The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
77
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sequence length |
252
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structure length |
252
|
Chain Sequence |
ATVATVNGKSISDTEVSEFFAPMLRGQDFKTLPDNQKKALIQQYIMQDLILQDAKKQNLEKDPLYTKELDRAKDAILVNVYQEKILNTIKIDAAKVKAFYDQNKDKYVKPARVQAKHILVATEKEAKDIINELKGLKGKELDAKFSELAKEKSIDPGSKNQGGELGWFDQSTMVKPFTDAAFALKNGTITTTPVKTNFGYHVILKENSQAKGQIKFDEVKQGIENGLKFEEFKKVINQKGQDLLNSAKVEYK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are two structurally-related SurA-like chaperones in the human pathogen Campylobacter jejuni
rcsb |
| molecule tags |
Chaperone
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| source organism |
Campylobacter jejuni
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| molecule keywords |
Cell-binding factor 2
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| total genus |
77
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| structure length |
252
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| sequence length |
252
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2011-04-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13616 | Rotamase_3 | PPIC-type PPIASE domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4U85 A; 1FKS A; 3KAF A; 3O5F A; 4DRH A; 2XPB A; 4DRI A; 2F2D A; 3UF8 A; 3UI4 A; 5GPG A; 2KI3 A; 2LGO A; 2RUD A; 4QT3 A; 5B8I C; 4G50 A; 4GIV A; 3O5R A; 4FN2 A; 2RUC A; 2XP9 A; 3KAD A; 3FAP A; 1J4H A; 2DG9 A; 1TCO C; 1QZ2 A; 1HXV A; 2XPA A; 1D7J A; 4O2T A; 4ODM A; 2LKN A; 4W9P A; 1JNS A; 2XP5 A; 3KAH A; 1F8A B; 2PV1 A; 1FAP A; 5HWC A; 4N19 A; 1PBK A; 4JFM A; 1FKJ A; 4ODK A; 3IKG A; 3LUO A; 2PPO A; 2MF9 A; 1Q6I A; 2L2S A; 2XP6 A; 4MGV A; 4QT2 A; 3RGC A; 5DIV A; 1J6Y A; 3O5J A; 2OFN A; 1P5Q A; 4MSP A; 2F21 A; 4U84 A; 2JZV A; 2MLZ A; 3UI5 A; 1NMV A; 3JXV A; 2RQS A; 2VN1 A; 4JFK A; 4R0X A; 3TCZ A; 4FAP A; 1C9H A; 1ROU A; 2F4E A; 2KFW A; 1FD9 A; 2VCD A; 3O5D A; 4DZ2 A; 5HKG A; 3I6C A; 3KAB A; 3O5Q A; 2MLX A; 3UI6 A; 1Q6U A; 2KR7 A; 3UQB A; 2M08 A; 3KZ7 A; 4DRQ A; 3TDB A; 3IK8 