4J5JA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with amprenavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Extreme Multidrug Resistant HIV-1 Protease with 20 Mutations Is Resistant to Novel Protease Inhibitors with P1'-Pyrrolidinone or P2-Tris-tetrahydrofuran.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j5jA00
4NKKA 5P06A 2QP8A 4ZSRA 1CZIE 1EBZA 5P5FA 2I4DA 3PSYA 1TQFA 5P7TA 1XS7D 3ZPSA 3OHHA 5P8QA 4K4PA 3ZKQA 3KDCA 4A6BA 5P0DA 2FNTA 3LZYA 5P1ZA 2QAKA 4LP9A 4RZ1A 3QI1A 3BXSA 3ZL7A 4QJ8A 2V12C 4YD6A 2NPHA 4Y5CA 3HAWA 4ZSQA 3QBHA 1G0VA 5OZCA 1XDHA 5P3YA 2R8NA 4XXSA 4GJDA 5C9FA 3UDNA 5OYWA 4Y39A 3MSLA 5P3JA 3VF3A 4LXMA 2QI0A 1PPKE 1ZPAA 1AXAA 1HBVA 4JPCA 5P4TA 3UPJA 1MUIA 5P4RA 2HM1A 3OU1B 1C6ZA 3JVYA 4Y3AA 1DMPA 5P61A 4Y54A 3UQPA 2RMPA 5P19A 5OZGA 2JXRA 4Y4XA 4L7JA 5BS4A 4YOBA 1J71A 1ZPKA 3TPJA 3VLBA 5F01A 3L59A 1W5WA 4FAEA 3HLOA 4Y44A 5P6RA 1PSOE 2CENA 3S54A 3EC0A 3KT5A 1ME6A 5HDZA 2PWCA 4Y9WA 3UDYA 5SY3A 3EL1A 5HCTA 2I4XA 2WEAA 3RTMA 3NR6A 7UPJA 2P83A 1SH9A 5P74A 5P5BA 5P2TA 3OUCA 1F34A 3PMYA 2WF4A 5P3ZA 5DR3A 5P7NA 5P0AA 5AHAA 5OZ7A 5P6MA 2ZJJA 4ZIPA 4J1IA 5IVSA 5COOA 4KUPA 5P0BA 1HPVA 1W51A 1HOSA 5P3MA 1MSNA 1E80E 2A1EA 3UDJA 2R9BA 4DJWA 4EJDA 1HTRB 1B11A 5P4MA 5P1NA 4FLGA 4CPXA 3UQUA 5P85A 4CP7A 2NNPA 4EWOA 3BGCA 4D83A 1UH7A 5OZ0A 5JFPA 3UFLA 2QHYA 2AOEA 1HRNA 3O9HA 1HTGA 5JFUA 5P2FA 5P89A 3R0WA 5P5IA 4LBTA 5KQXA 4APEA 2Q54A 2PSVA 3LIVA 4ZE6A 5OYVA 4COEA 2WEBA 1K6TA 3KMYA 4Y3RA 5P5EA 5P15A 2AZBA 4Y4GA 2UY0A 3CKTA 5OZKA 3QROA 5P32A 3LIZA 2WJOA 2BPYA 4EP3A 5IVTA 4Y43A 3R1GB 3JVWA 4N00A 5P4UA 3UDKA 3QBFA 4FE6A 5P7WA 4ZSPA 2WL0A 3PLLA 4ACXA 1MT8A 3WZ6A 1LYWB 3Q5HA 3O9DA 2H6TA 4AZYA 5EZXA 4AA9A 4YD3A 5P5MA 1WBKA 4DQHA 5P0SA 3TKGA 5P0JA 1FIVA 4Y3MA 4EHCA 5P05A 5ISKA 3OOZA 3EL0A 4J17A 1K2CA 3D20A 5HDVA 5P1VA 3UQXA 5P8FA 2ER7E 3NDWA 1B6PA 5P42A 5P4WA 3PI5A 5OYTA 4B77A 5OZWA 4CPUA 4YCYA 4I0HA 5P84A 1BVGA 5OZTA 4DV9A 5P2SA 1NPAA 3L5EA 3L5CA 1XL2A 