The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
93
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sequence length |
282
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structure length |
262
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Chain Sequence |
SLADAVTAWFPENKQSQIWHAFEHEEHANTFSAFLDRLSDTGFREQVAAWLEKLSASAELRQQSFAVAADATESCEDRVALTWNNLRKTLLVHQASEGLFDNDTGALLSLGREMFRLEILEDIARDKVRTLHFVDEIEVYLAFQTMLAEKLQLGVSGVTANDLRTAEAMVRSREENEFTDWFSLWGPWHAVLKRTEADRWAQAEEQKYEMLENEYSQRVADRLKASGLSGDADAEREAGAQVMRETEQQIYRQLTDEVLALR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Shigella T3SS effector IpaH defines a new class of E3 ubiquitin ligases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Shigella flexneri 2a str. 301
|
| molecule keywords |
Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion
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| total genus |
93
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| structure length |
262
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| sequence length |
282
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| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2008-03-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14496 | NEL | C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Shigella T3SS effector IpaH defines | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | Shigella T3SS effector IpaH domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4EYY R; 2C5J A; 2X9Y A; 2IC6 A; 2G0U A; 2KWH A; 2KWI B; 3G06 A; 4DND A; 1IJ6 A; 2XTL A; 4J2C A; 1IJ5 A; 2CA5 A; 3FXD B; 3QK6 A; 2MBG A; 4FI5 A; 2C5I T; 2C5K T; 1LRZ A; 3QUJ A; 4B6X A; 1LVF A; 3MXZ A; 3N5L A; 2X9W A; 3P7I A; 1H7C A; 4CQI A; 2K48 A; 3CKD A; 1Z0P A; 3L3P A; 3TKL B; 2IC9 A; 3FXE B; 2X9X A; 1ZKE A; 4L0R A; 3CVR A; 1QSD A; 3S4U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KVB A; 5F5W A; 5DQW A; 2IC6 A; 2V0O A; 2ZM0 A; 3PU8 A; 2FJA A; 4LMJ A; 2D5U A; 2X9H A; 5FXV A; 4LFA T; 2BKO A; 4GYR A; 4FZO A; 4HN9 A; 2ZXQ A; 4C91 A; 3VR8 A; 5CFB A; 3G9G A; 5L3B B; 2VK9 A; 5L3G B; 3OVU A; 2XQ7 A; 3BQL A; 2LEH A; 3AE6 A; 2BBJ A; 1OA1 A; 