3TLHA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed withan efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEIN (PROTEASE)
publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (clone 12)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tlhA00
4Y5MA 5P1UA 3FKTA 5P60A 5P6LA 4DQBA 1B5FB 5SY2A 3NUJA 2JJIA 3TPPA 4Y3NA 1UH8A 5OZBA 3NU4A 3EKPA 5P8UA 2HM1A 2ER0E 5P3KA 2ZHRA 3HDKA 1RQ9A 1N49A 2BKSA 3H0BA 2Q63A 3BRAA 3GI4A 4CPWA 3BUGA 4FL8A 3IXOA 3FV3A 4K8SA 5P68A 5P7XA 4H3FA 2QI0A 3IN4A 1K1TA 2QU2A 1ZAPA 1ZPAA 3DV1A 2AQUA 1TCWA 1MIQA 5CLMA 3K4VA 5P47A 3QP0A 4RLDA 1MTRA 3RTHA 4XKXA 5P66A 5P1GA 4COEA 5OZQA 1K6CA 3UPJA 2B7ZA 2B60A 5P27A 5P83A 4WTUA 5DGWA 5P6VA 5OYWA 5P8TA 3TPLA 5P69A 3KN0A 4D89A 1UH7A 2QI5A 4LXAA 1META 5P0BA 2HC0A 4Y3QA 3UF3A 4Y53A 1FG6C 3CIDA 4KB9A 5P8PA 5P7UA 4NKKA 2BQVA 3O9CA 3GI5A 3SM2A 3LZSA 3ZMGA 1IVQA 2G21A 5P2HA 1MPPA 4LC7A 5P46A 4DJYA 5P2NA 3TOHA 4R5NA 3UDPA 3UFLA 3JVWA 2Q5KA 4AA8A 3R2FA 3NYGA 4GJ6A 4Y38A 2NXMA 4QJAA 1HVCA 5OZ8A 2G1YA 5P35A 1EBKC 2NXLA 5P61A 3UQXA 3CKTA 5P6KA 1ZLFA 1ODXA 3KYRA 3VYFA 1C6ZA 1EPQE 4L7HA 3IVIA 4OBFA 3EKWA 4Q1XA 1FQ5A 4I0DA 1SDVA 1SDUA 3S56A 5P3TA 5C9FA 1BIMA 1BV7A 5P7DA 4I0JA 3S85A 3PLLA 5P3XA 4DPIA 2V11C 4GJAA 4MC9A 3EM6A 2NTRA 5P2UA 3RU1A 3QVIA 1QBUA 2AOFA 4ZSMA 5P0SA 1EPPE 5OYVA 3WZ8A 2XFIA 2J9KA 2FDDA 5DQCA 2ZHTA 4Y5EA 3ZL7A 1BAIA 2I1AA 2P3DA 4I8WA 2BB9A 4CPUA 4QLHA 4BFBA 4EP2A 4DQCA 3O9FA 3NDUA 2I4XA 5P5KA 3VV8A 2F80A 4Z22A 3Q70A 1WBKA 1ZPKA 5KOQA 4FM6A 3GI0A 4F75A 4RROA 4FE6A 5OZ9A 3OADB 1M4HA 3DV5A 4IVSA 2ZJLA 1CZIE 3KMYA 1NPVA 5P1QA 1YTIA 3OXWA 5P0XA 3GGVA 3OTYA 1T7IA 3DM6A 3Q6YA 5TOLA 4A6CA 2PC0A 3MSJA 4RVXA 4Y4JA 3OOZA 5BS4A 5P28A 4Y4WA 2QCIA 2AIDA 2R9BA 3S43B 1DP5A 4LBTA 1TQFA 5DQ4A 1FQ4A 3VCMA 2G69A 1ZSRA 5P3DA 5P5GA 5P0MA 1A30A 1HBVA 