4DJWA

Structure of bace bound to 2-imino-3-methyl-5-phenyl-5-(3-(pyridin-3-yl)phenyl)imidazolidin-4-one
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djwA02
4R95A 1TCWA 2FGVA 4RZ1A 3L5FA 1QDMA 4EJ8A 3LZVA 3EL1A 3ZKIA 5OZ6A 3CMSA 1MIQA 2OAHA 3IXOA 1XE6A 3G6ZA 1SH9A 2G1YA 5P06A 5P4BA 2HIZA 4U7VA 2R9BA 1NPAA 3QN8A 1T6EX 2VJ6A 1XDHA 4RGHA 1HSIA 1HVCA 4GIDA 3BXRA 5P6BA 4I8ZA 1OHRA 4GJ8A 5P1NA 5P8MA 2FXEA 5P2OA 5AH9A 5P7BA 1YM2A 1Z1RA 2JYSA 3PCWA 3I6OA 1SMEA 2Q11A 4XX4A 5P8IA 2QD7A 3T7QA 1XN3A 4CP7A 5OYRA 4J0TA 2NPHA 5P8AA 5P28A 1MT9A 5I3VA 2JJJA 3KDBA 3JW2A 5E5KA 2NMYA 4R8YA 5OZ4A 5P4SA 3QROA 1ZLFA 1ZSFA 1BXOA 3S7MA 2QMDA 1VIKA 1HXBA 5ENMA 5I3XA 5P3LA 4Z22A 3OU1A 2ER0E 4J0YA 1RPIA 2HPFA 2R8NA 4ER2E 2WF0A 3ZPTA 2OF0A 4EHCA 1D4SA 3WZ7A 2G69A 1XS7D 3BUFA 5P1AA 5JG1A 4Y5CA 5P1RA 5P78A 4H3GA 5P70A 5P57A 4F76A 5P53A 3Q4BA 4YD7A 3MSLA 1A8KA 3DUYA 5OZHA 4U7QA 4Q1WA 5HE4A 2HC0A 7HVPA 4ZSRA 3A2OA 4J5JA 4Y3QA 5KQFA 3OGPA 5P88A 4Y3WA 1GVUA 5P5SA 2VS2A 1MERA 5P71A 4EQ0A 4Z50A 2XYEA 5KR8A 4YDFA 4DV9A 1QRPE 3BUHA 5P2CA 5P2FA 3L3AA 5P3RA 5F01A 4R91A 3FX5A 5P3PA 3ZLQA 5P5OA 5KR1A 4CKUA 3B80A 3S7LA 5P08A 2BKTA 5BRYA 3TKGA 3L5BA 5P8TA 5P1IA 5CLMA 3UF3A 4WTUA 5P8GA 3QBHA 1FG8C 5OZDA 1MVPA 3WB5A 2R43A 2I4XA 5P5XA 4J1FA 1KJHA 5P1FA 4CPUA 1LYBA 3EBZA 2AZ8A 1YG9A 3OU4B 3FNSA 1SIVA 4Y3YA 4FRIA 3LNKA 5OYUA 1K6VA 1BVEA 4LHHA 4Y50A 5P0KA 1MSNA 4OBJA 2Q5KA 2A4FA 1UH7A 3UQUA 3DM6A 4Y4ZA 2OHSA 1DMPA 2HS2A 3TOHA 3IGBA 3PSYA 2V00A 4CPQA 4RRSA 1ZJ7A 1EPME 3NU3A 5P6LA 3MXDA 3CKPA 2P3BB 4J54A 2J9JA 2FDDA 2O4LA 1HPOA 1K1TA 3S43A 2QHZA 5P4VA 4I0IA 1ZSRA 5P0WA 5P87A 1W6HA 5P3KA 3Q70A 3CKTA 3VYDA 5C9DA 5P42A 1SDVA 8HVPA 5P5IA 3QAAA 4DJVA 1K6TA 3N3IA 3SLZA 5P4MA 4GZFA 