3VN5A

Crystal structure of aquifex aeolicus rnase h3
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PSLKISPSEAEKIQNYLVSSGFRKINAPYTLWALEGNGVKVYYYKTGSLLIQGKNSEKVLKEVLNLLEKKKLPGCDESGKGDIFGSLVLCCVCIPEENYLKVSSLNPRDTKRLSDKRVERLYLALKPLVKAYCYEIKPEEYNKLYRKFRNLNKMMTHFYKLLIERVKEECGVSEVVVDKYQPSNPFGEDVIFETEAERNLAVAVASIFARYKFLQSLKEVERELGIKIPKGTSKEVKELAKSLKNPERFIKLNFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and characterization of RNase H3 from Aquifex aeolicus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HIII
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 80
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 3vn5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vn5A02
3KK2A 1NJWA 4E19A 1TGOA 4CFCA 4PUOA 1J53A 4O0JA 4CGJA 2AJQA 3B6PA 3OYNA 3HPGA 2W42A 4CHOA 4FJXA 2F8TA 3VQDA 3IS9A 2O4IA 3DRRA 4M3TA 1KYFA 2FBXA 1RNHA 3KKRA 4BE2A 1A5WA 4FZXC 1KSPA 1A5VA 4C8MA 2Z1GA 2DFEA 4MFBA 3O3GA 1QE1A 2IDOA 4HTUA 3F9KA 1TBPA 2OPPA 4OKJA 1RT3A 4CGFA 1RBSA 4DSEA 3LAKA 4WZSD 1JFIC 2I5JA 5I42A 1C0MA 2KZMA 3VQ4A 1CLQA 3RWUA 3LPTA 1Q8IA 1NK7A 1LWEA 3TAFA 1KRPA 1CZBA 3MECA 1HRHA 3MEDA 4Z4GA 1NKBA 3TWHA 3OC3C 4B9UA 4F8RA 3CFPA 1DTQA 2D0CA 1QS4A 1RTIA 1TL1A 4I9LA 4EP4A 5I3UA 3M8QA 3OJUA 3QESA 3T19A 2RKIA 3L3VA 2X78A 1VTOA 3SPZA 2G8FA 1QSLA 2OZSA 4FJ8A 1TV6A 1KLNA 4DFPA 3MXIA 4CF9A 1QN3A 3PX4A 1TK0A 4DMNA 4FJJA 4DLGA 1SL1A 2OYQA 5IYCP 2G8VA 4CESA 4LY7A 3KLEA 4BDZA 2WOMA 2KFNA 3AA5X 4CE9A 4EZ6A 4OLBA 4CCHA 1BI4A 4W5QA 3P83D 5K14A 3G0ZA 1UWBA 5CZ2A 1RCHA 1KTQA 4IG0A 3V1OA 3M8SA 4DTMA 1O1WA 4KI4A 2HVHA 4O4GA 1QQCA 1SL2A 4O55A 2ETJA 1IKYA 1D5AA 3VQEA 4DTOA 1W0HA 4I9QA 3OYHA 4FK2A 1MP9A 4H8KA 3F73A 5JS2A 5J2QA 3QEXA 2G8UA 