1A30A

Hiv-1 protease complexed with a tripeptide inhibitor
Total Genus 14

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS6 (69-78)S3 (32-34)TVIII1 (80-83)TIV4 (65-68)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Hydrophilic peptides derived from the transframe region of Gag-Pol inhibit the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1a30A00
2BPVA 1FG8C 4CPRA 2Q64A 3NLSA 1BV7A 2O4KA 5P7NA 3OTSA 5P1XA 4EHCA 4HA5A 1SGZA 4DQGA 5P42A 4OBKA 5OZCA 3S54A 3DCRA 1CPIA 2BPXA 5EZXA 4GJCA 1ZPAA 4WY1A 5P84A 3PWMA 3SACA 1SMRA 5P27A 1B6PA 3OAGB 4Y3NA 2H6TA 2QAKA 5OZSA 1BBSA 2PYMA 3I8WA 5P81A 4I0IA 3IN4A 1DPJA 5PEPA 4YBFA 5P6AA 4M8YA 3EXOA 2ZYEA 2VS2A 3ZKXA 2HS1A 5P0RA 1HPOA 3BVBA 4UPJA 5P4HA 1FQ5A 3NU4A 3TOGA 5OZIA 1YG9A 2FLEA 3UQXA 3CYWA 3PSGA 1BV9A 2HB2A 4TRWA 1LEEA 5P85A 5OYVA 3PCWA 2PK5A 5P0NA 2R5QA 4GJ8A 1HOSA 2WEBA 2V10C 4Y41A 1CMSA 5TOLA 2PSVA 5P6RA 3URLA 4EP2A 5P07A 1WBMA 5P47A 1AVFA 1HXWA 5DR3A 5P7IA 5P8MA 1Z8CA 5SXNA 5P7EA 3GI6A 5DQ2A 7UPJA 5P53A 4Y4EA 5OYSA 5P49A 3QRMA 1HVRA 3WSJA 2FGVA 2ER0E 5P8SA 1MIQA 1HVJA 2OHNA 2EWYA 1D4YA 5OZRA 5P2XA 5P7DA 5IVQA 5DR4A 2G27A 3HVPA 2NNPA 5P3ZA 5P6EA 5P57A 5COKA 2UXZA 5P6FA 5P3CA 2XFKA 2G1RA 4Y4TA 4RVXA 3Q4BA 3IXOA 4Q1XA 3BVAA 3OU4B 5OZAA 3PMUA 5FIVA 2QZWA 5OZQA 4DQFA 4OBDA 5P4KA 4Y6MA 3OAGA 2G1YA 5P8KA 4QJ7A 2AOHA 1FEJC 2Q63A 4HVPA 1MTRA 2I0DA 5JFUA 2VNNA 3O99A 4J0PA 5AH6A 1PPLE 4FSLA 3LHGA 4J1CA 3OXVA 3L58A 3ZPTA 1XE5A 4LC7A 5OYWA 3O9HA 3GI5A 3IAWA 4AUCA 5P1RA 5P29A 1HVCA 2QZLA 3AUPA 3PSYA 5P4DA 5P7XA 5SZ9A 5P8UA 3IVHA 1HSHA 5P3MA 3N3IA 4Y50A 5P6CA 4OBFA 5P5QA 5P2YA 1RL8A 3ER5E 3OGPA 5P40A 4K4RA 3D20A 4Z2ZA 4I8WA 3EM4A 4QJ2A 5P2AA 4J55A 1FLHA 3PI5A 2WF4A 5ER2E 5P3BA 1SH9A 5P5FA 5P1AA 3GW5A 5P62A 2UPJA 2IKUA 3JVWA 