2ZJKA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with 4-(4-fluoro-benzyl)-piperazine-2-carboxylic acid(3-mercapto-propyl)-amide
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYCQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 371
sequence length 390
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjkA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjkA02
3O9DA 3EXOA 1DMPA 1K6PA 1FFIC 5P2EA 5P0BA 5P43A 2ER9E 3EM4A 5OYYA 4ER4E 4KE0A 2G1SA 3KDCA 5OZFA 2I0AA 4Z4XA 2F80A 4EQ0A 6UPJA 2OAHA 5B18A 2IENA 5P2XA 3PCWA 3I25A 3T7PA 3INHA 2UXZA 5P30A 1KZKA 3QPJA 3PB5A 5P3KA 4YD5A 2Q64A 5P69A 4ZE6A 3T6IA 2VJ9A 3LIVA 2QCIA 5P7KA 5P6DA 2XFIA 4QJAA 2QNNA 4TRWA 3RTNA 3L58A 2B7ZA 5OZMA 5P0PA 3R0YA 1BV7A 1SH9A 5P6XA 5P79A 2ER6E 2FDEA 5F00A 4JOOA 5P5JA 3UFLA 3IA9A 5P59A 3VYEA 2QI5A 5P1QA 5OZDA 3OTSA 2PH8A 2P3DA 3QP0A 5P6AA 2QP8A 2OHPA 3S54A 1QS8A 1LF3A 3DCRA 2BQVA 2NMZA 5KAOA 5P2RA 2QZLA 4YCTA 5P26A 3KT5A 3GGUA 3VYFA 5P2AA 1HPXA 4QJ9A 3D1XA 5DR8A 4HZTA 3ZL7A 3RTHA 5P74A 3EKTA 3OXCA 3OU1B 1MESA 2J9JA 4EJLA 3L38A 1W6IA 4YCYA 5P1FA 4RYCA 3UDYA 3CIDA 4FRIA 4GJAA 5P5AA 4Y56A 4U7VA 3ZLQA 6FIVA 3TH9A 2IEOA 2P3BB 4PZXA 5P3FA 4RVIA 4D83A 3R1GB 4FE6A 3TOHA 5P7VA 3T7XA 4I1CA 3GI5A 5P51A 1KJHA 4L6BA 4EP2A 2ZJIA 1HSGA 1C6YA 3UDJA 4EWOA 1HTGA 4L1AA 4DJOA 3OAGA 5HE5A 2VA5A 5P3UA 5OYQA 2APRA 5P36A 2A1EA 3CKRA 5I3VA 1GVXA 4FGXA 3UQRA 4Y3MA 4ZLSA 5J25A 3K5DA 3EL9A 4QGIA 3EL5A 3SO9A 1XN3A 4EQJA 4FSLA 5P4JA 2H6TA 2JXRA 2AOCA 2PC0A 1FQ4A 2CENA 5C9BA 2WF4A 5IVQA 1YTJA 4F76A 3Q5HA 3NXNA 4Y5PA 2BKTA 2QZXA 5P16A 5OZ8A 1B5FA 2G69A 3PBDA 5P2KA 1ME6A 4Y3TA 5P7ZA 2AVVA 5P3VA 3SQFA 4ER1E 1B6JA 5P08A 1Z1HA 3EM6A 5AH8A 3ZKXA 2O4SA 5PEPA 4Y3XA 4YOAA 1AJXA 4R93A 8HVPA 4LC7A 5HD0A 4Y4BA 5P3CA 3TPRA 