5P4SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 217
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA01
3S54A 5OZRA 5DGWA 3U7SA 3TLHA 4HA5A 3APPA 5P01A 5P87A 3ER5E 5P0SA 5P41A 4H3IA 1ZSRA 3FSMA 4B72A 2QMFA 1APVE 1WBMA 5ENMA 2QI1A 4B1DA 4YHQA 2QD8A 2R3WA 4RYGA 2P4JA 3PBDA 4FSLA 1LS5A 2HB4A 3PGIA 2VKMA 5OZ7A 5P3HA 5OYWA 3PLLA 5P5TA 4B0QA 1FF0C 3VF5A 5P50A 3QROA 3HZCA 3U6AA 5I70A 5OZEA 4YOAA 1K2CA 3SA9A 3ZPTA 3HD8A 2NNKA 5P1HA 5OYZA 4GJ5A 3UHLA 4DJYA 4EJLA 2V00A 2QI7A 3O9BA 1SDVA 4J1FA 3T7PA 3OU3A 1Z8CA 4Y4TA 3EL1A 3QIHA 5P4KA 3DCRA 3URIA 3WZ6A 5P5QA 4FL8A 5P5ZA 2VIEA 3APRE 4HVPA 5P2RA 4DJRA 3GI6A 1FLHA 2FXEA 1KJHA 3IGBA 5HDUA 3WB4A 3KT5A 3NDUA 2I4XA 3SKGA 4APEA 5OZ5A 4WY1A 5DPZA 3PSUA 5ENKA 5P5AA 5P3VA 1AVFA 5P3JA 3OY4A 5OYQA 2WKZA 2OF0A 3PCWA 5P4LA 1D4KA 2R5QA 5P7NA 4GJ9A 5P5SA 2G27A 2O4SA 5P76A 3INEA 4Z22A 3O9IA 1KJ7A 5OZIA 5DGUA 5P1NA 5P3IA 2J9JA 4GJ6A 1GVUA 3OHFA 2RKFA 4CP7A 4DJQA 5P2VA 5OZPA 4J1CA 1HBVA 2AVVA 4J1IA 3TOHA 1FQXA 4H3JA 1SGUA 3N3IA 4WY6A 3HBOA 3UDJA 3D20A 5P2WA 5P8IA 2P3AA 3QBHA 5IE1A 3GI4A 5P3EA 5P8RA 1GVXA 5OZXA 3LIQA 3L5CA 2QNQA 2VIZA 3T7QA 3DOXA 4I0EA 5P8BA 3O9LB 5P32A 5P0RA 2FDEA 4LXKA 4RLDA 3OUDB 6APRE 5P40A 2QZXA 3UQUA 1MVPA 1MTRA 5P6MA 4OBZA 4X2LA 5I3XA 5JG1A 2ZJIA 5OZ8A 2ZE1A 5OYXA 5IS4A 3QAAA 3ZPUA 2FS4A 5KR8A 2B42A 5P1VA 2OHKA 4B1EA 4Y3MA 5P0GA 2AODA 5P05A 1HVCA 3RSVA 5KOSA 3CICA 5C9FA 3SA3A 2QU3A 4QJ2A 4LBTA 3VLAA 4KUPA 1DPJA 3K1WA 2Q63A 2O4PA 4Y9WA 4DVFA 4EYRA 1W51A 2I4DA 1AJXA 5OZ2A 5DR3A 3ST5A 3SA4A 1XL2A 3QPJA 5P4NA 4Y48A 5P1SA 5P0AA 3GGAA 3Q70A 1HSGA 2BB9A 1SH9A 5AH8A 3H0BA 4R92A 4BFBA 3NXEA 5P3SA 5F01A 3BC4A 1EC3A 4EQ0A 2XYFA 4FM6A 5OZQA 4L1AB 2AVMA 3L58A 3OOTA 2ER9E 2V0ZC 