The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
189
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sequence length |
710
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structure length |
594
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Chain Sequence |
MRLSYEALEWRTPIENSTEPVSLPPPPPFFGQERAREALELAIRGGFHAYLVGPPSLGKHEALLAYLSTQSVETPPDLLYVPLSERKVAVMTLPSGQEIHLAEAVEGLLLQRFPQARAYLEALRARLARYAETDPAQWRPNLLTSSSSGTPPPIVYEPYATAPRLFGRLDYLVWSTNVSLIRPGAVHRAQGGYLILDALSLKREGTWEAFKRALRNGQVEPVTEPQAPAGLEVEPFPIQMQVMLVGTPEAFEGLEEDPAFSELFRIRAEFSPTMPASPENCTALGGWLLAQGFQLTQGGLTRLYDEARRMAEQRDRMDARLVEIRALAEEAAVLGGGLLTAESVEQAIAAREHRSFLSEEEFLRAVQEGVIRLRTTGRAVGEVNSLVVVEAAPYWGRPARLTARAAPGRDHLISIDREAGLGGQIFHKAVLTLAGYLRSRMIEHGSLPVTISLAFEQNYVSIEGDSAGLAELVAALSAIGNLPLRQDLAVTGAVDQTGKVLAVGAINAKVEGFFRVCKALGLSGTQGVILPEANLANLTLRAEVLEAVRAGQFHIYAVETAEQALEILAGARMEGFRGLQEKIRAGLEAFARLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of an ATP-independent Lon-like protease and its complexes with covalent inhibitors
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Meiothermus taiwanensis
|
| molecule keywords |
TTC1975 peptidase
|
| total genus |
189
|
| structure length |
594
|
| sequence length |
710
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.53: Endopeptidase La. |
| pdb deposition date | 2012-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05362 | Lon_C | Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain |
| A | PF13654 | AAA_32 | AAA domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I94 I; 2VF3 A; 4LZZ A; 4QNR A; 1S16 A; 1N34 I; 3T1H E; 1Z0W A; 1ZM9 A; 1H7S A; 5BR8 E; 1Z0G A; 4LY6 A; 1Z5A A; 2A2C A; 4LFB I; 5JI3 E; 2UXD I; 1IY2 A; 1NVM A; 2DZN B; 4JYA I; 4I81 A; 4DV1 E; 4L4U A; 5DYI A; 2A2D A; 2VQE I; 4NXN E; 2WW4 A; 1IBM E; 5FTK A; 4DR7 E; 4EMD A; 4USK A; 4LF6 I; 3VFD A; 5IT9 Q; 4LJ8 A; 1N33 I; 3JAM Q; 1E32 A; 2HK3 A; 1HT2 E; 2CEA A; 1OFH A; 1SXJ B; 4DUY E; 4DR6 E; 