2E6MA 4NYFA 4H4OA 2VG6A 2XRIA 4FLTA 3AVKA 3ISNC 1T05A 2HW3A 3OYLA 1JLEA 3PO5A 4FZZA 3SPYA 1VSMA 2YNGA 4KV8A 4HHTA 2QKKA 4KHUA 1ZBIA 4DG1A 4B9NA 1ZBHA 4CJ5A 3L3UA 1UA0A 3HT3A 4B9TA 3ZSOA 1CXUA 1VOLB 4Y1DA 1BISA 3CYMA 4RW8A 1VSJA 4FW1A 4FLXA 2Y1JA 1L5UA 4CK2A 4FJNA 3ZCMA 5SWMA 1KYDA 2IC3A 3K5LA 4DS4A 1L3VA 4PY5A 4DTJA 4ELTA 1GOBA 4CEEA 2YKMA 3DM2A 3CM6A 4DWIA 4B8AB 2GUIA 4CFBA 1NVPA 4FYDA 2FBTA 3NF6A 5J2NA 5J2PA 4FJ7A 3ULDA 1QN5A 3E01A 4DTSA 4CJRA 1SKRA 3RMBA 4OKKA 1EETA 1NKCA 3T3FA 3RMAA 1BCOA 4CEQA 3DMJA 2XY5A 4BE0A 4RW9A 1U49A 2IV8A 2IV9A 1JLCA 3VQBA 4Y1CA 1XI1A 1J5OA 4M42A 1I3AA 3DRSA 3KLGA 4KHNA 1B9FA 1JLGA 4KTQA 4FJMA 1E42A 5IYDP 4CF2A 1C6VA 2QXFA 1LAVA 5C24A 2YNHA 3QNOA 1QN6A 3AO3A 4OLAA 1TVRA 1IKXA 3AVLA 3QETA 4DSKA 3HS8A 2B5JA 4TSXA 3BDPA 1S1XA 3AVCA 2KQ2A 1I39A 1JKHA 4BWJA 1SL0A 4FJHA 4DFKA 3EZ5A 2G8IA 3S3MA 4F2SA 1NK9A 5FDLA 3V9SA 1KVBA 3AVFA 3K57A 1HYZA 3U6FA 3AO5A 5KGWA 4CJKA 2KFZA 2XY7A 1C1BA 1XHZA 1KVCA 5J2MA 3CG7A 3P1GA 4FLVA 1BCMA 1EKEA 2EHGA 2XY6A 3RMDA 1WSEA 4M3YA 3LWLA 3SJJA 1C9BB 1XC9A 4OGEA 4ELVA 4E7JA 1UA1A 5FROA 4WE1A 1LW2A 3KLIA 4DSFA 2PZSA 1F21A 1LW0A 3T1AA 4DLEA 2Z1JA 4E7HA 1S6QA 4CHYA 1HQUA 1N5YA 2FBYA 4FLWA 4GVMA 1R4XA 1TAUA 4I2QA 4OGCA 3TAQA 4CGIA 1NJYA 5KI6A 3DLRA 3WNHA 4B8CA 4JS5A 1S9GA 1T7PA 4KTZA 2PYLA 4B0AA 3HYFA 1S9EA 3ZT0A 4NCAA 4QOZB 1BGXT 2X6SA 1X1PA 2Q3SA 3KK3A 1RTHA 4FLUA 3V9XA 1QTPA 4CGHA 2LSNA 4CHZA 3SUPA 3SCXA 3PX6A 2RN2A 1ZBLA 1NJZA 4Z4IA 4DTXA 3QEVA 4KHWA 2DFHA 4KPYA 1REVA 3S9HA 4ZTFA 4EP5A 1S6PA 1VSLA 2P51A 1S5JA 3ZT3A 4ZHRA 5HRSA 4FJLA 3AA2A 4KHSA 2G8HA 5D3GA 3HPOA 1HMVA 2D5RA 4NCGA 1IO2A 3LALA 4I7FA 1W80A 3VQ7A 4AHSA 3MXJA 2KTQA 2HHTA 4PA1A 4M3XA 1C0UA 3AVJA 2HHVA 