5P32A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 155
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p32A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p32A01
2QZXA 1W6HA 4TRYA 5P0WA 1MVPA 1C70A 1HEGE 4GYEA 1Z8CA 5P0OA 5P4CA 1TCXA 3VV6A 3O9FA 1ZJ7A 1N49A 5COKA 5P52A 2P8HA 1SDUA 5P5BA 3EL0A 3K4VC 4PPHA 5HD0A 5P2BA 5P79A 2IEOA 4FM6A 5OZSA 1EPPE 1YM4A 1HPSA 4L7HA 5P64A 1HVRA 4WTUA 3QS1A 4FL8A 4YA8A 4RROA 4QLHA 1EBZA 3QVIA 1EAGA 3HZCA 4OBHA 4DQHA 3VF5A 2NNPA 5P08A 5P1NA 1XL5A 5P4PA 5P5JA 4U7VA 2QZLA 3OUDA 2R5QA 2WF0A 1Z1HA 4DQBA 3O9GA 4HA5A 4PYVA 4DQEA 5IE1A 3K4VA 4B1EA 3S7MA 5P6NA 4Y43A 1B6MA 2F3FA 5P8OA 4L7GA 3L58A 5P5VA 1EBYA 5P2WA 3U6AA 2FGVA 3MSKA 2F3EA 1PPLE 4Q1NA 4QJ2A 1QBTA 3TL9A 2UY0A 2FDPA 3ZLQA 3HVGA 3LIXA 4YCTA 5P3WA 3G6ZA 1AVFA 3OU4B 5P2SA 3TNEA 3VEUA 5P5PA 3UQPA 5P57A 5P29A 1BDRA 5P7QA 3SKGA 2HS2A 3QVCA 5UPJA 4HDPA 2PSGA 3CIDA 1PFZA 3VSWA 4NPTA 2WECA 4AA9A 3R1GB 3WZ7A 5OZZA 5P8IA 2Q3KA 2P3BB 5P5CA 2HPFA 2QHZA 1KZKA 3PM4A 1EEDP 1GVWA 4ZSMA 5OYXA 4Y3LA 2F81A 3LZYA 3WB4A 4EYRA 3G70A 3DJKA 4J1EA 2AOIA 5P8PA 4GJ6A 9HVPA 2AOGA 2G1NA 5P6SA 2O40A 5P19A 3TOHA 1ZAPA 2AOFA 4Y56A 2WEBA 1BVGA 1ODXA 4I11A 2IGYA 1LF4A 4Y37A 2I1AA 2WF1A 1FMBA 4YD5A 2PH8A 5P3JA 5P1FA 2ZHSA 3BUGA 5OZ6A 3TPRA 3VLBA 4Y3DA 1QBSA 4U7QA 5P7LA 3OU4A 3OY4A 3IN3A 4COEA 5P7ZA 2G1SA 4K4RA 3R2FA 3UFLA 4ZEAA 4I0EA 4KE1A 4OBJA 4K8SA 1YG9A 4Y9WA 5OZAA 3L5BA 2B60A 3KN0A 2QI0A 3LINA 5P4DA 1T7IA 4DV9A 2P3BA 5P7TA 5JFUA 2V0ZC 2ANLA 2UPJA 1DW6C 1FQ7A 1SGZA 3PCZA 1PPKE 5DGWA 4ZSRA 2QHYA 5OYVA 4X2LA 5P2CA 2VNNA 3SACA 5P0XA 5P8SA 4LXKA 5P6PA 2HIZA 5HDXA 5P8MA 2AODA 2O4PA 2WKZA 3S53A 3NU9A 2R9BA 2V13A 3KFNA 3QN8A 4Y3SA 3KDCA 5OZGA 4R91A 3FX5A 3IN4A 1YTJA 5P5KA 