The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
106
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sequence length |
315
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structure length |
315
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Chain Sequence |
TVIAIAKDGSIVEPKLDEISFEDYRLIWIDCYDPKDEELYKLSKKIGISVSDLQIGLDEQEIPRVEEDEDFYLIIYKAPLFEEDITTTSLGIYIKNNLLLTIHSDKIKAIGRLHKLISTKKPRIVFERGIGFLLYHILNEITRSYSRILMNLEDELEELEDKLLAGYDREVMEKILGLRKTLVYFHKSLIANRDVLVLLKRKYLPITTKEDRENFEDLYYDTLQLIDMSATYREVLTSMMDITLSLENIKMNQIMKILTMVTTIFAVPMWITGIYGMNFSYLPLANNPQGFWLVMALMVVIIMIFVYIFRRSGWI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights into the mechanisms of Mg2+ uptake, transport, and gating by CorA
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal transport
|
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
|
| molecule keywords |
Magnesium transport protein CorA
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| total genus |
106
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| structure length |
315
|
| sequence length |
315
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01544 | CorA | CorA-like Mg2+ transporter protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Magnesium transport protein CorA, transmembrane region | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Magnesium transport protein CorA, transmembrane region | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | CorA soluble domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4EEB A; 3JCF A; 4I0U A; 2HN2 A; 3CK6 A; 4EV6 A; 5JTG A; 2HN1 A; 3RKG A; 2BBH A; 3NVO A; 3NWI A; 4EGW A; 4EED A; 2IUB A; 2BBJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IBP A; 3UQ0 A; 4ASK A; 5HCJ A; 2XQ5 A; 4I27 A; 3VRB A; 5L3D B; 4U72 A; 9ICN A; 4WC1 A; 1TVA A; 4RWO A; 4MAL A; 2LM2 A; 8ICM A; 5IWA T; 4OAH A; 4Q25 A; 1ZQO A; 3CPZ A; 4WW0 A; 2O5A A; 4QZG A; 2WMN A; 5DKW A; 4HEA A; 2PJQ A; 4KUM B; 3C51 A; 5HCM A; 4IDN A; 4LFA T; 4WC6 A; 4G2A A; 2CXD A; 3AA7 B; 3OWG A; 1FMW A; 3FXD B; 8ICQ A; 4HKA A; 2OV9 A; 4I2D A; 2WDV A; 3ZC1 A; 3P4R A; 3HL6 A; 5AQI B; 4AI6 A; 3E0Z A; 2KWH A; 1ZQP A; 2CBI A; 