5KR1A

Protease pr5-drv
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKVGGQLKEALLNTGADDTVIEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease PR5-DRV
publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr1A00
5P5BA 5AHBA 2QD6A 4YOBA 4OBHA 3TH9A 4J1IA 4AMTA 3OU4A 4LXAA 2IRZA 3PSYA 2WECA 4CMSA 5P5UA 5KQYA 5P3RA 1W5VA 4GZFA 5P8FA 3GGAA 4B05A 4FRIA 4J1EA 4DJQA 4I0EA 1FG6C 5P0AA 5P8DA 5TOLA 3DCKA 1HWRA 4DFGA 3BVBA 1BV7A 1ODYA 4APEA 5IVQA 2JXRA 2XYFA 3K5CA 5DR4A 4Q1XA 4DJXA 3DV5A 3UDMA 2FNSA 3KFPA 5DQCA 3OWNA 2RKFA 5P78A 2QNNA 4NPUA 1EPPE 3OK9A 2XYEA 5P6IA 1SMRA 2QHCA 1MRWA 3NSHA 4B77A 4QGIA 1YT9A 1HVHA 2QAKA 3LZUA 4Y4GA 5OZFA 3PBZA 3OGPA 5P00A 2Q64A 1META 1W5YA 3WSJA 5OZGA 5P4SA 5I70A 3OUCA 1BXQA 3VYEA 3O9AA 5P6UA 2PSVA 2B8VA 4RCDA 1AM5A 4Y5LA 4Y4JA 5P2SA 5P1DA 1Z8CA 1MPPA 1B6KA 4ZEAA 4YBIA 4F73A 2I4WA 3PHVA 4H3FA 2WEAA 5OZKA 5KR2A 5OZCA 1D4YA 1GVTA 2PQZA 4YCYA 3O9LA 3OQFA 4Y3XA 5HE7A 5HU0A 4L6BA 4H3IA 5HDZA 3S43B 1HXWA 4R91A 4NJVA 1HVRA 1IDBA 4BFDA 3OHHA 1KJFA 5OZ9A 3SA8A 4B1EA 1VIJA 4I0DA 3S85A 5OZAA 1IZIA 5P1GA 5P5TA 1HVCA 4JP9A 4I0FA 1ODWA 2ZGAA 2OHLA 5OYWA 1K1TA 1SP5A 1W51A 1SGUA 5P7FA 3U71A 4D88A 3N4LA 4GJDA 4Y50A 3D1XA 2QI1A 5P5FA 1FMUA 3O9DA 3OU3A 3S2OA 4FAFA 3NDXA 1T7KA 4IVTA 4EQJA 2HB2A 5OZ7A 3NLSA 4FIVA 1B6LA 1BWBA 3TKWA 3L5DA 1VIKA 2FDPA 3I8WA 5P4OA 3F9QA 1OD1A 1EAGA 3SQFA 5P7JA 3UCBA 2AZCA 3OXWA 4Y58A 4DJPA 3IVIA 4EXGA 5KQZA 2OHQA 1AJXA 1BILA 5P25A 1QBUA 3L3AA 5P2BA 4Z4XA 1W50A 1DW6C 1KJHA 5P3EA 5P68A 1SDTA 5P8EA 2QHYA 4R8YA 5P5GA 1PSOE 3FV3A 3TL9A 5P10A 3OQKA 3OGQA 3S45A 5P2LA 3IVHA 1HTRB 2AQUA 5IVSA 1NH0A 5P7IA 4Y4EA 2VNMA 4HDPA 3LIXA 5DQ5A 1SDUA 3VG1A 3SACA 5P49A 4K4QA 2WF4A 5HCTA 4AZYA 1ZSFA 5P0TA 5P80A 3NDTA 2CEMA 1NPWA 2ER9E 2AOCA 5AGZA 2BB9A 3K1WA 4GMIA 5P65A 1B5FB 5OZ6A 3EKVA 