3OOZA 4ZPGA 3O9FA 3CIDA 5DQ1A 4I0HA 2ZJKA 1T3RA 3PGIA 4AZYA 4BELA 1Q9PA 4R93A 3OHHA 1BV9A 5P2JA 2I4VA 2IGXA 1SBGA 4Q1XA 5P6ZA 1HTGA 3AUPA 1A30A 2ASIA 2VNMA 2QNNA 3U71A 2O40A 2AOHA 1B5FB 5P0QA 5P0LA 1PFZA 1MESA 4Y5LA 5P1TA 3OHFA 1FQ5A 2UPJA 4OD9B 5P7AA 1PSAA 3IN4A 1YTJA 5P1HA 1BV7A 3OU1B 3DK1A 5P0PA 2APRA 4H3IA 5EZXA 5OZWA 5P1LA 3JVYA 5P07A 1SP5A 3TH9A 3VUCA 2NMZA 4QJAA 1RNEA 3SQFA 2FGUA 3OOTA 3LZSA 4Y5GA 4OBKA 3T3CA 3IAWA 3UQXA 5P2WA 1ENTE 4ZE6A 1APWE 2NTRA 2MIPA 3OU3A 3BVBA 2FMBA 5P0UA 2PSGA 2G1NA 4Y4DA 4IVSA 1FFIC 3NDTA 5OYTA 4QJ2A 4ZPFA 1AVFA 5P4GA 5P3BA 1GNNA 3EM3A 2QD8A 4XKXA 1T7KA 4LP9A 1FEJC 2ZHRA 3TNEA 3VEUA 4FSLA 3SA6A 3ZPUA 1G6LA 4RVJA 5P05A 4GYEA 1LEEA 5P27A 4I0FA 2ER6E 4Y3TA 5P2HA 1XL2A 4GJ9A 3VLAA 1IDBA 1LYAB 4LL3A 1IVPA 1FQ6A 5P3QA 5P56A 4Y5PA 3QVCA 4YD3A 5P24A 2B60A 1AM5A 3PI0A 3APRE 5P7OA 5P7CA 3TTPA 1D4LA 1MRXA 4RCEA 5FIVA 2HS1A 4YCTA 4Y4WA 5OZ0A 3PMUA 4X7IA 4I11A 4Y9WA 5P11A 4Y48A 3UDKA 5P5JA 3FNUA 4WY6A 5P1XA 1AJVA 3MSKA 2G20A 5P8JA 5P4QA 2BB9A 1IBQA 4CPSA 1DW6C 2J9JB 4EJDA 2XFIA 2QMFA 4Y3HA 4R5NA 2PH6A 5P7GA 5HE5A 4YCYA 3KA2A 2FIVA 4M8YA 5P67A 1T6GA 5P6FA 5P81A 1KJ7A 5P0IA 1HXWA 4Y4JA 2ZYEA 4OC6B 1HWRA 3UFLA 5P3WA 5P2VA 1E80E 4FIVA 1MPPA 2NNPA 2HAHA 3BVAA 4L1AB 1IZHA 4NJUA 1BDLA 3UHLA 1LF2A 5P7LA 4EP2A 1DP5A 1VIJA 5P0MA 2HB2A 5OZIA 3CYXA 4DJRA 4I0JA 5P1SA 1HEFE 5P76A 3ZKNA 2FNTA 4B1CA 5IVRA 4CPTA 1EC0A 3HLOA 2QHYA 5P6GA 1F7AA 5P23A 5DR3A 2RENA 1YM4A 3CICA 1TQFA 4J17A 4Y4BA 2R3TA 5P7YA 2JXRA 3O99A 2QU2A 3KDDA 5OZJA 4L6BA 2PK6A 3K1WA 4L7JA 5P12A 2I4WA 5P5LA 2HB4A 3DCKA 1CPIA 1M0BA 5J25A 2NR6A 4B0QA 3OUBA 4DJPA 5P7KA 4F74A 4RVXA 3QP0A 1XL5A 2PMAA 4LXAA 3UDHA 1K6PA 3K4VC 5P43A 1QBRA 1HOSA 4Z2ZA 1HVSA 2BBBA 2NNKA 2AVSA 