3VN5A

Crystal structure of aquifex aeolicus rnase h3
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PSLKISPSEAEKIQNYLVSSGFRKINAPYTLWALEGNGVKVYYYKTGSLLIQGKNSEKVLKEVLNLLEKKKLPGCDESGKGDIFGSLVLCCVCIPEENYLKVSSLNPRDTKRLSDKRVERLYLALKPLVKAYCYEIKPEEYNKLYRKFRNLNKMMTHFYKLLIERVKEECGVSEVVVDKYQPSNPFGEDVIFETEAERNLAVAVASIFARYKFLQSLKEVERELGIKIPKGTSKEVKELAKSLKNPERFIKLNFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and characterization of RNase H3 from Aquifex aeolicus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HIII
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 80
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 3vn5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vn5A02
3D45A 1HQEA 1S6PA 4DTPA 2IAJA 3VQBA 4DMNA 3I8DA 1S1WA 3D0PA 1QTMA 4W5OA 2RPIA 3RWUA 3DLRA 1GOBA 4LY7A 1DTTA 3RMCA 2GUIA 3ULDA 2HVIA 4O4GA 1SL1A 1IO2A 2G8UA 2KTQA 1JLAA 4FW1A 4CF8A 3OCIA 3VQPA 5HROA 2HNDA 1BISA 3MEDA 1KY7A 1RTDA 1WSHA 3QIPA 2W42A 3DRPA 3CQ8A 1VSKA 4B9LA 1L3SA 2XRIA 3HL8A 1QSLA 5CYMA 4CEFA 3H1ZA 4AHTA 5I3UA 4RW8A 1C0TA 3B6OA 4LH5A 4RW6A 4Z4HA 4CHNA 3HS8A 1IKVA 1NKCA 1D8YA 3ZT0A 1QTSA 3TAPA 1HRHA 4KHSA 3OYJA 2BE2A 3ZSRA 2X78A 3AVLA 2BANA 3O4NA 1HYZA 4CFBA 1S1UA 4HVJA 4KB1A 5HRSA 4F3OA 4C8MA 3O3GA 4KHWA 2Z1IA 4O5BA 1T05A 3V4IA 3AVFA 3IAYA 3RMAA 2A1SA 3LDSA 4DTJA 4KPYA 4FJJA 2F96A 4B8AB 1BIZA 3V1RA 4DQQA 1L3VA 5KTQA 4KRFA 2OYQA 1L3TA 1F21A 4Q5VA 5HRNA 1W80A 4I2PA 3OYNA 4JLHA 4M3RA 1J53A 3NH2A 3RR8A 4HUGA 4KTWA 4CGDA 3HJFA 1D3UA 2IV8A 3IRXA 3OS2A 4JS4A 5CZ2A 3DLEA 3ZSYA 4CEQA 3NCIA 2VG7A 4FVMA 2P1JA 1QNAA 1RBTA 4FLZA 1ZYQA 1XHZA 1BQMA 3OYKA 4DTUA 4CJWA 1HYVA 3MEGA 1N5YA 4FJMA 4Z4GA 3L2WA 4IKFA 4CF0A 3E01A 2G30A 3KLEA 