4GB2A

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a bicyclic pyrrolidine inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Cocrystallization of potent pyrrolidine based HIV-1 protease inhibitors
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gb2A00
1FG8C 1BXOA 2AOCA 5P0SA 2V11C 3UCBA 5OZHA 4Y3GA 4K9HA 1UH8A 2P4JA 5BS4A 1YX9A 3DK1A 5P0IA 2PWRA 2VA7A 2HAHA 4FAEA 3PGIA 5P80A 3ER3E 1Z1RA 2G69A 5P4IA 2ZJIA 1EBZA 5P1HA 4EXGA 5P1PA 2HS2A 5P69A 3VV6A 2ZHRA 2G20A 2V16C 5P05A 3UDYA 5P0LA 3ZKIA 3TKWA 5OYQA 5P4XA 5P8GA 1BAIA 3D3TA 5P7EA 1HBVA 5P28A 1LYAB 2Q11A 5P7BA 1IZEA 1BWBA 4Y5KA 5P0RA 2JJJA 5P62A 3O9AA 3VF3A 1K6TA 4GJDA 4IVSA 1C6ZA 2A1EA 2IEOA 5COOA 2ZGAA 2VJ6A 1SGUA 4LHHA 3NXNA 4BEKA 5ENMA 1MT8A 1E80E 5ER2E 3ZL7A 5P4YA 4CPXA 3URLA 3PCWA 4CP7A 4JOOA 2OHNA 4MC1A 1EAGA 2A4FA 3OOZA 3LZSA 4EJLA 5P8OA 3OADA 4Y4XA 4Y45A 5P0PA 1NPAA 4Y3JA 4Y58A 1EPOE 5P2XA 4LBTA 1OD1A 3RTNA 3PWWA 5P15A 3L38A 2IL2A 4FAFA 1ME6A 2HPEA 2BPYA 3HBOA 1W5WA 2F3FA 5P1YA 5P4GA 1YM2A 5P71A 3TPRA 2QI3A 1APWE 1N49A 5P0QA 3QPJA 5P7LA 5P8FA 1D4YA 2HC0A 1DMPA 5P4DA 4ZLSA 5C9DA 4KUPA 5P8EA 3PMUA 2P3BB 2FNTA 4B72A 4UPJA 1PROA 4A6CA 3UTLA 3IXJA 4FE6A 3FV3A 4PZWA 4I0HA 3IAWA 2FXEA 4FRSA 5P4VA 4EP3A 5I70A 5P4PA 5P0GA 2B8VA 5P3XA 3UQWA 3NSHA 1NPWA 2R3TA 3LINA 2WECA 3LPKA 4R5NA 4K4PA 4GMIA 3BUFA 1GNMA 3BVAA 1AIDA 4DV9A 2PYMA 4RYGA 2PSVA 3I8WA 1C6YA 5E5KA 3VEUA 2BB9A 3EL1A 5KOQA 3T7QA 4YD3A 1XL5A 5KR1A 3OQ7A 4J1KA 2AZCA 2QZLA 3EKWA 3ST5A 5P6YA 1HVLA 4DQEA 4R8YA 5P1JA 1GKTA 3OUDA 5HVPA 5OYYA 3VG1A 2QMDA 3DOXA 2VS2A 2QU2A 3K5DA 3S54A 3TPJA 4NPTA 4OD9A 2FDPA 3LPJA 2B60A 3QN8A 9HVPA 1W51A 5P0NA 1FQ4A 5OZ8A 5SXNA 4CPWA 4Y5PA 3AIDA 3MSJA 2WF1A 5KQXA 4GB2A 4DH6A 2PYNA 1YTGA 3HVPA 4OBGA 5P61A 