4R1F A; 4DR3 E; 4GKK I; 2QBY A; 2ZAM A; 1NHH A; 2V8P A; 1JR3 D; 3K1J A; 4DV2 I; 2LJP A; 1J5E I; 1HNW E; 3ZM7 A; 1XWI A; 1C1K A; 4JI2 E; 2ZAN A; 5JI2 E; 3J7A G; 4QHS A; 5IWA E; 1XMO I; 4FCT A; 1FWK A; 4KHP E; 2BJV A; 2HHH E; 2CHV A; 3HUL A; 4XTJ A; 1N32 E; 2DZO B; 4X64 I; 1B63 A; 3OTO E; 4QNM A; 2BM0 A; 4DR5 E; 2VQF E; 5FLX Q; 4HAC B; 3WU3 A; 3D4J A; 4OX9 I; 1Z0T A; 2QPA A; 4MYU A; 1KKH A; 4WUD A; 1XXH B; 4K0K I; 3H4M A; 4DV6 E; 1FNM A; 5EP4 A; 3B8H A; 1IXS B; 1B62 A; 2DVW B; 4JV5 E; 1G41 A; 4DV5 E; 1D6T A; 3Q1Q A; 1NHI A; 2Z4S A; 4PRV A; 3QT7 A; 4DV0 E; 5EXS A; 3WHK A; 1UM8 A; 1HT1 E; 3EIH A; 4X65 I; 3GLI B; 4LRT A; 4LJ7 A; 4DPY A; 3GLH A; 4DV7 I; 4LFC E; 4DR1 I; 4B3R I; 1RR9 A; 4Z8X A; 3J81 C; 5FTN A; 1W5S A; 1ELO A; 4WW0 A; 2BV3 A; 3WU5 A; 4JI3 I; 3DZD A; 4DR4 E; 4LF4 I; 2QZ4 A; 4LJ4 A; 4LF7 I; 3T1Y I; 4B3T E; 4MYT A; 4HY1 A; 3H4L A; 3ZZT A; 3U61 B; 1IBK E; 3J80 C; 2X8A A; 3B82 A; 5A2Q Q; 1MU5 A; 4AQY I; 5LMN E; 4JI7 I; 1OJ4 A; 1EI1 A; 1Z0C A; 2UUA I; 1SXJ A; 3V5R A; 1J7K A; 4PU9 A; 1H73 A; 2HCB A; 2NPF A; 2V34 A; 4JI5 I; 4KOD A; 2V1U A; 4JI8 E; 1U2R A; 4QOS A; 2E5L E; 1Z5C A; 5LMU I; 5FTL A; 2BM1 A; 2V2V A; 1QZM A; 4LF5 E; 1PKP A; 3KW6 A; 1SXJ C; 4X62 E; 3LNU A; 3J7A M; 2FNA A; 4FW9 A; 4JI1 E; 3HU2 A; 2UU9 E; 1IBL I; 2R62 A; 4DPU A; 1I94 E; 3LTO A; 3B78 A; 3T1H I; 3CWV A; 1N34 E; 4JI0 I; 4URL A; 1OFI A; 5EP3 A; 2UXB I; 2VII A; 4LFB E; 1HNZ I; 1N0V C; 3GLG A; 1KVK A; 3HWS A; 4DR2 I; 1IN4 A; 1XXH A; 3GON A; 4DV1 I; 4JYA E; 4RPF A; 4JG4 A; 1Z0B A; 3PVS A; 1XHK A; 2VQE E; 3U60 B; 4YY3 I; 4LFA I; 4P52 A; 3MHV C; 5FTM A; 3HU3 A; 1ZM3 A; 4LF6 E; 1ZXM A; 1N33 E; 1VIS A; 1S3S A; 4DV3 I; 4NXM I; 1Z0V A; 1NSF A; 4WUC A; 2UUC I; 1HQC A; 4GKK E; 3QT6 A; 3GLI A; 4DV4 I; 1Z5B A; 4DV2 E; 2UXC I; 4FCV A; 4KLN A; 1MG7 A; 5EQT A; 1SXJ D; 2DWZ B; 1J5E E; 4LF8 I; 1N0U A; 1IQP A; 1FJG E; 1NJG A; 4KHP I; 1XMO E; 3M0E A; 2F4V I; 4X66 I; 1NHJ A; 1Z0E A; 2HKJ A; 4Z7C A; 4X64 E; 4DPT A; 1A6F A; 4OX9 E; 