4DF8A 4M3ZA 4F3TA 3OC3C 4ID1A 3L2VA 1C1AA 3OVNA 1EKEA 2KFZA 4CECA 3TWHA 5HP1A 1QSSA 4AILC 3SV3A 4QCLA 1RDCA 4CK1A 3BGRA 2XY7A 3RMBA 1NK0A 3TAQA 4GVMA 1C9BB 4DTMA 4ELUA 3SUPA 3VQAA 4KHNA 4FJGA 4CIEA 4CGGA 1QN9A 4G1QA 1WSIA 1TKDA 1J5OA 4BWMA 1U48A 3LP0A 4NCAA 3A2FA 5CY4A 4OKJA 5HRRA 4B8CA 1EP4A 1TKXA 2RN2A 3NF8A 1K6YA 2YKMA 1EETA 3O3FA 2XY6A 3SUNA 3U6FA 3SUOA 1LV5A 4O0IA 2BDPA 4B08A 4C8LA 4Z4EA 2D0CA 3JYTA 1A5VA 2X74A 4CHPA 3SPZA 1EXQA 4DWIA 2O4GA 1DLOA 4OKKA 1HNVA 3LPUA 2OA8A 2VJ0A 1C6VA 1WLJA 1ZBUA 3KK3A 3QNOA 2FBTA 4CK2A 4FJ8A 1B9DA 4EP4A 1QN8A 2DFFA 1FK9A 2HHWA 4E1NA 3L8BA 3PX4A 4KAZA 4OLBA 1BQNA 3B6PA 3IS9A 2AJQA 3HPGA 5JS2A 4CGIA 3SQ0A 2FBXA 2XY5A 3NF7A 3SQ4A 3NDKA 4KHUA 3KD5E 3O4QA 3TABA 1RT2A 4I9QA 4CHQA 1NJXA 2Z1GA 4B9VA 1IKXA 3OYHA 1Q8IA 1XC9A 1X9WA 1UA0A 4N47A 5J2PA 3THVA 1UOCA 1S9EA 1HNIA 1LAWA 4EP5A 1RDDA 4DS5A 4FJ9A 3QINA 3OJUA 1BHLA 2HB5A 4HTUA 1RTHA 4IFVA 3KJVA 2G8WA 3WNGA 4FJHA 4GMJB 4M3UA 4B0AA 1Z25A 3AVCA 4KB0A 4PWDA 2HVHA 2P5GA 3KLIA 3MXIA 3AVGA 1TK5A 1W9HA 1X1PA 1YTAA 4Y1DA 1QS4A 3HVTA 3K5OA 3HO1A 3PV8A 3AVIA 3AVMA 4NYFA 3G0ZA 3OYAA 4E7IA 1VTOA 1WAFA 1TAUA 1NK7A 4FLWA 2PY5A 1VTLE 4NCBA 4DS4A 1HYSA 5C24A 3VA3A 1JLGA 2KZMA 3LWLA 4FLXA 4W5RA 1KTQA 2BGGA 3QEIA 2KW4A 5KGXA 3KTQA 4CJQA 4DG1A 1RBSA 4M42A 1VRTA 3ZT3A 1YTBA 3T19A 4CE9A 2OPRA 4B9MA 1JL2A 3HK2A 3VQCA 3KIOA 1VSHA 2OPSA 3DOKA 4WE1A 4CERA 1LWFA 4DQPA 3NF9A 3VQQA 4L8RB 3LPTA 3LP3A 3ITHA 1QN7A 2FC0A 5FROA 3ZT1A 1E42A 1CXUA 4AHSA 2A1RA 1ZBLA 1HMVA 4DU3A 4CHZA 4OJRA 3NE6A 1LWCA 3H08A 5HBMA 3V1QA 4C8OA 2E4LA 5J2NA 3SJJA 4E89A 3CYMA 3M8PA 5EU7A 1D9DA 4RW9A 3KKRA 1NH2A 4KV8A 3TARA 4IDKA 3SQ1A 3QEVA 1X9SA 2PZSA 2OPPA 2D0BA 1S1TA 2ZQBA 4FJIA 4H4OA 