2F80A 4WTUA 1B6PA 4PYVA 2OHSA 3APRE 5FIVA 1QBUA 1EBKC 1B6MA 2QCIA 1AJVA 1LF4A 3BUHA 4OC6B 3T3CA 3OU1A 4YCKA 2HB2A 5P8KA 4Y4JA 5P4QA 3MXEA 2IDWA 3O9EA 2B42A 1AVFA 5P3MA 4FSLA 1B6JA 2WEBA 1ZP8A 3HZCA 4Y4TA 4B1EA 5COKA 5P3HA 3IVIA 2I4UA 3B7VA 5P81A 4Y51A 3D91A 4FRJA 3NUOA 5UPJA 1IVQA 3APPA 5P08A 4Y3MA 3SA6A 5P7VA 1AM5A 2G26A 1LYWA 2AOJA 3PLLA 2QU3A 4Y5MA 2IGXA 5P29A 1EC3A 5P4MA 5P3OA 3O9IA 1C6XA 2ZHSA 5P30A 3O99A 4Q1XA 3Q4BA 2OHTA 1Q9PA 5P8RA 1MVPA 5P4LA 4Y5NA 1T6EX 1ZPAA 1MIQA 2QHZA 5P11A 5P1OA 2AVOA 5P73A 5P0AA 5P38A 5OZFA 3O9LA 5OZ6A 5OZ5A 4YD5A 2VKMA 5SZ9A 5P2AA 4FCOA 4YBFA 1M43A 5P27A 4Y4GA 3OXWA 1HEFE 4Y3RA 2WF4A 2FDDA 5P63A 1FIVA 3GGVA 3OADB 5DQ1A 1A30A 4PEPA 3BHEA 3D1YA 3HD8A 5DR0A 3T11A 2I4WA 5OZSA 2ER9E 5HDUA 3FNTA 1GVVA 5P5GA 4I0DA 1BDLA 3HDKA 3D20A 1BIMA 5OZCA 5DR7A 3SA7A 5P2WA 3LIXA 4XXSA 3M9FA 1OHRA 2ZYEA 3NWXA 3TTPA 4RROA 4QJ2A 1HVRA 3UQXA 5P7MA 1ER8E 1YM4A 2ZHUA 4YCTA 5P82A 2BPXA 4FS4A 3ZPUA 5P2EA 5P4BA 5KQZA 1IIQA 4XX4A 2QD7A 1MPPA 5OYXA 4FM7A 5P6QA 3SQFA 1HVSA 5P51A 1ZAPA 3MSLA 4EPJA 1CZIE 1KJGA 1SBGA 1A9MA 4Z2ZA 1EPLE 6FIVA 4U7QA 3L5EA 3VLAA 3VSWA 1EBYA 2JJIA 4J0TA 5P4RA 1SDTA 1WKRA 3OUDB 3EKXA 1XE6A 2OHUA 1FB7A 1MTRA 4J54A 4Y3PA 5P5BA 1BBSA 1ENTE 2QD8A 4GJ9A 4OD9B 2QZKA 4I0JA 4U7VA 3UQRA 4Y3QA 4DVFA 2I0AA 3SKGA 4Y5BA 3N4LA 1EPNE 1FQ5A 3PWMA 1HVCA 1XS7D 4H3GA 1JLDA 4OBZA 5P1KA 4CKUA 1VIKA 5P89A 4J17A 5AH7A 2EWYA 5P72A 1HHPA 2F3EA 3KMXA 1NH0A 5IVRA 3VSXA 3F9QA 3R4BA 4D89A 3QP0A 6UPJA 4RRNA 5P2TA 5ENKA 5AH8A 1IZHA 4RYCA 1G0VA 5P0XA 3OU1B 3VV7A 4I8WA 4EWOA 5P70A 1F34A 1ODXA 3Q5HA 2QNPA 1AJXA 1D4IA 2ZHTA 5SY2A 3C9XA 3GGXA 7UPJA 3L59A 3ECGA 5P13A 1EPRE 5P6OA 1MSNA 1PSNA 5P40A 2IQGA 2ZE1A 4H3IA 5P6LA 2OF0A 4CPSA 5P6GA 4ZPFA 4D85A 5P2CA 1PPLE 