3OOZA 5OZ0A 5DQCA 5HD0A 3IA9A 1EC1A 4YA8A 5P26A 3UDHA 3L5DA 5P45A 2OHQA 1IZIA 3O9DA 3WZ6A 3TLHA 3HD8A 2BQVA 3H0BA 2XYEA 2VA6A 5P56A 4EJLA 2WKZA 1AZ5A 2WF0A 4YCYA 2AODA 2I4VA 1GVUA 4OBHA 5P6QA 3BUGA 4HDFA 1KJHA 1FF0C 1B6JA 5P0IA 5P86A 3R1GB 3I25A 3B80A 1BIMA 4GB2A 4YDFA 5P3UA 5HVPA 1DW6C 4FRIA 3OU4A 1LF3A 1K6CA 4PZWA 3MXDA 1MT9A 5COPA 5P1EA 2R9BA 5P5IA 4Y36A 2VIEA 2QU3A 2V11C 1W50A 1AJXA 2AOIA 1MRXA 1XN3A 4LXKA 2QNNA 5P3OA 5P1KA 1EPLE 4JOOA 3LIQA 5AH8A 5DR1A 2J9JB 5BWYA 5P8HA 2JJIA 1QBUA 3SA8A 2ASIA 5P82A 4PHVA 4R92A 5J25A 3NUOA 3ST5A 2O40A 4BELA 1QS8A 4BFBA 2JYSA 1FMXA 5P5BA 2OHKA 3UTLA 2HAHA 1DIFA 3G72A 3EBZA 4KE1A 1EPNE 5P6DA 5OYXA 4QLHA 1C70A 5P7PA 3RTMA 3QI1A 3SQFA 3SA5A 3NDXA 4D85A 3VG1A 4GYEA 5SY3A 1XDHA 4OC6B 2FDDA 5P3WA 2Q55A 2BKTA 4EXHA 2ZJLA 3Q6YA 3S7LA 1HTGA 5P6YA 5P5LA 3U71A 1APVE 3HZCA 1SBGA 3PBDA 2VA5A 4RVIA 3O9AA 2OAHA 5P4BA 2P4JA 2IQGA 4COEA 5P1GA 2QI3A 2FXDA 2WF1A 1AAQA 4Z50A 5P30A 2NXDA 4CKUA 1ZP8A 3ZKMA 3OU1B 2HM1A 1ER8E 2QI1A 3HLOA 3DJKA 3KA2A 4K4PA 3KF0A 1YTIA 5C9DA 1HTFA 5I3WA 2MIPA 1PSNA 5P08A 3INFA 1UH9A 4U7QA 3QBHA 5P6XA 3OQFA 5OZXA 5P1DA 3VEUA 4CPUA 3OADB 5F00A 5P1VA 3TL9A 2QMFA 3KMYA 1FFIC 5CLMA 5P1WA 3EKYA 2I4QA 3TTPA 1G0VA 5AGZA 5HE5A 5P3RA 3NSHA 2O4LA 4Y58A 5P11A 3IVIA 4Y3TA 2G69A 5P0EA 5P4JA 4DQHA 3OK9A 5P4ZA 1B6LA 4YHQA 2J9JA 5I3YA 5C9FA 5P76A 5JFPA 4I0EA 5P7WA 4FS4A 3EL4A 5OZJA 4H1EA 4RVJA 3K1WA 3DCKA 1TZSA 3INEA 1M0BA 4FLGA 1HVSA 3OU3A 5HCOA 5P6BA 5P6WA 2NTRA 3WZ7A 2RKGA 3FSMA 4DJYA 4FM7A 1FGCC 2BKSA 5P0OA 3OUCA 5P89A 4OC6A 5OZHA 2QD6A 5OZ3A 3G70A 2JJJA 2VKMA 5P7LA 4F74A 4YD6A 4Q5MA 5OZBA 3BUFA 5P7BA 4EP3A 4ER2E 2JE4A 4J1FA 5P5XA 5P6IA 5AH7A 3OU1A 5T4SA 5P2LA 5P4VA 1D4KA 5P3TA 4L7HA 5P4LA 3LZUA 1EPME 2J9KA 3QRVA 3OQ7A 2QI4A 5AHCA 1LYAB 