The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
245
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structure length |
241
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Chain Sequence |
KEYEVIKNDVEHDMKADHITYEGLNKEATEGYRITANQKSFSKEEIEALKDQKPLMDMPSDDHKVTSLKMKFANPIALSKKDIEDDAQALVSSKIQDGEKYKLWKVDKSKKEIIFFQTYEGHYIYQKTDNPSNMIGQVVLHLNGKNEVVSYDQTTLETFKQIQKESLITEMDAVELLYYQNQLKEYSTVKSCKFGYVAQYPLTSTQVLAPVWRITVEYEKEKKTVQEYFTVNALESTILDT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of Bacillus subtilis YycI Reveals a Common Fold for Two Members of an Unusual Class of Sensor Histidine Kinase Regulatory Proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
YycI protein
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| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Bacillus subtilis
|
| total genus |
53
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| structure length |
241
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| sequence length |
245
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09648 | YycI | YycH protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | TATA-Binding Protein | TATA-Binding Protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FGT A; 2O3O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TRQ A; 4L8P A; 3DY5 A; 3CVS A; 1PCM X; 1RGE A; 1RMS A; 2KF4 A; 4L7K A; 1M3H A; 2I5W A; 1WQA A; 1AVL A; 3GSP A; 2F5W A; 5AEW B; 3V92 A; 1X1X A; 1YJN 3; 3S67 A; 1UCK A; 2HMN B; 3JUO A; 3EB8 A; 3F40 A; 1GY6 A; 2HZS A; 4KZ1 A; 1V58 A; 1PCJ X; 3V98 A; 2C4B A; 5EPC A; 2GU1 A; 3KSP A; 3OCI A; 1BNS A; 2RGQ A; 3ASM A; 1YTF A; 2OCT A; 3SOY A; 4KVH A; 1KYD A; 6STD A; 3NA5 A; 2H5A X; 1OUN A; 4GHO A; 1LOX A; 1BGS A; 1YIJ 3; 2CHC A; 4IPB A; 3G6E 3; 1MWS A; 1YHQ 3; 2CWV A; 1BNF A; 4HVN A; 4GB5 A; 5ELU A; 1W6G A; 4R4K A; 3MHE A; 3AHS A; 1BNG A; 3PZW A; 3BND A; 1VQO 3; 2HMM B; 1BAO A; 3EC9 A; 3Q90 A; 1TBP A; 1Q9E A; 1Q42 A; 1STD A; 3LZA A; 3A76 A; 1VQP 3; 2E2U A; 4FCM A; 3URP A; 4HJH A; 2GU3 A; 1QMA A; 2XGN A; 3RPJ A; 2MC8 A; 3CCL 3; 4BTW A; 4CJN A; 4N6V 0; 1S5A A; 2P0X A; 3QK9 