5P6SA 5P1LA 5P2HA 5P8EA 4KB9A 5P7HA 5P5JA 3VCMA 4Y3GA 4DQGA 2ZJLA 2AODA 5DPZA 5P1SA 4QJAA 4Z50A 1BIMA 5HE4A 3NWXA 3FX5A 5P8LA 5P8CA 5SZ9A 5P5OA 3PSGA 5P6YA 4YCTA 4FS4A 5P7OA 5P36A 1EBKC 1GVUA 1IIQA 3ECGA 4Y4JA 3EMYA 3SA3A 5P7PA 5P7IA 3G6ZA 3SPKA 4WY1A 1W5VA 1HTFA 2J9JA 3L38A 5P8BA 3UDQA 4M8YA 3R4BA 5HE7A 3CYWA 3BC4A 1BDRA 5P0PA 3EKQA 3OHFA 3O9LB 5P7KA 5P59A 3H0BA 1PSAA 2NXLA 5P5PA 4YBIA 4B1EA 3UF3A 2IGXA 2ZYEA 2QNNA 2NTRA 4BELA 3H5BA 1ZLFA 4RVIA 4Y3JA 5OZOA 4NPUA 3SO9A 3FKTA 2O4PA 5P0VA 2AOCA 3QVCA 1ENTE 3ST5A 5OYUA 1W5XA 1YTGA 5P5HA 3KYRA 1KJHA 3KDDA 5AH7A 4HDBA 3ZPUA 5J25A 1E5OE 2J9KA 1YTIA 2VKMA 4NPTA 1SMEA 3TPPA 3D1ZA 5OZQA 1T3RA 4X2LA 3K1WA 5P83A 4CMSA 1DIFA 5P3EA 5HTZA 1UPJA 3LZVA 2ZJIA 6UPJA 1C6XA 5P7RA 5OZ5A 1Z1HA 5OZJA 5OZ1A 4GJ9A 4NJSA 2ZJHA 5P8HA 4Y47A 2FLEA 3OTSA 4R93A 4EP2A 4U8WA 3BXRA 3O9BA 1ODWA 1GVVA 3R0YA 2FDDA 5P71A 4HDPA 5HD0A 1LYAB 4L1AB 3EL4A 4DJOA 2G1YA 5P4ZA 1M43A 5I3WA 3IXOA 4J0TA 5FIVA 3SA7A 3SABA 4Y58A 1NSOA 3TL9A 5KQFA 5P4JA 4RVXA 2Q63A 5P2RA 1BBSA 1RNEA 2G21A 5P8OA 2HB4A 1YTHA 1T6GA 1LZQA 2QHCA 2NNKA 5P7EA 3EKTA 1KJFA 1W6IA 2B8LA 5P5NA 3GGAA 3MXEA 5P73A 2PQZA 4OBFA 3L58A 2G1RA 1W50A 5P6CA 3PWWA 2G94A 1Z1RA 2PSUA 4F76A 3RTHA 3UHLA 5P3LA 4NJTA 5DQ5A 2P3AA 5AHBA 5P80A 5P2XA 5P6QA 4DJXA 4RVJA 4S1GA 3K4VC 5P35A 1MVPA 5C9BA 3NXNA 4JOOA 5P2KA 4OBJA 1K6CA 5DQ4A 2FDEA 3PWMA 4I0FA 3O9CA 4OD9A 1HIHA 4Y57A 3PBDA 1YM4A 3TH9A 4XKXA 4TVGA 1RPIA 5P3IA 4RYCA 5P22A 5DQ1A 3L5BA 3RSVA 2AVVA 1HVLA 3OTYA 5DR0A 3F9QA 5P50A 5P0OA 3G72A 4YOAA 5OZ3A 2FMBA 5P10A 3DUYA 3BUGA 2P3BA 4I11A 4I8WA 4X7IA 1IBQA 1QBRA 2AOGA 5P6LA 2QZXA 5P87A 3A2OA 4Y3PA 1HSGA 3T3CA 4GJBA 5P0GA 5E5JA 4TVHA 1E82E 2HAHA 4Y5GA 4ZEAA 4FM8A 3UDPA 3EKWA 3OU4A 5OZYA 1HVJA 4CPTA 4DFGA 3I6OA 1EPQE 2HS1A 2G69A 2AIDA 3G70A 4QJ9A 3IA9A 3K5FA 2AZCA 3C9XA 5OZ4A 5OYRA 1B6LA 5P07A 4J0YA 4LXAA 3KM4A 1UH9A 3OY4A 1BILA 3QIHA 5P69A 3L5DA 4I0EA 5P2EA 1FQ4A 5P2GA 5HDXA 2OHQA 3URJA 5P3SA 2ZJMA 4Y3FA 2I1AA 