1XZY A; 4OYJ A; 3LBX A; 2NW8 A; 4YSZ A; 4LF4 T; 1WLX A; 4MFR A; 2YU1 A; 4DID B; 3O9X A; 4IDN A; 2JNK A; 3D0T A; 3Q5X A; 4DR3 T; 1VCT A; 5LMU T; 3UUX B; 4IW0 A; 4QKN A; 3ZSS A; 1E9V A; 3CZS A; 2YIB A; 5L4H A; 4AVM A; 2VQF T; 2H7V C; 2P9B A; 2XY8 B; 5C5B B; 2WCA A; 3VEA A; 4U31 A; 3NWI A; 4DCN C; 1W9M A; 5AQH B; 2YU2 A; 4M1P A; 3AEA A; 4EZR A; 1KFY A; 2ELB A; 5J2U E; 2HN2 A; 4H9R C; 5IWA T; 3LDQ B; 5CJ5 A; 2XSB A; 4PW8 A; 3AB3 B; 1HR0 T; 3WAK A; 1FMW A; 5FL1 A; 3CIR A; 4ZS2 A; 1SU6 A; 5LG4 A; 2KND A; 2VL0 A; 2X0H A; 4DYL A; 4ILC A; 3MZK B; 3EJR A; 3C4W A; 2MTQ A; 3ZCJ A; 1M62 A; 4YJ2 E; 5JDH A; 4DV3 T; 2WYH A; 5HEH A; 1Z8U A; 2E9X A; 1Y64 B; 4JV5 T; 1HFA A; 2DWK A; 2HHH T; 4KIK A; 4DR7 T; 1TQV A; 3ZC0 A; 2JQK A; 2LJL A; 2JJ9 A; 1JQK A; 4CXY A; 3N9Q A; 3PJA A; 2RAK A; 2CM0 A; 3RQU A; 5AQR B; 4EIW A; 3RHW A; 4TNW A; 3H3M A; 3ZT6 A; 2DWG A; 3JAF A; 5FXX A; 2EHO C; 4I1Q A; 1Y2O A; 4H6I A; 2XSA A; 1HTY A; 4YT0 A; 1I6Z A; 2CCQ A; 2UXN B; 4QHO A; 4EXT A; 3FZH B; 2KT9 A; 3Q9D A; 3P4W A; 3SYV A; 3N5L A; 4FZS A; 4EZZ A; 5JRC A; 4DUZ T; 5FKY A; 2Y6X A; 4IL4 A; 4NQI A; 4KHZ F; 3HAH A; 3T4A G; 5HWY A; 4AI6 A; 4NXN T; 3PUS A; 3PE0 A; 1HG2 A; 5EK2 A; 3DDG A; 4DR6 T; 4ILU A; 1MMD A; 2OBM A; 5HEU A; 2XPK A; 2VKD A; 1D1C A; 2M6B A; 1QLB A; 3CVR A; 2BS3 A; 1UX5 A; 4X1I E; 2IW5 B; 2K5B B; 3EJS A; 4MBQ A; 3F57 A; 4O2A E; 2MPK A; 1ZOY A; 4DV5 T; 1WRD A; 1BR1 A; 4NPH A; 4CXW A; 2JMH A; 2YI8 A; 2N3K A; 3GN5 B; 3QB5 A; 1LQ7 A; 2G0U A; 4H9Q C; 2LM0 A; 2GA9 D; 1MIY A; 1OED A; 3UUN A; 1KNP A; 1BR4 A; 3PUA A; 2XAH B; 4XBF B; 4DVD A; 3VRB A; 5AQV B; 3EJT A; 5HXS A; 4Q25 A; 4FJO A; 3TLW A; 4E7S A; 3BVU A; 3ZJ1 A; 4IE7 A; 3AEC A; 2IDO B; 2OLT A; 2CXL A; 1SUM B; 2F7Q A; 3M3Z B; 4JI5 T; 3D51 A; 3C4X A; 4IM0 A; 5AQQ B; 5TAO A; 4GKJ T; 4COF A; 4IT4 A; 2UXX B; 1LKX A; 3T1Y T; 2Q9Q D; 2DCF A; 3B53 X; 1XNR T; 3RGL A; 2GK9 A; 4GKK T; 4WBN E; 4Z8X A; 3GMI A; 1S94 A; 2CLY B; 2PTF A; 4AZH A; 2E9X D; 2L3L A; 2F7P A; 4MAL A; 1M7K A; 4IM2 A; 2FIC A; 2X67 A; 2WWU A; 1E2A A; 4JEU B; 3AAI A; 4ZXL A; 5LXT E; 1YQ3 A; 4OK0 A; 4X65 T; 3UIT A; 1DKY A; 3FBZ A; 1HX8 A; 1O3X A; 3P4S A; 2L9Q A; 2XAG B; 4IWQ A; 4HWC A; 2O0I 1; 3CX7 B; 1TQT