2F3FA

Crystal structure of the bace complex with bdf488, a macrocyclic inhibitor
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design and synthesis of macroheterocyclic peptidomimetic inhibitors of the aspartic protease beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 375
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f3fA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f3fA02
4GZFA 2IGXA 1FQ5A 2B7ZA 5P1UA 2QHYA 2ZJHA 2QD7A 4RCFA 3I25A 5C9BA 1G6LA 4YD5A 2OHSA 3DOXA 1MUIA 3UDNA 4RCEA 2G1OA 4ZSRA 2QNNA 4YD3A 2CEJA 1AZ5A 5P8HA 5P51A 3DM6A 2F3KA 2PK5A 3KT2A 1MPPA 2A1EA 2NTRA 5P3QA 1ODXA 5J25A 3IXKA 3OU1A 3K5DA 3PBDA 5P0PA 3VYDA 5P5OA 2VIZA 5P5AA 1HVIA 3OU1B 2Q55A 1G35A 1A8GA 5HU0A 1B6JA 3GGVA 2WJOA 5KR0A 5P0AA 5HVPA 3MXEA 5I3VA 1APUE 4DJXA 2WEDA 4I0ZA 3GW5A 5P24A 3SA8A 3FSMA 2G94A 1ZLFA 4A6BA 2QZWA 1U8GA 1NH0A 5P0EA 5P0XA 5P3VA 4OBHA 2VNMA 2ANLA 3ZPUA 5P1WA 5P47A 5BWYA 3TL9A 2ER0E 2Q64A 5AHCA 4Y6MA 4JP9A 4LC7A 3GI5A 2Q5KA 3O9GA 3VUCA 1DIFA 4UPJA 2FMBA 3VV8A 1GVUA 4GJ7A 4IVTA 3MWSA 3T7PA 5P08A 4DI2A 4Y5LA 1OEWA 2VJ6A 5C9DA 5HE5A 4LP9A 2HM1A 5P0FA 3QAAA 2G22A 5JG1A 3U71A 1FLHA 2IRZA 5DQ5A 4J1KA 3DCKA 3VSXA 3PCZA 5AH7A 4Y3TA 1DW6C 3H5BA 4Y37A 1C6YA 4FCOA 5I70A 2I4DA 5KQFA 3L5DA 4I0GA 3IXJA 2IL2A 4GJ8A 2HB3A 1M43A 3LIQA 1FMBA 2R5PA 1EBZA 2NXDA 1ZBGA 3S2OA 1ZJ7A 1E5OE 3LNKA 2AVVA 1HVKA 4Y45A 1HPXA 3SABA 4Y47A 3HVGA 5P1HA 5P0QA 3WB4A 2VS2A 1APWE 5DQ4A 5P4NA 5P6OA 3OGQA 4U7VA 2O4NA 3SA6A 3NR6A 5P1PA 5P40A 1AXAA 1MERA 4DQBA 3O9BA 2WHHA 5P3GA 2QI3A 4I8WA 5P4IA 3LZSA 5OZZA 5AHAA 4B72A 2IQGA 2G24A 5OZCA 4GJBA 5P6HA 4Y4GA 5P3LA 5P42A 4Q5MA 2PYNA 3PI5A 1IZHA 4ZPGA 4YHQA 3UDJA 3NUOA 5P0JA 1HSIA 3BGCA 3ZKQA 5KR2A 4HLAA 5P5LA 1BDQA 2O40A 4WY6A 2B8LA 5P2OA 1A8KA 4YD7A 5P8UA 