1NGMA 4O0JA 4AHCA 4XIUA 1T7PA 4KTQA 4KHQA 3ISNC 4AHUA 1TK0A 2X6NA 1TVRA 1TAQA 2YV0X 2G8KA 4FXDA 1BI4B 1D5AA 3DLGA 3LAKA 1HPZA 1SKWA 4DSIA 5FRNA 3EZ5A 2DFEA 5J2QA 5FRMA 4DU1A 4CFCA 4DLGA 3DM2A 3VQ9A 3KLHA 4B3OA 3OS1A 3T3FA 5I42A 1NOYA 1KRPA 4RG8A 2GV9A 1T03A 4FJKA 4C8KA 3NGZA 4PY5A 3K2PA 5K14A 4BDZA 1RT6A 4FM2A 2E6MA 2YNFA 1PZDA 3K58A 3HYFA 3WNHA 4DTSA 4CEEA 2D0AA 3ZSXA 3DRSA 5DMRA 3HT3A 4N41A 2XHBA 3V9XA 3QERA 4CCHA 1T8EA 4M3TA 3LP2A 1GOCA 1RT5A 4GW6A 4E7LA 2F8TA 1YTFA 3HPOA 4W5TA 3HSTB 4OPJA 3U3YA 1UA1A 4F8RA 3FFIA 3SQ2A 1RT1A 4KI4A 2JGUA 4E7KA 4OLAA 3AA3A 3F73A 4FYDA 3OYEA 3DRRA 3C95A 1ZBFA 5KRTA 3SCXA 2ETJA 4CJTA 4ZTFA 1BCOA 1ITGA 1BGXT 4CJ3A 1RBRA 3HPHA 4Q0BA 2GBZA 3ZSVA 1U49A 4K8ZA 1C0UA 2YNIA 1KYDA 3OYBA 3LP1A 1W0HA 3EY1A 4BE2A 5C25A 3S3OA 1LAVA 1RT7A 1N6QA 2B6AA 4DSKA 4W5NA 4OKEA 3RTVA 2VWKA 4BACA 4ELTA 3HS9A 2WOMA 3C6TA 5IYCP 4DFKA 5J1EA 1VK0A 1ZBIA 1KFDA 1TL1A 3IG1A 3LAMA 2VG5A 5T7BA 4WZSD 4FM1A 1SKSA 3VQ7A 4FLUA 1WSJA 2RKIA 4BDYA 3V1OA 2HHXA 4B9SA 3KLFA 4M3WA 1UWBA 4CJSA 3KLGA 4E1MA 1C0MA 1QN4A 2ATQA 5SZTA 4E0DA 3V81A 4KHYA 2Z1JA 3WNFA 1KCFA 3DOLA 5KRSA 2YKNA 4JRQA 4AHVA 2VWJA 3PX0A 4Z0UA 1QSYA 4B9NA 1WN7A 4M3YA 1R4XA 2YNHA 3NF6A 4CJVA 4LSNA 1RT3A 3KK1A 1KLNA 4F4KA 2IGIA 2ITGA 3MECA 1I39A 3LALA 4DSEA 1JKHA 3NGIA 1NJWA 2YHAA 1RCHA 4FW2A 2DFHA 2QKBA 3CFRA 3TAMA 1QNBA 1ZBHA 4CGFA 1RNHA 3TAFA 2Z8UA 4KFBA 4B9TA 3SUQA 3AA5X 3KKSA 5IYBP 4J2BA 1QQCA 1WSFA 3AVNA 1TGOA 1Q9XA 4LH4A 4E7HA 3LWMA 1KVAA 1IKWA 2IC3A 4KI6A 2QK9A 3HM9A 3SYZA 1REVA 4J2AA 1TK8A 1A5WA 1B9FA 4CJEA 2G8HA 1KSPA 4DU4A 3G10A 2B5JA 3AO3A 1NK5A 1FKPA 3DYAA 4DFPA 3PO5A 1WSEA 1PCZA 3OYFA 1XWLA 4I2QA 1TKTA 1L3UA 3K5LA 3ZSOA 4CF2A 3S3MA 1QN5A 1O1WA 2HHTA 