3ST5A 1J71A 1EBZA 1HOSA 5P0GA 1BBSA 4DQGA 3D91A 2F3FA 2FXDA 2Q63A 5P5EA 3ZKIA 3LIVA 1BDRA 2QMPA 3OXXA 4Y3LA 2Q55A 2P3CA 2G27A 1B6PA 5P84A 5P5DA 3TOHA 5P79A 1FFFC 4Y3GA 3VUCA 5P0LA 5P36A 5P4IA 2P4JA 3NU6A 4OC6A 5P6ZA 2R38A 5P4WA 5P1XA 3APRE 5P2XA 2IDWA 5P26A 4B72A 3I7EA 4XX3A 1FMBA 4BFBA 4LBTA 1B6JA 5P0ZA 3URJA 4MC9A 1AXAA 1LYBB 1RL8A 4R93A 3OTYA 3MSJA 4FM6A 1BAIA 2I4QA 3KA2A 3VFAA 3LZVA 5P5ZA 2VKMA 5P17A 2QD8A 3OUBA 5P6FA 5P8OA 1HPXA 5P7XA 3GI4A 4DI2A 3R0WA 2WEZA 3UF3A 3QVIA 3QBFA 3VYDA 3Q70A 4M8XA 5P3MA 3L5FA 1PSNA 1HTFA 3ZKSA 5JFPA 4ZPGA 2V12C 3ZMGA 5P0SA 5SY2A 1TCWA 2H6SA 2R43A 1LYWB 3TNEA 3KM4A 5P2OA 1DMPA 3S56A 5P5LA 1TSQA 4DJRA 2PWRA 5OYUA 1E80E 5OZOA 4QJ6A 5P0MA 3TOGA 4ZSRA 2F80A 4L7JA 1YG9A 2H6TA 2P83A 5P62A 1ODXA 5P1RA 2HM1A 1XN2A 5P0HA 2AZ8A 4ZPEA 1KJGA 5P0RA 3CKPA 2F3EA 1SMEA 2Q15A 7UPJA 4YCTA 5P0JA 5P1CA 5P1KA 5P56A 3UDYA 5P8IA 1MSNA 4QJ8A 5P4PA 5IVRA 5P5MA 1A30A 1IZEA 1BXOA 4CKUA 5P7AA 3NU3A 2OF0A 2R9BA 4GJ9A 1DP5A 2AOJA 5P2JA 3VF5A 2HS1A 3EL0A 4Y3NA 4F76A 2R3TA 4GB2A 3VSWA 4BEKA 3PEPA 3I2LA 3INFA 2V16C 4J5JA 2QZLA 3DJKA 1UPJA 5AH8A 2G20A 3FKTA 5OZ5A 3PVKA 3EBZA 3IXKA 5P4JA 1TW7A 5P1BA 3WZ7A 4R95A 3MXDA 3DOXA 2V00A 3UDKA 1MESA 2HAHA 4CPXA 1IZHA 2ZHVA 4Y3QA 1K6PA 2PMAA 5AH6A 2JJJA 4CPQA 3CICA 3FNUA 5BRYA 1D4LA 4NJTA 5P3CA 3PI0A 5OYTA 5P7KA 4Y47A 4X7IA 3UQWA 1EPRE 2QZKA 3VYFA 5P5AA 3CMSA 5OZWA 3KT2A 3FNTA 4D83A 3GI6A 3SPKA 4U7VA 4Y45A 4Y51A 5DR1A 5DR3A 3EXOA 5P6GA 5P5HA 1EC0A 5DGWA 5P1PA 2FIVA 4DQEA 5OZ0A 3CIBA 5P5VA 4JPEA 4GJBA 4OBGA 1QS8A 4LL3A 1LYAB 3TPJA 5P1OA 3MSLA 4XXSA 5P29A 2ZJHA 3OTSA 2NNPA 5P16A 1BDQA 5P6QA 5HE5A 3OU1B 1HXBA 2AODA 4K4PA 1GVVA 2RSPA 5OZYA 3T11A 5P4MA 4Y3PA 1IIQA 3S54A 4L1AA 5P6DA 5P39A 1ZP8A 1FQ6A 4RCEA 5P5XA 3URIA 1XL2A 1XE6A 5P3QA 4Y6MA 1GNOA 3K4VA 3OAGB 1IZDA 1MSMA 