2FXDA 2QAKA 5P0IA 3KMXA 4U7VA 5OZAA 4N00A 3EM4A 5OZVA 5P3PA 2OHSA 5P6WA 3K4VC 2QP8A 2AZCA 5JG1A 5P72A 4EQ0A 5P7VA 2G22A 2MIPA 5P5EA 5P1SA 4Y39A 5OZ5A 5P3GA 2Q54A 4Y3GA 3KFRA 5E5JA 1IZHA 4TRYA 5P7BA 1HTFA 4B05A 3WSJA 4R95A 4K9HA 5KQZA 5P0FA 1U8GA 4Y3AA 5C9DA 2QHYA 5P7LA 4LHHA 3MSKA 5OYYA 4YA8A 3D1YA 5P3NA 5OZFA 5P74A 5F00A 3PWMA 4I11A 1ZP8A 3BUFA 2O4NA 5P44A 3OQFA 1LYWB 5P6JA 5P4NA 5P2ZA 1PPME 5P2OA 5P80A 4J17A 4YD4A 5P23A 2VIYA 2F3KA 5P2EA 3HBOA 3FIVA 5P7QA 1UPJA 1MT7A 5P6IA 1B11A 1IZIA 5OYTA 2BPWA 3S54A 2PMAA 3L5EA 3PBZA 3OADA 2P3AA 5P81A 5P5CA 3OUDB 5P26A 5IVQA 3OGQA 5P03A 1W6IA 4H3IA 4Y5LA 5P6ZA 2QD6A 3S43A 4RCDA 2A1EA 3UFNA 3PCWA 3VYDA 5P18A 4FSEA 5HDXA 1YG9A 2VA7A 3VLAA 5P1FA 2QMFA 4D85A 2UXZA 1MSMA 3T3CA 3QN8A 3O9IA 3EC0A 2I0DA 2AOJA 3A2OA 5SY3A 5P5BA 4I0IA 3INHA 1HVRA 3BUHA 5AH9A 3OXXA 4AZYA 5P78A 5P48A 3UDNA 3I8WA 4H1EA 4RGHA 1SH9A 5P0JA 2ZYEA 4L6BA 1HEGE 3D91A 1FIVA 1NPAA 1PPLE 5FIVA 2IEOA 5P8BA 5P0AA 3D1XA 1DMPA 3MXEA 3OU1B 5OZRA 4Y4EA 3TPRA 3L5CA 4JPEA 3SQFA 2OHNA 4Y3DA 5P0DA 3O9HA 5P5XA 2OAHA 4BEKA 1IZEA 1SMRA 2IKOA 5P17A 1Z8CA 3VSWA 4DJOA 4QJ7A 2APRA 2QZWA 2O4PA 5P22A 5OZ7A 5OZZA 2R3TA 2OHKA 4X2LA 5P84A 4Y43A 4LL3A 5P34A 1JLDA 4KE0A 5P4JA 1AIDA 5OZ1A 1AJXA 3F9QA 3LZVA 4B0QA 1E81E 4Y4DA 5OZIA 5P8DA 4CPXA 4RRSA 4YD3A 3KDCA 5P50A 1D4IA 5P1AA 4Y51A 1GNNA 5P7JA 5P2SA 1A94A 5DR4A 1TCXA 3PRSA 4CPRA 1GKTA 1YM4A 5P5MA 4YHQA 1XE6A 5HE4A 3OXVA 1AZ5A 1GVXA 4FRKA 3UQWA 2ZJJA 3ER3E 4PZWA 2VA5A 3K5DA 3JW2A 3FNTA 3VF7A 5P10A 1UH9A 5I3XA 5P71A 4Y3TA 3QI1A 2OHRA 5P0HA 4NJVA 2V16C 5HE5A 4PYVA 1MUIA 2AZBA 3INDA 3HVGA 1ENTE 4CPQA 4F76A 4B1EA 3ZKQA 1YTJA 4K4QA 3TKGA 2Z54A 2PWCA 4PEPA 5DQ1A 2HS2A 1VIJA 2R43A 4I8ZA 4J5JA 3I6OA 4QJ9A 4RRNA 5P0YA 3CIBA 4Y5AA 1QBTA 2ER9E 1MEUA 4BFDA 5P0GA 2R5QA 3OU1A 5P2MA 1WKRA 5BWYA 5P25A 1XS7D 