3GGUA 3TPJA 4COEA 4RVXA 3DUYA 1DIFA 5P3ZA 4DJPA 5KQFA 2OHTA 1AJVA 1CPIA 1FQ5A 5P8HA 5KR2A 5P8OA 1C70A 1WBKA 3L5BA 4Y41A 3SABA 5P70A 3L38A 4GJ7A 1HVKA 3BVBA 5P22A 4FSEA 3EMYA 5AH7A 2HAHA 5P6CA 1A94A 2IEOA 5P65A 3A2OA 1HIVA 3C9XA 5P2AA 5P3XA 2WF1A 5P4YA 3MSKA 5P84A 2IDWA 2V12C 4M8XA 3KDDA 1HXWA 2IL2A 4DJXA 5P0OA 4HDPA 4R91A 5OZWA 4UPJA 3CKPA 3JVWA 4R93A 5P1BA 2O4LA 3SM1A 1LF3A 2V10C 1W5VA 3GW5A 4Y4ZA 1LYWB 1T7KA 3TOFA 5P1LA 4FS4A 5P20A 1C6ZA 2PH6A 3O9CA 2P83A 3Q5HA 1HWRA 3G6ZA 3TPPA 5P2DA 2R3TA 3EKXA 1B6KA 3KFPA 4ZLSA 5P1QA 1MT7A 3NWQA 5P2EA 4ZIPA 5P6IA 2ANLA 3QI1A 4MC6A 2NPHA 1EC0A 1KJGA 1A8GA 4AA8A 3R1GB 4RCFA 3B7VA 3SA6A 3SACA 1HRNA 5P6HA 4GJ8A 4QJ6A 4Y5CA 4J0TA 3UF3A 5P7AA 3ZLQA 3NU4A 4ZPEA 2FGVA 2G21A 1GVTA 3ZKSA 5P1PA 5P7EA 4EJDA 3WZ7A 4ZSQA 5P0XA 2VS2A 3LPIA 5P85A 5COOA 2F3KA 4OD9B 5HU1A 5P44A 3SA8A 5P6RA 2QP8A 3K5FA 1M43A 4I0DA 4N00A 2AVOA 3BRAA 4E43A 4ZE6A 5IVQA 1PPME 4RGHA 3T11A 1XN3A 3LIVA 3OTYA 3OXVA 9HVPA 1C6YA 3T7XA 2F3EA 4DJVA 5P7ZA 5P6XA 4Y3WA 2OHUA 1NSOA 1BDRA 2G1OA 3KDCA 3KDBA 5P2UA 1AIDA 4Y44A 3VLBA 1B11A 4CPXA 3ZL7A 3O9LA 4D83A 5P66A 5P8GA 3OQAA 3OTSA 5OYRA 4Y5BA 1FG6C 3OUDA 3KN0A 2UXZA 2H6TA 5P8VA 3NR6A 4AA9A 4H1EA 4YA8A 3ZKMA 2IGYA 3BXSA 3QRSA 3NYGA 1B6MA 3DM6A 1HPOA 5P23A 2F80A 3R4BA 4Y4BA 1YG9A 5EZXA 3NU5A 1W50A 1BAIA 2PSGA 4FE6A 3I25A 2B60A 3LPKA 4K9HA 4Q1WA 5F00A 5P2MA 4CPRA 3O9DA 3ZKIA 4Q5MA 5C9DA 5P7XA 1VIKA 1W5XA 5P89A 3FNTA 5P5NA 5P0KA 2FLEA 1DW6C 5P51A 2VIJA 1W5WA 3FKTA 5JODA 5P73A 4Y3TA 1BIMA 3PLDA 4D8CA 1ZSFA 5P2OA 2FMBA 1EBZA 4CMSA 4Y3DA 1IBQA 5P8JA 2WF4A 3K5DA 5P0TA 4EQJA 5P19A 2PWCA 4I1CA 1MRXA 4QLHA 2AZ8A 5P3DA 3UQPA 2ZHRA 3PWWA 2ZJJA 3IN3A 2ZJLA 1NH0A 3D1ZA 5P6WA 1HVJA 1JLDA 1HPXA 4QJAA 