5P4OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 213
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4oA01
2HB3A 2F3EA 3TOFA 3BUFA 5P5HA 5JFUA 3SM2A 4DUSA 4B70A 4UPJA 4Y3PA 5P4XA 4Y4TA 3INEA 5P3JA 3TH9A 3QS1A 2V10C 3IAWA 3MSJA 2IKUA 5P1DA 3T6IA 4YD3A 5P02A 1MT9A 2AZBA 4WTUA 3S43B 5P7XA 5P8MA 3MXDA 4RCDA 5P17A 5HU0A 3FNSA 5AHBA 2Q11A 4KUPA 4J1KA 3D1XA 4RVIA 3EL0A 1SH9A 1M43A 2Q15A 3DUYA 3H5BA 3GGXA 5P2OA 2NPHA 1B6PA 2PSGA 1LYBB 1IBQA 2RKGA 2QI4A 4GJCA 1EBYA 4ZPGA 1HVLA 1HSGA 5P0RA 2VA7A 3VYFA 3SKFA 3BXRA 3OGQA 5P56A 4LAPA 1RV7A 2BPYA 5AH9A 4JECA 2V11C 3OXXA 2VA6A 5P3BA 4Y53A 1K1TA 4J1EA 2VJ9A 3NWXA 5P45A 4CPSA 4A4QA 1E82E 3CKTA 3RU1A 1T7KA 4Y5CA 5P3YA 5P5ZA 4A6CA 2CENA 5OZHA 4DJXA 5P88A 5P8FA 1IIQA 5P0MA 5P6NA 3AIDA 5P0ZA 4OC6B 3ZL7A 5P5MA 1JLDA 2IL2A 1FQ7A 5P0SA 4Q1YA 2PSVA 3HW1A 4D8CA 1RPIA 3K5FA 1E80E 4F76A 2HC0A 3UQUA 1FQ4A 2VIJA 5P3EA 3HAWA 3DJKA 2XFJA 2A1EA 3SQFA 1IZDA 5COOA 1C6YA 3UQXA 3PEPA 2P8HA 1MTBA 5P0QA 5P3WA 5P15A 3PSYA 3VEUA 3UQRA 5P3PA 2AVSA 2QZLA 2R8NA 1CPIA 3S56A 2HM1A 3U6AA 5APRE 4Z22A 2G69A 3ZOVA 5ENMA 5P5EA 5P7YA 5P6FA 5P3XA 3QROA 4RVXA 2HB2A 4DQFA 5OYQA 3TKGA 5P2CA 1HXBA 4Y3DA 4FRJA 5P8IA 4I0HA 2ZE1A 4HZTA 3D1YA 3SPKA 3UFLA 2ER7E 5P6GA 5P61A 5P6XA 3S43A 3SABA 1A30A 2WF3A 3LPIA 4DJVA 3U7SA 4DVFA 3UQWA 3LHGA 3L5DA 4IVTA 5P3RA 5OZUA 3LIYA 2ZJIA 5P0GA 4JOOA 1ZSFA 1TCWA 2G1YA 4QJ7A 3UHLA 1LYBA 3DV5A 5P82A 5P7OA 5P6VA 3RSXA 2H6SA 3L59A 1ZPAA 4PZXA 4CMSA 1HHPA 2QMGA 1FG6C 2ZHSA 4I10A 5P5JA 1HIHA 5P37A 4EPJA 5DR7A 5P0JA 3LIZA 8HVPA 4B1EA 1DAZC 4ZE6A 4EWOA 5I3XA 1HTGA 4YD6A 1GKTA 5P8JA 5J25A 5P5TA 1XS7D 4Y45A 4QJAA 5HCTA 1FKNA 5OZGA 4J54A 3SM1A 4Q5MA 3OUAA 3DOXA 4Y3RA 2FGUA 5OZ2A 2QZWA 2NTRA 4Y4BA 