3PSGA 2OHLA 3R1GB 3IN3A 3TPPA 5ER1E 1K1UA 1LYWB 5ISKA 1TZSA 1BXQA 2AZ8A 5P23A 5P60A 4Y3NA 4ER1E 1SP5A 1AXAA 2VA5A 4J0VA 5P1ZA 3NXEA 3SM1A 1YTHA 5EZXA 1GVWA 3O9LB 5P42A 3O9GA 4L7JA 2R3WA 3CYXA 4YHQA 5OZDA 1HXWA 5P87A 4DJOA 5P76A 5P6HA 3URJA 3SA5A 3KFRA 2CEMA 2NPHA 2ZJMA 5P2JA 5DR8A 5P5EA 3SAAA 4PPHA 1NPVA 1Z8CA 1EPQE 1D4SA 4DJWA 4EJDA 3BXRA 1ZSFA 3T7PA 4D88A 2PWCA 5P56A 2QK5A 1YT9A 4Y5AA 1YTIA 3HVGA 2H6TA 4CPTA 2UXZA 5P09A 5HDZA 4Y48A 2G27A 3S43A 2QI1A 5J25A 1LF3A 1ZTZA 3I25A 3JVWA 4BELA 3CKPA 3I6OA 4QGIA 4Y3EA 3TOGA 1APUE 3OGQA 4JPEA 4Q5MA 4DJPA 4B05A 2QMGA 1CPIA 2RKFA 5OYWA 4I0FA 3DV5A 4Q1NA 5DR1A 3CIDA 5DR4A 4YE3A 3CMSA 3S85A 1C70A 1XL2A 3OK9A 4K4QA 3LIYA 1PPKE 4I11A 4NPUA 5P79A 4NJSA 1HSHA 3DCKA 2G1OA 4YDFA 2XFKA 8HVPA 3HW1A 1D4KA 5BWYA 1HSGA 2OHPA 5P5OA 1HIIA 3QBFA 5I3WA 4MC2A 5OZYA 1FMXA 4Y3ZA 4COEA 1K1TA 4J1HA 5P2UA 4NJTA 1Z1HA 1ZLFA 5P1BA 4OBJA 5P6VA 5P8BA 1TW7A 1FF0C 5P6PA 2MIPA 2AVSA 3S53A 5HU0A 5P14A 3VFBA 1UH9A 5AH9A 5KAOA 1OEWA 5P8AA 3I7EA 7HVPA 3DUYA 2IKOA 5P8IA 3RTMA 2PMAA 3EL0A 4DQCA 3LHGA 1LYBA 4EJKA 1EBWA 4OBZB 5P7JA 3PJ6A 1KJFA 4AA9A 5P2OA 5P3UA 2IGYA 2HIZA 3QRVA 5P24A 2G1RA 5P8HA 3TLHA 4TVGA 1GVXA 4F74A 3DCRA 5P49A 1B6KA 1FLHA 1K6CA 5P8UA 1PSOE 4EYRA 3SPKA 1GNOA 5P78A 4J0ZA 5DQCA 3Q70A 5OZ3A 5P1QA 3O9FA 5B18A 3K1WA 2WL0A 3S7LA 2FLEA 4ZSPA 1XN2A 1HIVA 5P7CA 2AODA 5OZVA 3SFCA 3OXCA 3UF3A 5P0UA 5P8JA 5P5VA 1WBKA 4Y39A 5OZQA 3ZMGA 4MC9A 5IE1A 3SA8A 1FQXA 5IVTA 4OBDA 4Y56A 5P53A 5P3AA 3K4VA 1MUIA 3PM4A 4Y3TA 3ZLQA 3LZUA 1GVUA 5P0BA 5P7TA 5P5RA 5P17A 5P4CA 2BQVA 5P68A 4YOAA 5P59A 3Q6YA 5P1SA 3URIA 1HTFA 5P3YA 5P85A 2PQZA 1W50A 5P2LA 3RVIA 3TKGA 2RENA 1T7KA 5OZAA 5OZUA 4D8CA 3OQDA 5P6RA 4DJQA 5P0OA 3O9DA 4GJBA 4Y43A 4Y3LA 3IA9A 5OZBA 5P5ZA 