5DQ4A 5P04A 5P2ZA 5P5JA 5P0HA 5KAOA 3LZSA 3PLDA 5ENKA 5P8BA 3TOFA 3UDMA 1PSOE 3LITA 4Y5PA 1T6GA 4J5JA 5OYQA 5OZ4A 4Y5CA 5P6TA 2R5PA 3DM6A 3OADA 5HDZA 4I12A 5P06A 5P72A 3T3CA 3SFCA 5P37A 2V00A 1B6KA 5P2QA 2ER9E 4J54A 2AOJA 4FRKA 5P4GA 1MERA 4Z22A 2HPEA 2V16C 3U7SA 1OEWA 1YTHA 4FL8A 1W51A 4QGIA 4H3JA 3TKWA 4FCOA 3B7VA 3UDYA 3WB4A 5P79A 1RQ9A 3AIDA 5P43A 2AVQA 5P4QA 4YOBA 4E43A 3BHEA 4YD3A 1PFZA 1DAZC 5P01A 1PROA 3T7PA 5HDUA 2AOGA 4L7JA 4KB9A 4L7GA 5P80A 5P2GA 4DH6A 1EBWA 1C6XA 1SDTA 3LNKA 1KJ4A 3SKFA 3SA3A 3L5CA 4J1HA 1B5FB 5P8FA 3NWXA 3OTYA 5P6UA 5P64A 5P0XA 3EL1A 2AZBA 2I4XA 1HWRA 3QS1A 1ZJ7A 2O4SA 4ER1E 1META 4EYRA 3DOXA 4Y3GA 3OWNA 1D4LA 4NKKA 2ER6E 3K5CA 4B1DA 3MWSA 4A4QA 5P15A 1ZTZA 3QRSA 1HVHA 5P55A 4B78A 1SMEA 2FMBA 3VF3A 4QJ8A 3OUDB 4RCFA 3UDNA 2ZJIA 3M9FA 2G94A 3SPKA 3SA4A 5P8RA 4LAPA 1A94A 1NPAA 4D89A 5P1LA 4B70A 3BXSA 1LYAA 2CEJA 4DQEA 4DI2A 5P02A 5P5VA 4CPXA 5OZ9A 4B1CA 3NDTA 2WEAA 2PWCA 3QN8A 3I6OA 2BJUA 4R95A 2BB9A 5P1SA 4A6CA 3KDCA 5P4WA 5P7KA 4RYGA 5OZZA 1W6HA 5OYYA 5P18A 2QHZA 4EXGA 2FDPA 5P3EA 3OUBA 5OZOA 3RSXA 1FB7A 3APPA 2FGUA 1F34A 2QNPA 4ZSMA 5P7ZA 4Y3EA 2SAMA 1E82E 5P2MA 4GJDA 3OHFA 5P6NA 3R0YA 5P1BA 3PSUA 5P38A 1N49A 4Y3MA 4Y44A 4CPWA 2PMAA 1YTJA 3TOHA 4A6BA 4FE6A 3EKTA 3VF7A 3BC4A 5OZDA 5P1UA 5DGWA 3OHHA 5I70A 1B5FA 5P19A 3SM2A 4D8CA 2VA7A 4Y5AA 1OD1A 5P7JA 5P10A 5P0PA 2F3EA 4Y35A 4Y3WA 4HZTA 4J0ZA 3DV5A 1SIPA 2Q5KA 3DUYA 3LPKA 2I4WA 5P2TA 5P5AA 2UY0A 4AZYA 3WB5A 2Z54A 4OBGA 5P6MA 2VNMA 2QMDA 5P1QA 2WECA 3NU9A 3LZYA 2G24A 1LYBB 2P3BB 1BILA 2ZHRA 4U7VA 1C6ZA 2ZHUA 1D4HA 3OUDA 1K2CA 2WJOA 1TCWA 2QK5A 3GGUA 2G1OA 5P2JA 1MVPA 5P5TA 3IGBA 3A2OA 1GVXA 3SKGA 5P0CA 3UQPA 1ZBGA 1HXBA 3BGBA 1W5VA 5P74A 3OOTA 1C6YA 4YE3A 2JXRA 2ZJHA 5P2SA 5P0UA 3VSWA 4J1KA 4DJVA 