3O99A 2NXLA 2ZJJA 1QRPE 3ZPTA 4KB9A 1FF0C 5P5OA 5P45A 4EQJA 2PMAA 5F00A 4A4QA 2PK6A 5P2NA 2XFJA 5P3NA 1LYAB 4EJKA 5DQ2A 5P04A 3RSVA 1HIIA 3LZUA 3QIHA 1EPOE 1AXAA 2FNSA 5P8AA 3GI4A 4Y3PA 3IGBA 5P2TA 1OEXA 2AZCA 3SA6A 4Y4DA 3NUOA 4EWOA 2ZE1A 4YOAA 2V10C 2OHKA 3O9BA 4YCKA 3IVHA 3PJ6A 2FLEA 5P5IA 3BUFA 1CZIE 2ASIA 3M9FA 4LL3A 3I6OA 4FAFA 3OXVA 2PSVA 3SABA 2QNQA 5P33A 4APEA 2AVOA 5P50A 3CYWA 1HIVA 3H0BA 1IZDA 4RCEA 5P2ZA 3AUPA 3LZSA 5P0NA 5P3AA 5P6RA 2AZ9A 5C9FA 3OOZA 3PLDA 5OZRA 5P24A 3URIA 2VIYA 2O4NA 2VNMA 3S43B 4MC2A 5P5AA 3A2OA 3EKYA 1MPPA 2AQUA 2AIDA 5P36A 5P6HA 1YTIA 3INEA 4Y6MA 1LYAA 1FG8C 1HTRB 4OBKA 2IRZA 4L1AA 6APRE 4DI2A 2AVMA 4NPUA 5P0UA 5P6MA 1MTBA 3UF3A 1HEFE 4ACUA 3KYRA 5P0GA 3ZKXA 1FKNA 4ER4E 2QI5A 2VIEA 1FMXA 5PEPA 3OHHA 3UDRA 5P02A 4EJ8A 3BUHA 5P5ZA 2P83A 3U71A 2Z4OA 5IVSA 5OZOA 5HE5A 2QU3A 2FXEA 5P7GA 4B00A 5OZPA 2HM1A 3BGCA 3OADB 4CPSA 1Q9PA 2G26A 4Y3XA 1T7JA 5P42A 3TKWA 5P2FA 4R8YA 4R93A 3EM4A 1CPIA 5P5MA 5P23A 1B11A 4U8WA 1FQXA 4APRE 2F8GA 3VYFA 1YX9A 3O9EA 5P37A 2P3CA 4F75A 2QMDA 2ZJKA 3S43A 2Z54A 5P5RA 4FAEA 5P1IA 5P43A 5P6QA 2QD7A 1FEJC 5OZ9A 3KMYA 3PHVA 3RSXA 1TSUA 5P73A 4LXAA 3LZVA 5AH7A 1BXOA 5P67A 3VF7A 1MUIA 2QI7A 1E80E 2B8LA 1MRWA 3URJA 5P1HA 1D4IA 2QMGA 1HXBA 5P48A 3NXNA 4Y4WA 1IZIA 1T6EX 5AGZA 2Q5KA 4GJ9A 2OAHA 5P7NA 5P8LA 4DVFA 5OZEA 3OGQA 5OZ4A 3R4BA 5OZHA 5OZTA 1GNMA 1U8GA 2WEZA 3PMUA 4CP7A 3H5BA 4Y4UA 1RL8A 4RYCA 4FCOA 1D4YA 3B80A 2V11C 1B6PA 3ZL7A 2WF3A 5I3WA 4R95A 3BC4A 3K5CA 2VA7A 1GVTA 3KMXA 3O9HA 4Y5BA 1HSIA 4Y5MA 3VSXA 1T3RA 5P2IA 5P0CA 3K1WA 5P4OA 5P3SA 1HSHA 1BAIA 5P14A 5P1ZA 2ZHVA 5HCOA 1F34A 1ZPAA 4HDFA 5P56A 2FGUA 5DR0A 3KFSA 5OZMA 5P4RA 1HOSA 4QJ9A 4FS4A 5OZYA 3PSYA 3DCKA 4RGHA 5IVRA 2G1YA 