2D5RA 4I9LA 3TI0A 4IG3A 1QNEA 3QLHA 1QTPA 1LW0A 4CEAA 4JS5A 3S9HA 3QEWA 1BI4A 1B9KA 4I7FA 4Z4CA 4ZTJA 2NUBA 1XI1A 1CLQA 4Z4FA 3V9UA 2IOCA 4IG0A 4NCGA 3SI6A 4FJLA 2G8FA 4Y1CA 4ELVA 1ASWA 3SV4A 4NYNA 3NH0A 4CGJA 3ALYA 2OZSA 3NH1A 2QKKA 4YFUA 1VSDA 3L2UA 4AHRA 3V9WA 4LD0A 1QHTA 3CM6A 3AVHA 3EIKA 1TBPA 3QO9A 4H8KA 4DF4A 1WNSA 3V9SA 3DLHA 1VSFA 3OJSA 4DSLA 4QOZB 1YTUA 1VOKA 4RW4A 3OYGA 4FM0A 4RODB 4FLVA 1RM1A 1TGHA 1JLBA 4BE0A 1U47A 1CZBA 3KK2A 4PA1A 4CHOA 1SL2A 1JL1A 4MQ3A 2HNYA 1RDBA 4PQUA 1B92A 1KYFA 3I0RA 2WONA 3HP6A 3LZJA 4F2SA 2XO7A 3S3NA 4J2DA 1QE1A 1KY6A 1TL3A 4DQIA 1VRUA 2IDOA 3HP9A 4FCYA 3NHGA 3AA2A 1Q9YA 4W5QA 2Q3SA 1S1XA 3LANA 4K8XA 3AO1A 3F9KA 4DFJA 3SNNA 3LZIA 4B9UA 4Z4IA 2OZMA 1BIUA 1WAJA 1S6QA 1RTJA 2YHBA 4CJPA 3TAEA 2E6LA 3DLKA 1HQUA 3K5MA 3SPYA 1VSMA 4E7JA 2KZZA 4F2RA 4CJUA 4DTRA 4DSFA 5CZ1A 3MAQA 4TSXA 1RILA 4ROCB 3ZSWA 4OPKA 1RT4A 5KGWA 3VQ4A 1WSGA 3WNEA 1U04A 1NK9A 1D9FA 3BDPA 3QNNA 3ZT2A 4FLYA 3RMDA 1KFSA 3MXJA 3OS0A 4RW7A 1IG9A 3AV9A 5IYDP 1RBUA 3HVRA 3EYZA 3TR8A 1SKRA 3VN5A 3VQDA 1C1BA 1JLFA 3O3HA 3L2QA 4CFAA 4EZ6A 3AO4A 1RDAA 1GOAA 4R5PA 3QESA 3NFAA 2O4IA 3AA4A 5E41A 2HHQA 1J54A 1SV5A 5KI6A 1BCMA 1J9AA 1FXXA 4IFYA 2PYJA 2EX3A 1QNCA 4CJRA 3OYCA 1IKYA 1VSLA 3M8SA 3MXMA 4E3SA 2VG6A 2HHUA 1ASVA 3OYIA 2FBYA 3VQ8A 3KD1E 3T1AA 4FK0A 5SWMA 2OPQA 4UQGA 3AVBA 4CF1A 4M3XA 1JLCA 5C42A 1S1VA 1Y97A 4FZZA 1RTIA 3ZSZA 3VA0A 3SZ2A 1U4BA 1S5JA 2P51A 2RF2A 3OYLA 2Y1IA 4N76A 1NK8A 1KLMA 4OGCA 2B4JA 4JRPA 1YT3A 3L3VA 4BDPA 3RRGA 3VQEA 4DLEA 3ASMA 5JS1A 1NOZA 3C6UA 4E19A 1JXBA 4DTOA 3MEEA 3P5JA 1LWEA 2IS3A 1KYUA 3AVAA 3K57A 1CDWA 4CJKA 4CEOA 1L5UA 4H4MA 5DK5A 4CFDA 1MU2A 4HHTA 1NVPA 2ZD1A 3ZT4A 1VSJA 3HXMA 2HHSA 