3UDNA 4KE0A 3I25A 4ACUA 4PPHA 3QPJA 1B6PA 3SA5A 4FM6A 3TKWA 3R0WA 5HDXA 4FAEA 5P6XA 3OK9A 2BPXA 4EPJA 4I8WA 3RU1A 2IQGA 2QNQA 4DJYA 4CMSA 1N49A 2AZBA 1CMSA 3TPJA 4ZSMA 4N00A 5P5NA 4DQFA 1AIDA 5P3CA 1IVQA 4RRNA 2G27A 2OHPA 5P73A 4I0DA 4Y3LA 5P0DA 4CPXA 5P55A 5P80A 4DJOA 5P58A 1ZPKA 1RV7A 2G22A 4Y36A 3OU4A 5OZUA 4B00A 5P0RA 5P6AA 1GVTA 1APTE 4H3FA 5P3IA 5P65A 4YCKA 2FDPA 4D83A 3AIDA 5P29A 1BXQA 4GJAA 2R5QA 5ER1E 5DQ2A 4DJXA 3VCMA 3VV8A 4TRWA 3S53A 2VIJA 1IDAA 5OZCA 5DR0A 5P3EA 5P72A 4EJKA 2P3BA 3PM4A 1W5XA 1RL8A 5TOLA 5P3JA 3L5DA 4PHVA 5P3AA 5OZAA 4OBFA 4UPJA 5P5BA 5P45A 3HZCA 2ZHSA 4TVHA 3EC0A 5OYZA 5P8PA 3EKXA 1MTBA 5KQXA 5JFUA 2V16C 4YD4A 5P26A 5ER2E 5P8RA 3N4LA 1DAZC 1G0VA 3R2FA 5IVSA 4H1EA 2PK5A 5AH8A 2HPEA 5P5VA 5OZOA 5P6UA 3QVIA 1SDUA 6UPJA 5C9FA 5P4JA 5I70A 3LPIA 3QIHA 4JPCA 5P3TA 4XX3A 5AH7A 3QBFA 1HTEA 2B7FA 5APRE 5P44A 5P4RA 2QI1A 1B5FA 4DPFA 1EPOE 5P2TA 3NYGA 2F81A 2AVQA 3EMYA 3L38A 4OD9A 2WL0A 3KF0A 3NU6A 3OQAA 2ZE1A 2R38A 1MT7A 1QBTA 3PB5A 5P6EA 3NUJA 5P75A 3PJ6A 4D85A 4PZXA 1EPRE 3IN3A 1GVWA 1TSUA 5P7MA 5P60A 4DQBA 5P7HA 2BJUA 1W50A 5P3OA 1W5VA 4I12A 3NU5A 5OZXA 2BQVA 1OD1A 5OZ9A 5P4OA 4YBIA 4HDPA 1FLHA 6APRE 5P2KA 5OYYA 4ER1E 4EXGA 1HVLA 2G94A 4DI2A 1FIVA 4K4PA 1MEUA 4Y35A 2PWCA 3O9GA 4XXSA 1APUE 5P2IA 2QU3A 3ST5A 1W51A 5IE1A 4YOAA 1TZSA 4FL8A 2PSUA 4B77A 4FCOA 5HD0A 5HDUA 1M43A 2CEMA 3SA3A 1B11A 4LXMA 5P89A 3QRVA 1LYAA 5DGUA 2PC0A 2QZLA 3JVWA 5P5RA 5I3YA 1FQXA 1NH0A 4YA8A 5P13A 5P8FA 1GVVA 2ZJJA 4ZIPA 4J1EA 1B6JA 5P68A 4JOOA 3NDUA 2R5PA 3DJKA 3NU4A 2WF2A 2HM1A 5P7SA 5P8OA 1HHPA 4Y38A 1E5OE 4GJDA 3LINA 4R92A 4YOBA 5DPZA 2VJ9A 4KB9A 3B7VA 1BBSA 3UTLA 5P5UA 4Y56A 5P2UA 1BWAA 5P4IA 1FQ7A 2A1EA 4HA5A 1F34A 3FKTA 3LIXA 