3I2LA 5P6HA 1MTBA 5P6FA 2V12C 4TVHA 3S7LA 3ER5E 1APVE 5P4LA 3HD8A 1RPIA 4TRWA 5DR1A 1OEWA 3KDDA 5AH6A 3S8IA 5KOSA 1HVIA 2I4UA 4ER1E 2XFJA 4Z2ZA 2OHPA 5P8IA 1TSQA 4Y5GA 4I0EA 3NU5A 1SIPA 1K6VA 4FSLA 1PSOE 1W5WA 4J0PA 5P2BA 4HZTA 4EYRA 3QBFA 2AOIA 3R0YA 5P5AA 2R8NA 2PSVA 1FLHA 4Y3ZA 5UPJA 4J1EA 2B42A 5AH8A 3IGBA 2B8LA 5OZSA 2O4KA 3D3TA 4PPHA 4NJSA 2ASIA 3CMSA 2RKFA 5OZ6A 5P1WA 5P6TA 3NWQA 2WF2A 4DJXA 2BBBA 5P82A 3RSXA 3NDWA 5P6RA 3L59A 1G6LA 4Z50A 3SACA 3FNUA 5P4ZA 1HXBA 3BXSA 5ISKA 5P29A 2FNTA 4EP3A 4H3JA 2RSPA 1HVJA 4E43A 4YDGA 3SKGA 1B6JA 3S53A 3Q5HA 5AGZA 4DQHA 4EPJA 2BPVA 1K6TA 2G26A 4DQFA 5P2XA 2PQZA 3ZPSA 1IIQA 5P1CA 4PZXA 2P83A 3SA8A 3UQRA 5EZXA 2G24A 3KDBA 2Q64A 5P65A 5P7ZA 4QJ8A 4L1AB 5P8KA 4FIVA 3T7QA 3VFBA 4B1CA 2QI4A 4B77A 4YCTA 5OYXA 2IGYA 5P11A 1B6KA 1BVGA 5P6GA 1IDAA 4Y3YA 5KR2A 2PSUA 2AVSA 3LIZA 1FQ8A 5OZLA 1OHRA 3QIHA 4OBJA 4JP9A 4DFGA 5P3WA 4ACXA 4Y3WA 4DJWA 1EPLE 3TTPA 2PSGA 5OZXA 1BXOA 2ZE1A 1KJHA 3ZOVA 1LS5A 4GJCA 5HDVA 1ODWA 2Q15A 2VIEA 5DR8A 2B7FA 5CONA 2QI1A 2AVOA 2ZJIA 3QAAA 4NJUA 4J0TA 5P0KA 5SXNA 1B6PA 4Y36A 3VV7A 4D88A 4J1FA 1FMBA 1LYBB 2F8GA 3KFPA 4Y58A 5P09A 3T7XA 2HPFA 4QJ6A 2OHMA 3EL4A 5P4QA 1BWAA 5P2JA 1B5FA 5P37A 5KQFA 5P1HA 5P8NA 1SP5A 4Y4TA 5OZ2A 5OZNA 3BXRA 5P2CA 2P3BB 3WZ6A 3CKRA 3FNSA 4DJUA 5P3FA 3QS1A 1PPKE 4Y3EA 3EKVA 3UCBA 4HA5A 1AVFA 3EKTA 1W5VA 1RL8A 2QI7A 2A4FA 3SKFA 4I0ZA 1SMEA 4KUPA 2JJJA 3SA7A 3ST5A 3SA3A 2F3FA 3VFAA 3O9BA 4MC6A 3OUAA 3R1GB 1XDHA 3LNKA 3APRE 4RYGA 4A4QA 3IXKA 3UDRA 3UDYA 3L38A 3PSGA 5PEPA 5EZZA 3SABA 2P3CA 4EJLA 4NPTA 4ZIPA 4D8CA 3T6IA 3TOGA 5OZWA 2QHZA 5P7RA 4ER4E 2ZJMA 3R4BA 8HVPA 1C6YA 4MC2A 3LIVA 4QJ2A 5P30A 2PH8A 2NPHA 3HZCA 1LEEA 3NR6A 5OZTA 5P15A 5P2DA 5P2GA 1LF2A 3PHVA 5P4TA 2WHHA 5P8QA 5P4EA 3DCKA 2BPYA 5P8HA 5OZMA 2WKZA 5P3MA 4HVPA 4YCKA 