5P7LA 4GJ9A 2VIZA 3O9HA 4OC6A 4OBFA 4AA9A 1ZAPA 5P7HA 3ST5A 5KOQA 5DR3A 5OZIA 5IVRA 5P6YA 3OK9A 4Y4UA 1T7JA 3PBDA 4Y3MA 4HVPA 3INFA 5P7BA 5P2MA 2VKMA 4EJDA 5P83A 3LITA 5OZCA 3KT5A 4Y5NA 3HVGA 4EQJA 4Y3HA 2Z4OA 5DR4A 5P64A 5P07A 1NH0A 1A8KA 5P11A 2OHUA 4OD9B 5P3AA 2R43A 5P38A 2IRZA 2I1AA 5P0WA 1TW7A 4FCOA 4XX4A 4Y50A 4H3JA 1FFFC 1YM4A 2QD8A 3EKXA 5P6PA 5TOLA 5P7CA 2R5QA 5AH6A 3T7QA 4Y3EA 1LZQA 1BDQA 5P5IA 5P6EA 1YT9A 5P7NA 5P1QA 5P89A 5P4AA 4GZFA 4K9HA 3LZSA 2Z54A 3TOGA 5SZ9A 1AJVA 1D4YA 1HTRB 1SDTA 3JVYA 5OZ9A 5P0YA 4Y44A 4RRSA 5ENKA 5SXNA 1K6PA 3PGIA 4FAFA 3WZ8A 5P75A 3S45A 1EAGA 5P5GA 4J17A 3VF5A 5P4WA 3Q4BA 1ODWA 2OAHA 5P5PA 4L7GA 4YBFA 1FQ6A 3DM6A 3SA3A 3NXEA 3OHFA 4NJSA 4LXKA 1AAQA 4WY1A 5P8LA 3OAGB 3K5CA 3LPJA 5HDUA 1ZLFA 5P18A 1XDHA 4Y5AA 4RROA 5P0FA 1GVUA 1DIFA 3O9BA 4GJBA 4ZEAA 3M9FA 3QBFA 5P0IA 2F3KA 4PPHA 1K2BA 1APWE 5P8BA 4XKXA 4I8WA 5P2RA 5P10A 2B60A 2FDEA 3UDYA 3ZPUA 4APEA 2HS1A 5OZZA 3OADA 2O4LA 5P5UA 2XYFA 1T6EX 3K5DA 1AZ5A 2B7ZA 3VF7A 4Y5BA 2WJOA 4BFDA 1FQ8A 1FMUA 1KJFA 4Y58A 1HIVA 7HVPA 5P0CA 3VFAA 1APTE 3BGBA 4TVGA 5P3SA 4CPWA 5P53A 5P8SA 5OYTA 5P6QA 3SA9A 3FNUA 3APPA 1EEDP 2JXRA 5P5BA 2ZHTA 5P7KA 1APVE 3MXEA 4YCKA 5P80A 2QAKA 2QI3A 1EBKC 5P8HA 1TCXA 5P6BA 3QVCA 1XE6A 2QHYA 4KB9A 2B8LA 2ZYEA 4R93A 4Y5KA 5P4JA 4YE3A 4D83A 3BVBA 3N3IA 2FS4A 5OZ5A 4H3GA 5EZZA 4F75A 2R38A 5P5WA 3R4BA 5P3CA 5P3OA 5P2DA 5P0HA 1AJXA 5P2BA 1C70A 5C9DA 1NPVA 5F01A 3CICA 5P23A 2BPWA 1IZEA 5P6IA 2OHNA 5HDVA 3C9XA 3VCMA 4Z50A 3PSGA 1HPOA 3BVAA 4Y35A 5P7FA 3VYEA 1FF0C 3U71A 2PK6A 4RZ1A 3SKGA 2WF4A 4Q1XA 2NMZA 3SA7A 5P4HA 4IVSA 5P1XA 5P8RA 4DI2A 1SMRA 2AOGA 5F00A 3KA2A 1LF2A 3OAGA 3TOHA 4YCYA 5P5NA 5P4TA 2QK5A 1UH9A 3O9IA 2FDPA 5P08A 