2NMZA 3G72A 4FM7A 1FB7A 3BRAA 3S54A 1HSGA 3CKTA 3D91A 4S1GA 5AH6A 4FLGA 1HVIA 3UDKA 5COPA 4GZFA 2XYFA 4J17A 5P7IA 3L59A 1K1UA 5P6XA 1META 2JYSA 5P60A 5P17A 4I0DA 5P1BA 5AHCA 2R38A 4I0GA 3TKGA 5OZ2A 1G6LA 1DMPA 4TRWA 5P34A 4AA8A 2B7FA 4M8XA 5OZ8A 4K9HA 5P18A 2APRA 1HXWA 3TOGA 4Z50A 5DQ1A 4B1DA 5J25A 3NDWA 3QRMA 4Y53A 1SDTA 5P0HA 5P2DA 5P6JA 1K6CA 5DQ4A 5P30A 2RKGA 2AVQA 5ENMA 5P07A 5P22A 5DR4A 4YDFA 3RTMA 5P81A 2G1OA 1TSQA 5OZIA 5P51A 4LBTA 4JP9A 4I0ZA 5P6AA 1A30A 4DJOA 1UH7A 3JVYA 5P69A 3BHEA 4OBZB 3I2LA 1SIPA 5IVTA 1HVCA 5P77A 5P4EA 2VA5A 5P4AA 5P72A 4DJXA 2BKSA 3SA8A 5OZ7A 4FE6A 4HLAA 4Y3JA 4Y5NA 4GJ7A 3RU1A 3OQ7A 3NWQA 5P5HA 5P1JA 3TPJA 5P47A 4X7IA 5P3BA 3RTNA 3K5GA 5P15A 3ZKIA 3MWSA 2ZJHA 3D20A 3KA2A 4DJPA 5P1XA 3KM4A 1BIMA 5P2RA 5P13A 1BWAA 5P3KA 4Y3GA 2ZJNA 5HU0A 1AJXA 2I4DA 3D1XA 5P27A 1LYWA 2VJ6A 5HE4A 1APWE 4GJAA 4E43A 2OHUA 1KJ7A 3IVIA 4JPCA 3L5EA 3UFNA 1XDHA 1BV7A 4LC7A 4NJSA 2ER6E 5P70A 5IS4A 2QMPA 2P3AA 3OOTA 2O4KA 2V16C 5TOLA 3T7PA 1FMUA 4Y4AA 4YD4A 2BQVA 2I0DA 2PQZA 3OQAA 4ZE6A 2R5PA 1GKTA 2BJUA 2CENA 3D1YA 1NPWA 5P1AA 4H3JA 3NDTA 2VA6A 3VCMA 1NPVA 3UTLA 3IXKA 2QNNA 3T7XA 5P8KA 2V00A 3NR6A 5P1LA 3FIVA 5P53A 2BKTA 3VLAA 1MRXA 4J1HA 5P6EA 3PWWA 5P3EA 5P4ZA 4OC6B 2QK5A 5P0LA 4DPFA 5KR1A 5OZFA 1GVXA 3UQUA 4K4PA 3N3IA 4Y4JA 5P4GA 3S56A 1QDMA 1EPRE 3NUJA 1PPME 2G22A 4I8ZA 1BDQA 4B77A 5OYQA 1NSOA 1D4LA 1T7KA 4B0QA 3K5FA 1Z1RA 3F9QA 3IXJA 1SGUA 4J55A 3R0WA 5OZQA 5P49A 1B5FB 5KOSA 4IVSA 1FQ6A 2BBBA 1LF2A 5P0IA 5AHAA 4I0IA 5P4XA 2QI6A 5P0AA 1VIKA 5P76A 3UDJA 2PWRA 5OZWA 5P8GA 4GIDA 2QU2A 3HLOA 2HB3A 5P1MA 4XXSA 4ZPEA 3SAAA 3OUCA 1FG6C 4PZWA 4D83A 4DJYA 2PK5A 5P7JA 4J0YA 5I3YA 1TZSA 2BB9A 3OU1B 2QI4A 3S45A 3GI0A 3QROA 2JE4A 5P1YA 