FJLA 4CHNA 4O4GA 4E7KA 5CZ2A 1IKVA 3F9KA 4LD0A 4EP5A 3TAEA 1MP9A 4CEFA 1NK0A 3RRGA 1J9AA 4Z0UA 4E19A 2MJ7A 1B9FA 1TKZA 2P1JA 3C6TA 3RR8A 4OLAA 3CFOA 3OYNA 3MXJA 4R5PA 4Q0BA 3AO4A 1O1WA 1GOAA 1RBTA 3ITHA 4OJRA 1X9MA 1RBRA 1D9DA 1SUQA 4CFBA 2G8WA 1S9EA 1JLQA 1I39A 4CHYA 1VTOA 3RRHA 2PZSA 4CGHA 4Z4GA 4FLZA 4C8MA 1W9HA 3CFPA 1E42A 4DTXA 4LH4A 4AHUA 3OJUA 5CYMA 4GVMA 1F21A 3B6OA 3NGZA 3U6FA 5CZ1A 1W80A 3PX6A 4FJIA 4FW1A 3VA0A 4O55A 3OYFA 4O0JA 4H8KA 1RNHA 3H1ZA 4DQIA 1RT2A 4RW4A 3SPYA 4BWJA 3WNEA 3V9SA 1WLJA 2YNIA 1IKWA 1LV5A 3OS2A 3KLEA 4DWIA 3BGRA 3PY8A 3OYIA 2GV9A 1CXQA 2KW4A 3SNNA 1C6VA 1LAVA 3OYHA 3OCIA 3THVA 1S6QA 5CY4A 3PUFA 1WSGA 4NYFA 3EZ5A 5J2PA 5IYCP 2XY6A 2P5GA 3QEVA 3IRXA 3DMJA 1VOLB 3D0PA 3SUPA 1BIUA 4CHQA 4F4KA 1YTUA 4CEZA 1YTFA 5KI6A 1NK9A 4KTZA 3HVTA 4CJWA 2QKBA 1EX4A 2FC0A 3MXMA 3HP6A 4L8RB 4DTPA 3LP0A 1BIZA 4M3ZA 3L8BA 4CJUA 3DLGA 4W5QA 3SQ0A 1TKDA 4FJ7A 4B0AA 3TAMA 1S1VA 4KKOA 4B9LA 1BGXT 4E1MA 1KVAA 1VSJA 2X74A 1S6PA 3ISNC 3KJVA 3EYZA 3HJFA 3AA3A 3OS0A 4H4MA 4FJ5A 2LSNA 4CJ3A 1B9DA 3TWHA 2AJQA 5HRNA 1D5AA 1FK9A 1XHZA 1JFIC 1T03A 3QEPA 1TBAB 2B5JA 1QTSA 1VSIA 1JLAA 2G30A 2EHGA 1LWCA 4B8AB 3DRRA 3PO4A 3SJJA 4M45A 4EP4A 1RDAA 4FJKA 2D0BA 1VSHA 3OYAA 3NGIA 2XHBA 4DU1A 1KY6A 3V9WA 5HRPA 3TABA 1QN8A 2IS3A 2KFNA 2P5OA 1R4XA 1KYFA 2HNDA 2IV8A 4ICLA 1JL2A 1RT4A 4JLHA 1R0AA 3V1OA 5KRSA 3CM5A 4DTMA 2BGGA 1KYUA 3S9HA 1BISA 3KTQA 3DRSA 1L5UA 1FXXA 1S9GA 1JLCA 4ID1A 3V1RA 2DY4A 1TBPA 3M8SA 4PA1A 4EZ9A 4DU4A 2VJ0A 1C0TA 4E3SA 3G0ZA 3HO1A 3QEWA 3K57A 1X9SA 1WSHA 3HS8A 1GOBA 4KRFA 2B4JA 3AVGA 3WNGA 5HROA 1U04A 1DTTA 4DFMA 4E0DA 1LW0A 4IDKA 3AVKA 1VSKA 4CEBA 1Q9XA 2RF2A 1G15A 1RT6A 2F96A 1TGHA 3AA2A 3MEDA 3QO9A 4KO0A 4ELUA 1NOZA 4FLVA 2Z1JA 2HHWA 3T19A 3SI6A 3QIOA 1NOYA 4HCCA 3QINA 4B9TA 4I2PA 1TGOA 3C94A 1QSYA 4KREA 4ROEB 3NBPA 3PV8A 1NJWA 2X78A 4DSJA 4E1NA 1PCZA 4CEEA 5J2MA 1A5XA 4ROCB 3MEEA 3K58A 1TKXA 