3EKPA 1MUIA 1EPQE 2VJ7A 5P7GA 3LZSA 2ZYEA 1FQ4A 5P4DA 3PSUA 2P3BB 5P5OA 3SKGA 5P7EA 1MT7A 5P8CA 1EBWA 5SZ9A 3TOFA 3UPJA 1AIDA 4FGXA 5P7QA 1APTE 5P37A 5P88A 1FLHA 5P38A 5P8PA 2J9JA 1CMSA 5P1UA 4Y41A 5BWYA 1IVPA 1QBSA 5P4XA 2O4PA 1M43A 5P35A 3CYXA 1ZJ7A 3Q6YA 5OZ3A 3NYGA 4HEGA 2QI4A 1PPKE 5P0WA 1XS7D 5KOQA 4Y5GA 5P2CA 4H1EA 1LEEA 4ZSPA 4Y3EA 4TRYA 4A4QA 4TVGA 1G35A 4OBZB 2R5QA 5P46A 5P76A 3SKFA 4K9HA 3ER5E 4RYGA 1HBVA 2BQVA 1UH9A 3NUOA 3PM4A 3S7MA 1BWAA 4RGHA 3BHEA 2G21A 3GI5A 4Y5KA 3OADB 1FGCC 1ME6A 3PSGA 1W6IA 4Y39A 3PMYA 1YM2A 3GW5A 3S8IA 4U8WA 3URLA 3ZPSA 1C6YA 1MTBA 1GVWA 3KYRA 3NU5A 1OHRA 4Y5BA 5P1EA 5P7NA 4R5NA 3APPA 3UDRA 5KQXA 2VIYA 1RPIA 1OEXA 3PWMA 5HE4A 3LIZA 1DAZC 4I1CA 5P8QA 3VLBA 1C6ZA 3EL9A 3L5CA 4COEA 3ZLQA 1HVJA 3T7XA 3DM6A 5P44A 5OZRA 3M9FA 5P53A 1KJ4A 5HTZA 5P6MA 4EWOA 4TRWA 5P3IA 2BKTA 4ER2E 5HU1A 1ZTZA 1FQ7A 1MEUA 4OBDA 3D1YA 1BIMA 4X2LA 2O4KA 4MC6A 1K2BA 1EC3A 5OZIA 5DQ4A 2AOGA 4NJUA 5P3GA 4RYCA 4Y5PA 3JW2A 5P8AA 3DCRA 3AIDA 4YDGA 3UQPA 3DUYA 5OZXA 3S53A 1EC2A 3PBDA 5P2FA 3UDQA 3EM4A 2BPYA 5P40A 1AZ5A 3FX5A 2QMFA 5P6YA 5P32A 5P0VA 5AHCA 4I12A 5OYZA 5P4FA 5P85A 4CPWA 3JVYA 2FDDA 3JVWA 5OYRA 4DJYA 1ZAPA 1FQ5A 5P4ZA 3H5BA 3I6OA 3UQUA 5P0CA 4Y4UA 4Y5EA 1CZIE 5P6OA 5P2WA 3FSMA 5P34A 6FIVA 3ZKMA 5P4QA 1IBQA 3NDWA 5OYQA 3L58A 1MRXA 4DQHA 3SAAA 1HTGA 5P3SA 4JOOA 3KDDA 2P8HA 2HS2A 4Y4AA 2OHPA 1LF2A 3EMYA 2IL2A 4QLHA 2ZJLA 4RRNA 3T7QA 5IE1A 5P5SA 5P4TA 5P63A 5FIVA 2OHMA 5ENMA 3IN3A 5CONA 5P1FA 3HAUA 4I0IA 1N49A 1C70A 4GJCA 5P4CA 1SIPA 2Z54A 5P1JA 5P0BA 2RMPA 5HDUA 2A1EA 4CPSA 1BVGA 5P7PA 1LV1A 5P6WA 5DR0A 4J54A 5P0EA 2QNPA 3OAGA 1HIHA 5OZJA 5P5IA 4Y57A 3OXVA 3UHLA 1YX9A 4FSLA 5P08A 3SA7A 5J25A 4FM7A 2AVMA 2QI6A 2ANLA 5P33A 4R92A 3EKXA 2AOIA 5P73A 4MC2A 5COPA 5HD0A 5DQ2A 3ER3E 4PZWA 5P8UA 5OZZA 