A; 1N9E A; 2F4Y A; 2P0M A; 1M1K 4; 1BU4 A; 2F99 A; 5IYD P; 2MZ8 A; 4BJU A; 1UI7 A; 5FGO A; 1BUQ A; 3RDE A; 4HM1 B; 1FGM A; 5KP4 A; 2XR8 B; 2XFS A; 3FF0 A; 5D83 A; 1RJO A; 4PEJ A; 4J5K A; 4B0A A; 2OOV A; 4I5Q A; 2QRC A; 3GAX A; 1FA3 A; 3FH1 A; 3CNX A; 5AIF A; 1JB4 A; 2CFL A; 3JUN A; 3FG3 A; 4R1K A; 3SED A; 1JN5 B; 3OC3 C; 1Q7Y 4; 4BTY A; 1W01 A; 3SLU A; 1B2Z A; 5G1L A; 3UL6 A; 5EVH A; 2A15 A; 2LYX A; 1JB5 A; 3CCQ 3; 5BU4 A; 2NOF A; 4BTX A; 1J3M A; 1BNJ A; 3MPH A; 3EN1 B; 3FG4 A; 4BIR A; 1JKG A; 4RNZ A; 3A5E A; 2PWW A; 4DUL A; 3HOH A; 3MYT A; 2OQE A; 2OOV C; 1IVV A; 1J2B A; 1RN1 A; 1YVB I; 3WMD A; 1LNH A; 1QN5 A; 4TX4 A; 4FMB A; 1QN8 A; 1BIR A; 3H1Z A; 1GD3 A; 1RN4 A; 4I8O A; 1FYS A; 4XBX A; 3PS8 A; 1W5Z A; 1IV9 A; 4FCZ A; 1BSD A; 1B27 A; 1N39 A; 5RNT A; 1PZD A; 1BVI A; 4OVM A; 3KTU A; 1ULJ B; 2QR1 A; 2L1S A; 2HOH A; 1JZD A; 3QRD A; 1DMN A; 1C9B B; 4D7R A; 4WHA A; 2OQE C; 1ULI B; 1BRN L; 1G02 A; 5G2G A; 1BRJ A; 2IYJ A; 1RLS A; 1KY7 A; 1VQ9 3; 4LEH A; 1PYL A; 4LYL B; 3X40 A; 5KP3 A; 3ROB A; 5ELJ A; 2XSH B; 2H4L X; 2YFJ B; 2HL9 A; 4HJL B; 2JHJ A; 5BMP A; 2DKA A; 1US1 A; 5EQL A; 3CCE 3; 3EF8 A; 1UCI A; 1C47 A; 3CPW 2; 1N3C A; 2WGO A; 4LGQ A; 2YFI B; 3OSM A; 1QVF 2; 1TJD A; 4N6N B; 5IG0 A; 1UCJ A; 1LWW A; 3EIK A; 4N6U A; 2W9P A; 1UCL A; 1VTL E; 5STD A; 1VQ8 3; 3UL5 A; 4WP5 A; 1I2F A; 1JV2 B; 4XBY A; 1DE3 A; 1V5S A; 1O7N B; 1RGH A; 2PZV A; 4JRF A; 2CWU A; 2HKP A; 1KYF A; 2W04 A; 4FR9 A; 1QTP A; 2QIY A; 1SII A; 1STF I; 3NQY A; 5IF6 A; 5TGN A; 1NU3 A; 1RHL A; 3HS8 A; 2HL8 A; 1DIZ A; 3IJE B; 3EQQ B; 3MKI A; 1SIH A; 2OOX A; 3GZX B; 3G16 A; 4EAJ A; 1JBR A; 2WGQ A; 2OWP A; 5BVB A; 1C7H A; 5BMN A; 1U8C B; 4WXA A; 1I3F A; 4EJY A; 3S28 A; 2Y74 A; 1NH2 A; 5IG5 A; 2H0H A; 1V74 A; 3F8H A; 1LQG C; 2NOE A; 2GBX B; 3OWS A; 3OWY A; 4R80 A; 3L0R A; 3DZL A; 5IYB P; 1MWR A; 2CH9 A; 1LVN A; 1O7W B; 3JUQ A; 3EHC A; 1RN7 A; 1A2V A; 1JNQ A; 1RGA A; 1W2Z A; 2BMR B; 4QG5 A; 3GZY B; 3I55 3; 2K3D A; 3SXX A; 2NVM A; 1RKY A; 2CW9 A; 1CQS A; 1OH0 A; 1A90 A; 2EHB D; 3DGO A; 4LMI A; 2WO0 A; 3DXO A; 3ZG5 A; 2O3O A; 1N9J A; 1YQR A; 1G96 A; 3WOF B; 1MWU A; 