6FIVA 2R38A 4Y5KA 2O4LA 5P3TA 1Q9PA 3NUOA 4F75A 5OYZA 1EPRE 3RVIA 4PZWA 1G6LA 2NR6A 1HEGE 1GVXA 4CPQA 4K4QA 1HTEA 5P7FA 2QMDA 3GGVA 3QVIA 4ER2E 4E43A 4Y3WA 4Y4UA 5P1KA 1FG6C 3SA4A 4CPWA 2AVMA 3O99A 5P3RA 3CIDA 1A94A 1AJVA 5P1JA 1FQXA 1FQ8A 3K5GA 4OBDA 3INFA 3KFNA 1RQ9A 2I0AA 3KT2A 4FRIA 2QNPA 4EJ8A 5SXNA 4YD4A 4B1DA 5P1MA 3GGUA 2P3DA 5P48A 4LAPA 5P24A 4I0DA 4PZXA 3NYGA 2QI5A 2IRZA 2XFJA 1K1TA 2QD7A 1BVEA 4Y3HA 3ZKIA 1EAGA 3ER3E 1GVTA 3HZCA 1PROA 1BXOA 5P4EA 3EM3A 3UTLA 2BPXA 5C9DA 1SDTA 3JW2A 1SDUA 4I0JA 2AZ8A 2A4FA 1EPNE 4LXKA 1IZHA 1D4JA 4LL3A 1QBTA 5UPJA 3VFBA 2WEDA 5KR0A 2BKSA 3ZKGA 4HDFA 3R2FA 3IGBA 5P2BA 2OHLA 3OQDA 5P7QA 5I3YA 4Y3DA 1IZDA 4Y56A 4A6CA 5P5TA 8HVPA 4RRNA 4Y3TA 4U7VA 3NU6A 5P37A 4L7HA 1Z8CA 1HPOA 2G1SA 3KN0A 5P8IA 5DR8A 2VIYA 2G26A 5P2QA 4I1CA 4EXGA 1FKNA 2PYMA 2Z4OA 3O9GA 4YDGA 4RCFA 2OHNA 3NXEA 3BRAA 2JJJA 5CLMA 5I3XA 5P4XA 3S7LA 3DOXA 1W6HA 5DGUA 2FDPA 5I3VA 2BKTA 5P1YA 1MRWA 1BXQA 2J9JB 2G27A 5KOSA 4DJUA 5I70A 2QI1A 5P4LA 4R92A 5P43A 3SA6A 3PHVA 2V16C 1AAQA 5P44A 1D4YA 2ZE1A 5P4KA 5P6KA 1AIDA 2QI6A 5CONA 5IVRA 5P41A 3ZMGA 3Q3TA 4MC1A 1ZP8A 2PC0A 3L3AA 3PI0A 5OZZA 3TOFA 2ZJKA 3HAUA 4Q1WA 5OYSA 4J54A 4J0VA 3SQFA 2IL2A 3URIA 3WSJA 3EXOA 3VSWA 2R43A 4ZPEA 5OZEA 5P0IA 5DQ2A 3OWNA 4Y4EA 3MXDA 4R95A 4LHHA 1XN3A 5P5XA 3KFRA 1IDBA 5P1QA 3BGBA 5P64A 2MIPA 4Q1XA 2NMYA 2P4JA 3GI6A 1BWBA 4OBZA 5ENKA 4B1CA 4J1EA 1D4SA 3AUPA 3T7QA 4M8XA 2VA7A 5AH8A 4Y41A 4HEGA 2RKGA 1XE5A 4H3JA 5P1XA 5P86A 1GNOA 2QMGA 4GMIA 3ZKMA 2RENA 5P7VA 1FF0C 4GJ5A 5P7XA 5P0EA 5AH6A 5P6NA 2O4NA 4RCDA 2WHHA 5IS4A 3HVGA 4J0PA 1DP5A 3S7MA 5BWYA 5KR2A 4A4QA 3QS1A 5OZPA 1ODXA 2AOHA 3D1XA 5KR8A 2IEOA 3INEA 5OZHA 3AIDA 4PYVA 4DQFA 1MESA 2PK6A 2QK5A 4Y5MA 4FSEA 1WBMA 2I0DA 4Y5EA 4I0GA 1MRXA 5P8JA 2OHRA 3HD8A 2R5QA 3ER5E 4KE1A 2QMFA 1A9MA 5P8MA 4L7GA 1PPME 2PYNA 5P6WA 5P34A 3VYEA 5P56A 3URLA 4R8YA 3HBOA 1ODYA 5OZ9A 1TW7A 4CPSA 4DQBA 2F80A 2BPWA 2IKUA 2Z54A 4Y3XA 4DJQA 2ZGAA 2ZJNA 5APRE 2XFKA 