A; 2MPH A; 2ZQS A; 3MDY B; 4LAX A; 2ITK A; 4IQ2 A; 2KO7 A; 2PV2 A; 5DIU A; 2ZR4 A; 4ODO A; 2ZR5 A; 3NRK A; 2K8I A; 3O5I A; 3UQI A; 4DRK A; 3JYM A; 4LAY A; 1BKF A; 1KT0 A; 1ZK6 A; 2D9F A; 2PBC A; 3KCE A; 4DT4 A; 1EQ3 A; 4DIP A; 5HUA A; 1JVW A; 1N1A A; 3O5L A; 4DZ3 A; 4J4O A; 1T11 A; 2Y78 A; 3O5M A; 2LJ4 A; 1EYM A; 3WH0 A; 5HW7 A; 4DRM A; 4TW8 A; 1Q1C A; 1U79 A; 1BL4 A; 2ZQV A; 1YAT A; 3O5P A; 1D6O A; 4JFJ A; 2LPV A; 1FKL A; 5J6E A; 3PRB A; 3TC5 A; 3CGM A; 2DG4 A; 3PRD A; 5HW8 A; 2AWG A; 3KAI A; 2ZQT A; 4TW7 A; 5HT1 A; 4ODL A; 1Q6H A; 3KAC A; 4ODP A; 4DRP A; 4C02 B; 1L1P A; 2RSE A; 2FAP A; 1KT1 A; 4TW6 A; 1M5Y A; 2M1I A; 2XP4 A; 1JNT A; 5D75 A; 1J4I A; 3EY6 A; 4TX0 A; 4W9Q A; 2MNT A; 3KAG A; 2XP3 A; 4ODR A; 4U86 A; 1YW5 A; 4DRO A; 5HW6 A; 4ODN A; 1F40 A; 4LAW A; 3O5K A; 1D7I A; 1FKT A; 2PV3 A; 4W9O A; 1FKH A; 3NTP A; 1FJD A; 2XP7 A; 1FKR A; 1QPL A; 1A7X A; 1FKB A; 2M2A A; 2N87 A; 3VAW A; 4DRN A; 4JFL A; 4LAV A; 4TYO A; 3O5O A; 4GGQ A; 3IKD A; 4J4N A; 2Q5A A; 3CGN A; 1W26 A; 3B7X A; 2RUQ A; 4ODQ A; 2KE0 A; 1Y0O A; 5DIT A; 1FKF A; 3UQA A; 3O5E A; 3PA7 A; 2UZ5 A; 1FKK A; 4G2P A; 4QIB A; 4TNS A; 4JFI A; 4DRJ A; 3RFW A; 2MLY A; 3H9R B; 1ROT A; 4BF8 A; 5HWB A; 4DH0 A; 1D7H A; 1FKD A; 2KGJ A; 3GPK A; 4JYS A; 1ZCN A; 1J4R A; 2PPN A; 2RUR A; 4IQC A; 4NNR A; 5HTG A; 1NMW A; 1B6C A; 1NSG A; 2IF4 A; 4IPX A; 3NI6 A; 5I98 A; 3JYJ A; 5BXJ A; 2ZR6 A; 1FKI A; 2ZQU A; 3O5G A; 4ITZ A; 1PIN A; 2DG3 A; 1FKG A; 1QPF A; 2XP8 A; 3ODK A; 3IHZ A; 2PPP A; 1R9H A; 3OOB A; 2FKE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DWS C; 4NSB A; 3LCU A; 3BMB A; 3RM4 A; 3UJN A; 1NV9 A; 4AY1 A; 1HXV A; 4QNM A; 5DEZ A; 4B7H A; 3T38 A; 3J7B A; 3A42 A; 2Z4S A; 4AKI A; 2O25 A; 2RRU A; 4LJ4 A; 2L2S A; 2XP6 A; 2OFN A; 2K6B A; 3HGI A; 4X66 M; 3U5Z B; 4JN6 A; 2L4F A; 2A3B A; 1X37 A; 3PFI A; 3TDB A; 1XNR M; 4I4L A; 2KO7 A; 4D82 A; 4BB9 A; 2QBY B; 3AOG A; 4DIP A; 3ARX A; 4J4O A; 3F92 A; 2JY5 A; 5JI3 E; 5J6E A; 4LG2 A; 1HJW A; 5EP4 A; 3SYK A; 3KAC A; 1E94 E; 1XC8 A; 4IBK A; 1KT1 A; 1J7K A; 1LL6 A; 3HU3 A; 1KSF X; 1C1K A; 3GLH B; 1JND A; 2JUJ A; 3K8Z A; 1NVM A; 1I94 M; 4LF6 M; 5DNY