3VYDA 1OEWA 3M9FA 3O9LA 5ENKA 5P7GA 1SDTA 4ZSMA 2RKGA 1SDVA 4Y3PA 2AZBA 5P5XA 2JJJA 3PVKA 1J71A 2IQGA 5P8DA 4F75A 2BPYA 1RPIA 3U7SA 5P2WA 5P00A 1BDLA 4JPCA 5P17A 5P8JA 3OGPA 1B11A 4L7HA 4FM8A 5P72A 5P7SA 5P4GA 4M8XA 1ER8E 2XFJA 3EKWA 3ZKMA 3UPJA 5P34A 1D4LA 3LIZA 3WZ8A 3OADB 3OTYA 3UF3A 4Y5GA 1LV1A 4BFDA 4U7QA 2ZJNA 2FGVA 1W5XA 2BJUA 5KR1A 3S2OA 4OBJA 4PPHA 5AH7A 1MPPA 4Q1YA 1NH0A 3UCBA 1UH7A 5OZYA 4LP9A 3QN8A 1NPAA 5P3LA 2PK5A 3O9FA 3G72A 1BAIA 2J9KA 3NSHA 3D91A 2QD8A 3S85A 5DR1A 2AVQA 2I4XA 2QHCA 5P48A 1LYAA 3VLAA 4QLHA 1XL5A 2FIVA 4Z22A 5P35A 3INFA 4MC6A 2ER0E 5OZ9A 4Y5LA 1MEUA 1AM5A 4EP3A 1APTE 1EPRE 3TPLA 7UPJA 4RYGA 1YM4A 3HD8A 1MIQA 1HOSA 4GZFA 4RROA 3EKYA 1DAZC 5P6WA 2JE4A 1IZHA 1T7KA 1OEXA 3WB5A 4DQCA 5KOSA 5P49A 2P83A 2AOIA 5P6EA 3SA5A 2UPJA 4GJDA 2OF0A 5P7OA 2WHHA 4OD9B 1M43A 5P1CA 5HU1A 3FNSA 4Y4ZA 4Y54A 3GGXA 3IVHA 4Y39A 1ZTZA 1LZQA 3UDPA 2G94A 3PMUA 1AZ5A 3I7EA 5P81A 2G1YA 4WTUA 1FQ6A 2QD7A 5DQ1A 5P1DA 5P0KA 4BEKA 1HVCA 4D85A 5P3ZA 3ER5E 4S1GA 4Y3EA 1FG6C 2ZJLA 3DK1A 5ISKA 2AQUA 4B1CA 5P2IA 3HDKA 3DM6A 4M8YA 3FSMA 3QROA 4J0TA 2WF3A 1HPOA 1HVRA 4NPUA 2IGXA 2XYEA 5OZ3A 5P1MA 4Y3HA 3BGBA 5CONA 5P63A 4OBZA 3NR6A 1MSMA 3B7VA 2OHQA 2O4NA 2VA7A 5P2HA 3UQXA 3ZKIA 5P3MA 3ER3E 5KQYA 5AGZA 5OYWA 3PHVA 5P0JA 4Y6MA 3EKVA 2F8GA 2HPEA 3BUFA 4B00A 2F3FA 1B6KA 3JVWA 1DP5A 5P02A 3KYRA 2ZJHA 3APRE 2VNNA 3QRSA 3PM4A 5P2SA 1HEFE 3HBOA 3TOGA 1GVVA 5P7CA 1A8GA 1OD1A 1FIVA 3S53A 1IZDA 5P0QA 2FDPA 5P4RA 4Y4TA 1ZLFA 4H3GA 1AXAA 5SXNA 5P7DA 3LZYA 3S56A 4Y5EA 5DQCA 5OZNA 4MC9A 4EXHA 4XX3A 5IVTA 3OQAA 3O9IA 5T4SA 2ZHSA 2QI4A 5P62A 5APRE 5P4PA 5P7WA 3NU6A 4DH6A 2Z4OA 1APWE 1DW6C 5P6TA 2VIYA 5P8OA 1RNEA 3PMYA 4NJVA 5P7EA 3KF0A 5DR4A 5OYVA 2G1RA 5P09A 2EWYA 5KR0A 4DJXA 3TPJA 3VSXA 4HDFA 2CEJA 