5OZPA 1YTJA 5P4RA 4DQBA 2NXMA 1T6EX 3DK1A 6APRE 1KZKA 4DJOA 5P0KA 2G1RA 4EP3A 3OUDA 2AZ9A 4Y3MA 5JODA 4Y48A 5P20A 2PH8A 2V0ZC 3LZYA 1C6XA 2CEJA 3SA3A 3K4VC 3ZKGA 2QP8A 2RKGA 4Y4BA 2F8GA 5P8VA 3OHFA 4KB9A 5P81A 1PPLE 4OBZA 3SM1A 5P69A 4RVXA 3MSKA 4GJAA 4JPCA 2B7FA 5P3JA 1TQFA 4Y3WA 5P3NA 5P7HA 1W5XA 4DUSA 2SAMA 3KFSA 1F34A 2VIEA 3TKGA 1Z1HA 4AA8A 5P4YA 3K5GA 4Y53A 5P8GA 3VFBA 5KAOA 2IKUA 5P5RA 3PWWA 5P0OA 5PEPA 1RQ9A 2FGVA 5AH9A 3INEA 5P2MA 3B80A 1HHPA 3WB5A 2JE4A 2V10C 5P3VA 2NMZA 3SA5A 1LF4A 1PROA 4EHCA 3QS1A 4Y3HA 1D4SA 2VNNA 5P6JA 5OZUA 5P57A 1HRNA 1XN3A 1ZPAA 5P8MA 3Q3TA 4YOAA 2PC0A 3UDHA 3D20A 1RV7A 5P1AA 3HW1A 4ZE6A 1T7IA 4GIDA 2A4FA 2WF0A 5P4UA 4GYEA 3R1GB 4J55A 2G24A 3OU4B 1IDAA 4YD6A 4CP7A 5DR8A 4OD9B 5P09A 3RU1A 3TPRA 5P82A 5P1ZA 3IXOA 3LINA 1BDLA 5P55A 2AOFA 5P2RA 2I4XA 5P7MA 5BS4A 2R3WA 5I3YA 2PWCA 3KN0A 3HBOA 2QD7A 3LIQA 2QMGA 5P0UA 4FL8A 3LHGA 5OZ8A 2G26A 2Z4OA 3S43A 1QBRA 5P1QA 2HB4A 2XFJA 5P8HA 3U7SA 4DPIA 2ZJKA 5P18A 2VIZA 2I4VA 5P7LA 3SM2A 5P43A 4EPJA 4I8ZA 5P6EA 5P7RA 4HVPA 4HA5A 5P28A 4FE6A 1GNNA 4PYVA 2I4DA 1TCXA 4KE1A 4FS4A 2ZDZA 5OYSA 1ER8E 3N3IA 3BC4A 3KT5A 5P1WA 1EPOE 4HDBA 4FRSA 3VEUA 3VCMA 5P8BA 2HIZA 5P67A 4D8CA 1XDHA 5CLMA 1GKTA 3FNSA 2IEOA 2ER6E 3GGUA 1T7JA 5P2UA 5P4EA 4ER1E 4YHQA 1MT8A 4EJLA 3BXSA 3RVIA 3PLLA 2PK6A 2IQGA 2FGUA 2G1OA 3AUPA 2HC0A 4J1KA 1HSGA 4Y3DA 4CPTA 1QBTA 3D1ZA 5P83A 3O9HA 5P50A 2G1SA 5P60A 5OYYA 3T6IA 3O9LB 1FKNA 5HDVA 1SBGA 3R2FA 1XL5A 2ZHTA 2ER0E 2AVOA 4AA9A 4Y4ZA 1MVPA 5P3BA 3EKYA 5OZEA 2HPEA 2NR6A 2P3AA 3SA4A 1FFIC 4LP9A 3L5EA 3OY4A 2IGYA 5P2DA 3I25A 4FM8A 5P3KA 3EL5A 4Y5MA 5P7WA 3KFNA 2Q3KA 4DJUA 5P4GA 5P70A 5P2QA 5P3TA 5P15A 2MIPA 4Y4DA 4EQ0A 1HTEA 3IAWA 5P6XA 4YD5A 3EL1A 2OHSA 3INDA 5P71A 1HPVA 1UH8A 1FQXA 4I8WA 5P13A 5P5JA 5P41A 4GJ7A 3IGBA 5DQ1A 3QBHA 