2WU5 A; 4X4P A; 2YIN A; 3I0Q A; 4LFC T; 2IHR 1; 3X1D A; 1D1A A; 4Z8X A; 3OBV E; 2ZH2 A; 1WR0 A; 4UIG A; 3H37 A; 2D0U A; 2ZH5 A; 2ZM2 A; 3EI0 A; 2JMH A; 4IG8 A; 5AQR B; 2W62 A; 4I43 B; 3SOL A; 2C5J A; 3K3O A; 1R8C A; 3VU7 H; 4PGX A; 2PFP A; 1VOM A; 4ILC A; 4IQW A; 4GXK A; 5AQG B; 3RH3 A; 4I28 A; 3R84 B; 3OYZ A; 4WBY A; 4FO1 A; 2I6H A; 2BKP A; 3P8C D; 1E7P A; 2XAQ B; 2YK0 A; 4KI0 F; 5E0O A; 3RH5 A; 4QXB B; 3RYI E; 4NXX A; 5IHY A; 4L5G A; 2A9U A; 5LOV E; 2ID1 A; 3ZMS B; 2LJL A; 4RQ4 A; 5DJQ C; 2YU1 A; 3RYC E; 5DBB A; 4IL9 A; 2FCL A; 3NWI A; 5FKY A; 2G0U A; 9ICM A; 2IDO B; 3TLU A; 4WBZ A; 5FVL A; 3C5G A; 4LZG A; 1T7S A; 4C90 A; 3ABV A; 3HKC E; 3RJH A; 4NY8 A; 3QNU A; 5AQQ B; 3B13 A; 1HUO A; 2VKD A; 4HWC A; 3RJJ A; 4PHA A; 1TFY A; 3PMN A; 3RJG A; 3SWH A; 1T8B A; 4WBN E; 4K4G A; 3GDX A; 1M62 A; 4E8F A; 2B4V A; 5D61 A; 2EHO C; 3EAB A; 4JWN A; 4EV6 A; 2J62 A; 5LG3 A; 5LHG B; 4Z6C A; 2FJE A; 3EUH A; 1HS7 A; 2ZLY A; 2IML A; 5ADX L; 3P4P A; 2BCU A; 3M3Z B; 5AQF B; 3QUJ A; 4AT8 B; 5KDM C; 4K4H A; 4WQL A; 1ZKE A; 4TV8 E; 4KLS A; 3OVB A; 4HFV A; 5F3J A; 2DR8 A; 1HG2 A; 3EAM A; 3FZK B; 2M2U A; 4B3M T; 3PUQ A; 3AE9 A; 4FJO A; 4TZ4 C; 4LT6 A; 2KSR A; 3LK2 B; 5J2J A; 4XA5 A; 2CE7 A; 4MFR A; 3UU3 A; 5AQJ B; 1N36 T; 8ICJ A; 3O1H A; 3AA6 B; 2VAN A; 2QYW A; 3LBX B; 4I0U A; 2LSK A; 1V9D A; 1W09 A; 4PH5 A; 2CLY C; 2XAF B; 5HEH A; 2BDE A; 1ZQG A; 1YW0 A; 3RI5 A; 4I2G A; 3H39 A; 1ZHC A; 4B3R T; 1OED C; 3GWH A; 5L3G B; 3CVR A; 2UU9 T; 4M2Y A; 4HWH A; 2Q9Q C; 9ICA A; 5HEG A; 4IQT A; 2BKO A; 2X51 A; 5B3P A; 4FHV A; 3VHL A; 5J0O A; 1ZQW A; 2DRA A; 3SS1 A; 2D9D A; 4RWN A; 1NAF A; 3AE2 A; 1CHU A; 3P4S A; 1XNQ T; 5HEO A; 8ICI A; 9ICT A; 4PGY A; 3NRY A; 1Q78 A; 4HFH A; 3RF1 A; 4WNK A; 4X5T A; 1ZQE A; 2LRK A; 2LLY A; 4ZI2 D; 3MKD A; 5LHH B; 4OFZ A; 4E7X A; 2KLQ A; 3K3Q C; 1KDH A; 2D0T A; 2C0S A; 5AQK B; 3OUY B; 2VAS A; 4UVC B; 4O5K A; 1W9R A; 3UU4 A; 4AT9 B; 3AXJ B; 4WCW A; 2NP9 A; 4LEW A; 2ZHA A; 3C4Z A; 4IL4 A; 3UUM A; 3A8Y C; 4HN9 A; 5CA7 A; 2FMS A; 4NUU A; 1OED A; 5DB7 A; 2WMO A; 3ZYK A; 1ZQZ A; 2WQY A; 2Q9Q A; 5JH7 E; 2H89 A; 2E9X A; 4IE5 A; 1I6Z A; 1NOM A; 5LMN T; 4UVB B; 1R8A A; 2XSB A; 3JPN A; 1Y64 B; 2WZH A; 3K1S A; 4DO9 