1KVBA 3UIQA 4PUOA 2HMIA 4ID5A 4HCBA 3ZCMA 5CYQA 1CZ9A 1QN6A 2FBVA 4CJLA 3V9ZA 1DTQA 1S9GA 1VSIA 4KREA 2JLEA 3CFOA 3U3GA 4ZHRA 2XY8A 4HUEA 1IH7A 2KFNA 1I3AA 4HCCA 1A5XA 4FJNA 1NJYA 4HUFA 2Y1JA 1JXEA 3CM5A 3K59A 2G8IA 4J2EA 1X9MA 1FKOA 2MJ7A 1AISA 3RR7A 2DY4A 1SUQA 3TAGA 1TBAB 3M8QA 1BL3A 4BWJA 4CIFA 1JLQA 4CHYA 4OGEA 1MP9A 4FJ7A 1SL0A 2Z1HA 3M8RA 3K5NA 1NK4A 1R0AA 3DLBA 1TV6A 4QAGA 4KTZA 3CG7A 3VQ6A 4CEDA 1YVUA 3CFPA 2R7YA 4CJ5A 3OYMA 4DFMA 2I5JA 4KO0A 2X6SA 3AVJA 3NBPA 4CIGA 4CJ4A 3QEPA 4FJ5A 3OYDA 2HHVA 3AVKA 4KKOA 2LSNA 3V6DA 4CGHA 1U45A 3C94A 1G15A 3P1GA 3ZSQA 2PYLA 4DQSA 4IBNA 4YNQA 4ICLA 4LSLA 2HW3A 1NKEA 1TKZA 3JSMA 1UAXA 4FZYA 4CF9A 4N5SA 4FK4A 2F8SA 2G8VA 2ZE2A 1ASUA 2P5OA 3TANA 2KQ2A 2DTUA 4N56A 3DI6A 3NAEA 3P83D 4O55A 1Z26A 4FJXA 4CJFA 2IV9A 1XHXA 2HNZA 3AO5A 4O44A 5FDLA 4DSJA 4EZ9A 4CESA 3QIOA 3VQ5A 4OVLA 4DQRA 2YNGA 4DTNA 1NKBA 3RRHA 5D3GA 3QEXA 4DTXA 4MFBA 5J2MA 1HJRA 3PO4A 4FLTA 3PX6A 3PUFA 3DMJA 5HLFA 3L3UA 1C1CA 2QXFA 4BE1A 4FK2A 4ROEB 4AH9A 2EHGA 1RBVA 4CEBA 3QETA 3PY8A 1LW2A 1NK6A 4C8NA 5HRPA 1JLEA 3AO2A 1JFIC 1QN3A 4CK3A 4FZXC 3I0SA 4M41A 1VOLB 3OY9A 1EX4A 4M45A 4CEZA 1CXQA 3NGYA 1VSEA 3L2RA 1NJZA 1KVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JHDB 3TSPA 4DTPA 3VQBA 4DMNA 3I8DA 3D0PA 2P9NB 4LY7A 2HBJA 3ULDA 1IO2A 2UXDK 4FW1A 1NGEA 4CF8A 5JLFA 1E4FT 1KY7A 1PCJX 4JI1K 5JVHL 1HNXK 1VSKA 1HNZK 2XRIA 5CYMA 1NM1A 4BRIA 1C0TA 3CWSA 4LH5A 1WQAA 3M1FA 2A40A 3PSFA 1HRHA 2BE2A 3ZSRA 4CFBA 3O4NA 1S1UA 3VGMA 4HVJA 1ZBSA 3ENOC 4MDAA 1VQLN 3CCEN 4KB1A 4BJUA 5AQUA 4F3OA 1M3QA 3RMAA 2A1SA 1C4GA 3TTDA 4DTJA 3KWGA 2DKAA 1C0GA 2A6AA 2FUVA 1F21A 3OYNA 4HUGA 4KTWA 4CGDA 2IV8A 3IRXA 3A0IX 3I3WA 4FWKA 4YOUA 5JLHA 