3K4VC 3KT2A 2FIVA 2R3TA 1HVIA 5ISJA 5OZ8A 1W6IA 4PEPA 5P71A 5P8IA 4I0DA 1BDQA 4B0QA 4ZPFA 2G1NA 8HVPA 4Y3HA 4ZPEA 5P2HA 3URIA 5P4PA 3BXRA 3O9LB 5P23A 5P8EA 3VYDA 3RTNA 5P4FA 5P4XA 1UH8A 3S43B 3UQWA 4R8YA 2ZHTA 1E80E 2I1AA 2VJ9A 1KJ7A 5OZGA 1EEDP 2P8HA 3HBOA 2FDEA 1AIDA 5P22A 4I10A 3Q3TA 1HHPA 4K4QA 5BS4A 3UDQA 1RV7A 3EKVA 4BEKA 1GVWA 1WBKA 4Y39A 1MEUA 2ZJJA 1DP5A 5P4OA 3LZVA 4ZSPA 2NMYA 3UQRA 2H6SA 2PSGA 1EC3A 3NDUA 4Y54A 1MSNA 1BXQA 3PVKA 1TSUA 1GNMA 1TW7A 4HDPA 2FNTA 2AOCA 5P5OA 4Y37A 5P1YA 3D91A 2AZ8A 4FAEA 4F73A 1NH0A 5P8DA 1BAIA 1LYBA 2P3BA 4L1AB 2B8LA 1YTGA 3HAWA 1ZPKA 4U8WA 1ZLFA 3D1XA 4HDBA 2A1EA 2NR6A 5OYZA 3I2LA 3VV6A 2AQUA 3U6AA 2OF0A 5P7YA 4TVGA 3LINA 2HIZA 3O9BA 1GNNA 4Y3YA 1Z1RA 3TPRA 1E81E 5P77A 4CMSA 5P4CA 5I3XA 1HIHA 4JP9A 5HDXA 5P4UA 4ZSQA 1PSAA 4CPTA 5P60A 3PBZA 1HEFE 4HLAA 3ZPUA 3FX5A 1G2KA 5P13A 4J0TA 4LXAA 3O9LA 5P36A 2B42A 1FMUA 3RSVA 1BXOA 4YD4A 1D4IA 3SAAA 3S43A 5IS4A 2QD8A 2IGXA 5P00A 5P1PA 4Y3PA 5KR0A 5P25A 4J0VA 5HU0A 4Y3ZA 4XKXA 2B7FA 4CPSA 4FGXA 4Y3SA 2AZ9A 3KFRA 5P68A 3NU3A 2QI0A 3RU1A 2RENA 5JG1A 4APEA 4OBZB 1U8GA 3KT5A 5P6HA 5P7HA 1J71A 5P12A 4QJ6A 3SLZA 5P0SA 1A30A 4Q1YA 3VV7A 3TNEA 2HPFA 3UCBA 4PPHA 5P2RA 5P4AA 4FIVA 2I4DA 5OZEA 5KQXA 4RZ1A 1LS5A 5P1HA 2QD7A 4H3IA 4Y3JA 4Q1WA 5P2CA 1YM2A 3JW2A 2PK6A 4ZE6A 4ZLSA 3BUHA 4GZFA 3KFNA 1XN2A 4L1AA 5P1OA 1LYWB 3URJA 2R43A 5P31A 1ENTE 3HAUA 4I0JA 2XFJA 5P6JA 3QVCA 3HVGA 1APTE 2NXLA 4Y51A 3UPJA 3QP0A 4GJ9A 2I0AA 5CONA 5DGUA 4DJWA 5OZPA 1ME6A 3EL0A 4FSEA 5P34A 1HEGE 4Y5GA 5P6OA 5P51A 4Y57A 5P2NA 5E5JA 3UDRA 1K6TA 1SGUA 4LHHA 5P1IA 3VUCA 5P2IA 5HCTA 3GI4A 3KDDA 2O4PA 3MSKA 1GNOA 4DJQA 2V12C 5P7CA 4FAFA 4Y53A 5P8LA 5P87A 3Q70A 5P5WA 4IVTA 1GVTA 5P54A 4DPFA 3K4VA 4B77A 4JECA 5OZVA 5P5MA 4FRSA 2A4FA 