2B8LA 5P66A 4ACXA 2WF2A 1D4IA 1K6TA 2OHMA 4XX4A 2NTRA 2QK5A 4DJWA 1A8KA 3L3AA 5P7UA 5P1JA 1FQXA 5P6PA 4UPJA 2RSPA 4K4RA 1AAQA 1T6EX 1IZEA 3EKQA 3FIVA 2FDDA 5ER2E 3HAUA 2AOEA 4A6BA 3SKFA 3KM4A 5P8BA 1HPVA 3QRMA 3PGIA 3QS1A 3HAWA 3AUPA 3O9BA 1TSQA 3OUBA 4Y3ZA 1AJVA 1BWBA 3BC4A 5P8RA 3D20A 5IE1A 5FIVA 3PI0A 2ZHVA 5KR8A 3UQUA 3I2LA 4MC2A 3NUOA 4Y3AA 5P31A 5P2ZA 5P4EA 5P6KA 2HAHA 4PZWA 5P32A 4Y5AA 2UY0A 4APRE 5P6QA 3VG1A 5P77A 5KQFA 5P2DA 4EXGA 3LITA 3QVIA 1RL8A 3IAWA 4EYRA 4I8WA 5I3XA 4B78A 1ZSFA 5P84A 2IL2A 3ECGA 3OQDA 4OC6A 2NR6A 3UDHA 2PYNA 5P3RA 3KN0A 3N4LA 5HDXA 1FG8C 1LYBB 4LXKA 3VV7A 5P33A 4TVHA 3KFSA 1W6HA 5P8AA 3KMXA 2NNPA 1NSOA 4Y5MA 5P5FA 3VUCA 2V12C 5P4ZA 3EL0A 5AH9A 1PSAA 5SY2A 5P7BA 4OBDA 3NDXA 5HTZA 5P4AA 5P2MA 5P58A 5P40A 3TOFA 1RV7A 1CZIE 1FLHA 3SM2A 3Q3TA 5P0FA 1EPPE 1BVEA 2XYFA 2FXDA 4LAPA 4HDPA 2IS0A 3R0WA 5IVRA 1Z8CA 2QMGA 4NPTA 3UFNA 4FM7A 5P23A 3UDKA 2BPWA 2AOHA 1U8GA 3D3TA 5P8PA 4K9HA 5P2TA 4MC1A 1PPKE 4ZEAA 5OZHA 1BDQA 5P8QA 1KJFA 5P3WA 1BWAA 1IDAA 5P85A 2O4PA 1EBYA 2QZKA 3LPIA 4Y4EA 4Q1XA 5P5CA 3U71A 1XN2A 1XS7D 1NPWA 1PFZA 3UQPA 3TPPA 1MTRA 1PPLE 1AVFA 2J9JB 4I0HA 3KFRA 4EJ8A 2G24A 2OHTA 4XXSA 2PSUA 4QJ2A 1SIPA 5P6ZA 1EBZA 2SAMA 1EC0A 1FMXA 3L5EA 1QDMA 3SA8A 4Z2ZA 4B1DA 4D88A 4J0YA 3PCZA 5P3YA 2AVOA 5OZSA 5P8SA 5P7YA 2QI3A 2Z54A 2NPHA 5P4QA 5OYZA 4N00A 3EC0A 3QVCA 5P6UA 5P03A 5P8IA 4B77A 5P5SA 4U8WA 5P65A 5BRYA 3KDDA 5OZJA 5P25A 1SMEA 2BKSA 5P22A 1NPVA 4Y4UA 2OHKA 1FQ5A 3UHLA 2ZJMA 5P3IA 2PMAA 5OZQA 4ZIPA 1HSHA 5P4KA 5P1SA 3SA7A 2I4VA 1ODWA 2QI0A 3URLA 2V10C 4B05A 3N3IA 2FMBA 3HZCA 4J0VA 2FXEA 5P4BA 4HEGA 1HIIA 4XKXA 4Y9WA 2B42A 4I0IA 3O99A 3PLLA 2BPXA 1BXOA 5OZWA 5P7PA 3OOTA 4Y5BA 5P7QA 1F7AA 3OU1A 3SA3A 1EBWA 2FNTA 4I0JA 1M4HA 5AHBA 5DGUA 1YTHA 1ZAPA 