4FRJA 2G1NA 2G22A 5OZUA 1QBUA 3LINA 3EL4A 3INHA 2WEDA 3CYXA 5P1AA 5P1WA 2QHYA 5OZTA 5SY2A 3S8IA 4Y4XA 3N4LA 5BS4A 5OZHA 1MTBA 5P3OA 8HVPA 3OU4B 2HC0A 2VA7A 1SIVA 1E81E 4U7VA 3L59A 5P58A 2BPVA 5P0FA 4J0YA 5T4SA 3LPJA 1SMEA 2FXDA 5P69A 1MIQA 2FNTA 2UPJA 5P78A 1MUIA 2IS0A 4M8YA 1BVGA 1EBWA 4PZWA 4BEKA 1LYWA 4Y3LA 4GJDA 3DV1A 5CONA 4TVHA 3JW2A 3PSYA 5P5UA 5P1EA 1FMUA 5P45A 5P7PA 5P8PA 4OBKA 4Y57A 1EBKC 5OZKA 3MSJA 2ZYEA 4EPJA 3S43A 5P6LA 1B6LA 2OHNA 2ER7E 5P54A 2RENA 4U7QA 1G2KA 2XFJA 5P6KA 3GGXA 5P49A 1HPSA 5P4PA 5P6EA 1YM4A 4YD6A 1QDMA 4DQEA 2BJUA 5P7RA 4I0IA 1PFZA 4OD9A 5P72A 1T7JA 1T7IA 1ME6A 4Y4WA 1ZLFA 2ZJMA 2JJIA 3UDYA 2AZBA 3TPLA 5P0WA 5P0UA 3NDWA 3U71A 3UDHA 5E5JA 5P7LA 3TKGA 5P7QA 4DQFA 4ZPFA 5P18A 3PWMA 3VF7A 1IZHA 5P15A 5P4TA 3PEPA 3DV5A 4FCOA 4B00A 1FG8C 3SKFA 4LC7A 3RU1A 1KZKA 5OZVA 4NJVA 5OZ4A 5P2JA 5P4JA 5P7CA 4DJUA 1PPKE 4RYCA 5P13A 2I4WA 2IKUA 3NWXA 4TRWA 4GJBA 3TH9A 1GVWA 2Q15A 3OXXA 4U8WA 2J9KA 2WECA 3EL9A 4OBDA 2AVQA 4A6CA 3EKYA 3KA2A 5P57A 5P0NA 3EBZA 4RRNA 3PMUA 4DJOA 3NU3A 2WF0A 5P3BA 2PMAA 5P0ZA 3OGPA 4LXMA 2QZWA 4HLAA 5KAOA 5P6YA 1FFIC 4Y5NA 3ZKNA 3TKWA 1CZIE 3S7MA 4DQCA 4Y6MA 1MSMA 4MC9A 3UDPA 5P82A 5AHCA 3WSJA 5P5WA 4Z4XA 3RTNA 3IA9A 4B05A 3UDQA 3VSXA 2AOJA 4YDFA 5P3YA 3OUCA 3VFBA 2G1YA 3LZYA 5SY3A 1YTIA 1HTRB 4ZPGA 2QNPA 4Y4AA 1SGZA 5ISKA 3LIXA 2QHCA 4DH6A 3CIBA 4J17A 3FNSA 4GYEA 2ER0E 5P47A 4CPUA 3EM6A 5P3MA 5KQXA 1SMRA 3VSWA 4OBGA 1G6LA 1M4HA 1N49A 4QJ7A 4Y3QA 4B77A 4I0JA 3OADB 5OZOA 4JPCA 4EXGA 4Y3RA 3OQ7A 1W6HA 3LITA 3KYRA 5PEPA 2WEZA 1LV1A 1B5FA 1ENTE 1Z1RA 1RV7A 4ACXA 2UY0A 3K5CA 4Y3EA 5P6OA 3PI0A 1BILA 5OZ9A 4Y43A 1LYAB 1GVVA 4NPUA 2IQGA 5P02A 5P2XA 5AHBA 5P0VA 2JYSA 6UPJA 3MXEA 5HVPA 1DAZC 