A; 1EDQ A; 4DV2 M; 3UQA A; 4NOO B; 2KGJ A; 3KOX E; 3GRU A; 4Z2I A; 7CAT A; 1NSG A; 1TDH A; 2DHY A; 2B31 A; 3NI6 A; 4PT5 A; 3JYJ A; 4P8U A; 4M0W A; 3ZH9 B; 5KPT A; 3L2A A; 1L1T A; 3Q8X A; 1MJG M; 3UF8 A; 5GPG A; 3H4M A; 3SAR A; 2KI3 A; 2LGO A; 4QT3 A; 4ZPT R; 5ITT A; 2JY7 A; 2LVO C; 1JR3 A; 1OAO C; 3J2P B; 3OA5 A; 3HU1 A; 4HEO A; 1OIZ A; 4XGI A; 2DSW A; 3AV0 A; 3KS4 A; 3GP1 A; 4WKF A; 3CHF A; 2EJS A; 3W68 A; 1HNZ M; 4DZ2 A; 3KAB A; 4OX9 M; 3LCV B; 4DRQ A; 1QUS A; 2RGO A; 2BNK A; 4ZPW R; 4LAX A; 4IQ2 A; 2ZAN A; 2APL A; 5EXP A; 3B9P A; 1IN6 A; 3GRY A; 3O5M A; 1Z59 A; 4LGY A; 3LW5 F; 1FKL A; 3DZD A; 3M6A A; 1PJT A; 4KHP M; 3VDU A; 2BWE A; 1L2B A; 2XP4 A; 3HHY A; 1IBM M; 3HHW A; 1X6L A; 3CTW B; 3AJI B; 1YW5 A; 3SC3 A; 3FY1 A; 4DRN A; 1Z5C A; 3E9S A; 1JR3 E; 3B7X A; 2L6O A; 1XWI A; 2RUQ A; 4ODQ A; 1N75 A; 3AS1 A; 1L1Z A; 2X8A A; 1J5E M; 4FVM A; 4NXM M; 1PGY A; 4RF1 A; 2ZQU A; 2H5X A; 4L15 A; 1W9U A; 2OPF A; 3IHZ A; 2XZF A; 2XF3 A; 4U85 A; 5KPZ A; 1FKS A; 1ZMV A; 4DR1 M; 2F2D A; 1L8Q A; 2P4V A; 1YSY A; 5B8I C; 1OAI A; 3B7Z A; 2F5S A; 2QQ8 A; 3FAP A; 1SG9 A; 1EIB A; 3LVW A; 4FWH A; 4Y28 F; 4OVZ A; 1IN4 A; 1GAB A; 5FSW A; 4MNL A; 3GPP A; 2CV2 A; 3I51 A; 4A3V B; 1JCH B; 3WD3 A; 3E21 A; 5IZ7 D; 2Z3X A; 4OW0 A; 1ROU A; 3KXE C; 4URI A; 1WGN A; 3MMP A; 4NXN M; 2MPH A; 2QNJ A; 3PNV A; 2DAG A; 2LBC A; 1BKF A; 3U6O A; 2MH8 A; 4LF7 M; 1JB0 F; 3UMM A; 1PJQ A; 1ZBC A; 2ZQV A; 3KSX A; 4B7F A; 1HT2 E; 2A3C A; 2VQF M; 3AOE C; 4WJX A; 2DEN A; 3PVS A; 2PN0 A; 4W9Q A; 3QWL A; 3KW6 A; 1D0M A; 2Z7J A; 1FKR A; 1Y8G A; 2M2A A; 2LVA A; 3T1Y M; 1Q39 A; 5LMU M; 1G59 A; 4Z2L A; 4Z8X A; 4GIT A; 5DF0 A; 3C58 A; 5C18 A; 1WJ7 A; 2XEP A; 3UK6 A; 3SHF A; 4GHL A; 4DWS A; 1E32 A; 4JI7 M; 4DWS B; 1G3I A; 2CRU A; 1E9S A; 1JR3 D; 1HKJ A; 3B74 A; 3K9O A; 1HKK A; 3U61 A; 4ITQ A; 4UN2 B; 1J4H A; 3K92 A; 1DO2 A; 2LKN A; 2KNZ A; 1GKI A; 4JI8 M; 3GPY A; 3JR5 A; 3IKG A; 3VKG A; 1F4I A; 3SAW A; 2DSU A; 3L28 A; 2K0B X; 1E6P A; 2OO9 A; 5FTK A; 2RQS A; 4Z2G A; 2Q2E B; 2J7O A; 1ZBV A; 3WD2 A; 3O5I A; 4WW0 A; 2DKL A; 1HQC A; 1AUA A; 4LF9 M; 4IIW A; 3TE6 A; 4IJF A; 4IT4 A; 2CHG A; 2DZN B; 1G41 