3OQAA 5P7YA 3EM6A 4I0JA 2VA5A 3NXEA 3CYWA 5P1IA 3VF7A 1B5FA 1ZSRA 2QMDA 3R0YA 4L7HA 2OHRA 4J0ZA 5P22A 1FF0C 4ZSQA 4Y54A 1A94A 4Q5MA 4YA8A 1W5WA 5P45A 5P8KA 4Y3TA 4D85A 2NPHA 2WEBA 5P6RA 3KDCA 5P1HA 3SO9A 5P87A 3NWQA 5DPZA 3OOTA 3BRAA 2OAHA 5P3HA 4YCKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5B A;  5AHB A;  2QD6 A;  4YOB A;  4OBH A;  3TH9 A;  4J1I A;  4AMT A;  3OU4 A;  4LXA A;  2IRZ A;  3PSY A;  2WEC A;  4CMS A;  5P5U A;  5KQY A;  5P3R A;  1W5V A;  4GZF A;  5P8F A;  3GGA A;  4B05 A;  4FRI A;  4J1E A;  4DJQ A;  4I0E A;  1FG6 C;  5P0A A;  5P8D A;  5TOL A;  3DCK A;  1HWR A;  4DFG A;  3BVB A;  1BV7 A;  1ODY A;  4APE A;  5IVQ A;  2JXR A;  2XYF A;  3K5C A;  5DR4 A;  4Q1X A;  4DJX A;  3DV5 A;  3UDM A;  2FNS A;  3KFP A;  5DQC A;  3OWN A;  2RKF A;  5P78 A;  2QNN A;  4NPU A;  1EPP E;  3OK9 A;  2XYE A;  5P6I A;  1SMR A;  2QHC A;  1MRW A;  3NSH A;  4B77 A;  4QGI A;  1YT9 A;  1HVH A;  2QAK A;  3LZU A;  4Y4G A;  5OZF A;  3PBZ A;  3OGP A;  5P00 A;  2Q64 A;  1MET A;  1W5Y A;  3WSJ A;  5OZG A;  5P4S A;  5I70 A;  3OUC A;  1BXQ A;  3VYE A;  3O9A A;  5P6U A;  2PSV A;  2B8V A;  4RCD A;  1AM5 A;  4Y5L A;  4Y4J A;  5P2S A;  5P1D A;  1Z8C A;  1MPP A;  1B6K A;  4ZEA A;  4YBI A;  4F73 A;  2I4W A;  3PHV A;  4H3F A;  2WEA A;  5OZK A;  5KR2 A;  5OZC A;  1D4Y A;  1GVT A;  2PQZ A;  4YCY A;  3O9L A;  3OQF A;  4Y3X A;  5HE7 A;  5HU0 A;  4L6B A;  4H3I A;  5HDZ A;  3S43 B;  1HXW A;  4R91 A;  4NJV A;  1HVR A;  1IDB A;  4BFD A;  3OHH A;  1KJF A;  5OZ9 A;  3SA8 A;  4B1E A;  1VIJ A;  4I0D A;  3S85 A;  5OZA A;  1IZI A;  5P1G A;  5P5T A;  1HVC A;  4JP9 A;  4I0F A;  1ODW A;  2ZGA A;  2OHL A;  5OYW A;  1K1T A;  1SP5 A;  1W51 A;  1SGU A;  5P7F A;  3U71 A;  4D88 A;  3N4L A;  4GJD A;  4Y50 A;  3D1X A;  2QI1 A;  5P5F A;  1FMU A;  3O9D A;  3OU3 