2OHQA 2F3FA 4B1DA 2VNNA 4M8XA 3OXCA 3OUBA 1CMSA 4WY6A 4Q1WA 2QHZA 1B6JA 5OZ8A 5OZ6A 4EXHA 5P2VA 5P54A 3ZKXA 2OHLA 3A2OA 3CYXA 5HE5A 5P36A 4ER2E 2ER6E 3VV8A 1RNEA 1D4JA 1ER8E 5P4VA 5P6ZA 1PFZA 2QZKA 3ZKSA 2R3WA 3BHEA 4OBGA 4MC2A 4U7VA 4FS4A 4YD4A 5P3UA 3O9FA 1WKRA 3QP0A 5DQ5A 4L1AB 3PWMA 4FRSA 4Y3ZA 3OTSA 3URIA 2PQZA 3UQPA 2PSUA 3NU9A 4Y3AA 5OYSA 4FRKA 2AODA 5P0TA 2NXLA 1EPLE 1ZSRA 3R0WA 4DJOA 2QMFA 3Q3TA 5P7TA 5IVQA 3KDCA 4ACXA 5P5QA 1NPWA 2IS0A 2AVMA 5P4IA 3L58A 2WEBA 1KJHA 5P04A 4BEKA 4YOAA 1MT8A 1W6IA 1EBZA 4L7HA 3L5FA 5E5JA 2G1NA 5P4PA 3GI5A 3HLOA 1ME6A 5P1PA 5DGUA 2OHRA 1MVPA 2ZJHA 5P5FA 5P3ZA 1AIDA 2HAHA 3MSKA 4JPCA 5P6KA 5P0OA 1MSMA 2ZHVA 3GGUA 2V0ZC 3K1WA 1K6VA 1E5OE 1UPJA 2WF0A 2VJ6A 4MC1A 3DK1A 1UH7A 3L5EA 1T7IA 5P1MA 4FSEA 5KAOA 3PWRA 4GB2A 4Y3YA 5P7QA 1ZPKA 3S8IA 2Q3KA 5P6JA 3GI0A 3I7EA 1YTIA 3QBHA 1BDRA 3FV3A 4L6BA 5P66A 2G21A 3LZVA 5P4SA 1GVWA 5ISKA 5P7SA 9HVPA 2PMAA 3NU3A 1G2KA 1SGZA 4RCFA 1EPME 5BWYA 5DQ2A 2PH6A 4JPEA 5P72A 5P73A 2J9KA 3KDDA 1OEWA 1FMBA 1PPLE 5OZJA 3GI6A 1D4LA 5P6UA 5P7UA 5P13A 5T4SA 4YD7A 3ZKGA 3EKTA 3TPRA 3ZMGA 1IDBA 5P5CA 1EC0A 1HVIA 2QI0A 4YBIA 2FXDA 4RVJA 4Y4ZA 5HE4A 4J0YA 4ZIPA 1IZHA 1HSIA 5P8VA 1EPOE 2AVOA 3PHVA 4LXMA 5P05A 3UDRA 2I4QA 5DR1A 3CIBA 4E43A 1XE5A 5P6SA 4RYCA 5P7IA 5P4YA 5OZQA 3EBZA 4Y3WA 1YTJA 2F8GA 5I70A 3AUPA 5P63A 4L1AA 1EC1A 4FSLA 5OYWA 3PWWA 1SIVA 2VA5A 3QVIA 2V12C 1D4KA 3EKVA 3PBZA 3H0BA 1U8GA 3DCRA 4U7QA 5P8KA 5AH7A 5P6MA 3KFSA 5P69A 2P3BB 1W50A 4DQEA 4EJ8A 1EC3A 2H6TA 4D85A 3Q6YA 2NR6A 3LIQA 1GVTA 2P3AA 4FIVA 4D89A 5P2IA 1T3RA 4YDGA 2V16C 1BWAA 2ZDZA 5P1EA 4TRZA 3GGAA 2O4SA 1MIQA 2ZHUA 4Y4GA 2VIEA 3HBOA 4EJKA 5P4FA 3ZKIA 3NR6A 1HVHA 3OU4B 3B80A 1MRXA 4EYRA 5P0UA 