2HHQA 1FXXA 1NGMA 1RBRA 1TAQA 4Z0UA 4CJPA 3HSTB 3WNFA 3OYFA 4KB1A 4PWDA 1KCFA 1VOKA 1WSJA 4CGDA 3QNNA 4HVJA 4CEBA 1HQEA 1NK6A 3SV3A 2ZE2A 1RT4A 3C6TA 4FLZA 1S1WA 4FJKA 4QCLA 1N6QA 2JLEA 5KTQA 1TK5A 1BIUA 3LP2A 4ELUA 2D0BA 3K5NA 4E7KA 5CYMA 4CIFA 4DQPA 4PQUA 4BE1A 1TKXA 5FRMA 4OPKA 4AHTA 4CHQA 2G30A 3OVNA 2ZQBA 4KREA 2IS3A 1MU2A 4CEZA 3QIOA 1JLQA 4E7IA 2DY4A 3CQ8A 3IAYA 1JL1A 4CJEA 4XIUA 3AVBA 1QNEA 1XHXA 2Z1HA 3C6UA 3KLHA 4CFDA 4DTUA 4ID1A 4DFMA 2E6LA 1VSKA 4ICLA 3VA0A 3SQ0A 4E3SA 4EZ9A 3DOKA 3VQQA 4E1NA 3K5OA 4AHCA 2RPIA 4CJWA 2HNDA 4CJVA 3NH1A 4B9LA 4O0IA 3OS0A 3QO9A 4HUEA 1RDBA 1VTLE 3L2VA 4J2AA 5KRSA 4KHQA 4Z4FA 4Z4CA 4KI6A 1BHLA 3HK2A 3OY9A 1BIZA 3OYGA 1QN7A 1RT1A 1VSIA 3OS1A 4DF4A 3DLHA 1C0TA 2YKNA 4K8ZA 1EXQA 4HUFA 1NJXA 1TL3A 4CF0A 2PYJA 2EX3A 1D3UA 1KY6A 2Z8UA 1WSFA 2BE2A 3U3GA 2OA8A 4DFJA 1QHTA 4OVLA 4FM2A 1RBVA 4ROCB 1S1VA 5T7BA 4MQ3A 1YT3A 3S3OA 4B9SA 4W5TA 3OYEA 3KTQA 3RRHA 1L3SA 1TKTA 1A5XA 2ZD1A 1VRUA 3SUQA 3RTVA 4LD0A 1QSSA 4KTWA 3DLBA 4KFBA 1VRTA 3K59A 4CEDA 3V6DA 1W9HA 3I0RA 4RG8A 4M45A 4C8NA 4UQGA 2X6NA 3AVIA 3HXMA 3NE6A 3SV4A 3VA3A 3ZSVA 1X9WA 4LSLA 1JXEA 1ZYQA 4DSLA 3PV8A 1RT5A 3WNEA 2JGUA 4N56A 5FRNA 1NK8A 1VSFA 3M8PA 1CZ9A 5C25A 3D0PA 3TARA 1U4BA 3HP9A 1IKWA 2GV9A 3TANA 1FKPA 3I0SA 3TABA 3VQ8A 4CFAA 5CYQA 3ZSRA 3TAEA 5HLFA 1QN8A 3HO1A 3V9ZA 2MJ7A 1NKEA 3S3NA 3L2QA 2HHXA 1RBTA 3LPUA 3RRGA 3MXMA 4CJLA 2D0AA 5HP1A 1RM1A 1NOZA 2A1RA 3AA4A 4FJGA 3MAQA 2HNYA 1Y97A 1RDAA 4DQSA 3QLHA 4AHVA 2P5OA 3O3HA 4I2PA 1QNAA 1WSGA 2DTUA 2IAJA 1U04A 3AVGA 4YFUA 4M3ZA 4CIEA 1C1CA 4E7LA 3SI6A 1B9DA 4CJUA 3DLEA 3KIOA 5HRPA 1GOCA 3RR8A 1J9AA 4DQRA 4LH4A 3MEGA 4K8XA 3FFIA 3IG1A 1Z26A 4ID5A 4KRFA 1RT2A 1T8EA 4W5NA 1NK0A 