4B3M I; 3SYL A; 1QZR A; 4K0K E; 1N36 I; 4LCB A; 5GME A; 3F0N A; 1KYI A; 3UK6 A; 1FKA E; 4DUZ I; 2CHQ A; 1NY6 A; 4HXZ A; 1ZM4 A; 4L15 A; 4GIT A; 5C1B A; 2KRK A; 1PIE A; 3K17 A; 1L8Q A; 1DO0 A; 1IM2 A; 3WHL A; 4X65 E; 4B3S I; 3WU4 A; 3GLF B; 1HQY E; 4DV7 E; 3V2U C; 4DR1 E; 2RKO A; 2XSZ A; 2R65 A; 4B3R E; 4FN5 A; 5FTJ A; 2DEJ A; 4JI6 I; 4KQV A; 4I4L A; 4FWG A; 1KTV A; 2V6Z M; 2UUB I; 4KO8 A; 1ZM2 A; 5DYG A; 1NJF A; 3ZKB A; 5L3J A; 1XMQ I; 4B3T I; 4LGM A; 4DXL A; 4LF4 E; 1FI4 A; 4FWD A; 3PYD A; 4LF7 E; 3T1Y E; 1XNR I; 4LF9 I; 1JQJ C; 5IT9 C; 1X37 A; 3JAM C; 1S4E A; 1RRE A; 1HNX I; 1SXJ E; 5LL6 R; 2ZM6 I; 3QT5 A; 5EXT A; 4JI4 I; 1XNQ I; 4GKJ I; 4YHH E; 4D82 A; 3ZZ0 A; 1HR0 I; 3BOS A; 4UT4 A; 4AQY E; 4A3V B; 4JI7 E; 1IN7 A; 2UUA E; 2DEI A; 2ZAO A; 2HKE A; 4D81 A; 3U5Z B; 4LJ9 A; 4JI5 E; 1NY5 A; 4JI8 I; 1R7R A; 4D80 A; 4HYM A; 1DO2 A; 2V2Q A; 4USM A; 5LMU E; 1G4A E; 1OJL A; 4ZPX A; 5BR8 I; 3PYG A; 2GS8 A; 3J81 Q; 2UU9 I; 4HAC A; 4DU8 A; 2UXD E; 2C99 A; 5FLX C; 1IBL E; 2V2Z A; 4ZVI A; 2C9O A; 4EIW A; 4DU7 A; 4ED4 A; 4NXN I; 4LJA A; 1ZXN A; 4PRX A; 3AJI B; 1IBM I; 4DR7 I; 3PXG A; 1DAR A; 1E94 E; 2XSZ D; 4JI0 E; 1H74 A; 3WU6 A; 2UXB E; 1IY1 A; 3HU1 A; 1HNZ E; 3ZKD A; 1G3I A; 1IXR C; 2R3V A; 4DR2 E; 4DUY I; 4DR6 I; 2AJ4 A; 2DHR A; 1IXZ A; 2C96 A; 4DR3 I; 4LJ5 A; 1W5T A; 4DPX A; 3J80 Q; 4FD2 A; 1IY0 A; 1LV7 A; 4YY3 E; 4LFA E; 2C98 A; 4WUB A; 4UTG A; 1HNW I; 1K47 A; 2CE7 A; 5GMD A; 3M6A A; 4DV3 E; 4NXM E; 2UUC E; 4JI2 I; 5C18 A; 3KDS E; 5IWA I; 3GLF A; 4DV4 E; 1IN8 A; 2QP9 X; 2HHH I; 2UXC E; 1N32 I; 3PFI A; 1WUU A; 3OTO I; 3CF2 A; 1FJG I; 2CZ9 A; 4LF8 E; 4DR5 I; 2VQF I; 1QVR A; 3LPS A; 3PYE A; 2F4V E; 4X66 E; 5EXP A; 4JN6 A; 4DV6 I; 2X36 A; 1PVG A; 2CHG A; 3ZZU A; 1FNN A; 3PYF A; 2X7I A; 4JV5 I; 5A2Q C; 3VLF B; 3GLG B; 2XEX A; 2ZIT A; 1EA6 A; 4DV5 I; 3QT8 A; 4B3M E; 2QEN A; 5EP2 A; 4DV0 I; 1N36 E; 2OI2 A; 4I3H A; 2QBY B; 5EP1 A; 4Z7Y A; 4FWH A; 4LFC I; 1IN6 A; 4DUZ E; 2C9C A; 4LRS A; 2R42 A; 1R6B