4LC7A 1B6LA 4Y4ZA 5HE4A 2R8NA 3VF7A 2UPJA 4Z22A 5P6KA 5P58A 5P41A 1BV9A 3OOTA 5P6DA 3PI0A 2WEDA 2G22A 3PCZA 2I1AA 4APRE 4J0YA 4B77A 3QIHA 2ASIA 2B7FA 4ZIPA 3MXDA 1E81E 2I4VA 5P66A 4Y5LA 4F76A 3OUAA 1RNEA 2AOHA 5DQ5A 1HVJA 3PSUA 2G1NA 5P18A 3S43B 5P8DA 4DI2A 5P77A 3UDRA 5C9FA 3OWNA 2NR6A 2F8GA 2CENA 3OU4A 3AUPA 3SACA 4RZ1A 5P67A 5EZZA 3S2OA 4HDPA 1J71A 1HOSA 5P44A 5HE5A 2FMBA 1DIFA 4NJUA 4ZSQA 1MESA 4XKXA 2P3AA 2I4QA 4FRIA 3SA3A 1T3RA 1TCWA 5OZRA 4Y41A 1LS5A 3TNEA 3A2OA 1MRWA 2ZDZA 3QRSA 5P0YA 2R43A 5P7GA 2B8LA 3LPIA 3R2FA 4H3JA 2NXDA 2I4DA 4J1CA 2P83A 1ODYA 4TVHA 3VV8A 1K2BA 2O4KA 5JFUA 1W5XA 2O4SA 5P3QA 4AA8A 4QJ7A 3VYDA 4LXMA 3RSXA 2BBBA 3LITA 1FFIC 4U8WA 1G6LA 5P1XA 5P50A 1QRPE 4HA5A 3S8IA 1G2KA 3NLSA 5JFPA 4Y54A 3EXOA 3DJKA 1MTBA 1MT7A 1APTE 2ZJKA 5P3CA 3NDWA 1HVHA 5P1EA 2AOFA 4OBHA 3ZKMA 2WF0A 1XDHA 5JODA 3JVYA 4R93A 3ZKSA 4BFBA 2ER6E 4BFDA 3T6IA 3G6ZA 3ZKQA 2PSGA 3OUCA 4A4QA 5P7RA 3NDXA 1AAQA 5P2QA 5P7SA 5KR8A 5IVSA 2FDEA 3Q3TA 5HU1A 5P86A 2R9BA 2IRZA 5P39A 3IN4A 5P8MA 4DQGA 5P4NA 3WZ7A 4HE9A 3MSKA 5AHAA 4PHVA 4APEA 5P8CA 5P75A 5OYRA 5P32A 4NJVA 2OHMA 4HDFA 2PH6A 4J5JA 2P3DA 2I4XA 2ZJJA 3L5FA 1DP5A 5P1VA 2Q55A 4GJAA 5OZXA 1MRXA 5P3VA 4YD7A 2QNQA 5P31A 5P12A 5OZJA 1MSMA 3LIQA 3OGPA 3UPJA 3ZPTA 1ZPKA 5P4OA 4FL8A 4D83A 5OYZA 4DJRA 4B70A 2O4LA 1SIVA 4TRYA 1DW6C 5P3FA 4X2LA 5P2SA 4GIDA 1HPOA 5CLMA 2I0DA 3SO9A 4DPFA 4DQBA 4YBIA 4FLGA 5P0FA 1B5FA 2H6SA 5HE7A 4Z50A 2WJOA 2NXLA 4AUCA 3ZKXA 3LIZA 3EM4A 3G70A 5P4AA 1BDRA 4H1EA 3KF0A 4DUSA 1SDUA 3OAGA 4GJ8A 5P1TA 2BJUA 3CKTA 4KB9A 3FX5A 3IVHA 3UDKA 4YDGA 3KT5A 5P5LA 3QBHA 4L1AA 1UH7A 4QJ9A 4ER4E 4CPQA 5P37A 4LL3A 3OU4B 4M8YA 4QJ8A 1LYAA 4B00A 4ACUA 4QJ6A 1ZBGA 2G94A 1T6GA 3INDA 2B7ZA 4FM8A 3KYRA 3NU3A 2Q54A 