1BNR A; 3G0K A; 1VQ4 3; 3NM7 A; 5JBS A; 4HM7 B; 1T3B A; 1WTH A; 4J5G A; 1NJI 4; 1D6Y A; 2Z7A A; 4EAI A; 4I4K A; 2CX0 A; 3UB1 A; 2XEP A; 1QAL A; 3VGN A; 3FLJ A; 1B20 A; 1FZU A; 4ORL A; 4H61 A; 1GYB A; 2XSO B; 4HM2 B; 2FUV A; 1QN6 A; 2AAE A; 1QJG A; 2XGL A; 2ZDJ A; 5CLK A; 3HIG A; 1L5G B; 2FNQ A; 1FN7 A; 3HII A; 1W02 A; 3TE5 A; 2W03 A; 4NHF A; 4HM8 B; 1JB2 A; 3FCS B; 1UGI A; 1VQN 3; 2GEX A; 4MMY B; 3NBJ A; 3K5T A; 4JF8 A; 1OCV A; 2JHN A; 3DGY A; 2F7L A; 1IDP A; 1QTS A; 3FZW A; 3G4S 3; 4XDW A; 3PYJ A; 1BNE A; 1I70 A; 2OTJ 3; 3D4A A; 1E97 A; 3BNC A; 4HM0 B; 3WA3 A; 2W56 B; 2BNG A; 2BT3 A; 5IEN A; 4C7P A; 2IUK A; 1VQ5 3; 1O7P B; 1EBM A; 5D82 A; 1W6C A; 4D7Q A; 3CNM A; 3LTB A; 3BKQ X; 1QNA A; 1BOX A; 1M3Q A; 3S27 A; 3LML A; 1Q7H A; 4RNT A; 1RRL A; 2W0Q A; 4R9L A; 3AHW A; 4G1M B; 1IYY A; 3GRD A; 2IMJ A; 2DKC A; 5BIR A; 3ZFZ A; 1RRH A; 1TBA B; 3GZR A; 4R9K A; 1Y4K A; 4DKI A; 1I0X A; 3VSY A; 1OHP A; 3EBY A; 3IMA B; 4XM4 A; 1EA2 A; 2F5M A; 4XDV A; 2STD A; 4HZ9 B; 4ROC B; 3NBB A; 3SOA A; 2QGU A; 2CKF B; 3LOY A; 1UUW B; 1QAK A; 3BU4 A; 2V8Q A; 3KZT A; 1OF5 A; 2HML B; 3I0X A; 3CPO A; 3CWU A; 2UX0 A; 1LOV A; 1DMQ A; 3TDG A; 2ZHX B; 3KKG A; 1JJ2 2; 3O8Y A; 1M9G A; 1AVK A; 2H0I A; 3NV0 A; 4EAK A; 6RNT A; 3KRM A; 1GY7 A; 8RNT A; 3KSE D; 2KAA A; 1GOV A; 3CWA A; 1E42 A; 5G1K A; 1OGX A; 3CMA 3; 2AAD A; 1KO9 A; 2JQ5 A; 1VQ6 3; 5KL0 A; 4LSO A; 5HGR A; 1KFQ A; 5D81 A; 4X2H A; 3CW7 A; 3F8X A; 1QNC A; 4K1V A; 3K63 A; 3N9H A; 4MRQ A; 3OWU A; 3D9R A; 4ROE B; 5LC6 A; 1GSP A; 4KFF A; 5CF1 A; 1RGC A; 1WMO A; 5JPP A; 3BIR A; 1T6A A; 3KII A; 2XHI A; 2QRE A; 1Q40 B; 1QN9 A; 1DYU A; 2V1L A; 4EAG A; 2Z8U A; 1EEJ A; 4EV2 A; 1S72 3; 3AMO A; 1IK3 A; 3IH7 A; 4HM5 B; 3KE7 A; 1E3R A; 2Y73 A; 3G8Z A; 3D3L A; 2D1W A; 1HU0 A; 2JDI H; 3UNL A; 4N6O B; 3CME 3; 1IVW A; 3T0U A; 2INX A; 1K35 A; 1YTB A; 1U5O A; 3CWT A; 3F0Z A; 1TU5 A; 3LTD A; 2OOY A; 3RSM A; 5CK6 A; 1W80 A; 1RCL A; 2QRD A; 1CEW I; 4OUQ A; 3KFQ C; 2Z6B A; 3NX0 A; 2W2C A; 4J9A A; 2YFL B; 2D0A A; 2W6J H; 5HSH A; 1MGR A; 2L4V A; 2BU4 A; 1I0V A; 3ER7 A; 1IVU A; 2IY2 A; 5M19 A; 4EV5 A; 4EC6 A; 1EUI C; 5LC7 A; 