3RTNA 3PRSA 5OZEA 5OZ9A 2ZJJA 2F3FA 3FV3A 6FIVA 3T6IA 4BELA 3BUGA 2HAHA 5P7YA 3SKFA 2G27A 4DJRA 1T6GA 2V00A 3ZOVA 5P25A 4Y36A 5OYWA 4CMSA 3QRSA 3DV1A 3IA9A 2NMZA 4Y3DA 4YCTA 4AZYA 8HVPA 2PYMA 3ER3E 2OHNA 3UTLA 5P3EA 5OZUA 4DQHA 1UH7A 2PQZA 4EJLA 4A6CA 1META 2HC0A 5P1BA 3CKRA 5P5KA 3VSWA 2RMPA 1ZPKA 2BPVA 4L6BA 1HVSA 4YCKA 4L7GA 4J5JA 1HEGE 1MT9A 3SLZA 5DR3A 1IIQA 5P33A 5P4CA 5P03A 1W5VA 2FGUA 4CPWA 4ER2E 2BPXA 1LV1A 4FGXA 3BUHA 2HS2A 2F81A 5P48A 5HD0A 1BWAA 5P6MA 5P0LA 5P53A 5P5YA 1UPJA 1MVPA 2ZGAA 5P4WA 1BBSA 5P4BA 4E43A 3UDHA 4J1IA 4D83A 2P3BA 5P5FA 5P3OA 1BVEA 3FIVA 3ZLQA 4U7QA 5E5KA 1VIJA 2AZBA 5DGUA 4OBJA 5P6FA 5OZ8A 5P1CA 5P7WA 3VLBA 2BJUA 5P6DA 5OZAA 5P3SA 3CIDA 5P3DA 3OQDA 3INEA 4LXMA 4Y3MA 3ZKSA 3LZYA 1FG8C 5P5WA 3ST5A 4KE1A 2G26A 2XFIA 3PMUA 3ER5E 1PFZA 1Z8CA 4NJVA 3NDXA 4RVIA 5P3IA 4QJ6A 1EPOE 4QJ7A 2ZJNA 5P8LA 4ER4E 1T6EX 2HPFA 6APRE 3KYRA 2JJJA 3IAWA 5SY2A 4DQCA 4WTUA 1JLDA 3IN4A 2ZJMA 3PEPA 4Y4BA 1ZTZA 4Y5KA 5OZFA 2FDDA 1TSUA 2AOFA 2WF0A 5COKA 2CENA 3UQWA 1YTIA 1AM5A 2BPYA 5P72A 3N4LA 5P1IA 2OAHA 1FF0C 5P6NA 3S54A 1KJGA 1T7JA 5P70A 1ENTE 5P7SA 1FMUA 1CZIE 3CKPA 3OOTA 3TKWA 2QI5A 4CPTA 4Y38A 4PYVA 1K6VA 3JVWA 1MRXA 1OHRA 4BFDA 5P0IA 4KE0A 1J71A 5P5VA 4Y3WA 5OZ7A 3URIA 3RU1A 3SPKA 3Q6YA 4X7IA 1HVLA 1PPKE 5AH9A 1GNNA 5P1FA 4K9HA 5P6CA 1T3RA 4FE6A 4LL3A 3WZ7A 3QPJA 5OYUA 2ER6E 4I8ZA 3BC4A 5P8JA 2XYFA 3OWNA 4TVGA 2ER7E 4Y41A 1BIMA 1Z1RA 3PJ6A 5OZDA 1K1TA 4I10A 4Y5BA 4DQFA 3ZL7A 5HU1A 5F01A 3BGBA 5HCTA 2WL0A 2WF1A 4Y4DA 3G70A 1HBVA 5P84A 1MTBA 4NJUA 1XS7D 3S7MA 1W6HA 4D8CA 4GJDA 4J0VA 3R2FA 4Y5MA 4I0EA 1D4SA 1XL5A 1SIVA 3K4VA 2P4JA 3SAAA 3R0YA 1HXBA 4NJSA 3QROA 4FM8A 5P8KA 4Y4JA 4APEA 2JXRA 5DR0A 1EPME 5P5TA 2PMAA 5P4EA 3S85A 4OD9B 4NKKA 2PC0A 5P39A 4B78A 1RNEA 5P69A 