4I12A 1T7IA 2VIZA 2F3EA 5P4IA 1HEFE 5OZFA 3K4VA 3L5FA 5P5YA 4YBFA 5ER1E 5IE1A 6APRE 4D85A 1HSIA 3UDMA 1HVHA 1YM2A 5P03A 3SAAA 1SDVA 2FS4A 4HVPA 4Y3SA 2BBBA 4ZLSA 1QBSA 2ANLA 5P30A 5P3WA 5JG1A 2IKOA 4PHVA 2QI3A 4HLAA 1KJ4A 3NWQA 1HVCA 5P2OA 3Q70A 5DR1A 5KOQA 3SM2A 3DCKA 3T7PA 4RYGA 3D91A 1CPIA 3VV8A 3OUAA 5B18A 2P3BB 1ZSRA 5P1EA 2QCIA 4OC6A 2R3WA 2AOFA 3PCZA 1EBWA 1FMBA 2AQUA 3BUFA 1OD1A 5OZMA 5P29A 4K8SA 1HVKA 2WF0A 5T4SA 2WF1A 5P0NA 3FV3A 5P0QA 3B80A 3TPRA 1MTRA 2IS0A 5P8UA 3UFNA 3PBZA 4DPIA 4B70A 4FRKA 3FNUA 1LV1A 3CKRA 5DQCA 2AOJA 3LHGA 3OU4B 4HA5A 4K4RA 3MSKA 3PLDA 1QRPE 1HVRA 3T6IA 2ER9E 1UH8A 1U8GA 5P2ZA 1KJ7A 3VF5A 3OUBA 3NU5A 3PRSA 1APTE 2ZDZA 1EC0A 5P54A 4QJ2A 4DVFA 1G2KA 1SP5A 2O40A 5OZRA 3SA5A 2AVQA 2WF3A 4U7QA 1FGCC 1LEEA 2NMZA 9HVPA 5P1AA 3I2LA 3SLZA 2OF0A 2Q64A 4Y3ZA 2BJUA 1SIVA 5TOLA 4F74A 2G1NA 3CKPA 2SAMA 4Y51A 1APVE 2IENA 1QS8A 5P6UA 1BV7A 1HXWA 2P3CA 4J1CA 2OHUA 5ER2E 5AH9A 1ZJ7A 1TCWA 4IVSA 5P6AA 2PH8A 5ENMA 1SMRA 3DK1A 4FRSA 3ZKSA 1C70A 1LF2A 3NU9A 1LYBA 5P6GA 3ZKNA 5P3PA 5P7ZA 5P1HA 2F8GA 1RV7A 5P4DA 5P0LA 3EKVA 2V10C 4Y4BA 3SA9A 4YA8A 1B5FA 3TOHA 5P8PA 5P7UA 5P14A 1GNMA 1VIJA 1D4IA 5P3VA 4Y45A 2NXMA 4H3GA 5P02A 4R91A 5P0HA 2QU2A 2VJ7A 5OZSA 5P12A 4JPEA 5OZLA 2HPEA 2PK5A 4KE0A 1HIIA 3S85A 5P46A 5P1RA 3PVKA 1W5YA 4J0ZA 5P62A 1ZSFA 5P8DA 2XYFA 4Y3YA 5P39A 5HDUA 3N4LA 5P5LA 2WEZA 3O9FA 5P31A 2FXDA 5P6OA 3OU3A 1N49A 5SY2A 1APUE 1M0BA 4CKUA 3SKGA 1IZEA 1NH0A 3O9EA 4BEKA 4I0IA 4Y3QA 5P3HA 4GIDA 3D1YA 5P6PA 3I7EA 5P6JA 3Q6YA 1VIKA 3NU3A 4YE3A 3OAGA 3S43A 5DR7A 3VV7A 3WZ7A 5P0YA 3M9FA 5P7BA 3T7XA 2R5PA 4WTUA 5P33A 4EJLA 4GJ6A 2JJIA 3UCBA 3APRE 5P5UA 3ZLQA 2EWYA 1SGZA 5P63A 4ZPFA 4OBGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NKK A;  5P06 A;  2QP8 A;  4ZSR A;  1CZI E;  1EBZ A;  5P5F A;  2I4D A;  3PSY A;  1TQF A;  5P7T A;  1XS7 D;  3ZPS A;  3OHH A;  5P8Q A;  4K4P A;  3ZKQ A;  3KDC A;  4A6B A;  5P0D A;  2FNT A;  3LZY A;  5P1Z A;  2QAK A;  4LP9 