1EPPE 2P83A 1XS7D 2PH8A 7HVPA 5P4TA 4AA8A 3NUJA 1ODXA 5OZ7A 1BVGA 5P52A 4RROA 1CZIE 1ODWA 3ZKNA 4B00A 5P75A 5P66A 1ZSFA 2F80A 3LIZA 5P0VA 4Y4XA 1SDVA 5DPZA 2NXMA 4JPEA 5P4RA 1HRNA 4OBZA 4I11A 5P4IA 5DR8A 5P5YA 1WKRA 4TVHA 4EWOA 5P1TA 4Y5EA 1W5YA 2PC0A 5ENMA 4Y4WA 4I1CA 3LIXA 3PWRA 1BVEA 1UH7A 4Y4ZA 5P1ZA 3N4LA 4F75A 3LPJA 5P03A 3TH9A 5COOA 5P0QA 4MC6A 1D4JA 3PWWA 4NJUA 2QCIA 5KOSA 1A8KA 3NDWA 3ZKQA 1APUE 6APRE 3ZPSA 4Q1NA 6UPJA 5C9BA 3GGXA 3L5EA 1LYWA 2AOFA 3EM6A 4LL3A 5P8CA 1FKNA 1TCXA 3CYXA 2PSUA 1MT7A 1OEXA 2VIZA 5P2WA 3QIHA 1ZSRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BPV A;  1FG8 C;  4CPR A;  2Q64 A;  3NLS A;  1BV7 A;  2O4K A;  5P7N A;  3OTS A;  5P1X A;  4EHC A;  4HA5 A;  1SGZ A;  4DQG A;  5P42 A;  4OBK A;  5OZC A;  3S54 A;  3DCR A;  1CPI A;  2BPX A;  5EZX A;  4GJC A;  1ZPA A;  4WY1 A;  5P84 A;  3PWM A;  3SAC A;  1SMR A;  5P27 A;  1B6P A;  3OAG B;  4Y3N A;  2H6T A;  2QAK A;  5OZS A;  1BBS A;  2PYM A;  3I8W A;  5P81 A;  4I0I A;  3IN4 A;  1DPJ A;  5PEP A;  4YBF A;  5P6A A;  4M8Y A;  3EXO A;  2ZYE A;  2VS2 A;  3ZKX A;  2HS1 A;  5P0R A;  1HPO A;  3BVB A;  4UPJ A;  5P4H A;  1FQ5 A;  3NU4 A;  3TOG A;  5OZI A;  1YG9 A;  2FLE A;  3UQX A;  3CYW A;  3PSG A;  1BV9 A;  2HB2 A;  4TRW A;  1LEE A;  5P85 A;  5OYV A;  3PCW A;  2PK5 A;  5P0N A;  2R5Q A;  4GJ8 A;  1HOS A;  2WEB A;  2V10 C;  4Y41 A;  1CMS A;  5TOL A;  2PSV A;  5P6R A;  3URL A;  4EP2 A;  5P07 A;  1WBM A;  5P47 A;  1AVF A;  1HXW A;  5DR3 A;  5P7I A;  5P8M A;  1Z8C A;  5SXN A;  5P7E A;  3GI6 A;  5DQ2 A;  7UPJ A;  5P53 A;  4Y4E A;  5OYS A;  5P49 A;  3QRM A;  1HVR A;  3WSJ A;  2FGV A;  2ER0 E;  5P8S A;  1MIQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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