5P2HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 135
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2hA01
1BVGA 3EBZA 2WF1A 5P3DA 1FMUA 3M9FA 1HXWA 2VA5A 4ZPEA 1EPLE 5P4AA 3D20A 5P2GA 1W50A 4D85A 2QI7A 2ZHTA 5P5CA 1VIJA 5OZ1A 2QMDA 4DJQA 5AH7A 3HD8A 5P1IA 5KQFA 2NTRA 5P7BA 3PWMA 1KJGA 5P7XA 1FMBA 5P3HA 4FLGA 3S43B 4BFDA 2PH6A 5P40A 3VF3A 5P7SA 5P71A 5P3PA 4Y5PA 4FE6A 4OBGA 4YE3A 2RKFA 2QI5A 3O9IA 5P8EA 5KR0A 4FSLA 5P4EA 1HWRA 1KJ4A 3T7XA 1FQ5A 5P3RA 5OYUA 4AUCA 1LYAB 2HM1A 5P3FA 5P51A 4A6BA 2G20A 4KE0A 4LAPA 4Y51A 2AOIA 4I11A 2BKTA 5P4KA 4Q1NA 1W5VA 1K1TA 4DJPA 3JW2A 2V13A 5P7IA 1SGUA 5P1GA 2QMFA 3TH9A 4FAEA 5P7RA 1D4SA 3SA9A 3NR6A 5P0LA 4RRSA 1IZEA 4LXAA 2PMAA 5P13A 4EQJA 2QZWA 4GB2A 1B6JA 2QZLA 5P35A 5P1XA 3IN3A 2FDPA 2PYMA 1G35A 3NLSA 3A2OA 4Y37A 5P49A 5OYTA 1RPIA 2AODA 5P1PA 4Y5NA 3UFNA 1SBGA 5P8NA 5P3IA 1SGZA 3DOXA 1T7IA 4JOOA 4L7GA 4XX4A 4CKUA 5IVRA 3VFBA 5I3WA 5HTZA 3LPKA 1FF0C 5P78A 1A9MA 1Z1HA 3O99A 4Y57A 4CPQA 5P02A 1LF2A 3JVYA 5P3YA 1LF4A 5P1NA 5P5RA 5ENKA 5OZZA 5OZGA 4Q1XA 2UY0A 2ER6E 2Q15A 1QBUA 5P16A 5P8LA 2NPHA 3VV7A 2RENA 5P6YA 2ER9E 3G70A 4GIDA 4YBFA 3D3TA 5P5TA 1E5OE 5P5GA 1ZPKA 2PK6A 3EKTA 3HVGA 3EKPA 2I4WA 1BV9A 4Y44A 1MRXA 3APPA 5P01A 3BUHA 4B70A 1UPJA 5P1KA 3APRE 5P00A 5P6UA 5P4YA 4N00A 3TKGA 2HPFA 3PBDA 3D91A 5EZZA 3VFAA 3C9XA 3O9AA 4Y3LA 1IZIA 4YD6A 1GVWA 3L3AA 4S1GA 5OZ5A 2G26A 4RVJA 1LS5A 4ER4E 4Y5CA 3L5EA 1OD1A 2AOFA 3VLAA 5P58A 5P7PA 5P25A 5P3OA 1FFIC 2A4FA 3PLDA 3OXWA 2PSUA 4Y4WA 2IQGA 5OZJA 3OUDA 5P85A 5P4LA 5PEPA 5OYQA 5P8TA 3N3IA 4J1HA 5P4JA 4F76A 2BPYA 2ZDZA 3KT5A 1HIIA 3OUCA 2ZGAA 4Y5KA 1K1UA 1UH8A 4I8WA 3OOTA 5I3VA 5P88A 2ER7E 2ZYEA 5P7MA 5C9FA 2IGXA 4DI2A 4B77A 3F9QA 5P41A 