3OYMA 1TKZA 3D45A 2YNIA 5HBMA 3SUNA 3U3YA 3ZT1A 4CK3A 3SQ2A 4Z4HA 2KW4A 3TAGA 3V4IA 4KB0A 3QINA 4JRPA 4DTNA 3LAMA 1B92A 3H08A 1QN9A 3AVMA 3NBPA 4FVMA 4OJRA 4AH9A 3LP3A 4GW6A 3P5JA 3AO2A 4BWMA 3RMCA 3PO4A 1J54A 2IOCA 5IYBP 4J2EA 4GMJB 2X74A 5HRNA 4HUGA 4E89A 3NGIA 3DLKA 4LSNA 1YTBA 3IRXA 4M3RA 3VQAA 4CGGA 3NCIA 3SYZA 4DS5A 3K2PA 3NF8A 3AV9A 4IDKA 3QEIA 1WSHA 3THVA 3PY8A 2KZZA 4AHUA 4C8LA 1K6YA 1RTDA 1FK9A 4RODB 1BI4B 3OYIA 3VQ6A 3OYDA 4M3WA 3DLGA 4OKEA 2YV0X 3H1ZA 2E4LA 1WAFA 4ZTJA 4NYNA 4E1MA 1ASUA 3V1QA 2VG5A 4E0DA 1KVAA 4DF8A 2RF2A 1KY7A 3V9WA 1AISA 4J2DA 3B6OA 4B3OA 1KFSA 3OJSA 3OYJA 4ROEB 1EX4A 1Z25A 1NK4A 4CIGA 3UIQA 2HNZA 3K5MA 3VQPA 4KHYA 2O4GA 3O4NA 2VWJA 3DOLA 1PCZA 1RDDA 4CJSA 1U47A 3ZT4A 4Q5VA 1RTJA 1NOYA 2PY5A 4F2RA 1WN7A 2QK9A 2OZMA 3KKSA 1D9FA 3TAMA 3LANA 2HHSA 1HJRA 3HL8A 3VQCA 5J1EA 3L2UA 1JLAA 3ZT2A 3O3FA 3OYAA 4FCYA 3TAPA 5EU7A 1LV5A 3VN5A 1HNVA 3EYZA 4BDPA 1S1TA 4YNQA 5DK5A 5KRTA 4CHNA 3OS2A 4JRQA 1HNIA 2XY8A 3O4QA 1D9DA 4M41A 4O44A 1JLFA 3CM5A 1ITGA 3DI6A 5E41A 1SUQA 4CJQA 2A1SA 3SUOA 4FJIA 1HYVA 1VSHA 1YVUA 4O5BA 3VQ5A 3NGZA 1U48A 2BDPA 4N41A 4Q0BA 4DTRA 3DYAA 4CJ4A 2NUBA 2R7YA 4DTPA 1IH7A 2BGGA 1JLBA 2OPRA 1RILA 4N5SA 4C8KA 1DTTA 3C95A 1BL3A 4FJ9A 4FJ5A 1UOCA 2ITGA 2YHAA 3ALYA 1LWFA 1TK8A 4IKFA 4DSIA 1SV5A 3LP0A 3A2FA 1KYUA 3SNNA 4CEFA 1QSYA 1FKOA 4NCBA 4IFYA 3V1RA 3ZSYA 4FM0A 1ASVA 4JLHA 4N47A 3TI0A 1PZDA 4FZYA 2IGIA 1SKSA 3M8RA 4LH5A 4B9MA 1JL2A 4DSJA 4F3TA 4F4KA 3VQ9A 3NFAA 3EIKA 1VSDA 2BANA 1YTAA 2HVIA 3JSMA 3C94A 3CFOA 1NK5A 4CHPA 4QAGA 2YNFA 5JS1A 3PUFA 4CEOA 2FBVA 5C42A 4W5OA 3NHGA 2F96A 4DU1A 1LWCA 3HS9A 1TGHA 1VSEA 3AVAA 3K58A 1L3UA 1QNBA 3NAEA 4F3OA 1QNCA 1L3TA 3L8BA 5SZTA 4IG3A 