A;  4RZ1 A;  3QI1 A;  3BXS A;  3ZL7 A;  4QJ8 A;  2V12 C;  4YD6 A;  2NPH A;  4Y5C A;  3HAW A;  4ZSQ A;  3QBH A;  1G0V A;  5OZC A;  1XDH A;  5P3Y A;  2R8N A;  4XXS A;  4GJD A;  5C9F A;  3UDN A;  5OYW A;  4Y39 A;  3MSL A;  5P3J A;  3VF3 A;  4LXM A;  2QI0 A;  1PPK E;  1ZPA A;  1AXA A;  1HBV A;  4JPC A;  5P4T A;  3UPJ A;  1MUI A;  5P4R A;  2HM1 A;  3OU1 B;  1C6Z A;  3JVY A;  4Y3A A;  1DMP A;  5P61 A;  4Y54 A;  3UQP A;  2RMP A;  5P19 A;  5OZG A;  2JXR A;  4Y4X A;  4L7J A;  5BS4 A;  4YOB A;  1J71 A;  1ZPK A;  3TPJ A;  3VLB A;  5F01 A;  3L59 A;  1W5W A;  4FAE A;  3HLO A;  4Y44 A;  5P6R A;  1PSO E;  2CEN A;  3S54 A;  3EC0 A;  3KT5 A;  1ME6 A;  5HDZ A;  2PWC A;  4Y9W A;  3UDY A;  5SY3 A;  3EL1 A;  5HCT A;  2I4X A;  2WEA A;  3RTM A;  3NR6 A;  7UPJ A;  2P83 A;  1SH9 A;  5P74 A;  5P5B A;  5P2T A;  3OUC A;  1F34 A;  3PMY A;  2WF4 A;  5P3Z A;  5DR3 A;  5P7N A;  5P0A A;  5AHA A;  5OZ7 A;  5P6M A;  2ZJJ A;  4ZIP A;  4J1I A;  5IVS A;  5COO A;  4KUP A;  5P0B A;  1HPV A;  1W51 A;  1HOS A;  5P3M A;  1MSN A;  1E80 E;  2A1E A;  3UDJ A;  2R9B A;  4DJW A;  4EJD A;  1HTR B;  1B11 A;  5P4M A;  5P1N A;  4FLG A;  4CPX A;  3UQU A;  5P85 A;  4CP7 A;  2NNP A;  4EWO A;  3BGC A;  4D83 A;  1UH7 A;  5OZ0 A;  5JFP A;  3UFL A;  2QHY A;  2AOE A;  1HRN A;  3O9H A;  1HTG A;  5JFU A;  5P2F A;  5P89 A;  3R0W A;  5P5I A;  4LBT A;  5KQX A;  4APE A;  2Q54 A;  2PSV A;  3LIV A;  4ZE6 A;  5OYV A;  4COE A;  2WEB A;  1K6T A;  3KMY A;  4Y3R A;  5P5E A;  5P15 A;  2AZB A;  4Y4G A;  2UY0 A;  3CKT A;  5OZK A;  3QRO A;  5P32 A;  3LIZ A;  2WJO A;  2BPY A;  4EP3 A;  5IVT A;  4Y43 A;  3R1G B;  3JVW A;  4N00 A;  5P4U A;  3UDK A;  3QBF A;  4FE6 A;  5P7W A;  4ZSP A;  2WL0 A;  3PLL A;  4ACX A;  1MT8 A;  3WZ6 A;  1LYW B;  3Q5H A;  3O9D A;  2H6T A;  4AZY A;  5EZX A;  4AA9 A;  4YD3 A;  5P5M A;  1WBK A;  4DQH A;  5P0S A;  3TKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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