3OQDA 4ZEAA 3CMSA 3OXCA 2CENA 1ZBGA 5P52A 3PB5A 5P27A 1G35A 3R0WA 3UDNA 1EC2A 1W6IA 1QBRA 2ZHTA 5P7GA 5P3QA 2NMYA 4K8SA 5P7YA 5P4EA 3VV6A 5OZCA 5DQ5A 3IVIA 1YT9A 1D4HA 5P4BA 2QI0A 3UDMA 4D89A 1A9MA 4LAPA 5P2CA 2I0AA 4I8WA 4FAFA 5P59A 2Q11A 7UPJA 2O4KA 2QI3A 3VEUA 4RRSA 1HSHA 2SAMA 1HEGE 1EAGA 5P3CA 1FQ4A 3BVAA 1LF4A 2F81A 3L5DA 5IVSA 5P8DA 4DQHA 4QJ8A 3VCMA 3QS1A 4F73A 1UH7A 5P6BA 1TSQA 5P36A 4D85A 2R8NA 1HVHA 2WEBA 3KM4A 5P61A 2WJOA 3CYWA 4YE3A 2QI4A 1EPME 1FMXA 2AQUA 4DFGA 1BV9A 1D4SA 2HB2A 5OZ1A 3TPRA 1Z1HA 2XFIA 5OZ6A 5P30A 3T3CA 1ZJ7A 2I4UA 1MRWA 3NDTA 2ZJKA 3S56A 5DQ1A 4XX4A 3O9HA 5P7OA 1HSIA 5P5MA 5OYVA 2PSVA 3O99A 5IVTA 5HDXA 2QD6A 5P8KA 2I0DA 2ZHUA 2P3BB 2VNMA 5P8TA 3QN8A 1QBSA 3IVHA 2QMDA 2CEMA 3PVKA 3SO9A 5OZGA 5P8CA 4HDBA 2WL0A 1A8KA 3G70A 4L7JA 5HDVA 4OBHA 3EL5A 4Y3HA 5P2TA 5EZZA 1OHRA 2PH8A 1F34A 5AH6A 5COKA 5P7UA 4FLGA 3NU6A 5P39A 5P7BA 3PI5A 3LIYA 3BUHA 1EEDP 4ER1E 4CPTA 4Y5KA 1UPJA 3UQXA 5P0DA 5P2BA 1CMSA 1T6EX 3SLZA 5P7FA 2G94A 1G0VA 4J1KA 2HS1A 1OEXA 4RCEA 1MEUA 3NU9A 3S7LA 4Y36A 5P1JA 5BWYA 1LEEA 2PQZA 2VA6A 3D91A 3EKVA 5OYTA 3ZKXA 1RQ9A 1MESA 5P3KA 2FIVA 4RCDA 3BHEA 5P4HA 3SQFA 5P63A 4J54A 5P71A 2HM1A 5OZDA 4MC2A 3FX5A 3ZMGA 5SXNA 1OEWA 3I2LA 5OYYA 2PWRA 3INFA 5P7IA 4PZXA 2OHMA 1QRPE 5P77A 4WTUA 1J71A 4DUSA 1HTGA 5P3TA 5P2NA 4F75A 2P3DA 2WEAA 2OHSA 1WKRA 2F3FA 2NTRA 3HAWA 3ZOVA 2HPFA 1MSNA 2QU2A 1DMPA 3WZ8A 5OZNA 5DQ4A 5P6UA 1A30A 2QI5A 2G69A 4JECA 3KT2A 4QJ9A 1AM5A 1FQ7A 4TRZA 5P2ZA 5ISJA 4FRIA 4RVJA 5P80A 1LYAA 5AGZA 2G1RA 4Y3XA 5P7KA 4FAEA 2B7FA 1SIPA 3EM3A 3OXWA 4AMTA 5P33A 1T3RA 2H6SA 2R38A 1BWAA 4Y3AA 1MPPA 4Y4DA 4B78A 4Y38A 2QHZA 4ZSMA 2HIZA 4NJUA 5DR4A 2CEJA 3QP0A 5OZZA 5ER2E 4YCTA 2PYNA 5P16A 