5P0YA 5P8OA 5P7RA 2Q11A 1Z1HA 1YTJA 3A2OA 5P5EA 5P0HA 4GJCA 4Y51A 3TH9A 3ZMGA 4Y48A 4DJWA 5P65A 4ZSQA 5P54A 2V12C 3RSXA 3O9CA 5DR7A 5P6VA 3LIXA 5P1LA 1EC0A 1ZSFA 3EMYA 2PK6A 5P4KA 5P7QA 2JE4A 1BXQA 3G6ZA 5P7VA 4B00A 1BVGA 3O9DA 5P7EA 5P5BA 3TPJA 5P3PA 4EHCA 3CYXA 4HDBA 4XX3A 4J54A 5APRE 1KJ7A 5DQ2A 4A4QA 3R4BA 3I7EA 4Y5GA 5JFPA 2B42A 3EL1A 5SZ9A 2OHLA 3LIZA 4GMIA 4EXHA 1MTRA 1C70A 2QI6A 3DUYA 5P5DA 5P2YA 5P15A 2H6SA 5DQ1A 4RYCA 4EXGA 4PZXA 5P6SA 3KM4A 4HA5A 3PSUA 4Y50A 1D4JA 2QI1A 3O9HA 5P85A 3OAGA 4K4PA 3D91A 4QJAA 2Q63A 5P3MA 5P8FA 4Y3XA 2IEOA 4MC1A 2IGYA 5AGZA 1MESA 1N49A 2RSPA 4DH6A 5OZJA 5P64A 1HRNA 1EBKC 3CIBA 2EWYA 5P07A 2J9JA 2I4UA 3EM3A 5P0VA 5P7AA 2ASIA 3KA2A 3UHLA 2IKOA 5P35A 5P6BA 5OYRA 2J9JB 3EXOA 1E80E 3PWWA 2O4LA 1HVCA 5IVSA 5CLMA 2P3AA 2ZHUA 5P43A 1NSOA 3TOFA 5P52A 5P2DA 3NWXA 3OUCA 3OU4A 3ECGA 4EWOA 4J0PA 1APTE 5P7OA 1BILA 3UQPA 1LEEA 5OZ0A 2QMDA 5OYQA 5EZZA 4IVSA 3NXNA 1KJ4A 1PSNA 4J55A 3WB5A 4R95A 2NXLA 5P1XA 4RYGA 1K6PA 5P36A 3AIDA 1M0BA 3WSJA 4HE9A 3SACA 3HAUA 1EBWA 2ZE1A 2ER9E 1GNOA 3VV7A 1QBRA 3APPA 1HSGA 4D88A 2A4FA 4ZEAA 4RROA 3I2LA 5P8CA 2FLEA 3QVCA 4FSEA 3SFCA 4Y4ZA 4QLHA 1XN2A 3NU6A 2QHCA 2ZHTA 1QBSA 3SA4A 1B6KA 4Y5EA 5P10A 2Z4OA 2AQUA 1GVXA 5P77A 5P0GA 4FS4A 4B70A 4HDPA 1AIDA 1FG6C 2R5QA 5KQXA 3UFLA 3PVKA 4NPTA 5P2EA 5P4LA 4FRJA 5P38A 3UQUA 3I6OA 4NPUA 2QI4A 1A30A 2I4WA 2HB2A 2G1SA 1HIVA 1XL2A 3PWRA 5OYYA 3QRMA 5P2JA 5P3FA 3O9FA 3Q3TA 4JPEA 2HPEA 3MXDA 1SMEA 3ZKXA 1K1UA 4Y3HA 5P2CA 4COEA 2QNPA 5P7FA 3KMXA 1UH9A 3FX5A 5AHBA 3FNSA 3CICA 4FLGA 2MIPA 2QHZA 5HE4A 3O9IA 1HSHA 3QBFA 2G1RA 1EPNE 5P4QA 5P02A 3TLHA 5P2BA 1QBUA 5P4OA 1BAIA 4MC6A 3VG1A 3DK1A 2PSVA 5P14A 4Y56A 2R43A 5KAOA 1WBMA 5P5UA 1YM4A 3EKYA 3L38A 4AUCA 2OHQA 5P74A 4FSLA 4Y4WA 2AOHA 5P26A 1HIIA 