3HW1A 1K2CA 4YBIA 5KQYA 4OBGA 5P2KA 4RCDA 3PBDA 5P78A 3QP0A 2I4QA 4HZTA 1ZP8A 5P8UA 5BS4A 1WBMA 3PB5A 1HVJA 4Y4EA 3ZKNA 3S8IA 1FGCC 5P58A 1A9MA 3SPKA 3BXRA 5EZXA 1B5FA 4H3GA 2WF4A 3TTPA 4M8YA 4H3IA 2O4LA 1LEEA 2OHQA 4ZSPA 3NLSA 1TW7A 3QRVA 4KE0A 4CPTA 4DQGA 1UH9A 4DQFA 3UDHA 2ZHTA 1HHPA 1XE6A 1BWBA 1QBRA 2R3WA 3UDPA 2AZBA 3TOFA 2V12C 3ZMGA 5P0SA 2R43A 4Q1WA 1KJFA 4Y5LA 2ZYEA 5P5YA 1YTGA 1GNOA 2AOEA 4CPWA 4EP3A 5SY2A 1KJGA 5OYTA 1APVE 4Y3MA 3VG1A 5I3VA 1K6PA 5P74A 4Y44A 5P8DA 2MIPA 2VS2A 2OHSA 5P6WA 1C6ZA 1IZEA 1B6LA 2Q11A 1K6VA 5P2UA 3GGUA 4Y3NA 4YOBA 4HVPA 1IVQA 2IGXA 2VJ9A 3EL1A 2WEDA 3EL4A 4B70A 2OHPA 3PEPA 4Y3HA 3TH9A 2Q55A 5DR1A 5P0QA 4DFGA 1ODYA 5P1KA 4Y36A 2PSUA 3L38A 3TPLA 5ER2E 5P8HA 1GVUA 3EKQA 4Y3AA 4BFDA 3BXSA 4ACXA 2H6TA 5OZCA 1MT7A 5APRE 4J1FA 5DGUA 5P0DA 3EL9A 3PSUA 5OZBA 2BPWA 4ZPGA 3OWNA 2WEAA 2F80A 4FRKA 5I3XA 5HDUA 5P0FA 5KOQA 4XKXA 3FNTA 3Q6YA 5OZ0A 4Y38A 5P40A 4J1IA 3UDMA 4GMIA 1FIVA 4I0FA 3EC0A 5EZZA 3QRSA 1C6XA 3JW2A 4WY1A 1ME6A 5P84A 5P88A 5P7XA 3OU3A 4R5NA 5HCTA 2IENA 3NU3A 4MC1A 3DV5A 5E5KA 3UDQA 4Y3FA 3EM3A 5P2OA 2R3TA 2QP8A 2XFIA 4Y5PA 1E81E 2PWCA 1WKRA 4HDBA 5P0BA 4BELA 4PZXA 5OZJA 3CMSA 3DK1A 4Y41A 5P05A 5P16A 1C6YA 2QD8A 1BILA 5P86A 4QGIA 4Y50A 3HAUA 5KR2A 3UQWA 2I4WA 1HBVA 1HTFA 3OUAA 1DPJA 5P8TA 5P8EA 3ZPSA 3EBZA 1F7AA 5P55A 4D8CA 1W6IA 5ISJA 3EL5A 5P5XA 3LIZA 2SAMA 4EJLA 5P1UA 4JOOA 1NH0A 4TVHA 1TQFA 3MXDA 3ZKGA 1IDAA 3O9DA 4Y47A 3VF3A 4ZSQA 4FSEA 5P1QA 1B6JA 2I0AA 3RVIA 1FFIC 5P5LA 4I10A 1ENTE 1ER8E 3ER3E 4FM8A 3OADA 1W50A 5P65A 1IDBA 3L3AA 4EXHA 4RVXA 1SP5A 1W5WA 3O9LB 5P3LA 3DUYA 5P2XA 2FS4A 1MTRA 5P5QA 5P8JA 1HPXA 5OZ1A 4GJBA 3EKTA 2G27A 3PLLA 4NJUA 1MERA 3OK9A 5P2JA 5P66A 4TVGA 5B18A 5OYZA 2HAHA 