A;  3S2O A;  4FAF A;  3NDX A;  1T7K A;  4IVT A;  4EQJ A;  2HB2 A;  5OZ7 A;  3NLS A;  4FIV A;  1B6L A;  1BWB A;  3TKW A;  3L5D A;  1VIK A;  2FDP A;  3I8W A;  5P4O A;  3F9Q A;  1OD1 A;  1EAG A;  3SQF A;  5P7J A;  3UCB A;  2AZC A;  3OXW A;  4Y58 A;  4DJP A;  3IVI A;  4EXG A;  5KQZ A;  2OHQ A;  1AJX A;  1BIL A;  5P25 A;  1QBU A;  3L3A A;  5P2B A;  4Z4X A;  1W50 A;  1DW6 C;  1KJH A;  5P3E A;  5P68 A;  1SDT A;  5P8E A;  2QHY A;  4R8Y A;  5P5G A;  1PSO E;  3FV3 A;  3TL9 A;  5P10 A;  3OQK A;  3OGQ A;  3S45 A;  5P2L A;  3IVH A;  1HTR B;  2AQU A;  5IVS A;  1NH0 A;  5P7I A;  4Y4E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OEW A;  1LYW A;  3QRM A;  4Y35 A;  4DJV A;  2FDE A;  2G94 A;  3INH A;  2BBB A;  4NKK A;  4Y3Y A;  5P2I A;  5F00 A;  3UTL A;  7HVP A;  4B0Q A;  1FEJ C;  3SLZ A;  4Y9W A;  1MIQ A;  5P1L A;  2BPW A;  2AVS A;  3LPK A;  4OD9 A;  5P66 A;  5P5Y A;  4Y4X A;  4A6C A;  4B70 A;  1TSU A;  4N00 A;  5P72 A;  5P19 A;  1EPN E;  4Y4W A;  5ISJ A;  4MC1 A;  5P3D A;  5P6S A;  5KQF A;  1ZPK A;  1FMX A;  4I0G A;  1K1U A;  3OXC A;  2O4N A;  5P0F A;  5KR8 A;  5P6H A;  1K6C A;  3QN8 A;  5P7Z A;  5P2K A;  1GVX A;  5P5W A;  3PRS A;  4JEC A;  3HLO A;  1YTH A;  5P3L A;  1D4J A;  4RLD A;  2WF2 A;  5ER2 E;  2F3K A;  2VJ6 A;  5P7U A;  5KR0 A;  5P2G A;  4J0Y A;  5P48 A;  4YBF A;  4EYR A;  3BGC A;  4YD3 A;  1DIF A;  5P1V A;  2WED A;  4APR E;  1M4H A;  3CKT A;  4F75 A;  5P0I A;  4PPH A;  2PYN A;  2PH6 A;  2REN A;  1YTG A;  1EPL E;  2QNQ A;  1HVI A;  5P11 A;  6UPJ A;  2BPV A;  4NPT A;  3MWS A;  5P54 A;  4WTU A;  4EJK A;  2VIJ A;  5P1M A;  4I0H A;  3OOZ A;  2EWY A;  3TTP A;  1APV E;  1APW E;  2IS0 A;  4J1F A;  2QCI A;  2APR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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