3OTSA 4ACXA 3U7SA 3PLLA 3SA7A 1LF3A 5P2VA 3KFRA 5P3YA 1Q9PA 3NDUA 2WECA 3OUDA 3T7XA 2R9BA 2HB4A 4LBTA 5P5SA 4F74A 3EKQA 2Q15A 5P81A 4FM7A 3SO9A 4I0JA 2UXZA 5P4HA 5P5HA 4YA8A 1DMPA 1AVFA 4YOAA 5P5JA 5P6EA 4Y4XA 3AUPA 1FB7A 1FQ4A 2JJIA 5OZ6A 1LYBA 4EP2A 3N3IA 2BKSA 1XE5A 1LYBB 3VYFA 2NPHA 2PH6A 2I0DA 2G21A 3T3CA 5P6KA 3I8WA 3UQRA 1EC3A 5P60A 3R1GB 5P6JA 4H3GA 2QU2A 3L5CA 3LIVA 4F76A 3SM2A 5P00A 3O9EA 5P62A 4PZWA 4M8XA 2QCIA 1IDAA 3K4VC 1BV9A 4R8YA 1HXWA 3LITA 3PGIA 5OZ1A 1EAGA 3DCRA 2V16C 3PSGA 4GJ5A 4X2LA 4ZPFA 2RENA 3KDCA 5P7HA 4Y57A 5P4MA 1YM2A 7HVPA 1W5YA 5P7CA 2F80A 5OYZA 4DQEA 3LPIA 5P7JA 5P41A 1LF4A 1SDVA 3PHVA 3TPLA 5P6ZA 5P0KA 4D89A 1BWBA 4OC6A 5P7UA 5HDVA 5IS4A 5F00A 4Y3LA 5OZNA 2OHMA 5HDZA 4CPXA 4Y35A 2OHPA 5TOLA 3TKGA 3GGXA 2V13A 3UDQA 1AAQA 5P27A 2JYSA 3U6AA 1YTHA 3SA9A 3UDKA 3EM6A 2G1YA 2BKTA 3DJKA 4H3IA 2P3BB 5P3JA 3L5EA 3NUJA 2CEMA 5P1OA 3ZKIA 3FKTA 5P23A 1IDBA 3GI4A 3M9FA 4Y3JA 1HHPA 1MRWA 5P2LA 4Y3GA 1K2BA 5P7GA 1RQ9A 5P0UA 5HE7A 5BRYA 4HEGA 5ER2E 1VIKA 5P0BA 4FAFA 3D1ZA 5P05A 4JPCA 2P3DA 4RRSA 5P2IA 2FNTA 4YBIA 3CMSA 4DV9A 2WEAA 5P4UA 3SM1A 5DR1A 5P57A 1LZQA 5COPA 5P82A 3VCMA 5ER1E 2QP8A 3PI0A 1IZDA 2VKMA 1FKNA 3HD8A 1C6ZA 1PSAA 4J1CA 5P7XA 5P2AA 5P4ZA 3QBHA 5P3UA 3UDYA 3OY4A 3VFBA 4Y5PA 2QAKA 5I3XA 1PSOE 1SGZA 4AA9A 2UY0A 3NYGA 4DFGA 5COOA 4DUSA 3QP0A 2ZHRA 5P0TA 3S7LA 1SBGA 1GVWA 1HIHA 1QDMA 2PWCA 5OZVA 2QK5A 4B77A 3FNTA 5P6QA 5P86A 2VA6A 3LINA 3ZPTA 3CKTA 1HEFE 4I0DA 2V11C 3OQFA 5P2XA 5P76A 4AMTA 5P4YA 1D4HA 2Z54A 4PPHA 1YTGA 5OZIA 5P75A 3MSLA 4GYEA 3KMYA 1AJXA 3HZCA 3OXVA 5DQCA 5P37A 2QZXA 4K8SA 5OZXA 4Y3ZA 1ZAPA 4DQGA 5P78A 1K6CA 3UCBA 2RKGA 5HDUA 3RTMA 3H0BA 2FXDA 5AH8A 4BFBA 1XE6A 1IVPA 2FDPA 2IENA 3EKXA 5DGWA 5P6WA 4I0FA 4QJ8A 1EEDP 1YX9A 4R91A 5P2MA 