4W5RA 3L2WA 4DTNA 5HRSA 1RDCA 3TI0A 4YNQA 2HVHA 1BHLA 4CF2A 2G8HA 3P5JA 3U3GA 4CGGA 5J1EA 3OYGA 3SUQA 1N5YA 2G8UA 3CG7A 2QK9A 3KLFA 4FJNA 3HYFA 4BE1A 3AA4A 3NH1A 2WONA 3AA5X 3HM9A 1N6QA 3DYAA 1NKCA 3ZSYA 1LAWA 3AVCA 4M41A 4DS5A 5JS2A 4G1QA 4AHVA 4FLUA 1FKOA 2VWKA 3LWMA 1RTHA 3DLEA 1NK6A 1KSPA 1QNEA 1JL1A 4IKFA 4OPJA 1BQNA 1U48A 1MU2A 4DTUA 1QNCA 2RPIA 3JSMA 3IAYA 2KZZA 3KK3A 3DRPA 4IFVA 1ZYQA 3VQ9A 3RTVA 3CQ8A 4CFDA 3ZT2A 4O0IA 2GBZA 3O3FA 3SQ4A 1FKPA 1HRHA 2Z1HA 4I2QA 3D45A 3DOKA 3I8DA 4BWMA 3KK1A 4DSFA 4DTOA 4AILC 2I5JA 1VRTA 3NF8A 4CERA 1QE1A 2NUBA 4PQUA 3LZJA 3VQAA 4NYNA 5FRNA 1QS4A 1X1PA 3DOLA 2XY5A 4FK0A 1XWLA 3OYLA 3OYKA 1TK5A 4KHSA 1S1TA 2Q3SA 5DK5A 4CIGA 3K5MA 1A5VA 3CM6A 1SKRA 1VOKA 2IAJA 1VSDA 4BDPA 1X9WA 3V9ZA 5JS1A 4B08A 4J2AA 3M8RA 3K2PA 3ULDA 4CJTA 1BCMA 4DTSA 2HB5A 4IG0A 1K6YA 2IV9A 4DFPA 4E89A 4JRQA 1NK5A 4QOZB 3VQQA 4ZTJA 1ASWA 4M3XA 2PYJA 1LWFA 4CGJA 2OPSA 4HVJA 4JRPA 1QSLA 1TK0A 4FJ9A 1XHXA 3NFAA 4O5BA 3V6DA 3NAEA 1XC9A 3U3YA 4FZYA 4HHTA 1C1BA 1Y97A 3LAKA 3OJSA 1ZBHA 3S3OA 1JLFA 3C95A 3T1AA 2YKMA 2D0AA 4QCLA 4RW7A 1UOCA 1RBVA 1VTLE 4DQPA 4J2EA 1QN9A 3OYDA 4N47A 2IOCA 1TV6A 1SL2A 5FDLA 4W5OA 1NK7A 4IBNA 3ZSXA 3EY1A 1T7PA 4B9NA 2HHTA 2FBTA 3L2RA 4CGDA 1KFSA 4AHTA 4C8KA 4C8LA 4DMNA 2DFHA 4FLXA 1VSLA 4CJSA 4F8RA 1GOCA 3KIOA 4IG3A 1NJXA 3FFIA 1ZBFA 5SZTA 3QEIA 4KPYA 4GMJB 4KHYA 2XY7A 4TSXA 4M3RA 1RTJA 5E41A 1HNIA 3HK2A 1Z25A 1REVA 3L3VA 4F2RA 3DLHA 4KB0A 3NF7A 3M8QA 2EX3A 4CJQA 1RT1A 3SZ2A 4CJLA 3KD1E 1EETA 2VG6A 4O44A 3A2FA 3WNHA 1U47A 3WNFA 3OYCA 1A5WA 4B8CA 2HHXA 4J2BA 1NGMA 2D0CA 3TAQA 3AO1A 3G10A 3AV9A 2KQ2A 1CZ9A 3QIPA 3VQPA 3ZSZA 4CGIA 1TL1A 2DFEA 2DFFA 5K14A 4Z4IA 4PUOA 4N76A 1NVPA 2IGIA 3L3UA 4RW8A 1KVBA 3LP2A 3TR8A 1QN7A 3V1QA 3VQ8A 4CEDA 2ZE2A 1J53A 2FBVA 4FCYA 5HP1A 2RKIA 1EKEA 3K5LA 4JS4A 2X6NA 3NF6A 3LANA 4CJVA 5I42A 1NK8A 1L3UA 3LPTA 3MEGA 3LP1A 4I7FA 2Z1IA 4W5TA 2WOMA 3L2UA 