4A5AA 1ZYQA 1QNAA 2O8FA 1XHZA 1BQMA 1XQSC 4FJMA 4QS8A 3AGRA 4IKFA 1J6ZA 4H03B 2G30A 4FOEA 4ID1A 2PWWA 2KHOA 3WEEA 2KFZA 4CECA 4DQ8A 4AILC 3U8XA 1RDCA 2YA3A 1NGHA 3MWTA 2XY7A 3TAQA 4GVMA 4DTMA 4IEIA 4FJGA 4CIEA 1QN9A 1W2BM 1Q9UA 3WXIA 2NOLA 4NCAA 1XNRK 3CETA 4OKJA 3ZX2A 4B8CA 3O3FA 2Q0RA 4C8LA 4BQZA 3SAGA 1EXQA 2H4LX 4FWNA 1XSZA 4BR4A 2FBTA 4BR2A 5HOOA 4EP4A 3G71N 1ATNA 1QN8A 4H0OA 3U4LA 1FK9A 4LF7K 1IBMK 3BEXA 2CGKA 3HPGA 2E5LK 3SQ0A 2DKDA 4K41A 4QS7A 3SQ4A 1SAZA 3TABA 2E88A 4IEEA 3O80A 1Q8IA 1V4SA 1LAWA 3THXB 4FJ9A 3ZYYX 1BHLA 3VENA 1RTHA 2YX6A 4IFVA 3KJVA 2XHIA 2V7ZA 1LCUA 4M3UA 1Z25A 4PWDA 3DXKB 3MXIA 3AVGA 1W97L 2QWMA 1RDWX 3HO1A 3AVMA 3OYAA 1NMDA 1WAFA 3H3NO 5EXWA 5JMVA 4DKWA 4DS4A 5C24A 4L3QA 4W5RA 3CPEA 2ASPA 1IBLK 1NGCA 5M1QA 4EAJA 4CJQA 1RBSA 1YTBA 2HF4A 2Q1NA 5AQOA 3HK2A 4B3RK 2QWNA 3VOVA 4WE1A 4CERA 4AQYK 4L8RB 2FC0A 5FROA 1EUVA 3C7NA 5HBMA 1BU6O 3TTCA 4HTLA 3H3OB 5EU7A 1D9DA 4RW9A 3ID6A 1NH2A 1T3VA 3TARA 2PZSA 3O9UA 3C65A 3F9MA 4XIUA 3F5TA 1TK0A 1YITN 2X6NA 3IDHA 4FXDA 1EQYA 4CZLA 4DSIA 1HPZA 3HOSA 2DKCA 2DFEA 4QS9A 2AP1A 2QTDA 4B3OA 3L6QA 4RG8A 2GELA 2GV9A 4JD2A 1DGKN 5K14A 2YNFA 4JK9A 4CJ7A 1PZDA 1KAZA 4WFAL 3HYFA 4DTSA 2D0AA 2OOYA 4N41A 4DV0K 1T8EA 4CCHA 1VQ6N 4JKFA 2E2PA 2ZJPL 3CJ9A 4BC3A 4W5TA 4OPJA 5CE3A 3E66A 4IDHA 4OLAA 4E7KA 3AA3A 3OYEA 1T44A 2P9PA 1ZBFA 5KRTA 5IWAK 4IJAA 1ITGA 1RBRA 3LP1A 3GG4A 3QMLA 2VWKA 4LF4K 3HS9A 3ENCA 3CW7A 1SS6A 5CR4A 5J1EA 5GIOA 5LMUK 1TL1A 3LAMA 4FM1A 3SBTA 4WZSD 3V1OA 1NWKA 3CCUN 3KLFA 3KLGA 2ATQA 1QN4A 4KHYA 4IXCA 4AM7A 2P9SA 2ZJQL 3BZKA 3DOLA 2F7LA 4AHVA 2O4IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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