5P07A 1F7AA 5P1JA 4ZSRA 1FMUA 2QD8A 3AUPA 2R38A 5P42A 3INFA 4BELA 1T7KA 5JFPA 5OZ3A 3ZPTA 1LYBA 5P0NA 4FS4A 5P73A 4GJ7A 1HPXA 2WL0A 3EL9A 5P01A 4WY6A 5P1DA 4Y44A 5HE7A 2HIZA 5B18A 4APEA 2QI3A 2WF3A 2QZLA 5IVTA 2R5PA 3HAWA 3PCZA 5AHCA 4J1HA 5P6XA 4Y5PA 3OWNA 5P8RA 1APUE 2WJOA 3EMYA 1EPME 2G1SA 1DIFA 1OD1A 1FQ6A 4Y4AA 2B8VA 1D4JA 3VSXA 1MRXA 5P1OA 2UPJA 4CKUA 1QBRA 4YBFA 5P0ZA 2IQGA 4EJDA 3PI5A 4Y37A 2WEDA 5P58A 3ZLQA 3TH9A 5P7SA 4YOBA 4GJ8A 2FLEA 3LZYA 1KJGA 2Q11A 3QRVA 3KT2A 3B7VA 4K4RA 5P5WA 2BJUA 1MESA 3BVBA 5P31A 1EPOE 1GVUA 3OY4A 2OHQA 3WZ7A 3PEPA 3VYEA 5BRYA 1MERA 1FG8C 9HVPA 5E5KA 2FGVA 3NSHA 5P4CA 5I3WA 6FIVA 3O99A 2VS2A 4F74A 4JOOA 1PROA 5P7NA 2HB3A 3FX5A 1A8GA 5IVSA 5P4BA 4EXGA 2G1NA 5P16A 2OHLA 4Y48A 3QROA 2QMPA 5OZPA 4EHCA 5P33A 3L5FA 2PYMA 1G0VA 4FRIA 5DQ5A 2HAHA 4I0HA 1BV9A 1W6HA 1QBSA 1Z1RA 2AVVA 1QDMA 1BILA 4I1CA 5P4RA 4FM8A 5P6EA 3PMYA 5P08A 3OAGB 5P1BA 3VEUA 5P7EA 3OOTA 5P04A 2ER6E 2IKUA 3TL9A 4FRJA 5P86A 1HVLA 5HD0A 5P57A 3IN3A 3LHGA 3ZKGA 4GJ5A 5KQXA 1YX9A 3LZUA 4D83A 1EC1A 1MT9A 3NLSA 3QVCA 2PK6A 2RENA 2WECA 2JYSA 3EL1A 1HSIA 4R91A 2NMZA 2AOCA 1HIHA 1HSGA 3TPJA 1ZTZA 1W50A 3OQKA 2Z4OA 4H3GA 2VIZA 5P3QA 4YD5A 4CP7A 5P85A 1ODYA 2NNPA 2I4QA 4B1DA 4HEGA 4RCFA 4U7QA 2WEZA 3INEA 3UQPA 5P3BA 3CYWA 4HLAA 3OU4B 1D4SA 2NXDA 1G35A 3DJKA 1CMSA 1XL2A 4R93A 2V0ZC 5P3SA 1W51A 4L7GA 5OYUA 1LYWA 1HVKA 5OZCA 5P3LA 5P55A 3U6AA 3R0WA 2H6SA 3UDKA 4M8YA 1FF0C 4XXSA 3T7PA 5P7PA 1HWRA 2FNSA 2RKGA 4Y57A 1T6EX 4EXHA 3PLDA 2R3WA 5DGUA 2BKTA 3D1ZA 5P6SA 4B70A 3SA6A 2ZHVA 2UY0A 3O9GA 5P52A 5P1MA 2QU3A 4R92A 5KR1A 3PM4A 3ZKNA 5JODA 1AJVA 5P62A 4NJTA 5P4OA 3IAWA 5P6BA 4Y3RA 2O4SA 2PYNA 2F3EA 3OUDA 2WF1A 5P53A 5P64A 2HS1A 3ECGA 3VG1A 1LF3A 3WB5A 1FQ7A 5P0OA 4XX3A 2AOEA 5ENKA 5KAOA 5AHBA 2AVMA 4GMIA 3URLA 5P3YA 5P5LA 2HB2A 5P7GA 