4OBHA 5P45A 3H0BA 6APRE 2V13A 3OU4B 3SA6A 2P3BA 4GJ9A 5P1LA 3IXKA 2VJ6A 2FLEA 4KUPA 2P8HA 4Y50A 3LIQA 5JFUA 2QMPA 1BBSA 1HVKA 3K5CA 1IVQA 4ZPFA 3KDBA 3KFNA 3OOZA 5OZCA 2OHUA 4RCFA 2WKZA 1GNNA 2ZJKA 2R5QA 5P5RA 3PWWA 5DPZA 1HXWA 1ENTE 1A9MA 2O4KA 4Y48A 4AZYA 4B70A 1UH8A 3S7MA 2Q3KA 3PBZA 1LEEA 3I8WA 1IZIA 1SGZA 2VKMA 3INDA 1CPIA 1QBSA 2WEZA 1ZPKA 4DI2A 5P64A 5P86A 3NLSA 5JG1A 2PYMA 4I0EA 5P7NA 2B7FA 5P5GA 1W51A 3DOXA 3CKTA 5P6IA 1B6MA 5C9FA 1MSNA 2H6SA 2MIPA 4LXMA 5HVPA 5P7TA 3L5BA 4YA8A 1FKNA 3ST5A 5I70A 3LNKA 3SM1A 3K5GA 1HRNA 2RENA 1KJGA 5P14A 5P1GA 5P0MA 5P3BA 1D4SA 2G26A 5P3AA 3PWMA 1ZP8A 4Y37A 5P13A 3ZMGA 1HSIA 5P1VA 2WF1A 2JYSA 2NXMA 2QHYA 5P7FA 4YD3A 3MSJA 5P5QA 5P83A 1AIDA 5TOLA 3RU1A 1SMRA 1ODYA 3PSGA 4RGHA 1RQ9A 3KMYA 4RZ1A 3RVIA 3ZKQA 3VCMA 4RCEA 5SY3A 4CPXA 4CPTA 5P6SA 4DV9A 3BHEA 2V11C 4LBTA 4GIDA 1W5WA 5P19A 3U6AA 5P54A 4J1KA 4FSEA 3PLDA 2ZYEA 4H1EA 5P1PA 5P1AA 2Q55A 4J0ZA 3Q4BA 1IIQA 4IVSA 4Y3RA 1GVWA 5P3SA 1UPJA 5HDZA 5P4YA 5P6VA 3URIA 1VIJA 1FQ8A 4NJUA 3NDTA 5OYUA 3OADA 1K6VA 2PK6A 3S43B 5P6LA 3TLHA 4X7IA 4CP7A 5P3OA 1CMSA 3L5CA 2Q5KA 3S7LA 4FRSA 5P6MA 5P8EA 5P1UA 5P0ZA 1MRWA 1C70A 1HWRA 4Q5MA 5P70A 3ZKGA 1HTRB 5COKA 2NXDA 4QJ7A 4I12A 2VIEA 5P6FA 1HXBA 5IVSA 5P5WA 3LIXA 5P8CA 3SA4A 3EM3A 5P0RA 1D4KA 2FNSA 3ZKNA 3OUCA 5P0SA 5P29A 3IN3A 5P3EA 1HBVA 3FKTA 5P1NA 3SACA 4TVGA 1W50A 1MT9A 1WKRA 3R4BA 4Y44A 3S8IA 5P60A 4CKUA 2ZE1A 3EL1A 5P5NA 2OHNA 5P38A 5P4DA 5P0YA 5P4TA 5P0EA 3LZSA 5P1RA 3EKXA 5P3QA 2WJOA 1XL2A 2V16C 3EMYA 5P04A 3RTMA 5ER1E 3G6ZA 5BS4A 1QBTA 4OD9A 3UDMA 4F73A 2RKFA 1BV9A 1GVUA 3D1YA 1G6LA 4DFGA 2P4JA 4L7GA 4YD7A 4RRSA 1SP5A 4F74A 5P1ZA 3MXDA 5OZKA 1FMUA 1KJ4A 1APUE 2HB2A 5P8UA 2RMPA 3IN4A 5P7XA 5KOQA 3ZKSA 4ZPGA 2ZJJA 2QI1A 4Y5KA 2ZHUA 4EJDA 3SAAA 