3UF3A 3S8IA 5OZOA 4YCYA 5P3NA 2XYEA 5P19A 1CMSA 4Z2ZA 1ODYA 2B60A 1TCWA 5P0MA 3HDKA 4FRKA 5P1RA 5P2UA 3S43A 2QMGA 5P1QA 4Z4XA 3QN8A 4J0ZA 3ZKGA 3BUFA 3HLOA 3RTHA 3KDDA 3S43B 4B0QA 3WZ8A 3PMYA 4ZSPA 9HVPA 1QRPE 5OZYA 2I4XA 2VIYA 4M8YA 2AOEA 3UDPA 2FIVA 4Y4EA 1ZPAA 3IGBA 3NXEA 3KFSA 2PSUA 3LHGA 1OEXA 2HIZA 5OZGA 4Y5NA 2I4QA 4I12A 4YD4A 5P01A 1D4YA 2O4PA 2V10C 3INHA 4ZLSA 4GIDA 4H1EA 5P5CA 4OBFA 4Q1NA 3UDMA 1XDHA 5P50A 4APRE 5P8RA 4DPIA 3OTYA 4RCDA 4DJOA 4R93A 4OBKA 3L58A 1BV7A 1GVVA 2QZKA 3Q5HA 5KR1A 1FFFC 3NSHA 3Q70A 5P5IA 5P2HA 5OZMA 1EPLE 5P0RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GZF A;  2IGX A;  1FQ5 A;  2B7Z A;  5P1U A;  2QHY A;  2ZJH A;  2QD7 A;  4RCF A;  3I25 A;  5C9B A;  1G6L A;  4YD5 A;  2OHS A;  3DOX A;  1MUI A;  3UDN A;  4RCE A;  2G1O A;  4ZSR A;  2QNN A;  4YD3 A;  2CEJ A;  1AZ5 A;  5P8H A;  5P51 A;  3DM6 A;  2F3K A;  2PK5 A;  3KT2 A;  1MPP A;  2A1E A;  2NTR A;  5P3Q A;  1ODX A;  5J25 A;  3IXK A;  3OU1 A;  3K5D A;  3PBD A;  5P0P A;  3VYD A;  5P5O A;  2VIZ A;  5P5A A;  1HVI A;  3OU1 B;  2Q55 A;  1G35 A;  1A8G A;  5HU0 A;  1B6J A;  3GGV A;  2WJO A;  5KR0 A;  5P0A A;  5HVP A;  3MXE A;  5I3V A;  1APU E;  4DJX A;  2WED A;  4I0Z A;  3GW5 A;  5P24 A;  3SA8 A;  3FSM A;  2G94 A;  1ZLF A;  4A6B A;  2QZW A;  1U8G A;  1NH0 A;  5P0E A;  5P0X A;  5P3V A;  4OBH A;  2VNM A;  2ANL A;  3ZPU A;  5P1W A;  5P47 A;  5BWY A;  3TL9 A;  2ER0 E;  2Q64 A;  5AHC A;  4Y6M A;  4JP9 A;  4LC7 A;  3GI5 A;  2Q5K A;  3O9G A;  3VUC A;  1DIF A;  4UPJ A;  2FMB A;  3VV8 A;  1GVU A;  4GJ7 A;  4IVT A;  3MWS A;  3T7P A;  5P08 A;  4DI2 A;  4Y5L A;  1OEW A;  2VJ6 A;  5C9D A;  5HE5 A;  4LP9 A;  2HM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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