4NPUA 3TLHA 3U71A 1IVPA 4Y3SA 2IGXA 5P1NA 3VF3A 2FGUA 5P32A 5KR0A 3D20A 5P6PA 2BPZA 5P1PA 5P6QA 3G70A 1YTHA 2FDEA 3O9DA 1EPRE 5P4SA 3RTNA 4I12A 1BBSA 2ZGAA 5P24A 1FEJC 4WY1A 1GNOA 5P59A 4OBKA 2AVQA 4YD6A 2JE4A 2ER7E 2ZDZA 4RZ1A 3HVPA 5OZ0A 1OEXA 1HVSA 3JVYA 4U8WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5M A;  5P1U A;  3FKT A;  5P60 A;  5P6L A;  4DQB A;  1B5F B;  5SY2 A;  3NUJ A;  2JJI A;  3TPP A;  4Y3N A;  1UH8 A;  5OZB A;  3NU4 A;  3EKP A;  5P8U A;  2HM1 A;  2ER0 E;  5P3K A;  2ZHR A;  3HDK A;  1RQ9 A;  1N49 A;  2BKS A;  3H0B A;  2Q63 A;  3BRA A;  3GI4 A;  4CPW A;  3BUG A;  4FL8 A;  3IXO A;  3FV3 A;  4K8S A;  5P68 A;  5P7X A;  4H3F A;  2QI0 A;  3IN4 A;  1K1T A;  2QU2 A;  1ZAP A;  1ZPA A;  3DV1 A;  2AQU A;  1TCW A;  1MIQ A;  5CLM A;  3K4V A;  5P47 A;  3QP0 A;  4RLD A;  1MTR A;  3RTH A;  4XKX A;  5P66 A;  5P1G A;  4COE A;  5OZQ A;  1K6C A;  3UPJ A;  2B7Z A;  2B60 A;  5P27 A;  5P83 A;  4WTU A;  5DGW A;  5P6V A;  5OYW A;  5P8T A;  3TPL A;  5P69 A;  3KN0 A;  4D89 A;  1UH7 A;  2QI5 A;  4LXA A;  1MET A;  5P0B A;  2HC0 A;  4Y3Q A;  3UF3 A;  4Y53 A;  1FG6 C;  3CID A;  4KB9 A;  5P8P A;  5P7U A;  4NKK A;  2BQV A;  3O9C A;  3GI5 A;  3SM2 A;  3LZS A;  3ZMG A;  1IVQ A;  2G21 A;  5P2H A;  1MPP A;  4LC7 A;  5P46 A;  4DJY A;  5P2N A;  3TOH A;  4R5N A;  3UDP A;  3UFL A;  3JVW A;  2Q5K A;  4AA8 A;  3R2F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CPT A;  3PGI A;  2QK5 A;  3OQD A;  2OHT A;  5P8M A;  5P36 A;  5HCO A;  2O40 A;  4I0G A;  5P5T A;  4L7J A;  3SA9 A;  1ER8 E;  4GJD A;  5OZH A;  5P5V A;  5P6Y A;  5OZE A;  1T7J A;  1A9M A;  5OYR A;  4Y54 A;  5AH7 A;  5P2K A;  2BPX A;  1FB7 A;  3T11 A;  3ZKX A;  3GGA A;  4Y41 A;  5P54 A;  5P5F A;  3TKW A;  2AOH A;  5P1V A;  5P41 A;  4OD9 A;  2PH6 A;  2QZX A;  3NWX A;  5P0R