5P3TA 1AXAA 4Y47A 6FIVA 4Y5EA 5DR4A 2QI0A 3OOZA 2IKOA 4K4PA 1HVJA 2QU2A 5ER2E 4EP2A 5AHCA 5P30A 5P5XA 5P2RA 1GNOA 4H3JA 5P0HA 3DV1A 1PSNA 4H1EA 4H3GA 2SAMA 4B0QA 1B6LA 3DCKA 5P03A 2CEMA 3Q4BA 2F3FA 5OZ7A 4GJ6A 1SDVA 5OZTA 5P8JA 1MTBA 3TL9A 5DQCA 3U71A 2WF3A 3T11A 3SA6A 2IL2A 1APUE 4Y4TA 5OYZA 5P7ZA 3BRAA 4QJ8A 3KFNA 4RCFA 1NPAA 1G2KA 3TOFA 1ER8E 4X7IA 4Y45A 3S85A 2VNMA 5P43A 5P31A 2RSPA 2OHQA 3UHLA 1HTFA 2R5PA 4OD9B 5P3LA 3CKTA 4Y3WA 4I0EA 1HPXA 4ZSRA 4J0ZA 5P6XA 5OZXA 1G6LA 4COEA 4FM8A 5P7VA 3NWQA 1JLDA 5P4ZA 5P28A 5P80A 2R38A 3PMUA 3UDHA 3ZPTA 2AZBA 1C6ZA 2UXZA 3R4BA 3K5GA 3T3CA 2P83A 3VSXA 1SIVA 3PM4A 1NSOA 4D8CA 5APRE 4APRE 3TPJA 3EKWA 1M43A 3NXNA 1EBKC 3I6OA 3K4VC 3N4LA 5OZWA 1PPME 3QVIA 3VV6A 2QZKA 1UH7A 5P1CA 3BUFA 1DMPA 3MSLA 1FFFC 4Z22A 5P8VA 4MC1A 5P7WA 4Y38A 2CEJA 2VJ9A 4LC7A 4PHVA 4IVSA 4IVTA 3LIXA 4Y54A 1LYBB 3QVCA 4BELA 3LNKA 1QBSA 1B5FB 4HDPA 3DM6A 3K5DA 3SABA 5P5QA 3LINA 9HVPA 5P6FA 3PSYA 4GJ5A 5P4BA 2OHKA 3OAGB 3ZKGA 4ZE6A 5KQZA 5P4HA 5P3ZA 3ZKIA 1D4HA 5DQ1A 3SA5A 3RTNA 5P6IA 5P10A 1Z8CA 1B6PA 5OZKA 5SY2A 4YCKA 5P2WA 5OZYA 2QU3A 1T7JA 2R43A 5P2QA 1ZSFA 5OZIA 5P59A 3QRVA 5P1JA 3O9LA 3UDRA 2QI1A 4OBJA 2CENA 3RTMA 2G1NA 5JODA 5P2CA 5P6CA 5P15A 2QZXA 3NYGA 3VG1A 4YHQA 2P3BA 3DCRA 1A8KA 2BPVA 3KN0A 3BC4A 1PSOE 4Y4XA 1HVLA 2R9BA 1W51A 5OZMA 5P83A 4ER1E 3NU3A 3SLZA 5P84A 5CLMA 2ZHVA 1HVSA 5P3XA 3QIHA 3PVKA 2QNNA 1EPQE 5I3YA 3QS1A 4RROA 3O9CA 2XFJA 3INHA 5P0VA 3TPRA 2FNSA 2QMGA 4DJYA 4DPIA 1B6KA 1ODYA 4FRSA 4PZWA 3MSJA 4Y3DA 2JJJA 5P0TA 3ZKNA 4RZ1A 1MVPA 3EL4A 4RVXA 5P7DA 2Q54A 5P77A 5P1RA 4TVGA 1AJXA 1AVFA 5P2YA 1FKNA 5P6LA 2NXLA 2ZJLA 3PBZA 4Y4UA 5P09A 5P0ZA 1EBYA 4R93A 5P8BA 5HE5A 4NPTA 5P8KA 4MC6A 2VA7A 4K9HA 