1NH2A 2F8SA 3CFRA 2B6AA 4RW6A 1WLJA 4KO0A 1RBUA 2GBZA 2VWKA 3KLFA 3TR8A 1JXBA 3AVHA 3V9UA 2G8KA 3ASMA 5HROA 2DFFA 3QEWA 3OYCA 3KJVA 3LDSA 3KD5E 4RW7A 3PX0A 4J2BA 1XWLA 3DRPA 4KKOA 3JYTA 3OCIA 1WAJA 3OYKA 2Y1IA 4KAZA 3NF9A 5KGXA 4CF1A 2QKBA 4IBNA 4CJFA 2P5GA 3SQ1A 1WNSA 4IFVA 3QIPA 1CXQA 4BACA 4G1QA 5HRRA 3RR7A 3V81A 1WSIA 4BDYA 3MEEA 4AILC 3HJFA 1HYSA 1ZBFA 4CF8A 1X9SA 1HPZA 2B4JA 4W5RA 4DQIA 1Q9XA 1BQNA 3EY1A 1KFDA 3NGYA 2WONA 4H4MA 5CZ1A 4FLYA 3L2RA 1SKWA 1GOAA 4L8RB 1EP4A 3LP1A 5CY4A 3ITHA 3AO4A 3I8DA 3HP6A 4M3UA 1IG9A 1X9MA 1DLOA 3HPHA 3AO1A 2OPSA 3SQ4A 3OYBA 3HVRA 4CK1A 4FM1A 3SZ2A 1YTUA 2G8WA 1R0AA 2VG7A 5DMRA 3NH2A 1LAWA 4AHRA 2XO7A 3NF7A 3KD1E 4CJ3A 1BQMA 4CJTA 3L2WA 4DU4A 4DU3A 1D8YA 1QTSA 3WNGA 3ZSXA 4FXDA 1B9KA 3HM9A 1Q9YA 4CERA 1IKVA 1RT7A 2VJ0A 4FK0A 3AVNA 2HB5A 1RDCA 3G10A 3HVTA 4CEAA 2HMIA 2HHWA 1RT6A 4R5PA 4C8OA 4Z4EA 3NH0A 4OPJA 1QTMA 4B9VA 1QN4A 3ZSZA 3BGRA 2YHBA 4N76A 4DQQA 4JS4A 3ZSWA 1G15A 1ZBUA 4CECA 1VK0A 3ZSQA 3LZIA 3NDKA 4RW4A 4B08A 2XHBA 1TKDA 4HCBA 2Z1IA 3QEPA 2P1JA 1CDWA 1UAXA 2ATQA 3LWMA 1C1AA 3KK1A 1U45A 2FC0A 1S1UA 4FW2A 1ASWA 3LZJA 2OPQA 3AA3A 1T03A 4FK4A 3QERA 2HHUA 4HCCA 1KLMA 1TBAB 1YTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJ9N 4PUOA 3I0WA 3B6PA 2W42A 3HPGA 2AP1A 2O4IA 3VQDA 4M3TA 1KYFA 2FBXA 1RNHA 2NRWA 3KKRA 1E4GT 1KSPA 1VQ7N 1QE1A 2IDOA 2OPPA 3VEVA 1GLLO 4WZSD 2I5JA 3RWUA 3MCAB 3TAFA 1KAYA 1NKBA 1NGGA 3TWHA 3OC3C 4JHDA 3M5RA 4EP4A 2D0CA 2YCHA 1RTIA 4CZKA 2IVPA 4DUZK 5BRFA 3QESA 2OZSA 4JI6K 2EHBD 1TV6A 4DFPA 4FJJA 3CERA 1SL1A 3P39A 3ZLJA 5IYCP 2G8VA 5JMVD 1XUPO 3VEZA 4OLBA 4CCHA 4RCHA 1QZ6A 1T6DA 2YHXA 3P38A 3D4VA 3V1OA 4BY9C 2HVHA 3W0LA 2DKAA 2QREA 4O4GA 4O55A 4DKWA 