3VQ4A 1QN6A 2YHAA 3IS9A 1QTMA 1ITGA 2IC3A 5EU7A 3MAQA 1RDBA 1WAJA 4CJFA 4CF9A 5FROA 1WSJA 3VQCA 3PX4A 2QKKA 4Z4CA 1Q8IA 1T8EA 4LY7A 3KKSA 4AHSA 4AHCA 4JS5A 2IDOA 1KRPA 4ZHRA 2XO7A 3ZT0A 3P83D 3AVHA 4PWDA 1C0UA 3V9XA 3SCXA 3CFRA 1QHTA 3SYZA 1HYSA 1KLMA 4DSLA 4FJ8A 4FZXC 4E7IA 5FRMA 4CCHA 4RW6A 3LDSA 4OPKA 3OYJA 1JXBA 4CHOA 2G8FA 1ZBIA 3F73A 4M3UA 4AHRA 2KZMA 2F8SA 3TAGA 3TANA 3OYMA 3KD5E 4CEAA 3O4NA 4CJRA 3BDPA 1KTQA 1KYDA 1IG9A 4KB1A 2X6SA 1EXQA 4CIFA 3VA3A 3TAFA 4NCBA 1C1AA 4B9MA 1RTIA 4YFUA 3NGYA 1KCFA 4C8NA 4FJHA 4CECA 3MXIA 1CDWA 4J2DA 4KHQA 3VQ7A 3VQBA 1C1CA 4F3TA 4E7JA 1UWBA 4CK1A 1D3UA 4DQRA 4EZ6A 3NH2A 1D8YA 2DTUA 4CJ4A 3HSTB 4OKEA 3O3HA 4CJKA 3IG1A 4DF4A 1U4BA 1RTDA 2JGUA 3ZCMA 4I9QA 4NCAA 2HHSA 2Z1GA 1QNBA 2HVIA 3SQ2A 4CK2A 3HPGA 5SWMA 3AVMA 3ZSWA 1TVRA 4KFBA 1YTAA 3C6UA 3ZT4A 4CJPA 4DTJA 1YVUA 4GW6A 4CEQA 3QESA 3AVNA 3AO3A 3CYMA 4OGEA 1C0MA 5J2NA 4K8XA 4DLGA 1BCOA 3ALYA 1QN5A 2HHUA 4M42A 1S5JA 1BI4B 2O4IA 1NH2A 1YTBA 4IFYA 1WSEA 1XI1A 1HYZA 4CGFA 5IYBP 3QERA 2OYQA 3S3NA 4KHNA 4FYDA 1JLEA 4Y1CA 2A1RA 4CEOA 1HJRA 2HHQA 1LWEA 2QXFA 3DLKA 4F2SA 4KAZA 1BL3A 2PYLA 4BE2A 1ZBLA 4N41A 2OZMA 3PO5A 2F8TA 3OS1A 4W5NA 3PX0A 4CF1A 1IH7A 1VSFA 4LSNA 2BE2A 4FVMA 1RILA 4FJXA 4CFAA 1NJYA 1U45A 1TAUA 4N5SA 4FJMA 4Z4EA 4CK3A 3QETA 4DTRA 5KRTA 4E7HA 1ASVA 3NHGA 2OA8A 3VQ6A 1S1WA 4KHUA 2FBYA 3QNNA 4OKKA 3HVRA 4B3OA 1CZBA 2E4LA 1JLBA 2ZD1A 1KVCA 5HRRA 3ZT1A 4AH9A 3RR7A 5IYDP 1RCHA 1UA1A 5J2QA 4CF8A 1JKHA 1J54A 2ITGA 4HTUA 4NCGA 4B9SA 3M8PA 3KLIA 2KTQA 4FLWA 4FM1A 3SUOA 1B92A 3TAPA 1RBUA 3KKRA 1KFDA 1EP4A 3QEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR2A 3L4IA 5KL0A 3S3MA 2ETJA 3QDKA 3DM2A 4EIAA 5AQYA 4JI5K 4BR5A 1ZBUA 4A61A 1SKSA 5AZIA 3K59A 3SQ1A 3CC4N 4CBWA 4QAGA 1QTPA 2UXCK 3FFKB 4FM2A 2A1SA 4DFKA 1YUWA 4DKWA 4F3OA 2YNGA 2GWKA 4YHHK 4TPSA 3HL8A 2A42A 4WQ5A 2YNHA 4BRKA 1WAFA 4CZGA 1B9KA 1EBMA 2PFUA 2IVPA 