4JP9A 5SY2A 2RENA 4DPFA 5BRYA 2AZ9A 4NPTA 5KQXA 5P1IA 5P2XA 1MERA 3D3TA 4DJYA 2I4UA 1EPRE 3EC0A 5P8PA 2P3CA 5P35A 4H1EA 5P42A 4H3FA 3EKQA 1D4HA 5P33A 1IVQA 4D88A 3IGBA 3OXVA 3SACA 3ZPTA 5P70A 1B6KA 5OZ0A 4PYVA 1PSAA 4FRIA 5P0KA 1TQFA 5P30A 5C9FA 2IEOA 2FXEA 4DQBA 1C6ZA 2RKFA 2UY0A 1PROA 1B6LA 2XFKA 2IENA 5ER2E 2VJ7A 5P6RA 1QBTA 4N00A 5P22A 3VUCA 1HVCA 5P39A 1D4IA 2BJUA 5P2ZA 5P0VA 1HVKA 3OADB 4ER1E 3NSHA 4HLAA 3RSVA 4GJAA 4LBTA 1NSOA 4GYEA 4AMTA 1KJGA 2NXMA 4Y37A 2BB9A 3QPJA 1TZSA 5P1LA 1PPKE 3R2FA 4LXAA 5SY3A 5OZ1A 3KFNA 4I0FA 3APRE 3FX5A 1MESA 4J1FA 3K4VA 4HDPA 5JFPA 3KFPA 2JYSA 1QS8A 1LEEA 2FNSA 4ER4E 2FGVA 2P3BA 5P0AA 2PYMA 5P67A 3NDTA 1TSQA 3PVKA 4R8YA 5P5LA 5P5AA 1FFIC 4HA5A 4I0GA 3QN8A 2UXZA 4Y4AA 5P3TA 2QD6A 1LYAB 5P0NA 4DH6A 1QBUA 5OYVA 1BXQA 5HE7A 4J5JA 1W5YA 5P1GA 1TSUA 5AH8A 4LC7A 3OQFA 3IA9A 2G1SA 4GJ6A 3WB5A 4M8YA 3OU4A 1ENTE 5OZWA 1EPPE 1G35A 3NWQA 3OHHA 4FGXA 1HSHA 3O9DA 1HPXA 3O9EA 4HE9A 3SA4A 2HS2A 5I3VA 4Y3LA 5P4GA 4NJTA 1HBVA 3SLZA 3F9QA 2WKZA 4YA8A 2OHSA 5P14A 3TKWA 2VS2A 4I11A 1EBWA 3TPPA 2F80A 1PPME 3NU6A 1YG9A 1MSNA 1FIVA 4OBHA 3D1ZA 3PI0A 3HAUA 3OQDA 4LP9A 5P77A 1BDLA 5P51A 2QP8A 4Y3FA 1KJ4A 2WHHA 3Q70A 5P25A 5P57A 5OZDA 1QBSA 5P8AA 1BXOA 1ODYA 3EL4A 4R91A 4Y3GA 3OU3A 5P1JA 4Y5PA 4Y3SA 4CKUA 3UDQA 5P31A 3MWSA 3CMSA 3UDJA 4ZPFA 4RGHA 5DPZA 3K5GA 5P49A 3L5CA 2BPVA 5OZXA 1BVEA 5P6TA 1FEJC 5OYRA 1G6LA 3KMYA 3URJA 5P65A 4EP2A 5P3HA 5IE1A 1WBKA 3T7XA 3O99A 1LV1A 3RTHA 3OWNA 1SP5A 2QD7A 1AVFA 3RTMA 3RVIA 4EHCA 1GNOA 3L3AA 1FMXA 5P7EA 4B05A 4GJ7A 3S7LA 2QZXA 3EKPA 1GVVA 5ISJA 5P5OA 5CLMA 1IZIA 5OZKA 4I12A 5KOSA 3EM6A 5JODA 5OZ7A 5P3IA 1Z1RA 3BC4A 3WZ6A 3LZYA 4YOBA 5P2HA 5OYZA 3WSJA 1LYAA 5P81A 4J1HA 1AM5A 