A; 5E26 A; 2L2D A; 2KDL A; 2ZBK B; 4WUR A; 1J09 A; 2NQ8 C; 1LL7 A; 4TW6 A; 1N78 A; 3TL4 X; 4LZJ A; 3FUW A; 3I4V A; 1ZL1 A; 3CHD A; 1F40 A; 1GRJ A; 1R6B X; 1R7R A; 3TQS A; 5KPR A; 2KRK A; 2MJ5 B; 2DT2 A; 1FKF A; 3PA7 A; 4IBJ A; 4DV0 M; 2KNV A; 4R7G A; 3ALG A; 5JH8 A; 2KEB A; 2R4J A; 1HJX A; 2N35 A; 1E44 A; 2EUC A; 3ARW A; 2JY8 A; 3W4R A; 3HX3 A; 4MNK A; 5KO3 A; 3AS2 A; 1GUV A; 3UI4 A; 1KYI A; 2G8L A; 3C3D A; 5LMN M; 4NSO B; 4G50 A; 4GIV A; 1QZ2 A; 4O2T A; 5DYG A; 1Z5B A; 3GPU A; 3EIE A; 1W9P A; 2JZV A; 4FAP A; 1C9H A; 2EKF A; 4LF4 M; 5ITR A; 1NJG A; 1NWR A; 3GPX A; 1GLN A; 1R4G A; 4NRV A; 3NRK A; 4AI6 A; 1OGB A; 1ZK6 A; 3FUV A; 3TWL A; 4HBE A; 1IN5 A; 3BOS A; 1SXJ E; 4ANR A; 5FTN A; 4DRM A; 1U79 A; 1Z6T A; 4JFJ A; 1UR8 A; 2CEA A; 3CGM A; 3LVV A; 5HT1 A; 4NSR A; 4DRP A; 1FNN A; 4GMQ A; 1W1T A; 2DNA A; 2DSV A; 2DZO B; 2ZTC A; 2LVP C; 1QAQ A; 4PCZ A; 3RM8 A; 2UUB M; 4DRO A; 1QYR A; 3ARV A; 3ARO A; 4MGY E; 3EIP A; 1D0K A; 2N87 A; 3H4J A; 4JI2 M; 4LAV A; 3O5O A; 5DIT A; 1PRB A; 3Q8G A; 3RFW A; 1EHN A; 5EP2 A; 4DH0 A; 4RKU F; 2G8Z A; 3AS3 A; 5GPR A; 3J81 S; 1HKI A; 3MJ5 A; 2L7H A; 4FWG A; 1VEG A; 1I4W A; 1W5S A; 1IXS B; 1TCO C; 4GHA A; 4LJ7 A; 2UXD M; 1DGF A; 3TPZ A; 4G4N A; 2Z8Y M; 2UUC M; 3T6P A; 3W0L B; 2G41 A; 1E6R A; 1NWT A; 2R6F A; 2KFW A; 3CF2 A; 2I7P A; 2V1C A; 3WD4 A; 4JI5 M; 3WKZ A; 4DV3 M; 1UM8 A; 3FUT A; 3E46 A; 3GRR A; 1N33 M; 3G6M A; 4S12 A; 2DWZ B; 2KW0 A; 5HUA A; 1ZV1 A; 3U6C A; 2F5N A; 1T11 A; 4M9X A; 3U5Z A; 4IJE A; 2LPV A; 1V34 A; 3KAI A; 4AZF A; 4NZC A; 3HY5 A; 4ODP A; 3CZ8 A; 4C02 B; 4AG6 A; 5L8R F; 5D75 A; 1XNQ M; 1JNT A; 4AQY M; 1UFZ A; 2QBY A; 1VDD A; 1SXJ D; 4JI6 M; 1K82 A; 5C1B A; 2PV3 A; 1XXH E; 1QPL A; 4ZPX A; 5KQ8 A; 3W67 A; 4MH0 E; 2FS1 A; 3BXW A; 3CHE A; 1DO0 A; 1Y0O A; 4L16 A; 4GH9 A; 3O5E A; 2XSZ A; 2C5R A; 2E5L M; 1ZCN A; 4IQC A; 4B3T M; 3WQW A; 3FD9 A; 3E4R A; 2ZR6 A; 4CIS A; 1NH6 A; 3GLH A; 5ITX A; 2Y0T A; 3OOB A; 2FFJ A; 3DOA A; 4EIW A; 3PRA A; 3FTD A; 4R3D A; 5BPV A; 1NJF A; 2FNA A; 1YUB A; 2XPA A; 1D7J A; 2XP5 A; 4IBC A; 5EJC A; 4LGX A; 2WZJ A; 3KOW E; 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