1T3VA 1V4SA 3THWA 5GIOA 1H1VA 2E6MA 4H4OA 3CCSN 2XRIA 3ZETA 4NXMK 1JLEA 3EL2A 1ZBIA 1ZBHA 4X66K 4BG8A 5EXWA 3L3UA 1RFQA 4B9TA 1CXUA 2QTDA 3ZX3A 4RW8A 1VSJA 4FLXA 5SWMA 1L3VA 1VQON 3AGRA 4DV5K 2FXUA 4DTJA 4ELTA 4DWIA 4MRQA 2GUIA 1NWKA 4CVNE 3IMXA 3ULDA 4DTSA 3RMBA 3ENOC 3CHWA 1EETA 4GKKK 4PKHA 1NKCA 4RW9A 4M42A 4BVPA 2Q36A 3KLGA 4G9ZA 4C1NI 3HM8A 5IYDP 2BH1A 4LF8K 1HKBA 3QNOA 1QN6A 4BROA 4OLAA 1IKXA 3AVLA 4M63C 2F7TA 1EUVA 3CJ9A 1N32K 3D7EO 3CCQN 2KQ2A 1SL0A 2G8IA 4IJNA 5BRDA 4AM7A 3J7YP 4CZFA 4H5RA 3K57A 1HYZA 5KGWA 5BPNA 2XY7A 5J2MA 1PCMX 3F5TA 3QICA 3RMDA 1BA0A 2E20A 3MMVA 4E7JA 1UA1A 3OTOK 5FROA 4WE1A 3D2EB 5AQLA 2ZGYA 4E7HA 4UY8O 1S6QA 2FBYA 4OGCA 4B8CA 2QWNA 1NU0A 4B0AA 3HYFA 4QOZB 3VEWA 1YITN 3AAPA 4CGHA 2LSNA 3A5OC 1LWVA 3WEEA 1NNEA 4K0KK 4DTXA 3SK3A 4JYAK 5AQRA 4KHWA 3S9HA 4ZTFA 1Q9UA 5C0YA 4ZHRA 5HRSA 1U2VA 4PL8A 5F9CA 2P9PB 1ZC6A 4I7FA 4WYBA 1W80A 1C0UA 3OYFA 3BKQX 4CJ7A 4WQ4A 1BOTO 3QNNA 3IDHA 3CMAN 1KC8O 4PKGA 1RT4A 5BMPA 3C6TA 1OKJA 4QCLA 1N6QA 5AQHA 2FSNA 3LP2A 3K5NA 4YHHK 5AZIA 2D0PA 1WOQA 2ZWHA 4KH4A 5FRMA 4AHTA 4CHQA 2G30A 3OVNA 4K42A 1MU2A 2P9LA 3WXLA 1HJOA 3AVBA 4HWIA 4CFDA 2E6LA 4M7YA 5CR4A 4IO8A 2RPIA 4X64K 4O0IA 4KI6A 5BREA 5KPRA 4DF4A 1QN7A 3OBYA 1C0TA 1EXQA 1NJXA 3C6HA 2PYJA 1KY6A 2Z8UA 4K25A 2P9KA 5I9EB 3S3OA 3KTQA 3ZEUA 2ASPA 3RTVA 4DV6K 3V6DA 5AZJA 3NE6A 4C8NA 2X6NA 3AVIA 3EKSA 1EWQA 5GIPA 4YOYA 1X9WA 1JXEA 3F2KA 1ZYQA 3PV8A 3WUHA 4D7QA 2HOEA 1CZ9A 5C25A 3D0PA 2ZJPL 3HP9A 4H5TA 1Q18A 3MX5A 1T6CA 3TANA 2QLVA 3I0SA 3DXMA 2I7PA 1UT7A 3ZSRA 5ADXH 1K8AO 3HO1A 1V5SA 1GLBG 3L2QA 1RBTA 5IWAK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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