1C6XA 2PSVA 1K2BA 4GJ5A 5P52A 4FRKA 3T3CA 1D4HA 5AHAA 5P5PA 5P4LA 2AZCA 1PSNA 3HLOA 3SLZA 3I6OA 4Y3FA 1MT8A 4ZPEA 1C6ZA 2ER7E 3LPJA 3KA2A 2NNKA 5CLMA 2FS4A 2VA6A 4TRYA 2G21A 3IXOA 1WBKA 3HW1A 3O9AA 5P3NA 3IXJA 3A2OA 3LIYA 4EHCA 4KE1A 1EPQE 5P76A 1LYWB 2AZ8A 4B0QA 3IVIA 5OZ0A 3NDUA 4IVTA 4HLAA 4J17A 4R92A 4Y3NA 1M0BA 2VIJA 5COPA 3BXSA 3GGAA 3LZUA 4DUSA 3OUDB 4J1FA 5P44A 4GMIA 5OZVA 4J54A 1ZJ7A 3SPKA 4Y36A 1HVJA 5P3HA 5P8KA 5AHCA 3EKPA 1EBKC 4Q1WA 3K4VA 5OZGA 4A6CA 1QRPE 3UTLA 4Y4GA 3QAAA 7HVPA 3GI0A 5P1KA 4I10A 2HB4A 4AUCA 5P7HA 4RLDA 1BVGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9D A;  3EXO A;  1DMP A;  1K6P A;  1FFI C;  5P2E A;  5P0B A;  5P43 A;  2ER9 E;  3EM4 A;  5OYY A;  4ER4 E;  4KE0 A;  2G1S A;  3KDC A;  5OZF A;  2I0A A;  4Z4X A;  2F80 A;  4EQ0 A;  6UPJ A;  2OAH A;  5B18 A;  2IEN A;  5P2X A;  3PCW A;  3I25 A;  3T7P A;  3INH A;  2UXZ A;  5P30 A;  1KZK A;  3QPJ A;  3PB5 A;  5P3K A;  4YD5 A;  2Q64 A;  5P69 A;  4ZE6 A;  3T6I A;  2VJ9 A;  3LIV A;  2QCI A;  5P7K A;  5P6D A;  2XFI A;  4QJA A;  2QNN A;  4TRW A;  3RTN A;  3L58 A;  2B7Z A;  5OZM A;  5P0P A;  3R0Y A;  1BV7 A;  1SH9 A;  5P6X A;  5P79 A;  2ER6 E;  2FDE A;  5F00 A;  4JOO A;  5P5J A;  3UFL A;  3IA9 A;  5P59 A;  3VYE A;  2QI5 A;  5P1Q A;  5OZD A;  3OTS A;  2PH8 A;  2P3D A;  3QP0 A;  5P6A A;  2QP8 A;  2OHP A;  3S54 A;  1QS8 A;  1LF3 A;  3DCR A;  2BQV A;  2NMZ A;  5KAO A;  5P2R A;  2QZL A;  4YCT A;  5P26 A;  3KT5 A;  3GGU A;  3VYF A;  5P2A A;  1HPX A;  4QJ9 A;  3D1X A;  5DR8 A;  4HZT A;  3ZL7 A;  3RTH A;  5P74 A;  3EKT A;  3OXC A;  3OU1 B;  1MES A;  2J9J A;  4EJL A;  3L38 A;  1W6I A;  4YCY A;  5P1F A;  4RYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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