3UQRA 2FMBA 5OZHA 4KB9A 4U7VA 2PC0A 4F74A 2AOHA 5P0UA 4R91A 2WKZA 2I0DA 3ZOVA 3LITA 2OHUA 1BDRA 1OEWA 5IE1A 2IGYA 5P47A 5P6ZA 1K6CA 2OHMA 5SXNA 1HSGA 2V00A 2IRZA 3KFRA 1HIVA 3L5BA 1BDQA 1FQ7A 4Y3FA 3HVPA 5P6GA 2V11C 5P0EA 1TCXA 4Y3AA 4Y58A 4Q1YA 4HZTA 2O40A 5P0IA 5HDVA 1APWE 2F3KA 4LHHA 4Y53A 5F00A 3UQPA 4TRWA 4Y3XA 1BXOA 5OYVA 3K5CA 3HDKA 3LIVA 1EBZA 2ZJIA 1ZP8A 5P2UA 5P46A 1HSIA 3BGBA 1MTRA 3TPLA 1FG8C 2ZJKA 1GNNA 2ZJNA 5P69A 1T6GA 4JPEA 4QLHA 1AAQA 1ZPAA 5DQ5A 1M0BA 3BVAA 4OC6B 4K4QA 1DIFA 3SA8A 5P1VA 4ER2E 4J0PA 5P6BA 3KMXA 5P05A 1TZSA 4Y50A 5P6RA 3OTYA 4YD4A 3CKRA 3INDA 1QBRA 2WF2A 1UH9A 3QN8A 1T3RA 2WEAA 3I25A 2ZJJA 3PEPA 2WHHA 3K5FA 2NMZA 2I4DA 3KT2A 5FIVA 1E80E 3QRSA 3OHFA 4R95A 5KR8A 1HPVA 2NXMA 4YA8A 4DH6A 4L1AA 4EJDA 5P8PA 3WZ7A 2EWYA 1TW7A 4ZPGA 3EMYA 4EXHA 5P1DA 1ODXA 1LYWB 1BIMA 3OGPA 5P2KA 3AIDA 3OK9A 1HIHA 3QROA 3ECGA 3O9HA 5P8MA 3HAUA 3OXXA 5P3KA 3IXOA 5P36A 5OZDA 5P3WA 4NJTA 5C9BA 4Y4DA 2G1RA 2OAHA 3WB4A 1GNMA 3SM1A 3UDJA 4TRYA 4Y5GA 1OHRA 2O4NA 4DV9A 3Q6YA 1HBVA 3CIBA 5KOQA 2VJ6A 4QGIA 1ZLFA 5P1TA 3MXDA 4ZSQA 5OYRA 4Y4ZA 4Y5LA 5P5MA 3BUGA 4I0IA 1EPPE 5P2MA 4J5JA 2V0ZC 2OHSA 1HVRA 5P2AA 5P64A 5P81A 2G24A 3CYXA 4J0VA 7UPJA 1BXQA 3NU5A 5P37A 4UPJA 5P67A 5P0RA 3QAAA 1BWBA 3PHVA 3ZKXA 1YT9A 3JVWA 2RKGA 1BWAA 1FLHA 3EXOA 3FNTA 2AVQA 3S56A 2VS2A 4DQEA 5P7FA 5J25A 1MPPA 3NU6A 5P5BA 1NPVA 1SP5A 2G27A 4J1IA 4Y3PA 3S43A 3R1GB 2VNNA 1B11A 4GMIA 4EQ0A 4ZSMA 1XE5A 3UQUA 3VCMA 5P7NA 4YDFA 5P42A 3UCBA 2FIVA 2AVMA 5P0YA 3VV8A 1DP5A 3KF0A 5P2JA 1MT9A 5P3BA 5OZUA 5P63A 4J1CA 5P2TA 5P4DA 3OU4B 1LYAA 2BPZA 5COOA 2NR6A 2FXDA 1MIQA 5P0AA 4PEPA 4HDFA 3OUBA 5P5DA 4U7QA 5P06A 5OZ3A 5P82A 3VLBA 2HB4A 3FKTA 1IZHA 4GJDA 3OADB 2O4KA 