2IGXA 5P20A 4Y4JA 2I0AA 3O9LB 5P8DA 5P0EA 3NU4A 5P47A 1DMPA 4YHQA 1YM2A 5P2JA 2OHTA 3KDBA 5P0XA 2FIVA 4RYGA 5CONA 2ZJNA 4I1CA 3EM4A 3OUDA 5IVTA 1EPNE 1HEFE 3IXKA 5P48A 4PHVA 5OZFA 4DJUA 2R3TA 1M4HA 2JJIA 5COPA 2R9BA 4AUCA 3VYDA 1ZP8A 1HPSA 4HDBA 3T7PA 2QNPA 1BIMA 5P4OA 3KM4A 3WB4A 3SA8A 5P0PA 2AOFA 1A8GA 1DW6C 2G94A 3NDUA 3UDKA 4BELA 6APRE 4B77A 1QRPE 5OZAA 3HZCA 5P0LA 2F81A 2G1OA 5P06A 3VFBA 2IGYA 4QJ2A 3LPKA 1FQ5A 4S1GA 1MEUA 3QI1A 1META 5P1NA 5P7AA 4ACUA 2B7FA 4QJ9A 1MUIA 4Y39A 3OGPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HB3 A;  2F3E A;  3TOF A;  3BUF A;  5P5H A;  5JFU A;  3SM2 A;  4DUS A;  4B70 A;  4UPJ A;  4Y3P A;  5P4X A;  4Y4T A;  3INE A;  5P3J A;  3TH9 A;  3QS1 A;  2V10 C;  3IAW A;  3MSJ A;  2IKU A;  5P1D A;  3T6I A;  4YD3 A;  5P02 A;  1MT9 A;  2AZB A;  4WTU A;  3S43 B;  5P7X A;  5P8M A;  3MXD A;  4RCD A;  5P17 A;  5HU0 A;  3FNS A;  5AHB A;  2Q11 A;  4KUP A;  4J1K A;  3D1X A;  4RVI A;  3EL0 A;  1SH9 A;  1M43 A;  2Q15 A;  3DUY A;  3H5B A;  3GGX A;  5P2O A;  2NPH A;  1B6P A;  2PSG A;  1LYB B;  1IBQ A;  2RKG A;  2QI4 A;  4GJC A;  1EBY A;  4ZPG A;  1HVL A;  1HSG A;  5P0R A;  2VA7 A;  3VYF A;  3SKF A;  3BXR A;  3OGQ A;  5P56 A;  4LAP A;  1RV7 A;  2BPY A;  5AH9 A;  4JEC A;  2V11 C;  3OXX A;  2VA6 A;  5P3B A;  4Y53 A;  1K1T A;  4J1E A;  2VJ9 A;  3NWX A;  5P45 A;  4CPS A;  4A4Q A;  1E82 E;  3CKT A;  3RU1 A;  1T7K A;  4Y5C A;  5P3Y A;  5P5Z A;  4A6C A;  2CEN A;  5OZH A;  4DJX A;  5P88 A;  5P8F A;  1IIQ A;  5P0M A;  5P6N A;  3AID A;  5P0Z A;  4OC6 B;  3ZL7 A;  5P5M A;  1JLD A;  2IL2 A;  1FQ7 A;  5P0S A;  4Q1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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