2NOZ A; 2HZM A; 3X3Y A; 4EBG A; 2XFT A; 2IUJ A; 3T4N A; 4EW5 A; 3F9S A; 3BNB A; 2M7O A; 1WJW A; 3HZP A; 3U1W A; 5AI1 A; 4K61 A; 4HM3 B; 2NOI A; 2YH5 A; 2G30 A; 2GXF A; 3DGL A; 4NPB A; 1E3V A; 1IQ8 A; 4PY5 A; 3ECF A; 1ZO2 A; 3MG3 A; 1AV4 A; 3T8U A; 1RGK A; 4K1U A; 3S5C A; 5DRV A; 1K41 A; 1C54 A; 3MSO A; 3OXA A; 4WYK A; 2R41 A; 1DET A; 2ZFD B; 2ML6 A; 1BSA A; 3T8N A; 2BIR A; 2P09 A; 1SJW A; 3NM2 A; 1BRG A; 3I3W A; 1TFO A; 3EAY A; 2DKD A; 3RGR A; 4Q11 A; 3DM8 A; 4EXR A; 1A67 A; 1VQK 3; 1HKX A; 2RCD A; 1I8V A; 3PXM A; 2XRX B; 3LYG A; 1OGZ A; 4RZM A; 3Q2P A; 4MMX B; 1RCK A; 3NHX A; 2UUG C; 4Q53 A; 1OHO A; 4O2H A; 4CDL A; 4NRE A; 1A2K A; 1WMP A; 1TIJ A; 3CCU 3; 1KY6 A; 2H0G A; 2GEY A; 3OH6 A; 4ROD B; 3G71 3; 3SYU A; 2CIU A; 4MEI A; 2NWV A; 1P5G X; 2F98 A; 2SAR A; 2PNC A; 4U13 A; 1DVC A; 2BMO B; 4EYC A; 4J8T A; 1AY7 A; 3JUP A; 1ZGX A; 2Y8L A; 2I9W A; 5AN4 A; 1QN4 A; 1R4X A; 1R4Y A; 1QNE A; 2F86 B; 3VF1 A; 1JBS A; 4CCV A; 1I3I A; 4HM4 B; 1VOL B; 4HYZ A; 1NB3 I; 1TTO A; 3HK4 A; 1JRQ A; 1UGH I; 2HMJ B; 1EQK A; 1SAR A; 2FGT A; 3RGA A; 5HOH A; 1YNV X; 4IL8 A; 1OPY A; 4FCJ A; 2CC3 A; 3I56 3; 3N54 B; 3IPT A; 1DMM A; 1LRA A; 1Q81 4; 1UT7 A; 2SBL A; 3D5I A; 2BO9 B; 1JKG B; 3B7C A; 1A2P A; 1LOY A; 5BXQ A; 1N5H A; 3LTA A; 1FGT A; 1N5P A; 2Z77 A; 2OTL 3; 2YX9 A; 2E2T A; 2JPI A; 2V92 A; 1BSE A; 3U97 A; 1JN5 A; 2RBI A; 1BNI A; 4IT7 A; 3KCH A; 1YI2 3; 1D3U A; 1B9K A; 8CHO A; 2BMQ B; 5M1A A; 3WR2 A; 1CDW A; 3GWR A; 1B2X A; 1VZZ A; 5JPU A; 5M18 A; 3TDH A; 5JN5 A; 4L8O A; 1N3A A; 1CH0 A; 3OSE A; 3JVC A; 3MG2 A; 2P05 A; 2CFK A; 3OV4 A; 3CCV 3; 1BRI A; 1BSB A; 3LT8 A; 3PMG A; 5IW9 A; 3DGN A; 3CCM 3; 2XF3 A; 1RDS A; 1LWY A; 3AGO A; 1GS3 A; 2KF3 A; 1KC8 4; 1T2H A; 2JOI A; 7STD A; 5FW5 A; 3OST A; 3ALA A; 2MJ7 A; 1OHS A; 2UGI A; 1KWI A; 1YIT 3; 1B3S A; 1FGO A; 4XBT A; 1W2B 2; 1MOL A; 1N8Q A; 1M1X B; 1UW1 A; 2KRT A; 1EKM A; 5EEO A; 1KYU A; 1SQW A; 3BLZ A; 3LXU X; 1YJW 3; 1KQS 2; 1FW7 A; 1ROA A; 5F9C A; 5IG3 A; 1GY5 A; 2VJ0 A; 7GSP A; 1VQQ A; 2NOB A; 3Q3F A; 3X41 A; 2CWT A; 3SNS A; 1PCZ A; 1D6U A; 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