2OHRA 5OZ2A 3UFLA 1J71A 1HXBA 5E5JA 3NUJA 5P26A 4Q5MA 3OXVA 3MXEA 1HHPA 5P20A 4FM7A 1XL5A 3LHGA 5TOLA 2G69A 3D1XA 5ER1E 3KMYA 3O9EA 5P0QA 5HU1A 5P0XA 3UQXA 1EC1A 3LPIA 2WF4A 3IXKA 5P4SA 5JFPA 1EC2A 4ZSPA 5OZPA 4OBFA 5P5VA 1FQ8A 5HU0A 5P2DA 5OYYA 3QRMA 1A30A 3GGAA 5C9DA 5P5HA 1W5YA 5AHAA 5P79A 5P7QA 1C6YA 1HSHA 5P0BA 5P6HA 1BILA 1TQFA 2OHTA 5P6NA 4CPSA 3O9GA 5P4OA 3RTHA 5ISKA 1FQ4A 5P53A 4EJLA 4RVIA 4CPRA 2R8NA 1META 3VUCA 2F80A 1AIDA 4D89A 5P7AA 4AZYA 4Y3TA 1HTRB 1XDHA 2HC0A 1YTJA 4MC9A 3ZMGA 1LF3A 5P2XA 2BQVA 1QDMA 4D83A 1Q9PA 5P6WA 1MUIA 4CMSA 3S8IA 5P8UA 3BVBA 4QJ7A 4PZXA 4GZFA 2QK5A 5P3GA 3AUPA 2OHNA 2JE4A 3BHEA 5P2ZA 3IAWA 3PCZA 3LZUA 4Y35A 2ASIA 5OZ0A 4Y48A 3OQKA 3ZPUA 5P5OA 5P0JA 4X2LA 1FQ6A 4RCDA 2ZHUA 3MWSA 5OZFA 5P5UA 3R2FA 1MRWA 1HTEA 4Y5AA 3ZPSA 2J9JB 3TOHA 5OZ6A 1N49A 4R8YA 3SA3A 3LZYA 1APVE 5P0GA 3OU3A 2WL0A 1IVQA 1IVPA 1SH9A 3BXRA 5P3MA 1MSNA 1CPIA 3UDMA 3EKVA 4Y56A 1YTGA 1QBTA 5P3EA 2NNKA 5P0FA 3OXCA 4QJ9A 4I0JA 2XYFA 3VYDA 4FIVA 3EKYA 1E81E 2BPWA 5DR7A 3UTLA 4OBHA 5P19A 5AH8A 3HW1A 5P0OA 4B1EA 4K4RA 2FS4A 1HTGA 2QNPA 3O9LB 4OBDA 2APRA 5KOSA 2HS2A 2VIJA 5P7KA 3GI0A 2QI6A 2P8HA 2ZE1A 1ODWA 3HBOA 1YX9A 3S45A 3T7PA 3ZKSA 5E5KA 5OZSA 4J55A 3U7SA 5P3NA 3ZKMA 3ST5A 4A4QA 2Z4OA 3SKFA 2QD6A 2QCIA 5EZXA 3CMSA 7HVPA 1ZSRA 4B1CA 1PFZA 1DW6C 4XX3A 5ENMA 5SY3A 3LPJA 2I4VA 1SIPA 4I0FA 5OZLA 3U6AA 4EXGA 3LIZA 3ZKQA 5P1BA 4FRJA 2ZHSA 3S54A 5P7CA 1TSQA 3NDXA 4B72A 1D4IA 5P7HA 5DR1A 5P68A 1A8GA 3BGCA 5P2IA 5P4RA 2Q11A 5P1OA 4OBZA 3KDDA 3TPPA 4J0TA 3UDQA 3G72A 3FX5A 3O9BA 5P5EA 4H3FA 5P5SA 3SM2A 4PPHA 3S2OA 3TKWA 2V10C 4MC2A 4QJ6A 3EKQA 3UDYA 5P6OA 2AZ8A 5P4PA 4BFBA 1HEGE 2FGVA 4RCEA 3GI4A 4LL3A 4Y4BA 5HD0A 5OYWA 2IDWA 5OZ4A 