X; 1IN5 A; 2ZBK B; 4B3S E; 1KIJ A; 2HFU A; 4QHT A; 2HK2 A; 1UEK A; 4JI3 E; 3CF0 A; 4DR4 I; 3R8F A; 1Z59 A; 3SYK A; 4JI6 E; 3ZH9 B; 4FCW A; 1MX0 A; 2UUB E; 1FWL A; 1IBK I; 1BKN A; 1JR3 A; 1XMQ E; 1H72 C; 1NZ0 A; 5LMN I; 1XNR E; 4LF9 E; 2EFG A; 1KSF X; 1D2N A; 1H7U A; 2J7K A; 4M1K A; 1HNX E; 4LJ6 A; 4L16 A; 4DPW A; 2ZM6 E; 2E1R A; 4YHH I; 2E5L I; 4P7A A; 4JI4 E; 3B9P A; 1XNQ E; 3D8B A; 4GKJ E; 1HR0 E; 4LF5 I; 2Q2E B; 2Z4R A; 3GLH B; 5EXX A; 4X62 I; 4JI1 I; 2HFS A; 3SC3 A; 2BJW A; 3EIE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AG5 A; 1PGY A; 3T1H E; 3UMM A; 2W82 A; 1ZM9 A; 1R6M A; 3VK8 A; 3DFZ A; 1OAI A; 1P42 A; 1Z5A A; 2UXD I; 2VES A; 2GQ0 A; 2O01 F; 1IY2 A; 2DZN B; 1NNU C; 4JI8 M; 4FW6 A; 3K92 A; 3LCU A; 1DGB A; 3AOG A; 4DV1 E; 5DYI A; 2WW4 A; 4DR7 E; 4X62 M; 4EMD A; 4LJ8 A; 2LHG A; 1G59 A; 1TH2 A; 1YSY A; 1D0L A; 4DUY E; 4DR6 E; 1N34 M; 3K9O A; 2V8P A; 2ZAM A; 1NHH A; 3I01 M; 2P5T A; 4HLQ A; 3GLF E; 3KOZ E; 3ZM7 A; 4DUY M; 3GPP A; 4ITQ A; 1XWI A; 4DR6 M; 2VQE M; 3J7A G; 4QHS A; 1PRB A; 3U1K A; 2HHH E; 1N32 E; 2DZO B; 5F3W A; 3JAM S; 5DRO A; 4X64 I; 1R5L A; 3K85 A; 4QNM A; 4GKK M; 3IHP A; 3D4J A; 4Z6Y A; 4MYU A; 2PO1 B; 2HHH M; 3H4M A; 1E3H A; 1N32 M; 2DZL A; 3LQR A; 1IXS B; 1B62 A; 3GRU A; 1FJG M; 1KFV A; 1XMO M; 2BA0 D; 4M9Z A; 3NBX X; 1NHI A; 2C5R A; 5EXS A; 1UM8 A; 4DV7 I; 4LFC E; 2KW0 A; 4BA1 A; 5FLX S; 4B3R I; 1RR9 A; 2CWB A; 4OO1 D; 3QAU A; 1T3T A; 4DR4 E; 4LF4 I; 2QZ4 A; 4LJ4 A; 1RU3 A; 4LF7 I; 3U1Y A; 4G6Z A; 1NO1 A; 1QDT A; 4MYT A; 4X65 M; 4HY1 A; 3H4L A; 3B82 A; 3P76 A; 5LMN E; 8CAT A; 3NZK A; 1H73 A; 2HCB A; 1GKI A; 1K3X A; 5C0X C; 5LMU I; 2BM1 A; 1PKP A; 4M9S A; 1R6L A; 2QQ8 A; 1SXJ C; 3LNU A; 3J7A M; 2DEN A; 3B78 A; 4LG2 A; 3CWV A; 3AL0 C; 4JI7 M; 2UXB I; 3QYB A; 3GLG A; 1KVK A; 1XXH A; 1WIV A; 4IBJ A; 5FTM A; 1ZXM A; 1QQW A; 2UXD M; 1NV8 A; 3QT6 A; 3GLI A; 4JI0 M; 4GIP A; 1UFZ A; 4LF8 I; 3BXW A; 4YY3 M; 5KO3 A; 4X66 I; 1NHJ A; 3FYC A; 1Z0E A; 4MDT A; 4X64 E; 