A; 2V26 A; 3D0T A; 3PNC A; 2X9H A; 4DOA A; 5IIM A; 4DVD A; 4YTN A; 2BS3 A; 4UD5 A; 3WFS C; 4P09 A; 8ICG A; 4R63 A; 5EZY E; 3V7J A; 7ICL A; 2VKH A; 5FNV E; 5DB9 A; 3O1I A; 4UV8 B; 5M4Y A; 4RPX A; 3WAJ A; 2DWK A; 4O2B E; 5J0X A; 1UX4 A; 2OLT A; 2YN6 A; 4X4S A; 4EAH A; 2MTQ A; 5EK2 A; 4M9N A; 3OVS A; 4K8V A; 4MFA A; 3L9D A; 4YMO A; 5L3C B; 5CHE A; 4EYU A; 4P4O A; 3AAE B; 1X9B A; 1SE7 A; 4QZC A; 1T98 A; 4IRE A; 3PE0 A; 2CRB A; 5FY7 A; 2DR9 A; 4RQ3 A; 8ICZ A; 1YD8 G; 7ICK A; 4WC7 A; 2KT9 A; 5IYZ E; 2NTY A; 2WDQ A; 5L3E B; 3HJ1 A; 2LHR A; 1DU2 A; 4U2Y A; 3CWZ B; 3AQK A; 4DBR A; 4KLQ A; 3ZT6 A; 5LMU T; 4MLK A; 5J2I A; 4GYR A; 2FBW A; 1U5P A; 3G06 A; 3BQI A; 4KP3 C; 3MDC A; 4A97 A; 3AA0 B; 5J0R A; 2SPC A; 3QOF A; 3UU6 A; 1YQ4 A; 1MMN A; 5LA6 E; 4TWD A; 2PFQ A; 2V6Y A; 5HRE A; 4UBB A; 4EP7 A; 5AQL B; 2K5B B; 4QXH B; 4OYJ A; 4WQK A; 7ICV A; 2XUE A; 4P0A A; 1ZOY A; 1ZQY A; 1WLX A; 5FXZ A; 2ZM8 A; 2E5V A; 4CI2 B; 3JCF A; 4OK0 A; 4EIW A; 3KBU A; 3AEF A; 4RQ2 A; 2CWO A; 4I2F A; 2WBL A; 3T8O A; 2IHM A; 1O3X A; 4M04 A; 2BG9 C; 1ZQD A; 2B1E A; 2XHE B; 5F8P A; 5DEC A; 2V7L A; 3Q5X A; 4YTM A; 2W63 A; 5HHH A; 9ICS A; 3UPS A; 3AVS A; 3PJA A; 1WOT A; 2X9X A; 3V5U A; 2WWV A; 1S35 A; 3MA9 A; 5B3Q A; 4I55 E; 3AE5 A; 2LKH A; 1ZQJ A; 4R66 A; 4K0K T; 4F6R C; 4JLE A; 4WC4 A; 3HA4 A; 3T1H T; 1JNZ A; 1LVF A; 4E7S A; 1NWM X; 4HTE A; 4CN4 A; 4IE6 A; 3H3M A; 2KWI B; 2LOP A; 4TUP A; 3C2L A; 4DR3 T; 1KF6 A; 1WFD A; 1VRB A; 3RH4 A; 1FJG T; 1ZQK A; 2LM9 A; 4XQ8 A; 4XQ7 A; 3UT5 E; 2BG9 A; 2HHP A; 1XSP A; 2H3R A; 5CFB A; 2EHO B; 4X0B A; 1TV9 A; 3AAA B; 4K97 A; 1ZQQ A; 5DBC A; 4LF4 T; 7ICT A; 4YCX A; 3PUS A; 3AUO A; 1XSL A; 2H7V C; 4KLG A; 1BPE A; 5KXJ A; 2A2F X; 2ZH8 A; 5HEJ A; 2BPG A; 3AE6 A; 3ONX A; 3RLF F; 4KLH A; 4RWP A; 5L3B B; 1LRZ A; 4HFD A; 4DV4 T; 4DOC A; 4RQ7 A; 3C4X A; 4QZB A; 2VQF T; 3FBL A; 3KV9 A; 4QH4 A; 4YTP A; 3WFO A; 4WOY A; 3ISD A; 1W0A A; 3AE3 A; 1RZT A; 4H9R C; 3T1Y T; 4F8H A; 5KMG P; 2YU2 A; 4RQ6 A; 3AEB A; 4HFI A; 3ZYL A; 3ZYM A; 4I50 E; 8ICY A; 4UD4 A; 3N9M A; 4AIU A; 3RJI A; 4HGA A; 4U2Z A; 2NWB A; 3ZCJ A; 4AQF C; 2PFO A; 2J4G A; 4ZS3 A; 2CLY B; 4K0U A; 1IAP A; 2HH7 A; 7ICU A; 3OUY A; 7ICP A; 2CEA A; 3C4W