5I3XA 4ZPFA 4Y3EA 5F01A 1FEJC 2G1SA 2PK5A 4WY6A 4EJKA 4Y9WA 4Z50A 2OHPA 1XS7D 3SA7A 2QNQA 3IVIA 5ISJA 1PPLE 2MIPA 4Y4AA 3CKPA 1LYBA 5KQXA 2PWRA 3D1ZA 1XN3A 4H3IA 4OBKA 5HCOA 5P1QA 1ZJ7A 1D4KA 3KA2A 3OAGA 3D1YA 3WSJA 2QD7A 5P1SA 4F75A 4ZIPA 4Y5BA 5P52A 4I10A 4NJVA 5P57A 4JPCA 5UPJA 5P18A 4L7JA 1EPOE 1LZQA 5OZOA 2HB2A 4DQGA 5DGWA 1XN2A 2VKMA 3T6IA 1BV7A 2Q63A 1HOSA 3KDCA 3NDUA 5P8DA 5P44A 1WBKA 1F34A 1IBQA 3VEUA 4XKXA 2PSVA 4I8ZA 5P4XA 3GI5A 5P4QA 4NKKA 1MT8A 2HAHA 4XXSA 5P4UA 4LBTA 5P6PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BVG A;  3EBZ A;  2WF1 A;  5P3D A;  1FMU A;  3M9F A;  1HXW A;  2VA5 A;  4ZPE A;  1EPL E;  5P4A A;  3D20 A;  5P2G A;  1W50 A;  4D85 A;  2QI7 A;  2ZHT A;  5P5C A;  1VIJ A;  5OZ1 A;  2QMD A;  4DJQ A;  5AH7 A;  3HD8 A;  5P1I A;  5KQF A;  2NTR A;  5P7B A;  3PWM A;  1KJG A;  5P7X A;  1FMB A;  5P3H A;  4FLG A;  3S43 B;  4BFD A;  2PH6 A;  5P40 A;  3VF3 A;  5P7S A;  5P71 A;  5P3P A;  4Y5P A;  4FE6 A;  4OBG A;  4YE3 A;  2RKF A;  2QI5 A;  3O9I A;  5P8E A;  5KR0 A;  4FSL A;  5P4E A;  1HWR A;  1KJ4 A;  3T7X A;  1FQ5 A;  5P3R A;  5OYU A;  4AUC A;  1LYA B;  2HM1 A;  5P3F A;  5P51 A;  4A6B A;  2G20 A;  4KE0 A;  4LAP A;  4Y51 A;  2AOI A;  4I11 A;  2BKT A;  5P4K A;  4Q1N A;  1W5V A;  1K1T A;  4DJP A;  3JW2 A;  2V13 A;  5P7I A;  1SGU A;  5P1G A;  2QMF A;  3TH9 A;  4FAE A;  5P7R A;  1D4S A;  3SA9 A;  3NR6 A;  5P0L A;  4RRS A;  1IZE A;  4LXA A;  2PMA A;  5P13 A;  4EQJ A;  2QZW A;  4GB2 A;  1B6J A;  2QZL A;  5P35 A;  5P1X A;  3IN3 A;  2FDP A;  2PYM A;  1G35 A;  3NLS A;  3A2O A;  4Y37 A;  5P49 A;  5OYT A;  1RPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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