A;  5P76 A;  5P87 A;  2VA6 A;  3ZKI A;  5P2W A;  5P8A A;  1B6L A;  3NU3 A;  2ZJN A;  2OHU A;  5ISJ A;  1ME6 A;  3EKX A;  1ZSF A;  2I0A A;  2AZ8 A;  1GVT A;  3DCR A;  1KJ7 A;  5P39 A;  4TVG A;  3IA9 A;  4RCE A;  3CYX A;  4EJK A;  3O9L A;  4Y9W A;  5P7M A;  5P1L A;  3S45 A;  3DOX A;  2J9J B;  3LPJ A;  3NDT A;  5P7T A;  2F81 A;  1ZBG A;  5OYZ A;  4GB2 A;  6APR E;  2G27 A;  3H5B A;  4DV9 A;  1QRP E;  3PB5 A;  5P4M A;  1PSA A;  4Y5C A;  1EAG A;  1CPI A;  4EQJ A;  5P2I A;  1HHP A;  5COO A;  3S2O A;  3OUB A;  1HPV A;  3SA4 A;  5P7I A;  2AOG A;  5OZJ A;  3DUY A;  4AMT A;  5P7K A;  5P06 A;  1PSN A;  5P2Q A;  2FS4 A;  3PWW A;  4R8Y A;  1RNE A;  4J0Z A;  3APP A;  3PJ6 A;  1RV7 A;  3KT5 A;  2VIJ A;  3OAG A;  1K1U A;  3QBH A;  1MRW A;  5P4K A;  1HOS A;  5OYS A;  1DAZ C;  4CMS A;  4Y3L A;  2OF0 A;  5P3E A;  5P4W A;  1YTG A;  2ZHU A;  1SDT A;  5P4G A;  1Z1H A;  2O4L A;  5P8E A;  5P8L A;  2EWY A;  4M8X A;  4B72 A;  3QRM A;  5JFU A;  3GGX A;  4YD7 A;  5P0C A;  3VLB A;  3G72 A;  5P49 A;  3KFS A;  5J25 A;  2I4V A;  3SAA A;  4YOA A;  3OXC A;  3OUC A;  4OBZ B;  2G94 A;  4FRS A;  5P3Z A;  5P5I A;  5P13 A;  3SM1 A;  5P2L A;  4ER2 E;  4DQE A;  1TW7 A;  3BGB A;  5COK A;  5P2Y A;  5P6D A;  7UPJ A;  5P6A A;  3KM4 A;  4Q5M A;  4Y45 A;  4FAE A;  3CKP A;  3OU4 A;  5P3U A;  5DR3 A;  5F01 A;  1C70 A;  4YDF A;  5ER1 E;  5P40 A;  3FSM A;  2I4D A;  4JEC A;  3RTM A;  4J55 A;  2VNN A;  4Y47 A;  3LIT A;  5HVP A;  1APW E;  1LF4 A;  5P6M A;  1MVP A;  3VUC A;  2QMG A;  5P1Y A;  1SGZ A;  1GVV A;  2J9J A;  5P4P A;  5P4H A;  4ZSQ A;  5P1X A;  3NDX A;  1NSO A;  5P4V A;  4JPC A;  1D4H A;  3NU9 A;  1W5Y A;  4Y5B A;  4LP9 A;  4B00 A;  1J71 A;  1HSH A;  3OTS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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