A; 3J7Y q; 2RA1 A; 3BQK A; 3CKD A; 4AT9 A; 2ZH9 A; 1OED B; 5AQN B; 4RT3 A; 4NPP A; 5JVD E; 3ZT5 A; 4CN6 A; 5JRC A; 3AQM A; 3J9X 1; 1UUR A; 4K98 A; 2Q9Q B; 5HRK A; 7ICS A; 4TUR A; 3VR9 A; 3ERC C; 4OYK A; 5LGT B; 4M0A A; 3LFM A; 5HRF A; 4QZA A; 4IDO A; 3VKG A; 4GYS A; 2YOE A; 3PUY F; 5CHG A; 4LMK A; 4X62 T; 5ETW A; 4MKP A; 3MCR A; 2XQ4 A; 2E5L T; 2BBJ A; 4UB4 A; 4X65 T; 5IIN A; 4AIS A; 7ICG A; 1ZQU A; 4UBC A; 2KND A; 1T72 A; 4TUQ A; 4HFE A; 2JQQ A; 8ICK A; 2WWU A; 1ZQF A; 4X4V A; 4M1P A; 4F5R A; 4WC2 A; 4IQU A; 3OVA A; 2MPK A; 8ICE A; 4X4N A; 3JPS A; 4O9M A; 2DNX A; 7ICR A; 2DWG A; 3B5M A; 4AQF A; 3AVR A; 4F5P A; 3B0Y A; 3V7K A; 4GIW A; 3UQ7 A; 4G63 A; 4CXX A; 2KMF A; 3N9L A; 2V7M A; 1J1J A; 5JRE A; 1HCI A; 3PUW F; 4ZI2 C; 2HPJ A; 1JNR A; 4IE0 A; 4QZE A; 8ICL A; 4PJN A; 4BJM A; 2GK9 A; 2UXC T; 2DVI A; 4JEU B; 4X1K E; 4PFO A; 4KLF A; 1NO5 A; 9ICV A; 3ONL C; 4UB5 A; 4I2H A; 4YSX A; 3F57 A; 4NXT A; 4O2A E; 2CA5 A; 3HX0 A; 4O6A A; 1OED E; 4TUS A; 2X9Y A; 1WYC A; 2W4X A; 5ABE A; 2E8I A; 1QUU A; 4AKR B; 4GK5 E; 4A5X A; 4JI1 T; 4J2C A; 4DID B; 4I2I A; 5FXW A; 3OVU A; 3LDQ B; 4NXM T; 2JRK A; 3MDA A; 4KLM A; 4DV6 T; 4ZEY A; 7ICN A; 5AQV B; 2V6Y B; 5DB8 A; 1L0V A; 4RPZ A; 2ZH4 A; 2JIW A; 4YFS A; 5DED A; 4QXC B; 1NEK A; 4X4U A; 3I1A A; 5JDM A; 8ICT A; 5J2T E; 4GXJ A; 2XPK A; 1IBM T; 2Z6E A; 3M65 A; 2PTF A; 1UEV A; 3GA8 A; 3C2K A; 1IJ5 A; 5TZV A; 5J0W A; 3LK3 B; 3P7I A; 9ICH A; 1D0Y A; 3UUN A; 5LYJ E; 3NBX X; 1KNZ A; 2LSJ A; 2KIN B; 3AU2 A; 2ZM0 A; 2XSA A; 3RKG A; 4CQI A; 2AE9 A; 3O9X A; 4FHW A; 2HN1 A; 2FJB A; 2H7O A; 2WP9 A; 3LG7 A; 2Q66 A; 2V7K A; 4I2B A; 3CX8 B; 4L0R A; 5HEU A; 1N33 T; 1JAJ A; 4PK4 A; 3C5F A; 3FZF B; 4FHP A; 3E08 A; 3FZL B; 3S4U A; 5C3J A; 2YDR A; 1BR0 A; 2XTL A; 3ZST A; 3P50 A; 3UXP A; 1NEN A; 2OA5 A; 3PU8 A; 5DB6 A; 4K99 A; 3ISB A; 4CXW A; 5IIK A; 9ICJ A; 9ICX A; 2XY8 B; 5HC9 A; 2CXL A; 2ODU A; 2WDR A; 4RQ1 A; 8ICO A; 4JLZ A; 5FY1 A; 4EBJ A; 4QZD A; 5L47 A; 2W67 A; 2ACX A; 3C64 A; 3PV0 F; 3KBT A; 4QX7 B; 4O5C A; 4LEV A; 2WCA A; 4KB6 A; 2M67 A; 3RYF E; 2LRL A; 1ZP0 A; 4EB6 E; 3TLW A; 3ZEF B; 3MGH A; 2BG9 B; 1CUN A; 2I0M A; 3WAK A; 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