A; 2F1B A; 4C90 A; 3K3Q C; 4EZH A; 2CBJ A; 1R5E A; 3BQK A; 2VVN A; 3FB2 A; 5HEJ A; 1WFD A; 3I04 A; 3PUG A; 3LK4 2; 2WYI A; 4UF0 A; 3WI3 A; 3RI5 A; 2YKT A; 5ABE A; 2XQA A; 3EJU A; 4OFZ A; 2YL8 A; 3RPM A; 2LRK A; 3I0O A; 4B3M T; 3HKD E; 1IJ5 A; 2BS4 A; 2CA5 A; 2X66 A; 3PUQ A; 4X66 T; 3N2G E; 2V5C A; 3P7I A; 4HR1 A; 3RKG A; 2DL1 A; 4HTE A; 3N9P A; 5L3C B; 2DNX A; 3N9L A; 4KP3 C; 4CN6 A; 1TQU A; 2CRB A; 5HYA A; 3UU6 A; 3MJX A; 3ZYL A; 3S4U A; 4D8J A; 2QGS A; 4IE0 A; 5AQK B; 2IML A; 2W63 A; 1WCR A; 3RRC A; 3AED A; 5J2T E; 3N9M A; 3ZC1 A; 3EJQ A; 4EOZ B; 3BVW A; 3O1H A; 4JI4 T; 4AZ5 A; 2PFV A; 1O7D B; 3DX1 A; 1NEK A; 2ZM2 A; 5AQG B; 2HH7 A; 3OKQ A; 1T98 A; 3DP7 A; 3UQ7 A; 4YHH T; 2V7M A; 2LSK A; 2WQY A; 2FJE A; 2Z8Y A; 1IJ6 A; 4IDZ A; 4JN4 A; 3JAE A; 1B7T A; 2ALW A; 2EFL A; 2IHR 1; 3LK2 B; 4ZHQ E; 1DKX A; 1SU7 A; 3CML A; 3LBX B; 2B1E A; 5FXW A; 3C50 A; 3FZF B; 4JI0 T; 1SA0 E; 2BKN A; 2DHR A; 4YJ3 E; 2WBL A; 2RP4 A; 5TKY A; 1R33 A; 2PBI A; 2N1G A; 4TN7 B; 2QRX A; 2UXB T; 3RF1 A; 4PK5 A; 3R84 B; 4HFV A; 3GI7 A; 4J2C A; 4EED A; 3HAI A; 5EK3 A; 1GQE A; 3CQX C; 2YLL A; 1MIV A; 1HG5 A; 4CI3 B; 4HFB A; 3ZKR A; 2W67 A; 3E08 A; 1UUR A; 4GYS A; 2R6G F; 4JEH B; 3DPQ A; 3UFE A; 5ABH A; 3MA9 A; 2FJD A; 2BVL A; 4U2Y A; 3O4X E; 1NWM X; 1T7S A; 2LKH A; 3CK6 A; 5DAB A; 2EX3 B; 1GN9 A; 4OX9 T; 3O1J A; 2W61 A; 1N32 T; 3NRX A; 4U74 A; 2XAQ B; 2X9Y A; 2V7L A; 3KV9 A; 2WWV A; 3AXJ B; 5L4E A; 4H9O C; 1QWN A; 3CV5 A; 5FY0 A; 3SRZ A; 2V7K A; 2Q9Q B; 4B6X A; 3BUP A; 3ACO A; 2X9W A; 3CZN A; 3LLL A; 3QOF A; 1XWM A; 5FY7 A; 5CB4 E; 3QWE A; 3IHR A; 1J1J A; 4U2Z A; 2E9X B; 4BJM A; 3NZP A; 4AXP A; 4P0B A; 4YY3 T; 1D1B A; 3N9N A; 1XMO T; 3G06 A; 5FVL A; 4F00 A; 3C98 B; 4FI5 A; 5CA1 E; 2NR4 A; 1PS3 A; 4UXN B; 4HFH A; 4EZU A; 2QVA A; 3I39 X; 3K3N A; 5HWX A; 4UEM A; 3I2W A; 3QNI A; 2D1L A; 1HNX T; 2X5C A; 2LRL A; 2V6Y A; 5CGM A; 4IIJ E; 1OED E; 3EAB A; 3DJB A; 3UU8 A; 5LBQ B; 3Q0K A; 4WNK A; 3N2K E; 3JC6 C; 2C5I T; 3EDU A; 4A5X A; 4BA9 A; 4JUY A; 4P0A A; 5JR9 B; 2XM1 A; 2YK0 A; 5LMN T; 4WZX A; 4HYB A; 2YDS A; 2JQH A; 5JRC B; 2SPC A; 3DPO A; 2BG9 C; 5ABF A; 3Q5D A; 4IE6 A; 4EYU A; 3QUJ A; 1YKE B; 1W0B A; 2OZN B; 1KEY A; 