4HCBA 2HL8A 4JHDA 3TPQA 4M3YA 3MX2A 3SJHA 2G8IA 2KFZA 2XRIA 2ZWHA 4DQQA 4BRGA 3SAFA 3ZETB 3KHYA 3LWLA 1BDGA 4KV8A 3ZSQA 2EHBD 3CCLN 1WBBA 2OPPA 2FBXA 1ZXOA 2Y1IA 3OC3C 4H4OA 3RMDA 3AO5A 5I3UA 2VG7A 1UA0A 4FWMA 3MN7A 3UB5A 4I6MB 2BDPA 1BQMA 4K25A 1VSEA 3WT0A 4FM0A 3D4VA 3CQXA 1DLOA 2HBJA 1TL3A 4DULA 1HMVA 1IBLK 1Y64A 1L3TA 4ISEA 3LPUA 1MWKA 4CESA 3L2VA 1GLCG 3V9UA 2AP1A 5AQFA 3PIPL 2O3OA 4ELTA 1RDDA 4UQGA 4FPAA 3UIQA 3ASMA 2VWBA 3HP9A 3LDNA 3OVNA 4LFCK 2YHBA 2YX6A 1RT3A 5BMPA 4GV6A 1U49A 1QN4A 3EZWA 4BE0A 4HUFA 2Q0UA 1HQEA 4FLTA 2G8VA 1UAXA 5DMRA 3RSEA 3R3LA 3SMSA 4CJ5A 4D7RA 5JVGL 1D4XA 3NVKA 5AQGA 1WSIA 3P1GA 1DIZA 1VK0A 4LF7K 4BREA 4FLYA 2HNZA 2I7NA 3CCRN 3H08A 4KI4A 1L3SA 3IDHA 1VRUA 2BANA 4EAJA 2CH5A 4B3RK 1IKYA 4ID5A 4BC3A 1NK4A 1N8RO 4LF8K 2KLAA 3OYBA 2VG5A 3CVSA 3T3FA 2HKPA 4O4GA 4CEFA 1VQNN 2MJ7A 1B9FA 2P9SB 3C6TA 3RR8A 1YQMA 3CFOA 3OYNA 1HU0A 1ZBSA 2PAVA 3ZEUB 1GOAA 1KXPA 1RBTA 3ITHA 4OJRA 5AQXA 4LFAK 3RRHA 1JLQA 4CHYA 3EKUA 4BC2A 4FLZA 4RCHA 3CFPA 4LH4A 4GVMA 4B3TK 3JS6A 4O55A 3OYFA 1TYQB 4KHPK 1RT2A 4BWJA 3V9SA 4BRNA 4DWIA 4H0TB 5IWAK 3QFPA 1UL7A 1ATRA 3OYHA 1OH8A 1S6QA 3CETA 3VENA 1WSGA 5BR9A 2ZM6K 2NVMA 1VOLB 4EHUA 4F4KA 1BIUA 4KTZA 3RSMA 2QA4N 1EX4A 2NOIA 4LF6K 5HOOA 3FZFA 2YHWA 4ISGA 2V7ZA 3L8BA 4EFHA 1EQYA 3LM2A 5TKYA 3C6AA 4B1WB 3U4LA 3ATUA 1KVAA 4I8OA 3KJVA 5BRHA 5KPRA 2XHIA 4FWOA 5LL6Z 3O9SA 2O8CB 5HRNA 4BGAA 1T03A 2E5LK 3PDKA 3CQYA 3DRRA 4M45A 1VSHA 4DV3K 3EL2A 2XHBA 3VEYA 3NVMA 1KY6A 2IS3A 3ENOA 1BU6O 4JLHA 5KRSA 2E1ZA 1KYUA 3S9HA 4M7YA 3ZX3A 3M8SA 2P9LB 4DU4A 4E3SA 3TSPA 3HS8A 4KRFA 1WJWA 4BRQA 1DTTA 4E0DA 4IDKA 3AVKA 4CEBA 3CWSA 5BPLA 2RF2A 5FLXO 5GAHP 1RT6A 3MEDA 4ELUA 2F9WA 5ADXH 3N4PA 4KBOA 3QINA 1M5Q1 1ZC6A 4CZLA 3VEXA 4BR9A 2UUCK 4ROCB 4B1YB 1YXQA 1RDCA 2HVHA 3CCQN 4GNIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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