3HBOA 2CEJA 4Y54A 5P0ZA 5P7EA 5OZKA 5P2SA 2I0AA 1ZTZA 2F3KA 5P5AA 2B8VA 2Q15A 3NR6A 2WF4A 3SKFA 3HW1A 1MSMA 4K8SA 3L59A 3UPJA 5KQZA 3SA7A 3PBDA 3EKVA 1FF0C 1LF4A 4OBDA 4BFBA 2F3FA 4COEA 3I8WA 3ZKGA 2I4QA 4OC6A 3M9FA 3FNTA 3EKPA 2RSPA 5P1VA 3PBZA 5P61A 4MC2A 4MC6A 1BILA 4L1AA 5P25A 1A8GA 1MUIA 5P18A 4HDFA 3OWNA 4D8CA 3OXXA 5P1CA 3T6IA 1E82E 2P4JA 5P7QA 3SA9A 1PPLE 3GI6A 3SM1A 2XFKA 3VFBA 3HVPA 3ZMGA 4Y4UA 4QJ8A 3DV5A 4PYVA 4B1EA 5P1GA 3O9AA 3LZYA 2AOJA 1T7JA 5T4SA 5AH6A 5P4FA 3SPKA 5DQ5A 5P1WA 5P6SA 4I0GA 3K5FA 3PLLA 5P09A 5P20A 5P14A 4DJQA 3BXSA 2Q55A 5P50A 5P7IA 1K6CA 3S45A 5P2QA 4Y51A 2PYMA 4TVGA 5P2ZA 2H6TA 2QAKA 5P15A 4OBGA 5P8KA 5P33A 2B42A 3PEPA 4B78A 5IVQA 1EAGA 3VSWA 4IVTA 3INHA 3LZUA 3KT5A 1FMBA 5P3NA 1ZBGA 2BPZA 3R4BA 1ODWA 5DQCA 4KE1A 2AIDA 3PWWA 3UQWA 3LITA 2Q54A 1QBUA 2VNNA 3BHEA 4DQCA 2ZJMA 1ME6A 7UPJA 4LAPA 1MT8A 2AOCA 3T7XA 3SFCA 4A4QA 2IL2A 4L7HA 4GJ7A 2V13A 5P04A 2OHLA 3RTNA 5P1KA 1K1UA 4HE9A 4NPTA 4DH6A 3OUAA 5P0VA 1PSOE 5ENKA 5P5ZA 3UDMA 2V11C 1ZP8A 1HRNA 3NSHA 3NWXA 2NXLA 4NJTA 5P1JA 2P3AA 3VYFA 5P2NA 5OZBA 5P6VA 3PCZA 3OAGB 5P3MA 5P8NA 2F3EA 1B6KA 1LS5A 2SAMA 1TW7A 4BEKA 5P39A 4LBTA 5P5PA 3GGAA 3ZL7A 2ZJIA 5P5QA 2FNSA 2QI5A 3EKQA 2VIEA 4Y5AA 1ZPAA 1W5WA 2Q64A 4Y47A 4EJLA 4B72A 3UDYA 1YX9A 4YD5A 5OYSA 1YTIA 5P54A 1AZ5A 5P63A 2WKZA 3CIBA 3D1XA 2IKOA 3SAAA 5OZVA 3QS1A 4J1IA 5DR1A 1YT9A 5P3HA 3EKTA 3PWMA 5P48A 1YTGA 3PMYA 2AQUA 4J1CA 4J0VA 3RTHA 5DR4A 2QI7A 2ER9E 5OYWA 5P5WA 3C9XA 5P0GA 5P3GA 5P3FA 2VA5A 1UPJA 3URIA 3UDPA 2QI6A 3BRAA 1Z1HA 5P3SA 5P77A 1CZIE 4HZTA 5P0TA 5P64A 2NXMA 4EWOA 5P4LA 3S85A 3OADB 2G1SA 3QRMA 1EBYA 1EPQE 1KJFA 2HB3A 3ECGA 5P8BA 3HD8A 3K4VA 5P8LA 2AODA 4RROA 2UY0A 2EWYA 3UDRA 2QD6A 1EBWA 1IZEA 