2DAE A; 4IBE A; 3HKM A; 4B3M I; 3BBZ A; 1QZR A; 2O5R A; 3VKH A; 3B4T A; 2KZU A; 3SHG B; 5GME A; 4X64 M; 3U6D A; 2JE6 B; 4G4N A; 4U3B A; 1FKA E; 2CHQ A; 1NY6 A; 3LW5 F; 3THG A; 4L15 A; 2Y21 A; 1DO0 A; 1IM2 A; 4IFD C; 3WU4 A; 4RNA A; 4DV7 E; 4IBC A; 2R65 A; 4B3R E; 3FUU A; 4FN5 A; 5FTJ A; 2DEJ A; 2JT2 A; 4KQV A; 1UDS A; 2V6Z M; 1N36 M; 5K36 C; 4N3O A; 3LVW A; 4MM3 B; 4DUZ M; 4DV7 M; 5C0X A; 2LVA A; 4B3T I; 4LGM A; 4B3R M; 4DXL A; 4LF4 E; 1FI4 A; 4LF7 E; 4TUW A; 1XNR I; 5IT9 C; 5C0X F; 1X37 A; 1QAN A; 1D0M A; 3M7G A; 3U60 A; 5ITX A; 2R45 A; 4G4R A; 5EXT A; 1IN7 A; 2DWM A; 4D81 A; 1QUT A; 1R7R A; 4D80 A; 3CTW B; 1QDR A; 1TH3 A; 2V2Q A; 3K9P A; 3B7Z A; 5LMU E; 1L2B A; 5E6J A; 3J81 Q; 1HNX M; 3SAW A; 4DU8 A; 2ZM6 M; 2C9O A; 3GLG E; 4NXN I; 5LMU M; 4R71 A; 2LVQ D; 3AJI B; 1XXH E; 1IBM I; 3GP1 A; 2UXB E; 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2XZU A; 4USK A; 2K9D A; 1T43 A; 1E32 A; 2HK3 A; 1SXJ B; 1TDH A; 4GKK I; 3L7Z B; 3KS8 A; 1IBM M; 2DAG A; 4AKI A; 4LFB M; 2C39 A; 1UDN A; 1HNW E; 4JYA M; 4WUR A; 2DI0 A; 3C9P A; 2CRU A; 2KHH A; 2ZAN A; 1XMO I; 4FCT A; 4KHP E; 2BJV A; 3FRH A; 2CHV A; 2PO2 A; 4MGY E; 3HUL A; 5IT9 S; 4XTJ A; 1B63 A; 3SBJ A; 2BM0 A; 2BA1 D; 1XHB A; 2JY6 B; 3U6L A; 2NN6 E; 4IFD E; 3GO8 A; 2PO0 A; 1FNM A; 1AIP C; 1J5E M; 3VDP A; 5K36 E; 1D6T A; 3Q1Q A; 5KQ8 A; 1V92 A; 1VEK A; 4X65 I; 3EIH A; 4LRT A; 4LJ7 A; 3HHY A; 3KVW A; 4Z8X A; 2VDB B; 3AFH A; 4K0K M; 2YQZ A; 3GPU A; 4IBD A; 4AW4 A; 3L2A A; 1E9R A; 3LMM A; 2VF7 A; 4FW7 A; 1Z6T A; 3T1Y I; 2M5Z A; 1JR3 E; 1TR8 A; 1L2C A; 2RGH A; 1DGF A; 1WGN A; 4MGK E; 1IBK E; 3B74 A; 3FE3 A; 5A2Q Q; 1MU5 A; 4JI7 I; 1Z0C A; 3KOY E; 4PU9 A; 3SHF A; 5FWK A; 2FE8 A; 1IFY A; 4JI8 E; 3GQ5 A; 2WNR A; 2L4F A; 1LTM A; 2NQ8 C; 5KPT A; 4X62 E; 2FNA A; 1QZE A; 5ITQ A; 1N34 E; 4JI0 I; 4URL A; 2PNM A; 3HWS A; 3GON A; 4MU0 A; 3FUT A; 1Z0B A; 4NSO B; 4B08 A; 2VQE E; 2G5G X; 4YY3 I; 4LFA I; 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