2D0U A; 3ZT5 A; 4GK0 E; 1N33 T; 2DLR A; 2CMR A; 3FD9 A; 3P4R A; 1UUS A; 1N36 T; 1WR6 A; 5AQL B; 5FL0 A; 5F3J A; 3EAM A; 3O3N B; 4R5K A; 5JQG E; 4DR2 T; 4DV1 T; 4KBM B; 2LM2 A; 3B52 X; 4JLE A; 4EZX A; 4JYA T; 5FP3 A; 5L3F B; 4ZZB A; 4HFD A; 3VR9 A; 4HWI B; 2XAJ B; 4H9N C; 2BG9 A; 2YKS A; 4TWH A; 4NPP A; 3A5X A; 3PUX F; 2WIN M; 4P09 A; 5HXE A; 3FZL B; 5HXH A; 1HF8 A; 4QXB B; 4H8S A; 3AAA B; 5FYM A; 3EVY A; 5LJN A; 3CQG B; 3AA6 B; 3V5U A; 3ZYM A; 5EZY E; 3FZM B; 3PUY F; 3X1D A; 3DYT A; 1OED B; 3PUZ F; 3N9O A; 2X68 A; 3ABH A; 4EZY A; 5AQU B; 2N9D A; 1E2U A; 4DV6 T; 4DO0 A; 4B9Q A; 4G2A A; 4O4J E; 2LSG A; 4CXX A; 4LF8 T; 5JDN A; 3B51 X; 1WYB A; 4JI7 T; 3O1I A; 3AE1 A; 4KMC A; 4QWN B; 1UK5 A; 4QH1 A; 5EK4 A; 2ACX A; 4JWE A; 5FIG A; 2NW9 A; 3ERC C; 4AZ7 A; 1FIO A; 4YTN A; 2ES0 A; 2N2N A; 4JWI A; 4JNF A; 4MLK A; 1I49 A; 1LRZ A; 4ZOL E; 4HY9 A; 3AVS A; 4X64 T; 3EI0 A; 4I50 E; 4EZO A; 5HXR A; 4CQI A; 3EDV A; 5LHG B; 3ER8 C; 3ZMU B; 4ZI2 D; 3BUB A; 2UXC T; 4AZI A; 4LFB T; 2A3D A; 2V1D B; 2F18 A; 3KAV A; 2J1D G; 2OW6 A; 2XAS B; 4EAH A; 4TV9 E; 4A98 A; 1YWM A; 1CUN A; 2K48 A; 2KHO A; 2VWA A; 5FNV E; 4AZG A; 2LXY A; 1CHU A; 3I9W A; 2XJ7 A; 3KBU A; 1I4L A; 1HXK A; 3ZYK A; 2UUB T; 5LHH B; 2EHO A; 1SUF A; 1I4T A; 3L8R A; 3C4Z A; 3N2O A; 4X20 E; 3DX3 A; 1ZKE A; 4HEA A; 1MMA A; 4JWC A; 3Q84 A; 2C5J A; 2BS2 A; 4R5I A; 2Y8D A; 4LMK A; 1BR0 A; 3PU3 A; 3ER9 B; 2Y48 B; 2HPJ A; 4LML A; 4UV8 B; 2Q12 A; 3MAC A; 4JI1 T; 2H7O A; 3SFD A; 3ZPO A; 5AFU L; 3OWG A; 3RH3 A; 4IRE A; 3JC6 D; 4ILB A; 1VCS A; 3W15 B; 4NIQ A; 5LA6 E; 4HR1 B; 4U72 A; 3NBX X; 2JRK A; 2CE7 A; 4PK6 A; 4CI1 B; 3D50 A; 4EZW A; 4BJN A; 1D1A A; 2RT6 A; 5AQJ B; 2YL6 A; 4TWD A; 4H9P C; 3L3P A; 4YXD A; 2NCZ A; 5ABG A; 2EFK A; 3RV1 A; 4DR4 T; 5DQV A; 4JI8 T; 5M4Y A; 2W66 A; 4DV4 T; 2WM9 A; 2ZLY A; 3HAJ A; 3FXD B; 4I4T E; 2A72 A; 5KX5 E; 2ODU A; 2KSR A; 3D2F A; 3T46 A; 1WR0 A; 4TX5 A; 2HPL A; 5KBP A; 4DMV A; 2KMF A; 3A7M A; 4F8H A; 1X79 A; 4GIW A; 3D52 A; 3LG7 A; 3M65 A; 1D0X A; 4HWF A; 4I43 B; 2H89 A; 2VKH A; 4EZV A; 5LBM A; 4EGW A; 5LJM A; 1Z0P A; 4A97 A; 2MYS A; 4U3C A; 4ZZC A; 1S35 A; 3I01 A; 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