2AZ9A 1AJXA 5PEPA 3URLA 1HVHA 3BC4A 3INDA 1BDQA 4RLDA 3TL9A 3PVKA 3OUDB 3EL0A 2QI3A 4B1DA 5P34A 4LXKA 1FGCC 3O9CA 1W5YA 3SABA 1HSGA 5P8UA 5P0SA 3O9IA 1C6XA 3EL4A 5OZFA 2PYNA 5P3DA 1HBVA 3LIQA 1FMXA 5P6CA 1HIHA 3BUGA 5AHBA 4Y3ZA 4DJWA 4J0ZA 2WEDA 5ISKA 5OZ2A 4Y3SA 3IXJA 4WY1A 3IXKA 3ZKQA 5P2EA 4ZPEA 3OQKA 3INFA 2OHRA 2IKUA 1K2CA 3SA8A 4LC7A 2F8GA 5P19A 5HU1A 3OXWA 5SY2A 1GKTA 2AVVA 3LHGA 5P0JA 2RKFA 2NXDA 2VA7A 5P4TA 5P0BA 1BDRA 1G2KA 4J55A 1BIMA 3LIYA 1JLDA 2QP8A 3K5GA 1LZQA 5P8EA 3FSMA 3TPLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R95 A;  1TCW A;  2FGV A;  4RZ1 A;  3L5F A;  1QDM A;  4EJ8 A;  3LZV A;  3EL1 A;  3ZKI A;  5OZ6 A;  3CMS A;  1MIQ A;  2OAH A;  3IXO A;  1XE6 A;  3G6Z A;  1SH9 A;  2G1Y A;  5P06 A;  5P4B A;  2HIZ A;  4U7V A;  2R9B A;  1NPA A;  3QN8 A;  1T6E X;  2VJ6 A;  1XDH A;  4RGH A;  1HSI A;  1HVC A;  4GID A;  3BXR A;  5P6B A;  4I8Z A;  1OHR A;  4GJ8 A;  5P1N A;  5P8M A;  2FXE A;  5P2O A;  5AH9 A;  5P7B A;  1YM2 A;  1Z1R A;  2JYS A;  3PCW A;  3I6O A;  1SME A;  2Q11 A;  4XX4 A;  5P8I A;  2QD7 A;  3T7Q A;  1XN3 A;  4CP7 A;  5OYR A;  4J0T A;  2NPH A;  5P8A A;  5P28 A;  1MT9 A;  5I3V A;  2JJJ A;  3KDB A;  3JW2 A;  5E5K A;  2NMY A;  4R8Y A;  5OZ4 A;  5P4S A;  3QRO A;  1ZLF A;  1ZSF A;  1BXO A;  3S7M A;  2QMD A;  1VIK A;  1HXB A;  5ENM A;  5I3X A;  5P3L A;  4Z22 A;  3OU1 A;  2ER0 E;  4J0Y A;  1RPI A;  2HPF A;  2R8N A;  4ER2 E;  2WF0 A;  3ZPT A;  2OF0 A;  4EHC A;  1D4S A;  3WZ7 A;  2G69 A;  1XS7 D;  3BUF A;  5P1A A;  5JG1 A;  4Y5C A;  5P1R A;  5P78 A;  4H3G A;  5P70 A;  5P57 A;  4F76 A;  5P53 A;  3Q4B A;  4YD7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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