3HW1A 2F8GA 5P0QA 2BPXA 2Z4OA 1FB7A 5P4XA 3L5EA 1FMBA 4HEGA 1B6PA 6FIVA 5P5IA 2QD7A 4JOOA 2JXRA 5HU0A 1YTGA 3QVIA 4L1AA 5P37A 2BPWA 3KF0A 3EKTA 3KFSA 5DR8A 1E82E 1FQ6A 2IGXA 2OHRA 5P04A 1HTEA 3NLSA 4GJCA 5P1TA 4EWOA 1DP5A 2J9JB 5P03A 5HDZA 3LHGA 2FNSA 3RTMA 5P2YA 1D4IA 1EPQE 4YBIA 5P08A 4OBFA 4X7IA 3INDA 3VYEA 5P64A 4A4QA 5P4SA 4DJWA 4EP2A 2AIDA 4GIDA 4NKKA 1LZQA 5COPA 3I8WA 1SBGA 5J25A 2AOFA 4Y5AA 1D4JA 4DPFA 3UPJA 5IVRA 5P5YA 1W5YA 3I7EA 3TL9A 1FKNA 2BQVA 1BV7A 5OZBA 1U8GA 5P0PA 1IZIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S54 A;  5OZR A;  5DGW A;  3U7S A;  3TLH A;  4HA5 A;  3APP A;  5P01 A;  5P87 A;  3ER5 E;  5P0S A;  5P41 A;  4H3I A;  1ZSR A;  3FSM A;  4B72 A;  2QMF A;  1APV E;  1WBM A;  5ENM A;  2QI1 A;  4B1D A;  4YHQ A;  2QD8 A;  2R3W A;  4RYG A;  2P4J A;  3PBD A;  4FSL A;  1LS5 A;  2HB4 A;  3PGI A;  2VKM A;  5OZ7 A;  5P3H A;  5OYW A;  3PLL A;  5P5T A;  4B0Q A;  1FF0 C;  3VF5 A;  5P50 A;  3QRO A;  3HZC A;  3U6A A;  5I70 A;  5OZE A;  4YOA A;  1K2C A;  3SA9 A;  3ZPT A;  3HD8 A;  2NNK A;  5P1H A;  5OYZ A;  4GJ5 A;  3UHL A;  4DJY A;  4EJL A;  2V00 A;  2QI7 A;  3O9B A;  1SDV A;  4J1F A;  3T7P A;  3OU3 A;  1Z8C A;  4Y4T A;  3EL1 A;  3QIH A;  5P4K A;  3DCR A;  3URI A;  3WZ6 A;  5P5Q A;  4FL8 A;  5P5Z A;  2VIE A;  3APR E;  4HVP A;  5P2R A;  4DJR A;  3GI6 A;  1FLH A;  2FXE A;  1KJH A;  3IGB A;  5HDU A;  3WB4 A;  3KT5 A;  3NDU A;  2I4X A;  3SKG A;  4APE A;  5OZ5 A;  4WY1 A;  5DPZ A;  3PSU A;  5ENK A;  5P5A A;  5P3V A;  1AVF A;  5P3J A;  3OY4 A;  5OYQ A;  2WKZ A;  2OF0 A;  3PCW A;  5P4L A;  1D4K A;  2R5Q A;  5P7N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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