4EP2A 4GJ6A 4ZSMA 3UDHA 4GJCA 2R5PA 5P4EA 3NUJA 5P34A 3UFNA 5OZWA 4CPUA 1EEDP 3D1XA 3UHLA 3L5CA 3PRSA 3CIBA 3U6AA 4Y5CA 3PEPA 1SMRA 3OHFA 2VIEA 1HEGE 5P48A 4Y4EA 5P57A 3OUBA 4I0IA 5P06A 4I10A 3GGUA 5CONA 3PBDA 5P5AA 5OZ4A 3L3AA 3K5GA 3EL9A 2V0ZC 3OQAA 3UQPA 1IVPA 2VJ9A 3S56A 2APRA 3BVBA 3KFPA 5OZ1A 3PMYA 3FIVA 1FMUA 5P6UA 1HTGA 3VUCA 2CEJA 1HVKA 5P6SA 4Y3FA 4EQJA 3UDNA 1DAZC 4AMTA 3KDCA 5P0KA 1EC2A 1F7AA 2RMPA 3O9CA 3LZYA 4I8ZA 2VA6A 5P20A 4ACXA 2QI7A 5OZIA 5P4ZA 1B11A 1SIPA 3OQKA 4FRKA 3EM6A 5P1IA 1HXBA 2FXDA 5P6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FG8 C;  1BXO A;  2AOC A;  5P0S A;  2V11 C;  3UCB A;  5OZH A;  4Y3G A;  4K9H A;  1UH8 A;  2P4J A;  5BS4 A;  1YX9 A;  3DK1 A;  5P0I A;  2PWR A;  2VA7 A;  2HAH A;  4FAE A;  3PGI A;  5P80 A;  3ER3 E;  1Z1R A;  2G69 A;  5P4I A;  2ZJI A;  1EBZ A;  5P1H A;  4EXG A;  5P1P A;  2HS2 A;  5P69 A;  3VV6 A;  2ZHR A;  2G20 A;  2V16 C;  5P05 A;  3UDY A;  5P0L A;  3ZKI A;  3TKW A;  5OYQ A;  5P4X A;  5P8G A;  1BAI A;  3D3T A;  5P7E A;  1HBV A;  5P28 A;  1LYA B;  2Q11 A;  5P7B A;  1IZE A;  1BWB A;  4Y5K A;  5P0R A;  2JJJ A;  5P62 A;  3O9A A;  3VF3 A;  1K6T A;  4GJD A;  4IVS A;  1C6Z A;  2A1E A;  2IEO A;  5COO A;  2ZGA A;  2VJ6 A;  1SGU A;  4LHH A;  3NXN A;  4BEK A;  5ENM A;  1MT8 A;  1E80 E;  5ER2 E;  3ZL7 A;  5P4Y A;  4CPX A;  3URL A;  3PCW A;  4CP7 A;  4JOO A;  2OHN A;  4MC1 A;  1EAG A;  2A4F A;  3OOZ A;  3LZS A;  4EJL A;  5P8O A;  3OAD A;  4Y4X A;  4Y45 A;  5P0P A;  1NPA A;  4Y3J A;  4Y58 A;  1EPO E;  5P2X A;  4LBT A;  1OD1 A;  3RTN A;  3PWW A;  5P15 A;  3L38 A;  2IL2 A;  4FAF A;  1ME6 A;  2HPE A;  2BPY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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