5P0EA 3CKRA 1MT8A 5P39A 3O9IA 3SM2A 3PMYA 1W5XA 1ZBGA 1ZPKA 3URLA 3OGPA 5P7BA 1LZQA 5F01A 4L6BA 1QBUA 1SMRA 5P8RA 5I70A 2G24A 3T7QA 2Q64A 3EMYA 4GJ5A 5P87A 5P20A 1EC0A 3D1ZA 5OYRA 5P1TA 2VJ7A 3CYXA 5P4YA 3CICA 5P7MA 5P5DA 5P11A 2QNPA 4RVJA 3KFPA 3VYEA 4Y48A 1M4HA 4Q1YA 5P83A 2AVSA 1SBGA 3OQDA 5P3QA 5P1GA 5P7WA 4FIVA 1XE5A 5P0PA 1IVPA 3O9LA 2ZDZA 5P2EA 5P7YA 5P6TA 4RRNA 1ZSFA 2NPHA 1HPOA 3JVWA 5P8QA 3DM6A 2HS1A 1RV7A 1BV9A 5P3UA 3OQKA 5P7RA 4XX4A 5C9BA 5AH9A 3CIBA 5P3XA 5HU1A 3EKPA 5P1SA 4OBFA 4LP9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QZX A;  1W6H A;  4TRY A;  5P0W A;  1MVP A;  1C70 A;  1HEG E;  4GYE A;  1Z8C A;  5P0O A;  5P4C A;  1TCX A;  3VV6 A;  3O9F A;  1ZJ7 A;  1N49 A;  5COK A;  5P52 A;  2P8H A;  1SDU A;  5P5B A;  3EL0 A;  3K4V C;  4PPH A;  5HD0 A;  5P2B A;  5P79 A;  2IEO A;  4FM6 A;  5OZS A;  1EPP E;  1YM4 A;  1HPS A;  4L7H A;  5P64 A;  1HVR A;  4WTU A;  3QS1 A;  4FL8 A;  4YA8 A;  4RRO A;  4QLH A;  1EBZ A;  3QVI A;  1EAG A;  3HZC A;  4OBH A;  4DQH A;  3VF5 A;  2NNP A;  5P08 A;  5P1N A;  1XL5 A;  5P4P A;  5P5J A;  4U7V A;  2QZL A;  3OUD A;  2R5Q A;  2WF0 A;  1Z1H A;  4DQB A;  3O9G A;  4HA5 A;  4PYV A;  4DQE A;  5IE1 A;  3K4V A;  4B1E A;  3S7M A;  5P6N A;  4Y43 A;  1B6M A;  2F3F A;  5P8O A;  4L7G A;  3L58 A;  5P5V A;  1EBY A;  5P2W A;  3U6A A;  2FGV A;  3MSK A;  2F3E A;  1PPL E;  4Q1N A;  4QJ2 A;  1QBT A;  3TL9 A;  2UY0 A;  2FDP A;  3ZLQ A;  3HVG A;  3LIX A;  4YCT A;  5P3W A;  3G6Z A;  1AVF A;  3OU4 B;  5P2S A;  3TNE A;  3VEU A;  5P5P A;  3UQP A;  5P57 A;  5P29 A;  1BDR A;  5P7Q A;  3SKG A;  2HS2 A;  3QVC A;  5UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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